***  WT cc2d1a  ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2606051608322953402.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2606051608322953402.atom to be opened.
Openam> File opened: 2606051608322953402.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 951
First residue number = 1
Last residue number = 951
Number of atoms found = 7317
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -5.751958 +/- 27.146664 From: -72.370000 To: 61.681000
= 8.266338 +/- 23.480712 From: -54.932000 To: 69.061000
= -2.169993 +/- 24.259319 From: -64.447000 To: 62.441000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.8429 % Filled.
Pdbmat> 2030822 non-zero elements.
Pdbmat> 220810 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 60.36 +/- 26.51
Maximum number = 127
Minimum number = 8
Pdbmat> Matrix trace = 4.416200E+06
Pdbmat> Larger element = 492.991
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
951 non-zero elements, NRBL set to 5
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2606051608322953402.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 5
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2606051608322953402.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2606051608322953402.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 7317 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 5 residue(s) per block.
Blocpdb> 951 residues.
Blocpdb> 47 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 29 atoms in block 2
Block first atom: 48
Blocpdb> 31 atoms in block 3
Block first atom: 77
Blocpdb> 35 atoms in block 4
Block first atom: 108
Blocpdb> 35 atoms in block 5
Block first atom: 143
Blocpdb> 37 atoms in block 6
Block first atom: 178
Blocpdb> 35 atoms in block 7
Block first atom: 215
Blocpdb> 34 atoms in block 8
Block first atom: 250
Blocpdb> 43 atoms in block 9
Block first atom: 284
Blocpdb> 38 atoms in block 10
Block first atom: 327
Blocpdb> 32 atoms in block 11
Block first atom: 365
Blocpdb> 36 atoms in block 12
Block first atom: 397
Blocpdb> 39 atoms in block 13
Block first atom: 433
Blocpdb> 34 atoms in block 14
Block first atom: 472
Blocpdb> 40 atoms in block 15
Block first atom: 506
Blocpdb> 33 atoms in block 16
Block first atom: 546
Blocpdb> 42 atoms in block 17
Block first atom: 579
Blocpdb> 44 atoms in block 18
Block first atom: 621
Blocpdb> 36 atoms in block 19
Block first atom: 665
Blocpdb> 38 atoms in block 20
Block first atom: 701
Blocpdb> 37 atoms in block 21
Block first atom: 739
Blocpdb> 41 atoms in block 22
Block first atom: 776
Blocpdb> 39 atoms in block 23
Block first atom: 817
Blocpdb> 36 atoms in block 24
Block first atom: 856
Blocpdb> 33 atoms in block 25
Block first atom: 892
Blocpdb> 41 atoms in block 26
Block first atom: 925
Blocpdb> 33 atoms in block 27
Block first atom: 966
Blocpdb> 39 atoms in block 28
Block first atom: 999
Blocpdb> 42 atoms in block 29
Block first atom: 1038
Blocpdb> 41 atoms in block 30
Block first atom: 1080
Blocpdb> 39 atoms in block 31
Block first atom: 1121
Blocpdb> 32 atoms in block 32
Block first atom: 1160
Blocpdb> 44 atoms in block 33
Block first atom: 1192
Blocpdb> 43 atoms in block 34
Block first atom: 1236
Blocpdb> 41 atoms in block 35
Block first atom: 1279
Blocpdb> 35 atoms in block 36
Block first atom: 1320
Blocpdb> 37 atoms in block 37
Block first atom: 1355
Blocpdb> 38 atoms in block 38
Block first atom: 1392
Blocpdb> 36 atoms in block 39
Block first atom: 1430
Blocpdb> 30 atoms in block 40
Block first atom: 1466
Blocpdb> 32 atoms in block 41
Block first atom: 1496
Blocpdb> 37 atoms in block 42
Block first atom: 1528
Blocpdb> 35 atoms in block 43
Block first atom: 1565
Blocpdb> 37 atoms in block 44
Block first atom: 1600
Blocpdb> 39 atoms in block 45
Block first atom: 1637
Blocpdb> 35 atoms in block 46
Block first atom: 1676
Blocpdb> 30 atoms in block 47
Block first atom: 1711
Blocpdb> 31 atoms in block 48
Block first atom: 1741
Blocpdb> 33 atoms in block 49
Block first atom: 1772
Blocpdb> 35 atoms in block 50
Block first atom: 1805
Blocpdb> 30 atoms in block 51
Block first atom: 1840
Blocpdb> 37 atoms in block 52
Block first atom: 1870
Blocpdb> 46 atoms in block 53
Block first atom: 1907
Blocpdb> 42 atoms in block 54
Block first atom: 1953
Blocpdb> 37 atoms in block 55
Block first atom: 1995
Blocpdb> 37 atoms in block 56
Block first atom: 2032
Blocpdb> 33 atoms in block 57
Block first atom: 2069
Blocpdb> 44 atoms in block 58
Block first atom: 2102
Blocpdb> 39 atoms in block 59
Block first atom: 2146
Blocpdb> 37 atoms in block 60
Block first atom: 2185
Blocpdb> 37 atoms in block 61
Block first atom: 2222
Blocpdb> 35 atoms in block 62
Block first atom: 2259
Blocpdb> 36 atoms in block 63
Block first atom: 2294
Blocpdb> 39 atoms in block 64
Block first atom: 2330
Blocpdb> 35 atoms in block 65
Block first atom: 2369
Blocpdb> 36 atoms in block 66
Block first atom: 2404
Blocpdb> 31 atoms in block 67
Block first atom: 2440
Blocpdb> 36 atoms in block 68
Block first atom: 2471
Blocpdb> 35 atoms in block 69
Block first atom: 2507
Blocpdb> 43 atoms in block 70
Block first atom: 2542
Blocpdb> 42 atoms in block 71
Block first atom: 2585
Blocpdb> 49 atoms in block 72
Block first atom: 2627
Blocpdb> 31 atoms in block 73
Block first atom: 2676
Blocpdb> 33 atoms in block 74
Block first atom: 2707
Blocpdb> 42 atoms in block 75
Block first atom: 2740
Blocpdb> 49 atoms in block 76
Block first atom: 2782
Blocpdb> 45 atoms in block 77
Block first atom: 2831
Blocpdb> 41 atoms in block 78
Block first atom: 2876
Blocpdb> 33 atoms in block 79
Block first atom: 2917
Blocpdb> 38 atoms in block 80
Block first atom: 2950
Blocpdb> 36 atoms in block 81
Block first atom: 2988
Blocpdb> 36 atoms in block 82
Block first atom: 3024
Blocpdb> 36 atoms in block 83
Block first atom: 3060
Blocpdb> 37 atoms in block 84
Block first atom: 3096
Blocpdb> 39 atoms in block 85
Block first atom: 3133
Blocpdb> 35 atoms in block 86
Block first atom: 3172
Blocpdb> 37 atoms in block 87
Block first atom: 3207
Blocpdb> 39 atoms in block 88
Block first atom: 3244
Blocpdb> 37 atoms in block 89
Block first atom: 3283
Blocpdb> 40 atoms in block 90
Block first atom: 3320
Blocpdb> 41 atoms in block 91
Block first atom: 3360
Blocpdb> 33 atoms in block 92
Block first atom: 3401
Blocpdb> 35 atoms in block 93
Block first atom: 3434
Blocpdb> 38 atoms in block 94
Block first atom: 3469
Blocpdb> 32 atoms in block 95
Block first atom: 3507
Blocpdb> 33 atoms in block 96
Block first atom: 3539
Blocpdb> 33 atoms in block 97
Block first atom: 3572
Blocpdb> 36 atoms in block 98
Block first atom: 3605
Blocpdb> 40 atoms in block 99
Block first atom: 3641
Blocpdb> 43 atoms in block 100
Block first atom: 3681
Blocpdb> 43 atoms in block 101
Block first atom: 3724
Blocpdb> 38 atoms in block 102
Block first atom: 3767
Blocpdb> 40 atoms in block 103
Block first atom: 3805
Blocpdb> 33 atoms in block 104
Block first atom: 3845
Blocpdb> 46 atoms in block 105
Block first atom: 3878
Blocpdb> 35 atoms in block 106
Block first atom: 3924
Blocpdb> 41 atoms in block 107
Block first atom: 3959
Blocpdb> 34 atoms in block 108
Block first atom: 4000
Blocpdb> 38 atoms in block 109
Block first atom: 4034
Blocpdb> 37 atoms in block 110
Block first atom: 4072
Blocpdb> 36 atoms in block 111
Block first atom: 4109
Blocpdb> 40 atoms in block 112
Block first atom: 4145
Blocpdb> 38 atoms in block 113
Block first atom: 4185
Blocpdb> 34 atoms in block 114
Block first atom: 4223
Blocpdb> 41 atoms in block 115
Block first atom: 4257
Blocpdb> 40 atoms in block 116
Block first atom: 4298
Blocpdb> 45 atoms in block 117
Block first atom: 4338
Blocpdb> 42 atoms in block 118
Block first atom: 4383
Blocpdb> 40 atoms in block 119
Block first atom: 4425
Blocpdb> 44 atoms in block 120
Block first atom: 4465
Blocpdb> 36 atoms in block 121
Block first atom: 4509
Blocpdb> 43 atoms in block 122
Block first atom: 4545
Blocpdb> 39 atoms in block 123
Block first atom: 4588
Blocpdb> 40 atoms in block 124
Block first atom: 4627
Blocpdb> 42 atoms in block 125
Block first atom: 4667
Blocpdb> 38 atoms in block 126
Block first atom: 4709
Blocpdb> 36 atoms in block 127
Block first atom: 4747
Blocpdb> 45 atoms in block 128
Block first atom: 4783
Blocpdb> 42 atoms in block 129
Block first atom: 4828
Blocpdb> 43 atoms in block 130
Block first atom: 4870
Blocpdb> 36 atoms in block 131
Block first atom: 4913
Blocpdb> 43 atoms in block 132
Block first atom: 4949
Blocpdb> 36 atoms in block 133
Block first atom: 4992
Blocpdb> 37 atoms in block 134
Block first atom: 5028
Blocpdb> 32 atoms in block 135
Block first atom: 5065
Blocpdb> 35 atoms in block 136
Block first atom: 5097
Blocpdb> 48 atoms in block 137
Block first atom: 5132
Blocpdb> 45 atoms in block 138
Block first atom: 5180
Blocpdb> 39 atoms in block 139
Block first atom: 5225
Blocpdb> 39 atoms in block 140
Block first atom: 5264
Blocpdb> 39 atoms in block 141
Block first atom: 5303
Blocpdb> 41 atoms in block 142
Block first atom: 5342
Blocpdb> 47 atoms in block 143
Block first atom: 5383
Blocpdb> 41 atoms in block 144
Block first atom: 5430
Blocpdb> 42 atoms in block 145
Block first atom: 5471
Blocpdb> 44 atoms in block 146
Block first atom: 5513
Blocpdb> 37 atoms in block 147
Block first atom: 5557
Blocpdb> 44 atoms in block 148
Block first atom: 5594
Blocpdb> 36 atoms in block 149
Block first atom: 5638
Blocpdb> 42 atoms in block 150
Block first atom: 5674
Blocpdb> 33 atoms in block 151
Block first atom: 5716
Blocpdb> 38 atoms in block 152
Block first atom: 5749
Blocpdb> 36 atoms in block 153
Block first atom: 5787
Blocpdb> 44 atoms in block 154
Block first atom: 5823
Blocpdb> 40 atoms in block 155
Block first atom: 5867
Blocpdb> 40 atoms in block 156
Block first atom: 5907
Blocpdb> 36 atoms in block 157
Block first atom: 5947
Blocpdb> 41 atoms in block 158
Block first atom: 5983
Blocpdb> 42 atoms in block 159
Block first atom: 6024
Blocpdb> 40 atoms in block 160
Block first atom: 6066
Blocpdb> 41 atoms in block 161
Block first atom: 6106
Blocpdb> 45 atoms in block 162
Block first atom: 6147
Blocpdb> 31 atoms in block 163
Block first atom: 6192
Blocpdb> 37 atoms in block 164
Block first atom: 6223
Blocpdb> 29 atoms in block 165
Block first atom: 6260
Blocpdb> 35 atoms in block 166
Block first atom: 6289
Blocpdb> 35 atoms in block 167
Block first atom: 6324
Blocpdb> 38 atoms in block 168
Block first atom: 6359
Blocpdb> 37 atoms in block 169
Block first atom: 6397
Blocpdb> 37 atoms in block 170
Block first atom: 6434
Blocpdb> 41 atoms in block 171
Block first atom: 6471
Blocpdb> 48 atoms in block 172
Block first atom: 6512
Blocpdb> 38 atoms in block 173
Block first atom: 6560
Blocpdb> 47 atoms in block 174
Block first atom: 6598
Blocpdb> 37 atoms in block 175
Block first atom: 6645
Blocpdb> 42 atoms in block 176
Block first atom: 6682
Blocpdb> 42 atoms in block 177
Block first atom: 6724
Blocpdb> 49 atoms in block 178
Block first atom: 6766
Blocpdb> 42 atoms in block 179
Block first atom: 6815
Blocpdb> 28 atoms in block 180
Block first atom: 6857
Blocpdb> 51 atoms in block 181
Block first atom: 6885
Blocpdb> 36 atoms in block 182
Block first atom: 6936
Blocpdb> 48 atoms in block 183
Block first atom: 6972
Blocpdb> 38 atoms in block 184
Block first atom: 7020
Blocpdb> 42 atoms in block 185
Block first atom: 7058
Blocpdb> 37 atoms in block 186
Block first atom: 7100
Blocpdb> 33 atoms in block 187
Block first atom: 7137
Blocpdb> 50 atoms in block 188
Block first atom: 7170
Blocpdb> 39 atoms in block 189
Block first atom: 7220
Blocpdb> 47 atoms in block 190
Block first atom: 7259
Blocpdb> 12 atoms in block 191
Block first atom: 7305
Blocpdb> 191 blocks.
Blocpdb> At most, 51 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2031013 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 21951
Prepmat> Matrix trace = 4416200.0000
Prepmat> Last element read: 21951 21951 61.7455
Prepmat> 18337 lines saved.
Prepmat> 17349 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 7317
RTB> Total mass = 7317.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 7317
RTB> Number of blocks = 191
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 130667.9224
RTB> 32667 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1146
Diagstd> Nb of non-zero elements: 32667
Diagstd> Projected matrix trace = 130667.9224
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1146 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 130667.9224
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000363 0.0000564 0.0000907 0.0001201
0.0001617 0.0002215 0.0002353 0.0004167 0.0004947
0.0008143 0.0008252 0.0010497 0.0011047 0.0013558
0.0019554 0.0025061 0.0030490 0.0036383 0.0038610
0.0044495 0.0047379 0.0059673 0.0063962 0.0068995
0.0069843 0.0093321 0.0098119 0.0107387 0.0117841
0.0133909 0.0140529 0.0146566 0.0173351 0.0214604
0.0236865 0.0244479 0.0267970 0.0281672 0.0284483
0.0289976 0.0369704 0.0397048 0.0413124 0.0448360
0.0466763 0.0484109 0.0525450 0.0653849 0.0708467
0.0717258 0.0784926 0.0893745 0.0904354 0.0953996
0.1015248 0.1028088 0.1080190 0.1148939 0.1156644
0.1281367 0.1365491 0.1393539 0.1423829 0.1538111
0.1548592 0.1632063 0.1750817 0.2085865 0.2367432
0.2383953 0.2621668 0.2682200 0.2735418 0.3036042
0.3140107 0.3655052 0.3695744 0.3984710 0.4116239
0.4208713 0.4354133 0.4433920 0.4838408 0.4901220
0.5386371 0.5448755 0.5517057 0.5581201 0.5839078
0.5908605 0.6250834 0.6377454 0.6766052 0.7151575
0.7446020 0.7884435 0.8498164 0.8581366 0.8681171
0.9012789
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034336 0.0034339 0.0034339 0.0034339 0.0034340
0.0034340 0.6541362 0.8156661 1.0344483 1.1902138
1.3807835 1.6160445 1.6658800 2.2168097 2.4153377
3.0988285 3.1193622 3.5183328 3.6092455 3.9985065
4.8019346 5.4361968 5.9962151 6.5500880 6.7475308
7.2435154 7.4745923 8.3885076 8.6847435 9.0199584
9.0752091 10.4902345 10.7565009 11.2530779 11.7881081
12.5660771 12.8729773 13.1465711 14.2974563 15.9079318
16.7126805 16.9791483 17.7761773 18.2249985 18.3157070
18.4916845 20.8796142 21.6379732 22.0716976 22.9936994
23.4608378 23.8927958 24.8920781 27.7673195 28.9038149
29.0825735 30.4235290 32.4640063 32.6561175 33.5404162
34.6004171 34.8185352 35.6899011 36.8081253 36.9313424
38.8715631 40.1272761 40.5373023 40.9754942 42.5881868
42.7330423 43.8696010 45.4376229 49.5950519 52.8364995
53.0205367 55.6011969 56.2394206 56.7946156 59.8341584
60.8509719 65.6511116 66.0155444 68.5478176 69.6699620
70.4482070 71.6549392 72.3084722 75.5346998 76.0234182
79.6972623 80.1574521 80.6582891 81.1258230 82.9788511
83.4714108 85.8547365 86.7199359 89.3229282 91.8324430
93.7038380 96.4229857 100.1054760 100.5943264 101.1776160
103.0919828
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 7317
Rtb_to_modes> Number of blocs = 191
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1365
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1394
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2735
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3036
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9013
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1146 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99996 1.00002 1.00002 0.99999 1.00001
1.00002 0.99998 1.00002 1.00002 1.00000
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0.99997
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 131706 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
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0.99996 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999
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1.00003 1.00004 1.00001 1.00000 0.99998
1.00002 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999
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0.99999 0.99999 1.00002 0.99997 0.99998
0.99997
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2606051608322953402.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2606051608322953402.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2606051608322953402.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2606051608322953402.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 951
First residue number = 1
Last residue number = 951
Number of atoms found = 7317
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9994E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.6287E-05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.6420E-05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.0746E-05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.2013E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.6168E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.2147E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.3534E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.1674E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.9473E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.1434E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.2517E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0497E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.1047E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.3558E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.9554E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9013
Bfactors> 106 vectors, 21951 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000036
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.325 for 951 C-alpha atoms.
Bfactors> = 201.353 +/- 488.76
Bfactors> = 73.327 +/- 23.27
Bfactors> Shiftng-fct= -128.026
Bfactors> Scaling-fct= 0.048
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2606051608322953402.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2606051608322953402.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 103.1
Chkmod> 106 vectors, 21951 coordinates in file.
Chkmod> That is: 7317 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 86 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 95 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 100 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7170
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0.0034 0.6921
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2.4152 0.3601
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getting mode 7
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
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2606051608322953402.eigenfacs
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2606051608322953402.eigenfacs
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2606051608322953402.eigenfacs
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2606051608322953402.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2606051608322953402.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2606051608322953402.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2606051608322953402.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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making animated gifs
11 models are in 2606051608322953402.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2606051608322953402.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2606051608322953402.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
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generate a series of perturbations for mode 9
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making thumbnail 100x100
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2606051608322953402 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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making animated gifs
11 models are in 2606051608322953402.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2606051608322953402.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2606051608322953402.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2606051608322953402.10.pdb
2606051608322953402.11.pdb
2606051608322953402.7.pdb
2606051608322953402.8.pdb
2606051608322953402.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m36.886s
user 0m36.689s
sys 0m0.179s
rm: cannot remove '2606051608322953402.sdijf': No such file or directory
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pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
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pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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