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* CYTOKINE 2025-09-22 *

LOGs for ID: 2608031212152343365

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2608031212152343365.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2608031212152343365.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2608031212152343365.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =    213
            First residue number     =     42
            Last  residue number     =    153
            Number of atoms found    =   3461
            Mean number per residue  =     16.2

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =   -22.272391 +/-     8.085655 From:   -41.951000 To:    -2.425000
 =     4.242451 +/-     8.322067 From:   -22.950000 To:    25.835000
 =   -31.550355 +/-    15.864175 From:   -64.114000 To:    -2.044000
 Pdbmat> Masses are all set to one.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is   4.3107 % Filled.
 Pdbmat>      2323820  non-zero elements.
 Pdbmat>       255941 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=    147.90 +/-     48.67
         Maximum number =    244
         Minimum number =     19

 Pdbmat> Matrix trace   = 5.118820E+06
 Pdbmat> Larger element =  895.527    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
213 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2608031212152343365.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          2
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2608031212152343365.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2608031212152343365.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>  3461 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     2 residue(s) per block.
 Blocpdb>   213 residues.
 Blocpdb>    39 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    30 atoms in block      2
 Block first atom:     40
 Blocpdb>    33 atoms in block      3
 Block first atom:     70
 Blocpdb>    33 atoms in block      4
 Block first atom:    103
 Blocpdb>    33 atoms in block      5
 Block first atom:    136
 Blocpdb>    31 atoms in block      6
 Block first atom:    169
 Blocpdb>    38 atoms in block      7
 Block first atom:    200
 Blocpdb>    28 atoms in block      8
 Block first atom:    238
 Blocpdb>    28 atoms in block      9
 Block first atom:    266
 Blocpdb>    15 atoms in block     10
 Block first atom:    294
 Blocpdb>    34 atoms in block     11
 Block first atom:    309
 Blocpdb>    35 atoms in block     12
 Block first atom:    343
 Blocpdb>    35 atoms in block     13
 Block first atom:    378
 Blocpdb>    25 atoms in block     14
 Block first atom:    413
 Blocpdb>    38 atoms in block     15
 Block first atom:    438
 Blocpdb>    33 atoms in block     16
 Block first atom:    476
 Blocpdb>    41 atoms in block     17
 Block first atom:    509
 Blocpdb>    29 atoms in block     18
 Block first atom:    550
 Blocpdb>    26 atoms in block     19
 Block first atom:    579
 Blocpdb>    39 atoms in block     20
 Block first atom:    605
 Blocpdb>    35 atoms in block     21
 Block first atom:    644
 Blocpdb>    34 atoms in block     22
 Block first atom:    679
 Blocpdb>    43 atoms in block     23
 Block first atom:    713
 Blocpdb>    25 atoms in block     24
 Block first atom:    756
 Blocpdb>    32 atoms in block     25
 Block first atom:    781
 Blocpdb>    41 atoms in block     26
 Block first atom:    813
 Blocpdb>    26 atoms in block     27
 Block first atom:    854
 Blocpdb>    29 atoms in block     28
 Block first atom:    880
 Blocpdb>    24 atoms in block     29
 Block first atom:    909
 Blocpdb>    19 atoms in block     30
 Block first atom:    933
 Blocpdb>    30 atoms in block     31
 Block first atom:    952
 Blocpdb>    33 atoms in block     32
 Block first atom:    982
 Blocpdb>    34 atoms in block     33
 Block first atom:   1015
 Blocpdb>    25 atoms in block     34
 Block first atom:   1049
 Blocpdb>    30 atoms in block     35
 Block first atom:   1074
 Blocpdb>    36 atoms in block     36
 Block first atom:   1104
 Blocpdb>    32 atoms in block     37
 Block first atom:   1140
 Blocpdb>    38 atoms in block     38
 Block first atom:   1172
 Blocpdb>    35 atoms in block     39
 Block first atom:   1210
 Blocpdb>    48 atoms in block     40
 Block first atom:   1245
 Blocpdb>    29 atoms in block     41
 Block first atom:   1293
 Blocpdb>    31 atoms in block     42
 Block first atom:   1322
 Blocpdb>    25 atoms in block     43
 Block first atom:   1353
 Blocpdb>    25 atoms in block     44
 Block first atom:   1378
 Blocpdb>    44 atoms in block     45
 Block first atom:   1403
 Blocpdb>    34 atoms in block     46
 Block first atom:   1447
 Blocpdb>    41 atoms in block     47
 Block first atom:   1481
 Blocpdb>    35 atoms in block     48
 Block first atom:   1522
 Blocpdb>    27 atoms in block     49
 Block first atom:   1557
 Blocpdb>    17 atoms in block     50
 Block first atom:   1584
 Blocpdb>    24 atoms in block     51
 Block first atom:   1601
 Blocpdb>    30 atoms in block     52
 Block first atom:   1625
 Blocpdb>    33 atoms in block     53
 Block first atom:   1655
 Blocpdb>    33 atoms in block     54
 Block first atom:   1688
 Blocpdb>    18 atoms in block     55
 Block first atom:   1721
 Blocpdb>    35 atoms in block     56
 Block first atom:   1739
 Blocpdb>    38 atoms in block     57
 Block first atom:   1774
 Blocpdb>    33 atoms in block     58
 Block first atom:   1812
 Blocpdb>    30 atoms in block     59
 Block first atom:   1845
 Blocpdb>    33 atoms in block     60
 Block first atom:   1875
 Blocpdb>    36 atoms in block     61
 Block first atom:   1908
 Blocpdb>    38 atoms in block     62
 Block first atom:   1944
 Blocpdb>    15 atoms in block     63
 Block first atom:   1982
 Blocpdb>    24 atoms in block     64
 Block first atom:   1997
 Blocpdb>    42 atoms in block     65
 Block first atom:   2021
 Blocpdb>    38 atoms in block     66
 Block first atom:   2063
 Blocpdb>    25 atoms in block     67
 Block first atom:   2101
 Blocpdb>    25 atoms in block     68
 Block first atom:   2126
 Blocpdb>    38 atoms in block     69
 Block first atom:   2151
 Blocpdb>    36 atoms in block     70
 Block first atom:   2189
 Blocpdb>    38 atoms in block     71
 Block first atom:   2225
 Blocpdb>    27 atoms in block     72
 Block first atom:   2263
 Blocpdb>    29 atoms in block     73
 Block first atom:   2290
 Blocpdb>    45 atoms in block     74
 Block first atom:   2319
 Blocpdb>    25 atoms in block     75
 Block first atom:   2364
 Blocpdb>    35 atoms in block     76
 Block first atom:   2389
 Blocpdb>    39 atoms in block     77
 Block first atom:   2424
 Blocpdb>    32 atoms in block     78
 Block first atom:   2463
 Blocpdb>    34 atoms in block     79
 Block first atom:   2495
 Blocpdb>    36 atoms in block     80
 Block first atom:   2529
 Blocpdb>    17 atoms in block     81
 Block first atom:   2565
 Blocpdb>    33 atoms in block     82
 Block first atom:   2582
 Blocpdb>    22 atoms in block     83
 Block first atom:   2615
 Blocpdb>    21 atoms in block     84
 Block first atom:   2637
 Blocpdb>    28 atoms in block     85
 Block first atom:   2658
 Blocpdb>    38 atoms in block     86
 Block first atom:   2686
 Blocpdb>    31 atoms in block     87
 Block first atom:   2724
 Blocpdb>    27 atoms in block     88
 Block first atom:   2755
 Blocpdb>    33 atoms in block     89
 Block first atom:   2782
 Blocpdb>    47 atoms in block     90
 Block first atom:   2815
 Blocpdb>    34 atoms in block     91
 Block first atom:   2862
 Blocpdb>    35 atoms in block     92
 Block first atom:   2896
 Blocpdb>    43 atoms in block     93
 Block first atom:   2931
 Blocpdb>    39 atoms in block     94
 Block first atom:   2974
 Blocpdb>    28 atoms in block     95
 Block first atom:   3013
 Blocpdb>    28 atoms in block     96
 Block first atom:   3041
 Blocpdb>    28 atoms in block     97
 Block first atom:   3069
 Blocpdb>    31 atoms in block     98
 Block first atom:   3097
 Blocpdb>    43 atoms in block     99
 Block first atom:   3128
 Blocpdb>    48 atoms in block    100
 Block first atom:   3171
 Blocpdb>    38 atoms in block    101
 Block first atom:   3219
 Blocpdb>    34 atoms in block    102
 Block first atom:   3257
 Blocpdb>    23 atoms in block    103
 Block first atom:   3291
 Blocpdb>    24 atoms in block    104
 Block first atom:   3314
 Blocpdb>    26 atoms in block    105
 Block first atom:   3338
 Blocpdb>    28 atoms in block    106
 Block first atom:   3364
 Blocpdb>    35 atoms in block    107
 Block first atom:   3392
 Blocpdb>    35 atoms in block    108
 Block first atom:   3426

 Blocpdb>   108 blocks.

 Blocpdb> At most,     48 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,    15 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>      2323928 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =      10383

 Prepmat> Matrix trace    =    5118820.0000
 Prepmat> Last element read:   10383  10383        44.9447
 Prepmat>         5887 lines saved.
 Prepmat>         4722 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:  3461
 RTB> Total mass =        3461.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:  3461
 RTB> Number of blocks =   108
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =  261808.5115
 RTB>     40284 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      648
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    40284
 Diagstd> Projected matrix trace =  261808.5115

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    648 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues = 261808.5115
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.9640300      1.6754447      2.5738848      3.4843643
      4.6744577      6.7381111      7.6026710     10.2256034     11.0680350
     13.9349240     15.2255119     16.3700143     16.8436246     18.6086716
     20.0512418     21.7953667     24.5650331     25.4287276     27.4811467
     28.3810732     29.8471970     32.4774034     32.7136585     34.4360242
     36.7861173     39.9723599     40.4985745     41.7545944     44.1608064
     45.4541175     45.9831084     49.2895771     49.4583864     53.2998697
     53.4412394     55.2035869     56.2786847     59.1286342     59.3081677
     60.0106815     61.2568622     63.0540173     64.3657037     64.6920545
     65.6965988     66.6738497     69.9369314     72.1170681     72.1919500
     74.1426663     75.1238111     75.9651168     77.5214003     79.0203691
     81.6113989     82.7767028     83.9364816     85.9810293     87.5622007
     89.4305934     89.9786172     92.9590664     94.6667933     95.3719785
     97.0969209     98.9373664    100.5465126    102.1038996    102.9898392
    103.5906407    108.7981098    109.4134975    109.6898088    112.9199523
    113.3379027    116.1527090    116.3984462    117.8928798    119.1180245
    119.8392844    121.9167179    123.9057806    124.6327894    126.3947750
    128.7166240    129.9087935    131.1682350    134.2080635    135.4706760
    137.1996071    137.5614994    140.0855870    142.1670478    144.1643575
    144.9310650    146.0504237    146.9674108    150.3854508    150.9160282
    151.6544199

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034314      0.0034324      0.0034331      0.0034340      0.0034345
      0.0034367    106.6204622    140.5595403    174.2167196    202.7015454
    234.7798911    281.8800647    299.4183269    347.2479991    361.2688709
    405.3662455    423.7222132    439.3592855    445.6696473    468.4389148
    486.2570570    506.9642913    538.2127195    547.5926306    569.2626703
    578.5084234    593.2627167    618.8507619    621.0975816    637.2381711
    658.6235509    686.5547479    691.0590341    701.6934375    721.6286677
    732.1193667    736.3672128    762.3823375    763.6867435    792.7903474
    793.8410286    806.8242241    814.6428489    835.0148594    836.2815850
    841.2199422    849.9094416    862.2866472    871.2093772    873.4152129
    880.1703275    886.6925227    908.1311374    922.1770532    922.6556948
    935.0382568    941.2046982    946.4602634    956.1060903    965.3055591
    981.0038037    987.9827048    994.8799087   1006.9237861   1016.1401561
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   1337.2814376

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =   3461
 Rtb_to_modes> Number of blocs =    108

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9852E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9912E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9948E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0000E-09

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0016E-09

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.675    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.574    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.484    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.674    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.738    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.603    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.23    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.07    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   13.93    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.37    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.84    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.61    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.05    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   34.44    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.97    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.50    

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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.30    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.44    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   55.20    

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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.01    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   64.37    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   64.69    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   65.70    

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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   69.94    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   72.12    

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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   74.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   75.12    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   75.97    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   77.52    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   79.02    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   81.61    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   82.78    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   83.94    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   85.98    

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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   89.98    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   92.96    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   94.67    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   95.37    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   97.10    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   98.94    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   100.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   102.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   103.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   103.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   108.8    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   109.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   109.7    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   112.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   113.3    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   116.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   119.8    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   121.9    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   123.9    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   124.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   126.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   131.2    

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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
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 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   142.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   144.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   146.1    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   147.0    

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 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   150.4    

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 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   151.7    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    648 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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 1.00000

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    62298 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
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 0.99999 1.00002 1.00003 0.99997 0.99998
 1.00000

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2: 0.000
 Vector   3: 0.000 0.000
 Vector   4: 0.000-0.000 0.000
 Vector   5:-0.000-0.000 0.000 0.000
 Vector   6:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector   7:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector   8: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
 Vector   9: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector  10: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2608031212152343365.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2608031212152343365.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2608031212152343365.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2608031212152343365.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =    213
            First residue number     =     42
            Last  residue number     =    153
            Number of atoms found    =   3461
            Mean number per residue  =     16.2

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9852E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9912E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9948E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0000E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0016E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.9640    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.675    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.574    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.484    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.674    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.738    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.603    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.37    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.84    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.61    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.80    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.43    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.85    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.48    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   34.44    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.50    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.75    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.16    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.45    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.29    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.46    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.44    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   55.20    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.28    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.31    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   64.37    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   64.69    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   65.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.67    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   69.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   72.12    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   72.19    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   74.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   75.12    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   75.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   77.52    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   79.02    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   81.61    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   82.78    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   83.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   85.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   87.56    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   89.43    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   89.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   92.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   94.67    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   95.37    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   97.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   98.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   100.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   102.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   103.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   103.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   108.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   109.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   109.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   112.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   113.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   116.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   116.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   117.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   119.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   119.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   121.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   123.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   124.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   126.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   128.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   129.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   131.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   134.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   135.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   137.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   137.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   140.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   142.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   144.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   144.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   146.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   147.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   150.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   150.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   151.7    

 Bfactors>  106 vectors,  10383 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     0.964000
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Correlation=      0.414 for    217 C-alpha atoms.
 Bfactors> =      0.016 +/-   0.05
 Bfactors> =     36.898 +/-   9.37
 Bfactors> Shiftng-fct=     36.882
 Bfactors> Scaling-fct=    172.727

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2608031212152343365.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2608031212152343365.eigenfacs                                   

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4313E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4323E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4329E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4343E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4366E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   106.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   140.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   174.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   202.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   234.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   281.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   299.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   347.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   361.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   405.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   423.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   439.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   445.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   468.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   486.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   507.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   538.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   547.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   569.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   578.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   593.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   618.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   621.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   637.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   658.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   686.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   691.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   701.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   721.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   732.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   736.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   762.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   763.7    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1137.    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1274.    

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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1304.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1307.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1313.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1317.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1332.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1334.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1337.    

 Chkmod>  106 vectors,  10383 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:   3461 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector     8 is:   0.9999 (instead of 1.0000). 

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.7229
      0.0034      0.7417
      0.0034      0.8612
      0.0034      0.7006
      0.0034      0.8482
      0.0034      0.8271
    106.6142      0.0185
    140.5349      0.0352
    174.2131      0.3186
    202.6822      0.5265
    234.7583      0.0853
    281.8656      0.1095
    299.4120      0.6310
    347.3077      0.0115
    361.2854      0.0357
    405.2772      0.4598
    423.7665      0.1748
    439.3402      0.4798
    445.6026      0.6417
    468.4355      0.4476
    486.2211      0.2871
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    618.8489      0.4780
    621.0362      0.3234
    637.2476      0.3971
    658.6300      0.3715
    686.5050      0.3269
    691.0415      0.2901
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    721.5911      0.3204
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    763.6664      0.2868
    792.7573      0.3195
    793.7977      0.1278
    806.7634      0.4515
    814.6174      0.2143
    834.9887      0.3646
    836.2586      0.3810
    841.1791      0.3354
    849.8947      0.2107
    862.2222      0.1791
    871.2011      0.4027
    873.3639      0.5104
    880.1553      0.2943
    886.6289      0.4408
    908.1121      0.3894
    922.1562      0.3073
    922.6036      0.4824
    934.9813      0.3970
    941.1404      0.4440
    946.4501      0.5127
    956.0564      0.3637
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   1006.8745      0.5475
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   1026.8766      0.4071
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   1307.1061      0.4789
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   1331.6821      0.4027
   1333.8938      0.4967
   1337.4250      0.4650
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2608031212152343365 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2608031212152343365.eigenfacs
2608031212152343365.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2608031212152343365.eigenfacs
2608031212152343365.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2608031212152343365.eigenfacs
2608031212152343365.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2608031212152343365.eigenfacs
2608031212152343365.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2608031212152343365.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=0
2608031212152343365.eigenfacs
2608031212152343365.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2608031212152343365.eigenfacs
2608031212152343365.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2608031212152343365.eigenfacs
2608031212152343365.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2608031212152343365.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=80
2608031212152343365.eigenfacs
2608031212152343365.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2608031212152343365.eigenfacs
2608031212152343365.atom
making animated gifs
11 models are in 2608031212152343365.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608031212152343365.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608031212152343365.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2608031212152343365 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=20
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11 models are in 2608031212152343365.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608031212152343365.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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11 models are in 2608031212152343365.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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getting mode 9
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generate a series of perturbations for mode 9
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608031212152343365.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608031212152343365.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
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normal mode computation
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making animated gifs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608031212152343365.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608031212152343365.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
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normal mode computation
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MODEL 7 will be plotted
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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2608031212152343365.11.pdb
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2608031212152343365.8.pdb
2608031212152343365.9.pdb



STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m12.173s
user	0m11.963s
sys	0m0.201s
rm: cannot remove '2608031212152343365.sdijf': No such file or directory
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
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