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LOGs for ID: 2607071439493173736

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2607071439493173736.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2607071439493173736.atom to be opened. Openam> File opened: 2607071439493173736.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 349 First residue number = 41 Last residue number = 529 Number of atoms found = 2762 Mean number per residue = 7.9 Pdbmat> Coordinate statistics: = 11.899156 +/- 8.892552 From: -13.998000 To: 34.400000 = 1.577477 +/- 11.470466 From: -24.931000 To: 30.626000 = -26.624409 +/- 18.350073 From: -65.918000 To: 13.864000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 2.9595 % Filled. Pdbmat> 1016071 non-zero elements. Pdbmat> 111071 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 80.43 +/- 25.03 Maximum number = 134 Minimum number = 14 Pdbmat> Matrix trace = 2.221420E+06 Pdbmat> Larger element = 482.868 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 349 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2607071439493173736.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2607071439493173736.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2607071439493173736.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 2762 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 349 residues. Blocpdb> 20 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 12 atoms in block 2 Block first atom: 21 Blocpdb> 21 atoms in block 3 Block first atom: 33 Blocpdb> 23 atoms in block 4 Block first atom: 54 Blocpdb> 13 atoms in block 5 Block first atom: 77 Blocpdb> 14 atoms in block 6 Block first atom: 90 Blocpdb> 13 atoms in block 7 Block first atom: 104 Blocpdb> 22 atoms in block 8 Block first atom: 117 Blocpdb> 16 atoms in block 9 Block first atom: 139 Blocpdb> 16 atoms in block 10 Block first atom: 155 Blocpdb> 16 atoms in block 11 Block first atom: 171 Blocpdb> 17 atoms in block 12 Block first atom: 187 Blocpdb> 11 atoms in block 13 Block first atom: 204 Blocpdb> 16 atoms in block 14 Block first atom: 215 Blocpdb> 15 atoms in block 15 Block first atom: 231 Blocpdb> 15 atoms in block 16 Block first atom: 246 Blocpdb> 13 atoms in block 17 Block first atom: 261 Blocpdb> 20 atoms in block 18 Block first atom: 274 Blocpdb> 17 atoms in block 19 Block first atom: 294 Blocpdb> 18 atoms in block 20 Block first atom: 311 Blocpdb> 18 atoms in block 21 Block first atom: 329 Blocpdb> 14 atoms in block 22 Block first atom: 347 Blocpdb> 19 atoms in block 23 Block first atom: 361 Blocpdb> 18 atoms in block 24 Block first atom: 380 Blocpdb> 14 atoms in block 25 Block first atom: 398 Blocpdb> 23 atoms in block 26 Block first atom: 412 Blocpdb> 13 atoms in block 27 Block first atom: 435 Blocpdb> 11 atoms in block 28 Block first atom: 448 Blocpdb> 20 atoms in block 29 Block first atom: 459 Blocpdb> 12 atoms in block 30 Block first atom: 479 Blocpdb> 20 atoms in block 31 Block first atom: 491 Blocpdb> 20 atoms in block 32 Block first atom: 511 Blocpdb> 16 atoms in block 33 Block first atom: 531 Blocpdb> 15 atoms in block 34 Block first atom: 547 Blocpdb> 19 atoms in block 35 Block first atom: 562 Blocpdb> 19 atoms in block 36 Block first atom: 581 Blocpdb> 20 atoms in block 37 Block first atom: 600 Blocpdb> 15 atoms in block 38 Block first atom: 620 Blocpdb> 19 atoms in block 39 Block first atom: 635 Blocpdb> 17 atoms in block 40 Block first atom: 654 Blocpdb> 14 atoms in block 41 Block first atom: 671 Blocpdb> 17 atoms in block 42 Block first atom: 685 Blocpdb> 18 atoms in block 43 Block first atom: 702 Blocpdb> 18 atoms in block 44 Block first atom: 720 Blocpdb> 20 atoms in block 45 Block first atom: 738 Blocpdb> 21 atoms in block 46 Block first atom: 758 Blocpdb> 16 atoms in block 47 Block first atom: 779 Blocpdb> 16 atoms in block 48 Block first atom: 795 Blocpdb> 16 atoms in block 49 Block first atom: 811 Blocpdb> 16 atoms in block 50 Block first atom: 827 Blocpdb> 17 atoms in block 51 Block first atom: 843 Blocpdb> 14 atoms in block 52 Block first atom: 860 Blocpdb> 16 atoms in block 53 Block first atom: 874 Blocpdb> 17 atoms in block 54 Block first atom: 890 Blocpdb> 17 atoms in block 55 Block first atom: 907 Blocpdb> 18 atoms in block 56 Block first atom: 924 Blocpdb> 13 atoms in block 57 Block first atom: 942 Blocpdb> 15 atoms in block 58 Block first atom: 955 Blocpdb> 21 atoms in block 59 Block first atom: 970 Blocpdb> 17 atoms in block 60 Block first atom: 991 Blocpdb> 22 atoms in block 61 Block first atom: 1008 Blocpdb> 17 atoms in block 62 Block first atom: 1030 Blocpdb> 13 atoms in block 63 Block first atom: 1047 Blocpdb> 20 atoms in block 64 Block first atom: 1060 Blocpdb> 21 atoms in block 65 Block first atom: 1080 Blocpdb> 14 atoms in block 66 Block first atom: 1101 Blocpdb> 14 atoms in block 67 Block first atom: 1115 Blocpdb> 15 atoms in block 68 Block first atom: 1129 Blocpdb> 18 atoms in block 69 Block first atom: 1144 Blocpdb> 13 atoms in block 70 Block first atom: 1162 Blocpdb> 16 atoms in block 71 Block first atom: 1175 Blocpdb> 19 atoms in block 72 Block first atom: 1191 Blocpdb> 14 atoms in block 73 Block first atom: 1210 Blocpdb> 14 atoms in block 74 Block first atom: 1224 Blocpdb> 17 atoms in block 75 Block first atom: 1238 Blocpdb> 21 atoms in block 76 Block first atom: 1255 Blocpdb> 18 atoms in block 77 Block first atom: 1276 Blocpdb> 20 atoms in block 78 Block first atom: 1294 Blocpdb> 10 atoms in block 79 Block first atom: 1314 Blocpdb> 19 atoms in block 80 Block first atom: 1324 Blocpdb> 16 atoms in block 81 Block first atom: 1343 Blocpdb> 14 atoms in block 82 Block first atom: 1359 Blocpdb> 16 atoms in block 83 Block first atom: 1373 Blocpdb> 13 atoms in block 84 Block first atom: 1389 Blocpdb> 11 atoms in block 85 Block first atom: 1402 Blocpdb> 16 atoms in block 86 Block first atom: 1413 Blocpdb> 19 atoms in block 87 Block first atom: 1429 Blocpdb> 15 atoms in block 88 Block first atom: 1448 Blocpdb> 17 atoms in block 89 Block first atom: 1463 Blocpdb> 17 atoms in block 90 Block first atom: 1480 Blocpdb> 16 atoms in block 91 Block first atom: 1497 Blocpdb> 11 atoms in block 92 Block first atom: 1513 Blocpdb> 19 atoms in block 93 Block first atom: 1524 Blocpdb> 12 atoms in block 94 Block first atom: 1543 Blocpdb> 12 atoms in block 95 Block first atom: 1555 Blocpdb> 12 atoms in block 96 Block first atom: 1567 Blocpdb> 18 atoms in block 97 Block first atom: 1579 Blocpdb> 12 atoms in block 98 Block first atom: 1597 Blocpdb> 13 atoms in block 99 Block first atom: 1609 Blocpdb> 22 atoms in block 100 Block first atom: 1622 Blocpdb> 18 atoms in block 101 Block first atom: 1644 Blocpdb> 15 atoms in block 102 Block first atom: 1662 Blocpdb> 14 atoms in block 103 Block first atom: 1677 Blocpdb> 19 atoms in block 104 Block first atom: 1691 Blocpdb> 15 atoms in block 105 Block first atom: 1710 Blocpdb> 14 atoms in block 106 Block first atom: 1725 Blocpdb> 12 atoms in block 107 Block first atom: 1739 Blocpdb> 12 atoms in block 108 Block first atom: 1751 Blocpdb> 19 atoms in block 109 Block first atom: 1763 Blocpdb> 14 atoms in block 110 Block first atom: 1782 Blocpdb> 18 atoms in block 111 Block first atom: 1796 Blocpdb> 20 atoms in block 112 Block first atom: 1814 Blocpdb> 13 atoms in block 113 Block first atom: 1834 Blocpdb> 15 atoms in block 114 Block first atom: 1847 Blocpdb> 17 atoms in block 115 Block first atom: 1862 Blocpdb> 12 atoms in block 116 Block first atom: 1879 Blocpdb> 13 atoms in block 117 Block first atom: 1891 Blocpdb> 15 atoms in block 118 Block first atom: 1904 Blocpdb> 11 atoms in block 119 Block first atom: 1919 Blocpdb> 16 atoms in block 120 Block first atom: 1930 Blocpdb> 9 atoms in block 121 Block first atom: 1946 Blocpdb> 16 atoms in block 122 Block first atom: 1955 Blocpdb> 14 atoms in block 123 Block first atom: 1971 Blocpdb> 6 atoms in block 124 Block first atom: 1985 Blocpdb> 13 atoms in block 125 Block first atom: 1991 Blocpdb> 18 atoms in block 126 Block first atom: 2004 Blocpdb> 11 atoms in block 127 Block first atom: 2022 Blocpdb> 12 atoms in block 128 Block first atom: 2033 Blocpdb> 13 atoms in block 129 Block first atom: 2045 Blocpdb> 16 atoms in block 130 Block first atom: 2058 Blocpdb> 20 atoms in block 131 Block first atom: 2074 Blocpdb> 16 atoms in block 132 Block first atom: 2094 Blocpdb> 10 atoms in block 133 Block first atom: 2110 Blocpdb> 12 atoms in block 134 Block first atom: 2120 Blocpdb> 5 atoms in block 135 Block first atom: 2132 Blocpdb> 13 atoms in block 136 Block first atom: 2137 Blocpdb> 13 atoms in block 137 Block first atom: 2150 Blocpdb> 14 atoms in block 138 Block first atom: 2163 Blocpdb> 12 atoms in block 139 Block first atom: 2177 Blocpdb> 16 atoms in block 140 Block first atom: 2189 Blocpdb> 18 atoms in block 141 Block first atom: 2205 Blocpdb> 13 atoms in block 142 Block first atom: 2223 Blocpdb> 18 atoms in block 143 Block first atom: 2236 Blocpdb> 22 atoms in block 144 Block first atom: 2254 Blocpdb> 13 atoms in block 145 Block first atom: 2276 Blocpdb> 15 atoms in block 146 Block first atom: 2289 Blocpdb> 17 atoms in block 147 Block first atom: 2304 Blocpdb> 10 atoms in block 148 Block first atom: 2321 Blocpdb> 15 atoms in block 149 Block first atom: 2331 Blocpdb> 22 atoms in block 150 Block first atom: 2346 Blocpdb> 18 atoms in block 151 Block first atom: 2368 Blocpdb> 11 atoms in block 152 Block first atom: 2386 Blocpdb> 18 atoms in block 153 Block first atom: 2397 Blocpdb> 18 atoms in block 154 Block first atom: 2415 Blocpdb> 19 atoms in block 155 Block first atom: 2433 Blocpdb> 10 atoms in block 156 Block first atom: 2452 Blocpdb> 16 atoms in block 157 Block first atom: 2462 Blocpdb> 13 atoms in block 158 Block first atom: 2478 Blocpdb> 17 atoms in block 159 Block first atom: 2491 Blocpdb> 13 atoms in block 160 Block first atom: 2508 Blocpdb> 11 atoms in block 161 Block first atom: 2521 Blocpdb> 12 atoms in block 162 Block first atom: 2532 Blocpdb> 16 atoms in block 163 Block first atom: 2544 Blocpdb> 18 atoms in block 164 Block first atom: 2560 Blocpdb> 17 atoms in block 165 Block first atom: 2578 Blocpdb> 17 atoms in block 166 Block first atom: 2595 Blocpdb> 18 atoms in block 167 Block first atom: 2612 Blocpdb> 13 atoms in block 168 Block first atom: 2630 Blocpdb> 15 atoms in block 169 Block first atom: 2643 Blocpdb> 14 atoms in block 170 Block first atom: 2658 Blocpdb> 18 atoms in block 171 Block first atom: 2672 Blocpdb> 16 atoms in block 172 Block first atom: 2690 Blocpdb> 17 atoms in block 173 Block first atom: 2706 Blocpdb> 16 atoms in block 174 Block first atom: 2723 Blocpdb> 13 atoms in block 175 Block first atom: 2739 Blocpdb> 11 atoms in block 176 Block first atom: 2751 Blocpdb> 176 blocks. Blocpdb> At most, 23 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 1016247 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 8286 Prepmat> Matrix trace = 2221420.0000 Prepmat> Last element read: 8286 8286 12.9291 Prepmat> 15577 lines saved. Prepmat> 13729 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2762 RTB> Total mass = 2762.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 2762 RTB> Number of blocks = 176 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 236415.4690 RTB> 63852 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1056 Diagstd> Nb of non-zero elements: 63852 Diagstd> Projected matrix trace = 236415.4690 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1056 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 236415.4690 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.6673891 1.0118568 1.2248076 2.2618343 2.5988662 3.1941659 3.6945399 4.0682150 4.8610451 5.3579016 5.8413897 6.6833032 7.3704972 7.6947193 8.2778416 8.9674671 9.7293744 10.3600979 11.0404548 11.6894043 12.0143396 12.3713868 13.5449723 14.5910588 14.7348107 15.0238312 15.5802303 16.4880308 17.3532170 17.7923788 18.2217297 18.5590628 19.0472891 20.0055737 20.5273941 21.1394428 21.8554660 22.3774959 22.6143458 23.1527937 23.2876270 23.9688228 25.2163969 26.0188625 26.2866714 27.0010464 27.8102756 28.3746990 29.2753899 29.8335090 30.0734754 31.0444667 31.5400353 31.5898986 31.9295721 32.0561787 32.5460884 33.1387333 34.7013666 35.4358081 35.9475466 36.1695178 36.8674633 37.5276585 37.8491063 38.6319893 39.5405848 39.7215347 40.4957849 40.6164736 41.6307993 42.0268202 42.9844799 43.2898401 43.6876705 44.1579336 44.2290818 45.1431226 45.2333411 45.5428551 46.0005585 46.5701102 46.7647921 47.0060736 47.2379646 48.1087772 48.9610872 49.6120711 49.9159428 50.5394313 51.2333868 51.8267522 52.3687429 52.9264775 53.6109401 54.2559542 54.4784689 54.6751804 55.2522415 56.1786711 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034323 0.0034325 0.0034328 0.0034334 0.0034348 0.0034362 88.7125018 109.2332366 120.1791730 163.3148475 175.0601278 194.0769766 208.7254769 219.0267860 239.4198221 251.3579613 262.4541063 280.7313172 294.8109933 301.2254560 312.4307973 325.1847550 338.7175801 349.5241682 360.8184708 371.2713775 376.3962009 381.9482044 399.6541628 414.7999395 416.8382475 420.9064958 428.6296568 440.9401799 452.3611291 458.0493685 463.5430566 467.8140926 473.9274533 485.7029996 491.9967009 499.2775607 507.6627703 513.6898958 516.4012620 522.5128570 524.0321090 531.6412033 545.3016302 553.9102907 556.7536573 564.2682025 572.6614214 578.4434559 587.5524264 593.1266654 595.5073010 605.0445904 609.8546893 610.3365754 613.6091531 614.8244857 619.5048059 625.1197670 639.6885387 646.4224792 651.0733337 653.0803843 659.3513632 665.2287561 668.0717301 674.9456709 682.8366518 684.3973042 691.0352327 692.0642054 700.6524657 703.9771228 711.9526624 714.4770299 717.7525168 721.6051954 722.1862942 729.6105056 730.3392040 732.8336564 736.5069210 741.0523916 742.5997250 744.5129710 746.3471326 753.1950196 759.8376459 764.8723453 767.2111737 771.9878331 777.2698343 781.7578972 785.8349760 790.0085211 795.1004361 799.8692168 801.5077515 802.9534943 807.1796995 813.9186708 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2762 Rtb_to_modes> Number of blocs = 176 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9902E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9917E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9931E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9965E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0013E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6674 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.012 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.225 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.262 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.599 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.194 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.695 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.068 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.861 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.358 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.841 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.683 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.370 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.695 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.278 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.967 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.729 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.01 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.73 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.01 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.95 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.62 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.01 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.96 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.26 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.18 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1056 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 0.99998 0.99998 1.00000 1.00003 0.99996 0.99998 1.00002 1.00000 0.99997 1.00003 0.99999 0.99997 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 1.00001 1.00002 1.00003 1.00001 1.00003 0.99998 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 0.99997 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00003 1.00001 0.99998 0.99998 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000 1.00003 1.00002 1.00000 1.00001 1.00003 0.99997 0.99997 0.99999 0.99999 0.99999 1.00003 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998 1.00000 1.00004 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 1.00002 1.00001 0.99998 1.00004 1.00001 1.00001 1.00001 0.99997 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 0.99997 1.00000 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 49716 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 0.99998 0.99998 1.00000 1.00003 0.99996 0.99998 1.00002 1.00000 0.99997 1.00003 0.99999 0.99997 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 1.00001 1.00002 1.00003 1.00001 1.00003 0.99998 1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 0.99997 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00003 1.00001 0.99998 0.99998 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 1.00000 1.00003 1.00002 1.00000 1.00001 1.00003 0.99997 0.99997 0.99999 0.99999 0.99999 1.00003 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00002 1.00000 0.99998 1.00000 1.00004 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 1.00002 1.00001 0.99998 1.00004 1.00001 1.00001 1.00001 0.99997 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 0.99999 0.99997 1.00000 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3: 0.000-0.000 Vector 4:-0.000 0.000 0.000 Vector 5:-0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 7:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 8:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 9:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2607071439493173736.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2607071439493173736.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2607071439493173736.atom Openam> file on opening on unit 11: 2607071439493173736.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 349 First residue number = 41 Last residue number = 529 Number of atoms found = 2762 Mean number per residue = 7.9 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9902E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9917E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9931E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9965E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0013E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6674 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.012 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.225 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.262 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.599 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.194 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.695 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.068 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.861 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.358 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.841 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.683 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.370 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.695 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.278 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.967 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.729 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.54 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.18 Bfactors> 106 vectors, 8286 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.667400 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.473 for 349 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.048 +/- 0.06 Bfactors> = 35.196 +/- 14.70 Bfactors> Shiftng-fct= 35.148 Bfactors> Scaling-fct= 240.966 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2607071439493173736.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2607071439493173736.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4321E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4360E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 88.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 109.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 120.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 194.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 208.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 239.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 262.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 294.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 312.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 325.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 349.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 360.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 371.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 399.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 414.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 416.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 420.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 428.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 440.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 452.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 492.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 507.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 572.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 587.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 605.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 609.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 619.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 625.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 646.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 674.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 684.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 700.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 704.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 711.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 714.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 722.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 729.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 730.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 732.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 736.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 741.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 742.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 746.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 764.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 767.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 772.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 777.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur 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Chkmod> That is: 2762 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 11 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 16 is: 1.0001 (instead of 1.0000). 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MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2607071439493173736 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2607071439493173736.eigenfacs 2607071439493173736.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2607071439493173736.eigenfacs 2607071439493173736.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2607071439493173736.eigenfacs 2607071439493173736.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2607071439493173736.eigenfacs 2607071439493173736.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2607071439493173736.eigenfacs 2607071439493173736.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2607071439493173736.eigenfacs 2607071439493173736.atom calculating perturbed structure for DQ=20 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MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2607071439493173736.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2607071439493173736.10.pdb 2607071439493173736.11.pdb 2607071439493173736.7.pdb 2607071439493173736.8.pdb 2607071439493173736.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m18.490s user 0m18.383s sys 0m0.097s rm: cannot remove '2607071439493173736.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: 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