*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260710014605268054.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260710014605268054.atom to be opened.
Openam> File opened: 260710014605268054.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 409
First residue number = 80
Last residue number = 147
Number of atoms found = 3320
Mean number per residue = 8.1
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -25.201342 +/- 11.495247 From: -54.190000 To: 4.186000
= 1.455396 +/- 10.647121 From: -23.334000 To: 27.412000
= 26.978072 +/- 17.061396 From: -15.497000 To: 60.578000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.4974 % Filled.
Pdbmat> 1238848 non-zero elements.
Pdbmat> 135457 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 81.60 +/- 24.24
Maximum number = 132
Minimum number = 14
Pdbmat> Matrix trace = 2.709140E+06
Pdbmat> Larger element = 514.425
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
409 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260710014605268054.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260710014605268054.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260710014605268054.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3320 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 409 residues.
Blocpdb> 30 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 28 atoms in block 2
Block first atom: 31
Blocpdb> 24 atoms in block 3
Block first atom: 59
Blocpdb> 26 atoms in block 4
Block first atom: 83
Blocpdb> 24 atoms in block 5
Block first atom: 109
Blocpdb> 23 atoms in block 6
Block first atom: 133
Blocpdb> 26 atoms in block 7
Block first atom: 156
Blocpdb> 30 atoms in block 8
Block first atom: 182
Blocpdb> 25 atoms in block 9
Block first atom: 212
Blocpdb> 20 atoms in block 10
Block first atom: 237
Blocpdb> 25 atoms in block 11
Block first atom: 257
Blocpdb> 28 atoms in block 12
Block first atom: 282
Blocpdb> 31 atoms in block 13
Block first atom: 310
Blocpdb> 19 atoms in block 14
Block first atom: 341
Blocpdb> 27 atoms in block 15
Block first atom: 360
Blocpdb> 24 atoms in block 16
Block first atom: 387
Blocpdb> 24 atoms in block 17
Block first atom: 411
Blocpdb> 25 atoms in block 18
Block first atom: 435
Blocpdb> 20 atoms in block 19
Block first atom: 460
Blocpdb> 22 atoms in block 20
Block first atom: 480
Blocpdb> 20 atoms in block 21
Block first atom: 502
Blocpdb> 28 atoms in block 22
Block first atom: 522
Blocpdb> 28 atoms in block 23
Block first atom: 550
Blocpdb> 25 atoms in block 24
Block first atom: 578
Blocpdb> 22 atoms in block 25
Block first atom: 603
Blocpdb> 29 atoms in block 26
Block first atom: 625
Blocpdb> 23 atoms in block 27
Block first atom: 654
Blocpdb> 27 atoms in block 28
Block first atom: 677
Blocpdb> 19 atoms in block 29
Block first atom: 704
Blocpdb> 24 atoms in block 30
Block first atom: 723
Blocpdb> 32 atoms in block 31
Block first atom: 747
Blocpdb> 24 atoms in block 32
Block first atom: 779
Blocpdb> 37 atoms in block 33
Block first atom: 803
Blocpdb> 27 atoms in block 34
Block first atom: 840
Blocpdb> 28 atoms in block 35
Block first atom: 867
Blocpdb> 26 atoms in block 36
Block first atom: 895
Blocpdb> 26 atoms in block 37
Block first atom: 921
Blocpdb> 22 atoms in block 38
Block first atom: 947
Blocpdb> 27 atoms in block 39
Block first atom: 969
Blocpdb> 29 atoms in block 40
Block first atom: 996
Blocpdb> 30 atoms in block 41
Block first atom: 1025
Blocpdb> 23 atoms in block 42
Block first atom: 1055
Blocpdb> 24 atoms in block 43
Block first atom: 1078
Blocpdb> 25 atoms in block 44
Block first atom: 1102
Blocpdb> 22 atoms in block 45
Block first atom: 1127
Blocpdb> 25 atoms in block 46
Block first atom: 1149
Blocpdb> 28 atoms in block 47
Block first atom: 1174
Blocpdb> 20 atoms in block 48
Block first atom: 1202
Blocpdb> 26 atoms in block 49
Block first atom: 1222
Blocpdb> 27 atoms in block 50
Block first atom: 1248
Blocpdb> 30 atoms in block 51
Block first atom: 1275
Blocpdb> 22 atoms in block 52
Block first atom: 1305
Blocpdb> 29 atoms in block 53
Block first atom: 1327
Blocpdb> 26 atoms in block 54
Block first atom: 1356
Blocpdb> 18 atoms in block 55
Block first atom: 1382
Blocpdb> 29 atoms in block 56
Block first atom: 1400
Blocpdb> 24 atoms in block 57
Block first atom: 1429
Blocpdb> 27 atoms in block 58
Block first atom: 1453
Blocpdb> 23 atoms in block 59
Block first atom: 1480
Blocpdb> 22 atoms in block 60
Block first atom: 1503
Blocpdb> 28 atoms in block 61
Block first atom: 1525
Blocpdb> 31 atoms in block 62
Block first atom: 1553
Blocpdb> 20 atoms in block 63
Block first atom: 1584
Blocpdb> 25 atoms in block 64
Block first atom: 1604
Blocpdb> 22 atoms in block 65
Block first atom: 1629
Blocpdb> 21 atoms in block 66
Block first atom: 1651
Blocpdb> 19 atoms in block 67
Block first atom: 1672
Blocpdb> 27 atoms in block 68
Block first atom: 1691
Blocpdb> 24 atoms in block 69
Block first atom: 1718
Blocpdb> 25 atoms in block 70
Block first atom: 1742
Blocpdb> 20 atoms in block 71
Block first atom: 1767
Blocpdb> 26 atoms in block 72
Block first atom: 1787
Blocpdb> 16 atoms in block 73
Block first atom: 1813
Blocpdb> 20 atoms in block 74
Block first atom: 1829
Blocpdb> 22 atoms in block 75
Block first atom: 1849
Blocpdb> 21 atoms in block 76
Block first atom: 1871
Blocpdb> 34 atoms in block 77
Block first atom: 1892
Blocpdb> 21 atoms in block 78
Block first atom: 1926
Blocpdb> 25 atoms in block 79
Block first atom: 1947
Blocpdb> 23 atoms in block 80
Block first atom: 1972
Blocpdb> 18 atoms in block 81
Block first atom: 1995
Blocpdb> 20 atoms in block 82
Block first atom: 2013
Blocpdb> 27 atoms in block 83
Block first atom: 2033
Blocpdb> 24 atoms in block 84
Block first atom: 2060
Blocpdb> 28 atoms in block 85
Block first atom: 2084
Blocpdb> 20 atoms in block 86
Block first atom: 2112
Blocpdb> 17 atoms in block 87
Block first atom: 2132
Blocpdb> 20 atoms in block 88
Block first atom: 2149
Blocpdb> 8 atoms in block 89
Block first atom: 2169
Blocpdb> 27 atoms in block 90
Block first atom: 2177
Blocpdb> 20 atoms in block 91
Block first atom: 2204
Blocpdb> 24 atoms in block 92
Block first atom: 2224
Blocpdb> 4 atoms in block 93
Block first atom: 2248
Blocpdb> 26 atoms in block 94
Block first atom: 2252
Blocpdb> 16 atoms in block 95
Block first atom: 2278
Blocpdb> 20 atoms in block 96
Block first atom: 2294
Blocpdb> 25 atoms in block 97
Block first atom: 2314
Blocpdb> 27 atoms in block 98
Block first atom: 2339
Blocpdb> 21 atoms in block 99
Block first atom: 2366
Blocpdb> 26 atoms in block 100
Block first atom: 2387
Blocpdb> 21 atoms in block 101
Block first atom: 2413
Blocpdb> 23 atoms in block 102
Block first atom: 2434
Blocpdb> 21 atoms in block 103
Block first atom: 2457
Blocpdb> 25 atoms in block 104
Block first atom: 2478
Blocpdb> 20 atoms in block 105
Block first atom: 2503
Blocpdb> 33 atoms in block 106
Block first atom: 2523
Blocpdb> 17 atoms in block 107
Block first atom: 2556
Blocpdb> 28 atoms in block 108
Block first atom: 2573
Blocpdb> 22 atoms in block 109
Block first atom: 2601
Blocpdb> 32 atoms in block 110
Block first atom: 2623
Blocpdb> 26 atoms in block 111
Block first atom: 2655
Blocpdb> 18 atoms in block 112
Block first atom: 2681
Blocpdb> 29 atoms in block 113
Block first atom: 2699
Blocpdb> 24 atoms in block 114
Block first atom: 2728
Blocpdb> 21 atoms in block 115
Block first atom: 2752
Blocpdb> 13 atoms in block 116
Block first atom: 2773
Blocpdb> 24 atoms in block 117
Block first atom: 2786
Blocpdb> 28 atoms in block 118
Block first atom: 2810
Blocpdb> 25 atoms in block 119
Block first atom: 2838
Blocpdb> 29 atoms in block 120
Block first atom: 2863
Blocpdb> 25 atoms in block 121
Block first atom: 2892
Blocpdb> 16 atoms in block 122
Block first atom: 2917
Blocpdb> 26 atoms in block 123
Block first atom: 2933
Blocpdb> 19 atoms in block 124
Block first atom: 2959
Blocpdb> 29 atoms in block 125
Block first atom: 2978
Blocpdb> 22 atoms in block 126
Block first atom: 3007
Blocpdb> 20 atoms in block 127
Block first atom: 3029
Blocpdb> 25 atoms in block 128
Block first atom: 3049
Blocpdb> 24 atoms in block 129
Block first atom: 3074
Blocpdb> 24 atoms in block 130
Block first atom: 3098
Blocpdb> 25 atoms in block 131
Block first atom: 3122
Blocpdb> 25 atoms in block 132
Block first atom: 3147
Blocpdb> 24 atoms in block 133
Block first atom: 3172
Blocpdb> 16 atoms in block 134
Block first atom: 3196
Blocpdb> 24 atoms in block 135
Block first atom: 3212
Blocpdb> 30 atoms in block 136
Block first atom: 3236
Blocpdb> 27 atoms in block 137
Block first atom: 3266
Blocpdb> 23 atoms in block 138
Block first atom: 3293
Blocpdb> 5 atoms in block 139
Block first atom: 3315
Blocpdb> 139 blocks.
Blocpdb> At most, 37 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1238987 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 9960
Prepmat> Matrix trace = 2709140.0000
Prepmat> Last element read: 9960 9960 93.9712
Prepmat> 9731 lines saved.
Prepmat> 8396 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3320
RTB> Total mass = 3320.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3320
RTB> Number of blocks = 139
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 175524.8923
RTB> 45939 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 834
Diagstd> Nb of non-zero elements: 45939
Diagstd> Projected matrix trace = 175524.8923
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 834 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 175524.8923
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.2687681 1.3883364 2.2736177 3.0875252
3.4220972 4.0138547 4.4603566 5.3462821 5.7564359
6.1009322 7.1413697 7.7678279 8.8645424 8.9495273
10.2331041 10.7834680 11.0733274 12.0421386 12.5969065
12.9155127 14.2779716 15.0707344 15.7010776 16.2181333
17.1524948 17.7580291 17.9722353 18.5581458 18.7171112
20.0382711 20.6567821 21.2079645 22.1444001 22.2923489
22.8572011 23.7916584 25.2161670 25.5512287 25.9088529
26.4563058 26.7986264 26.9874791 27.9474939 28.1967099
29.5839080 30.0409911 30.5892562 31.7058606 32.0520371
33.0245262 33.1611519 33.5722934 34.3012200 34.7512985
35.2787539 36.0785448 36.8491816 37.8428044 38.5412363
38.8299062 39.3095537 39.4161748 40.2048320 41.0606737
41.2955808 41.8810629 42.9548565 43.8789318 44.6667096
45.3712196 46.2331886 46.7743597 47.4081306 47.7670122
48.9477284 49.1540545 49.5185568 49.9220773 50.2769012
50.9982481 51.7140556 52.2109142 53.1278842 53.6422237
53.8749882 54.2574495 54.5778998 55.0148379 55.6581610
56.6923295 57.5602580 58.0792971 58.3178485 58.6335821
59.2173844 59.5649231 60.0976986 60.3038891 61.3384964
61.7601629
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034323 0.0034335 0.0034338 0.0034339 0.0034340
0.0034350 122.3168823 127.9506916 163.7397036 190.8097369
200.8821982 217.5585247 229.3401375 251.0852576 260.5386255
268.2213723 290.1924033 302.6530667 323.3132041 324.8593193
347.3753327 356.5943904 361.3552352 376.8314057 385.4137750
390.2573629 410.3255283 421.5630014 430.2887687 437.3163479
449.7373203 457.6070027 460.3586718 467.8025353 469.8018148
486.0997571 493.5448380 500.0860899 511.0074601 512.7116623
519.1666716 529.6727594 545.2991449 548.9100406 552.7380640
558.5472024 562.1491360 564.1264205 574.0724629 576.6263682
590.6402673 595.1855908 600.5922706 611.4557779 614.7847675
624.0416526 625.3311810 629.1957567 635.9896726 640.1485980
644.9883919 652.2585587 659.1878649 668.0161111 674.1524250
676.6723814 680.8388616 681.7615710 688.5482932 695.8382783
697.8258760 702.7552970 711.7072938 719.3219347 725.7503612
731.4514531 738.3668725 742.6756855 747.6902122 750.5148999
759.7339794 761.3335242 764.1511474 767.2583163 769.9801540
775.4841201 780.9074734 784.6499100 791.5102447 795.3323849
797.0560711 799.8802393 802.2388507 805.4437191 810.1393114
817.6311553 823.8661252 827.5723200 829.2701381 831.5119481
835.6412897 838.0898349 841.8296169 843.2725064 850.4755702
853.3938263
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3320
Rtb_to_modes> Number of blocs = 139
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9902E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9975E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.269
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.76
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 834 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 0.99999 0.99999 1.00002 1.00000
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0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 59760 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
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1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002
0.99998 0.99997 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260710014605268054.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260710014605268054.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260710014605268054.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260710014605268054.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 409
First residue number = 80
Last residue number = 147
Number of atoms found = 3320
Mean number per residue = 8.1
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9902E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9975E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9993E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9998E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.388
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.274
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.088
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.422
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.014
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.460
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.346
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.76
Bfactors> 106 vectors, 9960 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.269000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.595 for 410 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.029 +/- 0.04
Bfactors> = 33.120 +/- 21.15
Bfactors> Shiftng-fct= 33.091
Bfactors> Scaling-fct= 551.871
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260710014605268054.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260710014605268054.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4321E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 190.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 217.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 302.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.3
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.8
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.2
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 574.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 576.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 600.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 611.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 629.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 652.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 674.1
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 680.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 681.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 695.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 697.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 702.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 711.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 719.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 725.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 731.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 738.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 742.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 747.7
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 750.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 761.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 764.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 767.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 770.0
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 775.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 780.8
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 784.6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 831.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 838.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 841.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 843.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 850.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 853.4
Chkmod> 106 vectors, 9960 coordinates in file.
Chkmod> That is: 3320 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 11 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 50 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6901
0.0034 0.7177
0.0034 0.9506
0.0034 0.8703
0.0034 0.8668
0.0034 0.9401
122.3228 0.4381
127.9297 0.5593
163.7464 0.4161
190.8162 0.4693
200.8707 0.0771
217.5531 0.1983
229.3211 0.3907
251.0679 0.0706
260.5176 0.3396
268.2113 0.2758
290.1724 0.3047
302.6434 0.5053
323.3077 0.4298
324.8540 0.3342
347.3077 0.4670
356.5217 0.2623
361.2854 0.3780
376.7818 0.0589
385.4445 0.1497
390.3084 0.3668
410.3371 0.4291
421.5346 0.3963
430.2555 0.1495
437.3227 0.4182
449.6853 0.4679
457.6128 0.4021
460.3103 0.3166
467.8058 0.2820
469.8179 0.3056
486.0999 0.4939
493.5621 0.2768
500.0886 0.1814
510.9348 0.2381
512.6626 0.3660
519.1762 0.2521
529.6316 0.3493
545.3172 0.3358
548.8733 0.3621
552.7266 0.1251
558.5622 0.2147
562.1394 0.2464
564.1285 0.4685
574.0736 0.3440
576.6353 0.4152
590.5759 0.3067
595.1502 0.3405
600.5738 0.3709
611.4694 0.3589
614.7388 0.4260
623.9721 0.4039
625.2935 0.3426
629.1473 0.3046
635.9511 0.3105
640.1092 0.2644
644.9721 0.4663
652.2437 0.4788
659.1669 0.3474
667.9627 0.4008
674.1127 0.3838
676.6442 0.4088
680.8135 0.4117
681.7654 0.3772
688.4774 0.4016
695.8027 0.5028
697.8333 0.3566
702.7162 0.4960
711.6365 0.4002
719.2998 0.5050
725.7459 0.4527
731.4102 0.3600
738.3097 0.3011
742.6092 0.5946
747.6729 0.3515
750.5062 0.4763
759.7190 0.4911
761.2694 0.3197
764.1295 0.3717
767.2094 0.4567
769.9708 0.4416
775.4641 0.5137
780.8433 0.4112
784.6094 0.2843
791.4920 0.4005
795.2818 0.4337
796.9850 0.3815
799.8647 0.2736
802.2198 0.3121
805.3737 0.5012
810.1179 0.3359
817.5793 0.4552
823.8289 0.3119
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Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m9.543s
user 0m9.477s
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rm: cannot remove '260710014605268054.sdijf': No such file or directory
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