*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2607171034461928749.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2607171034461928749.atom to be opened.
Openam> File opened: 2607171034461928749.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 144
First residue number = 1
Last residue number = 144
Number of atoms found = 1109
Mean number per residue = 7.7
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -1.007439 +/- 9.083794 From: -19.776000 To: 22.478000
= -1.185324 +/- 8.666737 From: -32.284000 To: 19.452000
= 1.023646 +/- 9.413616 From: -24.437000 To: 21.901000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 6.3366 % Filled.
Pdbmat> 350803 non-zero elements.
Pdbmat> 38246 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 68.97 +/- 25.51
Maximum number = 121
Minimum number = 8
Pdbmat> Matrix trace = 764920.
Pdbmat> Larger element = 446.676
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
144 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2607171034461928749.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2607171034461928749.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2607171034461928749.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 1109 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 144 residues.
Blocpdb> 8 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 7 atoms in block 2
Block first atom: 9
Blocpdb> 7 atoms in block 3
Block first atom: 16
Blocpdb> 9 atoms in block 4
Block first atom: 23
Blocpdb> 8 atoms in block 5
Block first atom: 32
Blocpdb> 5 atoms in block 6
Block first atom: 40
Blocpdb> 8 atoms in block 7
Block first atom: 45
Blocpdb> 6 atoms in block 8
Block first atom: 53
Blocpdb> 6 atoms in block 9
Block first atom: 59
Blocpdb> 7 atoms in block 10
Block first atom: 65
Blocpdb> 4 atoms in block 11
Block first atom: 72
Blocpdb> 9 atoms in block 12
Block first atom: 76
Blocpdb> 8 atoms in block 13
Block first atom: 85
Blocpdb> 9 atoms in block 14
Block first atom: 93
Blocpdb> 4 atoms in block 15
Block first atom: 102
Blocpdb> 11 atoms in block 16
Block first atom: 106
Blocpdb> 4 atoms in block 17
Block first atom: 117
Blocpdb> 8 atoms in block 18
Block first atom: 121
Blocpdb> 7 atoms in block 19
Block first atom: 129
Blocpdb> 12 atoms in block 20
Block first atom: 136
Blocpdb> 6 atoms in block 21
Block first atom: 148
Blocpdb> 7 atoms in block 22
Block first atom: 154
Blocpdb> 11 atoms in block 23
Block first atom: 161
Blocpdb> 7 atoms in block 24
Block first atom: 172
Blocpdb> 4 atoms in block 25
Block first atom: 179
Blocpdb> 11 atoms in block 26
Block first atom: 183
Blocpdb> 11 atoms in block 27
Block first atom: 194
Blocpdb> 7 atoms in block 28
Block first atom: 205
Blocpdb> 6 atoms in block 29
Block first atom: 212
Blocpdb> 6 atoms in block 30
Block first atom: 218
Blocpdb> 7 atoms in block 31
Block first atom: 224
Blocpdb> 6 atoms in block 32
Block first atom: 231
Blocpdb> 11 atoms in block 33
Block first atom: 237
Blocpdb> 7 atoms in block 34
Block first atom: 248
Blocpdb> 7 atoms in block 35
Block first atom: 255
Blocpdb> 6 atoms in block 36
Block first atom: 262
Blocpdb> 11 atoms in block 37
Block first atom: 268
Blocpdb> 6 atoms in block 38
Block first atom: 279
Blocpdb> 7 atoms in block 39
Block first atom: 285
Blocpdb> 9 atoms in block 40
Block first atom: 292
Blocpdb> 7 atoms in block 41
Block first atom: 301
Blocpdb> 8 atoms in block 42
Block first atom: 308
Blocpdb> 4 atoms in block 43
Block first atom: 316
Blocpdb> 12 atoms in block 44
Block first atom: 320
Blocpdb> 5 atoms in block 45
Block first atom: 332
Blocpdb> 11 atoms in block 46
Block first atom: 337
Blocpdb> 8 atoms in block 47
Block first atom: 348
Blocpdb> 8 atoms in block 48
Block first atom: 356
Blocpdb> 10 atoms in block 49
Block first atom: 364
Blocpdb> 11 atoms in block 50
Block first atom: 374
Blocpdb> 8 atoms in block 51
Block first atom: 385
Blocpdb> 7 atoms in block 52
Block first atom: 393
Blocpdb> 7 atoms in block 53
Block first atom: 400
Blocpdb> 12 atoms in block 54
Block first atom: 407
Blocpdb> 9 atoms in block 55
Block first atom: 419
Blocpdb> 11 atoms in block 56
Block first atom: 428
Blocpdb> 5 atoms in block 57
Block first atom: 439
Blocpdb> 4 atoms in block 58
Block first atom: 444
Blocpdb> 8 atoms in block 59
Block first atom: 448
Blocpdb> 6 atoms in block 60
Block first atom: 456
Blocpdb> 4 atoms in block 61
Block first atom: 462
Blocpdb> 8 atoms in block 62
Block first atom: 466
Blocpdb> 8 atoms in block 63
Block first atom: 474
Blocpdb> 10 atoms in block 64
Block first atom: 482
Blocpdb> 11 atoms in block 65
Block first atom: 492
Blocpdb> 8 atoms in block 66
Block first atom: 503
Blocpdb> 12 atoms in block 67
Block first atom: 511
Blocpdb> 9 atoms in block 68
Block first atom: 523
Blocpdb> 11 atoms in block 69
Block first atom: 532
Blocpdb> 6 atoms in block 70
Block first atom: 543
Blocpdb> 11 atoms in block 71
Block first atom: 549
Blocpdb> 7 atoms in block 72
Block first atom: 560
Blocpdb> 4 atoms in block 73
Block first atom: 567
Blocpdb> 4 atoms in block 74
Block first atom: 571
Blocpdb> 8 atoms in block 75
Block first atom: 575
Blocpdb> 11 atoms in block 76
Block first atom: 583
Blocpdb> 7 atoms in block 77
Block first atom: 594
Blocpdb> 7 atoms in block 78
Block first atom: 601
Blocpdb> 8 atoms in block 79
Block first atom: 608
Blocpdb> 8 atoms in block 80
Block first atom: 616
Blocpdb> 7 atoms in block 81
Block first atom: 624
Blocpdb> 5 atoms in block 82
Block first atom: 631
Blocpdb> 7 atoms in block 83
Block first atom: 636
Blocpdb> 7 atoms in block 84
Block first atom: 643
Blocpdb> 8 atoms in block 85
Block first atom: 650
Blocpdb> 4 atoms in block 86
Block first atom: 658
Blocpdb> 10 atoms in block 87
Block first atom: 662
Blocpdb> 9 atoms in block 88
Block first atom: 672
Blocpdb> 5 atoms in block 89
Block first atom: 681
Blocpdb> 8 atoms in block 90
Block first atom: 686
Blocpdb> 5 atoms in block 91
Block first atom: 694
Blocpdb> 8 atoms in block 92
Block first atom: 699
Blocpdb> 12 atoms in block 93
Block first atom: 707
Blocpdb> 9 atoms in block 94
Block first atom: 719
Blocpdb> 8 atoms in block 95
Block first atom: 728
Blocpdb> 9 atoms in block 96
Block first atom: 736
Blocpdb> 7 atoms in block 97
Block first atom: 745
Blocpdb> 11 atoms in block 98
Block first atom: 752
Blocpdb> 11 atoms in block 99
Block first atom: 763
Blocpdb> 8 atoms in block 100
Block first atom: 774
Blocpdb> 7 atoms in block 101
Block first atom: 782
Blocpdb> 7 atoms in block 102
Block first atom: 789
Blocpdb> 5 atoms in block 103
Block first atom: 796
Blocpdb> 7 atoms in block 104
Block first atom: 801
Blocpdb> 7 atoms in block 105
Block first atom: 808
Blocpdb> 8 atoms in block 106
Block first atom: 815
Blocpdb> 5 atoms in block 107
Block first atom: 823
Blocpdb> 5 atoms in block 108
Block first atom: 828
Blocpdb> 4 atoms in block 109
Block first atom: 833
Blocpdb> 8 atoms in block 110
Block first atom: 837
Blocpdb> 6 atoms in block 111
Block first atom: 845
Blocpdb> 11 atoms in block 112
Block first atom: 851
Blocpdb> 10 atoms in block 113
Block first atom: 862
Blocpdb> 7 atoms in block 114
Block first atom: 872
Blocpdb> 5 atoms in block 115
Block first atom: 879
Blocpdb> 11 atoms in block 116
Block first atom: 884
Blocpdb> 8 atoms in block 117
Block first atom: 895
Blocpdb> 6 atoms in block 118
Block first atom: 903
Blocpdb> 7 atoms in block 119
Block first atom: 909
Blocpdb> 4 atoms in block 120
Block first atom: 916
Blocpdb> 6 atoms in block 121
Block first atom: 920
Blocpdb> 11 atoms in block 122
Block first atom: 926
Blocpdb> 4 atoms in block 123
Block first atom: 937
Blocpdb> 7 atoms in block 124
Block first atom: 941
Blocpdb> 5 atoms in block 125
Block first atom: 948
Blocpdb> 7 atoms in block 126
Block first atom: 953
Blocpdb> 8 atoms in block 127
Block first atom: 960
Blocpdb> 6 atoms in block 128
Block first atom: 968
Blocpdb> 14 atoms in block 129
Block first atom: 974
Blocpdb> 8 atoms in block 130
Block first atom: 988
Blocpdb> 5 atoms in block 131
Block first atom: 996
Blocpdb> 8 atoms in block 132
Block first atom: 1001
Blocpdb> 5 atoms in block 133
Block first atom: 1009
Blocpdb> 6 atoms in block 134
Block first atom: 1014
Blocpdb> 12 atoms in block 135
Block first atom: 1020
Blocpdb> 7 atoms in block 136
Block first atom: 1032
Blocpdb> 12 atoms in block 137
Block first atom: 1039
Blocpdb> 12 atoms in block 138
Block first atom: 1051
Blocpdb> 8 atoms in block 139
Block first atom: 1063
Blocpdb> 7 atoms in block 140
Block first atom: 1071
Blocpdb> 8 atoms in block 141
Block first atom: 1078
Blocpdb> 6 atoms in block 142
Block first atom: 1086
Blocpdb> 9 atoms in block 143
Block first atom: 1092
Blocpdb> 9 atoms in block 144
Block first atom: 1100
Blocpdb> 144 blocks.
Blocpdb> At most, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 350947 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 3327
Prepmat> Matrix trace = 764920.0000
Prepmat> Last element read: 3327 3327 117.4099
Prepmat> 10441 lines saved.
Prepmat> 8891 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 1109
RTB> Total mass = 1109.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 1109
RTB> Number of blocks = 144
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 176955.9895
RTB> 53604 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 864
Diagstd> Nb of non-zero elements: 53604
Diagstd> Projected matrix trace = 176955.9895
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 864 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 176955.9895
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0366921 0.1460154 0.4721596 0.9470038
1.1728983 2.0872357 2.3866792 3.2135953 3.3664778
4.0387440 4.2007367 4.7864789 5.0824174 5.7176852
5.9493949 6.2855983 7.5090649 8.3185718 8.4136089
9.2913846 9.9244029 10.3431264 10.6990440 12.0621071
13.0821221 13.6537075 14.7513160 15.6724972 16.0919085
16.4306187 16.6814668 17.7901336 18.3617185 18.7871279
19.2089184 19.9989617 20.1097845 20.9927218 21.3965862
21.7575304 22.4795114 22.9840458 23.6408469 24.9793926
25.4265017 26.0223984 26.6791781 27.7255282 28.2526097
29.5533720 29.7765910 30.4650630 31.1612819 31.9708266
32.8798270 33.0396575 33.8609929 35.0099277 35.1552328
35.5367159 36.1694448 37.1621348 37.6134564 38.1596411
39.9436696 40.0533962 40.9677282 41.4066203 41.5536804
41.8876402 42.4393935 43.1054668 43.9145983 44.7114879
44.7810279 46.2778790 46.6370401 46.9760880 47.7381481
48.3054334 49.0626130 49.7765133 50.3624514 50.7928103
51.7986412 52.7285731 53.0116731 53.6459891 54.0315242
55.2303606 55.4110664 55.9413693 56.2405493 57.1562724
57.6742515 58.2100578 59.0423850 59.4885110 59.5580229
59.8621938
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034310 0.0034322 0.0034331 0.0034333 0.0034336
0.0034350 20.8008645 41.4948896 74.6173254 105.6747299
117.6049134 156.8848559 167.7615009 194.6663426 199.2430399
218.2320065 222.5655840 237.5764316 244.8107273 259.6602087
264.8693331 272.2504406 297.5693586 313.1984934 314.9825108
331.0057202 342.0955879 349.2377615 355.1957554 377.1437112
392.7664462 401.2551116 417.0716440 429.8969661 435.6112198
440.1718235 443.5191724 458.0204673 465.3202394 470.6797089
475.9340058 485.6227278 486.9663914 497.5418947 502.3050265
506.5240608 514.8594805 520.6052210 527.9913349 542.7329857
547.5686640 553.9479267 560.8949155 571.7882078 577.1976645
590.3353644 592.5605955 599.3718205 606.1818630 614.0054317
622.6730110 624.1845988 631.8952991 642.5262674 643.8582564
647.3422092 653.0797254 661.9811264 665.9887639 670.8067450
686.3083150 687.2503242 695.0502778 698.7634371 700.0032037
702.8104775 707.4241221 712.9539125 719.6142215 726.1140517
726.6784975 738.7236506 741.5847155 744.2754672 750.2881095
754.7328822 760.6250382 766.1389047 770.6349671 773.9205905
781.5458548 788.5301250 790.6441022 795.3602982 798.2131709
807.0198546 808.3390035 812.1978334 814.3667943 820.9698897
824.6815222 828.5034011 834.4056316 837.5520956 838.0412898
840.1785593
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 1109
Rtb_to_modes> Number of blocs = 144
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9826E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9895E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9951E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9963E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9979E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.6692E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1460
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4722
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9470
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.86
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 864 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 0.99999 0.99998 1.00001 1.00002
0.99998 1.00004 1.00002 0.99995 0.99999
0.99998 0.99998 1.00002 1.00000 1.00000
0.99997 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001
0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000
1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 1.00003
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1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000
1.00001 1.00002 1.00001 1.00001 1.00002
1.00002 1.00000 0.99998 1.00002 1.00002
1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 1.00000
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1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 0.99999
1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999 1.00002 0.99999 0.99999 1.00001
1.00002 1.00003 1.00002 0.99995 1.00000
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 19962 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 0.99999
1.00000 0.99996 1.00001 0.99994 1.00002
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0.99998 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000
1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 1.00003
1.00004 0.99997 1.00000 0.99998 0.99999
1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000
1.00001 1.00002 1.00001 1.00001 1.00002
1.00002 1.00000 0.99998 1.00002 1.00002
1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 1.00000
0.99999 1.00001 0.99997 1.00001 0.99995
1.00001 1.00001 0.99998 1.00000 0.99999
1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999
0.99999 1.00002 0.99999 0.99999 1.00001
1.00002 1.00003 1.00002 0.99995 1.00000
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2607171034461928749.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2607171034461928749.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2607171034461928749.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2607171034461928749.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 144
First residue number = 1
Last residue number = 144
Number of atoms found = 1109
Mean number per residue = 7.7
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9826E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9895E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9951E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9963E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9979E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.6692E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1460
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4722
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9470
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.173
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.087
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.387
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.214
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.201
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.786
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.924
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.86
Bfactors> 106 vectors, 3327 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.036692
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.558 for 144 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.583 +/- 2.33
Bfactors> = 0.884 +/- 0.18
Bfactors> Shiftng-fct= 0.302
Bfactors> Scaling-fct= 0.077
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2607171034461928749.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2607171034461928749.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4308E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 20.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 41.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 74.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 105.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 117.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 156.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 167.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 194.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 199.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 218.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 237.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 244.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.8
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 313.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 331.0
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 470.7
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 475.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 497.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 502.3
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 571.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 577.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 592.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 631.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 642.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 643.9
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 647.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 665.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 670.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 686.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 687.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 695.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 699.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 702.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 713.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 719.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 726.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 726.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 738.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 741.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 744.3
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 750.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 754.7
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 760.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 770.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 773.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 781.5
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 798.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 807.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 808.3
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 814.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 821.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 824.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 828.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 834.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 838.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 840.1
Chkmod> 106 vectors, 3327 coordinates in file.
Chkmod> That is: 1109 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 13 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 34 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7646
0.0034 0.6827
0.0034 0.7956
0.0034 0.8190
0.0034 0.8618
0.0034 0.9685
20.8000 0.1031
41.4909 0.0923
74.6173 0.0514
105.6700 0.0244
117.6050 0.0842
156.8693 0.2023
167.7656 0.1512
194.6702 0.2711
199.2203 0.1433
218.2296 0.0614
222.5630 0.0397
237.5543 0.0943
244.7902 0.1372
259.6562 0.3353
264.8492 0.1104
272.2475 0.1743
297.5553 0.2037
313.1931 0.1839
314.9763 0.2385
330.9847 0.2167
342.0740 0.2792
349.1700 0.2126
355.1964 0.2078
377.0946 0.2458
392.7177 0.2349
401.1834 0.1507
417.0351 0.1552
429.8443 0.3658
435.5667 0.2369
440.1446 0.3236
443.4806 0.3551
457.9991 0.2488
465.2785 0.2541
470.6955 0.1740
475.9270 0.1151
485.6145 0.3446
486.9481 0.3695
497.4883 0.4182
502.3235 0.3050
506.5311 0.1618
514.8430 0.3814
520.5371 0.2203
527.9592 0.3016
542.7163 0.2488
547.5828 0.3323
553.8986 0.3828
560.8795 0.2885
571.8098 0.2867
577.1462 0.1967
590.2763 0.2882
592.5691 0.2336
599.3947 0.3915
606.1434 0.4921
613.9711 0.0911
622.6479 0.2589
624.1610 0.2184
631.8589 0.2835
642.4993 0.2435
643.8743 0.3954
647.3443 0.3225
653.0567 0.2487
661.9337 0.4452
665.9296 0.1637
670.7811 0.3676
686.2473 0.1328
687.1917 0.3886
695.0397 0.0639
698.7620 0.2920
699.9422 0.2732
702.8001 0.3267
707.3988 0.3886
712.9608 0.2757
719.5457 0.4369
726.0708 0.3461
726.6390 0.3577
738.7089 0.4177
741.5764 0.0895
744.2745 0.2716
750.2705 0.2566
754.7362 0.2432
760.5721 0.4998
766.1328 0.2007
770.5831 0.1558
773.8660 0.4667
781.5226 0.3625
788.5069 0.2818
790.5977 0.2976
795.3559 0.2965
798.1676 0.2095
806.9826 0.1555
808.2965 0.3176
812.1530 0.0152
814.3279 0.2661
820.9614 0.2773
824.6157 0.3546
828.4674 0.2783
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Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m9.239s
user 0m9.196s
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rm: cannot remove '2607171034461928749.sdijf': No such file or directory
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