*** WT ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2607150539361448639.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2607150539361448639.atom to be opened.
Openam> File opened: 2607150539361448639.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 993
First residue number = 1
Last residue number = 993
Number of atoms found = 7935
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 1.541961 +/- 21.659466 From: -54.999000 To: 47.117000
= 0.830960 +/- 22.031358 From: -68.540000 To: 69.541000
= -1.203315 +/- 25.595374 From: -74.700000 To: 47.565000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.9112 % Filled.
Pdbmat> 2581904 non-zero elements.
Pdbmat> 281646 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 70.99 +/- 26.16
Maximum number = 132
Minimum number = 7
Pdbmat> Matrix trace = 5.632920E+06
Pdbmat> Larger element = 487.832
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
993 non-zero elements, NRBL set to 5
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2607150539361448639.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 5
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2607150539361448639.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2607150539361448639.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 7935 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 5 residue(s) per block.
Blocpdb> 993 residues.
Blocpdb> 33 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 36 atoms in block 2
Block first atom: 34
Blocpdb> 38 atoms in block 3
Block first atom: 70
Blocpdb> 37 atoms in block 4
Block first atom: 108
Blocpdb> 38 atoms in block 5
Block first atom: 145
Blocpdb> 40 atoms in block 6
Block first atom: 183
Blocpdb> 37 atoms in block 7
Block first atom: 223
Blocpdb> 41 atoms in block 8
Block first atom: 260
Blocpdb> 39 atoms in block 9
Block first atom: 301
Blocpdb> 32 atoms in block 10
Block first atom: 340
Blocpdb> 39 atoms in block 11
Block first atom: 372
Blocpdb> 35 atoms in block 12
Block first atom: 411
Blocpdb> 35 atoms in block 13
Block first atom: 446
Blocpdb> 40 atoms in block 14
Block first atom: 481
Blocpdb> 30 atoms in block 15
Block first atom: 521
Blocpdb> 36 atoms in block 16
Block first atom: 551
Blocpdb> 38 atoms in block 17
Block first atom: 587
Blocpdb> 32 atoms in block 18
Block first atom: 625
Blocpdb> 39 atoms in block 19
Block first atom: 657
Blocpdb> 32 atoms in block 20
Block first atom: 696
Blocpdb> 42 atoms in block 21
Block first atom: 728
Blocpdb> 43 atoms in block 22
Block first atom: 770
Blocpdb> 37 atoms in block 23
Block first atom: 813
Blocpdb> 44 atoms in block 24
Block first atom: 850
Blocpdb> 39 atoms in block 25
Block first atom: 894
Blocpdb> 36 atoms in block 26
Block first atom: 933
Blocpdb> 41 atoms in block 27
Block first atom: 969
Blocpdb> 34 atoms in block 28
Block first atom: 1010
Blocpdb> 47 atoms in block 29
Block first atom: 1044
Blocpdb> 36 atoms in block 30
Block first atom: 1091
Blocpdb> 43 atoms in block 31
Block first atom: 1127
Blocpdb> 39 atoms in block 32
Block first atom: 1170
Blocpdb> 42 atoms in block 33
Block first atom: 1209
Blocpdb> 49 atoms in block 34
Block first atom: 1251
Blocpdb> 50 atoms in block 35
Block first atom: 1300
Blocpdb> 42 atoms in block 36
Block first atom: 1350
Blocpdb> 34 atoms in block 37
Block first atom: 1392
Blocpdb> 35 atoms in block 38
Block first atom: 1426
Blocpdb> 40 atoms in block 39
Block first atom: 1461
Blocpdb> 43 atoms in block 40
Block first atom: 1501
Blocpdb> 34 atoms in block 41
Block first atom: 1544
Blocpdb> 39 atoms in block 42
Block first atom: 1578
Blocpdb> 35 atoms in block 43
Block first atom: 1617
Blocpdb> 43 atoms in block 44
Block first atom: 1652
Blocpdb> 46 atoms in block 45
Block first atom: 1695
Blocpdb> 38 atoms in block 46
Block first atom: 1741
Blocpdb> 36 atoms in block 47
Block first atom: 1779
Blocpdb> 41 atoms in block 48
Block first atom: 1815
Blocpdb> 43 atoms in block 49
Block first atom: 1856
Blocpdb> 39 atoms in block 50
Block first atom: 1899
Blocpdb> 39 atoms in block 51
Block first atom: 1938
Blocpdb> 39 atoms in block 52
Block first atom: 1977
Blocpdb> 39 atoms in block 53
Block first atom: 2016
Blocpdb> 46 atoms in block 54
Block first atom: 2055
Blocpdb> 38 atoms in block 55
Block first atom: 2101
Blocpdb> 39 atoms in block 56
Block first atom: 2139
Blocpdb> 44 atoms in block 57
Block first atom: 2178
Blocpdb> 43 atoms in block 58
Block first atom: 2222
Blocpdb> 35 atoms in block 59
Block first atom: 2265
Blocpdb> 48 atoms in block 60
Block first atom: 2300
Blocpdb> 38 atoms in block 61
Block first atom: 2348
Blocpdb> 42 atoms in block 62
Block first atom: 2386
Blocpdb> 43 atoms in block 63
Block first atom: 2428
Blocpdb> 37 atoms in block 64
Block first atom: 2471
Blocpdb> 39 atoms in block 65
Block first atom: 2508
Blocpdb> 41 atoms in block 66
Block first atom: 2547
Blocpdb> 37 atoms in block 67
Block first atom: 2588
Blocpdb> 33 atoms in block 68
Block first atom: 2625
Blocpdb> 37 atoms in block 69
Block first atom: 2658
Blocpdb> 41 atoms in block 70
Block first atom: 2695
Blocpdb> 34 atoms in block 71
Block first atom: 2736
Blocpdb> 44 atoms in block 72
Block first atom: 2770
Blocpdb> 46 atoms in block 73
Block first atom: 2814
Blocpdb> 43 atoms in block 74
Block first atom: 2860
Blocpdb> 43 atoms in block 75
Block first atom: 2903
Blocpdb> 47 atoms in block 76
Block first atom: 2946
Blocpdb> 45 atoms in block 77
Block first atom: 2993
Blocpdb> 43 atoms in block 78
Block first atom: 3038
Blocpdb> 40 atoms in block 79
Block first atom: 3081
Blocpdb> 32 atoms in block 80
Block first atom: 3121
Blocpdb> 41 atoms in block 81
Block first atom: 3153
Blocpdb> 44 atoms in block 82
Block first atom: 3194
Blocpdb> 39 atoms in block 83
Block first atom: 3238
Blocpdb> 46 atoms in block 84
Block first atom: 3277
Blocpdb> 38 atoms in block 85
Block first atom: 3323
Blocpdb> 44 atoms in block 86
Block first atom: 3361
Blocpdb> 42 atoms in block 87
Block first atom: 3405
Blocpdb> 47 atoms in block 88
Block first atom: 3447
Blocpdb> 34 atoms in block 89
Block first atom: 3494
Blocpdb> 31 atoms in block 90
Block first atom: 3528
Blocpdb> 37 atoms in block 91
Block first atom: 3559
Blocpdb> 38 atoms in block 92
Block first atom: 3596
Blocpdb> 50 atoms in block 93
Block first atom: 3634
Blocpdb> 38 atoms in block 94
Block first atom: 3684
Blocpdb> 34 atoms in block 95
Block first atom: 3722
Blocpdb> 42 atoms in block 96
Block first atom: 3756
Blocpdb> 44 atoms in block 97
Block first atom: 3798
Blocpdb> 42 atoms in block 98
Block first atom: 3842
Blocpdb> 45 atoms in block 99
Block first atom: 3884
Blocpdb> 32 atoms in block 100
Block first atom: 3929
Blocpdb> 39 atoms in block 101
Block first atom: 3961
Blocpdb> 37 atoms in block 102
Block first atom: 4000
Blocpdb> 36 atoms in block 103
Block first atom: 4037
Blocpdb> 39 atoms in block 104
Block first atom: 4073
Blocpdb> 32 atoms in block 105
Block first atom: 4112
Blocpdb> 39 atoms in block 106
Block first atom: 4144
Blocpdb> 35 atoms in block 107
Block first atom: 4183
Blocpdb> 43 atoms in block 108
Block first atom: 4218
Blocpdb> 45 atoms in block 109
Block first atom: 4261
Blocpdb> 31 atoms in block 110
Block first atom: 4306
Blocpdb> 41 atoms in block 111
Block first atom: 4337
Blocpdb> 37 atoms in block 112
Block first atom: 4378
Blocpdb> 41 atoms in block 113
Block first atom: 4415
Blocpdb> 50 atoms in block 114
Block first atom: 4456
Blocpdb> 47 atoms in block 115
Block first atom: 4506
Blocpdb> 41 atoms in block 116
Block first atom: 4553
Blocpdb> 30 atoms in block 117
Block first atom: 4594
Blocpdb> 48 atoms in block 118
Block first atom: 4624
Blocpdb> 49 atoms in block 119
Block first atom: 4672
Blocpdb> 50 atoms in block 120
Block first atom: 4721
Blocpdb> 51 atoms in block 121
Block first atom: 4771
Blocpdb> 43 atoms in block 122
Block first atom: 4822
Blocpdb> 40 atoms in block 123
Block first atom: 4865
Blocpdb> 27 atoms in block 124
Block first atom: 4905
Blocpdb> 39 atoms in block 125
Block first atom: 4932
Blocpdb> 37 atoms in block 126
Block first atom: 4971
Blocpdb> 34 atoms in block 127
Block first atom: 5008
Blocpdb> 34 atoms in block 128
Block first atom: 5042
Blocpdb> 36 atoms in block 129
Block first atom: 5076
Blocpdb> 40 atoms in block 130
Block first atom: 5112
Blocpdb> 40 atoms in block 131
Block first atom: 5152
Blocpdb> 36 atoms in block 132
Block first atom: 5192
Blocpdb> 42 atoms in block 133
Block first atom: 5228
Blocpdb> 34 atoms in block 134
Block first atom: 5270
Blocpdb> 42 atoms in block 135
Block first atom: 5304
Blocpdb> 33 atoms in block 136
Block first atom: 5346
Blocpdb> 31 atoms in block 137
Block first atom: 5379
Blocpdb> 43 atoms in block 138
Block first atom: 5410
Blocpdb> 44 atoms in block 139
Block first atom: 5453
Blocpdb> 40 atoms in block 140
Block first atom: 5497
Blocpdb> 45 atoms in block 141
Block first atom: 5537
Blocpdb> 49 atoms in block 142
Block first atom: 5582
Blocpdb> 49 atoms in block 143
Block first atom: 5631
Blocpdb> 46 atoms in block 144
Block first atom: 5680
Blocpdb> 46 atoms in block 145
Block first atom: 5726
Blocpdb> 46 atoms in block 146
Block first atom: 5772
Blocpdb> 37 atoms in block 147
Block first atom: 5818
Blocpdb> 31 atoms in block 148
Block first atom: 5855
Blocpdb> 44 atoms in block 149
Block first atom: 5886
Blocpdb> 39 atoms in block 150
Block first atom: 5930
Blocpdb> 35 atoms in block 151
Block first atom: 5969
Blocpdb> 39 atoms in block 152
Block first atom: 6004
Blocpdb> 42 atoms in block 153
Block first atom: 6043
Blocpdb> 46 atoms in block 154
Block first atom: 6085
Blocpdb> 46 atoms in block 155
Block first atom: 6131
Blocpdb> 43 atoms in block 156
Block first atom: 6177
Blocpdb> 41 atoms in block 157
Block first atom: 6220
Blocpdb> 39 atoms in block 158
Block first atom: 6261
Blocpdb> 44 atoms in block 159
Block first atom: 6300
Blocpdb> 35 atoms in block 160
Block first atom: 6344
Blocpdb> 48 atoms in block 161
Block first atom: 6379
Blocpdb> 40 atoms in block 162
Block first atom: 6427
Blocpdb> 37 atoms in block 163
Block first atom: 6467
Blocpdb> 37 atoms in block 164
Block first atom: 6504
Blocpdb> 37 atoms in block 165
Block first atom: 6541
Blocpdb> 42 atoms in block 166
Block first atom: 6578
Blocpdb> 36 atoms in block 167
Block first atom: 6620
Blocpdb> 36 atoms in block 168
Block first atom: 6656
Blocpdb> 45 atoms in block 169
Block first atom: 6692
Blocpdb> 36 atoms in block 170
Block first atom: 6737
Blocpdb> 45 atoms in block 171
Block first atom: 6773
Blocpdb> 35 atoms in block 172
Block first atom: 6818
Blocpdb> 44 atoms in block 173
Block first atom: 6853
Blocpdb> 38 atoms in block 174
Block first atom: 6897
Blocpdb> 43 atoms in block 175
Block first atom: 6935
Blocpdb> 47 atoms in block 176
Block first atom: 6978
Blocpdb> 37 atoms in block 177
Block first atom: 7025
Blocpdb> 41 atoms in block 178
Block first atom: 7062
Blocpdb> 34 atoms in block 179
Block first atom: 7103
Blocpdb> 45 atoms in block 180
Block first atom: 7137
Blocpdb> 37 atoms in block 181
Block first atom: 7182
Blocpdb> 45 atoms in block 182
Block first atom: 7219
Blocpdb> 42 atoms in block 183
Block first atom: 7264
Blocpdb> 46 atoms in block 184
Block first atom: 7306
Blocpdb> 37 atoms in block 185
Block first atom: 7352
Blocpdb> 44 atoms in block 186
Block first atom: 7389
Blocpdb> 44 atoms in block 187
Block first atom: 7433
Blocpdb> 41 atoms in block 188
Block first atom: 7477
Blocpdb> 35 atoms in block 189
Block first atom: 7518
Blocpdb> 35 atoms in block 190
Block first atom: 7553
Blocpdb> 43 atoms in block 191
Block first atom: 7588
Blocpdb> 36 atoms in block 192
Block first atom: 7631
Blocpdb> 39 atoms in block 193
Block first atom: 7667
Blocpdb> 45 atoms in block 194
Block first atom: 7706
Blocpdb> 48 atoms in block 195
Block first atom: 7751
Blocpdb> 42 atoms in block 196
Block first atom: 7799
Blocpdb> 34 atoms in block 197
Block first atom: 7841
Blocpdb> 37 atoms in block 198
Block first atom: 7875
Blocpdb> 24 atoms in block 199
Block first atom: 7911
Blocpdb> 199 blocks.
Blocpdb> At most, 51 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 24 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 2582103 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 23805
Prepmat> Matrix trace = 5632920.0000
Prepmat> Last element read: 23805 23805 34.7678
Prepmat> 19901 lines saved.
Prepmat> 18483 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 7935
RTB> Total mass = 7935.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 7935
RTB> Number of blocks = 199
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 185084.8704
RTB> 48027 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1194
Diagstd> Nb of non-zero elements: 48027
Diagstd> Projected matrix trace = 185084.8704
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1194 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 185084.8704
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0016929 0.0026330 0.0032769 0.0045697
0.0063330 0.0076661 0.0084625 0.0106942 0.0137107
0.0179862 0.0238119 0.0275951 0.0296246 0.0322901
0.0578148 0.0646312 0.0708033 0.0932383 0.1020940
0.1081542 0.1162097 0.1254340 0.1426258 0.1501088
0.1810766 0.1972023 0.2309502 0.2451170 0.2572482
0.2774051 0.2883333 0.3844158 0.4280384 0.4511917
0.4937151 0.5718997 0.6152281 0.6722917 0.6925879
0.7192428 0.7886356 0.8326691 0.9412240 0.9736475
1.0000529 1.0330001 1.0930851 1.1862480 1.3086525
1.3465565 1.3913110 1.4470249 1.4889687 1.5729857
1.5966059 1.6381411 1.6976367 1.7307395 1.8678618
1.9642845 2.0550248 2.2181913 2.2746461 2.4242906
2.4539162 2.5386018 2.5699137 2.9163834 3.0256563
3.1586050 3.2289221 3.2645564 3.4767251 3.6959384
3.7954141 3.8240660 4.0839055 4.3332736 4.5676747
4.8984530 4.9489158 5.1772279 5.2684364 5.4087613
5.4538928 5.5888739 5.6137297 5.6952266 5.7685504
6.1152721 6.2998413 6.4691646 6.5946543 6.6922104
7.0074627 7.2765232 7.3962819 7.7681879 7.7936787
8.1196422
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034318 0.0034331 0.0034332 0.0034338 0.0034344
0.0034361 4.4680318 5.5721037 6.2161883 7.3407418
8.6416899 9.5078500 9.9895472 11.2297189 12.7152745
14.5634583 16.7568301 18.0389383 18.6905244 19.5132559
26.1104658 27.6068191 28.8949575 33.1583144 34.6972769
35.7122268 37.0183061 38.4594339 41.0104265 42.0725101
46.2089911 48.2226672 52.1860495 53.7628135 55.0771446
57.1942697 58.3099506 67.3280309 71.0455120 72.9416913
76.3015682 82.1211871 85.1752419 89.0377458 90.3717553
92.0943620 96.4347291 99.0903826 105.3517563 107.1509815
108.5942349 110.3685830 113.5330395 118.2722982 124.2245559
126.0107411 128.0876894 130.6270977 132.5067671 136.1939045
137.2126477 138.9859628 141.4873630 142.8601610 148.4115314
152.1939802 155.6696020 161.7315628 163.7767328 169.0782029
170.1081602 173.0185104 174.0822731 185.4460501 188.8883073
192.9936149 195.1300073 196.2037806 202.4792198 208.7649761
211.5557648 212.3527892 219.4487543 226.0493881 232.0827508
240.3392793 241.5740682 247.0836013 249.2505648 252.5481477
253.5996094 256.7186602 257.2888871 259.1497439 260.8126344
268.5364073 272.5587222 276.1972703 278.8632589 280.9183268
287.4588455 292.9255401 295.3262203 302.6600786 303.1562520
309.4309333
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 7935
Rtb_to_modes> Number of blocs = 199
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.333
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.568
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.300
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.469
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.692
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.277
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.396
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.768
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.794
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.120
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1194 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99998
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 142830 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000
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1.00006 1.00004 1.00003 0.99995 1.00002
1.00000 1.00001 0.99998 1.00001 1.00000
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0.99998 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999
0.99998
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2607150539361448639.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2607150539361448639.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2607150539361448639.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2607150539361448639.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 993
First residue number = 1
Last residue number = 993
Number of atoms found = 7935
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9875E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9950E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9954E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0013E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.6929E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.6330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.2769E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.5697E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.3330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.6661E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.4625E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0694E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.3711E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.7986E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.3812E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.7595E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.9625E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.2290E-02
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.595
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.768
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.794
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.120
Bfactors> 106 vectors, 23805 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.001693
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.397 for 993 C-alpha atoms.
Bfactors> = 5.013 +/- 24.31
Bfactors> = 74.131 +/- 20.82
Bfactors> Shiftng-fct= 69.118
Bfactors> Scaling-fct= 0.856
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2607150539361448639.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2607150539361448639.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4317E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4360E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 4.468
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 5.572
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 6.216
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.340
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.641
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 9.507
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 9.989
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 11.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 14.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 16.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 18.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 18.69
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 19.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 26.11
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 27.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 28.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 33.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 34.70
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 35.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 37.02
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 52.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 53.76
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 55.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 58.30
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 67.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 72.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 76.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 82.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 85.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 90.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 92.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 96.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 105.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 107.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 108.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 110.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 113.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 118.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 124.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 126.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 128.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 130.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 132.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 136.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 137.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 139.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 141.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 148.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 152.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 155.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 161.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 169.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 170.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 173.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 174.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 185.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 188.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 195.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 196.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 202.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 208.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 211.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 212.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 226.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 232.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 240.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 241.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 247.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 249.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 252.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 253.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 256.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 257.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 260.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 268.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 272.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 276.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 278.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 280.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 295.3
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 302.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.4
Chkmod> 106 vectors, 23805 coordinates in file.
Chkmod> That is: 7935 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 23 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 24 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
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making thumbnail 100x100
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