*** closed_10 ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260611224208874718.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 10.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260611224208874718.atom to be opened.
Openam> File opened: 260611224208874718.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 238
First residue number = 1
Last residue number = 238
Number of atoms found = 238
Mean number per residue = 1.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 22.016937 +/- 7.872311 From: 6.112000 To: 45.100000
= 59.291197 +/- 15.513682 From: 31.304000 To: 89.143000
= 45.190887 +/- 7.754713 From: 26.467000 To: 61.713000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijf
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 7.9144 % Filled.
Pdbmat> 20202 non-zero elements.
Pdbmat> 2086 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 17.53 +/- 5.30
Maximum number = 32
Minimum number = 6
Pdbmat> Matrix trace = 41720.0
Pdbmat> Larger element = 124.135
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
using diagstd (there are 238 atoms in your structure)
Diagstd> Version 1.05, August 2004.
Diagstd> Matrix to be read from file: pdbmat.sdijf
Diagstd> Lecture de la matrice -Format CERFACS-
Diagstd> Matrix dimension (Nord) = 714
Diagstd> Number of non-zero elements 20202
Diagstd> Nb of elements found twice: 0
Diagstd> Nb of elements > 1E+10 : 0
Diagstd> Matrix trace: 41720.0000007
%Diagstd-Wn: Nb on non-zero elements there: 714
Openam> file on opening on unit 11:
pdbmat.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 714 eigenvectors are about to be computed.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 41720.0000007
Diagstd> Eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.1121530 0.2164634 0.5709095 0.6740008
0.9507038 1.1096929 1.2898317 1.6906847 1.7095784
1.9841150 2.0592923 2.2122246 2.7218565 2.7368001
2.8858968 3.0189158 3.2113178 3.6575225 3.8921679
4.1586768 4.3874732 4.6229103 4.7745221 4.9550464
5.1253542 5.3220531 5.5370952 5.6998903 5.9234281
6.0343862 6.1012814 6.4022797 6.5118750 6.6027917
6.8490847 7.3660902 7.3878019 7.5405885 7.6461571
7.6794415 7.9458707 8.1973036 8.3730231 8.8117287
8.8476314 9.0351656 9.1349954 9.3325172 9.5712444
9.7234344 9.8646131 10.0619129 10.2977964 10.4600552
10.7123282 10.8789965 10.9582083 11.1190353 11.4121208
11.5653168 11.9355114 11.9848747 12.2841548 12.5996388
12.7243225 12.9509373 13.1182928 13.2412972 13.3486865
13.4032306 13.7313474 13.8950301 14.0247025 14.1815279
14.3516820 14.6108477 14.8953548 14.9467126 15.2809701
15.4506080 15.6009291 15.6753087 15.8490730 16.1455070
16.2482647 16.3972302 16.6028036 16.7305610 16.8081279
17.2081468 17.2123276 17.2959634 17.4073602 17.6733594
17.9006998 18.2724003 18.3384226 18.5080409 18.7082005
19.0494631 19.3046734 19.4294801 19.7331279 19.8409175
19.9668743 19.9879287 20.2349124 20.5263697 20.6595152
20.8139740 20.9351907 21.4279364 21.4336289 21.6401999
21.9251455 22.0389287 22.2307483 22.3785907 22.6641774
22.7912818 22.8679719 22.9659565 23.1545502 23.3864918
23.4924207 23.7148049 23.9534759 24.0495107 24.1330307
24.3057580 24.5936150 24.7909987 24.7961982 24.8944787
25.0315258 25.2438268 25.3016352 25.4770385 25.5615281
25.8625478 26.0004989 26.2580437 26.3849658 26.5132601
26.8122415 26.9536191 27.0528948 27.1280430 27.3114198
27.4765612 27.6651859 27.8200132 27.8970115 28.1160353
28.3011994 28.3147241 28.5032201 28.7336256 28.9678544
29.0257433 29.2855546 29.3237273 29.4306496 29.5484126
29.5974615 29.7094314 29.7630130 30.0741205 30.2187699
30.2246221 30.4320879 30.5589409 30.7124435 30.8716203
31.0102975 31.1282850 31.2672292 31.3291224 31.5396899
31.6814743 31.7058763 31.8541017 31.9613912 32.2986288
32.4404217 32.4749116 32.8421106 32.9118214 32.9713251
33.1681468 33.3246910 33.4732575 33.5327797 33.6804218
33.8034893 34.0260349 34.1634782 34.2331915 34.3425576
34.6514789 34.7296034 34.8742237 35.0162665 35.3397327
35.4093679 35.5501642 35.6620077 35.8102784 36.0168774
36.2216090 36.3881915 36.4704478 36.5412191 36.7993737
36.8616938 36.9102708 37.0322847 37.1716475 37.2307785
37.4759745 37.5529992 37.6077670 37.8667651 37.9992733
38.0866432 38.3003448 38.3800373 38.5010083 38.6482271
38.8066585 38.8465306 39.0624749 39.2025099 39.3028603
39.3804021 39.4880041 39.6137689 39.6856913 39.7908426
39.9140904 39.9859481 40.0516957 40.3765877 40.4568371
40.6415905 40.6643056 40.8363279 40.8904405 41.0619554
41.1215319 41.2159875 41.3859468 41.5646211 41.6622763
41.6883127 41.7792425 42.1094572 42.1966938 42.2851678
42.4160442 42.4507439 42.5952997 42.7895827 42.8424790
42.9221034 43.0694612 43.2171985 43.4338920 43.6214115
43.6413107 43.7413740 43.9654838 44.0548293 44.1598850
44.3015264 44.5610612 44.6466606 44.8622974 44.9497325
45.0267305 45.2529508 45.3084906 45.4606123 45.5729013
45.6009375 45.7475495 45.8333294 45.9830722 46.0432640
46.1615301 46.2378578 46.3618838 46.5022222 46.6234230
46.7293318 46.8564090 46.9189165 47.0184969 47.0748869
47.1410908 47.3180103 47.4620106 47.5666455 47.6442571
47.8799216 47.9934373 48.0977415 48.2588072 48.4508688
48.5999873 48.7136737 48.7557244 48.9712466 49.0424912
49.1636094 49.2837008 49.3891275 49.4382802 49.5762988
49.6840516 49.8005349 49.9568457 50.1368420 50.2404169
50.3029279 50.5649137 50.6482886 50.7050124 50.8475455
50.8960634 51.0498793 51.1141194 51.1896162 51.2491943
51.4784531 51.5785180 51.6703180 51.9308429 52.0883246
52.2642790 52.3631425 52.5355765 52.6635484 52.7303547
52.8794300 52.9138153 53.0572477 53.1306849 53.2529287
53.4278420 53.7182842 53.7966861 53.9625020 54.0995573
54.1853849 54.4154834 54.5509472 54.6287142 54.7631533
55.0170377 55.0916903 55.1136063 55.4521289 55.5153427
55.5836854 55.8390962 55.9414196 56.1096607 56.4038076
56.4477039 56.6565870 56.8162914 56.9839199 57.1524127
57.1950977 57.3826081 57.4509559 57.6867420 57.7367073
57.8457788 57.9338855 58.0267363 58.2354211 58.2631018
58.4051631 58.5984641 58.8334563 59.0185243 59.1980074
59.2671513 59.4201955 59.5222353 59.5493985 59.7944883
59.9050858 60.0049351 60.1008491 60.1627277 60.3510912
60.5447230 60.5974412 60.7532807 60.9481175 61.2061237
61.3449283 61.4426151 61.5929502 61.6761037 61.7723523
62.0547414 62.1458941 62.2467949 62.2778517 62.3386886
62.5269343 62.6007084 62.7673392 62.8405180 63.1674784
63.2135118 63.3558593 63.5685540 63.7054920 63.7462641
63.9881989 64.2699098 64.3834676 64.4115887 64.8046233
64.9340219 65.0549381 65.2323802 65.4439388 65.5115034
65.5638140 65.5870658 65.7571955 66.0922508 66.1870945
66.3511580 66.4864948 66.8397588 66.9192940 67.1867141
67.3898674 67.4765769 67.5613494 67.8251381 67.8952870
68.0258063 68.2174146 68.4292485 68.5276836 68.6564182
68.8406898 68.8962629 69.0105658 69.1019527 69.1627182
69.3624973 69.4590995 69.6294088 69.8156796 70.1178328
70.2046699 70.4543301 70.7309158 70.9699696 71.1228743
71.2115376 71.4727910 71.6278604 71.7588141 71.9002687
72.0635405 72.2584562 72.4389059 72.8402056 72.9801585
73.0831359 73.2889062 73.3865278 73.4613870 73.6724768
74.0145675 74.0331913 74.1998264 74.4096191 74.5972445
74.7614498 74.9346165 74.9732945 75.1870596 75.6697053
75.8153586 75.9872084 76.2034316 76.2678424 76.4774165
76.7334725 76.8046408 77.0194376 77.1391308 77.1904682
77.5847581 77.6383932 77.9293965 78.0511965 78.4319124
78.5793299 78.9032694 79.1126692 79.3526193 79.4577386
79.6603890 79.7665267 80.0080823 80.0943745 80.3746889
80.9202693 80.9571481 81.1328180 81.2657247 81.4892296
81.7045622 81.8714079 81.8948530 82.2641384 82.4037452
82.6167704 82.8704379 83.0550992 83.2490568 83.5536058
83.6167341 83.7696096 83.8746305 84.5406623 84.5809375
84.8373034 84.9162984 85.0492399 85.5486193 85.7563799
85.9533531 86.1679670 86.2371632 86.5308328 86.9090145
87.2932767 87.3539144 87.6684865 88.2122344 88.4084885
88.6684783 88.8616317 89.1109813 89.1815838 89.6224344
89.7474709 90.0737876 90.3176722 90.4614140 90.6658752
90.7591101 90.9490065 91.1974590 91.4134708 91.5465580
91.9230408 92.0253425 92.2048280 92.5031682 92.9556989
93.0222617 93.2119236 93.2303293 93.4443114 93.5545685
93.8941793 94.0512410 94.2832429 94.4311411 94.7071995
95.2005059 95.4530270 95.5789822 95.8475149 96.0292472
96.0891316 96.5861046 96.6263679 96.9748725 97.4578367
97.7220247 97.9429951 98.2294132 98.3490998 98.5979027
98.8556792 98.9090088 98.9501357 99.2917559 99.7168974
99.9085222 100.3411819 100.5519385 100.6839559 100.9763183
101.1428884 101.5748213 101.7535346 101.8909806 102.2404634
102.4375097 102.9369516 103.1026339 103.3669870 103.6785418
103.8838982 103.9538532 104.1588337 104.2881885 105.1720619
105.1934286 105.4912461 106.0552223 106.1695160 106.3380725
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1022.5390630 1023.6521951 1025.0873952 1025.4934023 1028.0249347
1028.7418075 1030.6103342 1032.0046360 1032.8255337 1033.9920730
1034.5235815 1035.6052894 1037.0188467 1038.2462701 1039.0017771
1041.1360185 1041.7152008 1042.7305827 1044.4161624 1046.9677171
1047.3425012 1048.4096638 1048.5131686 1049.7157518 1050.3348613
1052.2395353 1053.1192359 1054.4173323 1055.2440187 1056.7853344
1059.5340265 1060.9383126 1061.6380635 1063.1283729 1064.1357714
1064.4675203 1067.2166832 1067.4391024 1069.3623486 1072.0219154
1073.4739467 1074.6869385 1076.2571633 1076.9126409 1078.2739639
1079.6825752 1079.9737637 1080.1982700 1082.0613276 1084.3754055
1085.4168213 1087.7645127 1088.9062841 1089.6208768 1091.2017308
1092.1013809 1094.4308178 1095.3931795 1096.1327436 1098.0109847
1099.0685642 1101.7446029 1102.6309037 1104.0435602 1105.7061377
1106.8006343 1107.1732289 1108.2642762 1108.9522391 1113.6416738
1113.7547917 1115.3302761 1118.3076858 1118.9101128 1119.7979607
1123.7916618 1125.6440331 1127.0938137 1128.1288517 1129.3000728
1130.3464208 1132.9081584 1133.3466037 1136.8729349 1139.0628615
1140.5112904 1142.3023496 1142.8468641 1145.3130275 1149.1213292
1151.7531813 1152.7538884 1154.2952199 1155.3109441 1155.9473978
1161.2417443 1161.6467452 1162.9872023 1166.6755041 1168.3534665
1171.8024280 1172.9966738 1174.3710888 1178.0962302 1178.2948268
1182.9850522 1184.1593099 1189.7920634 1191.2903871 1192.5740118
1194.8449170 1200.4946466 1201.7178621 1204.6962522 1205.4596996
1207.9619368 1209.7382524 1212.0040292 1213.6401102 1218.4232338
1222.9062022 1223.2769363 1227.7715351 1230.8129406 1237.8267018
1241.7596278 1242.5099658 1246.1415722 1248.9040642 1251.1621154
1251.7918362 1257.1913997 1257.9997288 1265.7131986 1267.1515616
1271.3994142 1274.7442552 1276.8073625 1280.5039575 1284.5183204
1290.1869152 1292.5840387 1298.2976302 1300.6702228 1308.3625285
1316.7307396 1322.1607359 1332.5344527 1340.2734083 1346.6271685
1361.1020263 1374.2820482 1376.7682510 1386.3727075
Diagstd> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260611224208874718.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260611224208874718.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260611224208874718.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260611224208874718.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 238
First residue number = 1
Last residue number = 238
Number of atoms found = 238
Mean number per residue = 1.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9564E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9635E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9977E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0027E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0070E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0099E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1122
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2165
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5709
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6740
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9507
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.110
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.290
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.691
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.710
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.984
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.059
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.212
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.722
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.737
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.886
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.019
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.211
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.658
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.892
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.159
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.387
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.623
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.775
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.955
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.125
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.322
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.537
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.700
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.923
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.034
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.101
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.402
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.512
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.603
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.849
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.366
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.388
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.541
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.646
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.679
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.946
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.197
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.373
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.812
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.848
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.035
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.135
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.333
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.571
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.723
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.865
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.05
%Rdmodfacs-Wn> More than 106 vectors in file.
Bfactors> 106 vectors, 714 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.112200
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.529 for 238 C-alpha atoms.
Bfactors> = 2.132 +/- 2.16
Bfactors> = 30.859 +/- 7.22
Bfactors> Shiftng-fct= 28.727
Bfactors> Scaling-fct= 3.338
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260611224208874718.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260611224208874718.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4263E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4275E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4384E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4458E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4508E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 36.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 50.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 82.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 89.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 105.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 114.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 123.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 141.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 152.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 155.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 161.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 184.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 188.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 194.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 214.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 221.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.9
%Rdmodfacs-Err> More than 106 vectors in file.
Chkmod> 106 vectors, 714 coordinates in file.
Chkmod> That is: 238 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7518
0.0034 0.7919
0.0034 0.7062
0.0034 0.7551
0.0034 0.6973
0.0035 0.9728
36.3725 0.7492
50.5249 0.6545
82.0459 0.6921
89.1470 0.0366
105.8762 0.6539
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141.9955 0.2560
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155.8134 0.3270
161.4988 0.4152
179.1516 0.3634
179.6445 0.0825
184.4696 0.4777
188.6723 0.1922
194.5794 0.3433
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237.2812 0.4470
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 260611224208874718 7 -20 20 10 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-20
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getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 260611224208874718 8 -20 20 10 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
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getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 260611224208874718 9 -20 20 10 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
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getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 260611224208874718 10 -20 20 10 on 0
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generate a series of perturbations for mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
5 models are in 260611224208874718.10.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 260611224208874718 11 -20 20 10 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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getting mode 16
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