*** nompcdar29 ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2607010241001575878.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2607010241001575878.atom to be opened.
Openam> File opened: 2607010241001575878.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 2876
First residue number = 1
Last residue number = 719
Number of atoms found = 22476
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 243.175981 +/- 30.649109 From: 139.923000 To: 347.149000
= 243.081433 +/- 29.542958 From: 141.558000 To: 347.052000
= 317.925142 +/- 31.975714 From: 251.437000 To: 410.927000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 5.9352 % Filled.
Pdbmat> 7467478 non-zero elements.
Pdbmat> 814868 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 72.51 +/- 26.45
Maximum number = 128
Minimum number = 7
Pdbmat> Matrix trace = 1.629736E+07
Pdbmat> Larger element = 513.806
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
2876 non-zero elements, NRBL set to 15
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2607010241001575878.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 15
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2607010241001575878.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2607010241001575878.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 22476 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 15 residue(s) per block.
Blocpdb> 2876 residues.
Blocpdb> 95 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 107 atoms in block 2
Block first atom: 96
Blocpdb> 103 atoms in block 3
Block first atom: 203
Blocpdb> 110 atoms in block 4
Block first atom: 306
Blocpdb> 103 atoms in block 5
Block first atom: 416
Blocpdb> 111 atoms in block 6
Block first atom: 519
Blocpdb> 132 atoms in block 7
Block first atom: 630
Blocpdb> 102 atoms in block 8
Block first atom: 762
Blocpdb> 132 atoms in block 9
Block first atom: 864
Blocpdb> 121 atoms in block 10
Block first atom: 996
Blocpdb> 107 atoms in block 11
Block first atom: 1117
Blocpdb> 122 atoms in block 12
Block first atom: 1224
Blocpdb> 104 atoms in block 13
Block first atom: 1346
Blocpdb> 98 atoms in block 14
Block first atom: 1450
Blocpdb> 123 atoms in block 15
Block first atom: 1548
Blocpdb> 121 atoms in block 16
Block first atom: 1671
Blocpdb> 131 atoms in block 17
Block first atom: 1792
Blocpdb> 121 atoms in block 18
Block first atom: 1923
Blocpdb> 128 atoms in block 19
Block first atom: 2044
Blocpdb> 127 atoms in block 20
Block first atom: 2172
Blocpdb> 116 atoms in block 21
Block first atom: 2299
Blocpdb> 128 atoms in block 22
Block first atom: 2415
Blocpdb> 122 atoms in block 23
Block first atom: 2543
Blocpdb> 106 atoms in block 24
Block first atom: 2665
Blocpdb> 105 atoms in block 25
Block first atom: 2771
Blocpdb> 132 atoms in block 26
Block first atom: 2876
Blocpdb> 113 atoms in block 27
Block first atom: 3008
Blocpdb> 129 atoms in block 28
Block first atom: 3121
Blocpdb> 113 atoms in block 29
Block first atom: 3250
Blocpdb> 121 atoms in block 30
Block first atom: 3363
Blocpdb> 125 atoms in block 31
Block first atom: 3484
Blocpdb> 131 atoms in block 32
Block first atom: 3609
Blocpdb> 123 atoms in block 33
Block first atom: 3740
Blocpdb> 116 atoms in block 34
Block first atom: 3863
Blocpdb> 138 atoms in block 35
Block first atom: 3979
Blocpdb> 114 atoms in block 36
Block first atom: 4117
Blocpdb> 119 atoms in block 37
Block first atom: 4231
Blocpdb> 129 atoms in block 38
Block first atom: 4350
Blocpdb> 112 atoms in block 39
Block first atom: 4479
Blocpdb> 138 atoms in block 40
Block first atom: 4591
Blocpdb> 119 atoms in block 41
Block first atom: 4729
Blocpdb> 117 atoms in block 42
Block first atom: 4848
Blocpdb> 108 atoms in block 43
Block first atom: 4965
Blocpdb> 118 atoms in block 44
Block first atom: 5073
Blocpdb> 122 atoms in block 45
Block first atom: 5191
Blocpdb> 103 atoms in block 46
Block first atom: 5313
Blocpdb> 99 atoms in block 47
Block first atom: 5416
Blocpdb> 105 atoms in block 48
Block first atom: 5515
Blocpdb> 95 atoms in block 49
Block first atom: 5620
Blocpdb> 107 atoms in block 50
Block first atom: 5715
Blocpdb> 103 atoms in block 51
Block first atom: 5822
Blocpdb> 110 atoms in block 52
Block first atom: 5925
Blocpdb> 103 atoms in block 53
Block first atom: 6035
Blocpdb> 111 atoms in block 54
Block first atom: 6138
Blocpdb> 132 atoms in block 55
Block first atom: 6249
Blocpdb> 102 atoms in block 56
Block first atom: 6381
Blocpdb> 132 atoms in block 57
Block first atom: 6483
Blocpdb> 121 atoms in block 58
Block first atom: 6615
Blocpdb> 107 atoms in block 59
Block first atom: 6736
Blocpdb> 122 atoms in block 60
Block first atom: 6843
Blocpdb> 104 atoms in block 61
Block first atom: 6965
Blocpdb> 98 atoms in block 62
Block first atom: 7069
Blocpdb> 123 atoms in block 63
Block first atom: 7167
Blocpdb> 121 atoms in block 64
Block first atom: 7290
Blocpdb> 131 atoms in block 65
Block first atom: 7411
Blocpdb> 121 atoms in block 66
Block first atom: 7542
Blocpdb> 128 atoms in block 67
Block first atom: 7663
Blocpdb> 127 atoms in block 68
Block first atom: 7791
Blocpdb> 116 atoms in block 69
Block first atom: 7918
Blocpdb> 128 atoms in block 70
Block first atom: 8034
Blocpdb> 122 atoms in block 71
Block first atom: 8162
Blocpdb> 106 atoms in block 72
Block first atom: 8284
Blocpdb> 105 atoms in block 73
Block first atom: 8390
Blocpdb> 132 atoms in block 74
Block first atom: 8495
Blocpdb> 113 atoms in block 75
Block first atom: 8627
Blocpdb> 129 atoms in block 76
Block first atom: 8740
Blocpdb> 113 atoms in block 77
Block first atom: 8869
Blocpdb> 121 atoms in block 78
Block first atom: 8982
Blocpdb> 125 atoms in block 79
Block first atom: 9103
Blocpdb> 131 atoms in block 80
Block first atom: 9228
Blocpdb> 123 atoms in block 81
Block first atom: 9359
Blocpdb> 116 atoms in block 82
Block first atom: 9482
Blocpdb> 138 atoms in block 83
Block first atom: 9598
Blocpdb> 114 atoms in block 84
Block first atom: 9736
Blocpdb> 119 atoms in block 85
Block first atom: 9850
Blocpdb> 129 atoms in block 86
Block first atom: 9969
Blocpdb> 112 atoms in block 87
Block first atom: 10098
Blocpdb> 138 atoms in block 88
Block first atom: 10210
Blocpdb> 119 atoms in block 89
Block first atom: 10348
Blocpdb> 117 atoms in block 90
Block first atom: 10467
Blocpdb> 108 atoms in block 91
Block first atom: 10584
Blocpdb> 118 atoms in block 92
Block first atom: 10692
Blocpdb> 122 atoms in block 93
Block first atom: 10810
Blocpdb> 103 atoms in block 94
Block first atom: 10932
Blocpdb> 99 atoms in block 95
Block first atom: 11035
Blocpdb> 105 atoms in block 96
Block first atom: 11134
Blocpdb> 95 atoms in block 97
Block first atom: 11239
Blocpdb> 107 atoms in block 98
Block first atom: 11334
Blocpdb> 103 atoms in block 99
Block first atom: 11441
Blocpdb> 110 atoms in block 100
Block first atom: 11544
Blocpdb> 103 atoms in block 101
Block first atom: 11654
Blocpdb> 111 atoms in block 102
Block first atom: 11757
Blocpdb> 132 atoms in block 103
Block first atom: 11868
Blocpdb> 102 atoms in block 104
Block first atom: 12000
Blocpdb> 132 atoms in block 105
Block first atom: 12102
Blocpdb> 121 atoms in block 106
Block first atom: 12234
Blocpdb> 107 atoms in block 107
Block first atom: 12355
Blocpdb> 122 atoms in block 108
Block first atom: 12462
Blocpdb> 104 atoms in block 109
Block first atom: 12584
Blocpdb> 98 atoms in block 110
Block first atom: 12688
Blocpdb> 123 atoms in block 111
Block first atom: 12786
Blocpdb> 121 atoms in block 112
Block first atom: 12909
Blocpdb> 131 atoms in block 113
Block first atom: 13030
Blocpdb> 121 atoms in block 114
Block first atom: 13161
Blocpdb> 128 atoms in block 115
Block first atom: 13282
Blocpdb> 127 atoms in block 116
Block first atom: 13410
Blocpdb> 116 atoms in block 117
Block first atom: 13537
Blocpdb> 128 atoms in block 118
Block first atom: 13653
Blocpdb> 122 atoms in block 119
Block first atom: 13781
Blocpdb> 106 atoms in block 120
Block first atom: 13903
Blocpdb> 105 atoms in block 121
Block first atom: 14009
Blocpdb> 132 atoms in block 122
Block first atom: 14114
Blocpdb> 113 atoms in block 123
Block first atom: 14246
Blocpdb> 129 atoms in block 124
Block first atom: 14359
Blocpdb> 113 atoms in block 125
Block first atom: 14488
Blocpdb> 121 atoms in block 126
Block first atom: 14601
Blocpdb> 125 atoms in block 127
Block first atom: 14722
Blocpdb> 131 atoms in block 128
Block first atom: 14847
Blocpdb> 123 atoms in block 129
Block first atom: 14978
Blocpdb> 116 atoms in block 130
Block first atom: 15101
Blocpdb> 138 atoms in block 131
Block first atom: 15217
Blocpdb> 114 atoms in block 132
Block first atom: 15355
Blocpdb> 119 atoms in block 133
Block first atom: 15469
Blocpdb> 129 atoms in block 134
Block first atom: 15588
Blocpdb> 112 atoms in block 135
Block first atom: 15717
Blocpdb> 138 atoms in block 136
Block first atom: 15829
Blocpdb> 119 atoms in block 137
Block first atom: 15967
Blocpdb> 117 atoms in block 138
Block first atom: 16086
Blocpdb> 108 atoms in block 139
Block first atom: 16203
Blocpdb> 118 atoms in block 140
Block first atom: 16311
Blocpdb> 122 atoms in block 141
Block first atom: 16429
Blocpdb> 103 atoms in block 142
Block first atom: 16551
Blocpdb> 99 atoms in block 143
Block first atom: 16654
Blocpdb> 105 atoms in block 144
Block first atom: 16753
Blocpdb> 95 atoms in block 145
Block first atom: 16858
Blocpdb> 107 atoms in block 146
Block first atom: 16953
Blocpdb> 103 atoms in block 147
Block first atom: 17060
Blocpdb> 110 atoms in block 148
Block first atom: 17163
Blocpdb> 103 atoms in block 149
Block first atom: 17273
Blocpdb> 111 atoms in block 150
Block first atom: 17376
Blocpdb> 132 atoms in block 151
Block first atom: 17487
Blocpdb> 102 atoms in block 152
Block first atom: 17619
Blocpdb> 132 atoms in block 153
Block first atom: 17721
Blocpdb> 121 atoms in block 154
Block first atom: 17853
Blocpdb> 107 atoms in block 155
Block first atom: 17974
Blocpdb> 122 atoms in block 156
Block first atom: 18081
Blocpdb> 104 atoms in block 157
Block first atom: 18203
Blocpdb> 98 atoms in block 158
Block first atom: 18307
Blocpdb> 123 atoms in block 159
Block first atom: 18405
Blocpdb> 121 atoms in block 160
Block first atom: 18528
Blocpdb> 131 atoms in block 161
Block first atom: 18649
Blocpdb> 121 atoms in block 162
Block first atom: 18780
Blocpdb> 128 atoms in block 163
Block first atom: 18901
Blocpdb> 127 atoms in block 164
Block first atom: 19029
Blocpdb> 116 atoms in block 165
Block first atom: 19156
Blocpdb> 128 atoms in block 166
Block first atom: 19272
Blocpdb> 122 atoms in block 167
Block first atom: 19400
Blocpdb> 106 atoms in block 168
Block first atom: 19522
Blocpdb> 105 atoms in block 169
Block first atom: 19628
Blocpdb> 132 atoms in block 170
Block first atom: 19733
Blocpdb> 113 atoms in block 171
Block first atom: 19865
Blocpdb> 129 atoms in block 172
Block first atom: 19978
Blocpdb> 113 atoms in block 173
Block first atom: 20107
Blocpdb> 121 atoms in block 174
Block first atom: 20220
Blocpdb> 125 atoms in block 175
Block first atom: 20341
Blocpdb> 131 atoms in block 176
Block first atom: 20466
Blocpdb> 123 atoms in block 177
Block first atom: 20597
Blocpdb> 116 atoms in block 178
Block first atom: 20720
Blocpdb> 138 atoms in block 179
Block first atom: 20836
Blocpdb> 114 atoms in block 180
Block first atom: 20974
Blocpdb> 119 atoms in block 181
Block first atom: 21088
Blocpdb> 129 atoms in block 182
Block first atom: 21207
Blocpdb> 112 atoms in block 183
Block first atom: 21336
Blocpdb> 138 atoms in block 184
Block first atom: 21448
Blocpdb> 119 atoms in block 185
Block first atom: 21586
Blocpdb> 117 atoms in block 186
Block first atom: 21705
Blocpdb> 108 atoms in block 187
Block first atom: 21822
Blocpdb> 118 atoms in block 188
Block first atom: 21930
Blocpdb> 122 atoms in block 189
Block first atom: 22048
Blocpdb> 103 atoms in block 190
Block first atom: 22170
Blocpdb> 99 atoms in block 191
Block first atom: 22273
Blocpdb> 105 atoms in block 192
Block first atom: 22371
Blocpdb> 192 blocks.
Blocpdb> At most, 138 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 95 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 7467670 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 67428
Prepmat> Matrix trace = 16297360.0001
Prepmat> Last element read: 67428 67428 39.6052
Prepmat> 18529 lines saved.
Prepmat> 17485 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 22476
RTB> Total mass = 22476.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 22476
RTB> Number of blocks = 192
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 115854.9093
RTB> 34668 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1152
Diagstd> Nb of non-zero elements: 34668
Diagstd> Projected matrix trace = 115854.9093
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1152 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 115854.9093
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000436 0.0000589 0.0000641 0.0000793
0.0001119 0.0001292 0.0001692 0.0001750 0.0006961
0.0007636 0.0008924 0.0011347 0.0014755 0.0015514
0.0019439 0.0021601 0.0036935 0.0039171 0.0049173
0.0051877 0.0095095 0.0105713 0.0116272 0.0124743
0.0151703 0.0167351 0.0184587 0.0187551 0.0273779
0.0322240 0.0358462 0.0376729 0.0425005 0.0566756
0.0582252 0.0588489 0.0615491 0.0620235 0.0638041
0.0883104 0.0930717 0.1024074 0.1286587 0.1310992
0.1410191 0.1474699 0.1591308 0.1783784 0.1871433
0.1952880 0.2117261 0.2221243 0.2319401 0.2402501
0.2505427 0.2604517 0.2621415 0.3229454 0.3695561
0.3766277 0.3833539 0.3973444 0.4043626 0.4315031
0.4653835 0.4836871 0.5090373 0.5127135 0.5455700
0.5501384 0.5695863 0.6127689 0.6481358 0.6726484
0.6767316 0.7125648 0.7743941 0.8340168 0.8580581
0.8925893 0.8998303 0.9279347 0.9585223 1.0004077
1.0851754 1.1748913 1.1979942 1.2687195 1.2915720
1.3475617 1.3990419 1.4439370 1.5001023 1.5301193
1.5648566 1.5743223 1.5947350 1.7708875 1.8037423
1.8459602
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034331 0.0034339 0.0034340 0.0034340 0.0034340
0.0034341 0.7173646 0.8333015 0.8694272 0.9667247
1.1488771 1.2342360 1.4125160 1.4364962 2.8649636
3.0007202 3.2438729 3.6579060 4.1711811 4.2772252
4.7877127 5.0470092 6.5995856 6.7963954 7.6148048
7.8213747 10.5894883 11.1650337 11.7093335 12.1284101
13.3749498 14.0478541 14.7535411 14.8715063 17.9678279
19.4932883 20.5596895 21.0770392 22.3868062 25.8519418
26.2029888 26.3429495 26.9405299 27.0441567 27.4296083
32.2701705 33.1286700 34.7504975 38.9506572 39.3183440
40.7787834 41.7010496 43.3184028 45.8634184 46.9766856
47.9880438 49.9669059 51.1791762 52.2977770 53.2263961
54.3545859 55.4190216 55.5985163 61.7106044 66.0139088
66.6425231 67.2349683 68.4508478 69.0527177 71.3324704
74.0799625 75.5227060 77.4765155 77.7557748 80.2085213
80.5436414 81.9549208 85.0048360 87.4235165 89.0613597
89.3312669 91.6658292 95.5600360 99.1705423 100.5897280
102.5937982 103.0090986 104.6053728 106.3154543 108.6134964
113.1215264 117.7047858 118.8564157 122.3145419 123.4112022
126.0577689 128.4430602 130.4876464 133.0012502 134.3253349
135.8415257 136.2517527 137.1322321 144.5076243 145.8419692
147.5388688
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 22476
Rtb_to_modes> Number of blocs = 192
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9948E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.3640E-05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.8886E-05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.4103E-05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.9253E-05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.1193E-04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.2918E-04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.6920E-04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.7499E-04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.9606E-04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.6359E-04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.9235E-04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.1347E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.4755E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.5514E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.9439E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.1601E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.6935E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.9171E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.9173E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.1877E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.5095E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0571E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.1627E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.2474E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.5170E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.6735E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.8459E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.8755E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.7378E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.2224E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.5846E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.7673E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.2500E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.6676E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.8225E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.8849E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.1549E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.2024E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.3804E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.8310E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.3072E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1024
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1287
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1311
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1410
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1475
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1591
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1784
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1871
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1953
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2117
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2221
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2319
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2403
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2505
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2605
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2621
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3229
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3696
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3766
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3834
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3973
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4044
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4315
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4654
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4837
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5090
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5127
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5456
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5501
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5696
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6128
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6481
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6726
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6767
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7126
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7744
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8340
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8581
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8926
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8998
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9279
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9585
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.000
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.085
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.175
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.198
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.269
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.292
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.348
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.399
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.444
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.500
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.530
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.565
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.574
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.595
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.771
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.804
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.846
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1152 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000
1.00000 1.00001 0.99998 1.00005 1.00003
1.00000 0.99998 1.00003 0.99999 0.99999
0.99999 0.99999 1.00003 1.00003 0.99999
1.00006 1.00000 0.99994 1.00002 0.99999
0.99999 1.00004 1.00007 0.99994 1.00005
1.00000 1.00000 1.00002 0.99999 1.00004
1.00001 0.99999 0.99998 1.00004 1.00003
0.99998 1.00004 1.00003 1.00003 1.00004
0.99999 0.99999 1.00006 1.00004 0.99998
1.00001 1.00001 0.99999 0.99996 1.00003
1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 1.00000
1.00000 0.99997 0.99995 1.00000 1.00006
1.00001 1.00000 1.00003 1.00001 0.99999
1.00000 1.00004 1.00000 0.99998 0.99999
1.00000 0.99998 0.99997 1.00003 1.00001
0.99998 1.00005 1.00003 0.99998 1.00000
1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 1.00002
1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002
1.00000 1.00001 1.00003 1.00000 0.99997
0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000
0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 404568 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000
1.00000 1.00001 0.99998 1.00005 1.00003
1.00000 0.99998 1.00003 0.99999 0.99999
0.99999 0.99999 1.00003 1.00003 0.99999
1.00006 1.00000 0.99994 1.00002 0.99999
0.99999 1.00004 1.00007 0.99994 1.00005
1.00000 1.00000 1.00002 0.99999 1.00004
1.00001 0.99999 0.99998 1.00004 1.00003
0.99998 1.00004 1.00003 1.00003 1.00004
0.99999 0.99999 1.00006 1.00004 0.99998
1.00001 1.00001 0.99999 0.99996 1.00003
1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 1.00000
1.00000 0.99997 0.99995 1.00000 1.00006
1.00001 1.00000 1.00003 1.00001 0.99999
1.00000 1.00004 1.00000 0.99998 0.99999
1.00000 0.99998 0.99997 1.00003 1.00001
0.99998 1.00005 1.00003 0.99998 1.00000
1.00001 1.00001 0.99998 0.99999 1.00002
1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002
1.00000 1.00001 1.00003 1.00000 0.99997
0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2607010241001575878.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2607010241001575878.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2607010241001575878.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2607010241001575878.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 2876
First residue number = 1
Last residue number = 719
Number of atoms found = 22476
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9948E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.3640E-05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.8886E-05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.4103E-05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.9253E-05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.1193E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.2918E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.6920E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.7499E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.9606E-04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.6359E-04
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.846
Bfactors> 106 vectors, 67428 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.000044
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.376 for 2876 C-alpha atoms.
Bfactors> = 83.388 +/- 434.21
Bfactors> = 71.477 +/- 23.56
Bfactors> Shiftng-fct= -11.911
Bfactors> Scaling-fct= 0.054
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2607010241001575878.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2607010241001575878.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 137.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 145.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 147.5
Chkmod> 106 vectors, 67428 coordinates in file.
Chkmod> That is: 22476 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 9 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 23 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 28 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 29 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 30 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 48 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 65 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 82 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
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normal mode computation
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607010241001575878.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607010241001575878.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
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normal mode computation
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607010241001575878.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607010241001575878.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making animated gif 300x300
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 10
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607010241001575878.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607010241001575878.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607010241001575878.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2607010241001575878.10.pdb
2607010241001575878.11.pdb
2607010241001575878.7.pdb
2607010241001575878.8.pdb
2607010241001575878.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 3m46.782s
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