*** 6bf8_closed ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2609040146391662543.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2609040146391662543.atom to be opened.
Openam> File opened: 2609040146391662543.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 965
First residue number = 966
Last residue number = 1930
Number of atoms found = 4772
Mean number per residue = 4.9
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 24.004325 +/- 17.556832 From: -14.077000 To: 60.380000
= -26.186302 +/- 18.291677 From: -64.958000 To: 11.662000
= -3.277622 +/- 15.293476 From: -41.185000 To: 30.179000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.1012 % Filled.
Pdbmat> 1128507 non-zero elements.
Pdbmat> 122235 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 51.23 +/- 11.68
Maximum number = 90
Minimum number = 15
Pdbmat> Matrix trace = 2.444700E+06
Pdbmat> Larger element = 401.699
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
965 non-zero elements, NRBL set to 5
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2609040146391662543.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 5
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2609040146391662543.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2609040146391662543.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 4772 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 5 residue(s) per block.
Blocpdb> 965 residues.
Blocpdb> 25 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 25 atoms in block 2
Block first atom: 26
Blocpdb> 24 atoms in block 3
Block first atom: 51
Blocpdb> 25 atoms in block 4
Block first atom: 75
Blocpdb> 25 atoms in block 5
Block first atom: 100
Blocpdb> 25 atoms in block 6
Block first atom: 125
Blocpdb> 24 atoms in block 7
Block first atom: 150
Blocpdb> 25 atoms in block 8
Block first atom: 174
Blocpdb> 25 atoms in block 9
Block first atom: 199
Blocpdb> 25 atoms in block 10
Block first atom: 224
Blocpdb> 23 atoms in block 11
Block first atom: 249
Blocpdb> 25 atoms in block 12
Block first atom: 272
Blocpdb> 25 atoms in block 13
Block first atom: 297
Blocpdb> 25 atoms in block 14
Block first atom: 322
Blocpdb> 25 atoms in block 15
Block first atom: 347
Blocpdb> 24 atoms in block 16
Block first atom: 372
Blocpdb> 25 atoms in block 17
Block first atom: 396
Blocpdb> 25 atoms in block 18
Block first atom: 421
Blocpdb> 25 atoms in block 19
Block first atom: 446
Blocpdb> 25 atoms in block 20
Block first atom: 471
Blocpdb> 25 atoms in block 21
Block first atom: 496
Blocpdb> 25 atoms in block 22
Block first atom: 521
Blocpdb> 25 atoms in block 23
Block first atom: 546
Blocpdb> 25 atoms in block 24
Block first atom: 571
Blocpdb> 25 atoms in block 25
Block first atom: 596
Blocpdb> 24 atoms in block 26
Block first atom: 621
Blocpdb> 25 atoms in block 27
Block first atom: 645
Blocpdb> 25 atoms in block 28
Block first atom: 670
Blocpdb> 25 atoms in block 29
Block first atom: 695
Blocpdb> 25 atoms in block 30
Block first atom: 720
Blocpdb> 25 atoms in block 31
Block first atom: 745
Blocpdb> 25 atoms in block 32
Block first atom: 770
Blocpdb> 24 atoms in block 33
Block first atom: 795
Blocpdb> 24 atoms in block 34
Block first atom: 819
Blocpdb> 25 atoms in block 35
Block first atom: 843
Blocpdb> 25 atoms in block 36
Block first atom: 868
Blocpdb> 24 atoms in block 37
Block first atom: 893
Blocpdb> 25 atoms in block 38
Block first atom: 917
Blocpdb> 25 atoms in block 39
Block first atom: 942
Blocpdb> 25 atoms in block 40
Block first atom: 967
Blocpdb> 25 atoms in block 41
Block first atom: 992
Blocpdb> 25 atoms in block 42
Block first atom: 1017
Blocpdb> 25 atoms in block 43
Block first atom: 1042
Blocpdb> 25 atoms in block 44
Block first atom: 1067
Blocpdb> 25 atoms in block 45
Block first atom: 1092
Blocpdb> 25 atoms in block 46
Block first atom: 1117
Blocpdb> 25 atoms in block 47
Block first atom: 1142
Blocpdb> 23 atoms in block 48
Block first atom: 1167
Blocpdb> 24 atoms in block 49
Block first atom: 1190
Blocpdb> 24 atoms in block 50
Block first atom: 1214
Blocpdb> 25 atoms in block 51
Block first atom: 1238
Blocpdb> 24 atoms in block 52
Block first atom: 1263
Blocpdb> 25 atoms in block 53
Block first atom: 1287
Blocpdb> 25 atoms in block 54
Block first atom: 1312
Blocpdb> 23 atoms in block 55
Block first atom: 1337
Blocpdb> 25 atoms in block 56
Block first atom: 1360
Blocpdb> 24 atoms in block 57
Block first atom: 1385
Blocpdb> 25 atoms in block 58
Block first atom: 1409
Blocpdb> 25 atoms in block 59
Block first atom: 1434
Blocpdb> 24 atoms in block 60
Block first atom: 1459
Blocpdb> 25 atoms in block 61
Block first atom: 1483
Blocpdb> 25 atoms in block 62
Block first atom: 1508
Blocpdb> 25 atoms in block 63
Block first atom: 1533
Blocpdb> 25 atoms in block 64
Block first atom: 1558
Blocpdb> 25 atoms in block 65
Block first atom: 1583
Blocpdb> 25 atoms in block 66
Block first atom: 1608
Blocpdb> 25 atoms in block 67
Block first atom: 1633
Blocpdb> 25 atoms in block 68
Block first atom: 1658
Blocpdb> 25 atoms in block 69
Block first atom: 1683
Blocpdb> 25 atoms in block 70
Block first atom: 1708
Blocpdb> 25 atoms in block 71
Block first atom: 1733
Blocpdb> 24 atoms in block 72
Block first atom: 1758
Blocpdb> 25 atoms in block 73
Block first atom: 1782
Blocpdb> 25 atoms in block 74
Block first atom: 1807
Blocpdb> 25 atoms in block 75
Block first atom: 1832
Blocpdb> 25 atoms in block 76
Block first atom: 1857
Blocpdb> 24 atoms in block 77
Block first atom: 1882
Blocpdb> 25 atoms in block 78
Block first atom: 1906
Blocpdb> 25 atoms in block 79
Block first atom: 1931
Blocpdb> 24 atoms in block 80
Block first atom: 1956
Blocpdb> 25 atoms in block 81
Block first atom: 1980
Blocpdb> 25 atoms in block 82
Block first atom: 2005
Blocpdb> 24 atoms in block 83
Block first atom: 2030
Blocpdb> 25 atoms in block 84
Block first atom: 2054
Blocpdb> 25 atoms in block 85
Block first atom: 2079
Blocpdb> 24 atoms in block 86
Block first atom: 2104
Blocpdb> 25 atoms in block 87
Block first atom: 2128
Blocpdb> 25 atoms in block 88
Block first atom: 2153
Blocpdb> 25 atoms in block 89
Block first atom: 2178
Blocpdb> 25 atoms in block 90
Block first atom: 2203
Blocpdb> 25 atoms in block 91
Block first atom: 2228
Blocpdb> 24 atoms in block 92
Block first atom: 2253
Blocpdb> 25 atoms in block 93
Block first atom: 2277
Blocpdb> 25 atoms in block 94
Block first atom: 2302
Blocpdb> 25 atoms in block 95
Block first atom: 2327
Blocpdb> 24 atoms in block 96
Block first atom: 2352
Blocpdb> 25 atoms in block 97
Block first atom: 2376
Blocpdb> 24 atoms in block 98
Block first atom: 2401
Blocpdb> 24 atoms in block 99
Block first atom: 2425
Blocpdb> 24 atoms in block 100
Block first atom: 2449
Blocpdb> 24 atoms in block 101
Block first atom: 2473
Blocpdb> 25 atoms in block 102
Block first atom: 2497
Blocpdb> 25 atoms in block 103
Block first atom: 2522
Blocpdb> 25 atoms in block 104
Block first atom: 2547
Blocpdb> 24 atoms in block 105
Block first atom: 2572
Blocpdb> 25 atoms in block 106
Block first atom: 2596
Blocpdb> 24 atoms in block 107
Block first atom: 2621
Blocpdb> 25 atoms in block 108
Block first atom: 2645
Blocpdb> 24 atoms in block 109
Block first atom: 2670
Blocpdb> 25 atoms in block 110
Block first atom: 2694
Blocpdb> 25 atoms in block 111
Block first atom: 2719
Blocpdb> 25 atoms in block 112
Block first atom: 2744
Blocpdb> 25 atoms in block 113
Block first atom: 2769
Blocpdb> 25 atoms in block 114
Block first atom: 2794
Blocpdb> 25 atoms in block 115
Block first atom: 2819
Blocpdb> 25 atoms in block 116
Block first atom: 2844
Blocpdb> 25 atoms in block 117
Block first atom: 2869
Blocpdb> 25 atoms in block 118
Block first atom: 2894
Blocpdb> 24 atoms in block 119
Block first atom: 2919
Blocpdb> 25 atoms in block 120
Block first atom: 2943
Blocpdb> 25 atoms in block 121
Block first atom: 2968
Blocpdb> 25 atoms in block 122
Block first atom: 2993
Blocpdb> 25 atoms in block 123
Block first atom: 3018
Blocpdb> 25 atoms in block 124
Block first atom: 3043
Blocpdb> 25 atoms in block 125
Block first atom: 3068
Blocpdb> 25 atoms in block 126
Block first atom: 3093
Blocpdb> 24 atoms in block 127
Block first atom: 3118
Blocpdb> 25 atoms in block 128
Block first atom: 3142
Blocpdb> 25 atoms in block 129
Block first atom: 3167
Blocpdb> 25 atoms in block 130
Block first atom: 3192
Blocpdb> 25 atoms in block 131
Block first atom: 3217
Blocpdb> 25 atoms in block 132
Block first atom: 3242
Blocpdb> 24 atoms in block 133
Block first atom: 3267
Blocpdb> 25 atoms in block 134
Block first atom: 3291
Blocpdb> 24 atoms in block 135
Block first atom: 3316
Blocpdb> 25 atoms in block 136
Block first atom: 3340
Blocpdb> 25 atoms in block 137
Block first atom: 3365
Blocpdb> 25 atoms in block 138
Block first atom: 3390
Blocpdb> 25 atoms in block 139
Block first atom: 3415
Blocpdb> 25 atoms in block 140
Block first atom: 3440
Blocpdb> 25 atoms in block 141
Block first atom: 3465
Blocpdb> 25 atoms in block 142
Block first atom: 3490
Blocpdb> 23 atoms in block 143
Block first atom: 3515
Blocpdb> 25 atoms in block 144
Block first atom: 3538
Blocpdb> 25 atoms in block 145
Block first atom: 3563
Blocpdb> 24 atoms in block 146
Block first atom: 3588
Blocpdb> 25 atoms in block 147
Block first atom: 3612
Blocpdb> 25 atoms in block 148
Block first atom: 3637
Blocpdb> 25 atoms in block 149
Block first atom: 3662
Blocpdb> 25 atoms in block 150
Block first atom: 3687
Blocpdb> 25 atoms in block 151
Block first atom: 3712
Blocpdb> 25 atoms in block 152
Block first atom: 3737
Blocpdb> 25 atoms in block 153
Block first atom: 3762
Blocpdb> 25 atoms in block 154
Block first atom: 3787
Blocpdb> 24 atoms in block 155
Block first atom: 3812
Blocpdb> 25 atoms in block 156
Block first atom: 3836
Blocpdb> 25 atoms in block 157
Block first atom: 3861
Blocpdb> 25 atoms in block 158
Block first atom: 3886
Blocpdb> 24 atoms in block 159
Block first atom: 3911
Blocpdb> 25 atoms in block 160
Block first atom: 3935
Blocpdb> 25 atoms in block 161
Block first atom: 3960
Blocpdb> 23 atoms in block 162
Block first atom: 3985
Blocpdb> 25 atoms in block 163
Block first atom: 4008
Blocpdb> 25 atoms in block 164
Block first atom: 4033
Blocpdb> 25 atoms in block 165
Block first atom: 4058
Blocpdb> 25 atoms in block 166
Block first atom: 4083
Blocpdb> 25 atoms in block 167
Block first atom: 4108
Blocpdb> 25 atoms in block 168
Block first atom: 4133
Blocpdb> 25 atoms in block 169
Block first atom: 4158
Blocpdb> 25 atoms in block 170
Block first atom: 4183
Blocpdb> 24 atoms in block 171
Block first atom: 4208
Blocpdb> 25 atoms in block 172
Block first atom: 4232
Blocpdb> 25 atoms in block 173
Block first atom: 4257
Blocpdb> 25 atoms in block 174
Block first atom: 4282
Blocpdb> 25 atoms in block 175
Block first atom: 4307
Blocpdb> 25 atoms in block 176
Block first atom: 4332
Blocpdb> 25 atoms in block 177
Block first atom: 4357
Blocpdb> 25 atoms in block 178
Block first atom: 4382
Blocpdb> 25 atoms in block 179
Block first atom: 4407
Blocpdb> 25 atoms in block 180
Block first atom: 4432
Blocpdb> 24 atoms in block 181
Block first atom: 4457
Blocpdb> 25 atoms in block 182
Block first atom: 4481
Blocpdb> 25 atoms in block 183
Block first atom: 4506
Blocpdb> 25 atoms in block 184
Block first atom: 4531
Blocpdb> 24 atoms in block 185
Block first atom: 4556
Blocpdb> 24 atoms in block 186
Block first atom: 4580
Blocpdb> 25 atoms in block 187
Block first atom: 4604
Blocpdb> 24 atoms in block 188
Block first atom: 4629
Blocpdb> 23 atoms in block 189
Block first atom: 4653
Blocpdb> 25 atoms in block 190
Block first atom: 4676
Blocpdb> 25 atoms in block 191
Block first atom: 4701
Blocpdb> 23 atoms in block 192
Block first atom: 4726
Blocpdb> 24 atoms in block 193
Block first atom: 4748
Blocpdb> 193 blocks.
Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 23 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1128700 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 14316
Prepmat> Matrix trace = 2444700.0000
Prepmat> Last element read: 14316 14316 117.0069
Prepmat> 18722 lines saved.
Prepmat> 17575 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 4772
RTB> Total mass = 4772.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 4772
RTB> Number of blocks = 193
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 118658.4537
RTB> 38350 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1158
Diagstd> Nb of non-zero elements: 38350
Diagstd> Projected matrix trace = 118658.4537
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1158 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 118658.4537
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.3191736 0.3976131 0.4470493 0.5075615
0.5343451 0.5633859 0.6153181 0.7150828 0.7581898
0.8075710 0.8385068 0.9014922 0.9705688 1.0636112
1.1470743 1.2173846 1.2929502 1.3263240 1.4261947
1.5624306 1.5973766 1.6632253 1.7694844 1.8465042
1.9457148 1.9650942 2.0846987 2.1669888 2.2655319
2.3509989 2.4406752 2.5635709 2.6140885 2.6993253
2.7352295 2.8078379 2.8964614 2.9357769 3.0842074
3.1117571 3.2155137 3.3299423 3.3842446 3.4109452
3.4769097 3.5499809 3.5879620 3.6378969 3.7261816
3.8423281 3.9011297 3.9928485 4.1359185 4.2272023
4.2809097 4.3467368 4.4090659 4.4600918 4.5969952
4.6343273 4.6478099 4.7651656 4.8432689 4.9910675
5.1603971 5.2062295 5.2432893 5.3271094 5.3981224
5.4772641 5.5970743 5.6606670 5.6929288 5.8517569
5.9285182 6.0834347 6.1655318 6.2166001 6.3962186
6.5159997 6.6131213 6.7236599 6.7573852 6.8888405
7.0124472 7.1067976 7.2030914 7.2443051 7.2646913
7.4598842 7.5176824 7.6142731 7.6738560 7.8659314
7.9351277 8.0165339 8.0855787 8.1811467 8.1878182
8.2882186
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034331 0.0034338 0.0034339 0.0034341 0.0034342
0.0034345 61.3491796 68.4739889 72.6060799 77.3641249
79.3791041 81.5076306 85.1814687 91.8276465 94.5549474
97.5855780 99.4371312 103.1041806 106.9814431 111.9919300
116.3030347 119.8144449 123.4770308 125.0604794 129.6834886
135.7361889 137.2457627 140.0460369 144.4503682 147.5606041
151.4728741 152.2253463 156.7894829 159.8540383 163.4482877
166.5027804 169.6485986 173.8673151 175.5720677 178.4115204
179.5941430 181.9622485 184.8115694 186.0616239 190.7071912
191.5570440 194.7244391 198.1589236 199.7681050 200.5546106
202.4845942 204.6012535 205.6928505 207.1192540 209.6173809
212.8592373 214.4818145 216.9884901 220.8417936 223.2655906
224.6794298 226.4002773 228.0177067 229.3333299 232.8264446
233.7699222 234.1097282 237.0468998 238.9816579 242.6006727
246.6816484 247.7746872 248.6549962 250.6346374 252.2996488
254.1423959 256.9069278 258.3622654 259.0974595 262.6869013
264.4042066 267.8364662 269.6376600 270.7520443 274.6356607
277.1952658 279.2534357 281.5776297 282.2829313 285.0154122
287.5610640 289.4891257 291.4437483 292.2763301 292.6872898
296.5932916 297.7400567 299.6467048 300.8168110 304.5582415
305.8949036 307.4599826 308.7811884 310.6006567 310.7272743
312.6265658
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 4772
Rtb_to_modes> Number of blocs = 193
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.935
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.288
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1158 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 0.99998 1.00001 1.00002 1.00002
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 85896 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00001 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000
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1.00000 0.99998 1.00001 1.00002 1.00002
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 8: 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2609040146391662543.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2609040146391662543.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2609040146391662543.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2609040146391662543.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 965
First residue number = 966
Last residue number = 1930
Number of atoms found = 4772
Mean number per residue = 4.9
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9999E-10
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4470
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.597
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.991
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.398
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.477
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.597
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.661
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.693
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.852
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.929
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.166
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.217
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.396
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.516
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.613
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.724
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.757
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.889
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.012
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.107
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.203
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.244
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.265
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.460
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.518
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.614
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.674
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.866
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.935
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.017
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.086
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.181
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.188
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.288
Bfactors> 106 vectors, 14316 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.319200
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.158 +/- 0.10
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.158
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2609040146391662543.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2609040146391662543.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4343E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 61.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 68.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 72.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 77.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 79.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 81.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 85.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 91.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 94.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 97.58
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 103.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 107.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 116.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 119.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 123.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 125.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 129.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 135.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 137.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 140.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 144.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 147.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 151.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 152.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 156.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 159.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 166.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 169.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 173.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 175.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 178.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 179.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 182.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 184.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 190.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 191.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 194.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 198.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 199.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 200.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 202.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 204.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 205.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 209.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 212.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 214.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 217.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 220.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 223.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 224.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 226.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 229.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 232.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 233.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 237.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 239.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 242.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 246.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 247.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 248.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 250.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 252.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 254.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 256.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 258.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 259.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 262.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 267.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 269.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 270.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 274.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 277.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 279.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 281.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 282.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 285.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 287.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 289.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 291.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 292.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 292.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 296.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 299.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 300.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 307.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 310.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 310.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 312.6
Chkmod> 106 vectors, 14316 coordinates in file.
Chkmod> That is: 4772 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.7270
0.0034 0.9089
0.0034 0.8797
0.0034 0.7671
0.0034 0.9086
0.0034 0.8214
61.3491 0.6688
68.4699 0.6303
72.5990 0.4273
77.3637 0.7106
79.3723 0.6292
81.5052 0.6789
85.1766 0.7553
91.8248 0.5215
94.5515 0.5907
97.5831 0.6302
99.4325 0.6144
103.1002 0.6421
106.9786 0.4756
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116.2943 0.4886
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Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m25.587s
user 0m25.471s
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rm: cannot remove '2609040146391662543.sdijf': No such file or directory
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