CNRS Nantes University US2B US2B
home |  start a new run |  job status |  references&downloads |  examples |  help  

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.
elNémo has been relocated.
**Some cleaning from time to time**
Sorry for the inconvenience.


***  TLR_8_simulation  ***

LOGs for ID: 2608260327253941399

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2608260327253941399.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2608260327253941399.atom to be opened. Openam> File opened: 2608260327253941399.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 893 First residue number = 27 Last residue number = 292 Number of atoms found = 6926 Mean number per residue = 7.8 Pdbmat> Coordinate statistics: = -23.909230 +/- 19.555565 From: -67.363000 To: 23.242000 = 1.302235 +/- 16.664895 From: -54.558000 To: 46.082000 = -53.155995 +/- 21.209266 From: -100.878000 To: -3.714000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 1.1266 % Filled. Pdbmat> 2432051 non-zero elements. Pdbmat> 265667 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 76.72 +/- 26.03 Maximum number = 133 Minimum number = 7 Pdbmat> Matrix trace = 5.313340E+06 Pdbmat> Larger element = 504.507 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 893 non-zero elements, NRBL set to 5 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2608260327253941399.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 5 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2608260327253941399.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2608260327253941399.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 6926 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 5 residue(s) per block. Blocpdb> 893 residues. Blocpdb> 38 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 37 atoms in block 2 Block first atom: 39 Blocpdb> 42 atoms in block 3 Block first atom: 76 Blocpdb> 48 atoms in block 4 Block first atom: 118 Blocpdb> 40 atoms in block 5 Block first atom: 166 Blocpdb> 39 atoms in block 6 Block first atom: 206 Blocpdb> 41 atoms in block 7 Block first atom: 245 Blocpdb> 40 atoms in block 8 Block first atom: 286 Blocpdb> 39 atoms in block 9 Block first atom: 326 Blocpdb> 46 atoms in block 10 Block first atom: 365 Blocpdb> 44 atoms in block 11 Block first atom: 411 Blocpdb> 37 atoms in block 12 Block first atom: 455 Blocpdb> 43 atoms in block 13 Block first atom: 492 Blocpdb> 36 atoms in block 14 Block first atom: 535 Blocpdb> 40 atoms in block 15 Block first atom: 571 Blocpdb> 37 atoms in block 16 Block first atom: 611 Blocpdb> 35 atoms in block 17 Block first atom: 648 Blocpdb> 38 atoms in block 18 Block first atom: 683 Blocpdb> 30 atoms in block 19 Block first atom: 721 Blocpdb> 35 atoms in block 20 Block first atom: 751 Blocpdb> 40 atoms in block 21 Block first atom: 786 Blocpdb> 35 atoms in block 22 Block first atom: 826 Blocpdb> 35 atoms in block 23 Block first atom: 861 Blocpdb> 43 atoms in block 24 Block first atom: 896 Blocpdb> 38 atoms in block 25 Block first atom: 939 Blocpdb> 42 atoms in block 26 Block first atom: 977 Blocpdb> 38 atoms in block 27 Block first atom: 1019 Blocpdb> 43 atoms in block 28 Block first atom: 1057 Blocpdb> 47 atoms in block 29 Block first atom: 1100 Blocpdb> 37 atoms in block 30 Block first atom: 1147 Blocpdb> 43 atoms in block 31 Block first atom: 1184 Blocpdb> 37 atoms in block 32 Block first atom: 1227 Blocpdb> 43 atoms in block 33 Block first atom: 1264 Blocpdb> 40 atoms in block 34 Block first atom: 1307 Blocpdb> 42 atoms in block 35 Block first atom: 1347 Blocpdb> 39 atoms in block 36 Block first atom: 1389 Blocpdb> 36 atoms in block 37 Block first atom: 1428 Blocpdb> 39 atoms in block 38 Block first atom: 1464 Blocpdb> 39 atoms in block 39 Block first atom: 1503 Blocpdb> 42 atoms in block 40 Block first atom: 1542 Blocpdb> 46 atoms in block 41 Block first atom: 1584 Blocpdb> 42 atoms in block 42 Block first atom: 1630 Blocpdb> 41 atoms in block 43 Block first atom: 1672 Blocpdb> 37 atoms in block 44 Block first atom: 1713 Blocpdb> 34 atoms in block 45 Block first atom: 1750 Blocpdb> 38 atoms in block 46 Block first atom: 1784 Blocpdb> 38 atoms in block 47 Block first atom: 1822 Blocpdb> 48 atoms in block 48 Block first atom: 1860 Blocpdb> 38 atoms in block 49 Block first atom: 1908 Blocpdb> 39 atoms in block 50 Block first atom: 1946 Blocpdb> 35 atoms in block 51 Block first atom: 1985 Blocpdb> 40 atoms in block 52 Block first atom: 2020 Blocpdb> 44 atoms in block 53 Block first atom: 2060 Blocpdb> 52 atoms in block 54 Block first atom: 2104 Blocpdb> 36 atoms in block 55 Block first atom: 2156 Blocpdb> 41 atoms in block 56 Block first atom: 2192 Blocpdb> 36 atoms in block 57 Block first atom: 2233 Blocpdb> 38 atoms in block 58 Block first atom: 2269 Blocpdb> 37 atoms in block 59 Block first atom: 2307 Blocpdb> 46 atoms in block 60 Block first atom: 2344 Blocpdb> 41 atoms in block 61 Block first atom: 2390 Blocpdb> 50 atoms in block 62 Block first atom: 2431 Blocpdb> 38 atoms in block 63 Block first atom: 2481 Blocpdb> 42 atoms in block 64 Block first atom: 2519 Blocpdb> 41 atoms in block 65 Block first atom: 2561 Blocpdb> 42 atoms in block 66 Block first atom: 2602 Blocpdb> 39 atoms in block 67 Block first atom: 2644 Blocpdb> 30 atoms in block 68 Block first atom: 2683 Blocpdb> 41 atoms in block 69 Block first atom: 2713 Blocpdb> 38 atoms in block 70 Block first atom: 2754 Blocpdb> 41 atoms in block 71 Block first atom: 2792 Blocpdb> 37 atoms in block 72 Block first atom: 2833 Blocpdb> 36 atoms in block 73 Block first atom: 2870 Blocpdb> 40 atoms in block 74 Block first atom: 2906 Blocpdb> 33 atoms in block 75 Block first atom: 2946 Blocpdb> 45 atoms in block 76 Block first atom: 2979 Blocpdb> 36 atoms in block 77 Block first atom: 3024 Blocpdb> 35 atoms in block 78 Block first atom: 3060 Blocpdb> 39 atoms in block 79 Block first atom: 3095 Blocpdb> 45 atoms in block 80 Block first atom: 3134 Blocpdb> 46 atoms in block 81 Block first atom: 3179 Blocpdb> 40 atoms in block 82 Block first atom: 3225 Blocpdb> 40 atoms in block 83 Block first atom: 3265 Blocpdb> 40 atoms in block 84 Block first atom: 3305 Blocpdb> 47 atoms in block 85 Block first atom: 3345 Blocpdb> 40 atoms in block 86 Block first atom: 3392 Blocpdb> 42 atoms in block 87 Block first atom: 3432 Blocpdb> 36 atoms in block 88 Block first atom: 3474 Blocpdb> 37 atoms in block 89 Block first atom: 3510 Blocpdb> 38 atoms in block 90 Block first atom: 3547 Blocpdb> 34 atoms in block 91 Block first atom: 3585 Blocpdb> 43 atoms in block 92 Block first atom: 3619 Blocpdb> 42 atoms in block 93 Block first atom: 3662 Blocpdb> 46 atoms in block 94 Block first atom: 3704 Blocpdb> 42 atoms in block 95 Block first atom: 3750 Blocpdb> 37 atoms in block 96 Block first atom: 3792 Blocpdb> 43 atoms in block 97 Block first atom: 3829 Blocpdb> 36 atoms in block 98 Block first atom: 3872 Blocpdb> 34 atoms in block 99 Block first atom: 3908 Blocpdb> 40 atoms in block 100 Block first atom: 3942 Blocpdb> 40 atoms in block 101 Block first atom: 3982 Blocpdb> 44 atoms in block 102 Block first atom: 4022 Blocpdb> 46 atoms in block 103 Block first atom: 4066 Blocpdb> 36 atoms in block 104 Block first atom: 4112 Blocpdb> 44 atoms in block 105 Block first atom: 4148 Blocpdb> 40 atoms in block 106 Block first atom: 4192 Blocpdb> 39 atoms in block 107 Block first atom: 4232 Blocpdb> 45 atoms in block 108 Block first atom: 4271 Blocpdb> 38 atoms in block 109 Block first atom: 4316 Blocpdb> 40 atoms in block 110 Block first atom: 4354 Blocpdb> 43 atoms in block 111 Block first atom: 4394 Blocpdb> 33 atoms in block 112 Block first atom: 4437 Blocpdb> 44 atoms in block 113 Block first atom: 4470 Blocpdb> 48 atoms in block 114 Block first atom: 4514 Blocpdb> 45 atoms in block 115 Block first atom: 4562 Blocpdb> 43 atoms in block 116 Block first atom: 4607 Blocpdb> 35 atoms in block 117 Block first atom: 4650 Blocpdb> 39 atoms in block 118 Block first atom: 4685 Blocpdb> 34 atoms in block 119 Block first atom: 4724 Blocpdb> 37 atoms in block 120 Block first atom: 4758 Blocpdb> 7 atoms in block 121 Block first atom: 4795 Blocpdb> 33 atoms in block 122 Block first atom: 4802 Blocpdb> 43 atoms in block 123 Block first atom: 4835 Blocpdb> 37 atoms in block 124 Block first atom: 4878 Blocpdb> 42 atoms in block 125 Block first atom: 4915 Blocpdb> 39 atoms in block 126 Block first atom: 4957 Blocpdb> 46 atoms in block 127 Block first atom: 4996 Blocpdb> 41 atoms in block 128 Block first atom: 5042 Blocpdb> 32 atoms in block 129 Block first atom: 5083 Blocpdb> 46 atoms in block 130 Block first atom: 5115 Blocpdb> 41 atoms in block 131 Block first atom: 5161 Blocpdb> 46 atoms in block 132 Block first atom: 5202 Blocpdb> 40 atoms in block 133 Block first atom: 5248 Blocpdb> 36 atoms in block 134 Block first atom: 5288 Blocpdb> 46 atoms in block 135 Block first atom: 5324 Blocpdb> 42 atoms in block 136 Block first atom: 5370 Blocpdb> 35 atoms in block 137 Block first atom: 5412 Blocpdb> 40 atoms in block 138 Block first atom: 5447 Blocpdb> 33 atoms in block 139 Block first atom: 5487 Blocpdb> 26 atoms in block 140 Block first atom: 5520 Blocpdb> 33 atoms in block 141 Block first atom: 5546 Blocpdb> 33 atoms in block 142 Block first atom: 5579 Blocpdb> 31 atoms in block 143 Block first atom: 5612 Blocpdb> 40 atoms in block 144 Block first atom: 5643 Blocpdb> 27 atoms in block 145 Block first atom: 5683 Blocpdb> 37 atoms in block 146 Block first atom: 5710 Blocpdb> 33 atoms in block 147 Block first atom: 5747 Blocpdb> 25 atoms in block 148 Block first atom: 5780 Blocpdb> 47 atoms in block 149 Block first atom: 5805 Blocpdb> 31 atoms in block 150 Block first atom: 5852 Blocpdb> 31 atoms in block 151 Block first atom: 5883 Blocpdb> 40 atoms in block 152 Block first atom: 5914 Blocpdb> 23 atoms in block 153 Block first atom: 5954 Blocpdb> 30 atoms in block 154 Block first atom: 5977 Blocpdb> 37 atoms in block 155 Block first atom: 6007 Blocpdb> 29 atoms in block 156 Block first atom: 6044 Blocpdb> 38 atoms in block 157 Block first atom: 6073 Blocpdb> 36 atoms in block 158 Block first atom: 6111 Blocpdb> 35 atoms in block 159 Block first atom: 6147 Blocpdb> 31 atoms in block 160 Block first atom: 6182 Blocpdb> 38 atoms in block 161 Block first atom: 6213 Blocpdb> 37 atoms in block 162 Block first atom: 6251 Blocpdb> 30 atoms in block 163 Block first atom: 6288 Blocpdb> 26 atoms in block 164 Block first atom: 6318 Blocpdb> 38 atoms in block 165 Block first atom: 6344 Blocpdb> 33 atoms in block 166 Block first atom: 6382 Blocpdb> 30 atoms in block 167 Block first atom: 6415 Blocpdb> 40 atoms in block 168 Block first atom: 6445 Blocpdb> 38 atoms in block 169 Block first atom: 6485 Blocpdb> 36 atoms in block 170 Block first atom: 6523 Blocpdb> 43 atoms in block 171 Block first atom: 6559 Blocpdb> 35 atoms in block 172 Block first atom: 6602 Blocpdb> 39 atoms in block 173 Block first atom: 6637 Blocpdb> 34 atoms in block 174 Block first atom: 6676 Blocpdb> 45 atoms in block 175 Block first atom: 6710 Blocpdb> 41 atoms in block 176 Block first atom: 6755 Blocpdb> 43 atoms in block 177 Block first atom: 6796 Blocpdb> 39 atoms in block 178 Block first atom: 6839 Blocpdb> 41 atoms in block 179 Block first atom: 6878 Blocpdb> 8 atoms in block 180 Block first atom: 6918 Blocpdb> 180 blocks. Blocpdb> At most, 52 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 7 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 2432231 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 20778 Prepmat> Matrix trace = 5313340.0000 Prepmat> Last element read: 20778 20778 11.9462 Prepmat> 16291 lines saved. Prepmat> 14926 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 6926 RTB> Total mass = 6926.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 6926 RTB> Number of blocks = 180 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 185382.5059 RTB> 46404 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1080 Diagstd> Nb of non-zero elements: 46404 Diagstd> Projected matrix trace = 185382.5059 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1080 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 185382.5059 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0580455 0.0622488 0.0837470 0.0912647 0.1175526 0.1441871 0.2005134 0.2345453 0.2490034 0.2651936 0.3524701 0.3851258 0.4872795 0.6105500 0.6900230 0.7219273 0.8523292 0.9210668 1.0703733 1.2292606 1.2642422 1.3731899 1.4047864 1.4428014 1.6240516 1.7140317 1.8325979 2.0200379 2.0412966 2.2046759 2.2562477 2.3549087 2.5808541 2.6704417 2.8125560 2.9417087 3.2056192 3.3156089 3.3764647 3.4582563 3.6455134 3.8568566 4.0348426 4.5328052 4.6734311 4.8985459 4.9774547 5.0576694 5.2564006 5.4800798 5.9185601 5.9979534 6.2469055 6.5290037 6.5835829 6.9026451 7.2463561 7.6876332 7.7638159 8.1571627 8.3970407 8.7795418 8.9100481 9.3076106 9.6333499 9.7875856 9.9268900 10.0859278 10.1636125 10.5271846 10.8859000 11.6923801 11.7100503 11.8826364 12.0254247 12.2941057 12.3294932 12.7411406 13.0222889 13.3775963 13.4369671 13.7733396 14.2246578 14.4681455 14.7787358 15.0912981 15.1890328 15.3772378 15.9158186 16.1262233 16.6499148 16.9161059 16.9754880 17.2290466 17.5644737 17.7351865 18.0403344 18.5206282 18.8168797 19.0354446 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034333 0.0034336 0.0034336 0.0034342 0.0034345 0.0034346 26.1625182 27.0932270 31.4253253 32.8054949 37.2315763 41.2342916 48.6258306 52.5906657 54.1873556 55.9212357 64.4698112 67.3901750 75.8026427 84.8507882 90.2042654 92.2660700 100.2533665 104.2175452 112.3473691 120.3974422 122.0985260 127.2508164 128.7064844 130.4363273 138.3869660 142.1689335 147.0039065 154.3387733 155.1487704 161.2380960 163.1130341 166.6411759 174.4524232 177.4544230 182.1150621 186.2495001 194.4246148 197.7319865 199.5383549 201.9407047 207.3359597 213.2612861 218.1265743 231.1951980 234.7541089 240.3415573 242.2696094 244.2139682 248.9656931 254.2077118 264.1820540 265.9480584 271.4111891 277.4717280 278.6290754 285.3008408 292.3177024 301.0867237 302.5748975 310.1450420 314.6722241 321.7593721 324.1419975 331.2946204 337.0419413 339.7293486 342.1384510 344.8682463 346.1938357 352.3314406 358.2840294 371.3186326 371.5991067 374.3274568 376.5698031 380.7533664 381.3009542 387.6139823 391.8672266 397.1772128 398.0575888 403.0091508 409.5587354 413.0491319 417.4590907 421.8505102 423.2143063 425.8282265 433.2212689 436.0754270 443.0995283 446.6275184 447.4107497 450.7397952 455.1063031 457.3125926 461.2300254 467.3294355 471.0522521 473.7800752 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 6926 Rtb_to_modes> Number of blocs = 180 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9959E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9978E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9980E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.8045E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.2249E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.3747E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.1265E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1176 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1442 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2005 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2345 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2490 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2652 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3525 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3851 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4873 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6105 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6900 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7219 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8523 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9211 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.070 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.229 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.264 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.373 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.405 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.443 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.624 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.714 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.833 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.020 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.041 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.205 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.256 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.355 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.581 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.670 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.813 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.942 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.206 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.316 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.376 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.458 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.646 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.857 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.035 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.533 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.673 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.899 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.977 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.058 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.256 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.480 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.919 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.998 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.247 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.529 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.584 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.903 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.246 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.688 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.764 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.157 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.397 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.780 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.910 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.308 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.633 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.788 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.927 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.89 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.19 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.52 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.04 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1080 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00003 1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 0.99995 1.00000 1.00000 1.00004 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 0.99998 0.99998 0.99999 1.00004 0.99998 1.00001 0.99997 0.99998 0.99998 1.00001 0.99997 0.99999 1.00000 1.00003 1.00000 1.00001 0.99999 1.00004 1.00000 0.99999 1.00002 0.99997 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 0.99996 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 1.00001 0.99998 1.00002 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 1.00003 1.00003 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 1.00000 0.99997 0.99999 1.00001 1.00004 1.00000 1.00001 1.00001 0.99998 1.00001 1.00000 1.00003 0.99997 1.00000 1.00003 0.99998 1.00003 1.00000 1.00001 1.00002 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 124668 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00003 1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 1.00001 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 0.99995 1.00000 1.00000 1.00004 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 0.99998 0.99998 0.99999 1.00004 0.99998 1.00001 0.99997 0.99998 0.99998 1.00001 0.99997 0.99999 1.00000 1.00003 1.00000 1.00001 0.99999 1.00004 1.00000 0.99999 1.00002 0.99997 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 0.99996 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 1.00001 0.99998 1.00002 1.00001 1.00001 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00001 1.00002 0.99999 1.00002 1.00000 1.00001 1.00003 1.00003 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999 0.99999 0.99999 1.00002 1.00000 0.99997 0.99999 1.00001 1.00004 1.00000 1.00001 1.00001 0.99998 1.00001 1.00000 1.00003 0.99997 1.00000 1.00003 0.99998 1.00003 1.00000 1.00001 1.00002 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3: 0.000-0.000 Vector 4: 0.000 0.000-0.000 Vector 5:-0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 6: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 8: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 9:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2608260327253941399.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2608260327253941399.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2608260327253941399.atom Openam> file on opening on unit 11: 2608260327253941399.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 893 First residue number = 27 Last residue number = 292 Number of atoms found = 6926 Mean number per residue = 7.8 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9959E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9978E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9980E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.8045E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.2249E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.3747E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.1265E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1176 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1442 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2005 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2345 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2490 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2652 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3525 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3851 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4873 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6105 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6900 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7219 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8523 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9211 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.070 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.229 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.264 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.373 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.405 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.443 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.624 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.714 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.833 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.020 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.041 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.205 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.256 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.355 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.581 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.670 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.813 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.942 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.206 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.316 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.376 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.458 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.646 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.857 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.035 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.533 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.673 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.899 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.977 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.058 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.256 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.480 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.919 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.998 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.247 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.529 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.584 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.903 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.246 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.688 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.764 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.157 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.397 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.780 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.910 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.308 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.633 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.788 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.927 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.89 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.04 Bfactors> 106 vectors, 20778 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.058045 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) %Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant ! Bfactors> = 0.296 +/- 0.93 Bfactors> = 0.000 +/- 0.00 Bfactors> Shiftng-fct= -0.296 Bfactors> Scaling-fct= 0.000 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2608260327253941399.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2608260327253941399.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 26.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 27.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 31.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 32.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 37.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 41.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 48.62 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 52.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 54.18 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 55.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 64.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 67.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 75.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 84.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 90.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 92.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 100.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 104.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 120.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 128.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 130.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 138.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 147.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 154.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 155.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 161.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 174.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 177.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 182.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 194.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 197.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 199.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 201.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 213.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 218.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 231.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 240.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 242.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 244.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 248.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 265.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 278.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 285.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 292.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 302.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 310.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 314.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 321.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 324.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 331.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 337.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 339.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 342.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 344.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 346.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 352.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 371.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 371.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 374.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 380.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 387.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 397.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 398.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 409.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 421.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 423.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 425.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 433.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 436.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 443.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 446.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 447.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 450.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 455.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 457.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 461.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 467.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 471.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.8 Chkmod> 106 vectors, 20778 coordinates in file. Chkmod> That is: 6926 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7207 0.0034 0.8707 0.0034 0.8506 0.0034 0.7613 0.0034 0.6914 0.0034 0.8105 26.1613 0.0457 27.0921 0.0570 31.4240 0.0311 32.8041 0.0630 37.2375 0.3228 41.2344 0.1982 48.6221 0.0590 52.5833 0.1350 54.1847 0.2823 55.9195 0.2373 64.4698 0.2912 67.3850 0.1398 75.8010 0.2110 84.8437 0.2775 90.1989 0.1092 92.2604 0.3732 100.2473 0.5062 104.2150 0.2663 112.3230 0.2510 120.3795 0.1408 122.0816 0.1772 127.2366 0.1091 128.7107 0.1697 130.4397 0.0863 138.3788 0.1394 142.1615 0.5512 147.0137 0.4361 154.3307 0.3597 155.1308 0.5380 161.2430 0.0619 163.0971 0.1108 166.6373 0.0863 174.4499 0.2925 177.4321 0.1170 182.1216 0.4668 186.2507 0.1264 194.4278 0.0839 197.7352 0.0785 199.5161 0.3180 201.9246 0.1481 207.3409 0.1928 213.2561 0.3991 218.1215 0.4599 231.1902 0.3220 234.7332 0.1742 240.3424 0.1135 242.2481 0.4641 244.2115 0.2497 248.9455 0.0530 254.1949 0.2573 264.1805 0.1402 265.9377 0.5258 271.4016 0.1697 277.4597 0.3503 278.6259 0.1065 285.2959 0.1982 292.2980 0.1641 301.0810 0.5016 302.5655 0.1602 310.1286 0.5933 314.6580 0.2580 321.7540 0.2695 324.1272 0.1467 331.2873 0.4230 337.0214 0.4131 339.7220 0.3778 342.1257 0.1878 344.9231 0.1677 346.1174 0.2772 352.3634 0.0687 358.3361 0.0139 371.2649 0.0454 371.5824 0.1792 374.2699 0.3228 376.6253 0.1590 380.6734 0.0911 381.2924 0.4908 387.5800 0.4208 391.8160 0.1296 397.1958 0.3771 398.0854 0.3108 402.9430 0.1859 409.4741 0.4619 413.0579 0.3502 417.4590 0.1290 421.8143 0.4285 423.2096 0.1500 425.8482 0.2238 433.2596 0.3726 436.1078 0.1284 443.0816 0.2330 446.6597 0.2891 447.4510 0.2004 450.7329 0.2471 455.0288 0.4213 457.3550 0.4257 461.2060 0.1527 467.3014 0.2627 471.0711 0.4589 473.8164 0.3075 getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 2608260327253941399 7 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom making animated gifs 11 models are in 2608260327253941399.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608260327253941399.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608260327253941399.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 2608260327253941399 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom making animated gifs 11 models are in 2608260327253941399.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608260327253941399.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608260327253941399.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2608260327253941399 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom making animated gifs 11 models are in 2608260327253941399.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608260327253941399.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608260327253941399.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2608260327253941399 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom making animated gifs 11 models are in 2608260327253941399.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608260327253941399.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608260327253941399.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2608260327253941399 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2608260327253941399.eigenfacs 2608260327253941399.atom making animated gifs 11 models are in 2608260327253941399.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608260327253941399.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2608260327253941399.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2608260327253941399.10.pdb 2608260327253941399.11.pdb 2608260327253941399.7.pdb 2608260327253941399.8.pdb 2608260327253941399.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m32.386s user 0m32.179s sys 0m0.189s rm: cannot remove '2608260327253941399.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format




If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:

elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: april 24th, 2026.