*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260611045752630730.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260611045752630730.atom to be opened.
Openam> File opened: 260611045752630730.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 497
First residue number = 1
Last residue number = 497
Number of atoms found = 3978
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -0.091465 +/- 17.988800 From: -70.650000 To: 33.648000
= -0.647896 +/- 15.295384 From: -36.691000 To: 37.119000
= 1.339694 +/- 17.194981 From: -40.716000 To: 42.014000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.0416 % Filled.
Pdbmat> 1453950 non-zero elements.
Pdbmat> 158923 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 79.90 +/- 27.25
Maximum number = 138
Minimum number = 7
Pdbmat> Matrix trace = 3.178460E+06
Pdbmat> Larger element = 500.171
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
497 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260611045752630730.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260611045752630730.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260611045752630730.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3978 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 497 residues.
Blocpdb> 26 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 26 atoms in block 2
Block first atom: 27
Blocpdb> 30 atoms in block 3
Block first atom: 53
Blocpdb> 28 atoms in block 4
Block first atom: 83
Blocpdb> 24 atoms in block 5
Block first atom: 111
Blocpdb> 27 atoms in block 6
Block first atom: 135
Blocpdb> 22 atoms in block 7
Block first atom: 162
Blocpdb> 25 atoms in block 8
Block first atom: 184
Blocpdb> 28 atoms in block 9
Block first atom: 209
Blocpdb> 31 atoms in block 10
Block first atom: 237
Blocpdb> 22 atoms in block 11
Block first atom: 268
Blocpdb> 22 atoms in block 12
Block first atom: 290
Blocpdb> 28 atoms in block 13
Block first atom: 312
Blocpdb> 23 atoms in block 14
Block first atom: 340
Blocpdb> 30 atoms in block 15
Block first atom: 363
Blocpdb> 26 atoms in block 16
Block first atom: 393
Blocpdb> 31 atoms in block 17
Block first atom: 419
Blocpdb> 18 atoms in block 18
Block first atom: 450
Blocpdb> 27 atoms in block 19
Block first atom: 468
Blocpdb> 26 atoms in block 20
Block first atom: 495
Blocpdb> 20 atoms in block 21
Block first atom: 521
Blocpdb> 21 atoms in block 22
Block first atom: 541
Blocpdb> 17 atoms in block 23
Block first atom: 562
Blocpdb> 25 atoms in block 24
Block first atom: 579
Blocpdb> 23 atoms in block 25
Block first atom: 604
Blocpdb> 27 atoms in block 26
Block first atom: 627
Blocpdb> 20 atoms in block 27
Block first atom: 654
Blocpdb> 19 atoms in block 28
Block first atom: 674
Blocpdb> 29 atoms in block 29
Block first atom: 693
Blocpdb> 22 atoms in block 30
Block first atom: 722
Blocpdb> 24 atoms in block 31
Block first atom: 744
Blocpdb> 20 atoms in block 32
Block first atom: 768
Blocpdb> 23 atoms in block 33
Block first atom: 788
Blocpdb> 22 atoms in block 34
Block first atom: 811
Blocpdb> 26 atoms in block 35
Block first atom: 833
Blocpdb> 13 atoms in block 36
Block first atom: 859
Blocpdb> 26 atoms in block 37
Block first atom: 872
Blocpdb> 26 atoms in block 38
Block first atom: 898
Blocpdb> 24 atoms in block 39
Block first atom: 924
Blocpdb> 20 atoms in block 40
Block first atom: 948
Blocpdb> 28 atoms in block 41
Block first atom: 968
Blocpdb> 27 atoms in block 42
Block first atom: 996
Blocpdb> 26 atoms in block 43
Block first atom: 1023
Blocpdb> 26 atoms in block 44
Block first atom: 1049
Blocpdb> 22 atoms in block 45
Block first atom: 1075
Blocpdb> 26 atoms in block 46
Block first atom: 1097
Blocpdb> 26 atoms in block 47
Block first atom: 1123
Blocpdb> 25 atoms in block 48
Block first atom: 1149
Blocpdb> 27 atoms in block 49
Block first atom: 1174
Blocpdb> 23 atoms in block 50
Block first atom: 1201
Blocpdb> 31 atoms in block 51
Block first atom: 1224
Blocpdb> 27 atoms in block 52
Block first atom: 1255
Blocpdb> 26 atoms in block 53
Block first atom: 1282
Blocpdb> 33 atoms in block 54
Block first atom: 1308
Blocpdb> 26 atoms in block 55
Block first atom: 1341
Blocpdb> 28 atoms in block 56
Block first atom: 1367
Blocpdb> 22 atoms in block 57
Block first atom: 1395
Blocpdb> 23 atoms in block 58
Block first atom: 1417
Blocpdb> 23 atoms in block 59
Block first atom: 1440
Blocpdb> 20 atoms in block 60
Block first atom: 1463
Blocpdb> 20 atoms in block 61
Block first atom: 1483
Blocpdb> 27 atoms in block 62
Block first atom: 1503
Blocpdb> 21 atoms in block 63
Block first atom: 1530
Blocpdb> 23 atoms in block 64
Block first atom: 1551
Blocpdb> 21 atoms in block 65
Block first atom: 1574
Blocpdb> 26 atoms in block 66
Block first atom: 1595
Blocpdb> 25 atoms in block 67
Block first atom: 1621
Blocpdb> 22 atoms in block 68
Block first atom: 1646
Blocpdb> 25 atoms in block 69
Block first atom: 1668
Blocpdb> 23 atoms in block 70
Block first atom: 1693
Blocpdb> 24 atoms in block 71
Block first atom: 1716
Blocpdb> 19 atoms in block 72
Block first atom: 1740
Blocpdb> 21 atoms in block 73
Block first atom: 1759
Blocpdb> 25 atoms in block 74
Block first atom: 1780
Blocpdb> 21 atoms in block 75
Block first atom: 1805
Blocpdb> 19 atoms in block 76
Block first atom: 1826
Blocpdb> 16 atoms in block 77
Block first atom: 1845
Blocpdb> 19 atoms in block 78
Block first atom: 1861
Blocpdb> 31 atoms in block 79
Block first atom: 1880
Blocpdb> 19 atoms in block 80
Block first atom: 1911
Blocpdb> 20 atoms in block 81
Block first atom: 1930
Blocpdb> 25 atoms in block 82
Block first atom: 1950
Blocpdb> 22 atoms in block 83
Block first atom: 1975
Blocpdb> 17 atoms in block 84
Block first atom: 1997
Blocpdb> 28 atoms in block 85
Block first atom: 2014
Blocpdb> 17 atoms in block 86
Block first atom: 2042
Blocpdb> 22 atoms in block 87
Block first atom: 2059
Blocpdb> 28 atoms in block 88
Block first atom: 2081
Blocpdb> 25 atoms in block 89
Block first atom: 2109
Blocpdb> 22 atoms in block 90
Block first atom: 2134
Blocpdb> 28 atoms in block 91
Block first atom: 2156
Blocpdb> 20 atoms in block 92
Block first atom: 2184
Blocpdb> 21 atoms in block 93
Block first atom: 2204
Blocpdb> 29 atoms in block 94
Block first atom: 2225
Blocpdb> 28 atoms in block 95
Block first atom: 2254
Blocpdb> 24 atoms in block 96
Block first atom: 2282
Blocpdb> 21 atoms in block 97
Block first atom: 2306
Blocpdb> 17 atoms in block 98
Block first atom: 2327
Blocpdb> 21 atoms in block 99
Block first atom: 2344
Blocpdb> 26 atoms in block 100
Block first atom: 2365
Blocpdb> 26 atoms in block 101
Block first atom: 2391
Blocpdb> 21 atoms in block 102
Block first atom: 2417
Blocpdb> 29 atoms in block 103
Block first atom: 2438
Blocpdb> 22 atoms in block 104
Block first atom: 2467
Blocpdb> 25 atoms in block 105
Block first atom: 2489
Blocpdb> 27 atoms in block 106
Block first atom: 2514
Blocpdb> 20 atoms in block 107
Block first atom: 2541
Blocpdb> 27 atoms in block 108
Block first atom: 2561
Blocpdb> 26 atoms in block 109
Block first atom: 2588
Blocpdb> 26 atoms in block 110
Block first atom: 2614
Blocpdb> 27 atoms in block 111
Block first atom: 2640
Blocpdb> 19 atoms in block 112
Block first atom: 2667
Blocpdb> 23 atoms in block 113
Block first atom: 2686
Blocpdb> 23 atoms in block 114
Block first atom: 2709
Blocpdb> 25 atoms in block 115
Block first atom: 2732
Blocpdb> 22 atoms in block 116
Block first atom: 2757
Blocpdb> 22 atoms in block 117
Block first atom: 2779
Blocpdb> 22 atoms in block 118
Block first atom: 2801
Blocpdb> 23 atoms in block 119
Block first atom: 2823
Blocpdb> 26 atoms in block 120
Block first atom: 2846
Blocpdb> 26 atoms in block 121
Block first atom: 2872
Blocpdb> 25 atoms in block 122
Block first atom: 2898
Blocpdb> 31 atoms in block 123
Block first atom: 2923
Blocpdb> 26 atoms in block 124
Block first atom: 2954
Blocpdb> 30 atoms in block 125
Block first atom: 2980
Blocpdb> 20 atoms in block 126
Block first atom: 3010
Blocpdb> 24 atoms in block 127
Block first atom: 3030
Blocpdb> 19 atoms in block 128
Block first atom: 3054
Blocpdb> 21 atoms in block 129
Block first atom: 3073
Blocpdb> 21 atoms in block 130
Block first atom: 3094
Blocpdb> 17 atoms in block 131
Block first atom: 3115
Blocpdb> 22 atoms in block 132
Block first atom: 3132
Blocpdb> 23 atoms in block 133
Block first atom: 3154
Blocpdb> 16 atoms in block 134
Block first atom: 3177
Blocpdb> 34 atoms in block 135
Block first atom: 3193
Blocpdb> 29 atoms in block 136
Block first atom: 3227
Blocpdb> 23 atoms in block 137
Block first atom: 3256
Blocpdb> 29 atoms in block 138
Block first atom: 3279
Blocpdb> 22 atoms in block 139
Block first atom: 3308
Blocpdb> 29 atoms in block 140
Block first atom: 3330
Blocpdb> 20 atoms in block 141
Block first atom: 3359
Blocpdb> 24 atoms in block 142
Block first atom: 3379
Blocpdb> 25 atoms in block 143
Block first atom: 3403
Blocpdb> 21 atoms in block 144
Block first atom: 3428
Blocpdb> 26 atoms in block 145
Block first atom: 3449
Blocpdb> 19 atoms in block 146
Block first atom: 3475
Blocpdb> 24 atoms in block 147
Block first atom: 3494
Blocpdb> 29 atoms in block 148
Block first atom: 3518
Blocpdb> 15 atoms in block 149
Block first atom: 3547
Blocpdb> 26 atoms in block 150
Block first atom: 3562
Blocpdb> 28 atoms in block 151
Block first atom: 3588
Blocpdb> 23 atoms in block 152
Block first atom: 3616
Blocpdb> 21 atoms in block 153
Block first atom: 3639
Blocpdb> 31 atoms in block 154
Block first atom: 3660
Blocpdb> 23 atoms in block 155
Block first atom: 3691
Blocpdb> 30 atoms in block 156
Block first atom: 3714
Blocpdb> 24 atoms in block 157
Block first atom: 3744
Blocpdb> 32 atoms in block 158
Block first atom: 3768
Blocpdb> 26 atoms in block 159
Block first atom: 3800
Blocpdb> 29 atoms in block 160
Block first atom: 3826
Blocpdb> 15 atoms in block 161
Block first atom: 3855
Blocpdb> 22 atoms in block 162
Block first atom: 3870
Blocpdb> 25 atoms in block 163
Block first atom: 3892
Blocpdb> 20 atoms in block 164
Block first atom: 3917
Blocpdb> 27 atoms in block 165
Block first atom: 3937
Blocpdb> 15 atoms in block 166
Block first atom: 3963
Blocpdb> 166 blocks.
Blocpdb> At most, 34 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 13 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1454116 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 11934
Prepmat> Matrix trace = 3178460.0000
Prepmat> Last element read: 11934 11934 171.5513
Prepmat> 13862 lines saved.
Prepmat> 12378 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3978
RTB> Total mass = 3978.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3978
RTB> Number of blocks = 166
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 204656.4266
RTB> 50898 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 996
Diagstd> Nb of non-zero elements: 50898
Diagstd> Projected matrix trace = 204656.4266
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 996 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 204656.4266
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0075835 0.0091374 0.0380231 0.0640125
0.0680564 0.1356192 0.1479380 0.1865941 0.1987392
0.3104451 0.3798474 0.4508268 0.5402158 0.5982799
0.7361540 0.9796624 1.0328505 1.2753975 1.4949759
1.6853847 1.8310843 1.8961017 1.9694398 2.1466077
2.3604432 2.5258215 2.7886518 2.9563339 3.3555732
3.5833288 3.7044578 3.9202685 4.0532129 4.7230613
4.8605440 5.0795183 5.4900782 6.5888898 7.0025027
7.4458962 7.9468663 8.1825007 8.4889403 9.3246856
10.6757932 10.8801449 11.1570822 11.3253010 11.3496647
12.0247925 12.2167344 13.7151452 14.5160296 15.3048008
15.8695175 16.2876869 16.9272771 17.4032884 17.4650256
18.0186854 18.9444994 19.5266508 19.7402502 20.0002188
20.0107828 21.2064335 21.5724989 21.6859019 21.9114240
22.6696391 23.5299599 23.8923680 24.0455949 24.9321418
25.2644921 25.4631628 26.7625607 27.2767059 27.2989556
28.0123456 28.0618653 28.6031573 28.8919707 29.3552106
29.4982771 29.9621953 30.7056737 31.2687699 31.7603140
32.3108121 32.9297582 33.6701797 33.8906142 34.6263532
34.9339012 36.1334612 36.4478773 37.2127979 37.3171398
37.5036946
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034321 0.0034335 0.0034337 0.0034340 0.0034345
0.0034350 9.4564879 10.3802193 21.1747841 27.4743665
28.3288942 39.9904073 41.7671848 46.9077136 48.4102190
60.5045041 66.9267720 72.9121877 79.8139722 83.9938527
93.1707534 107.4814453 110.3605878 122.6360224 132.7737954
140.9758772 146.9431840 149.5292285 152.3935681 159.1005284
166.8368809 172.5824428 181.3395050 186.7119106 198.9200865
205.5600018 209.0054463 215.0072898 218.6225676 235.9973209
239.4074832 244.7408952 254.4395073 278.7413519 287.3570943
296.3150909 306.1210784 310.6263590 316.3894699 331.5983635
354.8095948 358.1893102 362.7192425 365.4434293 365.8363007
376.5599049 379.5533653 402.1568638 413.7320856 424.8240754
432.5906629 438.2530889 446.7749671 453.0132854 453.8160940
460.9531976 472.6469363 479.8540453 482.4714356 485.6379912
485.7662300 500.0680390 504.3656580 505.6896033 508.3122569
517.0321907 526.7516130 530.7926227 532.4919462 542.2194274
545.8214088 547.9632761 561.7707374 567.1412562 567.3725183
574.7381398 575.2459212 580.7674501 583.6921647 588.3528761
589.7848411 594.4045091 601.7340608 607.2264467 611.9806268
617.2615383 623.1456259 630.1123579 632.1716275 638.9967622
641.8282435 652.7547823 655.5886115 662.4322113 663.3602672
665.0163254
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3978
Rtb_to_modes> Number of blocs = 166
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9889E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9973E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.5835E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.1374E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.8023E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.4013E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.8056E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1356
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1479
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1866
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1987
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3104
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3798
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4508
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5402
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5983
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7362
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9797
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.033
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.275
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.495
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.685
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.831
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.896
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.969
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.147
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.360
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.526
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.789
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.956
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.356
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.583
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.704
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.920
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.053
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.723
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.861
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.080
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.490
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.589
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.003
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.446
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.947
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.183
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.489
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.325
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.50
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 996 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00002 1.00000 1.00002 1.00002 1.00000
1.00000 0.99998 0.99997 1.00000 1.00000
1.00001 0.99998 0.99999 1.00004 0.99994
1.00000 0.99998 1.00000 0.99997 1.00000
1.00000 1.00004 1.00007 0.99999 0.99997
0.99998 0.99998 1.00000 0.99999 1.00001
1.00001 0.99994 0.99999 0.99998 0.99997
0.99998 1.00003 0.99996 0.99999 0.99999
1.00001 0.99996 1.00000 1.00001 1.00001
0.99999 0.99995 1.00002 0.99996 0.99998
1.00001 0.99998 0.99998 0.99997 0.99999
0.99996 1.00003 1.00002 1.00000 1.00000
0.99998 0.99996 0.99994 0.99998 1.00001
0.99998 0.99999 1.00001 0.99998 1.00002
0.99998 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999
0.99996 0.99998 1.00001 0.99999 0.99997
1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002
0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 1.00002
1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 0.99998
0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998
1.00004 0.99998 0.99999 1.00002 0.99999
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 71604 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00002 1.00000 1.00002 1.00002 1.00000
1.00000 0.99998 0.99997 1.00000 1.00000
1.00001 0.99998 0.99999 1.00004 0.99994
1.00000 0.99998 1.00000 0.99997 1.00000
1.00000 1.00004 1.00007 0.99999 0.99997
0.99998 0.99998 1.00000 0.99999 1.00001
1.00001 0.99994 0.99999 0.99998 0.99997
0.99998 1.00003 0.99996 0.99999 0.99999
1.00001 0.99996 1.00000 1.00001 1.00001
0.99999 0.99995 1.00002 0.99996 0.99998
1.00001 0.99998 0.99998 0.99997 0.99999
0.99996 1.00003 1.00002 1.00000 1.00000
0.99998 0.99996 0.99994 0.99998 1.00001
0.99998 0.99999 1.00001 0.99998 1.00002
0.99998 0.99999 0.99999 0.99999 0.99999
0.99996 0.99998 1.00001 0.99999 0.99997
1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002
0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 1.00002
1.00001 1.00000 1.00000 0.99999 0.99998
0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998
1.00004 0.99998 0.99999 1.00002 0.99999
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260611045752630730.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260611045752630730.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260611045752630730.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260611045752630730.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 497
First residue number = 1
Last residue number = 497
Number of atoms found = 3978
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9889E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9973E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.5835E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.1374E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.8023E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.4013E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.8056E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1356
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1479
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1866
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1987
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3104
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3798
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4508
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5402
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5983
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7362
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9797
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.033
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.275
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.495
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.685
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.831
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.896
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.969
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.147
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.360
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.526
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.789
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.956
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.356
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.583
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.704
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.920
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.053
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.723
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.861
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.080
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.490
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.589
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.003
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.446
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.947
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.183
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.489
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.325
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.50
Bfactors> 106 vectors, 11934 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.007583
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 1.225 +/- 6.41
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -1.225
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260611045752630730.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260611045752630730.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4319E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 9.456
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 10.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 21.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 27.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 28.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 39.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 41.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 46.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 48.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 60.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 66.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 72.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 79.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 83.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 107.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 110.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 132.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 141.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 146.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 152.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 159.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 172.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 181.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 198.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 205.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 209.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 215.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 218.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 236.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 239.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 244.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 278.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 296.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 306.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 310.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 316.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 331.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 354.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 362.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 365.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 365.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 379.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 432.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 446.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 453.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 453.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 479.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 500.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 517.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 526.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 532.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 567.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 567.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 574.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 575.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 580.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 588.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 607.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 612.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 630.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 632.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 641.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 655.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 662.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 663.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.0
Chkmod> 106 vectors, 11934 coordinates in file.
Chkmod> That is: 3978 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 14 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 15 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 23 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 25 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 47 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 63 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6530
0.0034 0.9078
0.0034 0.7162
0.0034 0.7638
0.0034 0.9279
0.0034 0.8313
9.4561 0.0504
10.3798 0.0526
21.1738 0.0673
27.4733 0.3910
28.3276 0.5498
39.9859 0.5996
41.7600 0.0471
46.9064 0.0941
48.4034 0.0820
60.4975 0.0385
66.9197 0.0283
72.9069 0.5153
79.8094 0.1004
83.9917 0.5012
93.1697 0.4846
107.4789 0.0940
110.3638 0.0144
122.6116 0.0965
132.7692 0.0653
140.9537 0.1125
146.9335 0.2687
149.5188 0.4496
152.3700 0.1876
159.1082 0.1566
166.8141 0.1212
172.5811 0.1082
181.3430 0.3095
186.6934 0.3776
198.9242 0.1877
205.5417 0.2918
208.9836 0.1095
214.9907 0.0913
218.6074 0.6087
235.9857 0.0763
239.4084 0.5496
244.7420 0.0183
254.4268 0.1641
278.7317 0.0391
287.3550 0.0696
296.3044 0.0464
306.1105 0.0752
310.6225 0.2834
316.3770 0.3611
331.5897 0.0165
354.8643 0.3345
358.1715 0.0446
362.7511 0.1585
365.5035 0.0921
365.8260 0.0991
376.4687 0.1508
379.5878 0.1258
402.2108 0.0603
413.7709 0.1374
424.7392 0.2838
432.5787 0.2512
438.2654 0.0233
446.7917 0.1310
452.9510 0.2493
453.8612 0.0986
460.9502 0.2816
472.5705 0.2938
479.8746 0.1547
482.4477 0.2542
485.6145 0.1352
485.7359 0.2581
500.0886 0.2741
504.3148 0.2841
505.7157 0.4169
508.2739 0.2149
517.0141 0.2053
526.7294 0.1266
530.7435 0.2424
532.5179 0.2747
542.1729 0.1360
545.7495 0.1045
547.9057 0.0763
561.7197 0.0905
567.1512 0.0733
567.3590 0.3086
574.6894 0.3614
575.2021 0.3245
580.7105 0.3424
583.6472 0.4012
588.3756 0.3647
589.7767 0.1280
594.3572 0.4474
601.7506 0.3632
607.2123 0.3940
611.9513 0.3812
617.2273 0.2712
623.1212 0.1660
630.0836 0.3027
632.1388 0.3659
639.0030 0.3199
641.7649 0.1192
652.6955 0.2413
655.5796 0.3329
662.3789 0.3090
663.3572 0.2177
664.9550 0.3310
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 260611045752630730 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
making animated gifs
11 models are in 260611045752630730.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260611045752630730.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260611045752630730.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 260611045752630730 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
making animated gifs
11 models are in 260611045752630730.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260611045752630730.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260611045752630730.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 260611045752630730 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
making animated gifs
11 models are in 260611045752630730.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260611045752630730.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260611045752630730.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 260611045752630730 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
making animated gifs
11 models are in 260611045752630730.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260611045752630730.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260611045752630730.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 260611045752630730 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260611045752630730.eigenfacs
260611045752630730.atom
making animated gifs
11 models are in 260611045752630730.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260611045752630730.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260611045752630730.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
260611045752630730.10.pdb
260611045752630730.11.pdb
260611045752630730.7.pdb
260611045752630730.8.pdb
260611045752630730.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m16.411s
user 0m16.281s
sys 0m0.109s
rm: cannot remove '260611045752630730.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: april 24th, 2026.
|
