*** ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2608020348212097225.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2608020348212097225.atom to be opened.
Openam> File opened: 2608020348212097225.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 380
First residue number = 1
Last residue number = 380
Number of atoms found = 5897
Mean number per residue = 15.5
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 65.582334 +/- 10.016681 From: 33.814000 To: 89.694000
= -44.268388 +/- 15.405531 From: -78.415000 To: -5.660000
= -26.386850 +/- 13.188356 From: -57.615000 To: 8.731000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.7023 % Filled.
Pdbmat> 4228947 non-zero elements.
Pdbmat> 466025 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 158.05 +/- 49.80
Maximum number = 257
Minimum number = 19
Pdbmat> Matrix trace = 9.320500E+06
Pdbmat> Larger element = 901.897
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
380 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2608020348212097225.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2608020348212097225.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2608020348212097225.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 5897 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 380 residues.
Blocpdb> 38 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 28 atoms in block 2
Block first atom: 39
Blocpdb> 35 atoms in block 3
Block first atom: 67
Blocpdb> 29 atoms in block 4
Block first atom: 102
Blocpdb> 28 atoms in block 5
Block first atom: 131
Blocpdb> 22 atoms in block 6
Block first atom: 159
Blocpdb> 34 atoms in block 7
Block first atom: 181
Blocpdb> 33 atoms in block 8
Block first atom: 215
Blocpdb> 40 atoms in block 9
Block first atom: 248
Blocpdb> 35 atoms in block 10
Block first atom: 288
Blocpdb> 38 atoms in block 11
Block first atom: 323
Blocpdb> 34 atoms in block 12
Block first atom: 361
Blocpdb> 43 atoms in block 13
Block first atom: 395
Blocpdb> 36 atoms in block 14
Block first atom: 438
Blocpdb> 26 atoms in block 15
Block first atom: 474
Blocpdb> 28 atoms in block 16
Block first atom: 500
Blocpdb> 31 atoms in block 17
Block first atom: 528
Blocpdb> 26 atoms in block 18
Block first atom: 559
Blocpdb> 26 atoms in block 19
Block first atom: 585
Blocpdb> 25 atoms in block 20
Block first atom: 611
Blocpdb> 35 atoms in block 21
Block first atom: 636
Blocpdb> 28 atoms in block 22
Block first atom: 671
Blocpdb> 38 atoms in block 23
Block first atom: 699
Blocpdb> 39 atoms in block 24
Block first atom: 737
Blocpdb> 27 atoms in block 25
Block first atom: 776
Blocpdb> 29 atoms in block 26
Block first atom: 803
Blocpdb> 26 atoms in block 27
Block first atom: 832
Blocpdb> 34 atoms in block 28
Block first atom: 858
Blocpdb> 40 atoms in block 29
Block first atom: 892
Blocpdb> 40 atoms in block 30
Block first atom: 932
Blocpdb> 33 atoms in block 31
Block first atom: 972
Blocpdb> 25 atoms in block 32
Block first atom: 1005
Blocpdb> 14 atoms in block 33
Block first atom: 1030
Blocpdb> 27 atoms in block 34
Block first atom: 1044
Blocpdb> 24 atoms in block 35
Block first atom: 1071
Blocpdb> 27 atoms in block 36
Block first atom: 1095
Blocpdb> 29 atoms in block 37
Block first atom: 1122
Blocpdb> 33 atoms in block 38
Block first atom: 1151
Blocpdb> 33 atoms in block 39
Block first atom: 1184
Blocpdb> 34 atoms in block 40
Block first atom: 1217
Blocpdb> 41 atoms in block 41
Block first atom: 1251
Blocpdb> 26 atoms in block 42
Block first atom: 1292
Blocpdb> 33 atoms in block 43
Block first atom: 1318
Blocpdb> 33 atoms in block 44
Block first atom: 1351
Blocpdb> 30 atoms in block 45
Block first atom: 1384
Blocpdb> 24 atoms in block 46
Block first atom: 1414
Blocpdb> 20 atoms in block 47
Block first atom: 1438
Blocpdb> 28 atoms in block 48
Block first atom: 1458
Blocpdb> 18 atoms in block 49
Block first atom: 1486
Blocpdb> 39 atoms in block 50
Block first atom: 1504
Blocpdb> 29 atoms in block 51
Block first atom: 1543
Blocpdb> 17 atoms in block 52
Block first atom: 1572
Blocpdb> 32 atoms in block 53
Block first atom: 1589
Blocpdb> 29 atoms in block 54
Block first atom: 1621
Blocpdb> 44 atoms in block 55
Block first atom: 1650
Blocpdb> 29 atoms in block 56
Block first atom: 1694
Blocpdb> 28 atoms in block 57
Block first atom: 1723
Blocpdb> 25 atoms in block 58
Block first atom: 1751
Blocpdb> 33 atoms in block 59
Block first atom: 1776
Blocpdb> 36 atoms in block 60
Block first atom: 1809
Blocpdb> 31 atoms in block 61
Block first atom: 1845
Blocpdb> 26 atoms in block 62
Block first atom: 1876
Blocpdb> 17 atoms in block 63
Block first atom: 1902
Blocpdb> 24 atoms in block 64
Block first atom: 1919
Blocpdb> 27 atoms in block 65
Block first atom: 1943
Blocpdb> 29 atoms in block 66
Block first atom: 1970
Blocpdb> 34 atoms in block 67
Block first atom: 1999
Blocpdb> 29 atoms in block 68
Block first atom: 2033
Blocpdb> 24 atoms in block 69
Block first atom: 2062
Blocpdb> 36 atoms in block 70
Block first atom: 2086
Blocpdb> 41 atoms in block 71
Block first atom: 2122
Blocpdb> 38 atoms in block 72
Block first atom: 2163
Blocpdb> 37 atoms in block 73
Block first atom: 2201
Blocpdb> 33 atoms in block 74
Block first atom: 2238
Blocpdb> 43 atoms in block 75
Block first atom: 2271
Blocpdb> 30 atoms in block 76
Block first atom: 2314
Blocpdb> 39 atoms in block 77
Block first atom: 2344
Blocpdb> 21 atoms in block 78
Block first atom: 2383
Blocpdb> 28 atoms in block 79
Block first atom: 2404
Blocpdb> 34 atoms in block 80
Block first atom: 2432
Blocpdb> 41 atoms in block 81
Block first atom: 2466
Blocpdb> 39 atoms in block 82
Block first atom: 2507
Blocpdb> 26 atoms in block 83
Block first atom: 2546
Blocpdb> 36 atoms in block 84
Block first atom: 2572
Blocpdb> 26 atoms in block 85
Block first atom: 2608
Blocpdb> 39 atoms in block 86
Block first atom: 2634
Blocpdb> 24 atoms in block 87
Block first atom: 2673
Blocpdb> 30 atoms in block 88
Block first atom: 2697
Blocpdb> 32 atoms in block 89
Block first atom: 2727
Blocpdb> 36 atoms in block 90
Block first atom: 2759
Blocpdb> 26 atoms in block 91
Block first atom: 2795
Blocpdb> 31 atoms in block 92
Block first atom: 2821
Blocpdb> 31 atoms in block 93
Block first atom: 2852
Blocpdb> 33 atoms in block 94
Block first atom: 2883
Blocpdb> 14 atoms in block 95
Block first atom: 2916
Blocpdb> 38 atoms in block 96
Block first atom: 2930
Blocpdb> 28 atoms in block 97
Block first atom: 2968
Blocpdb> 35 atoms in block 98
Block first atom: 2996
Blocpdb> 29 atoms in block 99
Block first atom: 3031
Blocpdb> 28 atoms in block 100
Block first atom: 3060
Blocpdb> 31 atoms in block 101
Block first atom: 3088
Blocpdb> 39 atoms in block 102
Block first atom: 3119
Blocpdb> 31 atoms in block 103
Block first atom: 3158
Blocpdb> 31 atoms in block 104
Block first atom: 3189
Blocpdb> 32 atoms in block 105
Block first atom: 3220
Blocpdb> 43 atoms in block 106
Block first atom: 3252
Blocpdb> 41 atoms in block 107
Block first atom: 3295
Blocpdb> 36 atoms in block 108
Block first atom: 3336
Blocpdb> 38 atoms in block 109
Block first atom: 3372
Blocpdb> 36 atoms in block 110
Block first atom: 3410
Blocpdb> 18 atoms in block 111
Block first atom: 3446
Blocpdb> 36 atoms in block 112
Block first atom: 3464
Blocpdb> 24 atoms in block 113
Block first atom: 3500
Blocpdb> 30 atoms in block 114
Block first atom: 3524
Blocpdb> 24 atoms in block 115
Block first atom: 3554
Blocpdb> 30 atoms in block 116
Block first atom: 3578
Blocpdb> 27 atoms in block 117
Block first atom: 3608
Blocpdb> 36 atoms in block 118
Block first atom: 3635
Blocpdb> 39 atoms in block 119
Block first atom: 3671
Blocpdb> 36 atoms in block 120
Block first atom: 3710
Blocpdb> 27 atoms in block 121
Block first atom: 3746
Blocpdb> 23 atoms in block 122
Block first atom: 3773
Blocpdb> 37 atoms in block 123
Block first atom: 3796
Blocpdb> 31 atoms in block 124
Block first atom: 3833
Blocpdb> 40 atoms in block 125
Block first atom: 3864
Blocpdb> 40 atoms in block 126
Block first atom: 3904
Blocpdb> 25 atoms in block 127
Block first atom: 3944
Blocpdb> 21 atoms in block 128
Block first atom: 3969
Blocpdb> 18 atoms in block 129
Block first atom: 3990
Blocpdb> 30 atoms in block 130
Block first atom: 4008
Blocpdb> 17 atoms in block 131
Block first atom: 4038
Blocpdb> 30 atoms in block 132
Block first atom: 4055
Blocpdb> 40 atoms in block 133
Block first atom: 4085
Blocpdb> 26 atoms in block 134
Block first atom: 4125
Blocpdb> 36 atoms in block 135
Block first atom: 4151
Blocpdb> 36 atoms in block 136
Block first atom: 4187
Blocpdb> 36 atoms in block 137
Block first atom: 4223
Blocpdb> 28 atoms in block 138
Block first atom: 4259
Blocpdb> 31 atoms in block 139
Block first atom: 4287
Blocpdb> 30 atoms in block 140
Block first atom: 4318
Blocpdb> 26 atoms in block 141
Block first atom: 4348
Blocpdb> 27 atoms in block 142
Block first atom: 4374
Blocpdb> 21 atoms in block 143
Block first atom: 4401
Blocpdb> 24 atoms in block 144
Block first atom: 4422
Blocpdb> 31 atoms in block 145
Block first atom: 4446
Blocpdb> 38 atoms in block 146
Block first atom: 4477
Blocpdb> 20 atoms in block 147
Block first atom: 4515
Blocpdb> 17 atoms in block 148
Block first atom: 4535
Blocpdb> 29 atoms in block 149
Block first atom: 4552
Blocpdb> 46 atoms in block 150
Block first atom: 4581
Blocpdb> 30 atoms in block 151
Block first atom: 4627
Blocpdb> 33 atoms in block 152
Block first atom: 4657
Blocpdb> 24 atoms in block 153
Block first atom: 4690
Blocpdb> 31 atoms in block 154
Block first atom: 4714
Blocpdb> 36 atoms in block 155
Block first atom: 4745
Blocpdb> 34 atoms in block 156
Block first atom: 4781
Blocpdb> 33 atoms in block 157
Block first atom: 4815
Blocpdb> 14 atoms in block 158
Block first atom: 4848
Blocpdb> 27 atoms in block 159
Block first atom: 4862
Blocpdb> 24 atoms in block 160
Block first atom: 4889
Blocpdb> 24 atoms in block 161
Block first atom: 4913
Blocpdb> 34 atoms in block 162
Block first atom: 4937
Blocpdb> 34 atoms in block 163
Block first atom: 4971
Blocpdb> 20 atoms in block 164
Block first atom: 5005
Blocpdb> 31 atoms in block 165
Block first atom: 5025
Blocpdb> 38 atoms in block 166
Block first atom: 5056
Blocpdb> 36 atoms in block 167
Block first atom: 5094
Blocpdb> 39 atoms in block 168
Block first atom: 5130
Blocpdb> 41 atoms in block 169
Block first atom: 5169
Blocpdb> 38 atoms in block 170
Block first atom: 5210
Blocpdb> 38 atoms in block 171
Block first atom: 5248
Blocpdb> 26 atoms in block 172
Block first atom: 5286
Blocpdb> 38 atoms in block 173
Block first atom: 5312
Blocpdb> 24 atoms in block 174
Block first atom: 5350
Blocpdb> 30 atoms in block 175
Block first atom: 5374
Blocpdb> 37 atoms in block 176
Block first atom: 5404
Blocpdb> 36 atoms in block 177
Block first atom: 5441
Blocpdb> 34 atoms in block 178
Block first atom: 5477
Blocpdb> 26 atoms in block 179
Block first atom: 5511
Blocpdb> 36 atoms in block 180
Block first atom: 5537
Blocpdb> 34 atoms in block 181
Block first atom: 5573
Blocpdb> 33 atoms in block 182
Block first atom: 5607
Blocpdb> 25 atoms in block 183
Block first atom: 5640
Blocpdb> 25 atoms in block 184
Block first atom: 5665
Blocpdb> 37 atoms in block 185
Block first atom: 5690
Blocpdb> 28 atoms in block 186
Block first atom: 5727
Blocpdb> 38 atoms in block 187
Block first atom: 5755
Blocpdb> 27 atoms in block 188
Block first atom: 5793
Blocpdb> 33 atoms in block 189
Block first atom: 5820
Blocpdb> 30 atoms in block 190
Block first atom: 5853
Blocpdb> 15 atoms in block 191
Block first atom: 5882
Blocpdb> 191 blocks.
Blocpdb> At most, 46 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 14 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 4229138 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 17691
Prepmat> Matrix trace = 9320500.0000
Prepmat> Last element read: 17691 17691 512.4286
Prepmat> 18337 lines saved.
Prepmat> 15955 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 5897
RTB> Total mass = 5897.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 5897
RTB> Number of blocks = 191
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 505766.1001
RTB> 82851 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1146
Diagstd> Nb of non-zero elements: 82851
Diagstd> Projected matrix trace = 505766.1001
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1146 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 505766.1001
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 1.1290875 1.6733715 2.7855959 3.6130433
4.3568261 5.1038974 5.7039193 6.7677244 6.8951865
8.2902498 9.3897563 11.2777470 11.4335170 13.9110145
14.5449272 15.6943918 17.0549236 17.5660932 19.3243084
20.1230237 21.0570339 23.3978052 23.9635400 25.2581218
26.4710173 27.4764636 27.9051528 29.5176128 30.6476828
31.5419350 31.9463200 33.0750532 34.1512670 35.2933903
36.1900949 37.9173082 38.7752978 41.1039313 41.3012129
42.5393338 43.1538760 45.8855550 46.6507226 49.1197712
50.3270808 51.0117263 53.3081957 54.1204312 54.4417844
56.2623707 56.4285047 57.0397797 58.3236528 59.3282633
61.7380919 62.7577464 64.3875384 64.8654605 65.6602525
66.8987182 68.1315267 69.4130792 70.1846101 72.2269539
74.3432063 74.6304648 76.2583526 77.5804959 78.6456274
79.4450365 79.4721336 80.5055587 81.2793819 83.0131773
85.0910325 85.7615908 87.0260969 88.6808129 89.2275639
90.4863298 91.0685180 93.4979061 93.9159704 95.2780251
95.8497418 97.4138735 97.8954714 99.0362396 99.7262736
101.0117927 102.2874327 102.8450706 103.1501958 105.0920517
105.8537097 106.7776284 109.2400227 110.1497809 110.9765361
111.9897828
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034300 0.0034309 0.0034315 0.0034332 0.0034333
0.0034361 115.3875843 140.4725493 181.2401191 206.4105360
226.6628737 245.3275087 259.3474398 282.4988029 285.1466605
312.6648705 332.7533540 364.6753879 367.1852282 405.0183328
414.1436976 430.1971466 448.4563412 455.1272847 477.3613577
487.1266615 498.3034324 525.2702947 531.5826126 545.7525920
558.7024758 569.2141638 573.6374320 589.9781070 601.1655732
609.8730552 613.7700591 624.5188566 634.5979874 645.1221743
653.2661291 668.6733727 676.1963954 696.2047157 697.8734613
708.2565869 713.3541383 735.5856945 741.6934909 761.0679753
770.3643030 775.5865883 792.8522662 798.8696170 801.2378483
814.5247671 815.7264628 820.1328355 829.3114056 836.4232532
853.2413255 860.2584560 871.3571340 874.5850173 879.9268189
888.1865220 896.3329063 904.7236338 909.7377706 922.8793530
936.3019420 938.1091101 948.2852378 956.4704475 963.0139340
967.8959324 968.0609830 974.3347998 979.0062772 989.3929206
1001.6988543 1005.6380431 1013.0246965 1022.6101831 1025.7577296
1032.9677599 1036.2854845 1050.0167393 1052.3616312 1059.9653136
1063.1407233 1071.7800939 1074.4261779 1080.6681480 1084.4263852
1091.3933912 1098.2631690 1101.2527874 1102.8851996 1113.2179888
1117.2447476 1122.1099556 1134.9746750 1139.6909483 1143.9600627
1149.1705332
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 5897
Rtb_to_modes> Number of blocs = 191
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.28
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.0
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1146 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 0.99999 1.00003 0.99997 0.99996
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1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001 1.00002 1.00003 0.99999 1.00002
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1.00002 1.00001 1.00002 0.99999 1.00001
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0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000
1.00001 1.00000 1.00003 1.00004 1.00003
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1.00003 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 106146 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
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1.00002 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000
1.00001 1.00002 1.00003 0.99999 1.00002
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1.00002 1.00001 1.00002 0.99999 1.00001
1.00000 1.00000 1.00002 0.99998 1.00004
0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001
1.00000 1.00003 1.00002 0.99998 1.00003
0.99999 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000
1.00001 1.00000 1.00003 1.00004 1.00003
1.00000 0.99997 1.00001 0.99999 0.99999
1.00000 1.00002 1.00003 1.00000 1.00000
1.00003 0.99999 1.00001 1.00000 1.00002
0.99997 1.00000 0.99998 1.00000 0.99999
1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000
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1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 0.99998
1.00003 1.00000 1.00000 0.99998 1.00000
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2608020348212097225.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2608020348212097225.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2608020348212097225.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2608020348212097225.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 380
First residue number = 1
Last residue number = 380
Number of atoms found = 5897
Mean number per residue = 15.5
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9769E-10
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 83.01
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.0
Bfactors> 106 vectors, 17691 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.129000
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.012 +/- 0.03
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.012
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2608020348212097225.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2608020348212097225.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4298E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4307E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4313E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4359E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 115.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 140.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 181.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 206.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 226.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 245.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 285.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 312.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 332.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 367.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 414.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 430.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 448.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 455.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 477.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 487.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 498.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 531.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 558.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 569.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 609.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.5
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 634.6
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 645.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 653.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 668.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 697.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 708.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 713.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 741.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 761.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 770.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 775.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 792.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 798.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 801.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 814.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 815.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 820.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 829.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 836.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 853.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 860.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 871.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 874.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 879.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 888.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 896.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 904.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 909.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 922.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 936.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 938.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 948.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 956.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 963.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 967.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 968.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 974.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 979.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 989.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1002.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1006.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1013.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1023.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1026.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1033.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1036.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1050.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1052.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1060.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1063.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1072.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1074.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1081.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1084.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1091.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1098.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1101.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1103.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1113.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1117.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1122.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1135.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1139.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1144.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1149.
Chkmod> 106 vectors, 17691 coordinates in file.
Chkmod> That is: 5897 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7604
0.0034 0.7676
0.0034 0.7685
0.0034 0.7243
0.0034 0.8973
0.0034 0.7184
115.3782 0.0626
140.4509 0.1167
181.2455 0.2478
206.4004 0.1791
226.6577 0.0845
245.3194 0.2358
259.3381 0.1356
282.4924 0.2699
285.1306 0.1643
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332.7434 0.5143
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Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m35.627s
user 0m35.224s
sys 0m0.369s
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