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***  dp5  ***

LOGs for ID: 2607200652232904703

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2607200652232904703.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2607200652232904703.atom to be opened. Openam> File opened: 2607200652232904703.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 682 First residue number = 1 Last residue number = 700 Number of atoms found = 5452 Mean number per residue = 8.0 Pdbmat> Coordinate statistics: = 14.200987 +/- 10.484484 From: -16.646000 To: 37.002000 = 25.661717 +/- 14.694524 From: -7.895000 To: 59.828000 = 39.313903 +/- 20.551342 From: -10.919000 To: 89.560000 Pdbmat> Masses are all set to one. %Pdbmat-W> residue:'ROH ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'WVB ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'SO3 ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'4ZB ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'WVB ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'SO3 ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> residue:'0ZB ' is not a well known amino-acid. %Pdbmat-W> 7 residue(s) not known. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 1.6650 % Filled. Pdbmat> 2227266 non-zero elements. Pdbmat> 243876 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 89.46 +/- 23.48 Maximum number = 136 Minimum number = 8 Pdbmat> Matrix trace = 4.877520E+06 Pdbmat> Larger element = 523.141 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 682 non-zero elements, NRBL set to 4 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2607200652232904703.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 4 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2607200652232904703.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2607200652232904703.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 5452 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 4 residue(s) per block. Blocpdb> 682 residues. Blocpdb> 35 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 34 atoms in block 2 Block first atom: 36 Blocpdb> 25 atoms in block 3 Block first atom: 70 Blocpdb> 33 atoms in block 4 Block first atom: 95 Blocpdb> 34 atoms in block 5 Block first atom: 128 Blocpdb> 34 atoms in block 6 Block first atom: 162 Blocpdb> 34 atoms in block 7 Block first atom: 196 Blocpdb> 32 atoms in block 8 Block first atom: 230 Blocpdb> 31 atoms in block 9 Block first atom: 262 Blocpdb> 31 atoms in block 10 Block first atom: 293 Blocpdb> 28 atoms in block 11 Block first atom: 324 Blocpdb> 33 atoms in block 12 Block first atom: 352 Blocpdb> 35 atoms in block 13 Block first atom: 385 Blocpdb> 29 atoms in block 14 Block first atom: 420 Blocpdb> 37 atoms in block 15 Block first atom: 449 Blocpdb> 33 atoms in block 16 Block first atom: 486 Blocpdb> 33 atoms in block 17 Block first atom: 519 Blocpdb> 32 atoms in block 18 Block first atom: 552 Blocpdb> 34 atoms in block 19 Block first atom: 584 Blocpdb> 32 atoms in block 20 Block first atom: 618 Blocpdb> 38 atoms in block 21 Block first atom: 650 Blocpdb> 32 atoms in block 22 Block first atom: 688 Blocpdb> 36 atoms in block 23 Block first atom: 720 Blocpdb> 27 atoms in block 24 Block first atom: 756 Blocpdb> 47 atoms in block 25 Block first atom: 783 Blocpdb> 29 atoms in block 26 Block first atom: 830 Blocpdb> 34 atoms in block 27 Block first atom: 859 Blocpdb> 46 atoms in block 28 Block first atom: 893 Blocpdb> 29 atoms in block 29 Block first atom: 939 Blocpdb> 29 atoms in block 30 Block first atom: 968 Blocpdb> 29 atoms in block 31 Block first atom: 997 Blocpdb> 35 atoms in block 32 Block first atom: 1026 Blocpdb> 30 atoms in block 33 Block first atom: 1061 Blocpdb> 28 atoms in block 34 Block first atom: 1091 Blocpdb> 29 atoms in block 35 Block first atom: 1119 Blocpdb> 33 atoms in block 36 Block first atom: 1148 Blocpdb> 39 atoms in block 37 Block first atom: 1181 Blocpdb> 29 atoms in block 38 Block first atom: 1220 Blocpdb> 29 atoms in block 39 Block first atom: 1249 Blocpdb> 29 atoms in block 40 Block first atom: 1278 Blocpdb> 29 atoms in block 41 Block first atom: 1307 Blocpdb> 45 atoms in block 42 Block first atom: 1336 Blocpdb> 32 atoms in block 43 Block first atom: 1381 Blocpdb> 30 atoms in block 44 Block first atom: 1413 Blocpdb> 27 atoms in block 45 Block first atom: 1443 Blocpdb> 32 atoms in block 46 Block first atom: 1470 Blocpdb> 40 atoms in block 47 Block first atom: 1502 Blocpdb> 34 atoms in block 48 Block first atom: 1542 Blocpdb> 38 atoms in block 49 Block first atom: 1576 Blocpdb> 30 atoms in block 50 Block first atom: 1614 Blocpdb> 38 atoms in block 51 Block first atom: 1644 Blocpdb> 39 atoms in block 52 Block first atom: 1682 Blocpdb> 28 atoms in block 53 Block first atom: 1721 Blocpdb> 29 atoms in block 54 Block first atom: 1749 Blocpdb> 28 atoms in block 55 Block first atom: 1778 Blocpdb> 30 atoms in block 56 Block first atom: 1806 Blocpdb> 32 atoms in block 57 Block first atom: 1836 Blocpdb> 32 atoms in block 58 Block first atom: 1868 Blocpdb> 33 atoms in block 59 Block first atom: 1900 Blocpdb> 31 atoms in block 60 Block first atom: 1933 Blocpdb> 33 atoms in block 61 Block first atom: 1964 Blocpdb> 30 atoms in block 62 Block first atom: 1997 Blocpdb> 44 atoms in block 63 Block first atom: 2027 Blocpdb> 34 atoms in block 64 Block first atom: 2071 Blocpdb> 33 atoms in block 65 Block first atom: 2105 Blocpdb> 30 atoms in block 66 Block first atom: 2138 Blocpdb> 34 atoms in block 67 Block first atom: 2168 Blocpdb> 28 atoms in block 68 Block first atom: 2202 Blocpdb> 31 atoms in block 69 Block first atom: 2230 Blocpdb> 32 atoms in block 70 Block first atom: 2261 Blocpdb> 32 atoms in block 71 Block first atom: 2293 Blocpdb> 33 atoms in block 72 Block first atom: 2325 Blocpdb> 29 atoms in block 73 Block first atom: 2358 Blocpdb> 32 atoms in block 74 Block first atom: 2387 Blocpdb> 35 atoms in block 75 Block first atom: 2419 Blocpdb> 36 atoms in block 76 Block first atom: 2454 Blocpdb> 29 atoms in block 77 Block first atom: 2490 Blocpdb> 28 atoms in block 78 Block first atom: 2519 Blocpdb> 21 atoms in block 79 Block first atom: 2547 Blocpdb> 38 atoms in block 80 Block first atom: 2568 Blocpdb> 39 atoms in block 81 Block first atom: 2606 Blocpdb> 42 atoms in block 82 Block first atom: 2645 Blocpdb> 31 atoms in block 83 Block first atom: 2687 Blocpdb> 38 atoms in block 84 Block first atom: 2718 Blocpdb> 30 atoms in block 85 Block first atom: 2756 Blocpdb> 37 atoms in block 86 Block first atom: 2786 Blocpdb> 30 atoms in block 87 Block first atom: 2823 Blocpdb> 40 atoms in block 88 Block first atom: 2853 Blocpdb> 25 atoms in block 89 Block first atom: 2893 Blocpdb> 34 atoms in block 90 Block first atom: 2918 Blocpdb> 31 atoms in block 91 Block first atom: 2952 Blocpdb> 34 atoms in block 92 Block first atom: 2983 Blocpdb> 24 atoms in block 93 Block first atom: 3017 Blocpdb> 36 atoms in block 94 Block first atom: 3041 Blocpdb> 32 atoms in block 95 Block first atom: 3077 Blocpdb> 36 atoms in block 96 Block first atom: 3109 Blocpdb> 37 atoms in block 97 Block first atom: 3145 Blocpdb> 39 atoms in block 98 Block first atom: 3182 Blocpdb> 26 atoms in block 99 Block first atom: 3221 Blocpdb> 37 atoms in block 100 Block first atom: 3247 Blocpdb> 34 atoms in block 101 Block first atom: 3284 Blocpdb> 31 atoms in block 102 Block first atom: 3318 Blocpdb> 35 atoms in block 103 Block first atom: 3349 Blocpdb> 27 atoms in block 104 Block first atom: 3384 Blocpdb> 28 atoms in block 105 Block first atom: 3411 Blocpdb> 25 atoms in block 106 Block first atom: 3439 Blocpdb> 27 atoms in block 107 Block first atom: 3464 Blocpdb> 28 atoms in block 108 Block first atom: 3491 Blocpdb> 33 atoms in block 109 Block first atom: 3519 Blocpdb> 31 atoms in block 110 Block first atom: 3552 Blocpdb> 28 atoms in block 111 Block first atom: 3583 Blocpdb> 47 atoms in block 112 Block first atom: 3611 Blocpdb> 34 atoms in block 113 Block first atom: 3658 Blocpdb> 25 atoms in block 114 Block first atom: 3692 Blocpdb> 25 atoms in block 115 Block first atom: 3717 Blocpdb> 26 atoms in block 116 Block first atom: 3742 Blocpdb> 32 atoms in block 117 Block first atom: 3768 Blocpdb> 30 atoms in block 118 Block first atom: 3800 Blocpdb> 37 atoms in block 119 Block first atom: 3830 Blocpdb> 26 atoms in block 120 Block first atom: 3867 Blocpdb> 22 atoms in block 121 Block first atom: 3893 Blocpdb> 19 atoms in block 122 Block first atom: 3915 Blocpdb> 28 atoms in block 123 Block first atom: 3934 Blocpdb> 34 atoms in block 124 Block first atom: 3962 Blocpdb> 27 atoms in block 125 Block first atom: 3996 Blocpdb> 41 atoms in block 126 Block first atom: 4023 Blocpdb> 31 atoms in block 127 Block first atom: 4064 Blocpdb> 39 atoms in block 128 Block first atom: 4095 Blocpdb> 25 atoms in block 129 Block first atom: 4134 Blocpdb> 30 atoms in block 130 Block first atom: 4159 Blocpdb> 28 atoms in block 131 Block first atom: 4189 Blocpdb> 30 atoms in block 132 Block first atom: 4217 Blocpdb> 43 atoms in block 133 Block first atom: 4247 Blocpdb> 32 atoms in block 134 Block first atom: 4290 Blocpdb> 32 atoms in block 135 Block first atom: 4322 Blocpdb> 25 atoms in block 136 Block first atom: 4354 Blocpdb> 35 atoms in block 137 Block first atom: 4379 Blocpdb> 40 atoms in block 138 Block first atom: 4414 Blocpdb> 27 atoms in block 139 Block first atom: 4454 Blocpdb> 31 atoms in block 140 Block first atom: 4481 Blocpdb> 37 atoms in block 141 Block first atom: 4512 Blocpdb> 26 atoms in block 142 Block first atom: 4549 Blocpdb> 32 atoms in block 143 Block first atom: 4575 Blocpdb> 35 atoms in block 144 Block first atom: 4607 Blocpdb> 24 atoms in block 145 Block first atom: 4642 Blocpdb> 28 atoms in block 146 Block first atom: 4666 Blocpdb> 28 atoms in block 147 Block first atom: 4694 Blocpdb> 32 atoms in block 148 Block first atom: 4722 Blocpdb> 33 atoms in block 149 Block first atom: 4754 Blocpdb> 36 atoms in block 150 Block first atom: 4787 Blocpdb> 32 atoms in block 151 Block first atom: 4823 Blocpdb> 36 atoms in block 152 Block first atom: 4855 Blocpdb> 25 atoms in block 153 Block first atom: 4891 Blocpdb> 26 atoms in block 154 Block first atom: 4916 Blocpdb> 29 atoms in block 155 Block first atom: 4942 Blocpdb> 33 atoms in block 156 Block first atom: 4971 Blocpdb> 25 atoms in block 157 Block first atom: 5004 Blocpdb> 35 atoms in block 158 Block first atom: 5029 Blocpdb> 25 atoms in block 159 Block first atom: 5064 Blocpdb> 38 atoms in block 160 Block first atom: 5089 Blocpdb> 25 atoms in block 161 Block first atom: 5127 Blocpdb> 35 atoms in block 162 Block first atom: 5152 Blocpdb> 28 atoms in block 163 Block first atom: 5187 Blocpdb> 33 atoms in block 164 Block first atom: 5215 Blocpdb> 32 atoms in block 165 Block first atom: 5248 Blocpdb> 28 atoms in block 166 Block first atom: 5280 Blocpdb> 35 atoms in block 167 Block first atom: 5308 Blocpdb> 35 atoms in block 168 Block first atom: 5343 Blocpdb> 34 atoms in block 169 Block first atom: 5378 Blocpdb> 23 atoms in block 170 Block first atom: 5412 Blocpdb> 18 atoms in block 171 Block first atom: 5434 Blocpdb> 171 blocks. Blocpdb> At most, 47 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 18 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 2227437 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 16356 Prepmat> Matrix trace = 4877520.0000 Prepmat> Last element read: 16356 16356 147.9596 Prepmat> 14707 lines saved. Prepmat> 12970 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 5452 RTB> Total mass = 5452.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 5452 RTB> Number of blocks = 171 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 231390.0331 RTB> 59931 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1026 Diagstd> Nb of non-zero elements: 59931 Diagstd> Projected matrix trace = 231390.0331 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1026 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 231390.0331 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.6929727 1.0113958 2.3824303 3.4666002 4.0941094 4.9594792 7.0292552 7.4925682 8.0331027 8.7729024 10.2456062 11.6604160 12.3563451 13.0625348 13.4234188 13.8673242 15.2445317 15.9194725 16.4413996 17.1359706 18.2736636 18.4880078 19.3335810 19.8242336 20.3007052 21.5949674 21.7859496 23.0066344 23.5511298 24.1081268 24.4351973 25.1351580 26.5509844 27.3962714 28.4037436 28.8321547 29.7767236 30.1006374 30.9375237 31.7200207 32.0055201 32.6094861 32.9207444 33.7887237 34.3187919 35.0197314 36.5955709 37.0316874 37.4940065 37.9653865 38.2991343 38.5623958 39.3002910 39.6801064 40.6154586 41.1579063 41.6695048 42.0645600 42.8600517 43.1544414 43.5826203 43.8424159 44.7242219 44.8558438 45.6523006 46.3736508 46.4675633 47.9432363 48.2113020 48.8474417 49.1458371 49.3617334 50.3386990 50.9294026 51.8100924 52.2345479 52.6834110 53.1018303 53.2038233 54.9101814 55.4715555 56.5546950 56.9096227 57.1150528 57.5962994 58.4924224 58.6032587 59.2577227 59.4752544 60.6622036 60.8174132 61.4838770 61.6546096 62.0289294 62.8627394 63.1440833 63.3918565 63.8331395 64.1007681 64.7453401 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034326 0.0034333 0.0034333 0.0034341 0.0034342 0.0034351 90.3968599 109.2083503 167.6121074 202.1841733 219.7227384 241.8317491 287.9054824 297.2423130 307.7775505 321.6376856 347.5874680 370.8107379 381.7159397 392.4723001 397.8568599 404.3818128 423.9867885 433.2709952 440.3162079 449.5206366 464.2031613 466.9177006 477.4758729 483.4966664 489.2725402 504.6282465 506.8547584 520.8609828 526.9885182 533.1838843 536.7885026 544.4225308 559.5457409 568.3829086 578.7394297 583.0876326 592.5619147 595.7761679 604.0015523 611.5923036 614.3384882 620.1078902 623.0603342 631.2206153 636.1525548 642.6162238 656.9155523 660.8182536 664.9304248 669.0971699 672.0316993 674.3374577 680.7586425 684.0403090 692.0555584 696.6616712 700.9781000 704.2931354 710.9214620 713.3588115 716.8890538 719.0225632 726.2174449 727.2852765 733.7136767 739.4876478 740.2360468 751.8980417 753.9971605 758.9552889 761.2698825 762.9401690 770.4532188 774.9605077 781.6322386 784.8274790 788.1923643 791.3161430 792.0757212 804.6772434 808.7800916 816.6380526 819.1965853 820.6738056 824.1240165 830.5104169 831.2969045 835.9258569 837.4587694 845.7740801 846.8553826 851.4828457 852.6642538 855.2487009 860.9777564 862.9022705 864.5935983 867.5976816 869.4145360 873.7748469 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 5452 Rtb_to_modes> Number of blocs = 171 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9921E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9960E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9963E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6930 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.011 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.382 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.467 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.094 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.959 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.029 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.493 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.033 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.773 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.01 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.01 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.62 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.67 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.37 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.94 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.85 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.34 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.26 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 61.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.83 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.75 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1026 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001 0.99997 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001 0.99999 0.99999 0.99998 1.00002 0.99999 0.99996 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 0.99999 1.00001 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 1.00001 1.00001 1.00004 1.00001 0.99998 0.99998 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 0.99998 0.99997 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 0.99997 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 1.00000 1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00002 0.99998 1.00000 0.99998 1.00001 0.99998 1.00003 0.99999 1.00002 1.00001 0.99999 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 98136 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00001 0.99997 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001 0.99999 0.99999 0.99998 1.00002 0.99999 0.99996 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 0.99999 1.00001 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 1.00001 1.00001 1.00004 1.00001 0.99998 0.99998 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 0.99998 0.99997 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 0.99997 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 0.99998 1.00000 1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00002 0.99998 1.00000 0.99998 1.00001 0.99998 1.00003 0.99999 1.00002 1.00001 0.99999 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3: 0.000-0.000 Vector 4:-0.000-0.000 0.000 Vector 5: 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 6: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 7:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 8:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2607200652232904703.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2607200652232904703.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2607200652232904703.atom Openam> file on opening on unit 11: 2607200652232904703.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 682 First residue number = 1 Last residue number = 700 Number of atoms found = 5452 Mean number per residue = 8.0 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9921E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9960E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9963E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6930 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.011 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.382 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.467 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.094 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.959 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.029 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.493 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.033 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.773 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.01 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.67 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.37 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.94 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.85 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.34 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 61.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.83 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.75 Bfactors> 106 vectors, 16356 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.693000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.614 for 674 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.019 +/- 0.02 Bfactors> = 28.051 +/- 8.02 Bfactors> Shiftng-fct= 28.032 Bfactors> Scaling-fct= 441.293 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2607200652232904703.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2607200652232904703.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4332E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 90.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 109.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 167.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 202.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 241.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 307.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 347.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 392.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 397.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 404.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 423.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 440.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 449.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 464.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 466.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 477.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 544.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 559.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 568.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 592.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 604.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 611.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 614.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 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CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 680.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 684.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 704.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 710.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 713.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 719.0 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Chkmod> That is: 5452 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7383 0.0034 0.8374 0.0034 0.8825 0.0034 0.8223 0.0034 0.6723 0.0034 0.9761 90.3948 0.4495 109.1823 0.4985 167.5898 0.5732 202.1872 0.6798 219.7104 0.3245 241.8097 0.3685 287.8879 0.5454 297.2381 0.4385 307.7624 0.3788 321.6257 0.4248 347.6471 0.4302 370.7882 0.5548 381.7560 0.4607 392.4174 0.2469 397.7891 0.4661 404.4035 0.3708 423.9056 0.5822 433.2596 0.4831 440.2786 0.5266 449.5542 0.5804 464.1367 0.3559 466.9228 0.5525 477.4112 0.4620 483.4243 0.4506 489.2430 0.3286 504.5485 0.5308 506.8801 0.5491 520.8767 0.4845 526.9533 0.5628 533.1817 0.5750 536.8182 0.6026 544.4516 0.4015 559.5113 0.5210 568.3972 0.3434 578.6764 0.5641 583.0408 0.4408 592.5691 0.5149 595.7443 0.3857 603.9998 0.4318 611.5658 0.4169 614.3551 0.5467 620.0862 0.4061 623.0265 0.4284 631.2054 0.5277 636.1364 0.5675 642.5911 0.5100 656.9271 0.4177 660.7748 0.4323 664.8664 0.3139 669.1091 0.4357 672.0104 0.4271 674.2876 0.4451 680.7269 0.5751 684.0100 0.5087 692.0645 0.3211 696.6495 0.5416 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animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2607200652232904703 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom making animated gifs 11 models are in 2607200652232904703.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2607200652232904703.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2607200652232904703.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2607200652232904703 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=20 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100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2607200652232904703.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2607200652232904703 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2607200652232904703.eigenfacs 2607200652232904703.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2607200652232904703.eigenfacs 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MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2607200652232904703.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2607200652232904703.10.pdb 2607200652232904703.11.pdb 2607200652232904703.7.pdb 2607200652232904703.8.pdb 2607200652232904703.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m27.606s user 0m27.400s sys 0m0.193s rm: cannot remove '2607200652232904703.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: 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