*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260522130405499243.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260522130405499243.atom to be opened.
Openam> File opened: 260522130405499243.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1028
First residue number = 1
Last residue number = 445
Number of atoms found = 7894
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 6.282961 +/- 18.924383 From: -36.181000 To: 54.285000
= 2.544573 +/- 21.416864 From: -43.170000 To: 57.637000
= -4.215633 +/- 20.402334 From: -52.602000 To: 35.310000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.0669 % Filled.
Pdbmat> 2991909 non-zero elements.
Pdbmat> 327225 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 82.90 +/- 23.90
Maximum number = 137
Minimum number = 12
Pdbmat> Matrix trace = 6.544500E+06
Pdbmat> Larger element = 494.976
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1028 non-zero elements, NRBL set to 6
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260522130405499243.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 6
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260522130405499243.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260522130405499243.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 7894 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 6 residue(s) per block.
Blocpdb> 1028 residues.
Blocpdb> 49 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 38 atoms in block 2
Block first atom: 50
Blocpdb> 39 atoms in block 3
Block first atom: 88
Blocpdb> 48 atoms in block 4
Block first atom: 127
Blocpdb> 52 atoms in block 5
Block first atom: 175
Blocpdb> 40 atoms in block 6
Block first atom: 227
Blocpdb> 37 atoms in block 7
Block first atom: 267
Blocpdb> 41 atoms in block 8
Block first atom: 304
Blocpdb> 37 atoms in block 9
Block first atom: 345
Blocpdb> 54 atoms in block 10
Block first atom: 382
Blocpdb> 38 atoms in block 11
Block first atom: 436
Blocpdb> 48 atoms in block 12
Block first atom: 474
Blocpdb> 44 atoms in block 13
Block first atom: 522
Blocpdb> 45 atoms in block 14
Block first atom: 566
Blocpdb> 40 atoms in block 15
Block first atom: 611
Blocpdb> 53 atoms in block 16
Block first atom: 651
Blocpdb> 52 atoms in block 17
Block first atom: 704
Blocpdb> 45 atoms in block 18
Block first atom: 756
Blocpdb> 37 atoms in block 19
Block first atom: 801
Blocpdb> 44 atoms in block 20
Block first atom: 838
Blocpdb> 59 atoms in block 21
Block first atom: 882
Blocpdb> 43 atoms in block 22
Block first atom: 941
Blocpdb> 43 atoms in block 23
Block first atom: 984
Blocpdb> 52 atoms in block 24
Block first atom: 1027
Blocpdb> 49 atoms in block 25
Block first atom: 1079
Blocpdb> 48 atoms in block 26
Block first atom: 1128
Blocpdb> 41 atoms in block 27
Block first atom: 1176
Blocpdb> 46 atoms in block 28
Block first atom: 1217
Blocpdb> 47 atoms in block 29
Block first atom: 1263
Blocpdb> 44 atoms in block 30
Block first atom: 1310
Blocpdb> 37 atoms in block 31
Block first atom: 1354
Blocpdb> 55 atoms in block 32
Block first atom: 1391
Blocpdb> 44 atoms in block 33
Block first atom: 1446
Blocpdb> 49 atoms in block 34
Block first atom: 1490
Blocpdb> 56 atoms in block 35
Block first atom: 1539
Blocpdb> 45 atoms in block 36
Block first atom: 1595
Blocpdb> 49 atoms in block 37
Block first atom: 1640
Blocpdb> 48 atoms in block 38
Block first atom: 1689
Blocpdb> 48 atoms in block 39
Block first atom: 1737
Blocpdb> 43 atoms in block 40
Block first atom: 1785
Blocpdb> 42 atoms in block 41
Block first atom: 1828
Blocpdb> 42 atoms in block 42
Block first atom: 1870
Blocpdb> 43 atoms in block 43
Block first atom: 1912
Blocpdb> 50 atoms in block 44
Block first atom: 1955
Blocpdb> 42 atoms in block 45
Block first atom: 2005
Blocpdb> 56 atoms in block 46
Block first atom: 2047
Blocpdb> 41 atoms in block 47
Block first atom: 2103
Blocpdb> 50 atoms in block 48
Block first atom: 2144
Blocpdb> 39 atoms in block 49
Block first atom: 2194
Blocpdb> 40 atoms in block 50
Block first atom: 2233
Blocpdb> 40 atoms in block 51
Block first atom: 2273
Blocpdb> 50 atoms in block 52
Block first atom: 2313
Blocpdb> 44 atoms in block 53
Block first atom: 2363
Blocpdb> 47 atoms in block 54
Block first atom: 2407
Blocpdb> 58 atoms in block 55
Block first atom: 2454
Blocpdb> 40 atoms in block 56
Block first atom: 2512
Blocpdb> 44 atoms in block 57
Block first atom: 2552
Blocpdb> 49 atoms in block 58
Block first atom: 2596
Blocpdb> 42 atoms in block 59
Block first atom: 2645
Blocpdb> 42 atoms in block 60
Block first atom: 2687
Blocpdb> 49 atoms in block 61
Block first atom: 2729
Blocpdb> 40 atoms in block 62
Block first atom: 2778
Blocpdb> 40 atoms in block 63
Block first atom: 2818
Blocpdb> 43 atoms in block 64
Block first atom: 2858
Blocpdb> 44 atoms in block 65
Block first atom: 2901
Blocpdb> 33 atoms in block 66
Block first atom: 2945
Blocpdb> 46 atoms in block 67
Block first atom: 2978
Blocpdb> 48 atoms in block 68
Block first atom: 3024
Blocpdb> 49 atoms in block 69
Block first atom: 3072
Blocpdb> 45 atoms in block 70
Block first atom: 3121
Blocpdb> 43 atoms in block 71
Block first atom: 3166
Blocpdb> 43 atoms in block 72
Block first atom: 3209
Blocpdb> 44 atoms in block 73
Block first atom: 3252
Blocpdb> 40 atoms in block 74
Block first atom: 3296
Blocpdb> 52 atoms in block 75
Block first atom: 3336
Blocpdb> 37 atoms in block 76
Block first atom: 3388
Blocpdb> 47 atoms in block 77
Block first atom: 3425
Blocpdb> 48 atoms in block 78
Block first atom: 3472
Blocpdb> 46 atoms in block 79
Block first atom: 3520
Blocpdb> 40 atoms in block 80
Block first atom: 3566
Blocpdb> 47 atoms in block 81
Block first atom: 3606
Blocpdb> 37 atoms in block 82
Block first atom: 3653
Blocpdb> 45 atoms in block 83
Block first atom: 3690
Blocpdb> 46 atoms in block 84
Block first atom: 3735
Blocpdb> 56 atoms in block 85
Block first atom: 3781
Blocpdb> 42 atoms in block 86
Block first atom: 3837
Blocpdb> 54 atoms in block 87
Block first atom: 3879
Blocpdb> 43 atoms in block 88
Block first atom: 3933
Blocpdb> 47 atoms in block 89
Block first atom: 3976
Blocpdb> 45 atoms in block 90
Block first atom: 4023
Blocpdb> 51 atoms in block 91
Block first atom: 4068
Blocpdb> 56 atoms in block 92
Block first atom: 4119
Blocpdb> 54 atoms in block 93
Block first atom: 4175
Blocpdb> 48 atoms in block 94
Block first atom: 4229
Blocpdb> 46 atoms in block 95
Block first atom: 4277
Blocpdb> 44 atoms in block 96
Block first atom: 4323
Blocpdb> 43 atoms in block 97
Block first atom: 4367
Blocpdb> 53 atoms in block 98
Block first atom: 4410
Blocpdb> 49 atoms in block 99
Block first atom: 4463
Blocpdb> 48 atoms in block 100
Block first atom: 4512
Blocpdb> 8 atoms in block 101
Block first atom: 4560
Blocpdb> 47 atoms in block 102
Block first atom: 4568
Blocpdb> 39 atoms in block 103
Block first atom: 4615
Blocpdb> 39 atoms in block 104
Block first atom: 4654
Blocpdb> 45 atoms in block 105
Block first atom: 4693
Blocpdb> 50 atoms in block 106
Block first atom: 4738
Blocpdb> 44 atoms in block 107
Block first atom: 4788
Blocpdb> 44 atoms in block 108
Block first atom: 4832
Blocpdb> 45 atoms in block 109
Block first atom: 4876
Blocpdb> 51 atoms in block 110
Block first atom: 4921
Blocpdb> 50 atoms in block 111
Block first atom: 4972
Blocpdb> 40 atoms in block 112
Block first atom: 5022
Blocpdb> 50 atoms in block 113
Block first atom: 5062
Blocpdb> 51 atoms in block 114
Block first atom: 5112
Blocpdb> 52 atoms in block 115
Block first atom: 5163
Blocpdb> 45 atoms in block 116
Block first atom: 5215
Blocpdb> 51 atoms in block 117
Block first atom: 5260
Blocpdb> 53 atoms in block 118
Block first atom: 5311
Blocpdb> 55 atoms in block 119
Block first atom: 5364
Blocpdb> 50 atoms in block 120
Block first atom: 5419
Blocpdb> 51 atoms in block 121
Block first atom: 5469
Blocpdb> 47 atoms in block 122
Block first atom: 5520
Blocpdb> 43 atoms in block 123
Block first atom: 5567
Blocpdb> 55 atoms in block 124
Block first atom: 5610
Blocpdb> 51 atoms in block 125
Block first atom: 5665
Blocpdb> 43 atoms in block 126
Block first atom: 5716
Blocpdb> 47 atoms in block 127
Block first atom: 5759
Blocpdb> 47 atoms in block 128
Block first atom: 5806
Blocpdb> 48 atoms in block 129
Block first atom: 5853
Blocpdb> 45 atoms in block 130
Block first atom: 5901
Blocpdb> 44 atoms in block 131
Block first atom: 5946
Blocpdb> 50 atoms in block 132
Block first atom: 5990
Blocpdb> 45 atoms in block 133
Block first atom: 6040
Blocpdb> 50 atoms in block 134
Block first atom: 6085
Blocpdb> 47 atoms in block 135
Block first atom: 6135
Blocpdb> 41 atoms in block 136
Block first atom: 6182
Blocpdb> 41 atoms in block 137
Block first atom: 6223
Blocpdb> 44 atoms in block 138
Block first atom: 6264
Blocpdb> 36 atoms in block 139
Block first atom: 6308
Blocpdb> 58 atoms in block 140
Block first atom: 6344
Blocpdb> 47 atoms in block 141
Block first atom: 6402
Blocpdb> 49 atoms in block 142
Block first atom: 6449
Blocpdb> 38 atoms in block 143
Block first atom: 6498
Blocpdb> 38 atoms in block 144
Block first atom: 6536
Blocpdb> 45 atoms in block 145
Block first atom: 6574
Blocpdb> 53 atoms in block 146
Block first atom: 6619
Blocpdb> 55 atoms in block 147
Block first atom: 6672
Blocpdb> 46 atoms in block 148
Block first atom: 6727
Blocpdb> 51 atoms in block 149
Block first atom: 6773
Blocpdb> 48 atoms in block 150
Block first atom: 6824
Blocpdb> 45 atoms in block 151
Block first atom: 6872
Blocpdb> 52 atoms in block 152
Block first atom: 6917
Blocpdb> 55 atoms in block 153
Block first atom: 6969
Blocpdb> 43 atoms in block 154
Block first atom: 7024
Blocpdb> 37 atoms in block 155
Block first atom: 7067
Blocpdb> 43 atoms in block 156
Block first atom: 7104
Blocpdb> 46 atoms in block 157
Block first atom: 7147
Blocpdb> 46 atoms in block 158
Block first atom: 7193
Blocpdb> 49 atoms in block 159
Block first atom: 7239
Blocpdb> 40 atoms in block 160
Block first atom: 7288
Blocpdb> 49 atoms in block 161
Block first atom: 7328
Blocpdb> 45 atoms in block 162
Block first atom: 7377
Blocpdb> 39 atoms in block 163
Block first atom: 7422
Blocpdb> 44 atoms in block 164
Block first atom: 7461
Blocpdb> 42 atoms in block 165
Block first atom: 7505
Blocpdb> 53 atoms in block 166
Block first atom: 7547
Blocpdb> 44 atoms in block 167
Block first atom: 7600
Blocpdb> 45 atoms in block 168
Block first atom: 7644
Blocpdb> 53 atoms in block 169
Block first atom: 7689
Blocpdb> 46 atoms in block 170
Block first atom: 7742
Blocpdb> 48 atoms in block 171
Block first atom: 7788
Blocpdb> 50 atoms in block 172
Block first atom: 7836
Blocpdb> 9 atoms in block 173
Block first atom: 7885
Blocpdb> 173 blocks.
Blocpdb> At most, 59 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2992082 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 23682
Prepmat> Matrix trace = 6544500.0000
Prepmat> Last element read: 23682 23682 65.5214
Prepmat> 15052 lines saved.
Prepmat> 13496 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 7894
RTB> Total mass = 7894.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 7894
RTB> Number of blocks = 173
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 199950.1076
RTB> 53385 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1038
Diagstd> Nb of non-zero elements: 53385
Diagstd> Projected matrix trace = 199950.1076
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1038 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 199950.1076
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0929269 0.1258164 0.3723472 0.4488980
0.6306318 0.8343768 1.3009091 1.7233327 2.0430953
2.2946451 2.9431553 3.2161714 3.4882903 4.2171691
4.3080725 4.9116255 5.5518722 6.1014233 6.8405193
7.3555075 8.0559891 8.6460649 9.1060760 9.4411832
9.8564534 10.1617648 11.0210816 12.0651171 12.6270820
13.1964711 13.8507728 14.3022123 14.8187328 15.4742694
15.6899198 16.3019247 16.5611649 16.9739908 17.3777302
17.4943917 17.9133883 18.6044468 18.8401965 19.7433893
19.9063100 20.3645771 20.8015165 21.8068841 21.9055243
22.6228125 22.8631152 23.1847552 23.4364407 23.5117861
24.1280421 25.1017280 25.5067143 26.1126320 26.3724152
26.4900351 26.9238923 27.3904910 28.3772792 28.7668898
29.2111738 29.4151322 29.9528832 30.3198524 30.7219980
31.3133960 32.1568161 32.2895307 32.7983738 32.8893682
33.2039259 33.9380153 34.2057164 34.4497827 34.8858369
35.8742664 36.3206179 36.6520737 36.9813254 37.0923534
37.1144153 37.7319455 37.8744033 37.9998221 38.4207538
38.7763816 38.9889089 39.2592650 39.8129538 40.0102402
40.5718038 40.6348464 41.0101149 41.6906467 42.0387062
42.5464873
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034323 0.0034328 0.0034328 0.0034334 0.0034336
0.0034343 33.1028946 38.5180221 66.2627262 72.7560480
86.2349307 99.1919389 123.8564864 142.5541428 155.2171096
164.4951289 186.2952877 194.7443541 202.8157096 223.0004753
225.3911095 240.6622104 255.8674326 268.2321667 284.0140453
294.5110554 308.2156710 319.3041221 327.6882853 333.6633391
340.9224625 346.1623650 360.5017605 377.1907646 385.8751222
394.4792692 404.1404152 410.6736994 418.0236130 427.1696182
430.1358514 438.4445961 441.9170129 447.3910189 452.6805197
454.1974629 459.6043708 468.3857360 471.3440117 482.5097956
484.4965193 490.0416332 495.2708633 507.0982226 508.2438195
516.4979219 519.2338326 522.8733870 525.7037900 526.5481502
533.4040650 544.0603667 548.4316867 554.9075123 557.6609480
558.9031370 563.4614427 568.3229434 578.4697547 582.4273160
586.9076692 588.9530595 594.3121332 597.9416720 601.8939923
607.6596023 615.7888220 617.0582267 621.9012585 622.7633492
625.7343529 632.6135660 635.1036750 637.3654589 641.3865575
650.4093781 654.4431020 657.4224879 660.3687546 661.3593151
661.5559681 667.0369305 668.2949513 669.4005455 673.0978773
676.2058456 678.0564028 680.4032233 685.1844218 686.8799814
691.6835365 692.2207148 695.4097462 701.1559054 704.0766654
708.3161357
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 7894
Rtb_to_modes> Number of blocs = 173
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9904E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9934E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9935E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9968E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9979E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.2927E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1258
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3723
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4489
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6306
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8344
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.301
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.723
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.043
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.295
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.943
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.216
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.488
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.217
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.308
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.912
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.552
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.101
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.841
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.356
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.056
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.646
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.106
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.441
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.856
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.97
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.55
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1038 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001
1.00001 1.00001 0.99998 1.00002 1.00002
1.00001 0.99996 0.99998 0.99999 1.00004
1.00000 1.00001 1.00002 0.99996 0.99999
1.00001 1.00003 1.00000 0.99998 1.00003
0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
0.99998 1.00002 1.00001 0.99998 0.99999
1.00001 1.00003 0.99997 0.99999 1.00000
0.99997 1.00000 1.00000 1.00000 1.00005
1.00000 1.00002 1.00001 0.99999 1.00002
1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00001
1.00000 0.99998 1.00003 1.00000 1.00004
1.00001 0.99999 1.00002 0.99996 0.99999
1.00000 1.00001 0.99997 0.99996 1.00001
0.99999 0.99997 1.00000 0.99997 1.00000
0.99999 0.99997 1.00002 0.99997 1.00002
0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 1.00000
1.00004 1.00002 1.00003 1.00000 0.99999
1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 0.99997
1.00000 1.00003 0.99998 1.00000 1.00000
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 142092 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001
1.00001 1.00001 0.99998 1.00002 1.00002
1.00001 0.99996 0.99998 0.99999 1.00004
1.00000 1.00001 1.00002 0.99996 0.99999
1.00001 1.00003 1.00000 0.99998 1.00003
0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
0.99998 1.00002 1.00001 0.99998 0.99999
1.00001 1.00003 0.99997 0.99999 1.00000
0.99997 1.00000 1.00000 1.00000 1.00005
1.00000 1.00002 1.00001 0.99999 1.00002
1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00001
1.00000 0.99998 1.00003 1.00000 1.00004
1.00001 0.99999 1.00002 0.99996 0.99999
1.00000 1.00001 0.99997 0.99996 1.00001
0.99999 0.99997 1.00000 0.99997 1.00000
0.99999 0.99997 1.00002 0.99997 1.00002
0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 1.00000
1.00004 1.00002 1.00003 1.00000 0.99999
1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 0.99997
1.00000 1.00003 0.99998 1.00000 1.00000
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260522130405499243.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260522130405499243.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260522130405499243.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260522130405499243.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1028
First residue number = 1
Last residue number = 445
Number of atoms found = 7894
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9904E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9934E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9935E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9968E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9979E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.2927E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1258
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3723
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4489
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6306
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8344
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.301
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.723
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.043
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.295
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.943
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.216
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.488
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.217
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.308
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.912
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.552
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.101
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.841
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.356
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.056
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.646
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.106
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.441
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.856
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.55
Bfactors> 106 vectors, 23682 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.092927
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.754 for 1028 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.066 +/- 0.10
Bfactors> = 74.822 +/- 27.28
Bfactors> Shiftng-fct= 74.756
Bfactors> Scaling-fct= 268.558
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260522130405499243.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260522130405499243.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 33.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 38.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 66.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 72.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 86.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 123.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 155.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 164.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 194.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 202.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 223.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 225.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 240.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 255.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 268.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 284.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 294.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 319.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 327.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 333.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 340.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 346.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 360.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 385.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 394.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 404.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 410.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 418.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 430.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 441.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 447.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 452.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 454.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 468.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 471.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 484.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 507.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 526.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 544.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 548.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 558.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 568.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 597.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 607.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 615.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 621.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 622.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 625.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 632.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 635.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 637.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 641.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 650.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 657.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 667.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 678.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 680.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 685.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 695.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 704.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 708.3
Chkmod> 106 vectors, 23682 coordinates in file.
Chkmod> That is: 7894 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.9885
0.0034 0.7201
0.0034 0.8667
0.0034 0.8757
0.0034 0.7255
0.0034 0.6592
33.1015 0.3391
38.5139 0.2747
66.2557 0.4746
72.7531 0.2504
86.2291 0.2553
99.1891 0.4292
123.8555 0.5264
142.5343 0.4638
155.2068 0.4392
164.5008 0.5518
186.2824 0.5199
194.7308 0.3727
202.7986 0.3518
222.9864 0.4558
225.3795 0.2113
240.6611 0.3362
255.8594 0.5086
268.2113 0.2963
284.0118 0.1265
294.5083 0.2857
308.2026 0.5359
319.2892 0.3746
327.6729 0.1940
333.6458 0.3509
340.9000 0.3198
346.1174 0.4837
360.4686 0.4475
377.2509 0.5835
385.9031 0.4356
394.5151 0.4573
404.1118 0.4612
410.6243 0.4881
418.0235 0.2554
427.0924 0.3378
430.1185 0.2393
438.3999 0.4498
441.8825 0.3242
447.3192 0.2806
452.6906 0.2499
454.1210 0.3679
459.5412 0.4522
468.3097 0.2529
471.3213 0.3351
482.4477 0.4022
484.5206 0.3237
489.9655 0.4016
495.2315 0.2724
507.1127 0.3008
508.2739 0.4664
516.4436 0.3903
519.1762 0.0083
522.7973 0.3326
525.7211 0.5396
526.5055 0.3358
533.4028 0.4342
544.0183 0.3202
548.4435 0.3074
554.8557 0.3171
557.6115 0.4012
558.8788 0.4161
563.3965 0.3713
568.2935 0.2185
578.4727 0.3430
582.4338 0.3279
586.8707 0.3797
588.9765 0.3071
594.2580 0.2969
597.9175 0.0883
601.8486 0.4815
607.6006 0.2363
615.7929 0.2265
617.0362 0.3021
621.8900 0.3197
622.7426 0.4921
625.6705 0.4011
632.6049 0.3326
635.1162 0.3854
637.3401 0.3117
641.3973 0.4959
650.3428 0.2890
654.4094 0.4092
657.3757 0.1904
660.3286 0.3815
661.3099 0.3863
661.4882 0.1247
666.9911 0.2950
668.2274 0.2884
669.3734 0.3354
673.0624 0.2970
676.2084 0.3472
678.0368 0.4269
680.3804 0.3423
685.1296 0.3596
686.8484 0.1517
691.6385 0.0978
692.1497 0.1674
695.3789 0.4227
701.1204 0.4149
704.0573 0.5185
708.3150 0.3579
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 260522130405499243 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
making animated gifs
11 models are in 260522130405499243.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260522130405499243.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260522130405499243.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 260522130405499243 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
making animated gifs
11 models are in 260522130405499243.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260522130405499243.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260522130405499243.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 260522130405499243 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
making animated gifs
11 models are in 260522130405499243.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260522130405499243.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260522130405499243.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 260522130405499243 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
making animated gifs
11 models are in 260522130405499243.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260522130405499243.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260522130405499243.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 260522130405499243 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260522130405499243.eigenfacs
260522130405499243.atom
making animated gifs
11 models are in 260522130405499243.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260522130405499243.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260522130405499243.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
260522130405499243.10.pdb
260522130405499243.11.pdb
260522130405499243.7.pdb
260522130405499243.8.pdb
260522130405499243.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m39.933s
user 0m39.658s
sys 0m0.254s
rm: cannot remove '260522130405499243.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: april 24th, 2026.
|
