*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260713071901885274.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260713071901885274.atom to be opened.
Openam> File opened: 260713071901885274.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 773
First residue number = 1
Last residue number = 773
Number of atoms found = 12396
Mean number per residue = 16.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 71.124399 +/- 17.342765 From: 21.291000 To: 108.521000
= 62.552810 +/- 17.924455 From: 23.201000 To: 106.611000
= 66.468586 +/- 14.713867 From: 29.901000 To: 99.911000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.2899 % Filled.
Pdbmat> 8919805 non-zero elements.
Pdbmat> 984453 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 158.83 +/- 44.34
Maximum number = 247
Minimum number = 19
Pdbmat> Matrix trace = 1.968906E+07
Pdbmat> Larger element = 874.595
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
773 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260713071901885274.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260713071901885274.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260713071901885274.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 12396 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 773 residues.
Blocpdb> 54 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 60 atoms in block 2
Block first atom: 55
Blocpdb> 67 atoms in block 3
Block first atom: 115
Blocpdb> 58 atoms in block 4
Block first atom: 182
Blocpdb> 50 atoms in block 5
Block first atom: 240
Blocpdb> 73 atoms in block 6
Block first atom: 290
Blocpdb> 61 atoms in block 7
Block first atom: 363
Blocpdb> 81 atoms in block 8
Block first atom: 424
Blocpdb> 56 atoms in block 9
Block first atom: 505
Blocpdb> 74 atoms in block 10
Block first atom: 561
Blocpdb> 83 atoms in block 11
Block first atom: 635
Blocpdb> 80 atoms in block 12
Block first atom: 718
Blocpdb> 59 atoms in block 13
Block first atom: 798
Blocpdb> 58 atoms in block 14
Block first atom: 857
Blocpdb> 46 atoms in block 15
Block first atom: 915
Blocpdb> 73 atoms in block 16
Block first atom: 961
Blocpdb> 55 atoms in block 17
Block first atom: 1034
Blocpdb> 61 atoms in block 18
Block first atom: 1089
Blocpdb> 70 atoms in block 19
Block first atom: 1150
Blocpdb> 56 atoms in block 20
Block first atom: 1220
Blocpdb> 64 atoms in block 21
Block first atom: 1276
Blocpdb> 65 atoms in block 22
Block first atom: 1340
Blocpdb> 72 atoms in block 23
Block first atom: 1405
Blocpdb> 49 atoms in block 24
Block first atom: 1477
Blocpdb> 56 atoms in block 25
Block first atom: 1526
Blocpdb> 66 atoms in block 26
Block first atom: 1582
Blocpdb> 50 atoms in block 27
Block first atom: 1648
Blocpdb> 60 atoms in block 28
Block first atom: 1698
Blocpdb> 66 atoms in block 29
Block first atom: 1758
Blocpdb> 64 atoms in block 30
Block first atom: 1824
Blocpdb> 76 atoms in block 31
Block first atom: 1888
Blocpdb> 68 atoms in block 32
Block first atom: 1964
Blocpdb> 70 atoms in block 33
Block first atom: 2032
Blocpdb> 65 atoms in block 34
Block first atom: 2102
Blocpdb> 66 atoms in block 35
Block first atom: 2167
Blocpdb> 57 atoms in block 36
Block first atom: 2233
Blocpdb> 70 atoms in block 37
Block first atom: 2290
Blocpdb> 67 atoms in block 38
Block first atom: 2360
Blocpdb> 74 atoms in block 39
Block first atom: 2427
Blocpdb> 62 atoms in block 40
Block first atom: 2501
Blocpdb> 72 atoms in block 41
Block first atom: 2563
Blocpdb> 69 atoms in block 42
Block first atom: 2635
Blocpdb> 58 atoms in block 43
Block first atom: 2704
Blocpdb> 73 atoms in block 44
Block first atom: 2762
Blocpdb> 62 atoms in block 45
Block first atom: 2835
Blocpdb> 56 atoms in block 46
Block first atom: 2897
Blocpdb> 81 atoms in block 47
Block first atom: 2953
Blocpdb> 65 atoms in block 48
Block first atom: 3034
Blocpdb> 73 atoms in block 49
Block first atom: 3099
Blocpdb> 69 atoms in block 50
Block first atom: 3172
Blocpdb> 65 atoms in block 51
Block first atom: 3241
Blocpdb> 58 atoms in block 52
Block first atom: 3306
Blocpdb> 53 atoms in block 53
Block first atom: 3364
Blocpdb> 64 atoms in block 54
Block first atom: 3417
Blocpdb> 81 atoms in block 55
Block first atom: 3481
Blocpdb> 82 atoms in block 56
Block first atom: 3562
Blocpdb> 69 atoms in block 57
Block first atom: 3644
Blocpdb> 65 atoms in block 58
Block first atom: 3713
Blocpdb> 71 atoms in block 59
Block first atom: 3778
Blocpdb> 70 atoms in block 60
Block first atom: 3849
Blocpdb> 71 atoms in block 61
Block first atom: 3919
Blocpdb> 64 atoms in block 62
Block first atom: 3990
Blocpdb> 58 atoms in block 63
Block first atom: 4054
Blocpdb> 66 atoms in block 64
Block first atom: 4112
Blocpdb> 67 atoms in block 65
Block first atom: 4178
Blocpdb> 73 atoms in block 66
Block first atom: 4245
Blocpdb> 67 atoms in block 67
Block first atom: 4318
Blocpdb> 54 atoms in block 68
Block first atom: 4385
Blocpdb> 50 atoms in block 69
Block first atom: 4439
Blocpdb> 65 atoms in block 70
Block first atom: 4489
Blocpdb> 88 atoms in block 71
Block first atom: 4554
Blocpdb> 77 atoms in block 72
Block first atom: 4642
Blocpdb> 71 atoms in block 73
Block first atom: 4719
Blocpdb> 76 atoms in block 74
Block first atom: 4790
Blocpdb> 51 atoms in block 75
Block first atom: 4866
Blocpdb> 63 atoms in block 76
Block first atom: 4917
Blocpdb> 62 atoms in block 77
Block first atom: 4980
Blocpdb> 76 atoms in block 78
Block first atom: 5042
Blocpdb> 63 atoms in block 79
Block first atom: 5118
Blocpdb> 55 atoms in block 80
Block first atom: 5181
Blocpdb> 55 atoms in block 81
Block first atom: 5236
Blocpdb> 70 atoms in block 82
Block first atom: 5291
Blocpdb> 69 atoms in block 83
Block first atom: 5361
Blocpdb> 68 atoms in block 84
Block first atom: 5430
Blocpdb> 69 atoms in block 85
Block first atom: 5498
Blocpdb> 87 atoms in block 86
Block first atom: 5567
Blocpdb> 80 atoms in block 87
Block first atom: 5654
Blocpdb> 60 atoms in block 88
Block first atom: 5734
Blocpdb> 74 atoms in block 89
Block first atom: 5794
Blocpdb> 71 atoms in block 90
Block first atom: 5868
Blocpdb> 68 atoms in block 91
Block first atom: 5939
Blocpdb> 74 atoms in block 92
Block first atom: 6007
Blocpdb> 54 atoms in block 93
Block first atom: 6081
Blocpdb> 52 atoms in block 94
Block first atom: 6135
Blocpdb> 68 atoms in block 95
Block first atom: 6187
Blocpdb> 53 atoms in block 96
Block first atom: 6255
Blocpdb> 53 atoms in block 97
Block first atom: 6308
Blocpdb> 64 atoms in block 98
Block first atom: 6361
Blocpdb> 76 atoms in block 99
Block first atom: 6425
Blocpdb> 58 atoms in block 100
Block first atom: 6501
Blocpdb> 67 atoms in block 101
Block first atom: 6559
Blocpdb> 69 atoms in block 102
Block first atom: 6626
Blocpdb> 53 atoms in block 103
Block first atom: 6695
Blocpdb> 62 atoms in block 104
Block first atom: 6748
Blocpdb> 69 atoms in block 105
Block first atom: 6810
Blocpdb> 56 atoms in block 106
Block first atom: 6879
Blocpdb> 67 atoms in block 107
Block first atom: 6935
Blocpdb> 52 atoms in block 108
Block first atom: 7002
Blocpdb> 54 atoms in block 109
Block first atom: 7054
Blocpdb> 54 atoms in block 110
Block first atom: 7108
Blocpdb> 71 atoms in block 111
Block first atom: 7162
Blocpdb> 59 atoms in block 112
Block first atom: 7233
Blocpdb> 81 atoms in block 113
Block first atom: 7292
Blocpdb> 65 atoms in block 114
Block first atom: 7373
Blocpdb> 70 atoms in block 115
Block first atom: 7438
Blocpdb> 72 atoms in block 116
Block first atom: 7508
Blocpdb> 53 atoms in block 117
Block first atom: 7580
Blocpdb> 58 atoms in block 118
Block first atom: 7633
Blocpdb> 62 atoms in block 119
Block first atom: 7691
Blocpdb> 55 atoms in block 120
Block first atom: 7753
Blocpdb> 62 atoms in block 121
Block first atom: 7808
Blocpdb> 76 atoms in block 122
Block first atom: 7870
Blocpdb> 59 atoms in block 123
Block first atom: 7946
Blocpdb> 66 atoms in block 124
Block first atom: 8005
Blocpdb> 53 atoms in block 125
Block first atom: 8071
Blocpdb> 47 atoms in block 126
Block first atom: 8124
Blocpdb> 60 atoms in block 127
Block first atom: 8171
Blocpdb> 61 atoms in block 128
Block first atom: 8231
Blocpdb> 63 atoms in block 129
Block first atom: 8292
Blocpdb> 84 atoms in block 130
Block first atom: 8355
Blocpdb> 52 atoms in block 131
Block first atom: 8439
Blocpdb> 58 atoms in block 132
Block first atom: 8491
Blocpdb> 64 atoms in block 133
Block first atom: 8549
Blocpdb> 58 atoms in block 134
Block first atom: 8613
Blocpdb> 62 atoms in block 135
Block first atom: 8671
Blocpdb> 52 atoms in block 136
Block first atom: 8733
Blocpdb> 60 atoms in block 137
Block first atom: 8785
Blocpdb> 70 atoms in block 138
Block first atom: 8845
Blocpdb> 59 atoms in block 139
Block first atom: 8915
Blocpdb> 67 atoms in block 140
Block first atom: 8974
Blocpdb> 71 atoms in block 141
Block first atom: 9041
Blocpdb> 47 atoms in block 142
Block first atom: 9112
Blocpdb> 72 atoms in block 143
Block first atom: 9159
Blocpdb> 65 atoms in block 144
Block first atom: 9231
Blocpdb> 70 atoms in block 145
Block first atom: 9296
Blocpdb> 58 atoms in block 146
Block first atom: 9366
Blocpdb> 64 atoms in block 147
Block first atom: 9424
Blocpdb> 57 atoms in block 148
Block first atom: 9488
Blocpdb> 74 atoms in block 149
Block first atom: 9545
Blocpdb> 66 atoms in block 150
Block first atom: 9619
Blocpdb> 67 atoms in block 151
Block first atom: 9685
Blocpdb> 62 atoms in block 152
Block first atom: 9752
Blocpdb> 54 atoms in block 153
Block first atom: 9814
Blocpdb> 59 atoms in block 154
Block first atom: 9868
Blocpdb> 67 atoms in block 155
Block first atom: 9927
Blocpdb> 53 atoms in block 156
Block first atom: 9994
Blocpdb> 62 atoms in block 157
Block first atom: 10047
Blocpdb> 84 atoms in block 158
Block first atom: 10109
Blocpdb> 71 atoms in block 159
Block first atom: 10193
Blocpdb> 65 atoms in block 160
Block first atom: 10264
Blocpdb> 72 atoms in block 161
Block first atom: 10329
Blocpdb> 70 atoms in block 162
Block first atom: 10401
Blocpdb> 39 atoms in block 163
Block first atom: 10471
Blocpdb> 72 atoms in block 164
Block first atom: 10510
Blocpdb> 69 atoms in block 165
Block first atom: 10582
Blocpdb> 64 atoms in block 166
Block first atom: 10651
Blocpdb> 72 atoms in block 167
Block first atom: 10715
Blocpdb> 56 atoms in block 168
Block first atom: 10787
Blocpdb> 76 atoms in block 169
Block first atom: 10843
Blocpdb> 61 atoms in block 170
Block first atom: 10919
Blocpdb> 81 atoms in block 171
Block first atom: 10980
Blocpdb> 53 atoms in block 172
Block first atom: 11061
Blocpdb> 62 atoms in block 173
Block first atom: 11114
Blocpdb> 67 atoms in block 174
Block first atom: 11176
Blocpdb> 66 atoms in block 175
Block first atom: 11243
Blocpdb> 57 atoms in block 176
Block first atom: 11309
Blocpdb> 59 atoms in block 177
Block first atom: 11366
Blocpdb> 41 atoms in block 178
Block first atom: 11425
Blocpdb> 47 atoms in block 179
Block first atom: 11466
Blocpdb> 52 atoms in block 180
Block first atom: 11513
Blocpdb> 55 atoms in block 181
Block first atom: 11565
Blocpdb> 61 atoms in block 182
Block first atom: 11620
Blocpdb> 67 atoms in block 183
Block first atom: 11681
Blocpdb> 70 atoms in block 184
Block first atom: 11748
Blocpdb> 64 atoms in block 185
Block first atom: 11818
Blocpdb> 51 atoms in block 186
Block first atom: 11882
Blocpdb> 54 atoms in block 187
Block first atom: 11933
Blocpdb> 75 atoms in block 188
Block first atom: 11987
Blocpdb> 73 atoms in block 189
Block first atom: 12062
Blocpdb> 53 atoms in block 190
Block first atom: 12135
Blocpdb> 71 atoms in block 191
Block first atom: 12188
Blocpdb> 57 atoms in block 192
Block first atom: 12259
Blocpdb> 58 atoms in block 193
Block first atom: 12316
Blocpdb> 23 atoms in block 194
Block first atom: 12373
Blocpdb> 194 blocks.
Blocpdb> At most, 88 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 23 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 8919999 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 37188
Prepmat> Matrix trace = 19689060.0000
Prepmat> Last element read: 37188 37188 97.6623
Prepmat> 18916 lines saved.
Prepmat> 16851 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 12396
RTB> Total mass = 12396.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 12396
RTB> Number of blocks = 194
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 458092.5113
RTB> 71394 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1164
Diagstd> Nb of non-zero elements: 71394
Diagstd> Projected matrix trace = 458092.5113
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1164 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 458092.5113
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.8715366 1.2054115 3.1370738 3.8688154
4.0997398 5.0626283 6.2959294 7.5491844 8.6643909
8.8160797 9.8362686 10.1748887 11.6650396 12.3526818
14.3539081 15.0922791 15.3692798 16.6211841 17.7330333
19.3641194 19.9209894 21.5795588 21.7774713 22.6150267
24.4352287 24.9386411 26.7562025 27.7000734 28.3806063
29.0898546 29.8337998 30.9272752 33.2608588 35.1753808
36.5337223 37.0219921 38.1458249 38.6598444 39.9974294
40.7017435 40.8843853 42.3405113 42.6778264 43.3840287
45.0081011 46.0824030 46.8665110 47.2465714 48.1453556
51.4016388 53.2144527 53.2963414 53.7301454 54.5148793
55.7076165 56.2919692 57.3483993 58.5034199 59.6502890
60.0177089 60.9699912 62.0980793 62.7394940 64.3206585
64.7953064 64.8445441 67.0593574 68.6909011 69.8190046
70.8098620 71.7590137 72.7351881 74.4523890 74.8881348
76.1404360 76.8847702 77.6451864 79.0741797 80.0164111
80.2708889 81.5708587 82.5551715 83.5792847 84.3227603
85.3957583 87.3746709 88.0948078 88.5289133 89.0510254
90.3856248 90.8009145 91.5322899 92.0774992 93.3466656
95.0056115 95.4784044 96.0893440 97.8253932 98.4417110
99.8220144
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034293 0.0034310 0.0034326 0.0034328 0.0034337
0.0034347 101.3766891 119.2237984 192.3347014 213.5916578
219.8737731 244.3336603 272.4740859 298.3632271 319.6423392
322.4282115 340.5732009 346.3858265 370.8842489 381.6593512
411.4152270 421.8642218 425.7180249 442.7170624 457.2848310
477.8528231 484.6751265 504.4481817 506.7561239 516.4090359
536.7888474 542.2900959 561.7040007 571.5256687 578.5036656
585.6876355 593.1295557 603.9015015 626.2705783 644.0427325
656.3602052 660.7317432 670.6852974 675.1889579 686.7700076
692.7902813 694.3429282 706.5995059 709.4085630 715.2538751
728.5185681 737.1618295 743.4069074 746.4151214 753.4813021
778.5450773 792.1548406 792.7641072 795.9839082 801.7755486
810.4991592 814.7389908 822.3485488 830.5884878 838.6901765
841.2691955 847.9170075 855.7252836 860.1333487 870.9044736
874.1119433 874.4439972 889.2522528 900.0049274 907.3651743
913.7810646 919.8849443 926.1206407 936.9892301 939.7271779
947.5517976 952.1720754 956.8691406 965.6341755 971.3702862
972.9136945 980.7601182 986.6597736 992.7607654 997.1665175
1003.4908799 1015.0514522 1019.2258653 1021.7340032 1024.7424861
1032.3927891 1034.7618093 1038.9208064 1042.0103628 1049.1671521
1058.4489320 1061.0793351 1064.4686966 1074.0415467 1077.4195633
1084.9468047
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 12396
Rtb_to_modes> Number of blocs = 194
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.97
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.32
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.14
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.32
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.83
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.82
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1164 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 0.99998 1.00001 0.99996 0.99999
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1.00001 0.99998 0.99999 0.99999 0.99999
1.00002 1.00000 0.99997 1.00000 1.00000
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1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000
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1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 223128 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99998 1.00001 1.00000 1.00002
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1.00001 0.99998 0.99999 0.99999 0.99999
1.00002 1.00000 0.99997 1.00000 1.00000
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0.99998 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000
1.00002 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999
1.00001 1.00000 1.00000 1.00003 0.99996
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1.00001 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000
1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000
1.00002 0.99999 1.00001 1.00002 0.99999
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1.00001 0.99999 1.00001 1.00002 1.00003
1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260713071901885274.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260713071901885274.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260713071901885274.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260713071901885274.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 773
First residue number = 1
Last residue number = 773
Number of atoms found = 12396
Mean number per residue = 16.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9728E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9829E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9932E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9982E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8715
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.869
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.063
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.35
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 90.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.82
Bfactors> 106 vectors, 37188 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.871500
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.007 +/- 0.01
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.007
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260713071901885274.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260713071901885274.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4291E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4309E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 101.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 119.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 213.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 244.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 272.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 319.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 322.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 340.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 346.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 421.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 457.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 477.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 484.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 571.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 656.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 670.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 675.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 694.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 706.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 715.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 737.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 746.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 778.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 795.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 801.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 810.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 814.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 822.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 830.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 838.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 841.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 847.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 855.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 860.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 870.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 874.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 874.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 889.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 900.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 907.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 913.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 919.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 926.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 936.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 939.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 947.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 952.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 956.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 965.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 971.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 972.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 980.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 986.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 992.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 997.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1003.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1015.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1019.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1022.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1025.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1032.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1035.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1039.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1042.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1049.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1058.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1061.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1064.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1074.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1077.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1085.
Chkmod> 106 vectors, 37188 coordinates in file.
Chkmod> That is: 12396 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.8345
0.0034 0.7162
0.0034 0.7756
0.0034 0.8817
0.0034 0.7448
0.0034 0.7165
101.3702 0.1795
119.1983 0.1579
192.3242 0.3361
213.5876 0.4176
219.8713 0.2660
244.3321 0.5327
272.4639 0.5057
298.3468 0.3501
319.6214 0.4231
322.4129 0.3784
340.5539 0.4911
346.2877 0.3992
370.9472 0.4442
381.6015 0.5337
411.3416 0.3703
421.8143 0.5950
425.7097 0.7032
442.6823 0.4341
457.2261 0.4620
477.7815 0.3816
484.6423 0.4471
504.4317 0.5427
506.7638 0.3689
516.4436 0.3888
536.8182 0.3020
542.2816 0.2153
561.7197 0.3457
571.5004 0.2229
578.4727 0.2686
585.6640 0.2446
593.0663 0.5424
603.9022 0.3070
626.2356 0.4755
644.0574 0.4384
656.2986 0.4934
660.6856 0.3559
670.6932 0.2531
675.1613 0.1677
686.7626 0.2176
692.7457 0.3566
694.2759 0.3961
706.5649 0.3615
709.3962 0.2144
715.1900 0.1293
728.5027 0.4256
737.1110 0.1108
743.4027 0.3367
746.4102 0.3196
753.4853 0.4787
778.4992 0.4178
792.0877 0.5623
792.7573 0.4534
795.9487 0.5241
801.7053 0.2918
810.4817 0.3243
814.6898 0.4856
822.3247 0.4625
830.5286 0.4472
838.6521 0.2553
841.2491 0.3966
847.8807 0.5269
855.7018 0.4152
860.0999 0.4347
870.8626 0.4415
874.1061 0.4675
874.3758 0.4845
889.2183 0.4063
899.9604 0.3916
907.3327 0.4042
913.7427 0.4409
919.8518 0.3147
926.1115 0.4294
936.9340 0.4740
939.6985 0.3471
947.5084 0.3408
952.1017 0.4872
956.8577 0.4148
965.5672 0.3572
971.3504 0.3923
972.8665 0.1782
980.7129 0.4903
986.6463 0.4873
992.7224 0.4882
997.1074 0.5083
1003.4727 0.4516
1014.9807 0.4396
1019.1543 0.4706
1021.6964 0.4438
1024.6926 0.4236
1032.3735 0.4746
1034.7122 0.4805
1038.8632 0.5217
1041.9798 0.5233
1049.1409 0.4160
1058.4279 0.4656
1061.0427 0.5038
1064.4266 0.5689
1074.0207 0.4413
1077.3639 0.5585
1084.8893 0.4771
Project conformational change on normal modes:
Projmod> Version 1.36, April 2003.
Projmod> Projection of a difference vector on a set of eigenvectors.
Getnam> CERFACS file with the eigenvectors ?
Getnam> 260713071901885274.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260713071901885274.eigenfacs
Getnam> Pdb file with the reference structure ?
Getnam> 260713071901885274.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260713071901885274.atom
Getnam> Pdb file with the other conformer ?
Getnam> 260713071901885274.atom2
Openam> file on opening on unit 12:
260713071901885274.atom2
Getrep> Are the masses given in the pdb file ? (y/n)
Getrep> F
Projmod> All masses will all be assumed to be of 1.
Getrep> Displacement along one mode ? (y/n)
Getrep> F
Openam> file on opening on unit 13:
projmod.res
Openam> file on opening on unit 14:
dr.res
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4291E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4309E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 101.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 119.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 213.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 694.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 715.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 737.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 746.4
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 778.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 795.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 801.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 810.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 814.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 822.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 830.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 838.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 841.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 847.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 855.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 860.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 870.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 874.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 874.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 889.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 900.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 907.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 913.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 919.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 926.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 936.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 939.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 947.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 952.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 956.9
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 965.6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 997.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1003.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1015.
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1039.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1042.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1049.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1058.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1064.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1074.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1077.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1085.
Projmod> 106 vectors, 37188 coordinates in file.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 773
First residue number = 1
Last residue number = 773
Number of atoms found = 12396
Mean number per residue = 16.0
Projmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 773
First residue number = 1
Last residue number = 773
Number of atoms found = 12396
Mean number per residue = 16.0
Projmod> File dr.res: displacement=f(atom number).
Projmod> 12396 atoms are considered.
Projmod> Atomic r.m.s. displacements= 13.11
Projmod> Atomic average masses = 1.00 +/- 0.00
Projmod> File projmod.res: dr.vector=f(fqcy), and cumulative square sum.
Vector: 1 F= 0.00 Cos= -0.133 Sum= 0.018 q= -194.6712
Vector: 2 F= 0.00 Cos= 0.630 Sum= 0.415 q= 919.6630
Vector: 3 F= 0.00 Cos= 0.161 Sum= 0.441 q= 235.2810
Vector: 4 F= 0.00 Cos= 0.122 Sum= 0.456 q= 178.3023
Vector: 5 F= 0.00 Cos= -0.690 Sum= 0.931 q= -1007.1353
Vector: 6 F= 0.00 Cos= -0.018 Sum= 0.932 q= -26.8622
Vector: 7 F= 101.37 Cos= 0.053 Sum= 0.935 q= 77.0086
Vector: 8 F= 119.20 Cos= -0.061 Sum= 0.938 q= -89.0889
Vector: 9 F= 192.32 Cos= -0.041 Sum= 0.940 q= -60.2138
Vector: 10 F= 213.59 Cos= 0.047 Sum= 0.942 q= 68.9211
Vector: 11 F= 219.87 Cos= 0.041 Sum= 0.944 q= 59.1416
Vector: 12 F= 244.33 Cos= -0.008 Sum= 0.944 q= -11.0399
Vector: 13 F= 272.46 Cos= -0.029 Sum= 0.945 q= -42.9554
Vector: 14 F= 298.35 Cos= 0.016 Sum= 0.945 q= 23.2089
Vector: 15 F= 319.62 Cos= -0.021 Sum= 0.946 q= -31.0992
Vector: 16 F= 322.41 Cos= 0.019 Sum= 0.946 q= 28.3833
Vector: 17 F= 340.55 Cos= -0.005 Sum= 0.946 q= -7.0619
Vector: 18 F= 346.29 Cos= 0.076 Sum= 0.952 q= 110.3497
Vector: 19 F= 370.95 Cos= 0.011 Sum= 0.952 q= 16.3594
Vector: 20 F= 381.60 Cos= 0.051 Sum= 0.954 q= 74.9225
Vector: 21 F= 411.34 Cos= 0.012 Sum= 0.955 q= 18.1436
Vector: 22 F= 421.81 Cos= 0.013 Sum= 0.955 q= 19.5703
Vector: 23 F= 425.71 Cos= 0.056 Sum= 0.958 q= 81.9870
Vector: 24 F= 442.68 Cos= 0.032 Sum= 0.959 q= 46.7272
Vector: 25 F= 457.23 Cos= 0.024 Sum= 0.959 q= 34.3537
Vector: 26 F= 477.78 Cos= 0.040 Sum= 0.961 q= 59.0430
Vector: 27 F= 484.64 Cos= -0.005 Sum= 0.961 q= -8.0118
Vector: 28 F= 504.43 Cos= -0.034 Sum= 0.962 q= -50.0954
Vector: 29 F= 506.76 Cos= 0.028 Sum= 0.963 q= 41.5344
Vector: 30 F= 516.44 Cos= 0.016 Sum= 0.963 q= 23.5852
Vector: 31 F= 536.82 Cos= -0.006 Sum= 0.963 q= -8.8479
Vector: 32 F= 542.28 Cos= 0.013 Sum= 0.964 q= 18.7564
Vector: 33 F= 561.72 Cos= 0.025 Sum= 0.964 q= 36.7041
Vector: 34 F= 571.50 Cos= -0.005 Sum= 0.964 q= -6.9331
Vector: 35 F= 578.47 Cos= 0.012 Sum= 0.964 q= 18.2060
Vector: 36 F= 585.66 Cos= -0.006 Sum= 0.964 q= -9.1573
Vector: 37 F= 593.07 Cos= 0.013 Sum= 0.965 q= 18.4125
Vector: 38 F= 603.90 Cos= 0.019 Sum= 0.965 q= 27.5035
Vector: 39 F= 626.24 Cos= -0.005 Sum= 0.965 q= -7.7589
Vector: 40 F= 644.06 Cos= -0.036 Sum= 0.966 q= -52.8780
Vector: 41 F= 656.30 Cos= 0.002 Sum= 0.966 q= 3.2869
Vector: 42 F= 660.69 Cos= 0.003 Sum= 0.966 q= 4.8115
Vector: 43 F= 670.69 Cos= 0.005 Sum= 0.966 q= 7.9910
Vector: 44 F= 675.16 Cos= -0.022 Sum= 0.967 q= -32.4567
Vector: 45 F= 686.76 Cos= -0.007 Sum= 0.967 q= -10.4788
Vector: 46 F= 692.75 Cos= 0.026 Sum= 0.968 q= 37.5485
Vector: 47 F= 694.28 Cos= -0.022 Sum= 0.968 q= -31.6490
Vector: 48 F= 706.56 Cos= 0.004 Sum= 0.968 q= 5.3954
Vector: 49 F= 709.40 Cos= -0.026 Sum= 0.969 q= -38.5505
Vector: 50 F= 715.19 Cos= -0.022 Sum= 0.969 q= -32.3273
Vector: 51 F= 728.50 Cos= -0.003 Sum= 0.969 q= -3.9104
Vector: 52 F= 737.11 Cos= 0.015 Sum= 0.969 q= 22.0565
Vector: 53 F= 743.40 Cos= -0.018 Sum= 0.970 q= -25.7809
Vector: 54 F= 746.41 Cos= -0.027 Sum= 0.970 q= -39.3669
Vector: 55 F= 753.49 Cos= 0.028 Sum= 0.971 q= 40.8286
Vector: 56 F= 778.50 Cos= 0.011 Sum= 0.971 q= 16.1183
Vector: 57 F= 792.09 Cos= -0.012 Sum= 0.972 q= -16.9203
Vector: 58 F= 792.76 Cos= 0.023 Sum= 0.972 q= 34.0802
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Vector: 60 F= 801.71 Cos= -0.003 Sum= 0.972 q= -4.5023
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Vector: 64 F= 830.53 Cos= -0.001 Sum= 0.972 q= -1.0070
Vector: 65 F= 838.65 Cos= -0.015 Sum= 0.973 q= -22.6229
Vector: 66 F= 841.25 Cos= 0.012 Sum= 0.973 q= 17.4431
Vector: 67 F= 847.88 Cos= -0.011 Sum= 0.973 q= -15.7767
Vector: 68 F= 855.70 Cos= 0.004 Sum= 0.973 q= 6.4137
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Vector: 70 F= 870.86 Cos= -0.004 Sum= 0.973 q= -5.2066
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Vector: 75 F= 907.33 Cos= -0.003 Sum= 0.974 q= -4.5407
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Vector: 77 F= 919.85 Cos= 0.016 Sum= 0.974 q= 23.8706
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Vector: 79 F= 936.93 Cos= 0.003 Sum= 0.974 q= 4.1879
Vector: 80 F= 939.70 Cos= 0.004 Sum= 0.974 q= 5.8234
Vector: 81 F= 947.51 Cos= -0.003 Sum= 0.974 q= -4.8573
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Vector: 85 F= 971.35 Cos= -0.016 Sum= 0.975 q= -23.3023
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Vector: 87 F= 980.71 Cos= 0.014 Sum= 0.975 q= 20.8056
Vector: 88 F= 986.65 Cos= -0.002 Sum= 0.975 q= -3.5685
Vector: 89 F= 992.72 Cos= 0.007 Sum= 0.975 q= 10.8009
Vector: 90 F= 997.11 Cos= -0.001 Sum= 0.975 q= -1.4581
Vector: 91 F= 1003.47 Cos= 0.006 Sum= 0.975 q= 8.1687
Vector: 92 F= 1014.98 Cos= 0.002 Sum= 0.975 q= 3.3360
Vector: 93 F= 1019.15 Cos= -0.008 Sum= 0.976 q= -11.9928
Vector: 94 F= 1021.70 Cos= 0.010 Sum= 0.976 q= 14.5395
Vector: 95 F= 1024.69 Cos= 0.001 Sum= 0.976 q= 1.4290
Vector: 96 F= 1032.37 Cos= -0.003 Sum= 0.976 q= -3.6839
Vector: 97 F= 1034.71 Cos= -0.002 Sum= 0.976 q= -3.0781
Vector: 98 F= 1038.86 Cos= -0.013 Sum= 0.976 q= -18.5214
Vector: 99 F= 1041.98 Cos= -0.007 Sum= 0.976 q= -10.0552
Vector: 100 F= 1049.14 Cos= 0.002 Sum= 0.976 q= 2.8236
Vector: 101 F= 1058.43 Cos= 0.007 Sum= 0.976 q= 10.8044
Vector: 102 F= 1061.04 Cos= -0.003 Sum= 0.976 q= -4.6175
Vector: 103 F= 1064.43 Cos= 0.010 Sum= 0.976 q= 15.0439
Vector: 104 F= 1074.02 Cos= 0.005 Sum= 0.976 q= 6.6086
Vector: 105 F= 1077.36 Cos= 0.002 Sum= 0.976 q= 3.3321
Vector: 106 F= 1084.89 Cos= 0.007 Sum= 0.976 q= 10.4779
Projmod> Best zero-frequency found : 0.003429
Projmod> 6 frequencies less than: 0.003435
Projmod> Lowest non-zero frequency : 101.370207
Projmod> Best overlap with diff.vect. = -0.69 for mode 5 with F= 0.00 cm-1.
Projmod> 1-3-6-9-12-all-best contrb. = 0.476 0.899 0.937 0.947 0.953 0.976
Projmod> Normal end.
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 260713071901885274 7 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
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calculating perturbed structure for DQ=100
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260713071901885274.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=7 DQ=-100 773 2.204 710 1.075
MODEL 2 MODE=7 DQ=-80 773 2.106 712 1.064
MODEL 3 MODE=7 DQ=-60 773 2.019 714 1.070
MODEL 4 MODE=7 DQ=-40 773 1.945 712 1.042
MODEL 5 MODE=7 DQ=-20 773 1.884 713 1.036
MODEL 6 MODE=7 DQ=0 773 1.840 714 1.035
MODEL 7 MODE=7 DQ=20 773 1.812 715 1.036
MODEL 8 MODE=7 DQ=40 773 1.801 713 1.018
MODEL 9 MODE=7 DQ=60 773 1.808 713 1.015
MODEL 10 MODE=7 DQ=80 773 1.833 713 1.024
MODEL 11 MODE=7 DQ=100 773 1.874 712 1.032
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 260713071901885274 8 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260713071901885274.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 260713071901885274.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260713071901885274.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260713071901885274.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=8 DQ=-100 773 1.598 726 1.081
MODEL 2 MODE=8 DQ=-80 773 1.610 721 1.055
MODEL 3 MODE=8 DQ=-60 773 1.641 720 1.054
MODEL 4 MODE=8 DQ=-40 773 1.691 716 1.037
MODEL 5 MODE=8 DQ=-20 773 1.758 715 1.036
MODEL 6 MODE=8 DQ=0 773 1.840 714 1.035
MODEL 7 MODE=8 DQ=20 773 1.935 711 1.023
MODEL 8 MODE=8 DQ=40 773 2.041 709 1.018
MODEL 9 MODE=8 DQ=60 773 2.157 706 1.009
MODEL 10 MODE=8 DQ=80 773 2.281 704 1.006
MODEL 11 MODE=8 DQ=100 773 2.412 704 1.013
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 260713071901885274 9 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
260713071901885274.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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260713071901885274.eigenfacs
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260713071901885274.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
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260713071901885274.eigenfacs
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260713071901885274.eigenfacs
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260713071901885274.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=100
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making animated gifs
11 models are in 260713071901885274.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260713071901885274.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260713071901885274.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=9 DQ=-100 773 1.747 726 1.144
MODEL 2 MODE=9 DQ=-80 773 1.731 726 1.101
MODEL 3 MODE=9 DQ=-60 773 1.733 723 1.059
MODEL 4 MODE=9 DQ=-40 773 1.752 719 1.034
MODEL 5 MODE=9 DQ=-20 773 1.788 717 1.030
MODEL 6 MODE=9 DQ=0 773 1.840 714 1.035
MODEL 7 MODE=9 DQ=20 773 1.906 710 1.050
MODEL 8 MODE=9 DQ=40 773 1.985 707 1.084
MODEL 9 MODE=9 DQ=60 773 2.077 705 1.137
MODEL 10 MODE=9 DQ=80 773 2.178 695 1.162
MODEL 11 MODE=9 DQ=100 773 2.288 684 1.185
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 260713071901885274 10 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
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260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
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260713071901885274.eigenfacs
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260713071901885274.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
making animated gifs
11 models are in 260713071901885274.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260713071901885274.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260713071901885274.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=10 DQ=-100 773 2.051 704 1.165
MODEL 2 MODE=10 DQ=-80 773 1.980 710 1.132
MODEL 3 MODE=10 DQ=-60 773 1.922 712 1.089
MODEL 4 MODE=10 DQ=-40 773 1.879 712 1.048
MODEL 5 MODE=10 DQ=-20 773 1.851 714 1.035
MODEL 6 MODE=10 DQ=0 773 1.840 714 1.035
MODEL 7 MODE=10 DQ=20 773 1.845 714 1.051
MODEL 8 MODE=10 DQ=40 773 1.866 713 1.081
MODEL 9 MODE=10 DQ=60 773 1.904 712 1.127
MODEL 10 MODE=10 DQ=80 773 1.956 707 1.172
MODEL 11 MODE=10 DQ=100 773 2.023 705 1.243
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 260713071901885274 11 -100 100 20 on on
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
260713071901885274.eigenfacs
260713071901885274.atom
making animated gifs
11 models are in 260713071901885274.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260713071901885274.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 260713071901885274.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
compute RMSD to second conformer
MODEL 1 MODE=11 DQ=-100 773 2.196 713 1.224
MODEL 2 MODE=11 DQ=-80 773 2.100 713 1.153
MODEL 3 MODE=11 DQ=-60 773 2.015 714 1.102
MODEL 4 MODE=11 DQ=-40 773 1.943 714 1.064
MODEL 5 MODE=11 DQ=-20 773 1.884 712 1.031
MODEL 6 MODE=11 DQ=0 773 1.840 714 1.035
MODEL 7 MODE=11 DQ=20 773 1.812 714 1.039
MODEL 8 MODE=11 DQ=40 773 1.800 715 1.055
MODEL 9 MODE=11 DQ=60 773 1.806 713 1.068
MODEL 10 MODE=11 DQ=80 773 1.829 710 1.080
MODEL 11 MODE=11 DQ=100 773 1.868 710 1.115
260713071901885274.10.pdb
260713071901885274.11.pdb
260713071901885274.7.pdb
260713071901885274.8.pdb
260713071901885274.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m18.858s
user 1m18.325s
sys 0m0.508s
rm: cannot remove '260713071901885274.sdijf': No such file or directory
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elNémo
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