*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2605250247491100707.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2605250247491100707.atom to be opened.
Openam> File opened: 2605250247491100707.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 612
First residue number = 1
Last residue number = 109
Number of atoms found = 4712
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 0.754297 +/- 13.851730 From: -30.280000 To: 43.051000
= 0.666041 +/- 13.759971 From: -43.470000 To: 38.277000
= -2.323008 +/- 20.139183 From: -63.815000 To: 41.907000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.6333 % Filled.
Pdbmat> 1631949 non-zero elements.
Pdbmat> 178213 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 75.64 +/- 22.42
Maximum number = 127
Minimum number = 8
Pdbmat> Matrix trace = 3.564260E+06
Pdbmat> Larger element = 498.689
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
612 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2605250247491100707.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2605250247491100707.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2605250247491100707.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4712 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 612 residues.
Blocpdb> 27 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 28 atoms in block 2
Block first atom: 28
Blocpdb> 28 atoms in block 3
Block first atom: 56
Blocpdb> 40 atoms in block 4
Block first atom: 84
Blocpdb> 34 atoms in block 5
Block first atom: 124
Blocpdb> 28 atoms in block 6
Block first atom: 158
Blocpdb> 35 atoms in block 7
Block first atom: 186
Blocpdb> 34 atoms in block 8
Block first atom: 221
Blocpdb> 26 atoms in block 9
Block first atom: 255
Blocpdb> 28 atoms in block 10
Block first atom: 281
Blocpdb> 32 atoms in block 11
Block first atom: 309
Blocpdb> 30 atoms in block 12
Block first atom: 341
Blocpdb> 23 atoms in block 13
Block first atom: 371
Blocpdb> 31 atoms in block 14
Block first atom: 394
Blocpdb> 32 atoms in block 15
Block first atom: 425
Blocpdb> 21 atoms in block 16
Block first atom: 457
Blocpdb> 30 atoms in block 17
Block first atom: 478
Blocpdb> 32 atoms in block 18
Block first atom: 508
Blocpdb> 30 atoms in block 19
Block first atom: 540
Blocpdb> 33 atoms in block 20
Block first atom: 570
Blocpdb> 29 atoms in block 21
Block first atom: 603
Blocpdb> 31 atoms in block 22
Block first atom: 632
Blocpdb> 27 atoms in block 23
Block first atom: 663
Blocpdb> 32 atoms in block 24
Block first atom: 690
Blocpdb> 36 atoms in block 25
Block first atom: 722
Blocpdb> 25 atoms in block 26
Block first atom: 758
Blocpdb> 36 atoms in block 27
Block first atom: 783
Blocpdb> 32 atoms in block 28
Block first atom: 819
Blocpdb> 37 atoms in block 29
Block first atom: 851
Blocpdb> 29 atoms in block 30
Block first atom: 888
Blocpdb> 26 atoms in block 31
Block first atom: 917
Blocpdb> 31 atoms in block 32
Block first atom: 943
Blocpdb> 29 atoms in block 33
Block first atom: 974
Blocpdb> 33 atoms in block 34
Block first atom: 1003
Blocpdb> 32 atoms in block 35
Block first atom: 1036
Blocpdb> 30 atoms in block 36
Block first atom: 1068
Blocpdb> 27 atoms in block 37
Block first atom: 1098
Blocpdb> 36 atoms in block 38
Block first atom: 1125
Blocpdb> 24 atoms in block 39
Block first atom: 1161
Blocpdb> 25 atoms in block 40
Block first atom: 1185
Blocpdb> 34 atoms in block 41
Block first atom: 1210
Blocpdb> 34 atoms in block 42
Block first atom: 1244
Blocpdb> 36 atoms in block 43
Block first atom: 1278
Blocpdb> 26 atoms in block 44
Block first atom: 1314
Blocpdb> 24 atoms in block 45
Block first atom: 1340
Blocpdb> 30 atoms in block 46
Block first atom: 1364
Blocpdb> 30 atoms in block 47
Block first atom: 1394
Blocpdb> 31 atoms in block 48
Block first atom: 1424
Blocpdb> 27 atoms in block 49
Block first atom: 1455
Blocpdb> 30 atoms in block 50
Block first atom: 1482
Blocpdb> 29 atoms in block 51
Block first atom: 1512
Blocpdb> 28 atoms in block 52
Block first atom: 1541
Blocpdb> 25 atoms in block 53
Block first atom: 1569
Blocpdb> 29 atoms in block 54
Block first atom: 1594
Blocpdb> 32 atoms in block 55
Block first atom: 1623
Blocpdb> 35 atoms in block 56
Block first atom: 1655
Blocpdb> 32 atoms in block 57
Block first atom: 1690
Blocpdb> 42 atoms in block 58
Block first atom: 1722
Blocpdb> 38 atoms in block 59
Block first atom: 1764
Blocpdb> 34 atoms in block 60
Block first atom: 1802
Blocpdb> 39 atoms in block 61
Block first atom: 1836
Blocpdb> 24 atoms in block 62
Block first atom: 1875
Blocpdb> 42 atoms in block 63
Block first atom: 1899
Blocpdb> 26 atoms in block 64
Block first atom: 1941
Blocpdb> 35 atoms in block 65
Block first atom: 1967
Blocpdb> 32 atoms in block 66
Block first atom: 2002
Blocpdb> 24 atoms in block 67
Block first atom: 2034
Blocpdb> 33 atoms in block 68
Block first atom: 2058
Blocpdb> 26 atoms in block 69
Block first atom: 2091
Blocpdb> 28 atoms in block 70
Block first atom: 2117
Blocpdb> 29 atoms in block 71
Block first atom: 2145
Blocpdb> 38 atoms in block 72
Block first atom: 2174
Blocpdb> 33 atoms in block 73
Block first atom: 2212
Blocpdb> 28 atoms in block 74
Block first atom: 2245
Blocpdb> 39 atoms in block 75
Block first atom: 2273
Blocpdb> 25 atoms in block 76
Block first atom: 2312
Blocpdb> 35 atoms in block 77
Block first atom: 2337
Blocpdb> 33 atoms in block 78
Block first atom: 2372
Blocpdb> 29 atoms in block 79
Block first atom: 2405
Blocpdb> 40 atoms in block 80
Block first atom: 2434
Blocpdb> 36 atoms in block 81
Block first atom: 2474
Blocpdb> 34 atoms in block 82
Block first atom: 2510
Blocpdb> 32 atoms in block 83
Block first atom: 2544
Blocpdb> 31 atoms in block 84
Block first atom: 2576
Blocpdb> 30 atoms in block 85
Block first atom: 2607
Blocpdb> 29 atoms in block 86
Block first atom: 2637
Blocpdb> 31 atoms in block 87
Block first atom: 2666
Blocpdb> 25 atoms in block 88
Block first atom: 2697
Blocpdb> 41 atoms in block 89
Block first atom: 2722
Blocpdb> 32 atoms in block 90
Block first atom: 2763
Blocpdb> 30 atoms in block 91
Block first atom: 2795
Blocpdb> 24 atoms in block 92
Block first atom: 2825
Blocpdb> 34 atoms in block 93
Block first atom: 2849
Blocpdb> 27 atoms in block 94
Block first atom: 2883
Blocpdb> 31 atoms in block 95
Block first atom: 2910
Blocpdb> 40 atoms in block 96
Block first atom: 2941
Blocpdb> 24 atoms in block 97
Block first atom: 2981
Blocpdb> 30 atoms in block 98
Block first atom: 3005
Blocpdb> 28 atoms in block 99
Block first atom: 3035
Blocpdb> 31 atoms in block 100
Block first atom: 3063
Blocpdb> 31 atoms in block 101
Block first atom: 3094
Blocpdb> 32 atoms in block 102
Block first atom: 3125
Blocpdb> 32 atoms in block 103
Block first atom: 3157
Blocpdb> 34 atoms in block 104
Block first atom: 3189
Blocpdb> 33 atoms in block 105
Block first atom: 3223
Blocpdb> 30 atoms in block 106
Block first atom: 3256
Blocpdb> 32 atoms in block 107
Block first atom: 3286
Blocpdb> 39 atoms in block 108
Block first atom: 3318
Blocpdb> 10 atoms in block 109
Block first atom: 3357
Blocpdb> 32 atoms in block 110
Block first atom: 3367
Blocpdb> 26 atoms in block 111
Block first atom: 3399
Blocpdb> 38 atoms in block 112
Block first atom: 3425
Blocpdb> 29 atoms in block 113
Block first atom: 3463
Blocpdb> 32 atoms in block 114
Block first atom: 3492
Blocpdb> 30 atoms in block 115
Block first atom: 3524
Blocpdb> 36 atoms in block 116
Block first atom: 3554
Blocpdb> 31 atoms in block 117
Block first atom: 3590
Blocpdb> 34 atoms in block 118
Block first atom: 3621
Blocpdb> 31 atoms in block 119
Block first atom: 3655
Blocpdb> 28 atoms in block 120
Block first atom: 3686
Blocpdb> 28 atoms in block 121
Block first atom: 3714
Blocpdb> 30 atoms in block 122
Block first atom: 3742
Blocpdb> 37 atoms in block 123
Block first atom: 3772
Blocpdb> 34 atoms in block 124
Block first atom: 3809
Blocpdb> 30 atoms in block 125
Block first atom: 3843
Blocpdb> 30 atoms in block 126
Block first atom: 3873
Blocpdb> 11 atoms in block 127
Block first atom: 3903
Blocpdb> 32 atoms in block 128
Block first atom: 3914
Blocpdb> 28 atoms in block 129
Block first atom: 3946
Blocpdb> 31 atoms in block 130
Block first atom: 3974
Blocpdb> 32 atoms in block 131
Block first atom: 4005
Blocpdb> 32 atoms in block 132
Block first atom: 4037
Blocpdb> 31 atoms in block 133
Block first atom: 4069
Blocpdb> 32 atoms in block 134
Block first atom: 4100
Blocpdb> 28 atoms in block 135
Block first atom: 4132
Blocpdb> 27 atoms in block 136
Block first atom: 4160
Blocpdb> 23 atoms in block 137
Block first atom: 4187
Blocpdb> 30 atoms in block 138
Block first atom: 4210
Blocpdb> 26 atoms in block 139
Block first atom: 4240
Blocpdb> 30 atoms in block 140
Block first atom: 4266
Blocpdb> 24 atoms in block 141
Block first atom: 4296
Blocpdb> 33 atoms in block 142
Block first atom: 4320
Blocpdb> 27 atoms in block 143
Block first atom: 4353
Blocpdb> 22 atoms in block 144
Block first atom: 4380
Blocpdb> 34 atoms in block 145
Block first atom: 4402
Blocpdb> 31 atoms in block 146
Block first atom: 4436
Blocpdb> 26 atoms in block 147
Block first atom: 4467
Blocpdb> 34 atoms in block 148
Block first atom: 4493
Blocpdb> 33 atoms in block 149
Block first atom: 4527
Blocpdb> 29 atoms in block 150
Block first atom: 4560
Blocpdb> 28 atoms in block 151
Block first atom: 4589
Blocpdb> 28 atoms in block 152
Block first atom: 4617
Blocpdb> 24 atoms in block 153
Block first atom: 4645
Blocpdb> 34 atoms in block 154
Block first atom: 4669
Blocpdb> 10 atoms in block 155
Block first atom: 4702
Blocpdb> 155 blocks.
Blocpdb> At most, 42 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 10 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1632104 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 14136
Prepmat> Matrix trace = 3564260.0000
Prepmat> Last element read: 14136 14136 75.0535
Prepmat> 12091 lines saved.
Prepmat> 10824 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4712
RTB> Total mass = 4712.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4712
RTB> Number of blocks = 155
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 163600.4216
RTB> 43251 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 930
Diagstd> Nb of non-zero elements: 43251
Diagstd> Projected matrix trace = 163600.4216
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 930 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 163600.4216
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0413672 0.0604299 0.2224945 0.3432811
0.5052773 0.5461983 0.6418494 0.7764210 0.8370908
0.8989303 1.0702189 1.3458690 1.7772996 1.9784122
2.4779043 2.5758197 2.7518264 2.9185167 2.9686019
3.1025636 3.3885780 3.4677936 3.7592022 3.8569787
4.2381972 4.3454980 4.6220721 4.9831078 5.6375779
5.7026757 6.1039104 6.2344439 6.3598300 6.6546408
7.1755339 7.3127897 7.8967366 8.3229554 8.6258382
8.8872777 9.4559203 9.6631296 10.0538192 10.2723588
10.9130490 11.1094031 11.4624463 11.8673570 12.2588637
12.6248434 13.1150434 13.2574755 13.5668146 14.3629930
14.7589303 14.9837707 15.3402047 15.5127494 15.7129627
16.2706711 16.5850361 17.0505043 17.3751180 17.6444676
17.6759519 18.2152024 18.8673236 19.3787240 19.6312125
20.0314811 20.4838672 21.0079079 21.6914085 22.1925516
22.6250295 23.0935403 23.1307294 23.4733475 24.1407376
24.2415144 24.4641484 24.8991478 25.2332479 26.1718860
26.3404100 26.7496305 26.9122494 27.5635585 27.9915189
28.4769878 29.0880958 29.3156192 29.5790105 29.9104029
30.5183099 30.9800643 31.3958603 31.7536535 31.8788564
32.2776968
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034326 0.0034328 0.0034338 0.0034339 0.0034343
0.0034346 22.0863158 26.6944575 51.2218153 63.6238885
77.1898466 80.2546964 86.9985182 95.6850127 99.3531314
102.9575737 112.3392679 125.9785719 144.7690104 152.7403124
170.9375781 174.2821921 180.1381901 185.5138650 187.0989107
191.2738613 199.8959620 202.2189742 210.5441220 213.2646617
223.5557582 226.3680124 233.4606217 242.4071466 257.8348154
259.3191668 268.2868315 271.1403427 273.8533353 280.1286891
290.8857118 293.6546093 305.1540285 313.2810058 318.9304129
323.7275468 333.9236522 337.5624910 344.3188637 348.0409693
358.7305255 361.9433843 367.6494641 374.0867142 380.2072450
385.8409163 393.2603357 395.3900149 399.9762698 411.5454026
417.1792713 420.3449552 425.3151543 427.7004124 430.4515943
438.0241068 442.2353862 448.3982349 452.6464946 456.1414718
456.5482541 463.4600250 471.6832226 478.0329897 481.1370951
486.0173920 491.4748014 497.7218219 505.7538024 511.5627340
516.5232295 521.8438125 522.2638241 526.1175563 533.5443782
534.6568732 537.1064048 541.8605358 545.4838007 555.5367451
557.3224601 561.6350124 563.3395983 570.1155977 574.5244461
579.4851412 585.6699293 587.9559854 590.5913764 593.8905463
599.8953833 604.4166755 608.4592171 611.9164532 613.1216431
616.9451427
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4712
Rtb_to_modes> Number of blocs = 155
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9918E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9933E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.1367E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.0430E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2225
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3433
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5053
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5462
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6418
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7764
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8371
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8989
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.070
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.346
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.777
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.978
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.478
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.576
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.752
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.919
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.969
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.103
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.389
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.468
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.759
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.857
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.238
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.345
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.622
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.983
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.638
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.703
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.104
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.234
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.360
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.655
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.176
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.313
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.897
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.323
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.626
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.887
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.456
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.663
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.28
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 930 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999
1.00002 0.99997 1.00002 0.99998 1.00001
1.00002 1.00001 1.00003 0.99997 0.99998
1.00003 1.00007 0.99997 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 1.00002 0.99997 0.99999
1.00000 0.99999 0.99998 1.00000 0.99997
1.00001 0.99999 1.00000 0.99996 0.99998
1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001
1.00002 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998
0.99999 0.99998 0.99998 1.00000 1.00001
0.99999 1.00002 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99996 1.00001
1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
1.00000 0.99999 0.99997 0.99997 1.00005
0.99999 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000
1.00000 1.00002 1.00003 1.00001 0.99999
0.99999 0.99998 1.00002 1.00003 1.00000
0.99998 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 84816 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999
1.00002 0.99997 1.00002 0.99998 1.00001
1.00002 1.00001 1.00003 0.99997 0.99998
1.00003 1.00007 0.99997 1.00000 1.00000
1.00000 0.99999 1.00002 0.99997 0.99999
1.00000 0.99999 0.99998 1.00000 0.99997
1.00001 0.99999 1.00000 0.99996 0.99998
1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001
1.00002 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998
0.99999 0.99998 0.99998 1.00000 1.00001
0.99999 1.00002 0.99999 1.00000 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 0.99996 1.00001
1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
1.00000 0.99999 0.99997 0.99997 1.00005
0.99999 1.00000 1.00002 1.00000 1.00000
1.00000 1.00002 1.00003 1.00001 0.99999
0.99999 0.99998 1.00002 1.00003 1.00000
0.99998 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2605250247491100707.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2605250247491100707.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2605250247491100707.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2605250247491100707.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 612
First residue number = 1
Last residue number = 109
Number of atoms found = 4712
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9918E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9933E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.1367E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.0430E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2225
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3433
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5053
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5462
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6418
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7764
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8371
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8989
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.070
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.346
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.777
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.978
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.478
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.576
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.752
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.919
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.969
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.103
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.389
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.468
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.759
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.857
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.238
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.345
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.622
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.983
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.638
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.703
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.104
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.234
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.360
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.655
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.176
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.313
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.897
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.323
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.626
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.887
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.456
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.663
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.28
Bfactors> 106 vectors, 14136 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.041367
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.404 for 612 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.201 +/- 1.01
Bfactors> = 78.859 +/- 13.39
Bfactors> Shiftng-fct= 78.658
Bfactors> Scaling-fct= 13.296
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2605250247491100707.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2605250247491100707.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 22.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 26.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 51.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 63.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 77.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 80.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 86.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 95.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 103.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 126.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 144.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 152.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 170.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 174.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 185.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 187.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 191.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 199.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 202.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 213.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 223.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 226.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 233.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 242.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 257.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 268.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 273.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 293.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 318.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 323.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 333.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 337.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 344.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 348.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 361.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 380.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 385.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 393.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 395.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 400.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 420.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 430.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 448.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 452.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 471.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 478.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 481.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 486.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 491.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 497.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 511.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 521.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 526.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 534.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 537.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 574.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 588.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 611.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.9
Chkmod> 106 vectors, 14136 coordinates in file.
Chkmod> That is: 4712 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 17 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7077
0.0034 0.6785
0.0034 0.9386
0.0034 0.9150
0.0034 0.6620
0.0034 0.8730
22.0853 0.0382
26.6933 0.0384
51.2202 0.0606
63.6229 0.0824
77.1883 0.1869
80.2514 0.0345
86.9914 0.0636
95.6796 0.0732
99.3494 0.0759
102.9514 0.0300
112.3230 0.1609
125.9793 0.0441
144.7506 0.2929
152.7178 0.3306
170.9335 0.2276
174.2808 0.3850
180.1361 0.2655
185.5213 0.2366
187.1034 0.2099
191.2791 0.2876
199.8998 0.0991
202.2163 0.2732
210.5294 0.1561
213.2561 0.0862
223.5410 0.3007
226.3453 0.2217
233.4488 0.3766
242.3941 0.3258
257.8334 0.3151
259.3154 0.2810
268.2773 0.2312
271.1191 0.0380
273.8452 0.2597
280.1242 0.3159
290.8827 0.2345
293.6462 0.3380
305.1460 0.3534
313.2684 0.3664
318.9197 0.3071
323.7086 0.3979
333.9107 0.4666
337.5457 0.2561
344.2387 0.3405
347.9861 0.4805
358.6650 0.3375
361.9376 0.4694
367.5944 0.4809
374.1123 0.3451
380.2085 0.5701
385.7503 0.3967
393.3178 0.4341
395.4107 0.3981
400.0061 0.3947
411.4849 0.4100
417.1765 0.2660
420.2740 0.3589
425.2941 0.2746
427.6442 0.0710
430.3925 0.1435
437.9963 0.4519
442.2826 0.3269
448.3724 0.4895
452.6906 0.4071
456.0641 0.3761
456.5809 0.3691
463.5012 0.4042
471.6964 0.4203
478.0282 0.2414
481.1016 0.4540
485.9786 0.3955
491.4073 0.4559
497.7252 0.5576
505.7157 0.3845
511.5114 0.3664
516.5578 0.4701
521.7814 0.2919
522.2332 0.3591
526.0575 0.2874
533.5133 0.0178
534.6172 0.4295
537.0378 0.4061
541.8465 0.2558
545.4253 0.5071
555.4929 0.3807
557.2942 0.5581
561.6148 0.3650
563.2919 0.0836
570.0543 0.2918
574.4842 0.4007
579.4909 0.4056
585.6640 0.3813
587.9747 0.2900
590.5759 0.3674
593.8611 0.3907
599.8862 0.3434
604.3901 0.5310
608.4732 0.4438
611.8550 0.3329
613.1063 0.5085
616.9407 0.4229
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2605250247491100707 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
making animated gifs
11 models are in 2605250247491100707.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605250247491100707.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605250247491100707.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2605250247491100707 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
making animated gifs
11 models are in 2605250247491100707.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605250247491100707.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605250247491100707.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2605250247491100707 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
making animated gifs
11 models are in 2605250247491100707.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605250247491100707.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605250247491100707.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2605250247491100707 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
making animated gifs
11 models are in 2605250247491100707.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605250247491100707.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605250247491100707.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2605250247491100707 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2605250247491100707.eigenfacs
2605250247491100707.atom
making animated gifs
11 models are in 2605250247491100707.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605250247491100707.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2605250247491100707.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2605250247491100707.10.pdb
2605250247491100707.11.pdb
2605250247491100707.7.pdb
2605250247491100707.8.pdb
2605250247491100707.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m16.814s
user 0m16.698s
sys 0m0.112s
rm: cannot remove '2605250247491100707.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: april 24th, 2026.
|
