***  LBR  ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2609080407172443039.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2609080407172443039.atom to be opened.
Openam> File opened: 2609080407172443039.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1230
First residue number = 1
Last residue number = 615
Number of atoms found = 10035
Mean number per residue = 8.2
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 2.021221 +/- 17.968230 From: -37.869000 To: 61.871000
= 1.451265 +/- 13.964977 From: -55.809000 To: 35.688000
= -16.148844 +/- 26.554212 From: -108.966000 To: 31.304000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.3685 % Filled.
Pdbmat> 6201417 non-zero elements.
Pdbmat> 682463 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 136.02 +/- 58.01
Maximum number = 248
Minimum number = 16
Pdbmat> Matrix trace = 1.364926E+07
Pdbmat> Larger element = 892.638
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
1230 non-zero elements, NRBL set to 7
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2609080407172443039.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 7
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2609080407172443039.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2609080407172443039.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 10035 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 7 residue(s) per block.
Blocpdb> 1230 residues.
Blocpdb> 57 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 50 atoms in block 2
Block first atom: 58
Blocpdb> 56 atoms in block 3
Block first atom: 108
Blocpdb> 65 atoms in block 4
Block first atom: 164
Blocpdb> 52 atoms in block 5
Block first atom: 229
Blocpdb> 64 atoms in block 6
Block first atom: 281
Blocpdb> 53 atoms in block 7
Block first atom: 345
Blocpdb> 58 atoms in block 8
Block first atom: 398
Blocpdb> 63 atoms in block 9
Block first atom: 456
Blocpdb> 42 atoms in block 10
Block first atom: 519
Blocpdb> 56 atoms in block 11
Block first atom: 561
Blocpdb> 57 atoms in block 12
Block first atom: 617
Blocpdb> 53 atoms in block 13
Block first atom: 674
Blocpdb> 53 atoms in block 14
Block first atom: 727
Blocpdb> 49 atoms in block 15
Block first atom: 780
Blocpdb> 62 atoms in block 16
Block first atom: 829
Blocpdb> 54 atoms in block 17
Block first atom: 891
Blocpdb> 55 atoms in block 18
Block first atom: 945
Blocpdb> 59 atoms in block 19
Block first atom: 1000
Blocpdb> 56 atoms in block 20
Block first atom: 1059
Blocpdb> 58 atoms in block 21
Block first atom: 1115
Blocpdb> 59 atoms in block 22
Block first atom: 1173
Blocpdb> 56 atoms in block 23
Block first atom: 1232
Blocpdb> 55 atoms in block 24
Block first atom: 1288
Blocpdb> 65 atoms in block 25
Block first atom: 1343
Blocpdb> 57 atoms in block 26
Block first atom: 1408
Blocpdb> 60 atoms in block 27
Block first atom: 1465
Blocpdb> 56 atoms in block 28
Block first atom: 1525
Blocpdb> 60 atoms in block 29
Block first atom: 1581
Blocpdb> 54 atoms in block 30
Block first atom: 1641
Blocpdb> 48 atoms in block 31
Block first atom: 1695
Blocpdb> 53 atoms in block 32
Block first atom: 1743
Blocpdb> 62 atoms in block 33
Block first atom: 1796
Blocpdb> 56 atoms in block 34
Block first atom: 1858
Blocpdb> 55 atoms in block 35
Block first atom: 1914
Blocpdb> 56 atoms in block 36
Block first atom: 1969
Blocpdb> 67 atoms in block 37
Block first atom: 2025
Blocpdb> 64 atoms in block 38
Block first atom: 2092
Blocpdb> 63 atoms in block 39
Block first atom: 2156
Blocpdb> 51 atoms in block 40
Block first atom: 2219
Blocpdb> 50 atoms in block 41
Block first atom: 2270
Blocpdb> 63 atoms in block 42
Block first atom: 2320
Blocpdb> 59 atoms in block 43
Block first atom: 2383
Blocpdb> 52 atoms in block 44
Block first atom: 2442
Blocpdb> 53 atoms in block 45
Block first atom: 2494
Blocpdb> 60 atoms in block 46
Block first atom: 2547
Blocpdb> 67 atoms in block 47
Block first atom: 2607
Blocpdb> 48 atoms in block 48
Block first atom: 2674
Blocpdb> 53 atoms in block 49
Block first atom: 2722
Blocpdb> 62 atoms in block 50
Block first atom: 2775
Blocpdb> 53 atoms in block 51
Block first atom: 2837
Blocpdb> 41 atoms in block 52
Block first atom: 2890
Blocpdb> 61 atoms in block 53
Block first atom: 2931
Blocpdb> 62 atoms in block 54
Block first atom: 2992
Blocpdb> 59 atoms in block 55
Block first atom: 3054
Blocpdb> 56 atoms in block 56
Block first atom: 3113
Blocpdb> 56 atoms in block 57
Block first atom: 3169
Blocpdb> 52 atoms in block 58
Block first atom: 3225
Blocpdb> 62 atoms in block 59
Block first atom: 3277
Blocpdb> 46 atoms in block 60
Block first atom: 3339
Blocpdb> 57 atoms in block 61
Block first atom: 3385
Blocpdb> 55 atoms in block 62
Block first atom: 3442
Blocpdb> 61 atoms in block 63
Block first atom: 3497
Blocpdb> 54 atoms in block 64
Block first atom: 3558
Blocpdb> 56 atoms in block 65
Block first atom: 3612
Blocpdb> 51 atoms in block 66
Block first atom: 3668
Blocpdb> 65 atoms in block 67
Block first atom: 3719
Blocpdb> 63 atoms in block 68
Block first atom: 3784
Blocpdb> 53 atoms in block 69
Block first atom: 3847
Blocpdb> 56 atoms in block 70
Block first atom: 3900
Blocpdb> 50 atoms in block 71
Block first atom: 3956
Blocpdb> 58 atoms in block 72
Block first atom: 4006
Blocpdb> 56 atoms in block 73
Block first atom: 4064
Blocpdb> 56 atoms in block 74
Block first atom: 4120
Blocpdb> 56 atoms in block 75
Block first atom: 4176
Blocpdb> 51 atoms in block 76
Block first atom: 4232
Blocpdb> 55 atoms in block 77
Block first atom: 4283
Blocpdb> 64 atoms in block 78
Block first atom: 4338
Blocpdb> 56 atoms in block 79
Block first atom: 4402
Blocpdb> 54 atoms in block 80
Block first atom: 4458
Blocpdb> 54 atoms in block 81
Block first atom: 4512
Blocpdb> 66 atoms in block 82
Block first atom: 4566
Blocpdb> 61 atoms in block 83
Block first atom: 4632
Blocpdb> 63 atoms in block 84
Block first atom: 4693
Blocpdb> 67 atoms in block 85
Block first atom: 4756
Blocpdb> 60 atoms in block 86
Block first atom: 4823
Blocpdb> 63 atoms in block 87
Block first atom: 4883
Blocpdb> 59 atoms in block 88
Block first atom: 4946
Blocpdb> 60 atoms in block 89
Block first atom: 5005
Blocpdb> 48 atoms in block 90
Block first atom: 5065
Blocpdb> 53 atoms in block 91
Block first atom: 5113
Blocpdb> 63 atoms in block 92
Block first atom: 5166
Blocpdb> 42 atoms in block 93
Block first atom: 5229
Blocpdb> 69 atoms in block 94
Block first atom: 5271
Blocpdb> 51 atoms in block 95
Block first atom: 5340
Blocpdb> 60 atoms in block 96
Block first atom: 5391
Blocpdb> 64 atoms in block 97
Block first atom: 5451
Blocpdb> 40 atoms in block 98
Block first atom: 5515
Blocpdb> 56 atoms in block 99
Block first atom: 5555
Blocpdb> 56 atoms in block 100
Block first atom: 5611
Blocpdb> 53 atoms in block 101
Block first atom: 5667
Blocpdb> 56 atoms in block 102
Block first atom: 5720
Blocpdb> 40 atoms in block 103
Block first atom: 5776
Blocpdb> 66 atoms in block 104
Block first atom: 5816
Blocpdb> 62 atoms in block 105
Block first atom: 5882
Blocpdb> 64 atoms in block 106
Block first atom: 5944
Blocpdb> 54 atoms in block 107
Block first atom: 6008
Blocpdb> 49 atoms in block 108
Block first atom: 6062
Blocpdb> 54 atoms in block 109
Block first atom: 6111
Blocpdb> 54 atoms in block 110
Block first atom: 6165
Blocpdb> 50 atoms in block 111
Block first atom: 6219
Blocpdb> 56 atoms in block 112
Block first atom: 6269
Blocpdb> 66 atoms in block 113
Block first atom: 6325
Blocpdb> 63 atoms in block 114
Block first atom: 6391
Blocpdb> 61 atoms in block 115
Block first atom: 6454
Blocpdb> 63 atoms in block 116
Block first atom: 6515
Blocpdb> 62 atoms in block 117
Block first atom: 6578
Blocpdb> 52 atoms in block 118
Block first atom: 6640
Blocpdb> 51 atoms in block 119
Block first atom: 6692
Blocpdb> 59 atoms in block 120
Block first atom: 6743
Blocpdb> 73 atoms in block 121
Block first atom: 6802
Blocpdb> 58 atoms in block 122
Block first atom: 6875
Blocpdb> 56 atoms in block 123
Block first atom: 6933
Blocpdb> 57 atoms in block 124
Block first atom: 6989
Blocpdb> 65 atoms in block 125
Block first atom: 7046
Blocpdb> 62 atoms in block 126
Block first atom: 7111
Blocpdb> 68 atoms in block 127
Block first atom: 7173
Blocpdb> 64 atoms in block 128
Block first atom: 7241
Blocpdb> 55 atoms in block 129
Block first atom: 7305
Blocpdb> 64 atoms in block 130
Block first atom: 7360
Blocpdb> 55 atoms in block 131
Block first atom: 7424
Blocpdb> 57 atoms in block 132
Block first atom: 7479
Blocpdb> 54 atoms in block 133
Block first atom: 7536
Blocpdb> 53 atoms in block 134
Block first atom: 7590
Blocpdb> 58 atoms in block 135
Block first atom: 7643
Blocpdb> 51 atoms in block 136
Block first atom: 7701
Blocpdb> 57 atoms in block 137
Block first atom: 7752
Blocpdb> 69 atoms in block 138
Block first atom: 7809
Blocpdb> 51 atoms in block 139
Block first atom: 7878
Blocpdb> 36 atoms in block 140
Block first atom: 7929
Blocpdb> 55 atoms in block 141
Block first atom: 7965
Blocpdb> 66 atoms in block 142
Block first atom: 8020
Blocpdb> 56 atoms in block 143
Block first atom: 8086
Blocpdb> 54 atoms in block 144
Block first atom: 8142
Blocpdb> 64 atoms in block 145
Block first atom: 8196
Blocpdb> 62 atoms in block 146
Block first atom: 8260
Blocpdb> 64 atoms in block 147
Block first atom: 8322
Blocpdb> 51 atoms in block 148
Block first atom: 8386
Blocpdb> 59 atoms in block 149
Block first atom: 8437
Blocpdb> 59 atoms in block 150
Block first atom: 8496
Blocpdb> 57 atoms in block 151
Block first atom: 8555
Blocpdb> 61 atoms in block 152
Block first atom: 8612
Blocpdb> 45 atoms in block 153
Block first atom: 8673
Blocpdb> 53 atoms in block 154
Block first atom: 8718
Blocpdb> 60 atoms in block 155
Block first atom: 8771
Blocpdb> 60 atoms in block 156
Block first atom: 8831
Blocpdb> 46 atoms in block 157
Block first atom: 8891
Blocpdb> 58 atoms in block 158
Block first atom: 8937
Blocpdb> 62 atoms in block 159
Block first atom: 8995
Blocpdb> 58 atoms in block 160
Block first atom: 9057
Blocpdb> 51 atoms in block 161
Block first atom: 9115
Blocpdb> 54 atoms in block 162
Block first atom: 9166
Blocpdb> 65 atoms in block 163
Block first atom: 9220
Blocpdb> 52 atoms in block 164
Block first atom: 9285
Blocpdb> 55 atoms in block 165
Block first atom: 9337
Blocpdb> 57 atoms in block 166
Block first atom: 9392
Blocpdb> 56 atoms in block 167
Block first atom: 9449
Blocpdb> 56 atoms in block 168
Block first atom: 9505
Blocpdb> 48 atoms in block 169
Block first atom: 9561
Blocpdb> 67 atoms in block 170
Block first atom: 9609
Blocpdb> 65 atoms in block 171
Block first atom: 9676
Blocpdb> 55 atoms in block 172
Block first atom: 9741
Blocpdb> 66 atoms in block 173
Block first atom: 9796
Blocpdb> 55 atoms in block 174
Block first atom: 9862
Blocpdb> 62 atoms in block 175
Block first atom: 9917
Blocpdb> 57 atoms in block 176
Block first atom: 9978
Blocpdb> 176 blocks.
Blocpdb> At most, 73 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 36 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 6201593 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 30105
Prepmat> Matrix trace = 13649260.0000
Prepmat> Last element read: 30105 30105 553.2759
Prepmat> 15577 lines saved.
Prepmat> 13421 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 10035
RTB> Total mass = 10035.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 10035
RTB> Number of blocks = 176
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 363148.9133
RTB> 74940 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1056
Diagstd> Nb of non-zero elements: 74940
Diagstd> Projected matrix trace = 363148.9133
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1056 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 363148.9133
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0049783 0.0103294 0.0131028 0.0244127
0.0386222 0.0711805 0.0959903 0.1195869 0.1400852
0.1509800 0.1803253 0.2011265 0.2799652 0.2850635
0.4089176 0.4571387 0.4820869 0.5346605 0.6723198
0.7703284 0.8092213 0.9496722 0.9711826 1.1324724
1.2164208 1.2402088 1.3148372 1.4075522 1.7473486
1.7959237 2.3171437 2.3804383 2.4550485 2.5801054
3.1667336 3.2916902 3.6615279 3.7424003 4.2596176
4.4147718 4.5903691 4.8306261 5.0456999 5.3773591
5.9715000 7.1421997 7.2767003 7.7144088 7.8698244
8.5423168 8.9931636 9.2075889 9.6710631 10.0686081
10.5886568 10.9847941 11.4868867 12.0247881 12.6956100
12.7299551 13.3896203 13.7291786 14.0188638 14.5314848
14.7831735 16.2405274 17.7527357 18.1794510 19.1545244
20.4306627 21.6585417 21.6985170 21.9300571 22.8087128
23.3746458 23.7121504 24.9028129 25.2680307 25.9471651
26.6863671 27.9210518 28.3906067 28.9622625 29.1899735
30.0643969 30.2955062 31.3561392 32.1473147 33.1243337
34.0643230 34.6558936 35.4406059 36.5213589 36.5420650
37.4165533 38.3217149 38.6120238 40.6409699 41.3545347
42.7266577
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034319 0.0034323 0.0034328 0.0034338 0.0034348
0.0034356 7.6619091 11.0365523 12.4301554 16.9669243
21.3409600 28.9718297 33.6441085 37.5523450 40.6435241
42.1944193 46.1130237 48.7001114 57.4575734 57.9783859
69.4405532 73.4208265 75.3976713 79.4025309 89.0396035
95.3088501 97.6852384 105.8235052 107.0152661 115.5604138
119.7670101 120.9324042 124.5177540 128.8331212 143.5440053
145.5255418 165.2995844 167.5420202 170.1474002 174.4271173
193.2417870 197.0174800 207.7908656 210.0730785 224.1199847
228.1652032 232.6585860 238.6695384 243.9248186 251.8139586
265.3609419 290.2092661 292.9291056 301.6106035 304.6335994
317.3826019 325.6503332 329.5097283 337.7010332 344.5720123
353.3586412 359.9077854 368.0412092 376.5598360 386.9207902
387.4438008 397.3556664 402.3625558 406.5853141 413.9522775
417.5217622 437.6181682 457.5387947 463.0049804 475.2596754
490.8361123 505.3704985 505.8366665 508.5283411 518.6157101
525.0102708 528.7869766 541.9004143 545.8596322 553.1465875
560.9704806 573.8008235 578.6055790 584.4017707 586.6946537
595.4174086 597.7015571 608.0741927 615.6978415 624.9839378
633.7896774 639.2692739 646.4662390 656.2491357 656.4351426
664.2432809 672.2297800 674.7712388 692.2728705 698.3238092
709.8142944
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 10035
Rtb_to_modes> Number of blocs = 176
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9883E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9905E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9932E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9990E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.9783E-03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0329E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.3103E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.4413E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.8622E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.1181E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.5990E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1196
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1401
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1510
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1803
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2011
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2800
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2851
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4089
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4571
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4821
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5347
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.6723
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7703
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8092
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9497
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9712
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.132
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.216
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.240
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.315
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.408
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.747
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.796
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.317
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.380
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.455
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.580
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.167
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.292
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.662
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.742
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.260
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.415
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.590
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.831
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.046
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.377
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.972
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.142
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.277
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.714
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.870
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.542
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.993
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.208
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.671
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.07
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.59
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.39
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.96
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.19
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.35
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.73
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1056 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 0.99999
1.00001 0.99997 0.99997 1.00001 1.00001
0.99996 0.99998 1.00002 0.99998 1.00000
0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999
0.99999 0.99998 1.00000 1.00002 0.99995
1.00002 1.00000 1.00000 1.00002 1.00005
0.99999 0.99997 1.00004 0.99998 0.99997
1.00002 1.00003 1.00000 1.00002 0.99996
0.99998 0.99998 0.99999 0.99997 0.99999
0.99999 1.00005 1.00001 0.99998 1.00002
0.99996 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999
1.00002 1.00000 1.00000 1.00002 1.00002
0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000
1.00002 1.00002 1.00002 1.00002 0.99997
1.00000 1.00003 0.99998 0.99999 0.99998
0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
0.99999 1.00002 0.99997 0.99999 0.99995
1.00003 0.99997 1.00004 0.99999 1.00006
1.00001 1.00001 1.00004 1.00000 1.00001
1.00002 0.99998 1.00005 1.00002 0.99995
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 180630 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99999 0.99999 0.99999 0.99998 0.99999
1.00001 0.99997 0.99997 1.00001 1.00001
0.99996 0.99998 1.00002 0.99998 1.00000
0.99999 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999
0.99999 0.99998 1.00000 1.00002 0.99995
1.00002 1.00000 1.00000 1.00002 1.00005
0.99999 0.99997 1.00004 0.99998 0.99997
1.00002 1.00003 1.00000 1.00002 0.99996
0.99998 0.99998 0.99999 0.99997 0.99999
0.99999 1.00005 1.00001 0.99998 1.00002
0.99996 1.00000 1.00001 1.00001 0.99999
1.00002 1.00000 1.00000 1.00002 1.00002
0.99999 1.00002 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000
1.00002 1.00002 1.00002 1.00002 0.99997
1.00000 1.00003 0.99998 0.99999 0.99998
0.99999 0.99999 1.00000 1.00001 1.00000
0.99999 1.00002 0.99997 0.99999 0.99995
1.00003 0.99997 1.00004 0.99999 1.00006
1.00001 1.00001 1.00004 1.00000 1.00001
1.00002 0.99998 1.00005 1.00002 0.99995
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3:-0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 6: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2609080407172443039.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2609080407172443039.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2609080407172443039.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2609080407172443039.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 1230
First residue number = 1
Last residue number = 615
Number of atoms found = 10035
Mean number per residue = 8.2
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9883E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9905E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9932E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9990E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0009E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.9783E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0329E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.3103E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.4413E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.8622E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.1181E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.5990E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1196
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1401
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1510
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1803
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2011
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2800
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2851
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4089
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4571
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4821
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5347
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6723
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7703
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8092
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9497
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9712
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.132
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.216
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.240
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.315
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.408
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.747
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.796
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.317
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.380
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.455
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.580
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.167
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.292
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.662
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.742
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.260
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.415
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.590
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.831
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.046
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.377
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.972
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.142
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.277
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.714
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.870
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.542
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.993
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.208
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.671
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.07
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.59
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.49
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.53
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.81
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.37
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.90
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.27
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.95
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.92
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.96
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.15
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.12
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.66
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.35
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.73
Bfactors> 106 vectors, 30105 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.004978
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.792 +/- 2.13
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.792
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2609080407172443039.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2609080407172443039.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4318E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4322E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4336E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4347E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4354E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 7.662
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 11.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 12.43
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 16.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 21.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 28.97
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 33.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 37.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 40.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 42.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 46.11
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 48.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 57.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 57.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 69.44
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 73.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 75.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 79.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 89.03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 95.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 97.68
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 105.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 107.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 115.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 119.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 120.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 124.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 128.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 143.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 145.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 165.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 167.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 170.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 174.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 197.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 207.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 224.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 232.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 238.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 243.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 251.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 265.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 292.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 301.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 304.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 317.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 325.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 329.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 337.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 344.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 353.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 359.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 368.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 376.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 387.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 387.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 397.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 406.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 413.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 437.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 457.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 463.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 475.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 490.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 518.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 524.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 528.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 541.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 553.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 584.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 586.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 595.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 597.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 615.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 646.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 656.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 656.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 672.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 674.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 698.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.8
Chkmod> 106 vectors, 30105 coordinates in file.
Chkmod> That is: 10035 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 25 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 30 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 95 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 105 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.5815
0.0034 0.6957
0.0034 0.7986
0.0034 0.9416
0.0034 0.8370
0.0034 0.8810
7.6616 0.1403
11.0358 0.1552
12.4297 0.1058
16.9663 0.1945
21.3400 0.0993
28.9707 0.1327
33.6426 0.1043
37.5528 0.1617
40.6439 0.2757
42.1954 0.3689
46.1078 0.0766
48.6948 0.1885
57.4587 0.1995
57.9796 0.3837
69.4361 0.1756
73.4146 0.2314
75.3955 0.4002
79.4021 0.1965
89.0345 0.1975
95.3030 0.0986
97.6798 0.2057
105.8205 0.0794
107.0116 0.3570
115.5314 0.1635
119.7411 0.1351
120.9170 0.1253
124.5201 0.1653
128.8481 0.1758
143.5235 0.1478
145.5224 0.2994
165.2874 0.3056
167.5194 0.0673
170.1384 0.1896
174.4161 0.1820
193.2416 0.0487
197.0183 0.1855
207.7953 0.1470
210.0528 0.1767
224.1204 0.0686
228.1613 0.0699
232.6392 0.1120
238.6685 0.0999
243.9216 0.1067
251.7947 0.0606
265.3607 0.1416
290.1928 0.1290
292.9226 0.4471
301.5897 0.1454
304.6239 0.0912
317.3631 0.2584
325.6334 0.2625
329.5029 0.0975
337.6854 0.3173
344.5810 0.0540
353.3659 0.0974
359.8138 0.1065
368.0753 0.2240
376.4687 0.1780
386.9711 0.4728
387.4279 0.3354
397.3442 0.1522
402.3573 0.2509
406.5843 0.1190
413.9134 0.0341
417.4590 0.0720
437.5923 0.0557
457.4839 0.4570
462.9921 0.0338
475.1831 0.3441
490.8071 0.0983
505.3658 0.2434
505.8322 0.0822
508.5058 0.4490
518.6081 0.0330
524.9356 0.3498
528.7403 0.2872
541.8465 0.0999
545.8575 0.1499
553.1531 0.1292
560.9846 0.1452
573.7654 0.1393
578.5746 0.3654
584.3539 0.1475
586.6697 0.2608
595.3483 0.1513
597.7202 0.1093
608.0855 0.1220
615.6971 0.4423
624.9162 0.0775
633.7223 0.1551
639.2797 0.3858
646.4330 0.2033
656.2088 0.3205
656.3884 0.1204
664.2454 0.0789
672.1859 0.4846
674.7246 0.0709
692.2349 0.4811
698.2555 0.0962
709.8116 0.2319
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2609080407172443039 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
making animated gifs
11 models are in 2609080407172443039.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609080407172443039.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609080407172443039.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2609080407172443039 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
making animated gifs
11 models are in 2609080407172443039.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609080407172443039.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609080407172443039.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2609080407172443039 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
making animated gifs
11 models are in 2609080407172443039.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609080407172443039.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609080407172443039.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2609080407172443039 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
making animated gifs
11 models are in 2609080407172443039.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609080407172443039.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609080407172443039.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2609080407172443039 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2609080407172443039.eigenfacs
2609080407172443039.atom
making animated gifs
11 models are in 2609080407172443039.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609080407172443039.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609080407172443039.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2609080407172443039.10.pdb
2609080407172443039.11.pdb
2609080407172443039.7.pdb
2609080407172443039.8.pdb
2609080407172443039.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m59.800s
user 0m59.237s
sys 0m0.532s
rm: cannot remove '2609080407172443039.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: april 24th, 2026.
|