*** PHLPP1 ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2608042056492722651.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2608042056492722651.atom to be opened.
Openam> File opened: 2608042056492722651.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1126
First residue number = 27
Last residue number = 444
Number of atoms found = 8795
Mean number per residue = 7.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 21.701504 +/- 22.616604 From: -22.273000 To: 80.696000
= -1.015287 +/- 17.593936 From: -41.011000 To: 51.594000
= 26.233346 +/- 21.610485 From: -21.044000 To: 76.934000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 0.9063 % Filled.
Pdbmat> 3154978 non-zero elements.
Pdbmat> 344757 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 78.40 +/- 23.52
Maximum number = 131
Minimum number = 9
Pdbmat> Matrix trace = 6.895140E+06
Pdbmat> Larger element = 482.632
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1126 non-zero elements, NRBL set to 6
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2608042056492722651.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 6
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2608042056492722651.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2608042056492722651.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 8795 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 6 residue(s) per block.
Blocpdb> 1126 residues.
Blocpdb> 45 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 49 atoms in block 2
Block first atom: 46
Blocpdb> 48 atoms in block 3
Block first atom: 95
Blocpdb> 55 atoms in block 4
Block first atom: 143
Blocpdb> 47 atoms in block 5
Block first atom: 198
Blocpdb> 47 atoms in block 6
Block first atom: 245
Blocpdb> 55 atoms in block 7
Block first atom: 292
Blocpdb> 47 atoms in block 8
Block first atom: 347
Blocpdb> 52 atoms in block 9
Block first atom: 394
Blocpdb> 46 atoms in block 10
Block first atom: 446
Blocpdb> 50 atoms in block 11
Block first atom: 492
Blocpdb> 46 atoms in block 12
Block first atom: 542
Blocpdb> 47 atoms in block 13
Block first atom: 588
Blocpdb> 44 atoms in block 14
Block first atom: 635
Blocpdb> 42 atoms in block 15
Block first atom: 679
Blocpdb> 41 atoms in block 16
Block first atom: 721
Blocpdb> 38 atoms in block 17
Block first atom: 762
Blocpdb> 45 atoms in block 18
Block first atom: 800
Blocpdb> 43 atoms in block 19
Block first atom: 845
Blocpdb> 51 atoms in block 20
Block first atom: 888
Blocpdb> 46 atoms in block 21
Block first atom: 939
Blocpdb> 46 atoms in block 22
Block first atom: 985
Blocpdb> 49 atoms in block 23
Block first atom: 1031
Blocpdb> 56 atoms in block 24
Block first atom: 1080
Blocpdb> 48 atoms in block 25
Block first atom: 1136
Blocpdb> 51 atoms in block 26
Block first atom: 1184
Blocpdb> 46 atoms in block 27
Block first atom: 1235
Blocpdb> 47 atoms in block 28
Block first atom: 1281
Blocpdb> 53 atoms in block 29
Block first atom: 1328
Blocpdb> 47 atoms in block 30
Block first atom: 1381
Blocpdb> 44 atoms in block 31
Block first atom: 1428
Blocpdb> 50 atoms in block 32
Block first atom: 1472
Blocpdb> 45 atoms in block 33
Block first atom: 1522
Blocpdb> 55 atoms in block 34
Block first atom: 1567
Blocpdb> 50 atoms in block 35
Block first atom: 1622
Blocpdb> 48 atoms in block 36
Block first atom: 1672
Blocpdb> 47 atoms in block 37
Block first atom: 1720
Blocpdb> 38 atoms in block 38
Block first atom: 1767
Blocpdb> 51 atoms in block 39
Block first atom: 1805
Blocpdb> 52 atoms in block 40
Block first atom: 1856
Blocpdb> 49 atoms in block 41
Block first atom: 1908
Blocpdb> 45 atoms in block 42
Block first atom: 1957
Blocpdb> 41 atoms in block 43
Block first atom: 2002
Blocpdb> 56 atoms in block 44
Block first atom: 2043
Blocpdb> 57 atoms in block 45
Block first atom: 2099
Blocpdb> 48 atoms in block 46
Block first atom: 2156
Blocpdb> 48 atoms in block 47
Block first atom: 2204
Blocpdb> 44 atoms in block 48
Block first atom: 2252
Blocpdb> 43 atoms in block 49
Block first atom: 2296
Blocpdb> 55 atoms in block 50
Block first atom: 2339
Blocpdb> 55 atoms in block 51
Block first atom: 2394
Blocpdb> 51 atoms in block 52
Block first atom: 2449
Blocpdb> 47 atoms in block 53
Block first atom: 2500
Blocpdb> 50 atoms in block 54
Block first atom: 2547
Blocpdb> 51 atoms in block 55
Block first atom: 2597
Blocpdb> 48 atoms in block 56
Block first atom: 2648
Blocpdb> 38 atoms in block 57
Block first atom: 2696
Blocpdb> 45 atoms in block 58
Block first atom: 2734
Blocpdb> 52 atoms in block 59
Block first atom: 2779
Blocpdb> 43 atoms in block 60
Block first atom: 2831
Blocpdb> 42 atoms in block 61
Block first atom: 2874
Blocpdb> 45 atoms in block 62
Block first atom: 2916
Blocpdb> 50 atoms in block 63
Block first atom: 2961
Blocpdb> 45 atoms in block 64
Block first atom: 3011
Blocpdb> 42 atoms in block 65
Block first atom: 3056
Blocpdb> 48 atoms in block 66
Block first atom: 3098
Blocpdb> 52 atoms in block 67
Block first atom: 3146
Blocpdb> 52 atoms in block 68
Block first atom: 3198
Blocpdb> 52 atoms in block 69
Block first atom: 3250
Blocpdb> 46 atoms in block 70
Block first atom: 3302
Blocpdb> 55 atoms in block 71
Block first atom: 3348
Blocpdb> 49 atoms in block 72
Block first atom: 3403
Blocpdb> 49 atoms in block 73
Block first atom: 3452
Blocpdb> 43 atoms in block 74
Block first atom: 3501
Blocpdb> 44 atoms in block 75
Block first atom: 3544
Blocpdb> 40 atoms in block 76
Block first atom: 3588
Blocpdb> 56 atoms in block 77
Block first atom: 3628
Blocpdb> 50 atoms in block 78
Block first atom: 3684
Blocpdb> 53 atoms in block 79
Block first atom: 3734
Blocpdb> 45 atoms in block 80
Block first atom: 3787
Blocpdb> 49 atoms in block 81
Block first atom: 3832
Blocpdb> 44 atoms in block 82
Block first atom: 3881
Blocpdb> 44 atoms in block 83
Block first atom: 3925
Blocpdb> 48 atoms in block 84
Block first atom: 3969
Blocpdb> 52 atoms in block 85
Block first atom: 4017
Blocpdb> 52 atoms in block 86
Block first atom: 4069
Blocpdb> 46 atoms in block 87
Block first atom: 4121
Blocpdb> 50 atoms in block 88
Block first atom: 4167
Blocpdb> 48 atoms in block 89
Block first atom: 4217
Blocpdb> 54 atoms in block 90
Block first atom: 4265
Blocpdb> 43 atoms in block 91
Block first atom: 4319
Blocpdb> 51 atoms in block 92
Block first atom: 4362
Blocpdb> 45 atoms in block 93
Block first atom: 4413
Blocpdb> 51 atoms in block 94
Block first atom: 4458
Blocpdb> 56 atoms in block 95
Block first atom: 4509
Blocpdb> 52 atoms in block 96
Block first atom: 4565
Blocpdb> 53 atoms in block 97
Block first atom: 4617
Blocpdb> 39 atoms in block 98
Block first atom: 4670
Blocpdb> 44 atoms in block 99
Block first atom: 4709
Blocpdb> 45 atoms in block 100
Block first atom: 4753
Blocpdb> 6 atoms in block 101
Block first atom: 4798
Blocpdb> 60 atoms in block 102
Block first atom: 4804
Blocpdb> 39 atoms in block 103
Block first atom: 4864
Blocpdb> 51 atoms in block 104
Block first atom: 4903
Blocpdb> 52 atoms in block 105
Block first atom: 4954
Blocpdb> 44 atoms in block 106
Block first atom: 5006
Blocpdb> 46 atoms in block 107
Block first atom: 5050
Blocpdb> 40 atoms in block 108
Block first atom: 5096
Blocpdb> 57 atoms in block 109
Block first atom: 5136
Blocpdb> 54 atoms in block 110
Block first atom: 5193
Blocpdb> 56 atoms in block 111
Block first atom: 5247
Blocpdb> 49 atoms in block 112
Block first atom: 5303
Blocpdb> 51 atoms in block 113
Block first atom: 5352
Blocpdb> 50 atoms in block 114
Block first atom: 5403
Blocpdb> 46 atoms in block 115
Block first atom: 5453
Blocpdb> 47 atoms in block 116
Block first atom: 5499
Blocpdb> 44 atoms in block 117
Block first atom: 5546
Blocpdb> 45 atoms in block 118
Block first atom: 5590
Blocpdb> 52 atoms in block 119
Block first atom: 5635
Blocpdb> 49 atoms in block 120
Block first atom: 5687
Blocpdb> 42 atoms in block 121
Block first atom: 5736
Blocpdb> 41 atoms in block 122
Block first atom: 5778
Blocpdb> 50 atoms in block 123
Block first atom: 5819
Blocpdb> 53 atoms in block 124
Block first atom: 5869
Blocpdb> 15 atoms in block 125
Block first atom: 5922
Blocpdb> 46 atoms in block 126
Block first atom: 5937
Blocpdb> 38 atoms in block 127
Block first atom: 5983
Blocpdb> 39 atoms in block 128
Block first atom: 6021
Blocpdb> 40 atoms in block 129
Block first atom: 6060
Blocpdb> 56 atoms in block 130
Block first atom: 6100
Blocpdb> 44 atoms in block 131
Block first atom: 6156
Blocpdb> 52 atoms in block 132
Block first atom: 6200
Blocpdb> 47 atoms in block 133
Block first atom: 6252
Blocpdb> 45 atoms in block 134
Block first atom: 6299
Blocpdb> 35 atoms in block 135
Block first atom: 6344
Blocpdb> 47 atoms in block 136
Block first atom: 6379
Blocpdb> 49 atoms in block 137
Block first atom: 6426
Blocpdb> 55 atoms in block 138
Block first atom: 6475
Blocpdb> 50 atoms in block 139
Block first atom: 6530
Blocpdb> 43 atoms in block 140
Block first atom: 6580
Blocpdb> 44 atoms in block 141
Block first atom: 6623
Blocpdb> 40 atoms in block 142
Block first atom: 6667
Blocpdb> 48 atoms in block 143
Block first atom: 6707
Blocpdb> 47 atoms in block 144
Block first atom: 6755
Blocpdb> 46 atoms in block 145
Block first atom: 6802
Blocpdb> 53 atoms in block 146
Block first atom: 6848
Blocpdb> 49 atoms in block 147
Block first atom: 6901
Blocpdb> 46 atoms in block 148
Block first atom: 6950
Blocpdb> 42 atoms in block 149
Block first atom: 6996
Blocpdb> 41 atoms in block 150
Block first atom: 7038
Blocpdb> 44 atoms in block 151
Block first atom: 7079
Blocpdb> 52 atoms in block 152
Block first atom: 7123
Blocpdb> 54 atoms in block 153
Block first atom: 7175
Blocpdb> 42 atoms in block 154
Block first atom: 7229
Blocpdb> 45 atoms in block 155
Block first atom: 7271
Blocpdb> 38 atoms in block 156
Block first atom: 7316
Blocpdb> 44 atoms in block 157
Block first atom: 7354
Blocpdb> 51 atoms in block 158
Block first atom: 7398
Blocpdb> 33 atoms in block 159
Block first atom: 7449
Blocpdb> 30 atoms in block 160
Block first atom: 7482
Blocpdb> 38 atoms in block 161
Block first atom: 7512
Blocpdb> 33 atoms in block 162
Block first atom: 7550
Blocpdb> 35 atoms in block 163
Block first atom: 7583
Blocpdb> 38 atoms in block 164
Block first atom: 7618
Blocpdb> 44 atoms in block 165
Block first atom: 7656
Blocpdb> 48 atoms in block 166
Block first atom: 7700
Blocpdb> 48 atoms in block 167
Block first atom: 7748
Blocpdb> 50 atoms in block 168
Block first atom: 7796
Blocpdb> 44 atoms in block 169
Block first atom: 7846
Blocpdb> 48 atoms in block 170
Block first atom: 7890
Blocpdb> 50 atoms in block 171
Block first atom: 7938
Blocpdb> 44 atoms in block 172
Block first atom: 7988
Blocpdb> 49 atoms in block 173
Block first atom: 8032
Blocpdb> 37 atoms in block 174
Block first atom: 8081
Blocpdb> 44 atoms in block 175
Block first atom: 8118
Blocpdb> 45 atoms in block 176
Block first atom: 8162
Blocpdb> 47 atoms in block 177
Block first atom: 8207
Blocpdb> 40 atoms in block 178
Block first atom: 8254
Blocpdb> 50 atoms in block 179
Block first atom: 8294
Blocpdb> 49 atoms in block 180
Block first atom: 8344
Blocpdb> 34 atoms in block 181
Block first atom: 8393
Blocpdb> 52 atoms in block 182
Block first atom: 8427
Blocpdb> 40 atoms in block 183
Block first atom: 8479
Blocpdb> 37 atoms in block 184
Block first atom: 8519
Blocpdb> 41 atoms in block 185
Block first atom: 8556
Blocpdb> 51 atoms in block 186
Block first atom: 8597
Blocpdb> 44 atoms in block 187
Block first atom: 8648
Blocpdb> 41 atoms in block 188
Block first atom: 8692
Blocpdb> 45 atoms in block 189
Block first atom: 8733
Blocpdb> 18 atoms in block 190
Block first atom: 8777
Blocpdb> 190 blocks.
Blocpdb> At most, 60 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 6 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 3155168 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 26385
Prepmat> Matrix trace = 6895140.0000
Prepmat> Last element read: 26385 26385 140.2001
Prepmat> 18146 lines saved.
Prepmat> 16695 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 8795
RTB> Total mass = 8795.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 8795
RTB> Number of blocks = 190
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 198416.3410
RTB> 49350 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1140
Diagstd> Nb of non-zero elements: 49350
Diagstd> Projected matrix trace = 198416.3410
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1140 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 198416.3410
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0367680 0.0500179 0.0592655 0.0682425
0.1155240 0.1299496 0.1653414 0.1952091 0.2487577
0.2641230 0.3034330 0.3611113 0.4096537 0.4169715
0.4511673 0.5050707 0.5232084 0.7139896 0.9565191
1.1279586 1.1359144 1.1562350 1.1872253 1.3579763
1.5442795 1.6238602 1.9994881 2.1734074 2.2033018
2.2671478 2.4984069 2.6308905 2.7502913 2.7678640
3.1734865 3.4000031 3.4680252 3.5973598 3.7266837
4.0584656 4.2032052 4.2893381 4.5360077 4.7977892
5.1246215 5.3202571 5.5499336 5.7574377 6.0553889
6.3773262 6.4760175 6.9229726 7.0157027 7.7863299
7.8882905 7.9609228 8.1250016 8.2624673 8.5676267
8.6540495 9.0021856 9.5115925 9.8899607 10.0801362
10.0995359 10.6846976 10.9977914 11.3768822 11.6778248
12.0603658 12.6187930 12.6909820 12.7900018 13.1238856
13.2159699 13.7691025 13.8610929 13.9448854 14.3369315
14.4139208 14.5105580 14.8760890 15.3021669 15.5461103
16.2821667 16.4451460 16.6844105 17.2110027 17.2670758
17.6793012 17.9625319 18.3470861 18.4775255 18.6525001
18.9060062 19.5347696 19.8219291 20.0202511 20.3426375
20.6311756
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034311 0.0034327 0.0034335 0.0034341 0.0034343
0.0034351 20.8223812 24.2861235 26.4360413 28.3676095
36.9089246 39.1455748 44.1556239 47.9783528 54.1606062
55.8082513 59.8172835 65.2553025 69.5030234 70.1210605
72.9397166 77.1740641 78.5475500 91.7574259 106.2043004
115.3298850 115.7358948 116.7665184 118.3210039 126.5439487
134.9454456 138.3788107 153.5517229 160.0906069 161.1878407
163.5065668 171.6433028 176.1354080 180.0879376 180.6623488
193.4477166 200.2326682 202.2257268 205.9620560 209.6315036
218.7641816 222.6309697 224.9005007 231.2768538 237.8569576
245.8250729 250.4733888 255.8227554 260.5612946 267.2183648
274.2297681 276.3435205 285.7206215 287.6278056 303.0132924
304.9907927 306.3916933 309.5330358 312.1405264 317.8524389
319.4515260 325.8136399 334.9052061 341.5014595 344.7692148
345.1008175 354.9575331 360.1206454 366.2746909 371.0874429
377.1164881 385.7484495 386.8502611 388.3565036 393.3928822
394.7705990 402.9471580 404.2909472 405.5111079 411.1718604
412.2743784 413.6541031 418.8318151 424.7875191 428.1600595
438.1788177 440.3663718 443.5583039 450.5037046 451.2369740
456.5915060 460.2343792 465.1347968 466.7853155 468.9902407
472.1665083 479.9537911 483.4685626 485.8811386 489.7775907
493.2388407
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 8795
Rtb_to_modes> Number of blocs = 190
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9835E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.156
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.768
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.203
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.786
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.888
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.79
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.34
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.55
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.68
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.63
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1140 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00001 0.99995 0.99998 1.00001 1.00001
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1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998
1.00003 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000
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1.00000 0.99998 0.99997 1.00001 1.00002
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0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 158310 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000
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1.00001 0.99995 0.99998 1.00001 1.00001
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1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 0.99998
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1.00000 0.99998 0.99997 1.00001 1.00002
1.00002 1.00001 1.00000 1.00002 1.00000
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1.00000 1.00003 1.00002 1.00000 1.00000
1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00002
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0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4: 0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2608042056492722651.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2608042056492722651.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2608042056492722651.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2608042056492722651.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1126
First residue number = 27
Last residue number = 444
Number of atoms found = 8795
Mean number per residue = 7.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9835E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9928E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9976E-10
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.6768E-02
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.0018E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.8242E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1155
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.69
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.21
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.63
Bfactors> 106 vectors, 26385 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.036768
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.276 +/- 1.00
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.276
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2608042056492722651.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2608042056492722651.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4310E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 20.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 24.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 26.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 28.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 36.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 39.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 44.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 47.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 54.16
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 55.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 59.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 65.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.50
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 70.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 72.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 77.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 78.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 91.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 106.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 115.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 115.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 116.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 118.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 126.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 134.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 138.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 153.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 160.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 161.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 171.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 176.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 202.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 205.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 209.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 218.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 222.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 224.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 231.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 237.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 245.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 250.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 255.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 260.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 274.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 276.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 285.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 303.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 306.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 312.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 317.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 319.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 325.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 334.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 341.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 344.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 345.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 354.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 360.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 366.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 371.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 377.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 385.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 386.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 388.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 393.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 394.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 404.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 405.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 412.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 418.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 428.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 438.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 440.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 443.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 450.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 451.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 460.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 465.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 466.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 468.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 472.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 479.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 483.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 485.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 493.2
Chkmod> 106 vectors, 26385 coordinates in file.
Chkmod> That is: 8795 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 11 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 19 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 27 is: 0.9998 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7189
0.0034 0.8760
0.0034 0.7583
0.0034 0.8703
0.0034 0.8147
0.0034 0.9504
20.8215 0.0406
24.2851 0.0265
26.4350 0.4439
28.3663 0.4638
36.9035 0.0168
39.1364 0.1251
44.1482 0.2707
47.9752 0.0803
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Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m55.172s
user 0m54.775s
sys 0m0.367s
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