CNRS Nantes University US2B US2B
home |  start a new run |  job status |  references&downloads |  examples |  help  

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.
elNémo has been relocated.
**Some cleaning from time to time**
Sorry for the inconvenience.


***  1bqud4  ***

LOGs for ID: 2609072337352378169

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2609072337352378169.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2609072337352378169.atom to be opened. Openam> File opened: 2609072337352378169.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 200 First residue number = 100 Last residue number = 303 Number of atoms found = 3174 Mean number per residue = 15.9 Pdbmat> Coordinate statistics: = -1.184422 +/- 16.536081 From: -35.710000 To: 31.639000 = -3.026511 +/- 9.057741 From: -27.165000 To: 18.471000 = -1.866637 +/- 11.111743 From: -23.894000 To: 27.509000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 4.7031 % Filled. Pdbmat> 2132360 non-zero elements. Pdbmat> 234849 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 147.98 +/- 49.52 Maximum number = 249 Minimum number = 20 Pdbmat> Matrix trace = 4.696980E+06 Pdbmat> Larger element = 875.221 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 200 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2609072337352378169.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2609072337352378169.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2609072337352378169.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 3174 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 200 residues. Blocpdb> 18 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 33 atoms in block 2 Block first atom: 19 Blocpdb> 29 atoms in block 3 Block first atom: 52 Blocpdb> 36 atoms in block 4 Block first atom: 81 Blocpdb> 36 atoms in block 5 Block first atom: 117 Blocpdb> 30 atoms in block 6 Block first atom: 153 Blocpdb> 35 atoms in block 7 Block first atom: 183 Blocpdb> 29 atoms in block 8 Block first atom: 218 Blocpdb> 29 atoms in block 9 Block first atom: 247 Blocpdb> 39 atoms in block 10 Block first atom: 276 Blocpdb> 35 atoms in block 11 Block first atom: 315 Blocpdb> 39 atoms in block 12 Block first atom: 350 Blocpdb> 19 atoms in block 13 Block first atom: 389 Blocpdb> 31 atoms in block 14 Block first atom: 408 Blocpdb> 29 atoms in block 15 Block first atom: 439 Blocpdb> 36 atoms in block 16 Block first atom: 468 Blocpdb> 29 atoms in block 17 Block first atom: 504 Blocpdb> 34 atoms in block 18 Block first atom: 533 Blocpdb> 33 atoms in block 19 Block first atom: 567 Blocpdb> 33 atoms in block 20 Block first atom: 600 Blocpdb> 39 atoms in block 21 Block first atom: 633 Blocpdb> 24 atoms in block 22 Block first atom: 672 Blocpdb> 39 atoms in block 23 Block first atom: 696 Blocpdb> 30 atoms in block 24 Block first atom: 735 Blocpdb> 22 atoms in block 25 Block first atom: 765 Blocpdb> 32 atoms in block 26 Block first atom: 787 Blocpdb> 46 atoms in block 27 Block first atom: 819 Blocpdb> 26 atoms in block 28 Block first atom: 865 Blocpdb> 28 atoms in block 29 Block first atom: 891 Blocpdb> 21 atoms in block 30 Block first atom: 919 Blocpdb> 30 atoms in block 31 Block first atom: 940 Blocpdb> 33 atoms in block 32 Block first atom: 970 Blocpdb> 25 atoms in block 33 Block first atom: 1003 Blocpdb> 37 atoms in block 34 Block first atom: 1028 Blocpdb> 36 atoms in block 35 Block first atom: 1065 Blocpdb> 33 atoms in block 36 Block first atom: 1101 Blocpdb> 31 atoms in block 37 Block first atom: 1134 Blocpdb> 40 atoms in block 38 Block first atom: 1165 Blocpdb> 25 atoms in block 39 Block first atom: 1205 Blocpdb> 29 atoms in block 40 Block first atom: 1230 Blocpdb> 29 atoms in block 41 Block first atom: 1259 Blocpdb> 29 atoms in block 42 Block first atom: 1288 Blocpdb> 30 atoms in block 43 Block first atom: 1317 Blocpdb> 23 atoms in block 44 Block first atom: 1347 Blocpdb> 36 atoms in block 45 Block first atom: 1370 Blocpdb> 34 atoms in block 46 Block first atom: 1406 Blocpdb> 26 atoms in block 47 Block first atom: 1440 Blocpdb> 37 atoms in block 48 Block first atom: 1466 Blocpdb> 38 atoms in block 49 Block first atom: 1503 Blocpdb> 28 atoms in block 50 Block first atom: 1541 Blocpdb> 28 atoms in block 51 Block first atom: 1569 Blocpdb> 31 atoms in block 52 Block first atom: 1597 Blocpdb> 30 atoms in block 53 Block first atom: 1628 Blocpdb> 35 atoms in block 54 Block first atom: 1658 Blocpdb> 25 atoms in block 55 Block first atom: 1693 Blocpdb> 30 atoms in block 56 Block first atom: 1718 Blocpdb> 30 atoms in block 57 Block first atom: 1748 Blocpdb> 30 atoms in block 58 Block first atom: 1778 Blocpdb> 41 atoms in block 59 Block first atom: 1808 Blocpdb> 33 atoms in block 60 Block first atom: 1849 Blocpdb> 38 atoms in block 61 Block first atom: 1882 Blocpdb> 28 atoms in block 62 Block first atom: 1920 Blocpdb> 30 atoms in block 63 Block first atom: 1948 Blocpdb> 33 atoms in block 64 Block first atom: 1978 Blocpdb> 35 atoms in block 65 Block first atom: 2011 Blocpdb> 38 atoms in block 66 Block first atom: 2046 Blocpdb> 43 atoms in block 67 Block first atom: 2084 Blocpdb> 33 atoms in block 68 Block first atom: 2127 Blocpdb> 38 atoms in block 69 Block first atom: 2160 Blocpdb> 38 atoms in block 70 Block first atom: 2198 Blocpdb> 34 atoms in block 71 Block first atom: 2236 Blocpdb> 21 atoms in block 72 Block first atom: 2270 Blocpdb> 38 atoms in block 73 Block first atom: 2291 Blocpdb> 28 atoms in block 74 Block first atom: 2329 Blocpdb> 33 atoms in block 75 Block first atom: 2357 Blocpdb> 29 atoms in block 76 Block first atom: 2390 Blocpdb> 26 atoms in block 77 Block first atom: 2419 Blocpdb> 21 atoms in block 78 Block first atom: 2445 Blocpdb> 38 atoms in block 79 Block first atom: 2466 Blocpdb> 22 atoms in block 80 Block first atom: 2504 Blocpdb> 34 atoms in block 81 Block first atom: 2526 Blocpdb> 33 atoms in block 82 Block first atom: 2560 Blocpdb> 31 atoms in block 83 Block first atom: 2593 Blocpdb> 36 atoms in block 84 Block first atom: 2624 Blocpdb> 34 atoms in block 85 Block first atom: 2660 Blocpdb> 36 atoms in block 86 Block first atom: 2694 Blocpdb> 36 atoms in block 87 Block first atom: 2730 Blocpdb> 43 atoms in block 88 Block first atom: 2766 Blocpdb> 35 atoms in block 89 Block first atom: 2809 Blocpdb> 39 atoms in block 90 Block first atom: 2844 Blocpdb> 19 atoms in block 91 Block first atom: 2883 Blocpdb> 28 atoms in block 92 Block first atom: 2902 Blocpdb> 35 atoms in block 93 Block first atom: 2930 Blocpdb> 36 atoms in block 94 Block first atom: 2965 Blocpdb> 26 atoms in block 95 Block first atom: 3001 Blocpdb> 25 atoms in block 96 Block first atom: 3027 Blocpdb> 18 atoms in block 97 Block first atom: 3052 Blocpdb> 33 atoms in block 98 Block first atom: 3070 Blocpdb> 36 atoms in block 99 Block first atom: 3103 Blocpdb> 36 atoms in block 100 Block first atom: 3138 Blocpdb> 100 blocks. Blocpdb> At most, 46 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 18 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 2132460 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 9522 Prepmat> Matrix trace = 4696980.0000 Prepmat> Last element read: 9522 9522 80.7609 Prepmat> 5051 lines saved. Prepmat> 3975 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3174 RTB> Total mass = 3174.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 3174 RTB> Number of blocks = 100 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 243130.0129 RTB> 37200 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 600 Diagstd> Nb of non-zero elements: 37200 Diagstd> Projected matrix trace = 243130.0129 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 600 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 243130.0129 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 1.2234064 1.8412061 2.2177716 6.4442300 7.3322248 10.9627815 11.2891735 12.9979675 16.6607515 19.1213069 22.0368018 23.3473993 24.4150831 26.9233418 29.2052479 32.3962654 34.9065358 36.4400228 40.2782731 46.9221677 48.1512216 48.9895477 50.2300514 52.9323600 55.2015568 56.0226006 60.6126911 62.4577068 62.7278029 66.8145344 69.4558211 73.1456362 74.6276656 76.7384896 79.9884115 80.5574634 81.8674183 82.5496861 85.1729010 89.1636703 91.2841234 93.3076007 94.0276283 95.6492294 96.9053909 100.2607302 101.4013273 101.9458671 104.1462503 106.6105949 108.5623883 110.1836892 110.9273744 112.6543322 114.7381272 116.3588676 117.7961094 119.4293733 120.4237918 121.5673358 122.3554190 123.3404521 124.3109788 127.1322327 128.6651800 130.1030273 132.2802786 134.0973958 136.3647397 136.5015980 140.6853427 140.8391908 142.0625862 144.0977308 144.5013229 146.4832177 147.3300103 148.3521348 149.5777354 150.6987412 151.9480619 153.3375666 154.8441998 156.4667717 158.2890906 158.7806958 161.6953902 163.3229518 164.4145943 165.9822083 169.1067852 170.9764513 172.2885690 173.1199488 174.9851363 176.1179302 177.2037927 179.6106521 180.2548384 181.5082087 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034342 0.0034343 0.0034347 0.0034347 0.0034349 0.0034363 120.1104101 147.3487594 161.7162593 275.6644723 294.0445707 359.5469923 364.8600842 391.5011155 443.2437022 474.8474019 509.7644713 524.7041945 536.5675241 563.4556824 586.8481353 618.0772437 641.5768064 655.5179676 689.1768827 743.8481958 753.5272026 760.0584559 769.6213227 790.0524222 806.8093887 812.7873070 845.4288489 858.1995799 860.0532049 887.6275092 905.0021382 928.7300355 938.0915169 951.2658450 971.2003189 974.6488429 982.5413303 986.6269934 1002.1806199 1025.3904044 1037.5114660 1048.9475947 1052.9870283 1062.0281249 1068.9791858 1087.3283506 1093.4957520 1096.4279357 1108.1973294 1121.2319476 1131.4489784 1139.8663554 1143.7066520 1152.5750895 1163.1859791 1171.3724979 1178.5845772 1186.7270917 1191.6574408 1197.3020602 1201.1766591 1206.0020561 1210.7375820 1224.3994260 1231.7591478 1238.6225471 1248.9436111 1257.4926408 1268.0790401 1268.7152147 1288.0113993 1288.7154667 1294.3005585 1303.5384659 1305.3626790 1314.2839850 1318.0773282 1322.6416070 1328.0938241 1333.0612138 1338.5754723 1344.6819144 1351.2719178 1358.3332799 1366.2204203 1368.3403404 1380.8423544 1387.7744597 1392.4046431 1399.0268496 1412.1336335 1419.9185397 1425.3565380 1428.7914338 1436.4676843 1441.1097841 1445.5455686 1455.3294745 1457.9369596 1462.9969328 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3174 Rtb_to_modes> Number of blocs = 100 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0014E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.223 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.841 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.218 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.444 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.332 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.96 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.04 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.35 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.23 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.73 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 66.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.15 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 76.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.31 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.03 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 108.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 110.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 110.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 114.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 116.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 117.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 119.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 120.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 121.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 122.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 123.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 124.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 127.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 128.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 130.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 132.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 134.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 136.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 136.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 140.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 140.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 142.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 144.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 144.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 146.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 147.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 148.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 149.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 150.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 151.9 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 153.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 154.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 156.5 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 158.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 158.8 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 161.7 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 163.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 164.4 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 166.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 169.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 171.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 172.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 173.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 175.0 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 176.1 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 177.2 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 179.6 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 180.3 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 181.5 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 600 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00004 1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 0.99998 0.99998 1.00003 1.00001 0.99999 1.00004 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 0.99996 1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99995 1.00000 1.00000 0.99997 1.00000 1.00001 0.99997 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002 0.99997 1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 0.99997 0.99997 0.99999 0.99999 1.00003 1.00000 0.99999 0.99998 1.00003 1.00003 1.00002 1.00000 1.00002 0.99997 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 0.99999 0.99998 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 0.99998 0.99998 1.00002 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 1.00002 0.99996 0.99999 1.00000 0.99997 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 57132 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 1.00004 1.00002 1.00000 0.99999 1.00001 0.99998 1.00000 0.99999 1.00002 0.99998 0.99998 1.00003 1.00001 0.99999 1.00004 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999 1.00000 0.99996 1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 0.99999 1.00000 1.00001 0.99995 1.00000 1.00000 0.99997 1.00000 1.00001 0.99997 0.99999 0.99999 1.00001 1.00002 0.99997 1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 0.99997 0.99997 0.99999 0.99999 1.00003 1.00000 0.99999 0.99998 1.00003 1.00003 1.00002 1.00000 1.00002 0.99997 1.00000 0.99999 1.00001 1.00001 1.00000 1.00001 1.00001 1.00001 1.00000 0.99998 0.99999 1.00002 0.99999 0.99998 1.00001 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999 1.00001 0.99998 0.99998 1.00002 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999 1.00002 0.99996 0.99999 1.00000 0.99997 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2:-0.000 Vector 3:-0.000 0.000 Vector 4: 0.000 0.000 0.000 Vector 5:-0.000-0.000 0.000-0.000 Vector 6:-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 7: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 8:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 Vector 9: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 10: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2609072337352378169.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2609072337352378169.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2609072337352378169.atom Openam> file on opening on unit 11: 2609072337352378169.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 200 First residue number = 100 Last residue number = 303 Number of atoms found = 3174 Mean number per residue = 15.9 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0014E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.223 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.841 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.218 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.444 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.332 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.96 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.04 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.35 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.23 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 60.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 62.73 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 66.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 69.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 73.15 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 74.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 76.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 79.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 80.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 81.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 82.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 85.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 89.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 91.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 93.31 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 94.03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 95.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 96.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 100.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 101.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 104.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 106.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 108.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 110.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 112.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 114.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 116.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 117.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 119.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 120.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 121.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 122.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 123.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 124.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 127.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 128.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 130.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 132.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 134.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 136.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 136.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 140.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 140.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 142.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 144.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 146.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 147.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 148.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 149.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 150.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 151.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 153.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 154.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 156.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 158.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 158.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 161.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 163.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 164.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 166.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 169.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 171.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 172.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 173.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 175.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 176.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 177.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 179.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 180.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 181.5 Bfactors> 106 vectors, 9522 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 1.223000 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= -0.148 for 200 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.015 +/- 0.01 Bfactors> = 93.360 +/- 7.22 Bfactors> Shiftng-fct= 93.345 Bfactors> Scaling-fct= 566.342 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2609072337352378169.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2609072337352378169.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4345E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4362E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 120.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 147.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 161.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 275.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 294.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 359.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 364.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 443.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 474.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 509.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 618.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 641.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 655.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 689.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 760.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 769.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 790.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 806.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 812.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 845.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 858.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 860.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 887.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 905.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 928.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 938.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 951.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 971.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 974.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 982.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 986.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1002. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1025. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1037. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1049. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1053. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1062. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1069. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1087. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1093. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1096. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1108. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1121. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1132. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1140. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1144. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1153. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1163. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1172. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1179. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1187. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1191. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1197. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1201. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1206. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1211. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1224. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1232. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1239. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1249. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1257. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1268. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1269. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1288. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1288. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1294. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1303. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1305. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1314. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1318. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1323. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1328. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1333. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1338. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1344. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1351. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1358. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1366. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1368. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1381. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1388. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1392. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1399. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1412. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1420. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1425. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1429. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1436. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1441. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1445. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1455. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1458. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 1463. Chkmod> 106 vectors, 9522 coordinates in file. Chkmod> That is: 3174 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. Chkmod> Normal end. 0.0034 0.6889 0.0034 0.9547 0.0034 0.8266 0.0034 0.6856 0.0034 0.7459 0.0034 0.9783 120.0853 0.5568 147.3342 0.5455 161.7176 0.6660 275.6477 0.5707 294.0274 0.4882 359.4859 0.3960 364.8578 0.4523 391.5149 0.2268 443.2147 0.4734 474.8108 0.6165 509.7796 0.4065 524.7109 0.4294 536.5985 0.4416 563.3965 0.2797 586.8707 0.2921 618.0863 0.3637 641.5811 0.2732 655.4896 0.3724 689.1621 0.4592 743.7991 0.2143 753.4853 0.3287 760.0293 0.3626 769.5879 0.4030 790.0009 0.4140 806.7634 0.3368 812.7336 0.3345 845.3738 0.1566 858.1785 0.4449 860.0313 0.3884 887.5593 0.3353 904.9905 0.2072 928.7179 0.4249 938.0659 0.3789 951.2344 0.2442 971.1683 0.3392 974.6223 0.4006 982.5146 0.2761 986.5865 0.3152 1002.1205 0.2401 1025.3253 0.2388 1037.4435 0.3925 1048.9161 0.3248 1052.9551 0.4346 1061.9868 0.3110 1068.9587 0.4191 1087.4946 0.3600 1093.4417 0.4843 1096.1342 0.4981 1107.9037 0.4285 1121.1281 0.1669 1131.5964 0.1498 1139.9018 0.4071 1143.5164 0.4705 1152.7592 0.4243 1162.9428 0.3780 1171.5292 0.2287 1178.5534 0.2835 1186.5302 0.2921 1191.4886 0.1149 1197.4115 0.4710 1201.3439 0.3310 1205.7525 0.3967 1210.6321 0.3341 1224.1916 0.2783 1231.8729 0.1346 1238.5550 0.5314 1248.9831 0.4047 1257.4509 0.4601 1268.1885 0.4222 1268.6533 0.4957 1288.0232 0.3549 1288.4808 0.3832 1294.4154 0.4251 1303.4928 0.3487 1305.3007 0.4256 1314.3028 0.4452 1317.8865 0.3471 1322.7982 0.3190 1328.1356 0.1575 1333.0096 0.3231 1338.3063 0.3440 1344.4595 0.3305 1351.0210 0.2418 1358.4192 0.3362 1366.2088 0.3944 1368.3648 0.3887 1380.8028 0.4748 1387.6174 0.3637 1392.2831 0.4447 1399.0418 0.3418 1412.0447 0.4585 1419.9554 0.3172 1425.3426 0.3529 1428.6478 0.4693 1436.4670 0.4575 1440.9746 0.4067 1445.4680 0.4100 1455.2238 0.4481 1458.0570 0.3305 1462.9010 0.3391 getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 2609072337352378169 7 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom making animated gifs 11 models are in 2609072337352378169.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609072337352378169.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609072337352378169.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 2609072337352378169 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom making animated gifs 11 models are in 2609072337352378169.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609072337352378169.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609072337352378169.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2609072337352378169 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom making animated gifs 11 models are in 2609072337352378169.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609072337352378169.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609072337352378169.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2609072337352378169 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom making animated gifs 11 models are in 2609072337352378169.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609072337352378169.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609072337352378169.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2609072337352378169 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2609072337352378169.eigenfacs 2609072337352378169.atom making animated gifs 11 models are in 2609072337352378169.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609072337352378169.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609072337352378169.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2609072337352378169.10.pdb 2609072337352378169.11.pdb 2609072337352378169.7.pdb 2609072337352378169.8.pdb 2609072337352378169.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m7.261s user 0m7.146s sys 0m0.110s rm: cannot remove '2609072337352378169.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format




If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:

elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: april 24th, 2026.