***  Mutant cc2d1a  ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2606051253112923739.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2606051253112923739.atom to be opened.
Openam> File opened: 2606051253112923739.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 956
First residue number = 1
Last residue number = 5
Number of atoms found = 14780
Mean number per residue = 15.5
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -5.659684 +/- 27.164451 From: -73.358000 To: 62.591000
= 8.224545 +/- 23.537794 From: -55.501000 To: 69.943000
= -2.251769 +/- 24.120934 From: -65.083000 To: 62.441000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.8208 % Filled.
Pdbmat> 8068924 non-zero elements.
Pdbmat> 886973 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 120.02 +/- 55.62
Maximum number = 253
Minimum number = 17
Pdbmat> Matrix trace = 1.773946E+07
Pdbmat> Larger element = 883.993
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
956 non-zero elements, NRBL set to 5
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2606051253112923739.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 5
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2606051253112923739.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2606051253112923739.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 14780 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 5 residue(s) per block.
Blocpdb> 956 residues.
Blocpdb> 104 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 56 atoms in block 2
Block first atom: 105
Blocpdb> 62 atoms in block 3
Block first atom: 161
Blocpdb> 71 atoms in block 4
Block first atom: 223
Blocpdb> 80 atoms in block 5
Block first atom: 294
Blocpdb> 68 atoms in block 6
Block first atom: 374
Blocpdb> 76 atoms in block 7
Block first atom: 442
Blocpdb> 58 atoms in block 8
Block first atom: 518
Blocpdb> 76 atoms in block 9
Block first atom: 576
Blocpdb> 74 atoms in block 10
Block first atom: 652
Blocpdb> 66 atoms in block 11
Block first atom: 726
Blocpdb> 72 atoms in block 12
Block first atom: 792
Blocpdb> 92 atoms in block 13
Block first atom: 864
Blocpdb> 71 atoms in block 14
Block first atom: 956
Blocpdb> 81 atoms in block 15
Block first atom: 1027
Blocpdb> 68 atoms in block 16
Block first atom: 1108
Blocpdb> 79 atoms in block 17
Block first atom: 1176
Blocpdb> 72 atoms in block 18
Block first atom: 1255
Blocpdb> 60 atoms in block 19
Block first atom: 1327
Blocpdb> 68 atoms in block 20
Block first atom: 1387
Blocpdb> 78 atoms in block 21
Block first atom: 1455
Blocpdb> 79 atoms in block 22
Block first atom: 1533
Blocpdb> 73 atoms in block 23
Block first atom: 1612
Blocpdb> 72 atoms in block 24
Block first atom: 1685
Blocpdb> 68 atoms in block 25
Block first atom: 1757
Blocpdb> 82 atoms in block 26
Block first atom: 1825
Blocpdb> 62 atoms in block 27
Block first atom: 1907
Blocpdb> 81 atoms in block 28
Block first atom: 1969
Blocpdb> 85 atoms in block 29
Block first atom: 2050
Blocpdb> 81 atoms in block 30
Block first atom: 2135
Blocpdb> 79 atoms in block 31
Block first atom: 2216
Blocpdb> 57 atoms in block 32
Block first atom: 2295
Blocpdb> 97 atoms in block 33
Block first atom: 2352
Blocpdb> 83 atoms in block 34
Block first atom: 2449
Blocpdb> 84 atoms in block 35
Block first atom: 2532
Blocpdb> 78 atoms in block 36
Block first atom: 2616
Blocpdb> 77 atoms in block 37
Block first atom: 2694
Blocpdb> 68 atoms in block 38
Block first atom: 2771
Blocpdb> 77 atoms in block 39
Block first atom: 2839
Blocpdb> 65 atoms in block 40
Block first atom: 2916
Blocpdb> 63 atoms in block 41
Block first atom: 2981
Blocpdb> 70 atoms in block 42
Block first atom: 3044
Blocpdb> 69 atoms in block 43
Block first atom: 3114
Blocpdb> 78 atoms in block 44
Block first atom: 3183
Blocpdb> 77 atoms in block 45
Block first atom: 3261
Blocpdb> 71 atoms in block 46
Block first atom: 3338
Blocpdb> 59 atoms in block 47
Block first atom: 3409
Blocpdb> 60 atoms in block 48
Block first atom: 3468
Blocpdb> 72 atoms in block 49
Block first atom: 3528
Blocpdb> 69 atoms in block 50
Block first atom: 3600
Blocpdb> 57 atoms in block 51
Block first atom: 3669
Blocpdb> 79 atoms in block 52
Block first atom: 3726
Blocpdb> 93 atoms in block 53
Block first atom: 3805
Blocpdb> 84 atoms in block 54
Block first atom: 3898
Blocpdb> 78 atoms in block 55
Block first atom: 3982
Blocpdb> 67 atoms in block 56
Block first atom: 4060
Blocpdb> 68 atoms in block 57
Block first atom: 4127
Blocpdb> 87 atoms in block 58
Block first atom: 4195
Blocpdb> 75 atoms in block 59
Block first atom: 4282
Blocpdb> 79 atoms in block 60
Block first atom: 4357
Blocpdb> 71 atoms in block 61
Block first atom: 4436
Blocpdb> 69 atoms in block 62
Block first atom: 4507
Blocpdb> 75 atoms in block 63
Block first atom: 4576
Blocpdb> 76 atoms in block 64
Block first atom: 4651
Blocpdb> 65 atoms in block 65
Block first atom: 4727
Blocpdb> 70 atoms in block 66
Block first atom: 4792
Blocpdb> 62 atoms in block 67
Block first atom: 4862
Blocpdb> 68 atoms in block 68
Block first atom: 4924
Blocpdb> 72 atoms in block 69
Block first atom: 4992
Blocpdb> 91 atoms in block 70
Block first atom: 5064
Blocpdb> 85 atoms in block 71
Block first atom: 5155
Blocpdb> 94 atoms in block 72
Block first atom: 5240
Blocpdb> 63 atoms in block 73
Block first atom: 5334
Blocpdb> 72 atoms in block 74
Block first atom: 5397
Blocpdb> 85 atoms in block 75
Block first atom: 5469
Blocpdb> 97 atoms in block 76
Block first atom: 5554
Blocpdb> 95 atoms in block 77
Block first atom: 5651
Blocpdb> 82 atoms in block 78
Block first atom: 5746
Blocpdb> 66 atoms in block 79
Block first atom: 5828
Blocpdb> 78 atoms in block 80
Block first atom: 5894
Blocpdb> 74 atoms in block 81
Block first atom: 5972
Blocpdb> 69 atoms in block 82
Block first atom: 6046
Blocpdb> 76 atoms in block 83
Block first atom: 6115
Blocpdb> 75 atoms in block 84
Block first atom: 6191
Blocpdb> 78 atoms in block 85
Block first atom: 6266
Blocpdb> 73 atoms in block 86
Block first atom: 6344
Blocpdb> 82 atoms in block 87
Block first atom: 6417
Blocpdb> 68 atoms in block 88
Block first atom: 6499
Blocpdb> 63 atoms in block 89
Block first atom: 6567
Blocpdb> 72 atoms in block 90
Block first atom: 6630
Blocpdb> 86 atoms in block 91
Block first atom: 6702
Blocpdb> 68 atoms in block 92
Block first atom: 6788
Blocpdb> 73 atoms in block 93
Block first atom: 6856
Blocpdb> 77 atoms in block 94
Block first atom: 6929
Blocpdb> 60 atoms in block 95
Block first atom: 7006
Blocpdb> 70 atoms in block 96
Block first atom: 7066
Blocpdb> 70 atoms in block 97
Block first atom: 7136
Blocpdb> 73 atoms in block 98
Block first atom: 7206
Blocpdb> 80 atoms in block 99
Block first atom: 7279
Blocpdb> 85 atoms in block 100
Block first atom: 7359
Blocpdb> 99 atoms in block 101
Block first atom: 7444
Blocpdb> 80 atoms in block 102
Block first atom: 7543
Blocpdb> 85 atoms in block 103
Block first atom: 7623
Blocpdb> 60 atoms in block 104
Block first atom: 7708
Blocpdb> 99 atoms in block 105
Block first atom: 7768
Blocpdb> 75 atoms in block 106
Block first atom: 7867
Blocpdb> 80 atoms in block 107
Block first atom: 7942
Blocpdb> 66 atoms in block 108
Block first atom: 8022
Blocpdb> 80 atoms in block 109
Block first atom: 8088
Blocpdb> 80 atoms in block 110
Block first atom: 8168
Blocpdb> 76 atoms in block 111
Block first atom: 8248
Blocpdb> 73 atoms in block 112
Block first atom: 8324
Blocpdb> 78 atoms in block 113
Block first atom: 8397
Blocpdb> 68 atoms in block 114
Block first atom: 8475
Blocpdb> 83 atoms in block 115
Block first atom: 8543
Blocpdb> 76 atoms in block 116
Block first atom: 8626
Blocpdb> 101 atoms in block 117
Block first atom: 8702
Blocpdb> 77 atoms in block 118
Block first atom: 8803
Blocpdb> 76 atoms in block 119
Block first atom: 8880
Blocpdb> 87 atoms in block 120
Block first atom: 8956
Blocpdb> 69 atoms in block 121
Block first atom: 9043
Blocpdb> 85 atoms in block 122
Block first atom: 9112
Blocpdb> 78 atoms in block 123
Block first atom: 9197
Blocpdb> 85 atoms in block 124
Block first atom: 9275
Blocpdb> 89 atoms in block 125
Block first atom: 9360
Blocpdb> 77 atoms in block 126
Block first atom: 9449
Blocpdb> 75 atoms in block 127
Block first atom: 9526
Blocpdb> 86 atoms in block 128
Block first atom: 9601
Blocpdb> 85 atoms in block 129
Block first atom: 9687
Blocpdb> 94 atoms in block 130
Block first atom: 9772
Blocpdb> 67 atoms in block 131
Block first atom: 9866
Blocpdb> 87 atoms in block 132
Block first atom: 9933
Blocpdb> 83 atoms in block 133
Block first atom: 10020
Blocpdb> 75 atoms in block 134
Block first atom: 10103
Blocpdb> 65 atoms in block 135
Block first atom: 10178
Blocpdb> 66 atoms in block 136
Block first atom: 10243
Blocpdb> 92 atoms in block 137
Block first atom: 10309
Blocpdb> 83 atoms in block 138
Block first atom: 10401
Blocpdb> 73 atoms in block 139
Block first atom: 10484
Blocpdb> 81 atoms in block 140
Block first atom: 10557
Blocpdb> 85 atoms in block 141
Block first atom: 10638
Blocpdb> 72 atoms in block 142
Block first atom: 10723
Blocpdb> 96 atoms in block 143
Block first atom: 10795
Blocpdb> 87 atoms in block 144
Block first atom: 10891
Blocpdb> 79 atoms in block 145
Block first atom: 10978
Blocpdb> 94 atoms in block 146
Block first atom: 11057
Blocpdb> 84 atoms in block 147
Block first atom: 11151
Blocpdb> 84 atoms in block 148
Block first atom: 11235
Blocpdb> 75 atoms in block 149
Block first atom: 11319
Blocpdb> 88 atoms in block 150
Block first atom: 11394
Blocpdb> 67 atoms in block 151
Block first atom: 11482
Blocpdb> 82 atoms in block 152
Block first atom: 11549
Blocpdb> 74 atoms in block 153
Block first atom: 11631
Blocpdb> 89 atoms in block 154
Block first atom: 11705
Blocpdb> 81 atoms in block 155
Block first atom: 11794
Blocpdb> 83 atoms in block 156
Block first atom: 11875
Blocpdb> 72 atoms in block 157
Block first atom: 11958
Blocpdb> 92 atoms in block 158
Block first atom: 12030
Blocpdb> 86 atoms in block 159
Block first atom: 12122
Blocpdb> 78 atoms in block 160
Block first atom: 12208
Blocpdb> 81 atoms in block 161
Block first atom: 12286
Blocpdb> 90 atoms in block 162
Block first atom: 12367
Blocpdb> 64 atoms in block 163
Block first atom: 12457
Blocpdb> 77 atoms in block 164
Block first atom: 12521
Blocpdb> 60 atoms in block 165
Block first atom: 12598
Blocpdb> 76 atoms in block 166
Block first atom: 12658
Blocpdb> 72 atoms in block 167
Block first atom: 12734
Blocpdb> 71 atoms in block 168
Block first atom: 12806
Blocpdb> 78 atoms in block 169
Block first atom: 12877
Blocpdb> 74 atoms in block 170
Block first atom: 12955
Blocpdb> 78 atoms in block 171
Block first atom: 13029
Blocpdb> 97 atoms in block 172
Block first atom: 13107
Blocpdb> 89 atoms in block 173
Block first atom: 13204
Blocpdb> 99 atoms in block 174
Block first atom: 13293
Blocpdb> 73 atoms in block 175
Block first atom: 13392
Blocpdb> 81 atoms in block 176
Block first atom: 13465
Blocpdb> 82 atoms in block 177
Block first atom: 13546
Blocpdb> 93 atoms in block 178
Block first atom: 13628
Blocpdb> 85 atoms in block 179
Block first atom: 13721
Blocpdb> 54 atoms in block 180
Block first atom: 13806
Blocpdb> 103 atoms in block 181
Block first atom: 13860
Blocpdb> 71 atoms in block 182
Block first atom: 13963
Blocpdb> 97 atoms in block 183
Block first atom: 14034
Blocpdb> 70 atoms in block 184
Block first atom: 14131
Blocpdb> 88 atoms in block 185
Block first atom: 14201
Blocpdb> 66 atoms in block 186
Block first atom: 14289
Blocpdb> 67 atoms in block 187
Block first atom: 14355
Blocpdb> 102 atoms in block 188
Block first atom: 14422
Blocpdb> 76 atoms in block 189
Block first atom: 14524
Blocpdb> 103 atoms in block 190
Block first atom: 14600
Blocpdb> 25 atoms in block 191
Block first atom: 14703
Blocpdb> 53 atoms in block 192
Block first atom: 14727
Blocpdb> 192 blocks.
Blocpdb> At most, 104 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 25 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 8069116 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 44340
Prepmat> Matrix trace = 17739460.0000
Prepmat> Last element read: 44340 44340 41.1071
Prepmat> 18529 lines saved.
Prepmat> 17454 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 14780
RTB> Total mass = 14780.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 14780
RTB> Number of blocks = 192
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 268556.4497
RTB> 35784 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1152
Diagstd> Nb of non-zero elements: 35784
Diagstd> Projected matrix trace = 268556.4497
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1152 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 268556.4497
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0002128 0.0003350 0.0004292 0.0007580
0.0008731 0.0009940 0.0015084 0.0020372 0.0022823
0.0033614 0.0040597 0.0048134 0.0066944 0.0074817
0.0106603 0.0129670 0.0150337 0.0173990 0.0182210
0.0206168 0.0222329 0.0249708 0.0260124 0.0292296
0.0334073 0.0365334 0.0378991 0.0429211 0.0459887
0.0507548 0.0538903 0.0725402 0.0741024 0.0764164
0.0817546 0.0835301 0.0863057 0.0908727 0.0980910
0.1054011 0.1189481 0.1268622 0.1414646 0.1518815
0.1585240 0.1664142 0.1898080 0.1963347 0.2211742
0.2369439 0.2588236 0.2680706 0.2949624 0.3020153
0.3109633 0.3287454 0.3345431 0.3464222 0.3743195
0.3871959 0.4078658 0.4182983 0.4590855 0.5116919
0.5277248 0.5487489 0.5745964 0.6259853 0.6336787
0.6770931 0.7349464 0.7785035 0.8152483 0.8799873
0.9369448 0.9445363 1.0444614 1.1005321 1.1499652
1.2230775 1.2822630 1.3613079 1.3955577 1.4084639
1.4412096 1.5531194 1.5950725 1.6285601 1.6983444
1.7933862 1.9233994 1.9771005 2.1014822 2.1900331
2.2702993 2.3395842 2.3573963 2.3788795 2.5689014
2.6345935
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034337 0.0034338 0.0034338 0.0034339 0.0034340
0.0034341 1.5839103 1.9876434 2.2498185 2.9896875
3.2086769 3.4236732 4.2174261 4.9013100 5.1877248
6.2958562 6.9189469 7.5339380 8.8849002 9.3928371
11.2119459 12.3656063 13.3146158 14.3237594 14.6582156
15.5921557 16.1917345 17.1597850 17.5140071 18.5655064
19.8479674 20.7558547 21.1402385 22.4973032 23.2873906
24.4643594 25.2086969 29.2472170 29.5604767 30.0184626
31.0492598 31.3846064 31.9017799 32.7349721 34.0102443
35.2547654 37.4519136 38.6777713 40.8431488 42.3202000
43.2357238 44.2986536 47.3099550 48.1164794 51.0696056
52.8588882 55.2455430 56.2237592 58.9764524 59.6773781
60.5549751 62.2622988 62.8089213 63.9143158 66.4379904
67.5710512 69.3511935 70.2325330 73.5769999 77.6782740
78.8858368 80.4418591 82.3145703 85.9166554 86.4430032
89.3551256 93.0943040 95.8132494 98.0483379 101.8669920
105.1119942 105.5369646 110.9791739 113.9191220 116.4494992
120.0942630 122.9656566 126.6990790 128.2830231 128.8748382
130.3643546 135.3311291 137.1467435 138.5789227 141.5168520
145.4226951 150.6017495 152.6896688 157.4193599 160.7017561
163.6201698 166.0980842 166.7291676 167.4871537 174.0479827
176.2593183
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 14780
Rtb_to_modes> Number of blocs = 192
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9988E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.5989E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.8091E-02
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1054
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1415
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1519
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2212
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3020
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3110
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3345
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3464
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3743
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3872
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4079
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4183
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4591
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5117
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5746
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.044
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.101
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.408
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.441
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.553
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.595
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.698
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.923
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.977
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.101
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.190
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.270
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.340
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.357
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.569
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.635
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1152 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 1.00004
1.00002 0.99998 1.00000 1.00003 1.00000
0.99999 1.00001 1.00003 1.00002 0.99999
1.00000 1.00001 1.00002 0.99997 1.00002
1.00001 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000
1.00001 1.00001 0.99998 0.99996 1.00004
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0.99997 0.99997 1.00000 1.00003 0.99999
0.99998 1.00003 0.99998 1.00001 1.00000
1.00002 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000
1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001
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0.99996 1.00000 0.99996 0.99997 1.00002
0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 266040 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 1.00000
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1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 1.00004
1.00002 0.99998 1.00000 1.00003 1.00000
0.99999 1.00001 1.00003 1.00002 0.99999
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1.00001 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000
1.00001 1.00001 0.99998 0.99996 1.00004
0.99999 1.00002 1.00003 1.00000 1.00001
1.00002 1.00001 1.00002 0.99997 0.99999
0.99998 1.00003 0.99999 1.00000 0.99999
0.99997 0.99997 1.00000 1.00003 0.99999
0.99998 1.00003 0.99998 1.00001 1.00000
1.00002 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000
1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 1.00001
1.00003 1.00001 0.99999 0.99998 0.99996
0.99996 1.00000 0.99996 0.99997 1.00002
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2606051253112923739.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2606051253112923739.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2606051253112923739.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2606051253112923739.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 956
First residue number = 1
Last residue number = 5
Number of atoms found = 14780
Mean number per residue = 15.5
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9988E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9991E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.1275E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.3503E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.2924E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.5799E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.7309E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9402E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.5084E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.0372E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.2823E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.3614E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.0597E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.8134E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.6944E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.635
Bfactors> 106 vectors, 44340 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000213
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.342 for 956 C-alpha atoms.
Bfactors> = 17.872 +/- 34.78
Bfactors> = 72.944 +/- 23.81
Bfactors> Shiftng-fct= 55.072
Bfactors> Scaling-fct= 0.685
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2606051253112923739.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2606051253112923739.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 176.3
Chkmod> 106 vectors, 44340 coordinates in file.
Chkmod> That is: 14780 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 22 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6913
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0.0034 0.7062
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normal mode computation
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
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normal mode computation
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2606051253112923739.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2606051253112923739 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2606051253112923739.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2606051253112923739.10.pdb
2606051253112923739.11.pdb
2606051253112923739.7.pdb
2606051253112923739.8.pdb
2606051253112923739.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m37.771s
user 1m37.225s
sys 0m0.511s
rm: cannot remove '2606051253112923739.sdijf': No such file or directory
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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