***  test  ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2605171448103278031.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2605171448103278031.atom to be opened.
Openam> File opened: 2605171448103278031.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 233
First residue number = 2
Last residue number = 259
Number of atoms found = 1904
Mean number per residue = 8.2
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 57.824234 +/- 18.288123 From: 25.555000 To: 99.238000
= -46.258326 +/- 12.952536 From: -75.521000 To: -21.130000
= 29.739645 +/- 8.332493 From: 8.975000 To: 49.187000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.8590 % Filled.
Pdbmat> 629655 non-zero elements.
Pdbmat> 68704 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 72.17 +/- 21.96
Maximum number = 126
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 1.374080E+06
Pdbmat> Larger element = 520.918
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
233 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2605171448103278031.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2605171448103278031.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2605171448103278031.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1904 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 233 residues.
Blocpdb> 11 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 19 atoms in block 2
Block first atom: 12
Blocpdb> 20 atoms in block 3
Block first atom: 31
Blocpdb> 16 atoms in block 4
Block first atom: 51
Blocpdb> 10 atoms in block 5
Block first atom: 67
Blocpdb> 19 atoms in block 6
Block first atom: 77
Blocpdb> 18 atoms in block 7
Block first atom: 96
Blocpdb> 15 atoms in block 8
Block first atom: 114
Blocpdb> 20 atoms in block 9
Block first atom: 129
Blocpdb> 13 atoms in block 10
Block first atom: 149
Blocpdb> 23 atoms in block 11
Block first atom: 162
Blocpdb> 16 atoms in block 12
Block first atom: 185
Blocpdb> 14 atoms in block 13
Block first atom: 201
Blocpdb> 18 atoms in block 14
Block first atom: 215
Blocpdb> 14 atoms in block 15
Block first atom: 233
Blocpdb> 16 atoms in block 16
Block first atom: 247
Blocpdb> 17 atoms in block 17
Block first atom: 263
Blocpdb> 17 atoms in block 18
Block first atom: 280
Blocpdb> 15 atoms in block 19
Block first atom: 297
Blocpdb> 16 atoms in block 20
Block first atom: 312
Blocpdb> 13 atoms in block 21
Block first atom: 328
Blocpdb> 20 atoms in block 22
Block first atom: 341
Blocpdb> 14 atoms in block 23
Block first atom: 361
Blocpdb> 11 atoms in block 24
Block first atom: 375
Blocpdb> 14 atoms in block 25
Block first atom: 386
Blocpdb> 17 atoms in block 26
Block first atom: 400
Blocpdb> 17 atoms in block 27
Block first atom: 417
Blocpdb> 25 atoms in block 28
Block first atom: 434
Blocpdb> 18 atoms in block 29
Block first atom: 459
Blocpdb> 18 atoms in block 30
Block first atom: 477
Blocpdb> 17 atoms in block 31
Block first atom: 495
Blocpdb> 19 atoms in block 32
Block first atom: 512
Blocpdb> 16 atoms in block 33
Block first atom: 531
Blocpdb> 17 atoms in block 34
Block first atom: 547
Blocpdb> 16 atoms in block 35
Block first atom: 564
Blocpdb> 18 atoms in block 36
Block first atom: 580
Blocpdb> 15 atoms in block 37
Block first atom: 598
Blocpdb> 17 atoms in block 38
Block first atom: 613
Blocpdb> 20 atoms in block 39
Block first atom: 630
Blocpdb> 20 atoms in block 40
Block first atom: 650
Blocpdb> 12 atoms in block 41
Block first atom: 670
Blocpdb> 16 atoms in block 42
Block first atom: 682
Blocpdb> 20 atoms in block 43
Block first atom: 698
Blocpdb> 18 atoms in block 44
Block first atom: 718
Blocpdb> 13 atoms in block 45
Block first atom: 736
Blocpdb> 15 atoms in block 46
Block first atom: 749
Blocpdb> 16 atoms in block 47
Block first atom: 764
Blocpdb> 14 atoms in block 48
Block first atom: 780
Blocpdb> 15 atoms in block 49
Block first atom: 794
Blocpdb> 16 atoms in block 50
Block first atom: 809
Blocpdb> 20 atoms in block 51
Block first atom: 825
Blocpdb> 16 atoms in block 52
Block first atom: 845
Blocpdb> 17 atoms in block 53
Block first atom: 861
Blocpdb> 15 atoms in block 54
Block first atom: 878
Blocpdb> 18 atoms in block 55
Block first atom: 893
Blocpdb> 15 atoms in block 56
Block first atom: 911
Blocpdb> 16 atoms in block 57
Block first atom: 926
Blocpdb> 17 atoms in block 58
Block first atom: 942
Blocpdb> 13 atoms in block 59
Block first atom: 959
Blocpdb> 16 atoms in block 60
Block first atom: 972
Blocpdb> 15 atoms in block 61
Block first atom: 988
Blocpdb> 18 atoms in block 62
Block first atom: 1003
Blocpdb> 17 atoms in block 63
Block first atom: 1021
Blocpdb> 18 atoms in block 64
Block first atom: 1038
Blocpdb> 12 atoms in block 65
Block first atom: 1056
Blocpdb> 18 atoms in block 66
Block first atom: 1068
Blocpdb> 12 atoms in block 67
Block first atom: 1086
Blocpdb> 17 atoms in block 68
Block first atom: 1098
Blocpdb> 15 atoms in block 69
Block first atom: 1115
Blocpdb> 20 atoms in block 70
Block first atom: 1130
Blocpdb> 19 atoms in block 71
Block first atom: 1150
Blocpdb> 16 atoms in block 72
Block first atom: 1169
Blocpdb> 16 atoms in block 73
Block first atom: 1185
Blocpdb> 17 atoms in block 74
Block first atom: 1201
Blocpdb> 14 atoms in block 75
Block first atom: 1218
Blocpdb> 12 atoms in block 76
Block first atom: 1232
Blocpdb> 10 atoms in block 77
Block first atom: 1244
Blocpdb> 17 atoms in block 78
Block first atom: 1254
Blocpdb> 20 atoms in block 79
Block first atom: 1271
Blocpdb> 16 atoms in block 80
Block first atom: 1291
Blocpdb> 19 atoms in block 81
Block first atom: 1307
Blocpdb> 10 atoms in block 82
Block first atom: 1326
Blocpdb> 13 atoms in block 83
Block first atom: 1336
Blocpdb> 19 atoms in block 84
Block first atom: 1349
Blocpdb> 18 atoms in block 85
Block first atom: 1368
Blocpdb> 14 atoms in block 86
Block first atom: 1386
Blocpdb> 18 atoms in block 87
Block first atom: 1400
Blocpdb> 16 atoms in block 88
Block first atom: 1418
Blocpdb> 18 atoms in block 89
Block first atom: 1434
Blocpdb> 16 atoms in block 90
Block first atom: 1452
Blocpdb> 18 atoms in block 91
Block first atom: 1468
Blocpdb> 19 atoms in block 92
Block first atom: 1486
Blocpdb> 15 atoms in block 93
Block first atom: 1505
Blocpdb> 16 atoms in block 94
Block first atom: 1520
Blocpdb> 13 atoms in block 95
Block first atom: 1536
Blocpdb> 15 atoms in block 96
Block first atom: 1549
Blocpdb> 12 atoms in block 97
Block first atom: 1564
Blocpdb> 17 atoms in block 98
Block first atom: 1576
Blocpdb> 15 atoms in block 99
Block first atom: 1593
Blocpdb> 16 atoms in block 100
Block first atom: 1608
Blocpdb> 16 atoms in block 101
Block first atom: 1624
Blocpdb> 19 atoms in block 102
Block first atom: 1640
Blocpdb> 15 atoms in block 103
Block first atom: 1659
Blocpdb> 18 atoms in block 104
Block first atom: 1674
Blocpdb> 20 atoms in block 105
Block first atom: 1692
Blocpdb> 16 atoms in block 106
Block first atom: 1712
Blocpdb> 19 atoms in block 107
Block first atom: 1728
Blocpdb> 15 atoms in block 108
Block first atom: 1747
Blocpdb> 17 atoms in block 109
Block first atom: 1762
Blocpdb> 16 atoms in block 110
Block first atom: 1779
Blocpdb> 13 atoms in block 111
Block first atom: 1795
Blocpdb> 16 atoms in block 112
Block first atom: 1808
Blocpdb> 21 atoms in block 113
Block first atom: 1824
Blocpdb> 20 atoms in block 114
Block first atom: 1845
Blocpdb> 15 atoms in block 115
Block first atom: 1865
Blocpdb> 16 atoms in block 116
Block first atom: 1880
Blocpdb> 9 atoms in block 117
Block first atom: 1895
Blocpdb> 117 blocks.
Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 9 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 629772 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 5712
Prepmat> Matrix trace = 1374080.0000
Prepmat> Last element read: 5712 5712 185.1164
Prepmat> 6904 lines saved.
Prepmat> 5894 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1904
RTB> Total mass = 1904.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1904
RTB> Number of blocks = 117
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 137101.0167
RTB> 34569 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 702
Diagstd> Nb of non-zero elements: 34569
Diagstd> Projected matrix trace = 137101.0167
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 702 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 137101.0167
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0340772 0.0931050 0.2983908 0.6981578
0.8699716 1.6553458 2.1469533 2.2565779 2.6406810
2.7791626 4.4071244 5.5801685 6.4640248 6.6685529
7.7627034 8.4858539 9.7850415 9.8605532 10.8863632
11.2045664 12.9160199 13.2928509 14.7462213 15.0388039
15.1680467 15.8204755 16.5167113 17.3655926 17.6892148
19.9556923 20.2198813 20.3226894 21.1041340 22.2538986
22.6836458 23.0006096 23.4523743 24.1613271 24.4440854
25.3551575 25.9528471 26.6438051 27.7179148 28.5802267
28.8670123 29.6629363 29.9107042 30.5417035 30.8725490
32.4403395 33.2134338 33.9317998 34.1108350 34.7508485
35.1358202 36.1015493 36.6425627 37.8974103 38.3892808
38.4160283 39.4501865 40.4378080 41.2960124 41.3612371
41.6878833 42.7479821 43.0509424 43.7124721 44.1341634
45.0537705 45.3199966 46.1851171 46.7836421 47.2018000
47.7743242 48.7559710 49.5055799 50.3650266 51.5513440
52.1770011 53.0647284 54.3796881 55.0144046 55.5931409
55.8446912 56.5474415 57.2372435 57.6707556 57.8859376
58.7856315 59.2085082 60.1462345 60.3016518 60.8169921
61.4088342 61.9800484 62.4806368 62.9306595 63.1978873
63.9353292
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034337 0.0034339 0.0034339 0.0034343 0.0034352
0.0034354 20.0459774 33.1346066 59.3182070 90.7344222
101.2856254 139.7139094 159.1133356 163.1249708 176.4628336
181.0307115 227.9674984 256.5186455 276.0875282 280.4213533
302.5532178 316.3319474 339.6851927 340.9933590 358.2916524
363.4902843 390.2650262 395.9171801 416.9996148 421.1161801
422.9218355 431.9217233 441.3235161 452.5224028 456.7195036
485.0971021 488.2975904 489.5373920 498.8604203 512.2693035
517.1918936 520.7927780 525.8824631 533.7718581 536.8861202
546.7999128 553.2071492 560.5229568 571.7096961 580.5346085
583.4399982 591.4286381 593.8935373 600.1252621 603.3669597
618.4975387 625.8239358 632.5556339 634.2222229 640.1444534
643.6804636 652.4664727 657.3371841 668.4978999 672.8221311
673.0564830 682.0556495 690.5403859 697.8295228 698.3803968
701.1326673 709.9914028 712.5028592 717.9562236 721.4109496
728.8880858 731.0384414 737.9829103 742.7493738 746.0613817
750.5723413 758.2443544 764.0510142 770.6546694 779.6779937
784.3950372 791.0396509 800.7807716 805.4405472 809.6659693
811.4957080 816.5856809 821.5512019 824.6565277 826.1935811
832.5893939 835.5786598 842.1694862 843.2568631 846.8524509
850.9630575 854.9116509 858.3571002 861.4427530 863.2698245
868.2918669
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1904
Rtb_to_modes> Number of blocs = 117
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9986E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9994E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.4077E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.3105E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2984
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6982
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8700
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.655
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.147
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.257
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.641
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.779
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.407
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.580
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.464
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.669
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.763
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.486
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.785
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.861
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.94
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 702 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 0.99999 1.00001 1.00002 0.99999
0.99998 1.00001 1.00000 0.99999 0.99998
1.00000 0.99998 1.00003 0.99997 1.00002
1.00006 1.00001 1.00002 1.00002 1.00003
1.00002 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 0.99999 0.99997 1.00000 0.99997
1.00003 1.00005 1.00002 1.00002 1.00000
0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 0.99997
0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000
0.99998 0.99998 0.99997 0.99998 1.00003
0.99997 1.00000 0.99997 1.00001 0.99999
1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 1.00001
0.99997 0.99998 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 0.99997 0.99998 0.99998 1.00000
1.00001 0.99997 1.00003 0.99999 1.00000
0.99998 1.00003 0.99999 1.00003 1.00002
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00002 0.99998 0.99999
1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 0.99998
1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 0.99999
1.00001 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 34272 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 0.99999 1.00001 1.00002 0.99999
0.99998 1.00001 1.00000 0.99999 0.99998
1.00000 0.99998 1.00003 0.99997 1.00002
1.00006 1.00001 1.00002 1.00002 1.00003
1.00002 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 0.99999 0.99997 1.00000 0.99997
1.00003 1.00005 1.00002 1.00002 1.00000
0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 0.99997
0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00000
0.99998 0.99998 0.99997 0.99998 1.00003
0.99997 1.00000 0.99997 1.00001 0.99999
1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 1.00001
0.99997 0.99998 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 0.99997 0.99998 0.99998 1.00000
1.00001 0.99997 1.00003 0.99999 1.00000
0.99998 1.00003 0.99999 1.00003 1.00002
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00002 0.99998 0.99999
1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 0.99998
1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 0.99999
1.00001 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2605171448103278031.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2605171448103278031.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2605171448103278031.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2605171448103278031.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 233
First residue number = 2
Last residue number = 259
Number of atoms found = 1904
Mean number per residue = 8.2
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9986E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9994E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.4077E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.3105E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2984
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6982
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8700
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.655
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.147
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.257
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.641
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.779
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.407
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.580
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.464
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.669
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.763
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.486
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.785
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.861
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.94
Bfactors> 106 vectors, 5712 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.034077
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.393 +/- 0.39
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.393
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2605171448103278031.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2605171448103278031.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4352E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 20.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 33.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 59.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 90.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 101.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 139.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 159.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 176.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 181.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 256.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 276.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 302.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 316.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 341.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 363.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 395.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 421.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 422.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 431.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 441.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 452.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 488.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 498.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 517.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 546.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 571.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 580.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 591.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 600.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 618.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 625.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 632.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 634.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 640.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 643.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 657.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 672.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 690.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 697.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 710.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 712.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 731.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 738.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 742.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 746.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 750.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 758.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 764.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 770.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 779.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 784.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 791.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 800.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 805.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 809.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 811.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 816.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 821.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 824.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 826.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 832.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 835.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 842.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 843.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 846.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 850.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 854.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 858.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 861.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 863.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 868.3
Chkmod> 106 vectors, 5712 coordinates in file.
Chkmod> That is: 1904 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 16 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6860
0.0034 0.8638
0.0034 0.7465
0.0034 0.7753
0.0034 0.9230
0.0034 0.7644
20.0451 0.5507
33.1332 0.5926
59.3166 0.5665
90.7333 0.6989
101.2829 0.4415
139.6933 0.5018
159.1082 0.5821
163.1332 0.4902
176.4659 0.1572
181.0176 0.3397
227.9545 0.1058
256.5038 0.3108
276.0751 0.3976
280.4187 0.4252
302.5460 0.5852
316.3211 0.5949
339.6699 0.1425
340.9864 0.1672
358.3361 0.3705
363.4006 0.3095
390.3084 0.4240
395.8577 0.1750
417.0351 0.3633
421.1148 0.4068
422.9309 0.2286
431.8967 0.2172
441.3485 0.3463
452.5604 0.2454
456.7100 0.2382
485.1286 0.3524
488.2781 0.1198
489.4840 0.2155
498.7901 0.3099
512.2024 0.2812
517.1281 0.2665
520.7635 0.1927
525.8333 0.3466
533.7343 0.2397
536.8182 0.2851
546.8287 0.4430
553.1531 0.4879
560.4589 0.4105
571.7067 0.3658
580.5074 0.3230
583.4451 0.3300
591.3740 0.3312
593.8611 0.2411
600.0828 0.4596
603.3162 0.4648
618.4678 0.2670
625.7647 0.4535
632.5117 0.3747
634.1872 0.1950
640.1092 0.4381
643.6911 0.3632
652.4245 0.4572
657.2860 0.4035
668.4920 0.3936
672.7996 0.4354
673.0624 0.3143
682.0248 0.3657
690.5295 0.4238
697.8333 0.2633
698.3400 0.2844
701.1204 0.3060
709.9777 0.4474
712.4645 0.4172
717.9051 0.3722
721.3460 0.3655
728.8263 0.4893
731.0071 0.1540
737.9902 0.3693
742.6886 0.2902
746.0151 0.2302
750.5062 0.3786
758.2431 0.5057
764.0523 0.3791
770.6596 0.5604
779.6344 0.3606
784.3839 0.4749
790.9705 0.2718
800.7487 0.2916
805.3737 0.4223
809.6083 0.4284
811.4268 0.4050
816.5691 0.3166
821.5357 0.4795
824.6157 0.3646
826.1871 0.3375
832.5846 0.4598
835.5533 0.3836
842.1597 0.2509
843.2091 0.3543
846.8370 0.3272
850.9346 0.4171
854.8746 0.4218
858.3159 0.2502
861.4013 0.3952
863.2472 0.4053
868.2863 0.4332
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2605171448103278031 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
making animated gifs
11 models are in 2605171448103278031.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605171448103278031.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605171448103278031.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2605171448103278031 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
making animated gifs
11 models are in 2605171448103278031.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605171448103278031.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605171448103278031.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2605171448103278031 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
making animated gifs
11 models are in 2605171448103278031.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605171448103278031.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605171448103278031.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2605171448103278031 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
making animated gifs
11 models are in 2605171448103278031.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605171448103278031.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605171448103278031.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2605171448103278031 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2605171448103278031.eigenfacs
2605171448103278031.atom
making animated gifs
11 models are in 2605171448103278031.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605171448103278031.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605171448103278031.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2605171448103278031.10.pdb
2605171448103278031.11.pdb
2605171448103278031.7.pdb
2605171448103278031.8.pdb
2605171448103278031.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m4.863s
user 0m4.819s
sys 0m0.043s
rm: cannot remove '2605171448103278031.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: april 24th, 2026.
|