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* CYTOKINE 2024-10-21 *

LOGs for ID: 2608031212472344273

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2608031212472344273.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2608031212472344273.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2608031212472344273.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =    215
            First residue number     =     42
            Last  residue number     =     65
            Number of atoms found    =   3444
            Mean number per residue  =     16.0

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =   -22.567874 +/-     8.291779 From:   -40.251000 To:    -1.247000
 =     4.214565 +/-     8.836357 From:   -26.360000 To:    34.817000
 =   -32.101052 +/-    16.110850 From:   -65.141000 To:    -1.999000
 Pdbmat> Masses are all set to one.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is   4.2071 % Filled.
 Pdbmat>      2245779  non-zero elements.
 Pdbmat>       247275 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=    143.60 +/-     48.31
         Maximum number =    241
         Minimum number =     30

 Pdbmat> Matrix trace   = 4.945500E+06
 Pdbmat> Larger element =  852.324    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
215 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2608031212472344273.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          2
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2608031212472344273.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2608031212472344273.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>  3444 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     2 residue(s) per block.
 Blocpdb>   215 residues.
 Blocpdb>    39 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    30 atoms in block      2
 Block first atom:     40
 Blocpdb>    33 atoms in block      3
 Block first atom:     70
 Blocpdb>    33 atoms in block      4
 Block first atom:    103
 Blocpdb>    33 atoms in block      5
 Block first atom:    136
 Blocpdb>    31 atoms in block      6
 Block first atom:    169
 Blocpdb>    38 atoms in block      7
 Block first atom:    200
 Blocpdb>    14 atoms in block      8
 Block first atom:    238
 Blocpdb>    42 atoms in block      9
 Block first atom:    252
 Blocpdb>    38 atoms in block     10
 Block first atom:    294
 Blocpdb>    25 atoms in block     11
 Block first atom:    332
 Blocpdb>    25 atoms in block     12
 Block first atom:    357
 Blocpdb>    38 atoms in block     13
 Block first atom:    382
 Blocpdb>    36 atoms in block     14
 Block first atom:    420
 Blocpdb>    38 atoms in block     15
 Block first atom:    456
 Blocpdb>    27 atoms in block     16
 Block first atom:    494
 Blocpdb>    29 atoms in block     17
 Block first atom:    521
 Blocpdb>    24 atoms in block     18
 Block first atom:    550
 Blocpdb>    25 atoms in block     19
 Block first atom:    574
 Blocpdb>    35 atoms in block     20
 Block first atom:    599
 Blocpdb>    39 atoms in block     21
 Block first atom:    634
 Blocpdb>    32 atoms in block     22
 Block first atom:    673
 Blocpdb>    34 atoms in block     23
 Block first atom:    705
 Blocpdb>    36 atoms in block     24
 Block first atom:    739
 Blocpdb>    17 atoms in block     25
 Block first atom:    775
 Blocpdb>    33 atoms in block     26
 Block first atom:    792
 Blocpdb>    10 atoms in block     27
 Block first atom:    825
 Blocpdb>    21 atoms in block     28
 Block first atom:    835
 Blocpdb>    28 atoms in block     29
 Block first atom:    856
 Blocpdb>    38 atoms in block     30
 Block first atom:    884
 Blocpdb>    31 atoms in block     31
 Block first atom:    922
 Blocpdb>    27 atoms in block     32
 Block first atom:    953
 Blocpdb>    33 atoms in block     33
 Block first atom:    980
 Blocpdb>    34 atoms in block     34
 Block first atom:   1013
 Blocpdb>    34 atoms in block     35
 Block first atom:   1047
 Blocpdb>    35 atoms in block     36
 Block first atom:   1081
 Blocpdb>    43 atoms in block     37
 Block first atom:   1116
 Blocpdb>    39 atoms in block     38
 Block first atom:   1159
 Blocpdb>    28 atoms in block     39
 Block first atom:   1198
 Blocpdb>    28 atoms in block     40
 Block first atom:   1226
 Blocpdb>    28 atoms in block     41
 Block first atom:   1254
 Blocpdb>    31 atoms in block     42
 Block first atom:   1282
 Blocpdb>    43 atoms in block     43
 Block first atom:   1313
 Blocpdb>    37 atoms in block     44
 Block first atom:   1356
 Blocpdb>    38 atoms in block     45
 Block first atom:   1393
 Blocpdb>    27 atoms in block     46
 Block first atom:   1431
 Blocpdb>    23 atoms in block     47
 Block first atom:   1458
 Blocpdb>    24 atoms in block     48
 Block first atom:   1481
 Blocpdb>    26 atoms in block     49
 Block first atom:   1505
 Blocpdb>    28 atoms in block     50
 Block first atom:   1531
 Blocpdb>    35 atoms in block     51
 Block first atom:   1559
 Blocpdb>    34 atoms in block     52
 Block first atom:   1594
 Blocpdb>    27 atoms in block     53
 Block first atom:   1628
 Blocpdb>    12 atoms in block     54
 Block first atom:   1655
 Blocpdb>    15 atoms in block     55
 Block first atom:   1667
 Blocpdb>    24 atoms in block     56
 Block first atom:   1682
 Blocpdb>    21 atoms in block     57
 Block first atom:   1706
 Blocpdb>    34 atoms in block     58
 Block first atom:   1727
 Blocpdb>    38 atoms in block     59
 Block first atom:   1761
 Blocpdb>    33 atoms in block     60
 Block first atom:   1799
 Blocpdb>    30 atoms in block     61
 Block first atom:   1832
 Blocpdb>    33 atoms in block     62
 Block first atom:   1862
 Blocpdb>    36 atoms in block     63
 Block first atom:   1895
 Blocpdb>    39 atoms in block     64
 Block first atom:   1931
 Blocpdb>    12 atoms in block     65
 Block first atom:   1970
 Blocpdb>    42 atoms in block     66
 Block first atom:   1982
 Blocpdb>    38 atoms in block     67
 Block first atom:   2024
 Blocpdb>    25 atoms in block     68
 Block first atom:   2062
 Blocpdb>    25 atoms in block     69
 Block first atom:   2087
 Blocpdb>    38 atoms in block     70
 Block first atom:   2112
 Blocpdb>    36 atoms in block     71
 Block first atom:   2150
 Blocpdb>    38 atoms in block     72
 Block first atom:   2186
 Blocpdb>    27 atoms in block     73
 Block first atom:   2224
 Blocpdb>    29 atoms in block     74
 Block first atom:   2251
 Blocpdb>    45 atoms in block     75
 Block first atom:   2280
 Blocpdb>    25 atoms in block     76
 Block first atom:   2325
 Blocpdb>    35 atoms in block     77
 Block first atom:   2350
 Blocpdb>    39 atoms in block     78
 Block first atom:   2385
 Blocpdb>    32 atoms in block     79
 Block first atom:   2424
 Blocpdb>    34 atoms in block     80
 Block first atom:   2456
 Blocpdb>    36 atoms in block     81
 Block first atom:   2490
 Blocpdb>    17 atoms in block     82
 Block first atom:   2526
 Blocpdb>    33 atoms in block     83
 Block first atom:   2543
 Blocpdb>    22 atoms in block     84
 Block first atom:   2576
 Blocpdb>    21 atoms in block     85
 Block first atom:   2598
 Blocpdb>    28 atoms in block     86
 Block first atom:   2619
 Blocpdb>    38 atoms in block     87
 Block first atom:   2647
 Blocpdb>    31 atoms in block     88
 Block first atom:   2685
 Blocpdb>    27 atoms in block     89
 Block first atom:   2716
 Blocpdb>    33 atoms in block     90
 Block first atom:   2743
 Blocpdb>    34 atoms in block     91
 Block first atom:   2776
 Blocpdb>    34 atoms in block     92
 Block first atom:   2810
 Blocpdb>    35 atoms in block     93
 Block first atom:   2844
 Blocpdb>    43 atoms in block     94
 Block first atom:   2879
 Blocpdb>    39 atoms in block     95
 Block first atom:   2922
 Blocpdb>    28 atoms in block     96
 Block first atom:   2961
 Blocpdb>    28 atoms in block     97
 Block first atom:   2989
 Blocpdb>    28 atoms in block     98
 Block first atom:   3017
 Blocpdb>    31 atoms in block     99
 Block first atom:   3045
 Blocpdb>    43 atoms in block    100
 Block first atom:   3076
 Blocpdb>    37 atoms in block    101
 Block first atom:   3119
 Blocpdb>    38 atoms in block    102
 Block first atom:   3156
 Blocpdb>    27 atoms in block    103
 Block first atom:   3194
 Blocpdb>    23 atoms in block    104
 Block first atom:   3221
 Blocpdb>    24 atoms in block    105
 Block first atom:   3244
 Blocpdb>    26 atoms in block    106
 Block first atom:   3268
 Blocpdb>    28 atoms in block    107
 Block first atom:   3294
 Blocpdb>    33 atoms in block    108
 Block first atom:   3322
 Blocpdb>    17 atoms in block    109
 Block first atom:   3355
 Blocpdb>    11 atoms in block    110
 Block first atom:   3372
 Blocpdb>    19 atoms in block    111
 Block first atom:   3383
 Blocpdb>    16 atoms in block    112
 Block first atom:   3402
 Blocpdb>    15 atoms in block    113
 Block first atom:   3418
 Blocpdb>    12 atoms in block    114
 Block first atom:   3432

 Blocpdb>   114 blocks.

 Blocpdb> At most,     45 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,    10 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>      2245893 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =      10332

 Prepmat> Matrix trace    =    4945500.0000
 Prepmat> Last element read:   10332  10332       334.7020
 Prepmat>         6556 lines saved.
 Prepmat>         5354 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:  3444
 RTB> Total mass =        3444.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:  3444
 RTB> Number of blocks =   114
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =  266382.5037
 RTB>     41526 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      684
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    41526
 Diagstd> Projected matrix trace =  266382.5037

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    684 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues = 266382.5037
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      0.3186340      0.4346021      1.0870944      1.2352984
      2.8133840      2.9974998      3.5378680      4.1881535      6.9555429
      9.2504215     11.2568719     12.1456801     13.6709885     14.5517656
     15.0829110     16.2616764     18.9859421     20.1065877     20.5398516
     21.0665397     23.1186478     24.6682286     27.0049837     28.9686066
     30.1830904     31.8363575     33.1384732     33.8640956     34.8016942
     35.0131534     37.3352190     38.3929003     38.9626803     39.8989985
     40.8308415     42.2287871     45.2917215     47.3667631     48.2464022
     50.1598980     52.1665635     52.6090885     55.4324865     56.2418812
     56.6454793     57.3419890     57.5409516     59.7856237     60.1669730
     61.0635852     61.9388154     63.2750310     63.6950778     65.5722812
     65.9178425     66.3181205     67.3856937     68.9100768     71.3838065
     73.0738907     73.1542578     76.1899558     77.3029248     78.3513056
     78.4899745     80.8293572     81.0003101     82.7252679     84.6518339
     85.3541115     89.6984565     90.3880079     91.0620835     91.4536819
     92.5217234     93.3044076     95.1293296     97.3405012     99.0145464
     99.6880518    101.3350710    102.2365158    103.4044824    104.0510515
    106.5848621    108.2561547    108.9963835    110.2616540    111.9999606
    113.0525183    114.4095531    115.1334711    116.0969083    117.1381448
    119.1437351    119.9535981    120.3691015    121.1778437    121.4651969
    122.8516818

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034315      0.0034316      0.0034322      0.0034327      0.0034348
      0.0034349     61.2973019     71.5881598    113.2214989    120.6927587
    182.1418685    188.0073651    204.2518929    222.2319898    286.3919431
    330.2752591    364.3377251    378.4479864    401.5089575    414.2410422
    421.7332717    437.9030172    473.1636315    486.9276831    492.1459679
    498.4158945    522.1274124    539.3420266    564.3093416    584.4657727
    596.5915981    612.7128191    625.1173136    631.9242489    640.6125961
    642.5558673    663.5209381    672.8538486    677.8282936    685.9244407
    693.8881098    705.6666354    730.8103586    747.3639306    754.2715838
    769.0836924    784.3165774    787.6362010    808.4952265    814.3764374
    817.2932424    822.3025875    823.7279458    839.6410488    842.3146641
    848.5675696    854.6272336    863.7965466    866.6589305    879.3371602
    881.6511384    884.3239459    891.4133465    901.4396306    917.4768852
    928.2744479    928.7847683    947.8598793    954.7578623    961.2102626
    962.0604789    976.2922523    977.3241290    987.6757058    999.1103684
   1003.2461531   1028.4608525   1032.4063991   1036.2488737   1038.4745976
   1044.5209071   1048.9296460   1059.1378739   1071.3763844   1080.5497855
   1084.2185529   1093.1384448   1097.9897866   1104.2437832   1107.6907193
   1121.0966222   1129.8520517   1133.7082957   1140.2695626   1149.2227513
   1154.6102289   1161.5192850   1165.1882043   1170.0531967   1175.2884033
   1185.3070999   1189.3287576   1191.3868153   1195.3824911   1196.7989775
   1203.6101274

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =   3444
 Rtb_to_modes> Number of blocs =    114

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9854E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9862E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9896E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9926E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0005E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0006E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.3186    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  0.4346    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.087    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.235    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.813    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.997    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   3.538    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.188    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.956    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    16
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.250    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.26    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    18
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   12.15    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   13.67    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.55    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    21
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.08    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    22
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.26    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    23
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.99    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    24
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.11    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    25
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.54    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    26
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.07    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    27
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.12    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    28
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   24.67    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   27.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.97    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.18    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   31.84    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.14    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.86    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   34.80    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    36
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.01    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    37
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.34    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    38
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.96    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.90    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.83    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    42
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.23    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.29    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.37    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    45
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.25    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    46
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.16    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    47
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.17    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    48
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.61    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   55.43    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.24    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    51
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.34    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.54    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.79    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.17    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.06    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.94    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.28    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   65.57    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   65.92    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   66.32    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   67.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   68.91    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   71.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   73.07    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   73.15    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   76.19    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   77.30    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   78.35    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   78.49    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   80.83    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   81.00    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   82.73    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   84.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   85.35    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   89.70    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   90.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   91.06    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   91.45    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   92.52    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   93.30    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   95.13    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   97.34    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   99.01    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   99.69    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   101.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   102.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   103.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   104.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   106.6    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   108.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   109.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   110.3    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   112.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   113.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   114.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   115.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   116.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   117.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   119.1    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   120.0    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   120.4    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   121.2    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   121.5    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   122.9    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    684 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 0.99997
 1.00001 0.99998 0.99993 0.99997 1.00002
 1.00000 1.00000 1.00002 0.99997 0.99998
 1.00000 1.00003 0.99997 1.00000 1.00003
 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 0.99999
 1.00003 1.00002 1.00001 0.99999 0.99998
 1.00000 1.00002 0.99999 1.00005 0.99999
 1.00002 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000
 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999 0.99999
 1.00000 1.00001 1.00000 0.99997 0.99999
 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00003
 1.00002 1.00001 1.00002 0.99997 1.00001
 1.00000 1.00003 1.00000 1.00000 1.00002
 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001
 1.00002 0.99999 1.00001 0.99997 1.00000
 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00001
 1.00001 0.99997 1.00003 1.00001 1.00002
 1.00001 0.99997 1.00000 1.00001 1.00001
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 0.99999 1.00001 1.00001 1.00004 1.00001
 1.00000

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    61992 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 0.99999 0.99998 0.99999 1.00000 0.99997
 1.00001 0.99998 0.99993 0.99997 1.00002
 1.00000 1.00000 1.00002 0.99997 0.99998
 1.00000 1.00003 0.99997 1.00000 1.00003
 1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 0.99999
 1.00003 1.00002 1.00001 0.99999 0.99998
 1.00000 1.00002 0.99999 1.00005 0.99999
 1.00002 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000
 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999 0.99999
 1.00000 1.00001 1.00000 0.99997 0.99999
 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 1.00003
 1.00002 1.00001 1.00002 0.99997 1.00001
 1.00000 1.00003 1.00000 1.00000 1.00002
 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001
 1.00002 0.99999 1.00001 0.99997 1.00000
 0.99999 1.00000 0.99998 1.00000 1.00001
 1.00001 0.99997 1.00003 1.00001 1.00002
 1.00001 0.99997 1.00000 1.00001 1.00001
 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998
 1.00000 1.00005 1.00003 1.00001 1.00000
 0.99999 1.00001 1.00001 1.00004 1.00001
 1.00000

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2: 0.000
 Vector   3: 0.000 0.000
 Vector   4:-0.000-0.000-0.000
 Vector   5: 0.000 0.000 0.000-0.000
 Vector   6:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
 Vector   7:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
 Vector   8:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
 Vector   9: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector  10:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2608031212472344273.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2608031212472344273.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2608031212472344273.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2608031212472344273.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =    215
            First residue number     =     42
            Last  residue number     =     65
            Number of atoms found    =   3444
            Mean number per residue  =     16.0

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9854E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9862E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9896E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9926E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0005E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0006E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.3186    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  0.4346    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.087    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.235    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.813    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.997    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   3.538    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.188    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.956    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.250    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   12.15    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.67    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.55    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.08    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.26    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.99    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.11    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.54    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.12    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.67    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.18    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   31.84    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.14    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.86    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   34.80    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.34    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.96    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.90    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.83    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.29    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.37    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.25    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.16    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.61    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   55.43    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.34    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.54    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.79    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.17    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.06    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.28    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   65.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   65.92    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.32    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   68.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   71.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   73.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   73.15    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   76.19    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   77.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   78.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   78.49    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   80.83    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   81.00    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   82.73    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   84.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   85.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   89.70    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   90.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   91.06    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   91.45    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   92.52    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   93.30    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   95.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   97.34    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   99.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   99.69    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   101.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   102.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   103.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   104.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   106.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   108.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   109.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   110.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   112.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   113.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   114.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   115.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   116.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   117.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   119.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   120.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   120.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   121.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   121.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   122.9    

 Bfactors>  106 vectors,  10332 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     0.318600
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Correlation=      0.478 for    215 C-alpha atoms.
 Bfactors> =      0.043 +/-   0.19
 Bfactors> =     55.905 +/-  10.87
 Bfactors> Shiftng-fct=     55.861
 Bfactors> Scaling-fct=     56.250

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2608031212472344273.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2608031212472344273.eigenfacs                                   

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4313E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4314E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4320E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4325E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4347E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4348E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   61.29    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   71.58    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   113.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   120.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   182.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   188.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   204.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   222.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   286.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   330.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   364.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   378.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   401.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   414.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   421.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   437.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   473.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   486.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   492.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   498.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   522.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   539.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   564.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   584.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   596.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   612.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   625.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   631.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   640.6    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   642.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   663.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   672.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   685.9    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   693.9    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   705.6    

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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   884.3    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   891.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   901.4    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   917.4    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   954.7    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   977.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   987.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   999.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1003.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1028.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1032.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1036.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1038.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1044.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1049.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1059.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1071.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1080.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1084.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1093.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1104.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1108.    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1130.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1140.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1155.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1161.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
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 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1170.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1175.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1185.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1190.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1191.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1195.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1197.    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   1204.    

 Chkmod>  106 vectors,  10332 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:   3444 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector     8 is:   0.9998 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    34 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector    58 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 
%Chkmod-Wn> Norm of vector   104 is:   1.0001 (instead of 1.0000). 

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.6495
      0.0034      0.9409
      0.0034      0.9320
      0.0034      0.9425
      0.0034      0.7831
      0.0034      0.6839
     61.2914      0.0320
     71.5849      0.0356
    113.2117      0.0532
    120.6730      0.0356
    182.1216      0.3358
    187.9836      0.2059
    204.2469      0.0911
    222.2184      0.2256
    286.3891      0.6472
    330.2536      0.0406
    364.3727      0.1027
    378.4990      0.1018
    401.4772      0.6101
    414.1981      0.6652
    421.6745      0.4526
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    522.1203      0.2738
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    584.4547      0.4832
    596.5354      0.3025
    612.7216      0.1198
    625.1049      0.3523
    631.8589      0.1167
    640.5695      0.3571
    642.4993      0.1365
    663.5349      0.3319
    672.7996      0.3377
    677.7759      0.2123
    685.9036      0.1744
    693.8512      0.2082
    705.6465      0.2312
    730.7651      0.2443
    747.3574      0.3329
    754.2673      0.2374
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   1196.9190      0.4008
   1203.7951      0.2144
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2608031212472344273 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2608031212472344273.eigenfacs
2608031212472344273.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2608031212472344273.eigenfacs
2608031212472344273.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2608031212472344273.eigenfacs
2608031212472344273.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2608031212472344273.eigenfacs
2608031212472344273.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2608031212472344273.eigenfacs
2608031212472344273.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2608031212472344273.eigenfacs
2608031212472344273.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2608031212472344273.eigenfacs
2608031212472344273.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2608031212472344273.eigenfacs
2608031212472344273.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2608031212472344273.eigenfacs
2608031212472344273.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2608031212472344273.eigenfacs
2608031212472344273.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
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2608031212472344273.atom
making animated gifs
11 models are in 2608031212472344273.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608031212472344273.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2608031212472344273.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2608031212472344273 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
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calculating perturbed structure for DQ=-80
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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calculating perturbed structure for DQ=-40
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calculating perturbed structure for DQ=-20
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calculating perturbed structure for DQ=0
2608031212472344273.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=20
2608031212472344273.eigenfacs
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m12.908s
user	0m12.690s
sys	0m0.213s
rm: cannot remove '2608031212472344273.sdijf': No such file or directory
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
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