CNRS Nantes University US2B US2B
home |  start a new run |  job status |  references&downloads |  examples |  help  

Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.
elNémo has been relocated.
**Some cleaning from time to time**
Sorry for the inconvenience.


***  vps4b  ***

LOGs for ID: 2609092319512946827

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2609092319512946827.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2609092319512946827.atom to be opened. Openam> File opened: 2609092319512946827.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 322 First residue number = 123 Last residue number = 444 Number of atoms found = 2508 Mean number per residue = 7.8 Pdbmat> Coordinate statistics: = 16.532430 +/- 21.043068 From: -29.690000 To: 51.025000 = 46.951224 +/- 10.467965 From: 18.127000 To: 72.154000 = 57.578857 +/- 9.899149 From: 32.969000 To: 81.444000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 3.0381 % Filled. Pdbmat> 860061 non-zero elements. Pdbmat> 93902 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 74.88 +/- 22.16 Maximum number = 121 Minimum number = 11 Pdbmat> Matrix trace = 1.878040E+06 Pdbmat> Larger element = 508.955 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 322 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2609092319512946827.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2609092319512946827.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2609092319512946827.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 2508 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 322 residues. Blocpdb> 13 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 15 atoms in block 2 Block first atom: 14 Blocpdb> 20 atoms in block 3 Block first atom: 29 Blocpdb> 15 atoms in block 4 Block first atom: 49 Blocpdb> 16 atoms in block 5 Block first atom: 64 Blocpdb> 20 atoms in block 6 Block first atom: 80 Blocpdb> 15 atoms in block 7 Block first atom: 100 Blocpdb> 9 atoms in block 8 Block first atom: 115 Blocpdb> 17 atoms in block 9 Block first atom: 124 Blocpdb> 9 atoms in block 10 Block first atom: 141 Blocpdb> 18 atoms in block 11 Block first atom: 150 Blocpdb> 13 atoms in block 12 Block first atom: 168 Blocpdb> 18 atoms in block 13 Block first atom: 181 Blocpdb> 12 atoms in block 14 Block first atom: 199 Blocpdb> 16 atoms in block 15 Block first atom: 211 Blocpdb> 15 atoms in block 16 Block first atom: 227 Blocpdb> 20 atoms in block 17 Block first atom: 242 Blocpdb> 17 atoms in block 18 Block first atom: 262 Blocpdb> 19 atoms in block 19 Block first atom: 279 Blocpdb> 11 atoms in block 20 Block first atom: 298 Blocpdb> 20 atoms in block 21 Block first atom: 309 Blocpdb> 14 atoms in block 22 Block first atom: 329 Blocpdb> 25 atoms in block 23 Block first atom: 343 Blocpdb> 12 atoms in block 24 Block first atom: 368 Blocpdb> 16 atoms in block 25 Block first atom: 380 Blocpdb> 15 atoms in block 26 Block first atom: 396 Blocpdb> 14 atoms in block 27 Block first atom: 411 Blocpdb> 11 atoms in block 28 Block first atom: 425 Blocpdb> 13 atoms in block 29 Block first atom: 436 Blocpdb> 18 atoms in block 30 Block first atom: 449 Blocpdb> 13 atoms in block 31 Block first atom: 467 Blocpdb> 14 atoms in block 32 Block first atom: 480 Blocpdb> 12 atoms in block 33 Block first atom: 494 Blocpdb> 16 atoms in block 34 Block first atom: 506 Blocpdb> 13 atoms in block 35 Block first atom: 522 Blocpdb> 14 atoms in block 36 Block first atom: 535 Blocpdb> 18 atoms in block 37 Block first atom: 549 Blocpdb> 17 atoms in block 38 Block first atom: 567 Blocpdb> 14 atoms in block 39 Block first atom: 584 Blocpdb> 12 atoms in block 40 Block first atom: 598 Blocpdb> 16 atoms in block 41 Block first atom: 610 Blocpdb> 13 atoms in block 42 Block first atom: 626 Blocpdb> 23 atoms in block 43 Block first atom: 639 Blocpdb> 12 atoms in block 44 Block first atom: 662 Blocpdb> 15 atoms in block 45 Block first atom: 674 Blocpdb> 18 atoms in block 46 Block first atom: 689 Blocpdb> 15 atoms in block 47 Block first atom: 707 Blocpdb> 17 atoms in block 48 Block first atom: 722 Blocpdb> 19 atoms in block 49 Block first atom: 739 Blocpdb> 17 atoms in block 50 Block first atom: 758 Blocpdb> 16 atoms in block 51 Block first atom: 775 Blocpdb> 17 atoms in block 52 Block first atom: 791 Blocpdb> 16 atoms in block 53 Block first atom: 808 Blocpdb> 14 atoms in block 54 Block first atom: 824 Blocpdb> 19 atoms in block 55 Block first atom: 838 Blocpdb> 16 atoms in block 56 Block first atom: 857 Blocpdb> 17 atoms in block 57 Block first atom: 873 Blocpdb> 14 atoms in block 58 Block first atom: 890 Blocpdb> 14 atoms in block 59 Block first atom: 904 Blocpdb> 10 atoms in block 60 Block first atom: 918 Blocpdb> 17 atoms in block 61 Block first atom: 928 Blocpdb> 17 atoms in block 62 Block first atom: 945 Blocpdb> 15 atoms in block 63 Block first atom: 962 Blocpdb> 14 atoms in block 64 Block first atom: 977 Blocpdb> 16 atoms in block 65 Block first atom: 991 Blocpdb> 19 atoms in block 66 Block first atom: 1007 Blocpdb> 16 atoms in block 67 Block first atom: 1026 Blocpdb> 20 atoms in block 68 Block first atom: 1042 Blocpdb> 15 atoms in block 69 Block first atom: 1062 Blocpdb> 17 atoms in block 70 Block first atom: 1077 Blocpdb> 13 atoms in block 71 Block first atom: 1094 Blocpdb> 11 atoms in block 72 Block first atom: 1107 Blocpdb> 15 atoms in block 73 Block first atom: 1118 Blocpdb> 16 atoms in block 74 Block first atom: 1133 Blocpdb> 12 atoms in block 75 Block first atom: 1149 Blocpdb> 15 atoms in block 76 Block first atom: 1161 Blocpdb> 12 atoms in block 77 Block first atom: 1176 Blocpdb> 12 atoms in block 78 Block first atom: 1188 Blocpdb> 16 atoms in block 79 Block first atom: 1200 Blocpdb> 21 atoms in block 80 Block first atom: 1216 Blocpdb> 15 atoms in block 81 Block first atom: 1237 Blocpdb> 14 atoms in block 82 Block first atom: 1252 Blocpdb> 13 atoms in block 83 Block first atom: 1266 Blocpdb> 22 atoms in block 84 Block first atom: 1279 Blocpdb> 22 atoms in block 85 Block first atom: 1301 Blocpdb> 18 atoms in block 86 Block first atom: 1323 Blocpdb> 19 atoms in block 87 Block first atom: 1341 Blocpdb> 20 atoms in block 88 Block first atom: 1360 Blocpdb> 15 atoms in block 89 Block first atom: 1380 Blocpdb> 16 atoms in block 90 Block first atom: 1395 Blocpdb> 17 atoms in block 91 Block first atom: 1411 Blocpdb> 16 atoms in block 92 Block first atom: 1428 Blocpdb> 10 atoms in block 93 Block first atom: 1444 Blocpdb> 19 atoms in block 94 Block first atom: 1454 Blocpdb> 17 atoms in block 95 Block first atom: 1473 Blocpdb> 18 atoms in block 96 Block first atom: 1490 Blocpdb> 11 atoms in block 97 Block first atom: 1508 Blocpdb> 16 atoms in block 98 Block first atom: 1519 Blocpdb> 14 atoms in block 99 Block first atom: 1535 Blocpdb> 15 atoms in block 100 Block first atom: 1549 Blocpdb> 14 atoms in block 101 Block first atom: 1564 Blocpdb> 19 atoms in block 102 Block first atom: 1578 Blocpdb> 20 atoms in block 103 Block first atom: 1597 Blocpdb> 12 atoms in block 104 Block first atom: 1617 Blocpdb> 20 atoms in block 105 Block first atom: 1629 Blocpdb> 15 atoms in block 106 Block first atom: 1649 Blocpdb> 16 atoms in block 107 Block first atom: 1664 Blocpdb> 10 atoms in block 108 Block first atom: 1680 Blocpdb> 13 atoms in block 109 Block first atom: 1690 Blocpdb> 14 atoms in block 110 Block first atom: 1703 Blocpdb> 16 atoms in block 111 Block first atom: 1717 Blocpdb> 18 atoms in block 112 Block first atom: 1733 Blocpdb> 13 atoms in block 113 Block first atom: 1751 Blocpdb> 16 atoms in block 114 Block first atom: 1764 Blocpdb> 16 atoms in block 115 Block first atom: 1780 Blocpdb> 18 atoms in block 116 Block first atom: 1796 Blocpdb> 16 atoms in block 117 Block first atom: 1814 Blocpdb> 15 atoms in block 118 Block first atom: 1830 Blocpdb> 12 atoms in block 119 Block first atom: 1845 Blocpdb> 21 atoms in block 120 Block first atom: 1857 Blocpdb> 18 atoms in block 121 Block first atom: 1878 Blocpdb> 18 atoms in block 122 Block first atom: 1896 Blocpdb> 11 atoms in block 123 Block first atom: 1914 Blocpdb> 17 atoms in block 124 Block first atom: 1925 Blocpdb> 13 atoms in block 125 Block first atom: 1942 Blocpdb> 15 atoms in block 126 Block first atom: 1955 Blocpdb> 18 atoms in block 127 Block first atom: 1970 Blocpdb> 15 atoms in block 128 Block first atom: 1988 Blocpdb> 16 atoms in block 129 Block first atom: 2003 Blocpdb> 15 atoms in block 130 Block first atom: 2019 Blocpdb> 13 atoms in block 131 Block first atom: 2034 Blocpdb> 13 atoms in block 132 Block first atom: 2047 Blocpdb> 12 atoms in block 133 Block first atom: 2060 Blocpdb> 11 atoms in block 134 Block first atom: 2072 Blocpdb> 13 atoms in block 135 Block first atom: 2083 Blocpdb> 17 atoms in block 136 Block first atom: 2096 Blocpdb> 21 atoms in block 137 Block first atom: 2113 Blocpdb> 16 atoms in block 138 Block first atom: 2134 Blocpdb> 14 atoms in block 139 Block first atom: 2150 Blocpdb> 12 atoms in block 140 Block first atom: 2164 Blocpdb> 17 atoms in block 141 Block first atom: 2176 Blocpdb> 17 atoms in block 142 Block first atom: 2193 Blocpdb> 14 atoms in block 143 Block first atom: 2210 Blocpdb> 13 atoms in block 144 Block first atom: 2224 Blocpdb> 14 atoms in block 145 Block first atom: 2237 Blocpdb> 16 atoms in block 146 Block first atom: 2251 Blocpdb> 19 atoms in block 147 Block first atom: 2267 Blocpdb> 14 atoms in block 148 Block first atom: 2286 Blocpdb> 14 atoms in block 149 Block first atom: 2300 Blocpdb> 16 atoms in block 150 Block first atom: 2314 Blocpdb> 14 atoms in block 151 Block first atom: 2330 Blocpdb> 15 atoms in block 152 Block first atom: 2344 Blocpdb> 19 atoms in block 153 Block first atom: 2359 Blocpdb> 16 atoms in block 154 Block first atom: 2378 Blocpdb> 17 atoms in block 155 Block first atom: 2394 Blocpdb> 17 atoms in block 156 Block first atom: 2411 Blocpdb> 20 atoms in block 157 Block first atom: 2428 Blocpdb> 16 atoms in block 158 Block first atom: 2448 Blocpdb> 19 atoms in block 159 Block first atom: 2464 Blocpdb> 13 atoms in block 160 Block first atom: 2483 Blocpdb> 13 atoms in block 161 Block first atom: 2495 Blocpdb> 161 blocks. Blocpdb> At most, 25 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 9 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 860222 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 7524 Prepmat> Matrix trace = 1878040.0000 Prepmat> Last element read: 7524 7524 253.6522 Prepmat> 13042 lines saved. Prepmat> 11515 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2508 RTB> Total mass = 2508.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 2508 RTB> Number of blocks = 161 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 199904.6837 RTB> 52521 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 966 Diagstd> Nb of non-zero elements: 52521 Diagstd> Projected matrix trace = 199904.6837 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 966 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 199904.6837 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.1363094 0.2681265 0.2961450 0.8149241 1.3900945 1.8847534 2.0516973 2.2971503 2.9341114 3.5085477 3.8712597 4.0731844 4.6553186 5.1352286 5.5996109 5.8522449 6.3913070 7.1555633 7.7593191 8.1008677 8.9873296 10.2763074 10.6859799 11.7359002 12.6993701 12.8790088 13.4482669 14.5665068 14.8142397 15.2574937 15.7953288 16.3825036 17.2666662 17.9849259 18.6870768 18.7448666 19.1164228 19.4859644 20.4677223 20.5585617 21.1105454 21.4652097 21.9071478 22.3920455 22.9981959 23.7946103 24.4242920 24.9798718 25.2205188 26.1927899 26.6454578 27.6367020 27.9177111 29.0702523 29.3295178 29.7907248 30.6597316 31.1994136 31.4413171 31.8723108 32.5315990 32.9765386 33.3009564 34.9678041 35.4291855 36.2794798 36.5077615 38.0000889 38.4553856 39.3154475 39.3913661 39.7219481 40.2788940 41.2743908 41.4560960 42.4130642 42.6048789 43.6137928 43.8591085 44.6994882 44.9698615 45.3601187 46.4669702 46.8246071 47.7370126 48.3561950 48.9288700 49.1328479 49.2974694 49.7723956 50.0784493 50.4533129 51.3210264 51.6024820 52.0523926 52.5123644 53.0932364 53.6067816 53.9080247 54.7081312 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034317 0.0034320 0.0034336 0.0034337 0.0034342 0.0034343 40.0920487 56.2296171 59.0945565 98.0288386 128.0316775 149.0810846 155.5435211 164.5849003 186.0088366 203.4037593 213.6591185 219.1605181 234.2987579 246.0793505 256.9651362 262.6978539 274.5301956 290.4806416 302.4872590 309.0729868 325.5446897 348.1078563 354.9788333 372.0090311 386.9780849 389.7054687 398.2249258 414.4508050 417.9602347 424.1670028 431.5783154 439.5268564 451.2316224 460.5211774 469.4247303 470.1500179 474.7867539 479.3538642 491.2810792 492.3700691 498.9361909 503.1098820 508.2626538 513.8568667 520.7654514 529.7056169 536.6687068 542.7381910 545.3461961 555.7585591 560.5403407 570.8715342 573.7664954 585.4902682 588.0953447 592.7012120 601.2837328 606.5526385 608.8995393 613.0586948 619.3668906 623.5880931 626.6479648 642.1396105 646.3620721 654.0723733 656.1269591 669.4028953 673.4011681 680.8898993 681.5469863 684.4008655 689.1821948 697.6468153 699.1807793 707.2046461 708.8020220 717.1453852 719.1594311 726.0166079 728.2090220 731.3619663 740.2313225 743.0744884 750.2791864 755.1293321 759.5876119 761.1692747 762.4433721 766.1072147 768.4590271 771.3298247 777.9343473 780.0646111 783.4578363 786.9118165 791.2521079 795.0695982 797.3004141 803.1954144 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2508 Rtb_to_modes> Number of blocs = 161 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9868E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9888E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9982E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9984E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.1363 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2681 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2961 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8149 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.390 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.885 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.052 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.297 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.934 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.509 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.871 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.073 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.655 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.135 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.600 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.852 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.391 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.156 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.759 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.101 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.987 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.88 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.26 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.38 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.69 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.12 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.56 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.11 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.42 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.22 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.19 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.07 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.87 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.53 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.00 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.39 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.28 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.86 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.47 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.93 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.45 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.60 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.51 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.61 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.91 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.71 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 966 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001 1.00003 0.99999 0.99998 1.00003 1.00004 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 0.99998 0.99997 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00003 1.00003 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000 1.00003 1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 0.99996 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 1.00002 1.00000 0.99996 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99996 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 0.99996 1.00000 1.00000 1.00003 1.00004 0.99998 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001 0.99997 1.00000 0.99999 1.00002 0.99998 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99997 0.99998 1.00002 1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999 0.99998 0.99999 1.00002 0.99997 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 45144 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00002 1.00001 0.99998 0.99999 1.00000 1.00000 0.99999 1.00000 1.00002 1.00000 1.00001 1.00001 1.00003 0.99999 0.99998 1.00003 1.00004 1.00000 0.99998 1.00000 1.00002 0.99998 0.99997 0.99999 1.00001 0.99999 0.99999 1.00000 1.00003 1.00003 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000 1.00003 1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002 0.99996 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 1.00002 1.00000 0.99996 1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999 1.00000 0.99996 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000 1.00001 0.99996 1.00000 1.00000 1.00003 1.00004 0.99998 0.99999 1.00000 1.00002 1.00001 0.99997 1.00000 0.99999 1.00002 0.99998 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99997 0.99998 1.00002 1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999 0.99998 0.99999 1.00002 0.99997 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3:-0.000-0.000 Vector 4: 0.000 0.000 0.000 Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000 Vector 6:-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 7:-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 8: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 Vector 9: 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 10: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2609092319512946827.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2609092319512946827.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2609092319512946827.atom Openam> file on opening on unit 11: 2609092319512946827.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 322 First residue number = 123 Last residue number = 444 Number of atoms found = 2508 Mean number per residue = 7.8 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9868E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9888E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9982E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9984E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1363 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2681 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2961 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8149 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.390 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.885 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.052 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.297 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.934 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.509 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.871 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.073 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.655 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.135 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.600 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.852 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.391 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.156 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.759 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.101 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.987 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.88 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.38 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.69 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.12 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.11 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.42 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.07 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.87 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.53 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.00 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.39 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.28 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.86 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.47 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.93 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.45 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.60 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.51 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.61 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.91 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.71 Bfactors> 106 vectors, 7524 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.136300 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= 0.187 for 322 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.135 +/- 0.15 Bfactors> = 52.834 +/- 18.88 Bfactors> Shiftng-fct= 52.699 Bfactors> Scaling-fct= 129.360 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2609092319512946827.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2609092319512946827.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4315E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4319E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4340E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 40.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 56.22 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 59.09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 98.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 128.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 149.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 155.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 164.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 186.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 203.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 213.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 219.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 234.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 246.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 257.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 262.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 274.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 290.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 302.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 309.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 325.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 348.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 355.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 387.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 398.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 414.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 417.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 431.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 439.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 451.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 460.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 470.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 474.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 479.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 491.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 492.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 498.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 508.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 513.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 520.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 529.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 545.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 555.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 570.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 585.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 588.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 592.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 606.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 608.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 619.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 642.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 646.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 656.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 669.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 680.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 681.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 684.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 689.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 697.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 699.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 708.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 719.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 726.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 731.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 740.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 750.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 755.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 761.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 762.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 766.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 768.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 771.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 777.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 780.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 783.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 786.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 791.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 795.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 797.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 803.2 Chkmod> 106 vectors, 7524 coordinates in file. Chkmod> That is: 2508 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 22 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 48 is: 0.9999 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.7779 0.0034 0.7200 0.0034 0.9889 0.0034 0.6896 0.0034 0.9001 0.0034 0.5570 40.0889 0.5995 56.2244 0.4501 59.0875 0.4517 98.0232 0.4387 128.0218 0.3169 149.0844 0.3261 155.5483 0.3598 164.5724 0.4661 185.9973 0.0943 203.4081 0.1198 213.6428 0.2687 219.1461 0.2546 234.2807 0.3259 246.0633 0.4070 256.9630 0.4775 262.6811 0.1683 274.5118 0.2758 290.4770 0.3963 302.4681 0.2906 309.0622 0.5988 325.5247 0.4149 348.1554 0.4098 355.0304 0.4814 372.0580 0.3053 386.9711 0.3825 389.7037 0.5047 398.2335 0.4610 414.4827 0.2401 417.8825 0.1277 424.1836 0.4765 431.6236 0.1330 439.4744 0.3718 451.2558 0.2886 460.4383 0.1751 469.4413 0.4359 470.0688 0.2028 474.8108 0.3060 479.3829 0.1378 491.2873 0.4583 492.3662 0.3098 498.9083 0.4534 503.1444 0.2092 508.2739 0.2080 513.8113 0.4971 520.7635 0.1438 529.6316 0.3291 536.5985 0.4163 542.7163 0.4087 545.3172 0.4037 555.7051 0.4522 560.5641 0.3928 570.8811 0.4914 573.7654 0.4363 585.4626 0.4734 588.0749 0.5386 592.6686 0.4448 601.2606 0.3565 606.5323 0.4154 608.8606 0.2474 613.0102 0.4096 619.3251 0.3830 623.5940 0.3122 626.6121 0.3111 642.1322 0.2238 646.3418 0.1933 654.0490 0.4630 656.1189 0.3542 669.3734 0.1693 673.4127 0.2957 680.9001 0.2862 681.5059 0.3204 684.3547 0.1642 689.1621 0.2406 697.5798 0.3538 699.1837 0.4588 707.1487 0.1222 708.7310 0.4538 717.0834 0.4061 719.1359 0.4366 725.9896 0.3506 728.1789 0.4800 731.3296 0.2151 740.2237 0.5473 743.0060 0.5566 750.2705 0.3243 755.1266 0.4904 759.5638 0.2231 761.1145 0.2287 762.4302 0.4521 766.0559 0.3720 768.4379 0.4372 771.2714 0.1489 777.8932 0.4796 780.0124 0.3815 783.4062 0.4077 786.8603 0.4620 791.1940 0.3327 795.0593 0.4507 797.2808 0.3247 803.1747 0.3045 getting mode 7 running: ../../bin/get_modes.sh 2609092319512946827 7 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 7 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom making animated gifs 11 models are in 2609092319512946827.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609092319512946827.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609092319512946827.7.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 8 running: ../../bin/get_modes.sh 2609092319512946827 8 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom making animated gifs 11 models are in 2609092319512946827.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609092319512946827.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609092319512946827.8.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2609092319512946827 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom making animated gifs 11 models are in 2609092319512946827.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609092319512946827.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609092319512946827.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2609092319512946827 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom making animated gifs 11 models are in 2609092319512946827.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609092319512946827.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609092319512946827.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2609092319512946827 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2609092319512946827.eigenfacs 2609092319512946827.atom making animated gifs 11 models are in 2609092319512946827.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609092319512946827.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609092319512946827.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2609092319512946827.10.pdb 2609092319512946827.11.pdb 2609092319512946827.7.pdb 2609092319512946827.8.pdb 2609092319512946827.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m13.441s user 0m13.364s sys 0m0.073s rm: cannot remove '2609092319512946827.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format




If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:

elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: april 24th, 2026.