***  CELL ADHESION/IMMUNE SYSTEM 21-SEP-11 3VI3  ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260522123717486593.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260522123717486593.atom to be opened.
Openam> File opened: 260522123717486593.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 2923
First residue number = 1
Last residue number = 218
Number of atoms found = 22435
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -17.914649 +/- 30.666965 From: -81.258000 To: 54.285000
= -24.316360 +/- 29.981727 From: -90.577000 To: 57.637000
= -26.792525 +/- 37.432741 From: -112.495000 To: 58.066000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 7.2684 % Filled.
Pdbmat> 8542681 non-zero elements.
Pdbmat> 934384 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 83.30 +/- 23.56
Maximum number = 137
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 1.868768E+07
Pdbmat> Larger element = 520.898
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
2923 non-zero elements, NRBL set to 15
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260522123717486593.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 15
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260522123717486593.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260522123717486593.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 22435 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 15 residue(s) per block.
Blocpdb> 2923 residues.
Blocpdb> 105 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 121 atoms in block 2
Block first atom: 106
Blocpdb> 98 atoms in block 3
Block first atom: 227
Blocpdb> 111 atoms in block 4
Block first atom: 325
Blocpdb> 109 atoms in block 5
Block first atom: 436
Blocpdb> 106 atoms in block 6
Block first atom: 545
Blocpdb> 124 atoms in block 7
Block first atom: 651
Blocpdb> 107 atoms in block 8
Block first atom: 775
Blocpdb> 119 atoms in block 9
Block first atom: 882
Blocpdb> 127 atoms in block 10
Block first atom: 1001
Blocpdb> 116 atoms in block 11
Block first atom: 1128
Blocpdb> 110 atoms in block 12
Block first atom: 1244
Blocpdb> 111 atoms in block 13
Block first atom: 1354
Blocpdb> 130 atoms in block 14
Block first atom: 1465
Blocpdb> 114 atoms in block 15
Block first atom: 1595
Blocpdb> 119 atoms in block 16
Block first atom: 1709
Blocpdb> 104 atoms in block 17
Block first atom: 1828
Blocpdb> 115 atoms in block 18
Block first atom: 1932
Blocpdb> 126 atoms in block 19
Block first atom: 2047
Blocpdb> 100 atoms in block 20
Block first atom: 2173
Blocpdb> 112 atoms in block 21
Block first atom: 2273
Blocpdb> 127 atoms in block 22
Block first atom: 2385
Blocpdb> 105 atoms in block 23
Block first atom: 2512
Blocpdb> 112 atoms in block 24
Block first atom: 2617
Blocpdb> 112 atoms in block 25
Block first atom: 2729
Blocpdb> 104 atoms in block 26
Block first atom: 2841
Blocpdb> 103 atoms in block 27
Block first atom: 2945
Blocpdb> 118 atoms in block 28
Block first atom: 3048
Blocpdb> 109 atoms in block 29
Block first atom: 3166
Blocpdb> 113 atoms in block 30
Block first atom: 3275
Blocpdb> 108 atoms in block 31
Block first atom: 3388
Blocpdb> 110 atoms in block 32
Block first atom: 3496
Blocpdb> 110 atoms in block 33
Block first atom: 3606
Blocpdb> 121 atoms in block 34
Block first atom: 3716
Blocpdb> 118 atoms in block 35
Block first atom: 3837
Blocpdb> 113 atoms in block 36
Block first atom: 3955
Blocpdb> 131 atoms in block 37
Block first atom: 4068
Blocpdb> 124 atoms in block 38
Block first atom: 4199
Blocpdb> 110 atoms in block 39
Block first atom: 4323
Blocpdb> 127 atoms in block 40
Block first atom: 4433
Blocpdb> 8 atoms in block 41
Block first atom: 4560
Blocpdb> 109 atoms in block 42
Block first atom: 4568
Blocpdb> 61 atoms in block 43
Block first atom: 4677
Blocpdb> 114 atoms in block 44
Block first atom: 4738
Blocpdb> 120 atoms in block 45
Block first atom: 4852
Blocpdb> 116 atoms in block 46
Block first atom: 4972
Blocpdb> 127 atoms in block 47
Block first atom: 5088
Blocpdb> 127 atoms in block 48
Block first atom: 5215
Blocpdb> 127 atoms in block 49
Block first atom: 5342
Blocpdb> 117 atoms in block 50
Block first atom: 5469
Blocpdb> 130 atoms in block 51
Block first atom: 5586
Blocpdb> 116 atoms in block 52
Block first atom: 5716
Blocpdb> 114 atoms in block 53
Block first atom: 5832
Blocpdb> 117 atoms in block 54
Block first atom: 5946
Blocpdb> 119 atoms in block 55
Block first atom: 6063
Blocpdb> 107 atoms in block 56
Block first atom: 6182
Blocpdb> 113 atoms in block 57
Block first atom: 6289
Blocpdb> 113 atoms in block 58
Block first atom: 6402
Blocpdb> 104 atoms in block 59
Block first atom: 6515
Blocpdb> 135 atoms in block 60
Block first atom: 6619
Blocpdb> 118 atoms in block 61
Block first atom: 6754
Blocpdb> 127 atoms in block 62
Block first atom: 6872
Blocpdb> 105 atoms in block 63
Block first atom: 6999
Blocpdb> 115 atoms in block 64
Block first atom: 7104
Blocpdb> 109 atoms in block 65
Block first atom: 7219
Blocpdb> 113 atoms in block 66
Block first atom: 7328
Blocpdb> 106 atoms in block 67
Block first atom: 7441
Blocpdb> 119 atoms in block 68
Block first atom: 7547
Blocpdb> 122 atoms in block 69
Block first atom: 7666
Blocpdb> 107 atoms in block 70
Block first atom: 7788
Blocpdb> 105 atoms in block 71
Block first atom: 7895
Blocpdb> 121 atoms in block 72
Block first atom: 8000
Blocpdb> 98 atoms in block 73
Block first atom: 8121
Blocpdb> 111 atoms in block 74
Block first atom: 8219
Blocpdb> 109 atoms in block 75
Block first atom: 8330
Blocpdb> 106 atoms in block 76
Block first atom: 8439
Blocpdb> 124 atoms in block 77
Block first atom: 8545
Blocpdb> 107 atoms in block 78
Block first atom: 8669
Blocpdb> 119 atoms in block 79
Block first atom: 8776
Blocpdb> 127 atoms in block 80
Block first atom: 8895
Blocpdb> 116 atoms in block 81
Block first atom: 9022
Blocpdb> 110 atoms in block 82
Block first atom: 9138
Blocpdb> 111 atoms in block 83
Block first atom: 9248
Blocpdb> 130 atoms in block 84
Block first atom: 9359
Blocpdb> 114 atoms in block 85
Block first atom: 9489
Blocpdb> 119 atoms in block 86
Block first atom: 9603
Blocpdb> 104 atoms in block 87
Block first atom: 9722
Blocpdb> 115 atoms in block 88
Block first atom: 9826
Blocpdb> 126 atoms in block 89
Block first atom: 9941
Blocpdb> 100 atoms in block 90
Block first atom: 10067
Blocpdb> 112 atoms in block 91
Block first atom: 10167
Blocpdb> 127 atoms in block 92
Block first atom: 10279
Blocpdb> 105 atoms in block 93
Block first atom: 10406
Blocpdb> 112 atoms in block 94
Block first atom: 10511
Blocpdb> 112 atoms in block 95
Block first atom: 10623
Blocpdb> 104 atoms in block 96
Block first atom: 10735
Blocpdb> 103 atoms in block 97
Block first atom: 10839
Blocpdb> 118 atoms in block 98
Block first atom: 10942
Blocpdb> 109 atoms in block 99
Block first atom: 11060
Blocpdb> 113 atoms in block 100
Block first atom: 11169
Blocpdb> 108 atoms in block 101
Block first atom: 11282
Blocpdb> 110 atoms in block 102
Block first atom: 11390
Blocpdb> 110 atoms in block 103
Block first atom: 11500
Blocpdb> 121 atoms in block 104
Block first atom: 11610
Blocpdb> 18 atoms in block 105
Block first atom: 11731
Blocpdb> 117 atoms in block 106
Block first atom: 11749
Blocpdb> 121 atoms in block 107
Block first atom: 11866
Blocpdb> 56 atoms in block 108
Block first atom: 11987
Blocpdb> 117 atoms in block 109
Block first atom: 12043
Blocpdb> 117 atoms in block 110
Block first atom: 12160
Blocpdb> 88 atoms in block 111
Block first atom: 12277
Blocpdb> 108 atoms in block 112
Block first atom: 12365
Blocpdb> 102 atoms in block 113
Block first atom: 12473
Blocpdb> 114 atoms in block 114
Block first atom: 12575
Blocpdb> 120 atoms in block 115
Block first atom: 12689
Blocpdb> 116 atoms in block 116
Block first atom: 12809
Blocpdb> 127 atoms in block 117
Block first atom: 12925
Blocpdb> 127 atoms in block 118
Block first atom: 13052
Blocpdb> 127 atoms in block 119
Block first atom: 13179
Blocpdb> 117 atoms in block 120
Block first atom: 13306
Blocpdb> 130 atoms in block 121
Block first atom: 13423
Blocpdb> 116 atoms in block 122
Block first atom: 13553
Blocpdb> 114 atoms in block 123
Block first atom: 13669
Blocpdb> 117 atoms in block 124
Block first atom: 13783
Blocpdb> 119 atoms in block 125
Block first atom: 13900
Blocpdb> 107 atoms in block 126
Block first atom: 14019
Blocpdb> 113 atoms in block 127
Block first atom: 14126
Blocpdb> 113 atoms in block 128
Block first atom: 14239
Blocpdb> 104 atoms in block 129
Block first atom: 14352
Blocpdb> 135 atoms in block 130
Block first atom: 14456
Blocpdb> 118 atoms in block 131
Block first atom: 14591
Blocpdb> 127 atoms in block 132
Block first atom: 14709
Blocpdb> 105 atoms in block 133
Block first atom: 14836
Blocpdb> 115 atoms in block 134
Block first atom: 14941
Blocpdb> 109 atoms in block 135
Block first atom: 15056
Blocpdb> 113 atoms in block 136
Block first atom: 15165
Blocpdb> 106 atoms in block 137
Block first atom: 15278
Blocpdb> 119 atoms in block 138
Block first atom: 15384
Blocpdb> 122 atoms in block 139
Block first atom: 15503
Blocpdb> 107 atoms in block 140
Block first atom: 15625
Blocpdb> 108 atoms in block 141
Block first atom: 15732
Blocpdb> 108 atoms in block 142
Block first atom: 15840
Blocpdb> 135 atoms in block 143
Block first atom: 15948
Blocpdb> 118 atoms in block 144
Block first atom: 16083
Blocpdb> 96 atoms in block 145
Block first atom: 16201
Blocpdb> 115 atoms in block 146
Block first atom: 16297
Blocpdb> 130 atoms in block 147
Block first atom: 16412
Blocpdb> 109 atoms in block 148
Block first atom: 16542
Blocpdb> 103 atoms in block 149
Block first atom: 16651
Blocpdb> 124 atoms in block 150
Block first atom: 16754
Blocpdb> 121 atoms in block 151
Block first atom: 16878
Blocpdb> 122 atoms in block 152
Block first atom: 16999
Blocpdb> 125 atoms in block 153
Block first atom: 17121
Blocpdb> 112 atoms in block 154
Block first atom: 17246
Blocpdb> 75 atoms in block 155
Block first atom: 17358
Blocpdb> 112 atoms in block 156
Block first atom: 17433
Blocpdb> 109 atoms in block 157
Block first atom: 17545
Blocpdb> 132 atoms in block 158
Block first atom: 17654
Blocpdb> 123 atoms in block 159
Block first atom: 17786
Blocpdb> 117 atoms in block 160
Block first atom: 17909
Blocpdb> 113 atoms in block 161
Block first atom: 18026
Blocpdb> 116 atoms in block 162
Block first atom: 18139
Blocpdb> 111 atoms in block 163
Block first atom: 18255
Blocpdb> 100 atoms in block 164
Block first atom: 18366
Blocpdb> 110 atoms in block 165
Block first atom: 18466
Blocpdb> 114 atoms in block 166
Block first atom: 18576
Blocpdb> 115 atoms in block 167
Block first atom: 18690
Blocpdb> 107 atoms in block 168
Block first atom: 18805
Blocpdb> 106 atoms in block 169
Block first atom: 18912
Blocpdb> 66 atoms in block 170
Block first atom: 19018
Blocpdb> 108 atoms in block 171
Block first atom: 19084
Blocpdb> 108 atoms in block 172
Block first atom: 19192
Blocpdb> 135 atoms in block 173
Block first atom: 19300
Blocpdb> 118 atoms in block 174
Block first atom: 19435
Blocpdb> 96 atoms in block 175
Block first atom: 19553
Blocpdb> 115 atoms in block 176
Block first atom: 19649
Blocpdb> 130 atoms in block 177
Block first atom: 19764
Blocpdb> 109 atoms in block 178
Block first atom: 19894
Blocpdb> 103 atoms in block 179
Block first atom: 20003
Blocpdb> 124 atoms in block 180
Block first atom: 20106
Blocpdb> 121 atoms in block 181
Block first atom: 20230
Blocpdb> 122 atoms in block 182
Block first atom: 20351
Blocpdb> 125 atoms in block 183
Block first atom: 20473
Blocpdb> 112 atoms in block 184
Block first atom: 20598
Blocpdb> 75 atoms in block 185
Block first atom: 20710
Blocpdb> 112 atoms in block 186
Block first atom: 20785
Blocpdb> 109 atoms in block 187
Block first atom: 20897
Blocpdb> 132 atoms in block 188
Block first atom: 21006
Blocpdb> 123 atoms in block 189
Block first atom: 21138
Blocpdb> 117 atoms in block 190
Block first atom: 21261
Blocpdb> 113 atoms in block 191
Block first atom: 21378
Blocpdb> 116 atoms in block 192
Block first atom: 21491
Blocpdb> 111 atoms in block 193
Block first atom: 21607
Blocpdb> 100 atoms in block 194
Block first atom: 21718
Blocpdb> 110 atoms in block 195
Block first atom: 21818
Blocpdb> 114 atoms in block 196
Block first atom: 21928
Blocpdb> 115 atoms in block 197
Block first atom: 22042
Blocpdb> 107 atoms in block 198
Block first atom: 22157
Blocpdb> 106 atoms in block 199
Block first atom: 22264
Blocpdb> 66 atoms in block 200
Block first atom: 22369
Blocpdb> 200 blocks.
Blocpdb> At most, 135 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 8542881 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 67305
Prepmat> Matrix trace = 18687680.0001
Prepmat> Last element read: 67305 67305 52.6474
Prepmat> 20101 lines saved.
Prepmat> 18530 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 22435
RTB> Total mass = 22435.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 22435
RTB> Number of blocks = 200
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 192994.5512
RTB> 53520 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1200
Diagstd> Nb of non-zero elements: 53520
Diagstd> Projected matrix trace = 192994.5512
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1200 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 192994.5512
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0069509 0.0149616 0.0263427 0.0663612
0.1080658 0.1550385 0.1755008 0.2077780 0.3490711
0.3935036 0.4416021 0.4862033 0.6587656 0.7628912
0.8480287 0.9051850 1.0041898 1.0870244 1.1887787
1.2860459 1.3210150 1.5370075 1.8346215 1.8938640
2.2009534 2.3895572 2.9112320 2.9788865 3.2979147
3.4456744 3.7259450 3.7666647 4.2947282 4.4260247
4.5581121 4.7713438 4.9941171 5.0446677 5.3793034
5.4886707 5.8843963 6.1814748 7.0244871 7.1172034
7.5828279 7.7017362 8.1698493 8.6325460 8.8998470
9.3456108 9.5317859 9.5727597 9.9251513 10.3404929
10.3548477 10.8746819 11.2477115 11.4248429 11.5097679
11.6691567 11.9804376 12.6810939 13.1194861 13.6175886
13.9616886 14.0392537 14.5146426 14.6499623 14.7819339
14.8490794 15.1745689 15.6721297 15.7678141 16.3432003
16.5220333 16.6920299 16.8713377 16.9678683 17.1394738
17.5195183 17.9812040 18.6106393 18.7639503 18.8479150
19.1914839 19.6236471 19.7273635 20.2790817 20.5771320
20.6567358 21.0626274 21.2432112 21.5824493 22.0189396
22.3075977 22.5825353 23.1033627 23.2001021 23.4005806
23.8473632
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034317 0.0034325 0.0034326 0.0034334 0.0034336
0.0034341 9.0534908 13.2826434 17.6248515 27.9738673
35.6976356 42.7577716 45.4919727 49.4988499 64.1582096
68.1192175 72.1623757 75.7188893 88.1375010 94.8476540
100.0001264 103.3151353 108.8186120 113.2178575 118.3983872
123.1469106 124.8099333 134.6273422 147.0850452 149.4409679
161.1019171 167.8626193 185.2821942 187.4227285 197.2036679
201.5730193 209.6107248 210.7529990 225.0417621 228.4558054
231.8396877 237.2005205 242.6747778 243.8998655 251.8594798
254.4068898 263.4184782 269.9860532 287.8078209 289.7009839
299.0273279 301.3627711 310.3861278 319.0543954 323.9563897
331.9702199 335.2605242 335.9803357 342.1084877 349.1932988
349.4355926 358.0993729 364.1894527 367.0459184 368.4075854
370.9496935 375.8647707 386.6995256 393.3269383 400.7240292
405.7553497 406.8808890 413.7123197 415.6363605 417.5042576
418.4514188 423.0127533 429.8919270 431.2022572 438.9993043
441.3946107 443.6595729 446.0361309 447.3103241 449.5665834
454.5235196 460.4735245 468.4636810 470.3892817 471.4405527
475.7179720 481.0443774 482.3139281 489.0118947 492.5923945
493.5442858 498.3696114 500.5014774 504.4819644 509.5578309
512.8869896 516.0379360 521.9547791 523.0464132 525.3014468
530.2924734
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 22435
Rtb_to_modes> Number of blocs = 200
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9869E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9916E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9918E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9968E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9978E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.9509E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.4962E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.6343E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.6361E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1081
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1550
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1755
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2078
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3491
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3935
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4416
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4862
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6588
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7629
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8480
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9052
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.004
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.087
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.189
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.286
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.321
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.537
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.894
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.201
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.390
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.911
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.979
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.298
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.446
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.726
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.767
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.295
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.426
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.558
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.771
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.994
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.045
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.379
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.489
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.884
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.181
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.024
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.117
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.583
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.702
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.170
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.633
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.900
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.346
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.532
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.573
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.925
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.85
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1200 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002
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0.99998 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002
1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002
1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
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1.00001 1.00002 1.00001 1.00000 1.00004
1.00000 0.99999 0.99997 0.99999 0.99999
0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001
1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 0.99998
1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001
1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 1.00002
1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 1.00001
0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 0.99996
1.00005
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 403830 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
1.00000 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002
0.99999 1.00001 0.99998 0.99999 1.00002
1.00000 1.00003 0.99999 1.00001 0.99996
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1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002
1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00001
0.99997 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
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1.00001 1.00002 1.00001 1.00000 1.00004
1.00000 0.99999 0.99997 0.99999 0.99999
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1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00002
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001
1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 0.99998
1.00002 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001
1.00002 1.00001 1.00000 0.99998 1.00002
1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 1.00001
0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 0.99996
1.00005
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260522123717486593.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260522123717486593.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260522123717486593.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260522123717486593.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 2923
First residue number = 1
Last residue number = 218
Number of atoms found = 22435
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9869E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9916E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9918E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9968E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9978E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.9509E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.4962E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.6343E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.6361E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1081
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.85
Bfactors> 106 vectors, 67305 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.006951
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.414 for 2923 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.220 +/- 0.19
Bfactors> = 70.617 +/- 25.28
Bfactors> Shiftng-fct= 70.397
Bfactors> Scaling-fct= 133.871
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260522123717486593.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260522123717486593.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 521.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 523.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.3
Chkmod> 106 vectors, 67305 coordinates in file.
Chkmod> That is: 22435 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 55 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260522123717486593.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260522123717486593.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260522123717486593.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 9
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
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MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
11 models are in 260522123717486593.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260522123717486593.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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260522123717486593.11.pdb
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260522123717486593.8.pdb
260522123717486593.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 4m9.075s
user 4m7.577s
sys 0m1.360s
rm: cannot remove '260522123717486593.sdijf': No such file or directory
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pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
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