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***  1bqu  ***

LOGs for ID: 2609072336412377490

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2609072336412377490.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2609072336412377490.atom to be opened. Openam> File opened: 2609072336412377490.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 204 First residue number = 100 Last residue number = 303 Number of atoms found = 2012 Mean number per residue = 9.9 Pdbmat> Coordinate statistics: = 22.137164 +/- 12.529959 From: -3.572000 To: 50.163000 = 21.498793 +/- 7.109973 From: 2.670000 To: 38.119000 = 4.515020 +/- 17.574998 From: -33.200000 To: 43.709000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 4.7061 % Filled. Pdbmat> 857436 non-zero elements. Pdbmat> 93946 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 93.39 +/- 27.92 Maximum number = 156 Minimum number = 21 Pdbmat> Matrix trace = 1.878920E+06 Pdbmat> Larger element = 583.445 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 204 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2609072336412377490.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2609072336412377490.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2609072336412377490.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 2012 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 204 residues. Blocpdb> 13 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 16 atoms in block 2 Block first atom: 14 Blocpdb> 17 atoms in block 3 Block first atom: 30 Blocpdb> 20 atoms in block 4 Block first atom: 47 Blocpdb> 24 atoms in block 5 Block first atom: 67 Blocpdb> 17 atoms in block 6 Block first atom: 91 Blocpdb> 16 atoms in block 7 Block first atom: 108 Blocpdb> 19 atoms in block 8 Block first atom: 124 Blocpdb> 15 atoms in block 9 Block first atom: 143 Blocpdb> 26 atoms in block 10 Block first atom: 158 Blocpdb> 26 atoms in block 11 Block first atom: 184 Blocpdb> 17 atoms in block 12 Block first atom: 210 Blocpdb> 25 atoms in block 13 Block first atom: 227 Blocpdb> 10 atoms in block 14 Block first atom: 252 Blocpdb> 27 atoms in block 15 Block first atom: 262 Blocpdb> 22 atoms in block 16 Block first atom: 289 Blocpdb> 19 atoms in block 17 Block first atom: 311 Blocpdb> 20 atoms in block 18 Block first atom: 330 Blocpdb> 21 atoms in block 19 Block first atom: 350 Blocpdb> 22 atoms in block 20 Block first atom: 371 Blocpdb> 18 atoms in block 21 Block first atom: 393 Blocpdb> 22 atoms in block 22 Block first atom: 411 Blocpdb> 22 atoms in block 23 Block first atom: 433 Blocpdb> 25 atoms in block 24 Block first atom: 455 Blocpdb> 15 atoms in block 25 Block first atom: 480 Blocpdb> 20 atoms in block 26 Block first atom: 495 Blocpdb> 19 atoms in block 27 Block first atom: 515 Blocpdb> 15 atoms in block 28 Block first atom: 534 Blocpdb> 16 atoms in block 29 Block first atom: 549 Blocpdb> 17 atoms in block 30 Block first atom: 565 Blocpdb> 16 atoms in block 31 Block first atom: 582 Blocpdb> 17 atoms in block 32 Block first atom: 598 Blocpdb> 22 atoms in block 33 Block first atom: 615 Blocpdb> 17 atoms in block 34 Block first atom: 637 Blocpdb> 26 atoms in block 35 Block first atom: 654 Blocpdb> 19 atoms in block 36 Block first atom: 680 Blocpdb> 19 atoms in block 37 Block first atom: 699 Blocpdb> 24 atoms in block 38 Block first atom: 718 Blocpdb> 18 atoms in block 39 Block first atom: 742 Blocpdb> 16 atoms in block 40 Block first atom: 760 Blocpdb> 17 atoms in block 41 Block first atom: 776 Blocpdb> 14 atoms in block 42 Block first atom: 793 Blocpdb> 21 atoms in block 43 Block first atom: 807 Blocpdb> 17 atoms in block 44 Block first atom: 828 Blocpdb> 22 atoms in block 45 Block first atom: 845 Blocpdb> 20 atoms in block 46 Block first atom: 867 Blocpdb> 21 atoms in block 47 Block first atom: 887 Blocpdb> 15 atoms in block 48 Block first atom: 908 Blocpdb> 27 atoms in block 49 Block first atom: 923 Blocpdb> 21 atoms in block 50 Block first atom: 950 Blocpdb> 18 atoms in block 51 Block first atom: 971 Blocpdb> 14 atoms in block 52 Block first atom: 989 Blocpdb> 24 atoms in block 53 Block first atom: 1003 Blocpdb> 17 atoms in block 54 Block first atom: 1027 Blocpdb> 17 atoms in block 55 Block first atom: 1044 Blocpdb> 19 atoms in block 56 Block first atom: 1061 Blocpdb> 20 atoms in block 57 Block first atom: 1080 Blocpdb> 17 atoms in block 58 Block first atom: 1100 Blocpdb> 17 atoms in block 59 Block first atom: 1117 Blocpdb> 22 atoms in block 60 Block first atom: 1134 Blocpdb> 18 atoms in block 61 Block first atom: 1156 Blocpdb> 25 atoms in block 62 Block first atom: 1174 Blocpdb> 18 atoms in block 63 Block first atom: 1199 Blocpdb> 17 atoms in block 64 Block first atom: 1217 Blocpdb> 21 atoms in block 65 Block first atom: 1234 Blocpdb> 17 atoms in block 66 Block first atom: 1255 Blocpdb> 18 atoms in block 67 Block first atom: 1272 Blocpdb> 27 atoms in block 68 Block first atom: 1290 Blocpdb> 20 atoms in block 69 Block first atom: 1317 Blocpdb> 26 atoms in block 70 Block first atom: 1337 Blocpdb> 26 atoms in block 71 Block first atom: 1363 Blocpdb> 22 atoms in block 72 Block first atom: 1389 Blocpdb> 14 atoms in block 73 Block first atom: 1411 Blocpdb> 25 atoms in block 74 Block first atom: 1425 Blocpdb> 20 atoms in block 75 Block first atom: 1450 Blocpdb> 16 atoms in block 76 Block first atom: 1470 Blocpdb> 17 atoms in block 77 Block first atom: 1486 Blocpdb> 18 atoms in block 78 Block first atom: 1503 Blocpdb> 14 atoms in block 79 Block first atom: 1521 Blocpdb> 26 atoms in block 80 Block first atom: 1535 Blocpdb> 16 atoms in block 81 Block first atom: 1561 Blocpdb> 21 atoms in block 82 Block first atom: 1577 Blocpdb> 20 atoms in block 83 Block first atom: 1598 Blocpdb> 18 atoms in block 84 Block first atom: 1618 Blocpdb> 20 atoms in block 85 Block first atom: 1636 Blocpdb> 21 atoms in block 86 Block first atom: 1656 Blocpdb> 24 atoms in block 87 Block first atom: 1677 Blocpdb> 20 atoms in block 88 Block first atom: 1701 Blocpdb> 26 atoms in block 89 Block first atom: 1721 Blocpdb> 24 atoms in block 90 Block first atom: 1747 Blocpdb> 22 atoms in block 91 Block first atom: 1771 Blocpdb> 19 atoms in block 92 Block first atom: 1793 Blocpdb> 18 atoms in block 93 Block first atom: 1812 Blocpdb> 19 atoms in block 94 Block first atom: 1830 Blocpdb> 24 atoms in block 95 Block first atom: 1849 Blocpdb> 25 atoms in block 96 Block first atom: 1873 Blocpdb> 18 atoms in block 97 Block first atom: 1898 Blocpdb> 16 atoms in block 98 Block first atom: 1916 Blocpdb> 13 atoms in block 99 Block first atom: 1932 Blocpdb> 18 atoms in block 100 Block first atom: 1945 Blocpdb> 24 atoms in block 101 Block first atom: 1963 Blocpdb> 26 atoms in block 102 Block first atom: 1986 Blocpdb> 102 blocks. Blocpdb> At most, 27 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 10 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 857538 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 6036 Prepmat> Matrix trace = 1878920.0000 Prepmat> Last element read: 6036 6036 126.6420 Prepmat> 5254 lines saved. Prepmat> 4248 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2012 RTB> Total mass = 2012.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 2012 RTB> Number of blocks = 102 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 157571.8426 RTB> 34650 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 612 Diagstd> Nb of non-zero elements: 34650 Diagstd> Projected matrix trace = 157571.8426 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 612 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 157571.8426 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.7124110 1.0946155 1.4866001 3.8188170 4.4204631 6.9590582 7.0853009 9.2153941 11.1074856 11.5418537 14.6522494 15.4618003 16.3477377 18.3835214 20.1117502 21.3017041 22.0369015 25.9624754 26.3515793 28.1141451 28.9132589 31.4828069 32.3236649 35.1625708 36.7723606 39.0889970 40.0562971 41.9113712 42.5717691 44.3982219 44.7389807 45.9069109 47.5554697 48.4503242 49.1988893 50.8436308 51.8834160 52.7576351 53.9911367 55.1503980 56.4001280 57.2232444 57.5324376 59.0730588 60.2392719 60.9837337 62.2030904 62.4500779 63.7451588 64.7686645 66.0983891 66.8958780 67.4156605 68.4437333 69.7533842 71.6546432 72.9559395 73.3461694 74.8170741 75.2369259 76.3405243 77.0223892 78.5684008 79.5011818 79.5161421 80.3398193 81.5572777 82.6611705 84.6488847 85.3530823 86.1584813 86.6045723 87.0738220 88.3868664 88.6456883 89.6975101 90.2456845 92.8203457 93.0828812 93.8027839 94.2869306 95.7632403 97.2987301 97.7428345 97.9452662 99.3460950 100.6705238 101.2695597 101.9007788 102.4587922 102.9299301 103.6615875 104.7363188 105.7076261 106.2954591 106.8142834 108.9648085 111.0599215 111.4446185 112.4382856 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034313 0.0034332 0.0034333 0.0034339 0.0034342 0.0034353 91.6559327 113.6124906 132.4013338 212.2069979 228.3122253 286.4643054 289.0509689 329.6493595 361.9121462 368.9207329 415.6688032 426.9974781 439.0602396 465.5964208 486.9901907 501.1900660 509.7656246 553.3097581 557.4406105 575.7815194 583.9071632 609.3011577 617.3842957 643.9254498 658.5003880 678.9261614 687.2752116 703.0095346 708.5265510 723.5658627 726.3372590 735.7568519 748.8511790 755.8639350 761.6806619 774.3076652 782.1851408 788.7473993 797.9147909 806.4354410 815.5213314 821.4507280 823.6670024 834.6223488 842.8205907 848.0125611 856.4485160 858.1471656 866.9995734 873.9322205 882.8577179 888.1676676 891.6115322 898.3842415 906.9386741 919.2157336 927.5249643 930.0022489 939.2812228 941.9130230 948.7960092 953.0238590 962.5409986 968.2378869 968.3289830 973.3313361 980.6784697 987.2929948 999.0929641 1003.2401049 1007.9623210 1010.5683466 1013.3024302 1020.9139748 1022.4076459 1028.4554266 1031.5932740 1046.2051921 1047.6837044 1051.7272927 1054.4379530 1062.6608885 1071.1464836 1073.5882382 1074.6993984 1082.3573749 1089.5481923 1092.7850404 1096.1854464 1099.1827300 1101.7070260 1105.6157277 1111.3322902 1116.4735537 1119.5735671 1122.3025402 1133.5440723 1144.3897554 1146.3700503 1151.4693645 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2012 Rtb_to_modes> Number of blocs = 102 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9845E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9954E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9960E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9996E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0008E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7124 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.095 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.487 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.819 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.420 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.959 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.085 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.215 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.54 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.96 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.76 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.24 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 64.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.75 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.96 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> 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Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 0.99997 1.00002 0.99998 1.00001 0.99998 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 1.00001 0.99999 0.99998 1.00001 1.00004 1.00002 0.99998 0.99999 0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 0.99996 0.99998 1.00004 0.99996 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 0.99999 0.99998 0.99997 1.00001 0.99998 0.99998 1.00001 0.99995 0.99998 1.00001 0.99999 1.00002 1.00000 1.00002 1.00003 0.99996 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 1.00004 0.99999 1.00000 1.00001 1.00001 1.00002 1.00003 1.00000 0.99998 1.00000 0.99997 0.99999 1.00001 1.00000 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 1.00001 1.00002 1.00000 1.00004 1.00003 1.00001 0.99999 0.99998 0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 0.99999 1.00001 1.00003 1.00001 1.00002 0.99999 1.00003 0.99999 1.00004 1.00002 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 1.00002 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99999 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3:-0.000 0.000 Vector 4: 0.000-0.000 0.000 Vector 5:-0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 6:-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 8: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 9: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2609072336412377490.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2609072336412377490.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2609072336412377490.atom Openam> file on opening on unit 11: 2609072336412377490.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 204 First residue number = 100 Last residue number = 303 Number of atoms found = 2012 Mean number per residue = 9.9 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9845E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9954E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9960E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9996E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0008E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7124 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.095 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.487 Rdmodfacs> Numero du 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lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 59.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 63.75 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 64.77 Rdmodfacs> Numero du 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lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.76 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 97.95 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 99.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 102.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 103.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 109.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 111.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.4 Bfactors> 106 vectors, 6036 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.712400 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.582 for 204 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.039 +/- 0.03 Bfactors> = 16.771 +/- 7.95 Bfactors> Shiftng-fct= 16.733 Bfactors> Scaling-fct= 239.867 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2609072336412377490.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2609072336412377490.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4312E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4337E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4352E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 91.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 113.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 132.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 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CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 465.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 486.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 501.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 557.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 575.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 609.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 617.3 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vecteur en lecture: 748.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 755.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 761.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 774.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 782.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 788.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 797.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 806.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 815.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 821.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 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CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 891.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 898.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 906.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 919.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 927.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 930.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 939.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 941.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 948.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 953.0 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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1008. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1010. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1013. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1021. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1022. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1028. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1032. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1046. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1048. 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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1096. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1099. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1101. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1106. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1111. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1116. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1120. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1122. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1134. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1145. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1146. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1151. Chkmod> 106 vectors, 6036 coordinates in file. Chkmod> That is: 2012 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7121 0.0034 0.8027 0.0034 0.9495 0.0034 0.8511 0.0034 0.8794 0.0034 0.6836 91.6513 0.5880 113.6276 0.5766 132.4135 0.6992 212.2030 0.6292 228.2905 0.5786 286.4508 0.3210 289.0324 0.6745 329.6282 0.5030 361.9376 0.5113 368.8753 0.6271 415.6191 0.4149 426.9543 0.3676 439.0718 0.1711 465.5318 0.2490 486.9481 0.4454 501.1485 0.4259 509.7796 0.3697 553.2596 0.5227 557.4000 0.3911 575.7144 0.0863 583.8492 0.3583 609.2478 0.2612 617.3228 0.5964 643.8743 0.4266 658.4510 0.4185 678.9057 0.2662 687.2775 0.4243 702.9679 0.3400 708.4814 0.2966 723.5493 0.2661 726.3144 0.4249 735.7500 0.2574 748.8547 0.3511 755.8290 0.4498 761.6566 0.4100 774.2468 0.3265 782.1258 0.2433 788.7312 0.5308 797.8721 0.5494 806.3979 0.2259 815.4854 0.4688 821.3922 0.1821 823.6142 0.3683 834.5649 0.4958 842.7895 0.5150 847.9502 0.2643 856.3905 0.2310 858.1098 0.4005 866.9953 0.4456 873.9037 0.4760 882.8306 0.5344 888.1569 0.2946 891.6020 0.4000 898.3212 0.3831 906.8777 0.4988 919.1465 0.4494 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calculating perturbed structure for DQ=-80 2609072336412377490.eigenfacs 2609072336412377490.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609072336412377490.eigenfacs 2609072336412377490.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609072336412377490.eigenfacs 2609072336412377490.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609072336412377490.eigenfacs 2609072336412377490.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609072336412377490.eigenfacs 2609072336412377490.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2609072336412377490.eigenfacs 2609072336412377490.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2609072336412377490.eigenfacs 2609072336412377490.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2609072336412377490.eigenfacs 2609072336412377490.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2609072336412377490.eigenfacs 2609072336412377490.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2609072336412377490.eigenfacs 2609072336412377490.atom making animated gifs 11 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