*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2607170838011899107.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2607170838011899107.atom to be opened.
Openam> File opened: 2607170838011899107.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 628
First residue number = 1
Last residue number = 750
Number of atoms found = 4988
Mean number per residue = 7.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 130.414444 +/- 13.581590 From: 97.632000 To: 166.517000
= 150.326906 +/- 11.865409 From: 122.532000 To: 182.053000
= 106.483019 +/- 21.805246 From: 60.755000 To: 149.526000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.6649 % Filled.
Pdbmat> 1864151 non-zero elements.
Pdbmat> 203832 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 81.73 +/- 22.88
Maximum number = 131
Minimum number = 9
Pdbmat> Matrix trace = 4.076640E+06
Pdbmat> Larger element = 492.933
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
628 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2607170838011899107.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2607170838011899107.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2607170838011899107.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4988 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 628 residues.
Blocpdb> 33 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 32 atoms in block 2
Block first atom: 34
Blocpdb> 27 atoms in block 3
Block first atom: 66
Blocpdb> 32 atoms in block 4
Block first atom: 93
Blocpdb> 34 atoms in block 5
Block first atom: 125
Blocpdb> 34 atoms in block 6
Block first atom: 159
Blocpdb> 37 atoms in block 7
Block first atom: 193
Blocpdb> 28 atoms in block 8
Block first atom: 230
Blocpdb> 27 atoms in block 9
Block first atom: 258
Blocpdb> 24 atoms in block 10
Block first atom: 285
Blocpdb> 27 atoms in block 11
Block first atom: 309
Blocpdb> 31 atoms in block 12
Block first atom: 336
Blocpdb> 37 atoms in block 13
Block first atom: 367
Blocpdb> 25 atoms in block 14
Block first atom: 404
Blocpdb> 29 atoms in block 15
Block first atom: 429
Blocpdb> 28 atoms in block 16
Block first atom: 458
Blocpdb> 35 atoms in block 17
Block first atom: 486
Blocpdb> 31 atoms in block 18
Block first atom: 521
Blocpdb> 30 atoms in block 19
Block first atom: 552
Blocpdb> 31 atoms in block 20
Block first atom: 582
Blocpdb> 36 atoms in block 21
Block first atom: 613
Blocpdb> 39 atoms in block 22
Block first atom: 649
Blocpdb> 28 atoms in block 23
Block first atom: 688
Blocpdb> 28 atoms in block 24
Block first atom: 716
Blocpdb> 34 atoms in block 25
Block first atom: 744
Blocpdb> 29 atoms in block 26
Block first atom: 778
Blocpdb> 33 atoms in block 27
Block first atom: 807
Blocpdb> 36 atoms in block 28
Block first atom: 840
Blocpdb> 28 atoms in block 29
Block first atom: 876
Blocpdb> 33 atoms in block 30
Block first atom: 904
Blocpdb> 30 atoms in block 31
Block first atom: 937
Blocpdb> 31 atoms in block 32
Block first atom: 967
Blocpdb> 29 atoms in block 33
Block first atom: 998
Blocpdb> 28 atoms in block 34
Block first atom: 1027
Blocpdb> 36 atoms in block 35
Block first atom: 1055
Blocpdb> 28 atoms in block 36
Block first atom: 1091
Blocpdb> 26 atoms in block 37
Block first atom: 1119
Blocpdb> 28 atoms in block 38
Block first atom: 1145
Blocpdb> 34 atoms in block 39
Block first atom: 1173
Blocpdb> 34 atoms in block 40
Block first atom: 1207
Blocpdb> 36 atoms in block 41
Block first atom: 1241
Blocpdb> 15 atoms in block 42
Block first atom: 1277
Blocpdb> 24 atoms in block 43
Block first atom: 1292
Blocpdb> 29 atoms in block 44
Block first atom: 1316
Blocpdb> 30 atoms in block 45
Block first atom: 1345
Blocpdb> 32 atoms in block 46
Block first atom: 1375
Blocpdb> 32 atoms in block 47
Block first atom: 1407
Blocpdb> 28 atoms in block 48
Block first atom: 1439
Blocpdb> 25 atoms in block 49
Block first atom: 1467
Blocpdb> 32 atoms in block 50
Block first atom: 1492
Blocpdb> 30 atoms in block 51
Block first atom: 1524
Blocpdb> 36 atoms in block 52
Block first atom: 1554
Blocpdb> 31 atoms in block 53
Block first atom: 1590
Blocpdb> 28 atoms in block 54
Block first atom: 1621
Blocpdb> 32 atoms in block 55
Block first atom: 1649
Blocpdb> 32 atoms in block 56
Block first atom: 1681
Blocpdb> 37 atoms in block 57
Block first atom: 1713
Blocpdb> 36 atoms in block 58
Block first atom: 1750
Blocpdb> 32 atoms in block 59
Block first atom: 1786
Blocpdb> 36 atoms in block 60
Block first atom: 1818
Blocpdb> 32 atoms in block 61
Block first atom: 1854
Blocpdb> 30 atoms in block 62
Block first atom: 1886
Blocpdb> 37 atoms in block 63
Block first atom: 1916
Blocpdb> 42 atoms in block 64
Block first atom: 1953
Blocpdb> 34 atoms in block 65
Block first atom: 1995
Blocpdb> 29 atoms in block 66
Block first atom: 2029
Blocpdb> 33 atoms in block 67
Block first atom: 2058
Blocpdb> 25 atoms in block 68
Block first atom: 2091
Blocpdb> 6 atoms in block 69
Block first atom: 2116
Blocpdb> 35 atoms in block 70
Block first atom: 2122
Blocpdb> 32 atoms in block 71
Block first atom: 2157
Blocpdb> 28 atoms in block 72
Block first atom: 2189
Blocpdb> 33 atoms in block 73
Block first atom: 2217
Blocpdb> 34 atoms in block 74
Block first atom: 2250
Blocpdb> 27 atoms in block 75
Block first atom: 2284
Blocpdb> 34 atoms in block 76
Block first atom: 2311
Blocpdb> 30 atoms in block 77
Block first atom: 2345
Blocpdb> 36 atoms in block 78
Block first atom: 2375
Blocpdb> 31 atoms in block 79
Block first atom: 2411
Blocpdb> 32 atoms in block 80
Block first atom: 2442
Blocpdb> 35 atoms in block 81
Block first atom: 2474
Blocpdb> 24 atoms in block 82
Block first atom: 2509
Blocpdb> 38 atoms in block 83
Block first atom: 2533
Blocpdb> 33 atoms in block 84
Block first atom: 2571
Blocpdb> 34 atoms in block 85
Block first atom: 2604
Blocpdb> 30 atoms in block 86
Block first atom: 2638
Blocpdb> 36 atoms in block 87
Block first atom: 2668
Blocpdb> 30 atoms in block 88
Block first atom: 2704
Blocpdb> 33 atoms in block 89
Block first atom: 2734
Blocpdb> 37 atoms in block 90
Block first atom: 2767
Blocpdb> 31 atoms in block 91
Block first atom: 2804
Blocpdb> 32 atoms in block 92
Block first atom: 2835
Blocpdb> 30 atoms in block 93
Block first atom: 2867
Blocpdb> 39 atoms in block 94
Block first atom: 2897
Blocpdb> 37 atoms in block 95
Block first atom: 2936
Blocpdb> 28 atoms in block 96
Block first atom: 2973
Blocpdb> 29 atoms in block 97
Block first atom: 3001
Blocpdb> 32 atoms in block 98
Block first atom: 3030
Blocpdb> 32 atoms in block 99
Block first atom: 3062
Blocpdb> 30 atoms in block 100
Block first atom: 3094
Blocpdb> 22 atoms in block 101
Block first atom: 3124
Blocpdb> 27 atoms in block 102
Block first atom: 3146
Blocpdb> 30 atoms in block 103
Block first atom: 3173
Blocpdb> 26 atoms in block 104
Block first atom: 3203
Blocpdb> 36 atoms in block 105
Block first atom: 3229
Blocpdb> 29 atoms in block 106
Block first atom: 3265
Blocpdb> 31 atoms in block 107
Block first atom: 3294
Blocpdb> 30 atoms in block 108
Block first atom: 3325
Blocpdb> 30 atoms in block 109
Block first atom: 3355
Blocpdb> 28 atoms in block 110
Block first atom: 3385
Blocpdb> 29 atoms in block 111
Block first atom: 3413
Blocpdb> 32 atoms in block 112
Block first atom: 3442
Blocpdb> 25 atoms in block 113
Block first atom: 3474
Blocpdb> 36 atoms in block 114
Block first atom: 3499
Blocpdb> 42 atoms in block 115
Block first atom: 3535
Blocpdb> 33 atoms in block 116
Block first atom: 3577
Blocpdb> 30 atoms in block 117
Block first atom: 3610
Blocpdb> 36 atoms in block 118
Block first atom: 3640
Blocpdb> 31 atoms in block 119
Block first atom: 3676
Blocpdb> 41 atoms in block 120
Block first atom: 3707
Blocpdb> 36 atoms in block 121
Block first atom: 3748
Blocpdb> 34 atoms in block 122
Block first atom: 3784
Blocpdb> 29 atoms in block 123
Block first atom: 3818
Blocpdb> 34 atoms in block 124
Block first atom: 3847
Blocpdb> 36 atoms in block 125
Block first atom: 3881
Blocpdb> 35 atoms in block 126
Block first atom: 3917
Blocpdb> 31 atoms in block 127
Block first atom: 3952
Blocpdb> 36 atoms in block 128
Block first atom: 3983
Blocpdb> 34 atoms in block 129
Block first atom: 4019
Blocpdb> 29 atoms in block 130
Block first atom: 4053
Blocpdb> 33 atoms in block 131
Block first atom: 4082
Blocpdb> 37 atoms in block 132
Block first atom: 4115
Blocpdb> 35 atoms in block 133
Block first atom: 4152
Blocpdb> 23 atoms in block 134
Block first atom: 4187
Blocpdb> 27 atoms in block 135
Block first atom: 4210
Blocpdb> 25 atoms in block 136
Block first atom: 4237
Blocpdb> 30 atoms in block 137
Block first atom: 4262
Blocpdb> 30 atoms in block 138
Block first atom: 4292
Blocpdb> 35 atoms in block 139
Block first atom: 4322
Blocpdb> 33 atoms in block 140
Block first atom: 4357
Blocpdb> 34 atoms in block 141
Block first atom: 4390
Blocpdb> 32 atoms in block 142
Block first atom: 4424
Blocpdb> 35 atoms in block 143
Block first atom: 4456
Blocpdb> 35 atoms in block 144
Block first atom: 4491
Blocpdb> 20 atoms in block 145
Block first atom: 4526
Blocpdb> 34 atoms in block 146
Block first atom: 4546
Blocpdb> 24 atoms in block 147
Block first atom: 4580
Blocpdb> 30 atoms in block 148
Block first atom: 4604
Blocpdb> 30 atoms in block 149
Block first atom: 4634
Blocpdb> 35 atoms in block 150
Block first atom: 4664
Blocpdb> 35 atoms in block 151
Block first atom: 4699
Blocpdb> 42 atoms in block 152
Block first atom: 4734
Blocpdb> 33 atoms in block 153
Block first atom: 4776
Blocpdb> 36 atoms in block 154
Block first atom: 4809
Blocpdb> 32 atoms in block 155
Block first atom: 4845
Blocpdb> 27 atoms in block 156
Block first atom: 4877
Blocpdb> 38 atoms in block 157
Block first atom: 4904
Blocpdb> 39 atoms in block 158
Block first atom: 4942
Blocpdb> 8 atoms in block 159
Block first atom: 4980
Blocpdb> 159 blocks.
Blocpdb> At most, 42 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 6 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1864310 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 14964
Prepmat> Matrix trace = 4076640.0000
Prepmat> Last element read: 14964 14964 60.2017
Prepmat> 12721 lines saved.
Prepmat> 11222 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4988
RTB> Total mass = 4988.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4988
RTB> Number of blocks = 159
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 189703.4248
RTB> 51543 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 954
Diagstd> Nb of non-zero elements: 51543
Diagstd> Projected matrix trace = 189703.4248
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 954 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 189703.4248
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.7014302 0.7487830 1.4962945 3.1155337
3.2559048 3.5358862 5.3162832 6.2004218 7.1900385
7.5662573 8.0290454 8.4954304 8.7186517 9.2482589
9.8535294 10.9414546 11.4185917 12.0245490 12.1989766
13.0363809 13.4597239 14.5544474 15.4970194 16.2989735
16.8010512 17.0070580 17.4935447 17.8293915 18.6576054
18.9945536 19.1259421 19.7417797 20.6340403 21.1077399
21.4994625 21.7209668 22.3106214 22.8660065 23.1202053
23.1613433 24.1143566 24.7856525 25.3963706 25.8673092
26.2721668 26.5718695 27.3442497 27.6447492 27.7753595
28.9251689 29.2758834 29.4662165 30.1049628 30.4230549
31.1796333 31.2722802 31.9037895 32.2312406 32.5098842
32.6341400 33.2237230 34.1520506 34.7088661 35.2631592
36.0445303 36.6353144 36.8988944 37.1633305 37.5751608
37.7262700 37.8984500 38.2504226 38.5984183 39.0245178
39.6665791 39.8089554 40.1642138 40.5387792 40.6834627
41.5089302 42.3136002 42.4625527 42.7055523 43.4993024
44.1177600 44.3624395 44.4544085 45.1980689 45.7207566
46.0486245 46.7169998 46.8949492 47.1852664 47.6199870
47.7478943 48.2565830 48.6466850 48.9329964 49.0860416
49.5401606
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034324 0.0034325 0.0034332 0.0034334 0.0034338
0.0034342 90.9468201 93.9665482 132.8323402 191.6732498
195.9436202 204.1946797 250.3798272 270.3995082 291.1795615
298.7004191 307.6998165 316.5103924 320.6416569 330.2366502
340.8718900 359.1970912 366.9454875 376.5560929 379.2774124
392.0791976 398.3945203 414.2792106 427.4835125 438.4049081
445.1060603 447.8265904 454.1864675 458.5255510 469.0544194
473.2709268 474.9049521 482.4901266 493.2730830 498.9030366
503.5111379 506.0982741 512.9217473 519.2666632 522.1449997
522.6093218 533.2527691 540.6241708 547.2441258 552.2947400
556.6000320 559.7657678 567.8430127 570.9546413 572.3018168
584.0274129 587.5573788 589.4642464 595.8189718 598.9584427
606.3603316 607.2605303 613.3613638 616.5010086 619.1601423
620.3422579 625.9208651 634.6052681 639.7576580 644.8458200
651.9510143 657.2721666 659.6323662 661.9917762 665.6496444
666.9867621 668.5070700 671.6041938 674.6523451 678.3659692
683.9237007 685.1500142 688.2003913 691.4019706 692.6346837
699.6261767 706.3749175 707.6171165 709.6389614 716.2034791
721.2768728 723.2742282 724.0235598 730.0543954 734.2635750
736.8916094 742.2201707 743.6324194 745.9307071 749.3589811
750.3646948 754.3511622 757.3940792 759.6196409 760.8066249
764.3178201
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4988
Rtb_to_modes> Number of blocs = 159
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9910E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9918E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9956E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9968E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7014
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7488
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.496
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.116
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.256
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.536
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.316
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.200
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.190
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.566
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.029
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.495
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.719
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.248
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.854
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.50
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.30
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.72
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.54
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 954 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000
1.00002 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 1.00006 0.99998 0.99997
0.99997 1.00001 1.00002 0.99999 0.99997
0.99998 1.00003 1.00001 1.00001 1.00001
1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 0.99997
0.99998 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999
1.00005 1.00002 0.99999 1.00001 0.99999
0.99997 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
0.99997 1.00002 1.00001 1.00002 1.00000
0.99998 1.00002 0.99998 1.00001 0.99999
1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
1.00002 1.00002 1.00000 1.00000 0.99996
1.00002 1.00002 1.00001 1.00002 0.99999
1.00000 1.00000 0.99999 1.00003 0.99999
1.00001 1.00004 1.00001 0.99999 0.99999
1.00000 1.00000 1.00002 1.00001 0.99998
1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 1.00003
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 89784 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000
1.00002 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 1.00006 0.99998 0.99997
0.99997 1.00001 1.00002 0.99999 0.99997
0.99998 1.00003 1.00001 1.00001 1.00001
1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 0.99997
0.99998 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999
1.00005 1.00002 0.99999 1.00001 0.99999
0.99997 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999
1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
0.99997 1.00002 1.00001 1.00002 1.00000
0.99998 1.00002 0.99998 1.00001 0.99999
1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000
1.00002 1.00002 1.00000 1.00000 0.99996
1.00002 1.00002 1.00001 1.00002 0.99999
1.00000 1.00000 0.99999 1.00003 0.99999
1.00001 1.00004 1.00001 0.99999 0.99999
1.00000 1.00000 1.00002 1.00001 0.99998
1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 1.00003
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2607170838011899107.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2607170838011899107.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2607170838011899107.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2607170838011899107.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 628
First residue number = 1
Last residue number = 750
Number of atoms found = 4988
Mean number per residue = 7.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9910E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9918E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9956E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9968E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9989E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7014
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7488
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.496
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.116
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.256
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.536
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.316
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.200
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.190
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.566
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.029
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.495
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.719
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.248
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.854
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.54
Bfactors> 106 vectors, 14964 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.701400
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= 0.371 for 628 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.025 +/- 0.02
Bfactors> = 63.242 +/- 19.25
Bfactors> Shiftng-fct= 63.217
Bfactors> Scaling-fct= 893.062
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2607170838011899107.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2607170838011899107.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4323E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 90.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 93.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 132.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 191.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 195.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 204.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 250.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 291.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 298.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 307.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 316.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 320.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 330.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 340.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 359.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 379.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 392.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 398.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 414.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 445.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 447.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 454.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 474.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 493.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 498.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 522.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 540.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 567.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 572.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 584.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 587.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 598.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 607.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 619.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 625.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 634.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 657.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 667.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 671.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 674.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 678.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 683.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 685.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 699.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 706.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 723.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 724.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 730.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 734.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 736.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 742.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 745.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 749.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 750.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 754.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 757.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 760.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 764.3
Chkmod> 106 vectors, 14964 coordinates in file.
Chkmod> That is: 4988 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 13 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 36 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7128
0.0034 0.8653
0.0034 0.6601
0.0034 0.7507
0.0034 0.8502
0.0034 0.7396
90.9410 0.7334
93.9636 0.6589
132.8136 0.6688
191.6794 0.7725
195.9381 0.6779
204.1892 0.6377
250.3624 0.2625
270.3787 0.2626
291.1663 0.3782
298.6825 0.0982
307.6857 0.1515
316.4888 0.1791
320.6343 0.2294
330.2179 0.2968
340.8654 0.3635
359.1578 0.1842
366.9524 0.2379
376.4687 0.1161
379.2770 0.4047
392.1168 0.3645
398.3815 0.4068
414.1981 0.3952
427.5063 0.3259
438.3999 0.2131
445.0730 0.3685
447.8461 0.1685
454.1210 0.4035
458.5137 0.3113
469.0644 0.3718
473.1939 0.5004
474.9349 0.3425
482.4477 0.4018
493.2036 0.4381
498.9083 0.4245
503.4958 0.3487
506.0653 0.3917
512.8926 0.4124
519.2897 0.6277
522.1203 0.4657
522.5717 0.4702
533.1817 0.3734
540.6484 0.4911
547.2597 0.3963
552.2998 0.4047
556.5532 0.4284
559.7220 0.3960
567.7745 0.5109
570.8811 0.4868
572.3251 0.4620
584.0511 0.2949
587.5735 0.3622
589.4768 0.3911
595.7443 0.4211
598.9027 0.4078
606.3379 0.4773
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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normal mode computation
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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getting mode 9
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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getting mode 10
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 11
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normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 12
running: ../../bin/get_modes.sh 2607170838011899107 12 -100 100 20 on 0
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generate a series of perturbations for mode 12
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607170838011899107.12.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 13
running: ../../bin/get_modes.sh 2607170838011899107 13 -100 100 20 on 0
normal mode computation
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2607170838011899107.eigenfacs
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2607170838011899107.eigenfacs
2607170838011899107.atom
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2607170838011899107.eigenfacs
2607170838011899107.atom
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607170838011899107.13.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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11 models are in 2607170838011899107.13.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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getting mode 14
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607170838011899107.14.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607170838011899107.14.pdb, 1 models will be skipped
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MODEL 7 will be plotted
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MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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normal mode computation
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607170838011899107.15.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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getting mode 16
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2607170838011899107.eigenfacs
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2607170838011899107.eigenfacs
2607170838011899107.atom
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2607170838011899107.eigenfacs
2607170838011899107.atom
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2607170838011899107.eigenfacs
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2607170838011899107.eigenfacs
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2607170838011899107.eigenfacs
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making animated gifs
11 models are in 2607170838011899107.16.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607170838011899107.16.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607170838011899107.16.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m18.941s
user 0m18.823s
sys 0m0.113s
rm: cannot remove '2607170838011899107.sdijf': No such file or directory
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