*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2607171849052008796.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2607171849052008796.atom to be opened.
Openam> File opened: 2607171849052008796.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 291
First residue number = 702
Last residue number = 992
Number of atoms found = 4733
Mean number per residue = 16.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -33.589206 +/- 8.774418 From: -60.083000 To: -9.464000
= 41.285232 +/- 14.997101 From: 8.863000 To: 75.683000
= 15.247560 +/- 10.091838 From: -6.636000 To: 42.529000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.3578 % Filled.
Pdbmat> 3385115 non-zero elements.
Pdbmat> 373043 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 157.63 +/- 50.31
Maximum number = 253
Minimum number = 19
Pdbmat> Matrix trace = 7.460860E+06
Pdbmat> Larger element = 928.211
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
291 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2607171849052008796.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2607171849052008796.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2607171849052008796.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4733 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 291 residues.
Blocpdb> 31 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 43 atoms in block 2
Block first atom: 32
Blocpdb> 38 atoms in block 3
Block first atom: 75
Blocpdb> 37 atoms in block 4
Block first atom: 113
Blocpdb> 29 atoms in block 5
Block first atom: 150
Blocpdb> 42 atoms in block 6
Block first atom: 179
Blocpdb> 41 atoms in block 7
Block first atom: 221
Blocpdb> 38 atoms in block 8
Block first atom: 262
Blocpdb> 26 atoms in block 9
Block first atom: 300
Blocpdb> 18 atoms in block 10
Block first atom: 326
Blocpdb> 30 atoms in block 11
Block first atom: 344
Blocpdb> 21 atoms in block 12
Block first atom: 374
Blocpdb> 37 atoms in block 13
Block first atom: 395
Blocpdb> 29 atoms in block 14
Block first atom: 432
Blocpdb> 43 atoms in block 15
Block first atom: 461
Blocpdb> 33 atoms in block 16
Block first atom: 504
Blocpdb> 22 atoms in block 17
Block first atom: 537
Blocpdb> 37 atoms in block 18
Block first atom: 559
Blocpdb> 38 atoms in block 19
Block first atom: 596
Blocpdb> 33 atoms in block 20
Block first atom: 634
Blocpdb> 26 atoms in block 21
Block first atom: 667
Blocpdb> 41 atoms in block 22
Block first atom: 693
Blocpdb> 34 atoms in block 23
Block first atom: 734
Blocpdb> 39 atoms in block 24
Block first atom: 768
Blocpdb> 24 atoms in block 25
Block first atom: 807
Blocpdb> 25 atoms in block 26
Block first atom: 831
Blocpdb> 32 atoms in block 27
Block first atom: 856
Blocpdb> 36 atoms in block 28
Block first atom: 888
Blocpdb> 34 atoms in block 29
Block first atom: 924
Blocpdb> 31 atoms in block 30
Block first atom: 958
Blocpdb> 25 atoms in block 31
Block first atom: 989
Blocpdb> 37 atoms in block 32
Block first atom: 1014
Blocpdb> 27 atoms in block 33
Block first atom: 1051
Blocpdb> 27 atoms in block 34
Block first atom: 1078
Blocpdb> 26 atoms in block 35
Block first atom: 1105
Blocpdb> 32 atoms in block 36
Block first atom: 1131
Blocpdb> 27 atoms in block 37
Block first atom: 1163
Blocpdb> 43 atoms in block 38
Block first atom: 1190
Blocpdb> 26 atoms in block 39
Block first atom: 1233
Blocpdb> 30 atoms in block 40
Block first atom: 1259
Blocpdb> 33 atoms in block 41
Block first atom: 1289
Blocpdb> 25 atoms in block 42
Block first atom: 1322
Blocpdb> 33 atoms in block 43
Block first atom: 1347
Blocpdb> 38 atoms in block 44
Block first atom: 1380
Blocpdb> 31 atoms in block 45
Block first atom: 1418
Blocpdb> 36 atoms in block 46
Block first atom: 1449
Blocpdb> 34 atoms in block 47
Block first atom: 1485
Blocpdb> 18 atoms in block 48
Block first atom: 1519
Blocpdb> 38 atoms in block 49
Block first atom: 1537
Blocpdb> 33 atoms in block 50
Block first atom: 1575
Blocpdb> 40 atoms in block 51
Block first atom: 1608
Blocpdb> 33 atoms in block 52
Block first atom: 1648
Blocpdb> 34 atoms in block 53
Block first atom: 1681
Blocpdb> 33 atoms in block 54
Block first atom: 1715
Blocpdb> 18 atoms in block 55
Block first atom: 1748
Blocpdb> 38 atoms in block 56
Block first atom: 1766
Blocpdb> 38 atoms in block 57
Block first atom: 1804
Blocpdb> 38 atoms in block 58
Block first atom: 1842
Blocpdb> 27 atoms in block 59
Block first atom: 1880
Blocpdb> 36 atoms in block 60
Block first atom: 1907
Blocpdb> 32 atoms in block 61
Block first atom: 1943
Blocpdb> 24 atoms in block 62
Block first atom: 1975
Blocpdb> 35 atoms in block 63
Block first atom: 1999
Blocpdb> 34 atoms in block 64
Block first atom: 2034
Blocpdb> 36 atoms in block 65
Block first atom: 2068
Blocpdb> 43 atoms in block 66
Block first atom: 2104
Blocpdb> 34 atoms in block 67
Block first atom: 2147
Blocpdb> 36 atoms in block 68
Block first atom: 2181
Blocpdb> 29 atoms in block 69
Block first atom: 2217
Blocpdb> 34 atoms in block 70
Block first atom: 2246
Blocpdb> 30 atoms in block 71
Block first atom: 2280
Blocpdb> 35 atoms in block 72
Block first atom: 2310
Blocpdb> 36 atoms in block 73
Block first atom: 2345
Blocpdb> 31 atoms in block 74
Block first atom: 2381
Blocpdb> 34 atoms in block 75
Block first atom: 2412
Blocpdb> 41 atoms in block 76
Block first atom: 2446
Blocpdb> 26 atoms in block 77
Block first atom: 2487
Blocpdb> 27 atoms in block 78
Block first atom: 2513
Blocpdb> 29 atoms in block 79
Block first atom: 2540
Blocpdb> 41 atoms in block 80
Block first atom: 2569
Blocpdb> 26 atoms in block 81
Block first atom: 2610
Blocpdb> 25 atoms in block 82
Block first atom: 2636
Blocpdb> 37 atoms in block 83
Block first atom: 2661
Blocpdb> 36 atoms in block 84
Block first atom: 2698
Blocpdb> 28 atoms in block 85
Block first atom: 2734
Blocpdb> 22 atoms in block 86
Block first atom: 2762
Blocpdb> 29 atoms in block 87
Block first atom: 2784
Blocpdb> 30 atoms in block 88
Block first atom: 2813
Blocpdb> 41 atoms in block 89
Block first atom: 2843
Blocpdb> 41 atoms in block 90
Block first atom: 2884
Blocpdb> 29 atoms in block 91
Block first atom: 2925
Blocpdb> 26 atoms in block 92
Block first atom: 2954
Blocpdb> 38 atoms in block 93
Block first atom: 2980
Blocpdb> 42 atoms in block 94
Block first atom: 3018
Blocpdb> 40 atoms in block 95
Block first atom: 3060
Blocpdb> 32 atoms in block 96
Block first atom: 3100
Blocpdb> 28 atoms in block 97
Block first atom: 3132
Blocpdb> 28 atoms in block 98
Block first atom: 3160
Blocpdb> 35 atoms in block 99
Block first atom: 3188
Blocpdb> 28 atoms in block 100
Block first atom: 3223
Blocpdb> 30 atoms in block 101
Block first atom: 3251
Blocpdb> 40 atoms in block 102
Block first atom: 3281
Blocpdb> 34 atoms in block 103
Block first atom: 3321
Blocpdb> 31 atoms in block 104
Block first atom: 3355
Blocpdb> 27 atoms in block 105
Block first atom: 3386
Blocpdb> 33 atoms in block 106
Block first atom: 3413
Blocpdb> 35 atoms in block 107
Block first atom: 3446
Blocpdb> 19 atoms in block 108
Block first atom: 3481
Blocpdb> 33 atoms in block 109
Block first atom: 3500
Blocpdb> 21 atoms in block 110
Block first atom: 3533
Blocpdb> 34 atoms in block 111
Block first atom: 3554
Blocpdb> 22 atoms in block 112
Block first atom: 3588
Blocpdb> 38 atoms in block 113
Block first atom: 3610
Blocpdb> 37 atoms in block 114
Block first atom: 3648
Blocpdb> 22 atoms in block 115
Block first atom: 3685
Blocpdb> 43 atoms in block 116
Block first atom: 3707
Blocpdb> 31 atoms in block 117
Block first atom: 3750
Blocpdb> 28 atoms in block 118
Block first atom: 3781
Blocpdb> 30 atoms in block 119
Block first atom: 3809
Blocpdb> 33 atoms in block 120
Block first atom: 3839
Blocpdb> 28 atoms in block 121
Block first atom: 3872
Blocpdb> 38 atoms in block 122
Block first atom: 3900
Blocpdb> 36 atoms in block 123
Block first atom: 3938
Blocpdb> 38 atoms in block 124
Block first atom: 3974
Blocpdb> 35 atoms in block 125
Block first atom: 4012
Blocpdb> 36 atoms in block 126
Block first atom: 4047
Blocpdb> 22 atoms in block 127
Block first atom: 4083
Blocpdb> 23 atoms in block 128
Block first atom: 4105
Blocpdb> 38 atoms in block 129
Block first atom: 4128
Blocpdb> 42 atoms in block 130
Block first atom: 4166
Blocpdb> 39 atoms in block 131
Block first atom: 4208
Blocpdb> 38 atoms in block 132
Block first atom: 4247
Blocpdb> 34 atoms in block 133
Block first atom: 4285
Blocpdb> 31 atoms in block 134
Block first atom: 4319
Blocpdb> 39 atoms in block 135
Block first atom: 4350
Blocpdb> 34 atoms in block 136
Block first atom: 4389
Blocpdb> 26 atoms in block 137
Block first atom: 4423
Blocpdb> 41 atoms in block 138
Block first atom: 4449
Blocpdb> 40 atoms in block 139
Block first atom: 4490
Blocpdb> 35 atoms in block 140
Block first atom: 4530
Blocpdb> 24 atoms in block 141
Block first atom: 4565
Blocpdb> 27 atoms in block 142
Block first atom: 4589
Blocpdb> 41 atoms in block 143
Block first atom: 4616
Blocpdb> 37 atoms in block 144
Block first atom: 4657
Blocpdb> 25 atoms in block 145
Block first atom: 4694
Blocpdb> 15 atoms in block 146
Block first atom: 4718
Blocpdb> 146 blocks.
Blocpdb> At most, 43 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 15 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 3385261 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 14199
Prepmat> Matrix trace = 7460860.0000
Prepmat> Last element read: 14199 14199 142.9773
Prepmat> 10732 lines saved.
Prepmat> 8928 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4733
RTB> Total mass = 4733.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4733
RTB> Number of blocks = 146
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 385080.7138
RTB> 62718 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 876
Diagstd> Nb of non-zero elements: 62718
Diagstd> Projected matrix trace = 385080.7138
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 876 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 385080.7138
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 3.8089186 5.0466137 5.3194323 7.0375950
9.1378392 10.1655449 14.3769756 14.6670609 16.7180294
18.5989659 19.8783236 22.6555528 23.7255002 25.3992400
25.9382626 29.4813943 30.9666640 32.2973662 34.7392643
36.8250075 38.3479676 38.7910018 42.0142491 42.4964067
45.0271882 45.9296997 48.5661250 49.4376501 49.8179034
52.4262606 52.9126251 54.2795362 55.6567231 56.6504277
57.4097478 58.5165951 59.3516831 60.8379225 62.2436914
64.5985141 66.5256185 66.9808808 68.7302243 71.1634583
73.0870873 73.8310180 74.1205981 75.2122294 75.8950446
76.8117187 77.9323923 79.3440208 81.5974739 82.9217961
84.2529030 85.6570866 86.7242426 87.4755374 88.7821608
89.2605487 90.7868131 91.7662608 92.4211923 95.4059357
96.2928669 98.5126439 99.1578637 100.4062785 102.3782736
102.9147657 105.4079316 106.8567750 108.5840434 109.7444299
110.8726834 112.8879076 113.7704151 114.9987862 116.4329949
117.9100907 118.7683401 119.8196674 120.2140751 120.6603251
122.6557216 123.3437681 125.3820691 125.8396358 128.2179137
129.6084957 130.3507195 131.0365545 131.9151550 133.4980270
134.9006293 136.9947054 137.7456078 139.4225068 140.4113674
142.3475428
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034295 0.0034322 0.0034327 0.0034330 0.0034338
0.0034349 211.9318002 243.9469048 250.4539714 288.0762246
328.2592985 346.2267435 411.7456763 415.8788436 444.0049609
468.3167366 484.1558212 516.8715306 528.9358078 547.2750393
553.0516876 589.6160407 604.2859425 617.1330908 640.0377483
658.9716066 672.4600002 676.3333110 703.8718285 707.8991410
728.6730273 735.9394491 756.7666885 763.5266322 766.4573677
786.2664078 789.9051301 800.0430266 810.1288467 817.3289405
822.7882857 830.6820084 836.5883258 846.9981623 856.7279797
872.7835342 885.7063143 888.7317740 900.2625015 916.0597527
928.3582636 933.0710366 934.8990914 941.7584187 946.0236434
951.7196179 958.6372144 967.2803889 980.9201081 988.8482074
996.7533802 1005.0251498 1011.2663079 1015.6371775 1023.1943552
1025.9473085 1034.6814569 1040.2477813 1043.9532815 1060.6765757
1065.5954043 1077.8076649 1081.3315163 1088.1173007 1098.7507414
1101.6258676 1114.8897585 1122.5257485 1131.5618191 1137.5919854
1143.4246741 1153.7693346 1158.2703831 1164.5064774 1171.7455545
1179.1546475 1183.4383092 1188.6646167 1190.6193597 1192.8271782
1202.6498076 1206.0182677 1215.9423829 1218.1590798 1229.6163611
1236.2662560 1239.8010408 1243.0583432 1247.2187360 1254.6792160
1261.2531622 1271.0047442 1274.4833324 1282.2175704 1286.7566302
1295.5979963
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4733
Rtb_to_modes> Number of blocs = 146
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9742E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9895E-10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 125.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 129.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 131.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 133.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 137.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 137.7
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 139.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 140.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 142.3
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 876 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999
1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00004
0.99997 0.99996 0.99999 0.99997 1.00002
0.99999 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000
0.99998 0.99999 0.99995 1.00002 0.99997
0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002
1.00002 0.99998 1.00000 1.00003 0.99999
0.99997 1.00003 1.00000 0.99999 1.00001
1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 0.99998
1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999 0.99998 1.00002 0.99995 1.00001
1.00001 1.00006 1.00001 1.00004 0.99998
1.00001 1.00002 1.00000 0.99997 1.00000
0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 0.99999
0.99999 1.00003 1.00004 1.00000 1.00003
1.00001 1.00000 0.99999 1.00003 1.00002
1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00003 1.00001 0.99999 1.00005 1.00000
1.00002 1.00000 0.99997 1.00001 1.00000
0.99998 0.99997 0.99998 0.99999 1.00000
1.00002 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 85194 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999
1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00004
0.99997 0.99996 0.99999 0.99997 1.00002
0.99999 0.99998 1.00000 0.99999 1.00000
0.99998 0.99999 0.99995 1.00002 0.99997
0.99999 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002
1.00002 0.99998 1.00000 1.00003 0.99999
0.99997 1.00003 1.00000 0.99999 1.00001
1.00000 0.99998 1.00002 1.00000 0.99998
1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999
0.99999 0.99998 1.00002 0.99995 1.00001
1.00001 1.00006 1.00001 1.00004 0.99998
1.00001 1.00002 1.00000 0.99997 1.00000
0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 0.99999
0.99999 1.00003 1.00004 1.00000 1.00003
1.00001 1.00000 0.99999 1.00003 1.00002
1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000
1.00003 1.00001 0.99999 1.00005 1.00000
1.00002 1.00000 0.99997 1.00001 1.00000
0.99998 0.99997 0.99998 0.99999 1.00000
1.00002 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2607171849052008796.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2607171849052008796.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2607171849052008796.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2607171849052008796.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 291
First residue number = 702
Last residue number = 992
Number of atoms found = 4733
Mean number per residue = 16.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9742E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9941E-10
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9992E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.809
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.047
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.319
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.038
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.138
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.83
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 84.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.41
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 125.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 129.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 131.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 133.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 137.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 139.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 140.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.3
Bfactors> 106 vectors, 14199 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 3.809000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.646 for 291 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.007 +/- 0.01
Bfactors> = 0.718 +/- 0.14
Bfactors> Shiftng-fct= 0.711
Bfactors> Scaling-fct= 11.516
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2607171849052008796.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2607171849052008796.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4294E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4320E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4328E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 211.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 250.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 288.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 328.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 346.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 415.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 444.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 468.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 484.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 516.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 529.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 640.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 672.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 703.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 756.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 763.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 766.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 786.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 789.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 800.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 810.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 817.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 822.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 830.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 836.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 847.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 856.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 872.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 885.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 888.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 900.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 916.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 928.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 933.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 934.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 941.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 946.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 951.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 958.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 967.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 980.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 988.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 996.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1005.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1011.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1016.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1023.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1026.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1035.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1040.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1044.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1061.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1066.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1078.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1081.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1088.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1099.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1101.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1115.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1123.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1132.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1137.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1144.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1154.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1158.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1164.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1172.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1179.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1184.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1189.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1190.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1193.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1203.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1206.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1216.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1218.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1229.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1236.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1240.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1243.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1247.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1255.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1261.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1271.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1274.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1282.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1287.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1295.
Chkmod> 106 vectors, 14199 coordinates in file.
Chkmod> That is: 4733 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 57 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6988
0.0034 0.9085
0.0034 0.7858
0.0034 0.7607
0.0034 0.8609
0.0034 0.8378
211.9250 0.0905
243.9458 0.2776
250.4330 0.4528
288.0721 0.2038
328.2481 0.2199
346.2877 0.2644
411.7713 0.3979
415.9027 0.0840
444.0121 0.2536
468.3097 0.0915
484.1555 0.4953
516.9001 0.4611
528.9633 0.3871
547.2597 0.4464
553.0465 0.2350
589.5768 0.3561
604.2925 0.2627
617.1318 0.4149
640.0171 0.1927
658.9880 0.2774
672.4490 0.2406
676.2955 0.2980
703.8060 0.2637
707.8987 0.0328
728.6645 0.1079
735.9103 0.2731
756.7644 0.3626
763.5120 0.4079
766.4406 0.1338
786.2607 0.2318
789.8516 0.1295
800.0121 0.3298
810.1179 0.4928
817.2908 0.3630
822.7548 0.3797
830.6705 0.4103
836.5406 0.4454
846.9763 0.3041
856.6658 0.4117
872.7561 0.4810
885.6975 0.5425
888.6878 0.3784
900.2224 0.3274
915.9982 0.2558
928.3369 0.4784
933.0245 0.4683
934.8552 0.3650
941.7040 0.2635
946.0139 0.2892
951.6681 0.2372
958.5813 0.0469
967.2144 0.4215
980.8932 0.3436
988.7950 0.2943
996.6934 0.4316
1004.9991 0.4356
1011.1982 0.2583
1015.6195 0.3511
1023.1380 0.2751
1025.9001 0.2845
1034.6552 0.2244
1040.2243 0.4486
1043.9017 0.1936
1060.6536 0.3185
1065.5338 0.3617
1077.7469 0.4269
1081.2967 0.3623
1088.0366 0.4359
1098.8202 0.3920
1101.4995 0.3416
1114.8000 0.4436
1122.7046 0.2606
1131.5964 0.2865
1137.3129 0.3509
1143.5164 0.5151
1153.7816 0.4644
1158.3712 0.3917
1164.4626 0.0740
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getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2607171849052008796 7 -50 50 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-50
2607171849052008796.eigenfacs
2607171849052008796.atom
calculating perturbed structure for DQ=-30
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2607171849052008796.atom
calculating perturbed structure for DQ=-10
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2607171849052008796.atom
calculating perturbed structure for DQ=10
2607171849052008796.eigenfacs
2607171849052008796.atom
calculating perturbed structure for DQ=30
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calculating perturbed structure for DQ=50
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2607171849052008796.atom
making animated gifs
6 models are in 2607171849052008796.7.pdb, 0 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 2 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 4 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 6 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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making thumbnail 100x100
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MODEL 5 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2607171849052008796.7.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m18.473s
user 0m18.283s
sys 0m0.183s
rm: cannot remove '2607171849052008796.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
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