*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 260713104505956820.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 260713104505956820.atom to be opened.
Openam> File opened: 260713104505956820.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 985
First residue number = 1
Last residue number = 627
Number of atoms found = 7722
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -26.485676 +/- 17.779040 From: -67.803000 To: 15.552000
= -3.035653 +/- 17.007278 From: -36.067000 To: 40.425000
= -19.474918 +/- 24.091218 From: -73.855000 To: 35.215000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.0763 % Filled.
Pdbmat> 2888146 non-zero elements.
Pdbmat> 315811 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 81.80 +/- 22.13
Maximum number = 133
Minimum number = 9
Pdbmat> Matrix trace = 6.316220E+06
Pdbmat> Larger element = 499.281
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
985 non-zero elements, NRBL set to 5
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 260713104505956820.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 5
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 260713104505956820.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
260713104505956820.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 7722 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 5 residue(s) per block.
Blocpdb> 985 residues.
Blocpdb> 36 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 40 atoms in block 2
Block first atom: 37
Blocpdb> 42 atoms in block 3
Block first atom: 77
Blocpdb> 40 atoms in block 4
Block first atom: 119
Blocpdb> 40 atoms in block 5
Block first atom: 159
Blocpdb> 47 atoms in block 6
Block first atom: 199
Blocpdb> 41 atoms in block 7
Block first atom: 246
Blocpdb> 29 atoms in block 8
Block first atom: 287
Blocpdb> 27 atoms in block 9
Block first atom: 316
Blocpdb> 26 atoms in block 10
Block first atom: 343
Blocpdb> 30 atoms in block 11
Block first atom: 369
Blocpdb> 37 atoms in block 12
Block first atom: 399
Blocpdb> 41 atoms in block 13
Block first atom: 436
Blocpdb> 35 atoms in block 14
Block first atom: 477
Blocpdb> 38 atoms in block 15
Block first atom: 512
Blocpdb> 35 atoms in block 16
Block first atom: 550
Blocpdb> 42 atoms in block 17
Block first atom: 585
Blocpdb> 30 atoms in block 18
Block first atom: 627
Blocpdb> 40 atoms in block 19
Block first atom: 657
Blocpdb> 32 atoms in block 20
Block first atom: 697
Blocpdb> 39 atoms in block 21
Block first atom: 729
Blocpdb> 39 atoms in block 22
Block first atom: 768
Blocpdb> 36 atoms in block 23
Block first atom: 807
Blocpdb> 36 atoms in block 24
Block first atom: 843
Blocpdb> 28 atoms in block 25
Block first atom: 879
Blocpdb> 37 atoms in block 26
Block first atom: 907
Blocpdb> 29 atoms in block 27
Block first atom: 944
Blocpdb> 33 atoms in block 28
Block first atom: 973
Blocpdb> 33 atoms in block 29
Block first atom: 1006
Blocpdb> 39 atoms in block 30
Block first atom: 1039
Blocpdb> 38 atoms in block 31
Block first atom: 1078
Blocpdb> 32 atoms in block 32
Block first atom: 1116
Blocpdb> 28 atoms in block 33
Block first atom: 1148
Blocpdb> 38 atoms in block 34
Block first atom: 1176
Blocpdb> 34 atoms in block 35
Block first atom: 1214
Blocpdb> 41 atoms in block 36
Block first atom: 1248
Blocpdb> 47 atoms in block 37
Block first atom: 1289
Blocpdb> 46 atoms in block 38
Block first atom: 1336
Blocpdb> 42 atoms in block 39
Block first atom: 1382
Blocpdb> 38 atoms in block 40
Block first atom: 1424
Blocpdb> 45 atoms in block 41
Block first atom: 1462
Blocpdb> 44 atoms in block 42
Block first atom: 1507
Blocpdb> 45 atoms in block 43
Block first atom: 1551
Blocpdb> 46 atoms in block 44
Block first atom: 1596
Blocpdb> 36 atoms in block 45
Block first atom: 1642
Blocpdb> 49 atoms in block 46
Block first atom: 1678
Blocpdb> 45 atoms in block 47
Block first atom: 1727
Blocpdb> 41 atoms in block 48
Block first atom: 1772
Blocpdb> 42 atoms in block 49
Block first atom: 1813
Blocpdb> 39 atoms in block 50
Block first atom: 1855
Blocpdb> 41 atoms in block 51
Block first atom: 1894
Blocpdb> 42 atoms in block 52
Block first atom: 1935
Blocpdb> 42 atoms in block 53
Block first atom: 1977
Blocpdb> 39 atoms in block 54
Block first atom: 2019
Blocpdb> 41 atoms in block 55
Block first atom: 2058
Blocpdb> 36 atoms in block 56
Block first atom: 2099
Blocpdb> 36 atoms in block 57
Block first atom: 2135
Blocpdb> 39 atoms in block 58
Block first atom: 2171
Blocpdb> 30 atoms in block 59
Block first atom: 2210
Blocpdb> 41 atoms in block 60
Block first atom: 2240
Blocpdb> 49 atoms in block 61
Block first atom: 2281
Blocpdb> 34 atoms in block 62
Block first atom: 2330
Blocpdb> 30 atoms in block 63
Block first atom: 2364
Blocpdb> 41 atoms in block 64
Block first atom: 2394
Blocpdb> 49 atoms in block 65
Block first atom: 2435
Blocpdb> 31 atoms in block 66
Block first atom: 2484
Blocpdb> 33 atoms in block 67
Block first atom: 2515
Blocpdb> 36 atoms in block 68
Block first atom: 2548
Blocpdb> 36 atoms in block 69
Block first atom: 2584
Blocpdb> 39 atoms in block 70
Block first atom: 2620
Blocpdb> 27 atoms in block 71
Block first atom: 2659
Blocpdb> 40 atoms in block 72
Block first atom: 2686
Blocpdb> 43 atoms in block 73
Block first atom: 2726
Blocpdb> 35 atoms in block 74
Block first atom: 2769
Blocpdb> 32 atoms in block 75
Block first atom: 2804
Blocpdb> 51 atoms in block 76
Block first atom: 2836
Blocpdb> 45 atoms in block 77
Block first atom: 2887
Blocpdb> 36 atoms in block 78
Block first atom: 2932
Blocpdb> 37 atoms in block 79
Block first atom: 2968
Blocpdb> 44 atoms in block 80
Block first atom: 3005
Blocpdb> 48 atoms in block 81
Block first atom: 3049
Blocpdb> 39 atoms in block 82
Block first atom: 3097
Blocpdb> 40 atoms in block 83
Block first atom: 3136
Blocpdb> 38 atoms in block 84
Block first atom: 3176
Blocpdb> 45 atoms in block 85
Block first atom: 3214
Blocpdb> 40 atoms in block 86
Block first atom: 3259
Blocpdb> 45 atoms in block 87
Block first atom: 3299
Blocpdb> 40 atoms in block 88
Block first atom: 3344
Blocpdb> 41 atoms in block 89
Block first atom: 3384
Blocpdb> 39 atoms in block 90
Block first atom: 3425
Blocpdb> 34 atoms in block 91
Block first atom: 3464
Blocpdb> 41 atoms in block 92
Block first atom: 3498
Blocpdb> 39 atoms in block 93
Block first atom: 3539
Blocpdb> 35 atoms in block 94
Block first atom: 3578
Blocpdb> 38 atoms in block 95
Block first atom: 3613
Blocpdb> 33 atoms in block 96
Block first atom: 3651
Blocpdb> 30 atoms in block 97
Block first atom: 3684
Blocpdb> 41 atoms in block 98
Block first atom: 3714
Blocpdb> 36 atoms in block 99
Block first atom: 3755
Blocpdb> 36 atoms in block 100
Block first atom: 3791
Blocpdb> 38 atoms in block 101
Block first atom: 3827
Blocpdb> 42 atoms in block 102
Block first atom: 3865
Blocpdb> 41 atoms in block 103
Block first atom: 3907
Blocpdb> 39 atoms in block 104
Block first atom: 3948
Blocpdb> 43 atoms in block 105
Block first atom: 3987
Blocpdb> 45 atoms in block 106
Block first atom: 4030
Blocpdb> 39 atoms in block 107
Block first atom: 4075
Blocpdb> 43 atoms in block 108
Block first atom: 4114
Blocpdb> 37 atoms in block 109
Block first atom: 4157
Blocpdb> 41 atoms in block 110
Block first atom: 4194
Blocpdb> 41 atoms in block 111
Block first atom: 4235
Blocpdb> 42 atoms in block 112
Block first atom: 4276
Blocpdb> 38 atoms in block 113
Block first atom: 4318
Blocpdb> 38 atoms in block 114
Block first atom: 4356
Blocpdb> 42 atoms in block 115
Block first atom: 4394
Blocpdb> 33 atoms in block 116
Block first atom: 4436
Blocpdb> 48 atoms in block 117
Block first atom: 4469
Blocpdb> 42 atoms in block 118
Block first atom: 4517
Blocpdb> 46 atoms in block 119
Block first atom: 4559
Blocpdb> 37 atoms in block 120
Block first atom: 4605
Blocpdb> 38 atoms in block 121
Block first atom: 4642
Blocpdb> 30 atoms in block 122
Block first atom: 4680
Blocpdb> 45 atoms in block 123
Block first atom: 4710
Blocpdb> 36 atoms in block 124
Block first atom: 4755
Blocpdb> 43 atoms in block 125
Block first atom: 4791
Blocpdb> 45 atoms in block 126
Block first atom: 4834
Blocpdb> 36 atoms in block 127
Block first atom: 4879
Blocpdb> 35 atoms in block 128
Block first atom: 4915
Blocpdb> 41 atoms in block 129
Block first atom: 4950
Blocpdb> 47 atoms in block 130
Block first atom: 4991
Blocpdb> 48 atoms in block 131
Block first atom: 5038
Blocpdb> 36 atoms in block 132
Block first atom: 5086
Blocpdb> 41 atoms in block 133
Block first atom: 5122
Blocpdb> 34 atoms in block 134
Block first atom: 5163
Blocpdb> 38 atoms in block 135
Block first atom: 5197
Blocpdb> 42 atoms in block 136
Block first atom: 5235
Blocpdb> 41 atoms in block 137
Block first atom: 5277
Blocpdb> 49 atoms in block 138
Block first atom: 5318
Blocpdb> 44 atoms in block 139
Block first atom: 5367
Blocpdb> 41 atoms in block 140
Block first atom: 5411
Blocpdb> 38 atoms in block 141
Block first atom: 5452
Blocpdb> 40 atoms in block 142
Block first atom: 5490
Blocpdb> 43 atoms in block 143
Block first atom: 5530
Blocpdb> 41 atoms in block 144
Block first atom: 5573
Blocpdb> 32 atoms in block 145
Block first atom: 5614
Blocpdb> 38 atoms in block 146
Block first atom: 5646
Blocpdb> 41 atoms in block 147
Block first atom: 5684
Blocpdb> 41 atoms in block 148
Block first atom: 5725
Blocpdb> 37 atoms in block 149
Block first atom: 5766
Blocpdb> 31 atoms in block 150
Block first atom: 5803
Blocpdb> 38 atoms in block 151
Block first atom: 5834
Blocpdb> 38 atoms in block 152
Block first atom: 5872
Blocpdb> 42 atoms in block 153
Block first atom: 5910
Blocpdb> 38 atoms in block 154
Block first atom: 5952
Blocpdb> 35 atoms in block 155
Block first atom: 5990
Blocpdb> 40 atoms in block 156
Block first atom: 6025
Blocpdb> 44 atoms in block 157
Block first atom: 6065
Blocpdb> 44 atoms in block 158
Block first atom: 6109
Blocpdb> 42 atoms in block 159
Block first atom: 6153
Blocpdb> 39 atoms in block 160
Block first atom: 6195
Blocpdb> 44 atoms in block 161
Block first atom: 6234
Blocpdb> 44 atoms in block 162
Block first atom: 6278
Blocpdb> 39 atoms in block 163
Block first atom: 6322
Blocpdb> 40 atoms in block 164
Block first atom: 6361
Blocpdb> 42 atoms in block 165
Block first atom: 6401
Blocpdb> 32 atoms in block 166
Block first atom: 6443
Blocpdb> 41 atoms in block 167
Block first atom: 6475
Blocpdb> 31 atoms in block 168
Block first atom: 6516
Blocpdb> 48 atoms in block 169
Block first atom: 6547
Blocpdb> 42 atoms in block 170
Block first atom: 6595
Blocpdb> 43 atoms in block 171
Block first atom: 6637
Blocpdb> 42 atoms in block 172
Block first atom: 6680
Blocpdb> 38 atoms in block 173
Block first atom: 6722
Blocpdb> 40 atoms in block 174
Block first atom: 6760
Blocpdb> 38 atoms in block 175
Block first atom: 6800
Blocpdb> 34 atoms in block 176
Block first atom: 6838
Blocpdb> 40 atoms in block 177
Block first atom: 6872
Blocpdb> 43 atoms in block 178
Block first atom: 6912
Blocpdb> 40 atoms in block 179
Block first atom: 6955
Blocpdb> 45 atoms in block 180
Block first atom: 6995
Blocpdb> 39 atoms in block 181
Block first atom: 7040
Blocpdb> 41 atoms in block 182
Block first atom: 7079
Blocpdb> 42 atoms in block 183
Block first atom: 7120
Blocpdb> 40 atoms in block 184
Block first atom: 7162
Blocpdb> 47 atoms in block 185
Block first atom: 7202
Blocpdb> 32 atoms in block 186
Block first atom: 7249
Blocpdb> 42 atoms in block 187
Block first atom: 7281
Blocpdb> 41 atoms in block 188
Block first atom: 7323
Blocpdb> 38 atoms in block 189
Block first atom: 7364
Blocpdb> 43 atoms in block 190
Block first atom: 7402
Blocpdb> 48 atoms in block 191
Block first atom: 7445
Blocpdb> 43 atoms in block 192
Block first atom: 7493
Blocpdb> 44 atoms in block 193
Block first atom: 7536
Blocpdb> 34 atoms in block 194
Block first atom: 7580
Blocpdb> 36 atoms in block 195
Block first atom: 7614
Blocpdb> 36 atoms in block 196
Block first atom: 7650
Blocpdb> 37 atoms in block 197
Block first atom: 7685
Blocpdb> 197 blocks.
Blocpdb> At most, 51 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 26 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2888343 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 23166
Prepmat> Matrix trace = 6316220.0000
Prepmat> Last element read: 23166 23166 239.2078
Prepmat> 19504 lines saved.
Prepmat> 17868 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 7722
RTB> Total mass = 7722.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 7722
RTB> Number of blocks = 197
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 223648.0413
RTB> 55905 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1182
Diagstd> Nb of non-zero elements: 55905
Diagstd> Projected matrix trace = 223648.0413
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1182 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 223648.0413
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0794569 0.1208145 0.2702384 0.3118737
0.3852347 0.5535558 0.6840727 0.7902396 1.0900441
1.3811650 1.4291272 1.5817160 2.0356195 2.6845041
3.0334999 3.2589683 3.4763156 3.7329702 4.2216375
4.4318225 4.6758304 5.0600335 5.2038505 5.6359599
6.0989747 6.1711716 6.4003572 6.8857878 7.4367791
8.1814672 8.4171467 8.9002636 8.9465126 9.3832235
9.5035642 9.7365305 10.4111430 10.6054431 11.0809849
11.3484637 11.5194176 11.9017593 12.1251600 12.3655160
12.6431178 13.0768820 13.8959580 14.2175117 14.3625280
14.7775144 14.9513769 15.4068892 15.6963611 15.9718646
16.2946330 16.7296156 16.7849389 17.1778848 17.6720676
18.1198153 18.5652411 18.7698533 19.1736476 19.5825048
20.0213198 20.4839352 21.1794214 21.4915975 21.8562797
22.2369467 22.4203755 23.0977770 23.6009718 24.0376422
24.3982950 24.5594269 24.9453677 25.2047368 26.1788584
26.7658137 27.0460667 27.5651838 28.2034006 28.2431624
28.6657730 28.9498899 29.5083632 29.6205564 29.9765334
30.3105797 30.9235918 31.3065996 31.8636521 32.2468204
32.7031255 33.2556470 33.3598560 33.6381613 34.0678710
34.3893931
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034316 0.0034323 0.0034325 0.0034329 0.0034335
0.0034340 30.6098496 37.7446031 56.4506310 60.6435584
67.3997064 80.7934194 89.8144898 96.5327467 113.3750042
127.6197993 129.8167487 136.5713278 154.9328749 177.9210447
189.1329836 196.0357800 202.4672954 209.8082417 223.1185861
228.6053869 234.8143607 244.2710368 247.7180689 257.7978123
268.1783386 269.7609552 274.7244961 284.9522549 296.1336240
310.6067403 315.0487259 323.9639716 324.8045990 332.6375781
334.7638374 338.8421236 350.3841779 353.6386224 361.4801574
365.8169437 368.5619876 374.6285411 378.1281578 381.8575681
386.1200663 392.6877770 404.7990894 409.4558476 411.5387407
417.4418399 419.8903325 426.2385830 430.2241357 433.9833726
438.3465284 444.1587906 444.8925795 450.0700601 456.4980874
462.2449376 467.8919537 470.4632660 475.4968569 480.5398418
485.8941065 491.4756169 499.7494519 503.4190311 507.6722204
512.0741561 514.1818244 521.8916784 527.5458644 532.4038823
536.3830177 538.1513007 542.3632262 545.1755411 555.6107406
561.8048774 564.7384239 570.1324061 576.6947771 577.1011529
581.4027868 584.2769299 589.8856628 591.0059949 594.5467150
597.8502308 603.8655384 607.5936543 612.9754150 616.6499914
620.9975839 626.2215100 627.2018979 629.8126867 633.8226829
636.8065706
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 7722
Rtb_to_modes> Number of blocs = 197
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9862E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.78
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.58
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.64
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.39
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1182 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00003 0.99998 0.99999 1.00000 1.00002
1.00001 0.99997 0.99998 1.00001 1.00000
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1.00000 0.99998 1.00000 1.00001 0.99998
1.00001 0.99999 1.00002 0.99999 0.99999
1.00001 1.00002 1.00002 0.99999 0.99999
1.00001 0.99996 1.00001 1.00002 0.99997
1.00000 1.00000 1.00002 0.99999 1.00003
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1.00000 0.99997 1.00000 1.00000 1.00000
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1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999
1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 138996 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
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1.00000 1.00000 1.00002 0.99999 1.00003
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1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260713104505956820.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260713104505956820.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 260713104505956820.atom
Openam> file on opening on unit 11:
260713104505956820.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 985
First residue number = 1
Last residue number = 627
Number of atoms found = 7722
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9862E-10
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.222
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.39
Bfactors> 106 vectors, 23166 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.079457
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.091 +/- 0.15
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.091
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 260713104505956820.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
260713104505956820.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4314E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 30.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 37.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 56.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 60.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 67.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 80.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 89.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 96.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 113.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 136.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 154.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 177.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 189.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 196.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 202.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 209.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 223.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 244.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 247.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 257.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 268.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 269.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 274.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 284.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 296.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 310.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 315.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 323.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 324.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 350.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 353.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 361.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 365.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 368.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 378.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 386.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 392.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 404.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 409.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 419.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 426.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 430.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 444.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 444.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 450.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 462.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 470.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 475.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 480.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 491.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 499.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 507.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 514.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 521.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 532.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 538.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 564.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 576.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 577.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 581.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 584.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 591.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 594.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 597.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 607.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 612.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 627.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 629.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 636.8
Chkmod> 106 vectors, 23166 coordinates in file.
Chkmod> That is: 7722 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 13 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 85 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7166
0.0034 0.7699
0.0034 0.9338
0.0034 0.8451
0.0034 0.7528
0.0034 0.7867
30.6085 0.3983
37.7407 0.4754
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Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
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