*** lig9 ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260524072551982495.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260524072551982495.atom to be opened.
Openam> File opened: 260524072551982495.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1789
First residue number = 1
Last residue number = 738
Number of atoms found = 17147
Mean number per residue = 9.6
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.531869 +/- 48.421801 From: -115.441000 To: 84.568000
= -0.346606 +/- 19.784714 From: -44.975000 To: 50.180000
= 1.190398 +/- 31.091196 From: -108.129000 To: 85.679000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'UNK ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> 1 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is -0.8925 % Filled.
Pdbmat> 7357722 non-zero elements.
Pdbmat> 806225 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 94.04 +/- 31.17
Maximum number = 162
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 1.612450E+07
Pdbmat> Larger element = 609.678
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1789 non-zero elements, NRBL set to 9
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260524072551982495.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 9
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260524072551982495.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260524072551982495.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 17147 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 9 residue(s) per block.
Blocpdb> 1789 residues.
Blocpdb> 69 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 73 atoms in block 2
Block first atom: 70
Blocpdb> 88 atoms in block 3
Block first atom: 143
Blocpdb> 63 atoms in block 4
Block first atom: 231
Blocpdb> 79 atoms in block 5
Block first atom: 294
Blocpdb> 92 atoms in block 6
Block first atom: 373
Blocpdb> 76 atoms in block 7
Block first atom: 465
Blocpdb> 91 atoms in block 8
Block first atom: 541
Blocpdb> 105 atoms in block 9
Block first atom: 632
Blocpdb> 75 atoms in block 10
Block first atom: 737
Blocpdb> 85 atoms in block 11
Block first atom: 812
Blocpdb> 82 atoms in block 12
Block first atom: 897
Blocpdb> 95 atoms in block 13
Block first atom: 979
Blocpdb> 86 atoms in block 14
Block first atom: 1074
Blocpdb> 84 atoms in block 15
Block first atom: 1160
Blocpdb> 66 atoms in block 16
Block first atom: 1244
Blocpdb> 99 atoms in block 17
Block first atom: 1310
Blocpdb> 85 atoms in block 18
Block first atom: 1409
Blocpdb> 98 atoms in block 19
Block first atom: 1494
Blocpdb> 92 atoms in block 20
Block first atom: 1592
Blocpdb> 94 atoms in block 21
Block first atom: 1684
Blocpdb> 89 atoms in block 22
Block first atom: 1778
Blocpdb> 85 atoms in block 23
Block first atom: 1867
Blocpdb> 74 atoms in block 24
Block first atom: 1952
Blocpdb> 77 atoms in block 25
Block first atom: 2026
Blocpdb> 98 atoms in block 26
Block first atom: 2103
Blocpdb> 104 atoms in block 27
Block first atom: 2201
Blocpdb> 93 atoms in block 28
Block first atom: 2305
Blocpdb> 88 atoms in block 29
Block first atom: 2398
Blocpdb> 81 atoms in block 30
Block first atom: 2486
Blocpdb> 87 atoms in block 31
Block first atom: 2567
Blocpdb> 90 atoms in block 32
Block first atom: 2654
Blocpdb> 80 atoms in block 33
Block first atom: 2744
Blocpdb> 99 atoms in block 34
Block first atom: 2824
Blocpdb> 77 atoms in block 35
Block first atom: 2923
Blocpdb> 70 atoms in block 36
Block first atom: 3000
Blocpdb> 91 atoms in block 37
Block first atom: 3070
Blocpdb> 85 atoms in block 38
Block first atom: 3161
Blocpdb> 83 atoms in block 39
Block first atom: 3246
Blocpdb> 86 atoms in block 40
Block first atom: 3329
Blocpdb> 78 atoms in block 41
Block first atom: 3415
Blocpdb> 72 atoms in block 42
Block first atom: 3493
Blocpdb> 67 atoms in block 43
Block first atom: 3565
Blocpdb> 88 atoms in block 44
Block first atom: 3632
Blocpdb> 68 atoms in block 45
Block first atom: 3720
Blocpdb> 91 atoms in block 46
Block first atom: 3788
Blocpdb> 92 atoms in block 47
Block first atom: 3879
Blocpdb> 83 atoms in block 48
Block first atom: 3971
Blocpdb> 76 atoms in block 49
Block first atom: 4054
Blocpdb> 77 atoms in block 50
Block first atom: 4130
Blocpdb> 89 atoms in block 51
Block first atom: 4207
Blocpdb> 77 atoms in block 52
Block first atom: 4296
Blocpdb> 93 atoms in block 53
Block first atom: 4373
Blocpdb> 90 atoms in block 54
Block first atom: 4466
Blocpdb> 71 atoms in block 55
Block first atom: 4556
Blocpdb> 78 atoms in block 56
Block first atom: 4627
Blocpdb> 82 atoms in block 57
Block first atom: 4705
Blocpdb> 106 atoms in block 58
Block first atom: 4787
Blocpdb> 89 atoms in block 59
Block first atom: 4893
Blocpdb> 112 atoms in block 60
Block first atom: 4982
Blocpdb> 75 atoms in block 61
Block first atom: 5094
Blocpdb> 89 atoms in block 62
Block first atom: 5169
Blocpdb> 88 atoms in block 63
Block first atom: 5258
Blocpdb> 101 atoms in block 64
Block first atom: 5346
Blocpdb> 86 atoms in block 65
Block first atom: 5447
Blocpdb> 99 atoms in block 66
Block first atom: 5533
Blocpdb> 86 atoms in block 67
Block first atom: 5632
Blocpdb> 81 atoms in block 68
Block first atom: 5718
Blocpdb> 96 atoms in block 69
Block first atom: 5799
Blocpdb> 84 atoms in block 70
Block first atom: 5895
Blocpdb> 88 atoms in block 71
Block first atom: 5979
Blocpdb> 96 atoms in block 72
Block first atom: 6067
Blocpdb> 102 atoms in block 73
Block first atom: 6163
Blocpdb> 93 atoms in block 74
Block first atom: 6265
Blocpdb> 106 atoms in block 75
Block first atom: 6358
Blocpdb> 76 atoms in block 76
Block first atom: 6464
Blocpdb> 72 atoms in block 77
Block first atom: 6540
Blocpdb> 75 atoms in block 78
Block first atom: 6612
Blocpdb> 85 atoms in block 79
Block first atom: 6687
Blocpdb> 95 atoms in block 80
Block first atom: 6772
Blocpdb> 93 atoms in block 81
Block first atom: 6867
Blocpdb> 79 atoms in block 82
Block first atom: 6960
Blocpdb> 97 atoms in block 83
Block first atom: 7039
Blocpdb> 86 atoms in block 84
Block first atom: 7136
Blocpdb> 85 atoms in block 85
Block first atom: 7222
Blocpdb> 87 atoms in block 86
Block first atom: 7307
Blocpdb> 98 atoms in block 87
Block first atom: 7394
Blocpdb> 71 atoms in block 88
Block first atom: 7492
Blocpdb> 76 atoms in block 89
Block first atom: 7563
Blocpdb> 93 atoms in block 90
Block first atom: 7639
Blocpdb> 63 atoms in block 91
Block first atom: 7732
Blocpdb> 73 atoms in block 92
Block first atom: 7795
Blocpdb> 92 atoms in block 93
Block first atom: 7868
Blocpdb> 92 atoms in block 94
Block first atom: 7960
Blocpdb> 80 atoms in block 95
Block first atom: 8052
Blocpdb> 81 atoms in block 96
Block first atom: 8132
Blocpdb> 76 atoms in block 97
Block first atom: 8213
Blocpdb> 102 atoms in block 98
Block first atom: 8289
Blocpdb> 86 atoms in block 99
Block first atom: 8391
Blocpdb> 70 atoms in block 100
Block first atom: 8477
Blocpdb> 84 atoms in block 101
Block first atom: 8547
Blocpdb> 77 atoms in block 102
Block first atom: 8631
Blocpdb> 87 atoms in block 103
Block first atom: 8708
Blocpdb> 73 atoms in block 104
Block first atom: 8795
Blocpdb> 96 atoms in block 105
Block first atom: 8868
Blocpdb> 101 atoms in block 106
Block first atom: 8964
Blocpdb> 97 atoms in block 107
Block first atom: 9065
Blocpdb> 89 atoms in block 108
Block first atom: 9162
Blocpdb> 90 atoms in block 109
Block first atom: 9251
Blocpdb> 89 atoms in block 110
Block first atom: 9341
Blocpdb> 78 atoms in block 111
Block first atom: 9430
Blocpdb> 83 atoms in block 112
Block first atom: 9508
Blocpdb> 66 atoms in block 113
Block first atom: 9591
Blocpdb> 87 atoms in block 114
Block first atom: 9657
Blocpdb> 109 atoms in block 115
Block first atom: 9744
Blocpdb> 100 atoms in block 116
Block first atom: 9853
Blocpdb> 86 atoms in block 117
Block first atom: 9953
Blocpdb> 78 atoms in block 118
Block first atom: 10039
Blocpdb> 96 atoms in block 119
Block first atom: 10117
Blocpdb> 71 atoms in block 120
Block first atom: 10213
Blocpdb> 94 atoms in block 121
Block first atom: 10284
Blocpdb> 79 atoms in block 122
Block first atom: 10378
Blocpdb> 76 atoms in block 123
Block first atom: 10457
Blocpdb> 87 atoms in block 124
Block first atom: 10533
Blocpdb> 83 atoms in block 125
Block first atom: 10620
Blocpdb> 86 atoms in block 126
Block first atom: 10703
Blocpdb> 77 atoms in block 127
Block first atom: 10789
Blocpdb> 92 atoms in block 128
Block first atom: 10866
Blocpdb> 101 atoms in block 129
Block first atom: 10958
Blocpdb> 85 atoms in block 130
Block first atom: 11059
Blocpdb> 89 atoms in block 131
Block first atom: 11144
Blocpdb> 94 atoms in block 132
Block first atom: 11233
Blocpdb> 93 atoms in block 133
Block first atom: 11327
Blocpdb> 94 atoms in block 134
Block first atom: 11420
Blocpdb> 95 atoms in block 135
Block first atom: 11514
Blocpdb> 86 atoms in block 136
Block first atom: 11609
Blocpdb> 82 atoms in block 137
Block first atom: 11695
Blocpdb> 100 atoms in block 138
Block first atom: 11777
Blocpdb> 86 atoms in block 139
Block first atom: 11877
Blocpdb> 86 atoms in block 140
Block first atom: 11963
Blocpdb> 87 atoms in block 141
Block first atom: 12049
Blocpdb> 82 atoms in block 142
Block first atom: 12136
Blocpdb> 92 atoms in block 143
Block first atom: 12218
Blocpdb> 89 atoms in block 144
Block first atom: 12310
Blocpdb> 86 atoms in block 145
Block first atom: 12399
Blocpdb> 76 atoms in block 146
Block first atom: 12485
Blocpdb> 75 atoms in block 147
Block first atom: 12561
Blocpdb> 88 atoms in block 148
Block first atom: 12636
Blocpdb> 90 atoms in block 149
Block first atom: 12724
Blocpdb> 73 atoms in block 150
Block first atom: 12814
Blocpdb> 76 atoms in block 151
Block first atom: 12887
Blocpdb> 87 atoms in block 152
Block first atom: 12963
Blocpdb> 98 atoms in block 153
Block first atom: 13050
Blocpdb> 85 atoms in block 154
Block first atom: 13148
Blocpdb> 92 atoms in block 155
Block first atom: 13233
Blocpdb> 88 atoms in block 156
Block first atom: 13325
Blocpdb> 94 atoms in block 157
Block first atom: 13413
Blocpdb> 74 atoms in block 158
Block first atom: 13507
Blocpdb> 81 atoms in block 159
Block first atom: 13581
Blocpdb> 84 atoms in block 160
Block first atom: 13662
Blocpdb> 78 atoms in block 161
Block first atom: 13746
Blocpdb> 79 atoms in block 162
Block first atom: 13824
Blocpdb> 94 atoms in block 163
Block first atom: 13903
Blocpdb> 86 atoms in block 164
Block first atom: 13997
Blocpdb> 77 atoms in block 165
Block first atom: 14083
Blocpdb> 85 atoms in block 166
Block first atom: 14160
Blocpdb> 91 atoms in block 167
Block first atom: 14245
Blocpdb> 92 atoms in block 168
Block first atom: 14336
Blocpdb> 85 atoms in block 169
Block first atom: 14428
Blocpdb> 87 atoms in block 170
Block first atom: 14513
Blocpdb> 77 atoms in block 171
Block first atom: 14600
Blocpdb> 82 atoms in block 172
Block first atom: 14677
Blocpdb> 87 atoms in block 173
Block first atom: 14759
Blocpdb> 85 atoms in block 174
Block first atom: 14846
Blocpdb> 83 atoms in block 175
Block first atom: 14931
Blocpdb> 95 atoms in block 176
Block first atom: 15014
Blocpdb> 80 atoms in block 177
Block first atom: 15109
Blocpdb> 87 atoms in block 178
Block first atom: 15189
Blocpdb> 98 atoms in block 179
Block first atom: 15276
Blocpdb> 88 atoms in block 180
Block first atom: 15374
Blocpdb> 87 atoms in block 181
Block first atom: 15462
Blocpdb> 71 atoms in block 182
Block first atom: 15549
Blocpdb> 94 atoms in block 183
Block first atom: 15620
Blocpdb> 70 atoms in block 184
Block first atom: 15714
Blocpdb> 78 atoms in block 185
Block first atom: 15784
Blocpdb> 81 atoms in block 186
Block first atom: 15862
Blocpdb> 77 atoms in block 187
Block first atom: 15943
Blocpdb> 87 atoms in block 188
Block first atom: 16020
Blocpdb> 78 atoms in block 189
Block first atom: 16107
Blocpdb> 87 atoms in block 190
Block first atom: 16185
Blocpdb> 95 atoms in block 191
Block first atom: 16272
Blocpdb> 86 atoms in block 192
Block first atom: 16367
Blocpdb> 94 atoms in block 193
Block first atom: 16453
Blocpdb> 94 atoms in block 194
Block first atom: 16547
Blocpdb> 82 atoms in block 195
Block first atom: 16641
Blocpdb> 98 atoms in block 196
Block first atom: 16723
Blocpdb> 89 atoms in block 197
Block first atom: 16821
Blocpdb> 84 atoms in block 198
Block first atom: 16910
Blocpdb> 71 atoms in block 199
Block first atom: 16994
Blocpdb> 83 atoms in block 200
Block first atom: 17064
Blocpdb> 200 blocks.
Blocpdb> At most, 112 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 63 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 7357922 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 51441
Prepmat> Matrix trace = 16124500.0001
Prepmat> Last element read: 51441 51441 15.3047
Prepmat> 20101 lines saved.
Prepmat> 18491 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 17147
RTB> Total mass = 17147.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 17147
RTB> Number of blocks = 200
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 233832.0885
RTB> 54924 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1200
Diagstd> Nb of non-zero elements: 54924
Diagstd> Projected matrix trace = 233832.0885
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1200 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 233832.0885
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0007243 0.0010464 0.0021004 0.0042410
0.0049122 0.0064993 0.0070542 0.0183535 0.0291282
0.0299999 0.0424445 0.0734459 0.0835059 0.0994953
0.1243292 0.1484291 0.1563917 0.1893010 0.1915839
0.2451413 0.2785479 0.3455731 0.3741193 0.3865700
0.3906357 0.4055658 0.4934741 0.5882394 0.6369717
0.6688612 0.7118055 0.8166700 0.8509680 0.9160470
0.9756203 1.2187674 1.2635901 1.3411502 1.4109906
1.5403501 1.6609818 1.7757660 1.8041600 1.8376226
2.0560721 2.0812371 2.3197244 2.4514785 2.6707063
2.7161972 2.9942530 3.3267875 3.3759208 3.6024767
3.9327496 4.3761442 4.4888227 4.5254944 4.8540736
5.0101756 5.2109236 5.3692159 5.4835289 5.7371871
6.2328311 6.3818911 6.5293158 6.8939073 6.9902980
7.1561410 7.3952757 7.7148718 7.9910832 8.4363738
8.6105806 8.8265963 9.3642942 9.5276986 9.6624326
9.8006738 9.9035139 10.1342941 10.3528014 10.8815007
10.9960272 11.2113818 11.4645050 12.0753376 12.2119913
12.8011458 13.0528718 13.4410007 13.6545764 13.6959536
13.9849201 14.1935980 14.3900968 15.0848615 15.2792709
15.6554304
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034322 0.0034331 0.0034333 0.0034343 0.0034348
0.0034351 2.9224174 3.5127329 4.9768039 7.0718092
7.6108480 8.7544541 9.1205305 14.7114240 18.5332583
18.8085587 22.3720594 29.4292374 31.3800679 34.2528452
38.2896832 41.8364468 42.9439582 47.2467292 47.5307590
53.7654751 57.3119528 63.8359373 66.4202216 67.5164130
67.8705271 69.1553748 76.2829486 83.2860634 86.6673143
88.8102911 91.6169735 98.1337893 100.1732813 103.9331668
107.2594797 119.8824738 122.0670337 125.7575292 128.9903865
134.7736552 139.9515524 144.7065370 145.8588555 147.2052970
155.7092622 156.6592543 165.3916104 170.0236472 177.4632150
178.9682237 187.9055150 198.0650328 199.5222823 206.1084846
215.3492826 227.1648294 230.0708014 231.0086787 239.2480781
243.0646225 247.8863613 251.6232187 254.2876971 260.1026561
271.1052691 274.3278980 277.4783585 285.1202076 287.1065663
290.4923658 295.3061309 301.6196531 306.9715349 315.4083501
318.6482220 322.6204647 332.3018845 335.1886354 337.5503155
339.9564207 341.7353748 345.6941517 349.4010628 358.2116268
360.0917593 363.6008174 367.6824777 377.3504932 379.4796774
388.5256554 392.3271072 398.1173287 401.2678789 401.8753956
406.0927862 409.1113517 411.9335249 421.7605392 424.4696032
429.6628314
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 17147
Rtb_to_modes> Number of blocs = 200
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9895E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9949E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9964E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.2426E-04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0464E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.1004E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.2410E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.9122E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.4993E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.0542E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.8353E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.9128E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.0000E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.2444E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.3446E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.3506E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9495E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1243
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1484
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1564
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1893
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1916
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2451
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2785
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3456
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3741
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3866
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3906
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4056
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4935
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5882
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6370
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6689
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7118
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8167
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8510
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9160
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9756
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.219
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.264
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.341
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.411
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.540
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.661
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.776
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.804
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.838
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.056
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.081
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.320
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.451
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.671
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.716
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.994
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.327
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.376
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.602
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.933
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.376
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.489
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.525
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.854
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.010
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.211
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.369
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.484
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.737
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.233
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.382
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.529
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.894
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.990
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.156
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.395
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.715
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.991
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.436
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.611
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.827
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.364
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.528
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.662
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.801
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.904
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.66
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1200 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 0.99998 0.99997 1.00001 1.00000
0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 1.00006
0.99998 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001
0.99995 1.00001 1.00002 1.00005 1.00001
1.00002 1.00001 0.99999 0.99998 1.00000
1.00003 0.99999 0.99996 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 1.00002 1.00003 1.00003
1.00001 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000
0.99995 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001
1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000 0.99994 1.00001 0.99998 1.00000
1.00000 1.00000 0.99999 1.00004 1.00000
0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 1.00001
1.00000 1.00003 0.99998 0.99999 0.99999
0.99998 0.99998 1.00000 1.00000 1.00003
1.00001 1.00000 1.00002 0.99998 0.99996
1.00000 0.99996 0.99999 1.00000 1.00003
1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 1.00002
1.00003 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998
1.00001 1.00004 1.00002 0.99998 1.00001
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 308646 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000
1.00000 0.99998 0.99997 1.00001 1.00000
0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 1.00006
0.99998 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001
0.99995 1.00001 1.00002 1.00005 1.00001
1.00002 1.00001 0.99999 0.99998 1.00000
1.00003 0.99999 0.99996 1.00000 1.00000
0.99999 0.99999 1.00002 1.00003 1.00003
1.00001 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000
0.99995 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001
1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000 0.99994 1.00001 0.99998 1.00000
1.00000 1.00000 0.99999 1.00004 1.00000
0.99999 1.00002 1.00001 1.00000 1.00001
1.00000 1.00003 0.99998 0.99999 0.99999
0.99998 0.99998 1.00000 1.00000 1.00003
1.00001 1.00000 1.00002 0.99998 0.99996
1.00000 0.99996 0.99999 1.00000 1.00003
1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 1.00002
1.00003 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998
1.00001 1.00004 1.00002 0.99998 1.00001
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260524072551982495.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260524072551982495.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260524072551982495.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260524072551982495.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1789
First residue number = 1
Last residue number = 738
Number of atoms found = 17147
Mean number per residue = 9.6
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9895E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9949E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9964E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.2426E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0464E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.1004E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.2410E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.9122E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.4993E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.0542E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.8353E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.9128E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.0000E-02
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.66
Bfactors> 106 vectors, 51441 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000724
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.413 for 1789 C-alpha atoms.
Bfactors> = 3.191 +/- 21.62
Bfactors> = 81.066 +/- 15.70
Bfactors> Shiftng-fct= 77.875
Bfactors> Scaling-fct= 0.726
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260524072551982495.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260524072551982495.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 429.7
Chkmod> 106 vectors, 51441 coordinates in file.
Chkmod> That is: 17147 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 15 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 46 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 57 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 64 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.8946
0.0034 0.7487
0.0034 0.8896
0.0034 0.7890
0.0034 0.8837
0.0034 0.9395
2.9223 0.0225
3.5126 0.0146
4.9765 0.0123
7.0715 0.0568
7.6105 0.0094
8.7541 0.0221
9.1201 0.0512
14.7106 0.4475
18.5324 0.0372
18.8078 0.0573
22.3710 0.0792
29.4280 0.0083
31.3787 0.3583
34.2513 0.4057
38.2835 0.0067
41.8306 0.0385
42.9433 0.0388
47.2446 0.0086
47.5307 0.1427
53.7586 0.0553
57.3046 0.1376
63.8357 0.0928
66.4157 0.0174
67.5161 0.0367
67.8645 0.0681
69.1553 0.0720
76.2817 0.0732
83.2797 0.5215
86.6655 0.2322
88.8091 0.0221
91.6127 0.0404
98.1314 0.0070
100.1709 0.1348
103.9260 0.0827
107.2538 0.0463
119.8888 0.4117
122.0816 0.1545
125.7451 0.1728
128.9853 0.7088
134.7526 0.0126
139.9463 0.5604
144.7099 0.0167
145.8461 0.3116
147.2141 0.0763
155.6998 0.2190
156.6436 0.0866
165.3943 0.2348
169.9998 0.4208
177.4654 0.4309
178.9540 0.4635
187.8895 0.1090
198.0629 0.1051
199.5161 0.3001
206.0860 0.1979
215.3469 0.6032
227.1513 0.4169
230.0655 0.2456
230.9861 0.0090
239.2360 0.1342
243.0499 0.3533
247.8775 0.2076
251.6074 0.0631
254.2877 0.1446
260.0872 0.3370
271.0973 0.3611
274.3185 0.1379
277.4597 0.1694
285.1099 0.3010
287.0881 0.1965
290.4770 0.2858
295.2880 0.2612
301.6092 0.4221
306.9568 0.4217
315.3878 0.1971
318.6423 0.4370
322.6140 0.2704
332.2824 0.3916
335.1795 0.0219
337.5283 0.0606
339.9475 0.4915
341.7291 0.0738
345.6061 0.4792
349.3388 0.5752
358.1715 0.0658
360.1413 0.5106
363.5628 0.0344
367.5944 0.3987
377.4071 0.0266
379.4324 0.5259
388.4916 0.2203
392.2671 0.4101
398.0854 0.3476
401.1834 0.3472
401.9175 0.4211
406.0039 0.3915
409.0419 0.2161
411.9145 0.4811
421.6745 0.3773
424.4615 0.5953
429.7071 0.4701
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 260524072551982495.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260524072551982495.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 260524072551982495.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260524072551982495.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 260524072551982495.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
260524072551982495.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 2.922
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.513
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.977
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.071
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.611
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.754
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 9.120
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 14.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 18.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 18.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 22.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 29.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 31.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 34.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 38.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 41.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 42.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 47.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 47.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 53.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 57.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 63.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 66.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 67.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 67.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 76.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 83.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 86.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 88.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 91.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 98.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 103.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 107.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 119.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 125.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 134.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 139.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 144.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 145.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 147.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 155.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 156.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 165.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 170.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 177.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 187.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 198.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 199.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 206.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 215.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 227.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 231.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 239.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 247.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 260.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 274.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 285.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 307.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 315.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 318.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 322.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 335.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 337.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 341.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 345.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 349.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 360.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 363.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 379.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 388.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 392.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 398.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 401.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 401.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 406.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 409.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 421.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 429.7
Projmod> 106 vectors, 51441 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1789
First residue number = 1
Last residue number = 738
Number of atoms found = 17147
Mean number per residue = 9.6
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1789
First residue number = 1
Last residue number = 738
Number of atoms found = 27481
Mean number per residue = 15.4
%Projmod-Wn> Different number of atoms for the other conformer.
%Projmod-Er> Atom 1 of first conformer: UNK 1 C8 not found in second one.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 260524072551982495 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
making animated gifs
11 models are in 260524072551982495.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260524072551982495.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260524072551982495.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 1051 0.931 1031 0.243
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 1051 0.745 1034 0.259
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 1051 0.559 1038 0.266
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 1051 0.373 1046 0.294
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 1051 0.186 1051 0.186
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 1051 0.000 1051 0.000
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 1051 0.186 1051 0.186
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 1051 0.373 1046 0.294
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 1051 0.559 1038 0.266
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 1051 0.745 1034 0.259
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 1051 0.931 1031 0.243
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 260524072551982495 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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260524072551982495.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
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260524072551982495.eigenfacs
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260524072551982495.atom
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260524072551982495.atom
making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260524072551982495.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260524072551982495.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 1051 0.927 1032 0.249
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 1051 0.741 1035 0.246
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 1051 0.556 1039 0.249
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 1051 0.371 1045 0.256
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 1051 0.185 1051 0.185
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 1051 0.000 1051 0.000
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 1051 0.185 1051 0.185
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 1051 0.371 1045 0.256
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 1051 0.556 1039 0.249
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 1051 0.741 1035 0.246
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 1051 0.927 1032 0.249
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 260524072551982495 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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260524072551982495.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-20
260524072551982495.eigenfacs
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260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
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260524072551982495.eigenfacs
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260524072551982495.atom
making animated gifs
11 models are in 260524072551982495.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260524072551982495.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260524072551982495.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 1051 0.981 1036 0.228
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 1051 0.785 1037 0.213
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 1051 0.589 1040 0.231
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 1051 0.392 1044 0.228
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 1051 0.196 1051 0.196
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 1051 0.000 1051 0.000
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 1051 0.196 1051 0.196
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 1051 0.392 1044 0.228
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 1051 0.589 1040 0.231
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 1051 0.785 1037 0.213
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 1051 0.981 1036 0.228
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 260524072551982495 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
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260524072551982495.eigenfacs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260524072551982495.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260524072551982495.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 1051 0.884 1021 0.419
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 1051 0.707 1028 0.416
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 1051 0.530 1044 0.465
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 1051 0.354 1051 0.354
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 1051 0.177 1051 0.177
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 1051 0.000 1051 0.000
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 1051 0.177 1051 0.177
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 1051 0.354 1051 0.354
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 1051 0.530 1044 0.465
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 1051 0.707 1028 0.416
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 1051 0.884 1021 0.419
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 260524072551982495 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
260524072551982495.eigenfacs
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260524072551982495.eigenfacs
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260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260524072551982495.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=60
260524072551982495.eigenfacs
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260524072551982495.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
260524072551982495.eigenfacs
260524072551982495.atom
making animated gifs
11 models are in 260524072551982495.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260524072551982495.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260524072551982495.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 1051 1.033 1037 0.209
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 1051 0.826 1038 0.190
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 1051 0.620 1040 0.188
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 1051 0.413 1043 0.187
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 1051 0.207 1051 0.207
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 1051 0.000 1051 0.000
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 1051 0.207 1051 0.207
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 1051 0.413 1043 0.187
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 1051 0.620 1040 0.188
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 1051 0.826 1038 0.190
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 1051 1.033 1037 0.209
260524072551982495.10.pdb
260524072551982495.11.pdb
260524072551982495.7.pdb
260524072551982495.8.pdb
260524072551982495.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 2m24.032s
user 2m23.173s
sys 0m0.792s
rm: cannot remove '260524072551982495.sdijf': No such file or directory
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