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***  6bf8_open  ***

LOGs for ID: 2609040146071659498

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2609040146071659498.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2609040146071659498.atom to be opened. Openam> File opened: 2609040146071659498.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 966 First residue number = 0 Last residue number = 965 Number of atoms found = 4776 Mean number per residue = 4.9 Pdbmat> Coordinate statistics: = -25.135033 +/- 22.017247 From: -65.037000 To: 21.146000 = 27.781099 +/- 18.940007 From: -11.210000 To: 70.023000 = 3.448960 +/- 14.764342 From: -29.632000 To: 38.837000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 1.0837 % Filled. Pdbmat> 1112402 non-zero elements. Pdbmat> 120439 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 50.44 +/- 11.80 Maximum number = 95 Minimum number = 21 Pdbmat> Matrix trace = 2.408780E+06 Pdbmat> Larger element = 387.502 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 966 non-zero elements, NRBL set to 5 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2609040146071659498.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 5 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2609040146071659498.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2609040146071659498.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 4776 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 5 residue(s) per block. Blocpdb> 966 residues. Blocpdb> 24 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 25 atoms in block 2 Block first atom: 25 Blocpdb> 24 atoms in block 3 Block first atom: 50 Blocpdb> 25 atoms in block 4 Block first atom: 74 Blocpdb> 25 atoms in block 5 Block first atom: 99 Blocpdb> 25 atoms in block 6 Block first atom: 124 Blocpdb> 25 atoms in block 7 Block first atom: 149 Blocpdb> 24 atoms in block 8 Block first atom: 174 Blocpdb> 25 atoms in block 9 Block first atom: 198 Blocpdb> 25 atoms in block 10 Block first atom: 223 Blocpdb> 24 atoms in block 11 Block first atom: 248 Blocpdb> 24 atoms in block 12 Block first atom: 272 Blocpdb> 25 atoms in block 13 Block first atom: 296 Blocpdb> 25 atoms in block 14 Block first atom: 321 Blocpdb> 25 atoms in block 15 Block first atom: 346 Blocpdb> 24 atoms in block 16 Block first atom: 371 Blocpdb> 25 atoms in block 17 Block first atom: 395 Blocpdb> 25 atoms in block 18 Block first atom: 420 Blocpdb> 25 atoms in block 19 Block first atom: 445 Blocpdb> 25 atoms in block 20 Block first atom: 470 Blocpdb> 25 atoms in block 21 Block first atom: 495 Blocpdb> 25 atoms in block 22 Block first atom: 520 Blocpdb> 25 atoms in block 23 Block first atom: 545 Blocpdb> 25 atoms in block 24 Block first atom: 570 Blocpdb> 25 atoms in block 25 Block first atom: 595 Blocpdb> 24 atoms in block 26 Block first atom: 620 Blocpdb> 25 atoms in block 27 Block first atom: 644 Blocpdb> 25 atoms in block 28 Block first atom: 669 Blocpdb> 25 atoms in block 29 Block first atom: 694 Blocpdb> 25 atoms in block 30 Block first atom: 719 Blocpdb> 25 atoms in block 31 Block first atom: 744 Blocpdb> 25 atoms in block 32 Block first atom: 769 Blocpdb> 25 atoms in block 33 Block first atom: 794 Blocpdb> 23 atoms in block 34 Block first atom: 819 Blocpdb> 25 atoms in block 35 Block first atom: 842 Blocpdb> 25 atoms in block 36 Block first atom: 867 Blocpdb> 24 atoms in block 37 Block first atom: 892 Blocpdb> 25 atoms in block 38 Block first atom: 916 Blocpdb> 25 atoms in block 39 Block first atom: 941 Blocpdb> 25 atoms in block 40 Block first atom: 966 Blocpdb> 25 atoms in block 41 Block first atom: 991 Blocpdb> 25 atoms in block 42 Block first atom: 1016 Blocpdb> 25 atoms in block 43 Block first atom: 1041 Blocpdb> 25 atoms in block 44 Block first atom: 1066 Blocpdb> 25 atoms in block 45 Block first atom: 1091 Blocpdb> 25 atoms in block 46 Block first atom: 1116 Blocpdb> 25 atoms in block 47 Block first atom: 1141 Blocpdb> 24 atoms in block 48 Block first atom: 1166 Blocpdb> 23 atoms in block 49 Block first atom: 1190 Blocpdb> 24 atoms in block 50 Block first atom: 1213 Blocpdb> 25 atoms in block 51 Block first atom: 1237 Blocpdb> 25 atoms in block 52 Block first atom: 1262 Blocpdb> 24 atoms in block 53 Block first atom: 1287 Blocpdb> 25 atoms in block 54 Block first atom: 1311 Blocpdb> 23 atoms in block 55 Block first atom: 1336 Blocpdb> 25 atoms in block 56 Block first atom: 1359 Blocpdb> 24 atoms in block 57 Block first atom: 1384 Blocpdb> 25 atoms in block 58 Block first atom: 1408 Blocpdb> 25 atoms in block 59 Block first atom: 1433 Blocpdb> 24 atoms in block 60 Block first atom: 1458 Blocpdb> 25 atoms in block 61 Block first atom: 1482 Blocpdb> 25 atoms in block 62 Block first atom: 1507 Blocpdb> 25 atoms in block 63 Block first atom: 1532 Blocpdb> 25 atoms in block 64 Block first atom: 1557 Blocpdb> 25 atoms in block 65 Block first atom: 1582 Blocpdb> 25 atoms in block 66 Block first atom: 1607 Blocpdb> 25 atoms in block 67 Block first atom: 1632 Blocpdb> 25 atoms in block 68 Block first atom: 1657 Blocpdb> 25 atoms in block 69 Block first atom: 1682 Blocpdb> 25 atoms in block 70 Block first atom: 1707 Blocpdb> 25 atoms in block 71 Block first atom: 1732 Blocpdb> 25 atoms in block 72 Block first atom: 1757 Blocpdb> 24 atoms in block 73 Block first atom: 1782 Blocpdb> 25 atoms in block 74 Block first atom: 1806 Blocpdb> 25 atoms in block 75 Block first atom: 1831 Blocpdb> 25 atoms in block 76 Block first atom: 1856 Blocpdb> 24 atoms in block 77 Block first atom: 1881 Blocpdb> 25 atoms in block 78 Block first atom: 1905 Blocpdb> 25 atoms in block 79 Block first atom: 1930 Blocpdb> 24 atoms in block 80 Block first atom: 1955 Blocpdb> 25 atoms in block 81 Block first atom: 1979 Blocpdb> 25 atoms in block 82 Block first atom: 2004 Blocpdb> 25 atoms in block 83 Block first atom: 2029 Blocpdb> 24 atoms in block 84 Block first atom: 2054 Blocpdb> 25 atoms in block 85 Block first atom: 2078 Blocpdb> 24 atoms in block 86 Block first atom: 2103 Blocpdb> 25 atoms in block 87 Block first atom: 2127 Blocpdb> 25 atoms in block 88 Block first atom: 2152 Blocpdb> 25 atoms in block 89 Block first atom: 2177 Blocpdb> 25 atoms in block 90 Block first atom: 2202 Blocpdb> 25 atoms in block 91 Block first atom: 2227 Blocpdb> 25 atoms in block 92 Block first atom: 2252 Blocpdb> 24 atoms in block 93 Block first atom: 2277 Blocpdb> 25 atoms in block 94 Block first atom: 2301 Blocpdb> 25 atoms in block 95 Block first atom: 2326 Blocpdb> 24 atoms in block 96 Block first atom: 2351 Blocpdb> 25 atoms in block 97 Block first atom: 2375 Blocpdb> 24 atoms in block 98 Block first atom: 2400 Blocpdb> 24 atoms in block 99 Block first atom: 2424 Blocpdb> 25 atoms in block 100 Block first atom: 2448 Blocpdb> 23 atoms in block 101 Block first atom: 2473 Blocpdb> 25 atoms in block 102 Block first atom: 2496 Blocpdb> 25 atoms in block 103 Block first atom: 2521 Blocpdb> 25 atoms in block 104 Block first atom: 2546 Blocpdb> 24 atoms in block 105 Block first atom: 2571 Blocpdb> 25 atoms in block 106 Block first atom: 2595 Blocpdb> 25 atoms in block 107 Block first atom: 2620 Blocpdb> 24 atoms in block 108 Block first atom: 2645 Blocpdb> 24 atoms in block 109 Block first atom: 2669 Blocpdb> 25 atoms in block 110 Block first atom: 2693 Blocpdb> 25 atoms in block 111 Block first atom: 2718 Blocpdb> 25 atoms in block 112 Block first atom: 2743 Blocpdb> 25 atoms in block 113 Block first atom: 2768 Blocpdb> 25 atoms in block 114 Block first atom: 2793 Blocpdb> 25 atoms in block 115 Block first atom: 2818 Blocpdb> 25 atoms in block 116 Block first atom: 2843 Blocpdb> 25 atoms in block 117 Block first atom: 2868 Blocpdb> 25 atoms in block 118 Block first atom: 2893 Blocpdb> 24 atoms in block 119 Block first atom: 2918 Blocpdb> 25 atoms in block 120 Block first atom: 2942 Blocpdb> 25 atoms in block 121 Block first atom: 2967 Blocpdb> 25 atoms in block 122 Block first atom: 2992 Blocpdb> 25 atoms in block 123 Block first atom: 3017 Blocpdb> 25 atoms in block 124 Block first atom: 3042 Blocpdb> 25 atoms in block 125 Block first atom: 3067 Blocpdb> 25 atoms in block 126 Block first atom: 3092 Blocpdb> 24 atoms in block 127 Block first atom: 3117 Blocpdb> 25 atoms in block 128 Block first atom: 3141 Blocpdb> 25 atoms in block 129 Block first atom: 3166 Blocpdb> 25 atoms in block 130 Block first atom: 3191 Blocpdb> 25 atoms in block 131 Block first atom: 3216 Blocpdb> 25 atoms in block 132 Block first atom: 3241 Blocpdb> 24 atoms in block 133 Block first atom: 3266 Blocpdb> 25 atoms in block 134 Block first atom: 3290 Blocpdb> 24 atoms in block 135 Block first atom: 3315 Blocpdb> 25 atoms in block 136 Block first atom: 3339 Blocpdb> 25 atoms in block 137 Block first atom: 3364 Blocpdb> 25 atoms in block 138 Block first atom: 3389 Blocpdb> 25 atoms in block 139 Block first atom: 3414 Blocpdb> 25 atoms in block 140 Block first atom: 3439 Blocpdb> 25 atoms in block 141 Block first atom: 3464 Blocpdb> 25 atoms in block 142 Block first atom: 3489 Blocpdb> 23 atoms in block 143 Block first atom: 3514 Blocpdb> 25 atoms in block 144 Block first atom: 3537 Blocpdb> 25 atoms in block 145 Block first atom: 3562 Blocpdb> 24 atoms in block 146 Block first atom: 3587 Blocpdb> 25 atoms in block 147 Block first atom: 3611 Blocpdb> 25 atoms in block 148 Block first atom: 3636 Blocpdb> 25 atoms in block 149 Block first atom: 3661 Blocpdb> 25 atoms in block 150 Block first atom: 3686 Blocpdb> 25 atoms in block 151 Block first atom: 3711 Blocpdb> 25 atoms in block 152 Block first atom: 3736 Blocpdb> 25 atoms in block 153 Block first atom: 3761 Blocpdb> 25 atoms in block 154 Block first atom: 3786 Blocpdb> 24 atoms in block 155 Block first atom: 3811 Blocpdb> 25 atoms in block 156 Block first atom: 3835 Blocpdb> 25 atoms in block 157 Block first atom: 3860 Blocpdb> 25 atoms in block 158 Block first atom: 3885 Blocpdb> 24 atoms in block 159 Block first atom: 3910 Blocpdb> 25 atoms in block 160 Block first atom: 3934 Blocpdb> 25 atoms in block 161 Block first atom: 3959 Blocpdb> 24 atoms in block 162 Block first atom: 3984 Blocpdb> 24 atoms in block 163 Block first atom: 4008 Blocpdb> 25 atoms in block 164 Block first atom: 4032 Blocpdb> 25 atoms in block 165 Block first atom: 4057 Blocpdb> 25 atoms in block 166 Block first atom: 4082 Blocpdb> 25 atoms in block 167 Block first atom: 4107 Blocpdb> 25 atoms in block 168 Block first atom: 4132 Blocpdb> 25 atoms in block 169 Block first atom: 4157 Blocpdb> 25 atoms in block 170 Block first atom: 4182 Blocpdb> 24 atoms in block 171 Block first atom: 4207 Blocpdb> 25 atoms in block 172 Block first atom: 4231 Blocpdb> 25 atoms in block 173 Block first atom: 4256 Blocpdb> 25 atoms in block 174 Block first atom: 4281 Blocpdb> 25 atoms in block 175 Block first atom: 4306 Blocpdb> 25 atoms in block 176 Block first atom: 4331 Blocpdb> 25 atoms in block 177 Block first atom: 4356 Blocpdb> 25 atoms in block 178 Block first atom: 4381 Blocpdb> 25 atoms in block 179 Block first atom: 4406 Blocpdb> 25 atoms in block 180 Block first atom: 4431 Blocpdb> 24 atoms in block 181 Block first atom: 4456 Blocpdb> 25 atoms in block 182 Block first atom: 4480 Blocpdb> 25 atoms in block 183 Block first atom: 4505 Blocpdb> 25 atoms in block 184 Block first atom: 4530 Blocpdb> 24 atoms in block 185 Block first atom: 4555 Blocpdb> 24 atoms in block 186 Block first atom: 4579 Blocpdb> 25 atoms in block 187 Block first atom: 4603 Blocpdb> 24 atoms in block 188 Block first atom: 4628 Blocpdb> 23 atoms in block 189 Block first atom: 4652 Blocpdb> 25 atoms in block 190 Block first atom: 4675 Blocpdb> 25 atoms in block 191 Block first atom: 4700 Blocpdb> 24 atoms in block 192 Block first atom: 4725 Blocpdb> 23 atoms in block 193 Block first atom: 4749 Blocpdb> 5 atoms in block 194 Block first atom: 4771 Blocpdb> 194 blocks. Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 5 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 1112596 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 14328 Prepmat> Matrix trace = 2408780.0000 Prepmat> Last element read: 14328 14328 140.4192 Prepmat> 18916 lines saved. Prepmat> 17835 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4776 RTB> Total mass = 4776.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 4776 RTB> Number of blocks = 194 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 116061.1595 RTB> 35970 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1164 Diagstd> Nb of non-zero elements: 35970 Diagstd> Projected matrix trace = 116061.1595 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1164 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 116061.1595 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0061750 0.0101895 0.0450584 0.0493613 0.1151631 0.2086365 0.2452074 0.2748200 0.3637796 0.4101640 0.4672952 0.4902494 0.5153510 0.6164061 0.6804512 0.7498826 0.7833976 0.8427846 0.8880870 0.9177314 0.9753920 1.0700693 1.1228092 1.1859937 1.2171129 1.3151584 1.3730754 1.4256154 1.5229600 1.6139436 1.6769884 1.7325013 1.7519917 1.8292375 1.9066605 1.9274945 2.1109299 2.1373430 2.1845252 2.3011028 2.3470040 2.3579142 2.5218110 2.5604597 2.6442455 2.7515033 2.7870465 2.8856283 2.9248204 2.9885464 3.0181708 3.1172281 3.1806198 3.3414842 3.3796105 3.4153365 3.4477339 3.4658338 3.5531528 3.7133525 3.7742802 3.8768734 3.9122873 4.0521803 4.0733347 4.1638528 4.2698682 4.3091314 4.3213028 4.4336942 4.4583309 4.4874300 4.6163087 4.6620579 4.7144419 4.8465378 4.9472983 5.0552240 5.0830254 5.1416987 5.2392485 5.2995941 5.4403671 5.4965795 5.6365352 5.7174757 5.7462707 5.8275192 5.9659053 6.0540681 6.1389413 6.3402083 6.4409964 6.5362190 6.7489510 6.8340500 6.8371648 6.9346212 7.0598787 7.2016747 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034334 0.0034338 0.0034338 0.0034339 0.0034339 0.0034340 8.5332159 10.9615652 23.0506443 24.1261721 36.8512288 49.6010010 53.7727320 56.9271532 65.4959494 69.5463014 74.2319648 76.0332947 77.9555127 85.2567428 89.5764334 94.0355166 96.1139435 99.6904552 102.3347259 104.0286798 107.2469305 112.3314147 115.0663302 118.2596176 119.8010746 124.5329619 127.2455136 129.6571501 134.0107155 137.9556397 140.6242808 142.9328537 143.7345934 146.8690628 149.9449917 150.7619866 157.7728199 158.7568218 160.4995459 164.7264324 166.3612568 166.7474808 172.4453745 173.7617770 176.5818925 180.1276136 181.2873021 184.4656374 185.7141018 187.7263698 188.6545068 191.7253642 193.6650077 198.5020454 199.6312874 200.6836682 201.6332507 202.1618230 204.6926365 209.2562170 210.9659410 213.8139761 214.7883156 218.5947177 219.1645603 221.5863295 224.3894926 225.4188071 225.7369388 228.6536553 229.2880544 230.0351083 233.3150214 234.4682883 235.7818780 239.0622941 241.5345878 244.1549216 244.8253714 246.2343237 248.5591628 249.9865153 253.2849494 254.5901141 257.8109697 259.6554514 260.3084820 262.1423193 265.2366034 267.1892189 269.0555900 273.4305547 275.5953004 277.6250048 282.1067111 283.8797125 283.9443973 285.9608969 288.5319426 291.4150854 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4776 Rtb_to_modes> Number of blocs = 194 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9968E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9989E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9990E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9997E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9999E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.1750E-03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0190E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.5058E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.9361E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1152 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2086 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2452 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2748 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3638 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4102 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4673 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4902 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5154 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6164 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6805 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7499 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7834 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8428 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8881 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9177 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9754 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.070 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.123 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.186 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.217 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.315 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.373 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.426 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.523 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.614 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.677 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.733 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.752 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.829 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.907 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.927 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.111 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.137 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.185 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.301 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.347 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.358 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.522 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.560 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.644 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.752 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.787 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.886 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.925 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.989 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.018 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.117 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.181 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.341 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.380 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.415 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.448 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.466 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.553 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.713 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.774 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.877 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.912 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.052 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.073 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.164 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.270 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.309 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.321 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.434 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.458 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.487 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.616 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.662 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.714 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.847 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.947 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.055 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.083 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.142 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.239 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.300 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.440 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.497 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.637 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.717 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.746 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.828 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.966 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.054 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.139 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.340 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.441 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.536 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.749 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.834 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.837 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.935 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.060 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.202 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1164 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00004 1.00001 0.99998 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999 1.00004 1.00001 1.00003 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999 0.99998 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 0.99998 0.99998 0.99997 0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999 1.00003 0.99998 1.00000 0.99999 0.99998 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999 1.00001 1.00003 1.00002 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 1.00002 0.99996 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 0.99998 0.99997 1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99997 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 85968 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00004 1.00001 0.99998 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 1.00000 0.99999 1.00004 1.00001 1.00003 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999 0.99998 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 0.99998 0.99998 0.99997 0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999 1.00003 0.99998 1.00000 0.99999 0.99998 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999 1.00001 1.00003 1.00002 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 1.00002 0.99999 1.00002 0.99996 1.00001 0.99998 1.00000 1.00001 0.99998 0.99997 1.00002 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99997 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3:-0.000-0.000 Vector 4:-0.000-0.000 0.000 Vector 5:-0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 7:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 8: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 9: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 10: 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2609040146071659498.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2609040146071659498.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2609040146071659498.atom Openam> file on opening on unit 11: 2609040146071659498.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 966 First residue number = 0 Last residue number = 965 Number of atoms found = 4776 Mean number per residue = 4.9 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9968E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9989E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9990E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.1750E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0190E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.5058E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.9361E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1152 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2086 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2452 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2748 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3638 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4102 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4673 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4902 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5154 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6164 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6805 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7499 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7834 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8428 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8881 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9177 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9754 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.070 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.123 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.186 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.217 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.315 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.373 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.426 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.523 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.614 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.677 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.733 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.752 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.829 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.907 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.927 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.111 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.137 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.185 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.301 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.347 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.358 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.522 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.560 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.644 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.752 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.787 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.886 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.925 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.989 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.018 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.117 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.181 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.341 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.380 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.415 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.448 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.466 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.553 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.713 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.774 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.877 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.912 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.052 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.073 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.164 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.270 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.309 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.321 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.434 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.458 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.487 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.616 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.662 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.714 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.847 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.947 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.055 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.083 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.142 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.239 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.300 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.440 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.497 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.637 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.717 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.746 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.828 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.966 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.054 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.139 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.340 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.441 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.536 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.749 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.834 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.837 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.935 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.060 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.202 Bfactors> 106 vectors, 14328 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.006175 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) %Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant ! Bfactors> = 1.214 +/- 0.90 Bfactors> = 0.000 +/- 0.00 Bfactors> Shiftng-fct= -1.214 Bfactors> Scaling-fct= 0.000 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2609040146071659498.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2609040146071659498.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 8.533 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 10.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 23.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 24.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 36.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 53.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 56.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 65.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 74.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 76.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 77.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 85.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 89.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 94.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 96.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 102.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 104.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 107.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 115.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 118.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 119.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 124.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 127.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 134.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 138.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 140.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 143.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 146.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 150.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 157.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 158.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 160.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 164.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 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Chkmod> That is: 4776 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. Chkmod> Normal end. 0.0034 0.8547 0.0034 0.7700 0.0034 0.8796 0.0034 0.8371 0.0034 0.9737 0.0034 0.7922 8.5329 0.5789 10.9613 0.6919 23.0496 0.7397 24.1251 0.7211 36.8555 0.6064 49.5945 0.5880 53.7696 0.6117 56.9226 0.4970 65.4950 0.6657 69.5464 0.6818 74.2292 0.2802 76.0262 0.3804 77.9559 0.4072 85.2527 0.6303 89.5758 0.3255 94.0326 0.5703 96.1100 0.2671 99.6871 0.5926 102.3311 0.6302 104.0224 0.5721 107.2428 0.4233 112.3230 0.4060 115.0712 0.3059 118.2549 0.2605 119.7904 0.3833 124.5201 0.5042 127.2366 0.5350 129.6691 0.3313 134.0067 0.4061 137.9521 0.4434 140.6187 0.4171 142.9473 0.3815 143.7288 0.5598 146.8532 0.4322 149.9519 0.6188 150.7362 0.6515 157.7687 0.3827 158.7373 0.4895 160.5101 0.2581 164.7157 0.4316 166.3540 0.4304 166.7434 0.5892 172.4444 0.5187 173.7387 0.4775 176.5661 0.3771 180.1361 0.4264 181.2780 0.3741 184.4696 0.5480 185.7118 0.5185 187.7326 0.3530 188.6411 0.5366 191.7101 0.3822 193.6683 0.4752 198.4791 0.4328 199.6342 0.4762 200.6652 0.5562 201.6324 0.4681 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perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom making animated gifs 11 models are in 2609040146071659498.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609040146071659498.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609040146071659498.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2609040146071659498 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2609040146071659498.eigenfacs 2609040146071659498.atom calculating perturbed structure for DQ=60 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