*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260612075433969500.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260612075433969500.atom to be opened.
Openam> File opened: 260612075433969500.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 634
First residue number = 1
Last residue number = 317
Number of atoms found = 5816
Mean number per residue = 9.2
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 64.766644 +/- 19.606603 From: 21.392000 To: 111.040000
= 48.857001 +/- 12.839561 From: 17.540000 To: 80.878000
= 54.360954 +/- 18.848186 From: 15.129000 To: 94.604000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.6930 % Filled.
Pdbmat> 2577166 non-zero elements.
Pdbmat> 282520 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 97.15 +/- 26.44
Maximum number = 153
Minimum number = 10
Pdbmat> Matrix trace = 5.650400E+06
Pdbmat> Larger element = 581.739
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
634 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260612075433969500.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260612075433969500.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260612075433969500.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 5816 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 634 residues.
Blocpdb> 45 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 38 atoms in block 2
Block first atom: 46
Blocpdb> 30 atoms in block 3
Block first atom: 84
Blocpdb> 23 atoms in block 4
Block first atom: 114
Blocpdb> 28 atoms in block 5
Block first atom: 137
Blocpdb> 38 atoms in block 6
Block first atom: 165
Blocpdb> 41 atoms in block 7
Block first atom: 203
Blocpdb> 39 atoms in block 8
Block first atom: 244
Blocpdb> 40 atoms in block 9
Block first atom: 283
Blocpdb> 30 atoms in block 10
Block first atom: 323
Blocpdb> 26 atoms in block 11
Block first atom: 353
Blocpdb> 43 atoms in block 12
Block first atom: 379
Blocpdb> 40 atoms in block 13
Block first atom: 422
Blocpdb> 27 atoms in block 14
Block first atom: 462
Blocpdb> 32 atoms in block 15
Block first atom: 489
Blocpdb> 35 atoms in block 16
Block first atom: 521
Blocpdb> 36 atoms in block 17
Block first atom: 556
Blocpdb> 44 atoms in block 18
Block first atom: 592
Blocpdb> 35 atoms in block 19
Block first atom: 636
Blocpdb> 48 atoms in block 20
Block first atom: 671
Blocpdb> 43 atoms in block 21
Block first atom: 719
Blocpdb> 37 atoms in block 22
Block first atom: 762
Blocpdb> 34 atoms in block 23
Block first atom: 799
Blocpdb> 42 atoms in block 24
Block first atom: 833
Blocpdb> 40 atoms in block 25
Block first atom: 875
Blocpdb> 35 atoms in block 26
Block first atom: 915
Blocpdb> 37 atoms in block 27
Block first atom: 950
Blocpdb> 32 atoms in block 28
Block first atom: 987
Blocpdb> 25 atoms in block 29
Block first atom: 1019
Blocpdb> 40 atoms in block 30
Block first atom: 1044
Blocpdb> 31 atoms in block 31
Block first atom: 1084
Blocpdb> 39 atoms in block 32
Block first atom: 1115
Blocpdb> 35 atoms in block 33
Block first atom: 1154
Blocpdb> 35 atoms in block 34
Block first atom: 1189
Blocpdb> 30 atoms in block 35
Block first atom: 1224
Blocpdb> 49 atoms in block 36
Block first atom: 1254
Blocpdb> 46 atoms in block 37
Block first atom: 1303
Blocpdb> 29 atoms in block 38
Block first atom: 1349
Blocpdb> 37 atoms in block 39
Block first atom: 1378
Blocpdb> 34 atoms in block 40
Block first atom: 1415
Blocpdb> 35 atoms in block 41
Block first atom: 1449
Blocpdb> 40 atoms in block 42
Block first atom: 1484
Blocpdb> 37 atoms in block 43
Block first atom: 1524
Blocpdb> 41 atoms in block 44
Block first atom: 1561
Blocpdb> 41 atoms in block 45
Block first atom: 1602
Blocpdb> 32 atoms in block 46
Block first atom: 1643
Blocpdb> 37 atoms in block 47
Block first atom: 1675
Blocpdb> 36 atoms in block 48
Block first atom: 1712
Blocpdb> 36 atoms in block 49
Block first atom: 1748
Blocpdb> 48 atoms in block 50
Block first atom: 1784
Blocpdb> 44 atoms in block 51
Block first atom: 1832
Blocpdb> 44 atoms in block 52
Block first atom: 1876
Blocpdb> 31 atoms in block 53
Block first atom: 1920
Blocpdb> 31 atoms in block 54
Block first atom: 1951
Blocpdb> 47 atoms in block 55
Block first atom: 1982
Blocpdb> 30 atoms in block 56
Block first atom: 2029
Blocpdb> 39 atoms in block 57
Block first atom: 2059
Blocpdb> 34 atoms in block 58
Block first atom: 2098
Blocpdb> 33 atoms in block 59
Block first atom: 2132
Blocpdb> 40 atoms in block 60
Block first atom: 2165
Blocpdb> 37 atoms in block 61
Block first atom: 2205
Blocpdb> 38 atoms in block 62
Block first atom: 2242
Blocpdb> 31 atoms in block 63
Block first atom: 2280
Blocpdb> 39 atoms in block 64
Block first atom: 2311
Blocpdb> 27 atoms in block 65
Block first atom: 2350
Blocpdb> 43 atoms in block 66
Block first atom: 2377
Blocpdb> 39 atoms in block 67
Block first atom: 2420
Blocpdb> 28 atoms in block 68
Block first atom: 2459
Blocpdb> 38 atoms in block 69
Block first atom: 2487
Blocpdb> 40 atoms in block 70
Block first atom: 2525
Blocpdb> 39 atoms in block 71
Block first atom: 2565
Blocpdb> 39 atoms in block 72
Block first atom: 2604
Blocpdb> 25 atoms in block 73
Block first atom: 2643
Blocpdb> 30 atoms in block 74
Block first atom: 2668
Blocpdb> 27 atoms in block 75
Block first atom: 2698
Blocpdb> 47 atoms in block 76
Block first atom: 2725
Blocpdb> 45 atoms in block 77
Block first atom: 2772
Blocpdb> 41 atoms in block 78
Block first atom: 2817
Blocpdb> 38 atoms in block 79
Block first atom: 2858
Blocpdb> 13 atoms in block 80
Block first atom: 2896
Blocpdb> 45 atoms in block 81
Block first atom: 2909
Blocpdb> 38 atoms in block 82
Block first atom: 2954
Blocpdb> 30 atoms in block 83
Block first atom: 2992
Blocpdb> 23 atoms in block 84
Block first atom: 3022
Blocpdb> 28 atoms in block 85
Block first atom: 3045
Blocpdb> 38 atoms in block 86
Block first atom: 3073
Blocpdb> 41 atoms in block 87
Block first atom: 3111
Blocpdb> 39 atoms in block 88
Block first atom: 3152
Blocpdb> 40 atoms in block 89
Block first atom: 3191
Blocpdb> 30 atoms in block 90
Block first atom: 3231
Blocpdb> 26 atoms in block 91
Block first atom: 3261
Blocpdb> 43 atoms in block 92
Block first atom: 3287
Blocpdb> 40 atoms in block 93
Block first atom: 3330
Blocpdb> 27 atoms in block 94
Block first atom: 3370
Blocpdb> 32 atoms in block 95
Block first atom: 3397
Blocpdb> 35 atoms in block 96
Block first atom: 3429
Blocpdb> 36 atoms in block 97
Block first atom: 3464
Blocpdb> 44 atoms in block 98
Block first atom: 3500
Blocpdb> 35 atoms in block 99
Block first atom: 3544
Blocpdb> 48 atoms in block 100
Block first atom: 3579
Blocpdb> 43 atoms in block 101
Block first atom: 3627
Blocpdb> 37 atoms in block 102
Block first atom: 3670
Blocpdb> 34 atoms in block 103
Block first atom: 3707
Blocpdb> 42 atoms in block 104
Block first atom: 3741
Blocpdb> 40 atoms in block 105
Block first atom: 3783
Blocpdb> 35 atoms in block 106
Block first atom: 3823
Blocpdb> 37 atoms in block 107
Block first atom: 3858
Blocpdb> 32 atoms in block 108
Block first atom: 3895
Blocpdb> 25 atoms in block 109
Block first atom: 3927
Blocpdb> 40 atoms in block 110
Block first atom: 3952
Blocpdb> 31 atoms in block 111
Block first atom: 3992
Blocpdb> 39 atoms in block 112
Block first atom: 4023
Blocpdb> 35 atoms in block 113
Block first atom: 4062
Blocpdb> 35 atoms in block 114
Block first atom: 4097
Blocpdb> 30 atoms in block 115
Block first atom: 4132
Blocpdb> 49 atoms in block 116
Block first atom: 4162
Blocpdb> 46 atoms in block 117
Block first atom: 4211
Blocpdb> 29 atoms in block 118
Block first atom: 4257
Blocpdb> 37 atoms in block 119
Block first atom: 4286
Blocpdb> 34 atoms in block 120
Block first atom: 4323
Blocpdb> 35 atoms in block 121
Block first atom: 4357
Blocpdb> 40 atoms in block 122
Block first atom: 4392
Blocpdb> 37 atoms in block 123
Block first atom: 4432
Blocpdb> 41 atoms in block 124
Block first atom: 4469
Blocpdb> 41 atoms in block 125
Block first atom: 4510
Blocpdb> 32 atoms in block 126
Block first atom: 4551
Blocpdb> 37 atoms in block 127
Block first atom: 4583
Blocpdb> 36 atoms in block 128
Block first atom: 4620
Blocpdb> 36 atoms in block 129
Block first atom: 4656
Blocpdb> 48 atoms in block 130
Block first atom: 4692
Blocpdb> 44 atoms in block 131
Block first atom: 4740
Blocpdb> 44 atoms in block 132
Block first atom: 4784
Blocpdb> 31 atoms in block 133
Block first atom: 4828
Blocpdb> 31 atoms in block 134
Block first atom: 4859
Blocpdb> 47 atoms in block 135
Block first atom: 4890
Blocpdb> 30 atoms in block 136
Block first atom: 4937
Blocpdb> 39 atoms in block 137
Block first atom: 4967
Blocpdb> 34 atoms in block 138
Block first atom: 5006
Blocpdb> 33 atoms in block 139
Block first atom: 5040
Blocpdb> 40 atoms in block 140
Block first atom: 5073
Blocpdb> 37 atoms in block 141
Block first atom: 5113
Blocpdb> 38 atoms in block 142
Block first atom: 5150
Blocpdb> 31 atoms in block 143
Block first atom: 5188
Blocpdb> 39 atoms in block 144
Block first atom: 5219
Blocpdb> 27 atoms in block 145
Block first atom: 5258
Blocpdb> 43 atoms in block 146
Block first atom: 5285
Blocpdb> 39 atoms in block 147
Block first atom: 5328
Blocpdb> 28 atoms in block 148
Block first atom: 5367
Blocpdb> 38 atoms in block 149
Block first atom: 5395
Blocpdb> 40 atoms in block 150
Block first atom: 5433
Blocpdb> 39 atoms in block 151
Block first atom: 5473
Blocpdb> 39 atoms in block 152
Block first atom: 5512
Blocpdb> 25 atoms in block 153
Block first atom: 5551
Blocpdb> 30 atoms in block 154
Block first atom: 5576
Blocpdb> 27 atoms in block 155
Block first atom: 5606
Blocpdb> 47 atoms in block 156
Block first atom: 5633
Blocpdb> 45 atoms in block 157
Block first atom: 5680
Blocpdb> 41 atoms in block 158
Block first atom: 5725
Blocpdb> 38 atoms in block 159
Block first atom: 5766
Blocpdb> 13 atoms in block 160
Block first atom: 5803
Blocpdb> 160 blocks.
Blocpdb> At most, 49 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 13 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2577326 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 17448
Prepmat> Matrix trace = 5650400.0000
Prepmat> Last element read: 17448 17448 207.0264
Prepmat> 12881 lines saved.
Prepmat> 11305 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 5816
RTB> Total mass = 5816.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 5816
RTB> Number of blocks = 160
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 233813.7670
RTB> 54300 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 960
Diagstd> Nb of non-zero elements: 54300
Diagstd> Projected matrix trace = 233813.7670
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 960 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 233813.7670
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.5248813 0.6789705 0.9380658 1.5186283
1.5342387 2.1503682 4.1272130 4.6423322 4.6688619
5.3392324 7.7707937 8.1233538 8.2897443 10.8032901
11.1166606 13.4942098 15.0373240 16.6509231 17.0033687
19.4962670 19.7202348 19.8286929 19.9821846 20.8678463
21.2637635 21.6086477 22.7860263 23.3772346 23.9618285
24.4470129 25.6843930 26.6348358 27.6254563 29.4724464
29.7147686 29.8660251 30.6692577 31.2803000 31.5755017
31.7053501 32.2606691 32.4746896 33.2561427 34.2938092
34.5976740 36.2668637 37.3905878 38.5750037 39.2817774
39.7792427 40.1700318 40.4256929 40.8143338 41.4049792
41.9370641 42.1099526 42.5565565 43.5327063 43.6254560
44.3872633 44.7637934 45.2152154 45.6465951 46.8525699
47.5312987 47.8031993 49.0620459 49.5547717 49.6259942
50.4595379 50.9761351 51.7365695 52.0375169 52.8993726
53.3860758 53.7756603 54.1144913 54.4640968 54.8152389
56.5973538 57.6642716 58.0657937 58.3778787 59.1533935
60.0119537 60.2015424 60.9216709 61.3589925 62.4611022
63.0056143 63.1317388 64.1528788 65.1227666 65.3386564
65.9897544 66.2253022 66.5707791 66.6644143 67.3296468
67.5379790
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034322 0.0034326 0.0034339 0.0034339 0.0034339
0.0034348 78.6730235 89.4789211 105.1748547 133.8200012
134.5060293 159.2398269 220.6092506 233.9717296 234.6393227
250.9196615 302.7108383 309.5016479 312.6553372 356.9219846
362.0615886 398.9045672 421.0954598 443.1129451 447.7780150
479.4805687 482.2267753 483.5510422 485.4189921 496.0598693
500.7435305 504.7880616 518.3577277 525.0393436 531.5636291
536.9182685 550.3385476 560.4286021 570.7553751 589.5265564
591.9451364 593.4498069 601.3771362 607.3383914 610.1974802
611.4508558 616.7823903 618.8249060 626.2261768 635.9209659
638.7320834 653.9586376 664.0127623 674.4476852 680.5982773
684.8942745 688.2502342 690.4369361 693.7478281 698.7495890
703.2249844 704.6730409 708.3999469 716.4784193 717.2412685
723.4765600 726.5386483 730.1928606 733.6678258 743.2963308
748.6608456 750.7991325 760.6206426 764.4305235 764.9796643
771.3774075 775.3159757 781.0774408 783.3458783 789.8062039
793.4312103 796.3209764 798.8257770 801.4020211 803.9812784
816.9459861 824.6101675 827.4761088 829.6968384 835.1896666
841.2288592 842.5566090 847.5809432 850.6176506 858.2229068
861.9556198 862.8179188 869.7678595 876.3179376 877.7692856
882.1319178 883.7048831 886.0068917 886.6297797 891.0425601
892.4200325
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 5816
Rtb_to_modes> Number of blocs = 160
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9896E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9922E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9995E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5249
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6790
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9381
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.519
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.534
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.150
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.127
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.642
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.669
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.339
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.771
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.123
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.290
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.54
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 960 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000
1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999
1.00002 1.00001 0.99999 1.00002 0.99998
1.00001 1.00000 0.99997 0.99999 1.00001
1.00002 1.00008 1.00000 1.00000 1.00002
0.99999 0.99996 1.00001 0.99996 1.00001
0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 0.99997
0.99998 0.99999 0.99996 0.99999 1.00002
1.00000 0.99998 0.99997 1.00002 0.99998
1.00001 0.99996 1.00000 1.00000 0.99998
1.00000 1.00000 1.00003 0.99999 0.99997
1.00003 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000
0.99996 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000
1.00000 1.00003 1.00001 1.00000 0.99999
0.99999 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000
0.99998 1.00001 1.00000 1.00000 1.00003
1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998
0.99999 0.99999 1.00001 0.99999 0.99997
1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 1.00001
0.99998 0.99998 0.99999 0.99998 1.00000
0.99996
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 104688 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000
1.00002 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999
1.00002 1.00001 0.99999 1.00002 0.99998
1.00001 1.00000 0.99997 0.99999 1.00001
1.00002 1.00008 1.00000 1.00000 1.00002
0.99999 0.99996 1.00001 0.99996 1.00001
0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 0.99997
0.99998 0.99999 0.99996 0.99999 1.00002
1.00000 0.99998 0.99997 1.00002 0.99998
1.00001 0.99996 1.00000 1.00000 0.99998
1.00000 1.00000 1.00003 0.99999 0.99997
1.00003 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000
0.99996 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000
1.00000 1.00003 1.00001 1.00000 0.99999
0.99999 1.00000 0.99997 0.99999 1.00000
0.99998 1.00001 1.00000 1.00000 1.00003
1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998
0.99999 0.99999 1.00001 0.99999 0.99997
1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 1.00001
0.99998 0.99998 0.99999 0.99998 1.00000
0.99996
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260612075433969500.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260612075433969500.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260612075433969500.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260612075433969500.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 634
First residue number = 1
Last residue number = 317
Number of atoms found = 5816
Mean number per residue = 9.2
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9896E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9922E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9995E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5249
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6790
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9381
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.519
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.534
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.150
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.127
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.642
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.669
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.339
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.771
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.123
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.290
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.54
Bfactors> 106 vectors, 17448 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.524900
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.247 for 634 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.024 +/- 0.02
Bfactors> = 94.504 +/- 8.35
Bfactors> Shiftng-fct= 94.480
Bfactors> Scaling-fct= 396.257
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260612075433969500.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260612075433969500.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 78.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 89.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 105.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 133.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 134.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 159.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 220.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 250.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 302.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 312.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 356.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 362.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 398.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 421.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 443.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 447.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 479.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 496.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 500.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 518.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 550.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 591.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 607.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 611.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 618.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 635.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 674.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 680.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 684.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 690.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 693.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 703.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 704.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 708.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 723.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 726.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 730.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 733.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 748.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 750.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 760.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 764.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 765.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 771.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 775.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 781.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 783.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 789.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 793.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 796.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 798.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 801.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 804.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 816.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 824.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 827.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 829.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 835.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 841.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 842.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 847.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 850.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 858.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 861.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 862.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 869.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 876.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 877.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 882.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 883.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 886.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 886.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 891.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.4
Chkmod> 106 vectors, 17448 coordinates in file.
Chkmod> That is: 5816 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 27 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.9878
0.0034 0.7934
0.0034 0.8075
0.0034 0.7216
0.0034 0.9840
0.0034 0.7259
78.6710 0.6387
89.4770 0.6107
105.1723 0.4066
133.8306 0.5783
134.4898 0.5873
159.2194 0.7252
220.5941 0.6906
233.9533 0.5983
234.6327 0.5046
250.9034 0.6553
302.7019 0.6614
309.4816 0.6643
312.6467 0.7996
356.8523 0.5683
362.1004 0.6297
398.8252 0.5778
421.1148 0.4395
443.0816 0.6354
447.7144 0.5581
479.5059 0.0567
482.2032 0.0909
483.5462 0.5217
485.3716 0.2608
496.0642 0.2096
500.6777 0.3722
504.7822 0.3071
518.3807 0.3113
525.0479 0.3315
531.5205 0.4393
536.9280 0.3216
550.2679 0.2737
560.3537 0.2967
570.7778 0.4401
589.4768 0.3839
591.8722 0.4898
593.4638 0.2493
601.3586 0.4542
607.3094 0.5392
610.2147 0.4596
611.4694 0.5634
616.7495 0.2715
618.7537 0.3489
626.2356 0.4809
635.8584 0.3395
638.7261 0.6276
653.9588 0.4301
663.9790 0.4063
674.4624 0.5107
680.5537 0.3589
684.8714 0.6364
688.2204 0.4753
690.4441 0.3576
693.6812 0.5719
698.6776 0.5540
703.2194 0.1730
704.6432 0.1581
708.3982 0.5201
716.4254 0.5378
717.2478 0.3049
723.4678 0.3437
726.4767 0.3589
730.2001 0.3597
733.6637 0.3769
743.2440 0.4095
748.6185 0.6024
750.7418 0.3242
760.5721 0.5623
764.3609 0.4942
764.9777 0.4719
771.3478 0.4577
775.3121 0.5316
781.0698 0.4520
783.3309 0.3558
789.7770 0.3991
793.4263 0.3582
796.3189 0.4339
798.7583 0.3508
801.3375 0.5087
803.9817 0.3716
816.9300 0.5025
824.5442 0.4777
827.4706 0.6440
829.6763 0.5980
835.1299 0.4779
841.1791 0.4796
842.5096 0.5275
847.5329 0.5609
850.5881 0.3770
858.1785 0.4178
861.9486 0.3170
862.7690 0.3386
869.7110 0.4407
876.2617 0.4893
877.7406 0.5462
882.0957 0.4810
883.6983 0.5011
885.9637 0.4041
886.5624 0.4208
891.0066 0.5318
892.3951 0.5133
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 260612075433969500 7 -300 300 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-300
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-280
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-260
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-240
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-220
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-200
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-180
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-160
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-140
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-120
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-100
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=120
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=140
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=160
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=180
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=200
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=220
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=240
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=260
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=280
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=300
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
making animated gifs
31 models are in 260612075433969500.7.pdb, 5 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 19 will be plotted
MODEL 25 will be plotted
MODEL 31 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
31 models are in 260612075433969500.7.pdb, 5 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 19 will be plotted
MODEL 25 will be plotted
MODEL 31 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
31 models are in 260612075433969500.7.pdb, 5 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 19 will be plotted
MODEL 25 will be plotted
MODEL 31 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 260612075433969500 8 -300 300 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-300
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-280
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-260
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-240
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-220
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-200
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-180
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-160
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-140
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-120
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-100
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=120
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=140
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=160
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=180
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=200
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=220
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=240
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=260
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=280
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=300
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
making animated gifs
31 models are in 260612075433969500.8.pdb, 5 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 19 will be plotted
MODEL 25 will be plotted
MODEL 31 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
31 models are in 260612075433969500.8.pdb, 5 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 19 will be plotted
MODEL 25 will be plotted
MODEL 31 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
31 models are in 260612075433969500.8.pdb, 5 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 19 will be plotted
MODEL 25 will be plotted
MODEL 31 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 260612075433969500 9 -300 300 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-300
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-280
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-260
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-240
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-220
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-200
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-180
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-160
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-140
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-120
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-100
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=120
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=140
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=160
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=180
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=200
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=220
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=240
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=260
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=280
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
calculating perturbed structure for DQ=300
260612075433969500.eigenfacs
260612075433969500.atom
making animated gifs
31 models are in 260612075433969500.9.pdb, 5 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 19 will be plotted
MODEL 25 will be plotted
MODEL 31 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
31 models are in 260612075433969500.9.pdb, 5 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 19 will be plotted
MODEL 25 will be plotted
MODEL 31 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
31 models are in 260612075433969500.9.pdb, 5 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 13 will be plotted
MODEL 19 will be plotted
MODEL 25 will be plotted
MODEL 31 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
260612075433969500.7.pdb
260612075433969500.8.pdb
260612075433969500.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m26.250s
user 0m26.021s
sys 0m0.218s
rm: cannot remove '260612075433969500.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: april 24th, 2026.
|
