*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2607310738051748649.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2607310738051748649.atom to be opened.
Openam> File opened: 2607310738051748649.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 95
First residue number = 1
Last residue number = 95
Number of atoms found = 710
Mean number per residue = 7.5
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 0.893862 +/- 8.607694 From: -21.377000 To: 18.708000
= -0.776200 +/- 6.237972 From: -15.488000 To: 14.082000
= 0.232783 +/- 7.850285 From: -19.876000 To: 19.322000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 9.8741 % Filled.
Pdbmat> 224094 non-zero elements.
Pdbmat> 24431 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 68.82 +/- 22.80
Maximum number = 117
Minimum number = 17
Pdbmat> Matrix trace = 488620.
Pdbmat> Larger element = 442.545
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
95 non-zero elements, NRBL set to 1
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2607310738051748649.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 1
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2607310738051748649.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2607310738051748649.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 710 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 1 residue(s) per block.
Blocpdb> 95 residues.
Blocpdb> 7 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 9 atoms in block 2
Block first atom: 8
Blocpdb> 11 atoms in block 3
Block first atom: 17
Blocpdb> 8 atoms in block 4
Block first atom: 28
Blocpdb> 4 atoms in block 5
Block first atom: 36
Blocpdb> 9 atoms in block 6
Block first atom: 40
Blocpdb> 9 atoms in block 7
Block first atom: 49
Blocpdb> 8 atoms in block 8
Block first atom: 58
Blocpdb> 8 atoms in block 9
Block first atom: 66
Blocpdb> 7 atoms in block 10
Block first atom: 74
Blocpdb> 11 atoms in block 11
Block first atom: 81
Blocpdb> 9 atoms in block 12
Block first atom: 92
Blocpdb> 7 atoms in block 13
Block first atom: 101
Blocpdb> 11 atoms in block 14
Block first atom: 108
Blocpdb> 11 atoms in block 15
Block first atom: 119
Blocpdb> 8 atoms in block 16
Block first atom: 130
Blocpdb> 7 atoms in block 17
Block first atom: 138
Blocpdb> 8 atoms in block 18
Block first atom: 145
Blocpdb> 10 atoms in block 19
Block first atom: 153
Blocpdb> 11 atoms in block 20
Block first atom: 163
Blocpdb> 4 atoms in block 21
Block first atom: 174
Blocpdb> 6 atoms in block 22
Block first atom: 178
Blocpdb> 7 atoms in block 23
Block first atom: 184
Blocpdb> 4 atoms in block 24
Block first atom: 191
Blocpdb> 8 atoms in block 25
Block first atom: 195
Blocpdb> 4 atoms in block 26
Block first atom: 203
Blocpdb> 11 atoms in block 27
Block first atom: 207
Blocpdb> 8 atoms in block 28
Block first atom: 218
Blocpdb> 8 atoms in block 29
Block first atom: 226
Blocpdb> 7 atoms in block 30
Block first atom: 234
Blocpdb> 4 atoms in block 31
Block first atom: 241
Blocpdb> 4 atoms in block 32
Block first atom: 245
Blocpdb> 9 atoms in block 33
Block first atom: 249
Blocpdb> 8 atoms in block 34
Block first atom: 258
Blocpdb> 4 atoms in block 35
Block first atom: 266
Blocpdb> 9 atoms in block 36
Block first atom: 270
Blocpdb> 4 atoms in block 37
Block first atom: 279
Blocpdb> 8 atoms in block 38
Block first atom: 283
Blocpdb> 11 atoms in block 39
Block first atom: 291
Blocpdb> 8 atoms in block 40
Block first atom: 302
Blocpdb> 6 atoms in block 41
Block first atom: 310
Blocpdb> 11 atoms in block 42
Block first atom: 316
Blocpdb> 8 atoms in block 43
Block first atom: 327
Blocpdb> 8 atoms in block 44
Block first atom: 335
Blocpdb> 5 atoms in block 45
Block first atom: 343
Blocpdb> 4 atoms in block 46
Block first atom: 348
Blocpdb> 4 atoms in block 47
Block first atom: 352
Blocpdb> 7 atoms in block 48
Block first atom: 356
Blocpdb> 5 atoms in block 49
Block first atom: 363
Blocpdb> 8 atoms in block 50
Block first atom: 368
Blocpdb> 8 atoms in block 51
Block first atom: 376
Blocpdb> 6 atoms in block 52
Block first atom: 384
Blocpdb> 4 atoms in block 53
Block first atom: 390
Blocpdb> 9 atoms in block 54
Block first atom: 394
Blocpdb> 8 atoms in block 55
Block first atom: 403
Blocpdb> 11 atoms in block 56
Block first atom: 411
Blocpdb> 9 atoms in block 57
Block first atom: 422
Blocpdb> 4 atoms in block 58
Block first atom: 431
Blocpdb> 8 atoms in block 59
Block first atom: 435
Blocpdb> 11 atoms in block 60
Block first atom: 443
Blocpdb> 8 atoms in block 61
Block first atom: 454
Blocpdb> 8 atoms in block 62
Block first atom: 462
Blocpdb> 6 atoms in block 63
Block first atom: 470
Blocpdb> 7 atoms in block 64
Block first atom: 476
Blocpdb> 8 atoms in block 65
Block first atom: 483
Blocpdb> 6 atoms in block 66
Block first atom: 491
Blocpdb> 7 atoms in block 67
Block first atom: 497
Blocpdb> 8 atoms in block 68
Block first atom: 504
Blocpdb> 8 atoms in block 69
Block first atom: 512
Blocpdb> 11 atoms in block 70
Block first atom: 520
Blocpdb> 5 atoms in block 71
Block first atom: 531
Blocpdb> 5 atoms in block 72
Block first atom: 536
Blocpdb> 6 atoms in block 73
Block first atom: 541
Blocpdb> 10 atoms in block 74
Block first atom: 547
Blocpdb> 9 atoms in block 75
Block first atom: 557
Blocpdb> 9 atoms in block 76
Block first atom: 566
Blocpdb> 5 atoms in block 77
Block first atom: 575
Blocpdb> 5 atoms in block 78
Block first atom: 580
Blocpdb> 5 atoms in block 79
Block first atom: 585
Blocpdb> 5 atoms in block 80
Block first atom: 590
Blocpdb> 8 atoms in block 81
Block first atom: 595
Blocpdb> 9 atoms in block 82
Block first atom: 603
Blocpdb> 8 atoms in block 83
Block first atom: 612
Blocpdb> 5 atoms in block 84
Block first atom: 620
Blocpdb> 4 atoms in block 85
Block first atom: 625
Blocpdb> 9 atoms in block 86
Block first atom: 629
Blocpdb> 7 atoms in block 87
Block first atom: 638
Blocpdb> 7 atoms in block 88
Block first atom: 645
Blocpdb> 7 atoms in block 89
Block first atom: 652
Blocpdb> 8 atoms in block 90
Block first atom: 659
Blocpdb> 8 atoms in block 91
Block first atom: 667
Blocpdb> 5 atoms in block 92
Block first atom: 675
Blocpdb> 9 atoms in block 93
Block first atom: 680
Blocpdb> 12 atoms in block 94
Block first atom: 689
Blocpdb> 10 atoms in block 95
Block first atom: 700
Blocpdb> 95 blocks.
Blocpdb> At most, 12 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 4 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 224189 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 2130
Prepmat> Matrix trace = 488620.0000
Prepmat> Last element read: 2130 2130 162.7096
Prepmat> 4561 lines saved.
Prepmat> 3508 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 710
RTB> Total mass = 710.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 710
RTB> Number of blocks = 95
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 119711.2220
RTB> 36447 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 570
Diagstd> Nb of non-zero elements: 36447
Diagstd> Projected matrix trace = 119711.2220
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 570 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 119711.2220
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.4936222 0.8327683 1.3081998 3.7352358
5.0314501 7.1738214 8.7297655 9.9760066 10.6009237
12.4657019 13.3045348 14.3059880 16.6810141 17.6840095
18.2606995 19.3280208 20.4621433 22.8933123 24.5877761
25.4805534 26.8844053 28.2340459 28.7809274 29.2100974
30.6409942 30.9012970 31.9640472 32.9461459 34.6383354
35.2572812 36.2735969 37.1081613 37.2366557 39.1483387
40.2370217 40.9095496 41.3827909 42.4243697 43.5510898
44.1818924 45.5987591 46.5335522 48.7904269 51.2973070
51.5780021 52.4925124 54.4684155 55.7911677 56.2626666
56.7607111 57.3423838 58.4961240 59.2145804 60.4837883
62.0092647 62.8898877 63.7536765 65.2359008 65.8040471
66.9365976 67.5408110 68.9759613 70.5668417 71.8081534
71.8918343 72.5205993 74.5976705 75.5643986 76.5328398
77.5941041 78.9800563 79.7505249 79.9946984 81.3607676
82.1914274 82.2498869 83.9743542 85.0025171 86.4857255
87.7648087 88.2810881 89.4955791 89.8408791 91.0057568
91.6350663 92.6271353 94.8060620 95.0981693 95.7829422
97.1913361 98.3030585 98.7990268 100.1427633 101.3087554
103.0634350 103.6319691 104.2571245 104.3891649 105.7129624
106.0744589
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034323 0.0034324 0.0034330 0.0034332 0.0034336
0.0034341 76.2943905 99.0962856 124.2030671 209.8718988
243.5801338 290.8509989 320.8459559 342.9838284 353.5632643
383.4013599 396.0911395 410.7279030 443.5131535 456.6523006
464.0384682 477.4072083 491.2141189 519.5766154 538.4618077
548.1503662 563.0480997 577.0080054 582.5694042 586.8968559
601.0999704 603.6478169 613.9403277 623.3006633 639.1073130
644.7920737 654.0193409 661.5002280 662.6445258 679.4413108
688.8238786 694.5565786 698.5623393 707.2988947 716.6296844
721.8009300 733.2832964 740.7614675 758.5122332 777.7545551
779.8795598 786.7630582 801.4337933 811.1067315 814.5269086
818.1241153 822.3054183 830.5366955 835.6215055 844.5293990
855.1131223 861.1636498 867.0574962 877.0787964 880.8898027
888.4379408 892.4387427 901.8704578 912.2116630 920.1998533
920.7358695 924.7534759 937.9029747 943.9606602 949.9903516
956.5543296 965.0592990 969.7550621 971.2384850 979.4962978
984.4837268 984.8337765 995.1043316 1001.1777133 1009.8747109
1017.3150878 1020.3028948 1027.2971223 1029.2770200 1035.9283373
1039.5039152 1045.1157595 1057.3367661 1058.9643957 1062.7701967
1070.5551784 1076.6605376 1079.3731577 1086.6884868 1092.9964976
1102.4212774 1105.4577667 1108.7870670 1109.4889771 1116.5017339
1118.4091018
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 710
Rtb_to_modes> Number of blocs = 95
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9906E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9911E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9945E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9957E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4936
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8328
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.308
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.735
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.031
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.174
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.730
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.976
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.1
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 570 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00002 0.99996 1.00000 0.99997 1.00001
1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000
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1.00002 0.99999 0.99997 0.99997 1.00000
1.00007 0.99997 1.00000 1.00000 1.00001
0.99997 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002
1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001
0.99995 0.99999 1.00003 1.00003 1.00000
0.99997 0.99996 0.99995 1.00003 0.99999
1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 0.99995
0.99998 1.00001 0.99998 1.00001 0.99999
0.99997 0.99999 1.00000 1.00003 1.00004
1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 1.00001
0.99999 1.00001 0.99997 0.99999 1.00002
0.99999 0.99999 0.99995 1.00000 0.99999
1.00001 1.00000 1.00003 0.99998 1.00000
1.00003 0.99997 1.00001 1.00001 1.00000
0.99998 1.00002 0.99999 0.99999 1.00002
1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002
1.00000 1.00003 1.00004 0.99999 1.00001
0.99999 1.00003 0.99999 0.99998 1.00001
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 12780 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00002 0.99996 1.00000 0.99997 1.00001
1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000
1.00002 1.00003 0.99998 1.00001 1.00000
1.00002 0.99999 0.99997 0.99997 1.00000
1.00007 0.99997 1.00000 1.00000 1.00001
0.99997 0.99999 1.00001 0.99999 1.00002
1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001
0.99995 0.99999 1.00003 1.00003 1.00000
0.99997 0.99996 0.99995 1.00003 0.99999
1.00002 1.00000 1.00000 0.99999 0.99995
0.99998 1.00001 0.99998 1.00001 0.99999
0.99997 0.99999 1.00000 1.00003 1.00004
1.00001 1.00000 1.00002 1.00001 1.00001
0.99999 1.00001 0.99997 0.99999 1.00002
0.99999 0.99999 0.99995 1.00000 0.99999
1.00001 1.00000 1.00003 0.99998 1.00000
1.00003 0.99997 1.00001 1.00001 1.00000
0.99998 1.00002 0.99999 0.99999 1.00002
1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002
1.00000 1.00003 1.00004 0.99999 1.00001
0.99999 1.00003 0.99999 0.99998 1.00001
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2607310738051748649.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2607310738051748649.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2607310738051748649.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2607310738051748649.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 95
First residue number = 1
Last residue number = 95
Number of atoms found = 710
Mean number per residue = 7.5
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9906E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9911E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9945E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9957E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9981E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4936
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8328
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.308
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.735
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.031
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.174
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.730
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.976
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.23
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 58.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 65.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 67.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 68.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 70.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 71.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 72.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 75.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 77.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 78.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 86.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 87.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 88.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 92.63
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 98.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.1
Bfactors> 106 vectors, 2130 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.493600
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.565 for 95 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.104 +/- 0.34
Bfactors> = 92.572 +/- 8.75
Bfactors> Shiftng-fct= 92.469
Bfactors> Scaling-fct= 25.634
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2607310738051748649.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2607310738051748649.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4323E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 76.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 124.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 209.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 320.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 343.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 353.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 383.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 410.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 443.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 464.0
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 491.2
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 582.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 603.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 644.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 662.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 679.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 688.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 694.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 733.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 740.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 758.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 777.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 779.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 786.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 801.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 811.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 814.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 818.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 822.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 830.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 835.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 844.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 855.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 861.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 867.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 877.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 880.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 888.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 892.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 901.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 912.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 920.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 920.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 924.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 937.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 943.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 949.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 956.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 965.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 969.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 971.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 979.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 984.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 984.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 995.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1001.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1010.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1017.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1020.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1027.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1029.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1039.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1071.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1077.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1079.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1086.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1093.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1103.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1105.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1109.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1109.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1116.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1118.
Chkmod> 106 vectors, 2130 coordinates in file.
Chkmod> That is: 710 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 21 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 68 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.8719
0.0034 0.7545
0.0034 0.7416
0.0034 0.7802
0.0034 0.7737
0.0034 0.9152
76.2894 0.0768
99.0939 0.1019
124.1883 0.0351
209.8563 0.1705
243.5588 0.3239
290.8421 0.1412
320.8365 0.3045
342.9690 0.1395
353.5327 0.2311
383.4510 0.3835
396.0066 0.1338
410.7679 0.2171
443.4806 0.2475
456.5809 0.2037
464.0097 0.1372
477.4112 0.0311
491.1673 0.1739
519.5167 0.3549
538.4630 0.3829
548.1209 0.4572
562.9778 0.2522
576.9419 0.4173
582.5350 0.1465
586.8707 0.3798
601.0644 0.3059
603.6092 0.4704
613.8751 0.3279
623.3104 0.4851
639.0952 0.4359
644.7893 0.2587
653.9588 0.5175
661.4882 0.3669
662.6458 0.2209
679.4266 0.2046
688.8198 0.2077
694.5306 0.3625
698.5088 0.3966
707.2321 0.3514
716.5900 0.3954
721.7545 0.3364
733.2618 0.4643
740.7014 0.2330
758.4764 0.2346
777.7416 0.3588
779.8612 0.3174
786.7105 0.3550
801.4110 0.3022
811.0634 0.2586
814.4726 0.0265
818.0839 0.1395
822.2530 0.4667
830.5286 0.3054
835.5533 0.3209
844.4667 0.3879
855.0815 0.1978
861.1275 0.1638
866.9953 0.2275
877.0687 0.4198
880.8249 0.3192
888.4224 0.0943
892.3951 0.4442
901.8581 0.0984
912.1929 0.4880
920.1722 0.3648
920.6846 0.5404
924.7100 0.4251
937.8774 0.2650
943.8927 0.2591
949.9319 0.1707
956.4880 0.3715
965.0175 0.3649
969.7102 0.4630
971.1683 0.5558
979.4496 0.3911
984.4329 0.3985
984.7922 0.2491
995.0358 0.4845
1001.1199 0.5311
1009.8563 0.4191
1017.2435 0.4316
1020.2528 0.1451
1027.2784 0.1515
1029.2278 0.4022
1035.9080 0.3446
1039.4873 0.3840
1045.0871 0.5186
1057.3133 0.4136
1058.9291 0.5304
1062.7083 0.3517
1070.5019 0.4603
1076.5976 0.4458
1079.3321 0.3677
1086.4098 0.4091
1092.9023 0.4225
1102.5695 0.3568
1105.2398 0.3680
1108.9674 0.3302
1109.4989 0.4146
1116.3854 0.2214
1118.4957 0.4291
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2607310738051748649 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2607310738051748649.eigenfacs
2607310738051748649.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2607310738051748649.eigenfacs
2607310738051748649.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2607310738051748649.eigenfacs
2607310738051748649.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2607310738051748649.eigenfacs
2607310738051748649.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2607310738051748649.eigenfacs
2607310738051748649.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2607310738051748649.eigenfacs
2607310738051748649.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2607310738051748649.eigenfacs
2607310738051748649.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2607310738051748649.eigenfacs
2607310738051748649.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2607310738051748649.eigenfacs
2607310738051748649.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2607310738051748649.eigenfacs
2607310738051748649.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2607310738051748649.eigenfacs
2607310738051748649.atom
making animated gifs
11 models are in 2607310738051748649.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607310738051748649.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2607310738051748649.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
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Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m2.712s
user 0m2.682s
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rm: cannot remove '2607310738051748649.sdijf': No such file or directory
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