*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260611045100627684.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260611045100627684.atom to be opened.
Openam> File opened: 260611045100627684.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 884
First residue number = 1
Last residue number = 228
Number of atoms found = 13200
Mean number per residue = 14.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 20.511781 +/- 15.410021 From: -39.291000 To: 81.799000
= 3.189337 +/- 21.557477 From: -42.742000 To: 70.190000
= 10.072398 +/- 24.235876 From: -38.036000 To: 58.600000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.1977 % Filled.
Pdbmat> 9391023 non-zero elements.
Pdbmat> 1034822 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 156.79 +/- 49.91
Maximum number = 249
Minimum number = 19
Pdbmat> Matrix trace = 2.069644E+07
Pdbmat> Larger element = 878.710
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
884 non-zero elements, NRBL set to 5
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260611045100627684.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 5
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260611045100627684.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260611045100627684.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 13200 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 5 residue(s) per block.
Blocpdb> 884 residues.
Blocpdb> 81 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 64 atoms in block 2
Block first atom: 82
Blocpdb> 67 atoms in block 3
Block first atom: 146
Blocpdb> 73 atoms in block 4
Block first atom: 213
Blocpdb> 75 atoms in block 5
Block first atom: 286
Blocpdb> 82 atoms in block 6
Block first atom: 361
Blocpdb> 80 atoms in block 7
Block first atom: 443
Blocpdb> 91 atoms in block 8
Block first atom: 523
Blocpdb> 75 atoms in block 9
Block first atom: 614
Blocpdb> 92 atoms in block 10
Block first atom: 689
Blocpdb> 76 atoms in block 11
Block first atom: 781
Blocpdb> 62 atoms in block 12
Block first atom: 857
Blocpdb> 73 atoms in block 13
Block first atom: 919
Blocpdb> 51 atoms in block 14
Block first atom: 992
Blocpdb> 86 atoms in block 15
Block first atom: 1043
Blocpdb> 72 atoms in block 16
Block first atom: 1129
Blocpdb> 71 atoms in block 17
Block first atom: 1201
Blocpdb> 87 atoms in block 18
Block first atom: 1272
Blocpdb> 87 atoms in block 19
Block first atom: 1359
Blocpdb> 77 atoms in block 20
Block first atom: 1446
Blocpdb> 74 atoms in block 21
Block first atom: 1523
Blocpdb> 95 atoms in block 22
Block first atom: 1597
Blocpdb> 61 atoms in block 23
Block first atom: 1692
Blocpdb> 87 atoms in block 24
Block first atom: 1753
Blocpdb> 74 atoms in block 25
Block first atom: 1840
Blocpdb> 64 atoms in block 26
Block first atom: 1914
Blocpdb> 72 atoms in block 27
Block first atom: 1978
Blocpdb> 88 atoms in block 28
Block first atom: 2050
Blocpdb> 85 atoms in block 29
Block first atom: 2138
Blocpdb> 95 atoms in block 30
Block first atom: 2223
Blocpdb> 72 atoms in block 31
Block first atom: 2318
Blocpdb> 60 atoms in block 32
Block first atom: 2390
Blocpdb> 71 atoms in block 33
Block first atom: 2450
Blocpdb> 74 atoms in block 34
Block first atom: 2521
Blocpdb> 76 atoms in block 35
Block first atom: 2595
Blocpdb> 69 atoms in block 36
Block first atom: 2671
Blocpdb> 74 atoms in block 37
Block first atom: 2740
Blocpdb> 97 atoms in block 38
Block first atom: 2814
Blocpdb> 72 atoms in block 39
Block first atom: 2911
Blocpdb> 71 atoms in block 40
Block first atom: 2983
Blocpdb> 71 atoms in block 41
Block first atom: 3054
Blocpdb> 81 atoms in block 42
Block first atom: 3125
Blocpdb> 58 atoms in block 43
Block first atom: 3206
Blocpdb> 85 atoms in block 44
Block first atom: 3264
Blocpdb> 47 atoms in block 45
Block first atom: 3349
Blocpdb> 73 atoms in block 46
Block first atom: 3396
Blocpdb> 80 atoms in block 47
Block first atom: 3469
Blocpdb> 52 atoms in block 48
Block first atom: 3549
Blocpdb> 68 atoms in block 49
Block first atom: 3601
Blocpdb> 75 atoms in block 50
Block first atom: 3669
Blocpdb> 91 atoms in block 51
Block first atom: 3744
Blocpdb> 69 atoms in block 52
Block first atom: 3835
Blocpdb> 79 atoms in block 53
Block first atom: 3904
Blocpdb> 55 atoms in block 54
Block first atom: 3983
Blocpdb> 88 atoms in block 55
Block first atom: 4038
Blocpdb> 80 atoms in block 56
Block first atom: 4126
Blocpdb> 84 atoms in block 57
Block first atom: 4206
Blocpdb> 69 atoms in block 58
Block first atom: 4290
Blocpdb> 90 atoms in block 59
Block first atom: 4359
Blocpdb> 78 atoms in block 60
Block first atom: 4449
Blocpdb> 80 atoms in block 61
Block first atom: 4527
Blocpdb> 82 atoms in block 62
Block first atom: 4607
Blocpdb> 62 atoms in block 63
Block first atom: 4689
Blocpdb> 76 atoms in block 64
Block first atom: 4751
Blocpdb> 76 atoms in block 65
Block first atom: 4827
Blocpdb> 79 atoms in block 66
Block first atom: 4903
Blocpdb> 57 atoms in block 67
Block first atom: 4982
Blocpdb> 70 atoms in block 68
Block first atom: 5039
Blocpdb> 77 atoms in block 69
Block first atom: 5109
Blocpdb> 69 atoms in block 70
Block first atom: 5186
Blocpdb> 49 atoms in block 71
Block first atom: 5255
Blocpdb> 65 atoms in block 72
Block first atom: 5304
Blocpdb> 91 atoms in block 73
Block first atom: 5369
Blocpdb> 73 atoms in block 74
Block first atom: 5460
Blocpdb> 76 atoms in block 75
Block first atom: 5533
Blocpdb> 61 atoms in block 76
Block first atom: 5609
Blocpdb> 74 atoms in block 77
Block first atom: 5670
Blocpdb> 76 atoms in block 78
Block first atom: 5744
Blocpdb> 69 atoms in block 79
Block first atom: 5820
Blocpdb> 68 atoms in block 80
Block first atom: 5889
Blocpdb> 71 atoms in block 81
Block first atom: 5957
Blocpdb> 62 atoms in block 82
Block first atom: 6028
Blocpdb> 81 atoms in block 83
Block first atom: 6090
Blocpdb> 83 atoms in block 84
Block first atom: 6171
Blocpdb> 75 atoms in block 85
Block first atom: 6254
Blocpdb> 88 atoms in block 86
Block first atom: 6329
Blocpdb> 73 atoms in block 87
Block first atom: 6417
Blocpdb> 79 atoms in block 88
Block first atom: 6490
Blocpdb> 32 atoms in block 89
Block first atom: 6569
Blocpdb> 81 atoms in block 90
Block first atom: 6601
Blocpdb> 64 atoms in block 91
Block first atom: 6682
Blocpdb> 67 atoms in block 92
Block first atom: 6746
Blocpdb> 73 atoms in block 93
Block first atom: 6813
Blocpdb> 75 atoms in block 94
Block first atom: 6886
Blocpdb> 82 atoms in block 95
Block first atom: 6961
Blocpdb> 80 atoms in block 96
Block first atom: 7043
Blocpdb> 91 atoms in block 97
Block first atom: 7123
Blocpdb> 75 atoms in block 98
Block first atom: 7214
Blocpdb> 92 atoms in block 99
Block first atom: 7289
Blocpdb> 76 atoms in block 100
Block first atom: 7381
Blocpdb> 62 atoms in block 101
Block first atom: 7457
Blocpdb> 73 atoms in block 102
Block first atom: 7519
Blocpdb> 51 atoms in block 103
Block first atom: 7592
Blocpdb> 86 atoms in block 104
Block first atom: 7643
Blocpdb> 72 atoms in block 105
Block first atom: 7729
Blocpdb> 71 atoms in block 106
Block first atom: 7801
Blocpdb> 87 atoms in block 107
Block first atom: 7872
Blocpdb> 87 atoms in block 108
Block first atom: 7959
Blocpdb> 77 atoms in block 109
Block first atom: 8046
Blocpdb> 74 atoms in block 110
Block first atom: 8123
Blocpdb> 95 atoms in block 111
Block first atom: 8197
Blocpdb> 61 atoms in block 112
Block first atom: 8292
Blocpdb> 87 atoms in block 113
Block first atom: 8353
Blocpdb> 74 atoms in block 114
Block first atom: 8440
Blocpdb> 64 atoms in block 115
Block first atom: 8514
Blocpdb> 72 atoms in block 116
Block first atom: 8578
Blocpdb> 88 atoms in block 117
Block first atom: 8650
Blocpdb> 85 atoms in block 118
Block first atom: 8738
Blocpdb> 95 atoms in block 119
Block first atom: 8823
Blocpdb> 72 atoms in block 120
Block first atom: 8918
Blocpdb> 60 atoms in block 121
Block first atom: 8990
Blocpdb> 71 atoms in block 122
Block first atom: 9050
Blocpdb> 74 atoms in block 123
Block first atom: 9121
Blocpdb> 76 atoms in block 124
Block first atom: 9195
Blocpdb> 69 atoms in block 125
Block first atom: 9271
Blocpdb> 74 atoms in block 126
Block first atom: 9340
Blocpdb> 97 atoms in block 127
Block first atom: 9414
Blocpdb> 72 atoms in block 128
Block first atom: 9511
Blocpdb> 71 atoms in block 129
Block first atom: 9583
Blocpdb> 71 atoms in block 130
Block first atom: 9654
Blocpdb> 81 atoms in block 131
Block first atom: 9725
Blocpdb> 58 atoms in block 132
Block first atom: 9806
Blocpdb> 85 atoms in block 133
Block first atom: 9864
Blocpdb> 47 atoms in block 134
Block first atom: 9949
Blocpdb> 73 atoms in block 135
Block first atom: 9996
Blocpdb> 80 atoms in block 136
Block first atom: 10069
Blocpdb> 52 atoms in block 137
Block first atom: 10149
Blocpdb> 68 atoms in block 138
Block first atom: 10201
Blocpdb> 75 atoms in block 139
Block first atom: 10269
Blocpdb> 91 atoms in block 140
Block first atom: 10344
Blocpdb> 69 atoms in block 141
Block first atom: 10435
Blocpdb> 79 atoms in block 142
Block first atom: 10504
Blocpdb> 55 atoms in block 143
Block first atom: 10583
Blocpdb> 88 atoms in block 144
Block first atom: 10638
Blocpdb> 80 atoms in block 145
Block first atom: 10726
Blocpdb> 84 atoms in block 146
Block first atom: 10806
Blocpdb> 69 atoms in block 147
Block first atom: 10890
Blocpdb> 90 atoms in block 148
Block first atom: 10959
Blocpdb> 78 atoms in block 149
Block first atom: 11049
Blocpdb> 80 atoms in block 150
Block first atom: 11127
Blocpdb> 82 atoms in block 151
Block first atom: 11207
Blocpdb> 62 atoms in block 152
Block first atom: 11289
Blocpdb> 76 atoms in block 153
Block first atom: 11351
Blocpdb> 76 atoms in block 154
Block first atom: 11427
Blocpdb> 79 atoms in block 155
Block first atom: 11503
Blocpdb> 57 atoms in block 156
Block first atom: 11582
Blocpdb> 70 atoms in block 157
Block first atom: 11639
Blocpdb> 77 atoms in block 158
Block first atom: 11709
Blocpdb> 69 atoms in block 159
Block first atom: 11786
Blocpdb> 49 atoms in block 160
Block first atom: 11855
Blocpdb> 65 atoms in block 161
Block first atom: 11904
Blocpdb> 91 atoms in block 162
Block first atom: 11969
Blocpdb> 73 atoms in block 163
Block first atom: 12060
Blocpdb> 76 atoms in block 164
Block first atom: 12133
Blocpdb> 61 atoms in block 165
Block first atom: 12209
Blocpdb> 74 atoms in block 166
Block first atom: 12270
Blocpdb> 76 atoms in block 167
Block first atom: 12344
Blocpdb> 69 atoms in block 168
Block first atom: 12420
Blocpdb> 68 atoms in block 169
Block first atom: 12489
Blocpdb> 71 atoms in block 170
Block first atom: 12557
Blocpdb> 62 atoms in block 171
Block first atom: 12628
Blocpdb> 81 atoms in block 172
Block first atom: 12690
Blocpdb> 83 atoms in block 173
Block first atom: 12771
Blocpdb> 75 atoms in block 174
Block first atom: 12854
Blocpdb> 88 atoms in block 175
Block first atom: 12929
Blocpdb> 73 atoms in block 176
Block first atom: 13017
Blocpdb> 79 atoms in block 177
Block first atom: 13090
Blocpdb> 32 atoms in block 178
Block first atom: 13168
Blocpdb> 178 blocks.
Blocpdb> At most, 97 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 32 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 9391201 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 39600
Prepmat> Matrix trace = 20696440.0000
Prepmat> Last element read: 39600 39600 57.2262
Prepmat> 15932 lines saved.
Prepmat> 14179 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 13200
RTB> Total mass = 13200.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 13200
RTB> Number of blocks = 178
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 402792.0070
RTB> 60402 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1068
Diagstd> Nb of non-zero elements: 60402
Diagstd> Projected matrix trace = 402792.0070
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1068 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 402792.0070
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0081073 0.0172623 0.0177705 0.0327249
0.0785769 0.1123740 0.1690606 0.2349754 0.2723550
0.7326078 1.0141101 1.1237809 1.4693241 1.6026650
2.1628620 2.6007221 3.1960358 3.5837191 3.9107531
4.1223122 4.5060392 5.3619649 6.5533909 6.7500477
6.9266124 6.9669843 7.6878937 8.4402653 9.0062573
9.1981554 9.4768557 10.4454642 11.7491752 13.9451552
14.4782458 15.6008794 16.9531308 17.6332131 17.8180459
19.0454431 21.0635931 21.6744000 23.4545963 24.7080804
25.5351469 26.5173983 26.7511291 27.0331082 29.5731349
30.2489852 30.9712941 31.7321021 32.6230627 33.7472444
34.7772974 35.9604618 36.8703404 38.0621334 38.3890528
39.3384339 40.7004887 42.4985305 42.8274090 43.7951074
44.0892763 45.0847626 45.3105919 46.2625505 49.4262684
51.0024760 51.1445034 51.7747789 53.0037682 54.3157393
56.0875662 56.3716626 57.5277039 57.9786222 58.3936123
58.7939317 60.4714503 60.8116958 61.0472782 62.3258516
63.1663204 64.6350520 65.8810475 67.3365904 67.7696520
67.9247480 69.4139525 69.9841585 70.2746118 70.6500210
71.0147425 72.0601689 72.9403991 73.7010737 74.3714598
74.8780068
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034298 0.0034321 0.0034322 0.0034324 0.0034342
0.0034356 9.7776042 14.2673896 14.4758778 19.6442182
30.4398707 36.4022463 44.6494845 52.6388617 56.6712673
92.9460720 109.3547944 115.1161080 131.6297594 137.4727622
159.7017522 175.1226235 194.1337743 205.5711947 214.7461954
220.4782344 230.5115882 251.4532552 277.9894522 282.1296302
285.7957226 286.6273949 301.0918248 315.4810873 325.8873141
329.3408877 334.2931008 350.9612376 372.2193711 405.5150308
413.1932837 428.9136036 447.1160255 455.9959746 458.3796380
473.9044876 498.3810363 505.5554795 525.9073759 539.7775075
548.7372726 559.1917249 561.6507444 564.6031176 590.5327150
597.2424730 604.3311166 611.7087624 620.2369648 630.8330507
640.3880144 651.1902817 659.3770904 669.9491553 672.8201327
681.0889172 692.7796021 707.9168296 710.6506881 718.6345253
721.0439970 729.1387406 730.9625858 738.6012973 763.4387364
775.5162646 776.5953097 781.3658151 790.5851512 800.3097866
813.2584378 815.3155061 823.6331170 826.8547499 829.8086379
832.6481706 844.4432580 846.8155753 848.4542570 857.2932239
863.0541990 873.0303294 881.4050375 891.0885050 893.9493400
894.9716908 904.7293254 908.4377077 910.3208876 912.7491308
915.1020717 921.8131904 927.4261726 932.2495612 936.4798417
939.6636305
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 13200
Rtb_to_modes> Number of blocs = 178
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.33
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.88
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1068 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000
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1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 237600 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000
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1.00001 0.99997 0.99999 0.99999 1.00000
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00003
1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 1.00002
1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000
1.00004 0.99999 0.99998 0.99999 0.99999
1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000
1.00001 0.99999 0.99997 1.00002 0.99998
1.00002 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260611045100627684.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260611045100627684.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260611045100627684.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260611045100627684.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 884
First residue number = 1
Last residue number = 228
Number of atoms found = 13200
Mean number per residue = 14.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9759E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9892E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9895E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9907E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0010E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.7770E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.927
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.88
Bfactors> 106 vectors, 39600 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.008107
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.423 +/- 3.84
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.423
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260611045100627684.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260611045100627684.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4297E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4355E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 9.777
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 14.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 14.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 19.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 30.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 36.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 44.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 52.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 56.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 92.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 109.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 115.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 131.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 137.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 159.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 194.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 205.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 214.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 220.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 230.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 278.0
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 286.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 315.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 325.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 329.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 351.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 428.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 447.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 455.9
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 498.3
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 539.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 548.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 597.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 611.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 630.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 640.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 672.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 681.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 710.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 718.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 729.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 730.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 738.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 763.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 775.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 776.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 781.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 790.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 800.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 813.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 815.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 823.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 826.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 829.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 832.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 844.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 846.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 848.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 857.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 863.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 873.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 881.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 891.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 893.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 894.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 904.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 908.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 910.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 912.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 915.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 921.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 927.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 932.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 936.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 939.6
Chkmod> 106 vectors, 39600 coordinates in file.
Chkmod> That is: 13200 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 24 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 30 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 47 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 86 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.9800
0.0034 0.7638
0.0034 0.6650
0.0034 0.7675
0.0034 0.9516
0.0034 0.8035
9.7772 0.0082
14.2667 0.0090
14.4751 0.0093
19.6434 0.0123
30.4386 0.7134
36.4049 0.6631
44.6528 0.7565
52.6394 0.0053
56.6735 0.0055
92.9416 0.6992
109.3442 0.6446
115.1224 0.0103
131.6096 0.6365
137.4812 0.0095
159.7000 0.0103
175.1245 0.6273
194.1244 0.6711
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214.7438 0.3685
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m33.833s
user 1m33.076s
sys 0m0.708s
rm: cannot remove '260611045100627684.sdijf': No such file or directory
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