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***  DMD   ***

LOGs for ID: 2609111750043690248

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8) Build Tirion matrix: Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model. Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004. Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file. Pdbmat> Coordinate filename = 2609111750043690248.atom Pdbmat> Distance cutoff = 8.00 Force constant = 10.00 Origin of mass values = CONS Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09 PRINTing level = 2 Pdbmat> Coordinate file 2609111750043690248.atom to be opened. Openam> File opened: 2609111750043690248.atom Pdbmat> Coordinate file in PDB format. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 340 First residue number = 1 Last residue number = 340 Number of atoms found = 2749 Mean number per residue = 8.1 Pdbmat> Coordinate statistics: = -3.044590 +/- 11.913022 From: -32.620000 To: 24.218000 = 3.453481 +/- 9.554441 From: -19.555000 To: 45.267000 = -4.008113 +/- 16.256763 From: -42.675000 To: 31.589000 Pdbmat> Masses are all set to one. Openam> File opened: pdbmat.xyzm Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved. Openam> File opened: pdbmat.sdijb Pdbmat> Matrix statistics: Pdbmat> The matrix is 2.8897 % Filled. Pdbmat> 982796 non-zero elements. Pdbmat> 107378 atom-atom interactions. Pdbmat> Number per atom= 78.12 +/- 23.98 Maximum number = 128 Minimum number = 8 Pdbmat> Matrix trace = 2.147560E+06 Pdbmat> Larger element = 483.920 Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10 Pdbmat> Normal end. automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1) 340 non-zero elements, NRBL set to 2 Diagonalize Tirion matrix using diagrtb Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation. Diagrtb> Version 2.52, November 2004. Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file. Diagrtb> Options taken into account: MATRix filename = pdbmat.sdijb COORdinates filename = 2609111750043690248.atom Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb Nb of VECTors required = 106 EigeNVALues chosen = LOWE Type of SUBStructuring = NONE Nb of residues per BLOck = 2 Origin of MASS values = CONS MATRix FORMat = BINA Temporary files cleaning = ALL Output PRINting level = 2 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb. Blocpdb> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.xyzm Blocpdb> Coordinate file 2609111750043690248.atom to be opened. Openam> file on opening on unit 11: 2609111750043690248.atom Blocpdb> Coordinate file in PDB format. Blocpdb> 2749 atoms picked in pdb file. Blocpdb> All masses set to unity. Blocpdb> Coordinate file is rewritten. Blocpdb> Substructuring: Blocpdb> 2 residue(s) per block. Blocpdb> 340 residues. Blocpdb> 19 atoms in block 1 Block first atom: 1 Blocpdb> 18 atoms in block 2 Block first atom: 20 Blocpdb> 17 atoms in block 3 Block first atom: 38 Blocpdb> 14 atoms in block 4 Block first atom: 55 Blocpdb> 16 atoms in block 5 Block first atom: 69 Blocpdb> 16 atoms in block 6 Block first atom: 85 Blocpdb> 13 atoms in block 7 Block first atom: 101 Blocpdb> 22 atoms in block 8 Block first atom: 114 Blocpdb> 17 atoms in block 9 Block first atom: 136 Blocpdb> 17 atoms in block 10 Block first atom: 153 Blocpdb> 16 atoms in block 11 Block first atom: 170 Blocpdb> 20 atoms in block 12 Block first atom: 186 Blocpdb> 15 atoms in block 13 Block first atom: 206 Blocpdb> 13 atoms in block 14 Block first atom: 221 Blocpdb> 16 atoms in block 15 Block first atom: 234 Blocpdb> 16 atoms in block 16 Block first atom: 250 Blocpdb> 18 atoms in block 17 Block first atom: 266 Blocpdb> 17 atoms in block 18 Block first atom: 284 Blocpdb> 17 atoms in block 19 Block first atom: 301 Blocpdb> 18 atoms in block 20 Block first atom: 318 Blocpdb> 13 atoms in block 21 Block first atom: 336 Blocpdb> 17 atoms in block 22 Block first atom: 349 Blocpdb> 22 atoms in block 23 Block first atom: 366 Blocpdb> 17 atoms in block 24 Block first atom: 388 Blocpdb> 14 atoms in block 25 Block first atom: 405 Blocpdb> 14 atoms in block 26 Block first atom: 419 Blocpdb> 16 atoms in block 27 Block first atom: 433 Blocpdb> 16 atoms in block 28 Block first atom: 449 Blocpdb> 14 atoms in block 29 Block first atom: 465 Blocpdb> 11 atoms in block 30 Block first atom: 479 Blocpdb> 11 atoms in block 31 Block first atom: 490 Blocpdb> 13 atoms in block 32 Block first atom: 501 Blocpdb> 16 atoms in block 33 Block first atom: 514 Blocpdb> 19 atoms in block 34 Block first atom: 530 Blocpdb> 16 atoms in block 35 Block first atom: 549 Blocpdb> 18 atoms in block 36 Block first atom: 565 Blocpdb> 16 atoms in block 37 Block first atom: 583 Blocpdb> 16 atoms in block 38 Block first atom: 599 Blocpdb> 16 atoms in block 39 Block first atom: 615 Blocpdb> 16 atoms in block 40 Block first atom: 631 Blocpdb> 17 atoms in block 41 Block first atom: 647 Blocpdb> 16 atoms in block 42 Block first atom: 664 Blocpdb> 14 atoms in block 43 Block first atom: 680 Blocpdb> 14 atoms in block 44 Block first atom: 694 Blocpdb> 20 atoms in block 45 Block first atom: 708 Blocpdb> 19 atoms in block 46 Block first atom: 728 Blocpdb> 17 atoms in block 47 Block first atom: 747 Blocpdb> 18 atoms in block 48 Block first atom: 764 Blocpdb> 18 atoms in block 49 Block first atom: 782 Blocpdb> 16 atoms in block 50 Block first atom: 800 Blocpdb> 15 atoms in block 51 Block first atom: 816 Blocpdb> 14 atoms in block 52 Block first atom: 831 Blocpdb> 14 atoms in block 53 Block first atom: 845 Blocpdb> 15 atoms in block 54 Block first atom: 859 Blocpdb> 14 atoms in block 55 Block first atom: 874 Blocpdb> 16 atoms in block 56 Block first atom: 888 Blocpdb> 22 atoms in block 57 Block first atom: 904 Blocpdb> 16 atoms in block 58 Block first atom: 926 Blocpdb> 19 atoms in block 59 Block first atom: 942 Blocpdb> 15 atoms in block 60 Block first atom: 961 Blocpdb> 15 atoms in block 61 Block first atom: 976 Blocpdb> 11 atoms in block 62 Block first atom: 991 Blocpdb> 19 atoms in block 63 Block first atom: 1002 Blocpdb> 18 atoms in block 64 Block first atom: 1021 Blocpdb> 14 atoms in block 65 Block first atom: 1039 Blocpdb> 20 atoms in block 66 Block first atom: 1053 Blocpdb> 11 atoms in block 67 Block first atom: 1073 Blocpdb> 16 atoms in block 68 Block first atom: 1084 Blocpdb> 14 atoms in block 69 Block first atom: 1100 Blocpdb> 15 atoms in block 70 Block first atom: 1114 Blocpdb> 15 atoms in block 71 Block first atom: 1129 Blocpdb> 17 atoms in block 72 Block first atom: 1144 Blocpdb> 17 atoms in block 73 Block first atom: 1161 Blocpdb> 23 atoms in block 74 Block first atom: 1178 Blocpdb> 20 atoms in block 75 Block first atom: 1201 Blocpdb> 20 atoms in block 76 Block first atom: 1221 Blocpdb> 16 atoms in block 77 Block first atom: 1241 Blocpdb> 11 atoms in block 78 Block first atom: 1257 Blocpdb> 13 atoms in block 79 Block first atom: 1268 Blocpdb> 15 atoms in block 80 Block first atom: 1281 Blocpdb> 14 atoms in block 81 Block first atom: 1296 Blocpdb> 20 atoms in block 82 Block first atom: 1310 Blocpdb> 19 atoms in block 83 Block first atom: 1330 Blocpdb> 12 atoms in block 84 Block first atom: 1349 Blocpdb> 16 atoms in block 85 Block first atom: 1361 Blocpdb> 18 atoms in block 86 Block first atom: 1377 Blocpdb> 14 atoms in block 87 Block first atom: 1395 Blocpdb> 17 atoms in block 88 Block first atom: 1409 Blocpdb> 18 atoms in block 89 Block first atom: 1426 Blocpdb> 17 atoms in block 90 Block first atom: 1444 Blocpdb> 13 atoms in block 91 Block first atom: 1461 Blocpdb> 12 atoms in block 92 Block first atom: 1474 Blocpdb> 17 atoms in block 93 Block first atom: 1486 Blocpdb> 8 atoms in block 94 Block first atom: 1503 Blocpdb> 14 atoms in block 95 Block first atom: 1511 Blocpdb> 17 atoms in block 96 Block first atom: 1525 Blocpdb> 13 atoms in block 97 Block first atom: 1542 Blocpdb> 18 atoms in block 98 Block first atom: 1555 Blocpdb> 12 atoms in block 99 Block first atom: 1573 Blocpdb> 20 atoms in block 100 Block first atom: 1585 Blocpdb> 16 atoms in block 101 Block first atom: 1605 Blocpdb> 16 atoms in block 102 Block first atom: 1621 Blocpdb> 16 atoms in block 103 Block first atom: 1637 Blocpdb> 17 atoms in block 104 Block first atom: 1653 Blocpdb> 14 atoms in block 105 Block first atom: 1670 Blocpdb> 13 atoms in block 106 Block first atom: 1684 Blocpdb> 19 atoms in block 107 Block first atom: 1697 Blocpdb> 22 atoms in block 108 Block first atom: 1716 Blocpdb> 19 atoms in block 109 Block first atom: 1738 Blocpdb> 17 atoms in block 110 Block first atom: 1757 Blocpdb> 16 atoms in block 111 Block first atom: 1774 Blocpdb> 14 atoms in block 112 Block first atom: 1790 Blocpdb> 21 atoms in block 113 Block first atom: 1804 Blocpdb> 15 atoms in block 114 Block first atom: 1825 Blocpdb> 15 atoms in block 115 Block first atom: 1840 Blocpdb> 21 atoms in block 116 Block first atom: 1855 Blocpdb> 12 atoms in block 117 Block first atom: 1876 Blocpdb> 10 atoms in block 118 Block first atom: 1888 Blocpdb> 16 atoms in block 119 Block first atom: 1898 Blocpdb> 14 atoms in block 120 Block first atom: 1914 Blocpdb> 19 atoms in block 121 Block first atom: 1928 Blocpdb> 14 atoms in block 122 Block first atom: 1947 Blocpdb> 14 atoms in block 123 Block first atom: 1961 Blocpdb> 14 atoms in block 124 Block first atom: 1975 Blocpdb> 18 atoms in block 125 Block first atom: 1989 Blocpdb> 13 atoms in block 126 Block first atom: 2007 Blocpdb> 16 atoms in block 127 Block first atom: 2020 Blocpdb> 15 atoms in block 128 Block first atom: 2036 Blocpdb> 23 atoms in block 129 Block first atom: 2051 Blocpdb> 17 atoms in block 130 Block first atom: 2074 Blocpdb> 17 atoms in block 131 Block first atom: 2091 Blocpdb> 21 atoms in block 132 Block first atom: 2108 Blocpdb> 20 atoms in block 133 Block first atom: 2129 Blocpdb> 16 atoms in block 134 Block first atom: 2149 Blocpdb> 15 atoms in block 135 Block first atom: 2165 Blocpdb> 12 atoms in block 136 Block first atom: 2180 Blocpdb> 22 atoms in block 137 Block first atom: 2192 Blocpdb> 10 atoms in block 138 Block first atom: 2214 Blocpdb> 18 atoms in block 139 Block first atom: 2224 Blocpdb> 14 atoms in block 140 Block first atom: 2242 Blocpdb> 14 atoms in block 141 Block first atom: 2256 Blocpdb> 17 atoms in block 142 Block first atom: 2270 Blocpdb> 22 atoms in block 143 Block first atom: 2287 Blocpdb> 15 atoms in block 144 Block first atom: 2309 Blocpdb> 16 atoms in block 145 Block first atom: 2324 Blocpdb> 18 atoms in block 146 Block first atom: 2340 Blocpdb> 14 atoms in block 147 Block first atom: 2358 Blocpdb> 14 atoms in block 148 Block first atom: 2372 Blocpdb> 10 atoms in block 149 Block first atom: 2386 Blocpdb> 17 atoms in block 150 Block first atom: 2396 Blocpdb> 18 atoms in block 151 Block first atom: 2413 Blocpdb> 19 atoms in block 152 Block first atom: 2431 Blocpdb> 14 atoms in block 153 Block first atom: 2450 Blocpdb> 15 atoms in block 154 Block first atom: 2464 Blocpdb> 17 atoms in block 155 Block first atom: 2479 Blocpdb> 20 atoms in block 156 Block first atom: 2496 Blocpdb> 18 atoms in block 157 Block first atom: 2516 Blocpdb> 20 atoms in block 158 Block first atom: 2534 Blocpdb> 23 atoms in block 159 Block first atom: 2554 Blocpdb> 14 atoms in block 160 Block first atom: 2577 Blocpdb> 17 atoms in block 161 Block first atom: 2591 Blocpdb> 19 atoms in block 162 Block first atom: 2608 Blocpdb> 16 atoms in block 163 Block first atom: 2627 Blocpdb> 15 atoms in block 164 Block first atom: 2643 Blocpdb> 16 atoms in block 165 Block first atom: 2658 Blocpdb> 14 atoms in block 166 Block first atom: 2674 Blocpdb> 17 atoms in block 167 Block first atom: 2688 Blocpdb> 12 atoms in block 168 Block first atom: 2705 Blocpdb> 16 atoms in block 169 Block first atom: 2717 Blocpdb> 17 atoms in block 170 Block first atom: 2732 Blocpdb> 170 blocks. Blocpdb> At most, 23 atoms in each of them. Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them. Blocpdb> Normal end of Blocpdb. Diagrtb> Memory allocation for Prepmat. Diagrtb> Memory allocation for RTB. Diagrtb> Memory allocation for Diagstd. Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes. Prepmat> Entering in. Prepmat> Rewriting of the matrix begins. Prepmat> 982966 matrix lines read. Prepmat> Matrix order = 8247 Prepmat> Matrix trace = 2147560.0000 Prepmat> Last element read: 8247 8247 101.1389 Prepmat> 14536 lines saved. Prepmat> 12777 empty lines. Prepmat> Number of lines on output is as expected. Prepmat> Normal end of Prepmat. RTB> Entering in. RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2749 RTB> Total mass = 2749.0000 RTB> Number of atoms found in matrix: 2749 RTB> Number of blocks = 170 RTB> Projection begins. RTB> Projected matrix is being saved. RTB> Projected matrix trace = 220801.6682 RTB> 60738 non-zero elements. RTB> Normal end of RTB. Diagstd> Entering in. Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.sdijb Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb Diagstd> CERFACS matrix format. Diagstd> Projected matrix order = 1020 Diagstd> Nb of non-zero elements: 60738 Diagstd> Projected matrix trace = 220801.6682 Openam> file on opening on unit 11: diagrtb_work.eigenfacs Diagstd> Diagonalization. Diagstd> 1020 eigenvectors are computed. Diagstd> 106 of them to be saved. Diagstd> Sum of eigenvalues = 220801.6682 Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000 Diagstd> Selected eigenvalues: 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0260475 0.0479678 0.2056454 0.5233939 0.7966179 0.8745236 0.9656046 1.2753190 1.4657883 1.6734841 2.2731376 2.8260566 3.5872957 3.6979868 4.1504892 4.2510740 4.9196921 5.2798659 6.1418560 6.2692334 7.8887135 8.5981224 9.0715882 9.7101447 10.1999479 10.6556259 11.5223640 11.7399658 13.0476257 13.4105629 13.9910527 15.0225262 15.2644892 16.1584462 16.5697697 17.6443042 18.4326873 18.9813145 19.3991846 19.5929104 20.3328752 20.6984916 21.5537657 21.5756771 22.5742955 24.2923114 24.7185190 25.1253656 26.3046824 26.9163575 27.1289240 27.3642947 27.7773725 28.0758972 28.4564034 28.9730674 29.7984969 30.4055299 30.6599051 31.5936738 32.7116852 33.0162679 33.5764435 34.2969207 35.0593116 35.3226490 35.6261330 35.8353307 37.4993731 37.8162890 39.0539212 39.2084768 39.4277620 39.7700835 39.8069480 40.4386050 41.6341876 42.4751208 42.8993132 43.0750021 43.5853399 44.5732209 45.2531780 45.6836372 46.2720731 47.5188814 47.9865840 48.6467859 48.9674546 49.0965666 49.4932505 50.2456374 51.5864265 52.1927040 52.7865168 53.1678032 53.4920141 54.6497675 55.1359545 55.7795810 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units): 0.0034327 0.0034330 0.0034336 0.0034350 0.0034352 0.0034365 17.5258075 23.7832050 49.2441593 78.5614691 96.9215381 101.5502641 106.7074992 122.6322518 131.4712852 140.4772759 163.7224140 182.5516267 205.6737498 208.8228223 221.2304614 223.8951124 240.8597567 249.5207844 269.1194558 271.8958012 304.9989687 318.4176203 327.0671631 338.3826845 346.8121121 354.4743071 368.6091201 372.0734624 392.2482588 397.6662964 406.1818155 420.8882147 424.2642310 436.5108854 442.0318026 456.1393603 466.2186125 473.1059642 478.2852840 480.6674973 489.6600557 494.0428619 504.1466189 504.4028098 515.9437824 535.2167545 539.8915172 544.3164698 556.9443618 563.3825927 565.6028183 568.0511058 572.3225554 575.3897246 579.2756652 584.5107709 592.7785211 598.7859043 601.2854340 610.3730431 621.0788491 623.9636218 629.2346452 635.9498147 642.9792722 645.3895265 648.1561153 650.0563254 664.9780102 667.7820400 678.6214819 679.9629751 681.8617730 684.8154214 685.1327395 690.5471914 700.6809782 707.7218295 711.2470040 712.7019283 716.9114210 724.9904555 730.4993304 733.9654504 738.6773103 748.5630480 752.2378778 757.3948642 759.8870528 760.8881869 763.9558640 769.7407174 779.9432479 784.5130621 788.9632657 791.8075497 794.2180543 802.7668675 806.3298342 811.0225022 Diagstd> Normal end. Rtb_to_modes> Entering in. Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2749 Rtb_to_modes> Number of blocs = 170 Openam> file on opening on unit 10: diagrtb_work.eigenfacs Openam> file on opening on unit 11: matrix.eigenrtb Rdmodfacs> Entering in. Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Eigenvector number: 1 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9928E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 2 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9945E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 3 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9981E-10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 4 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0006E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 5 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 6 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0015E-09 Rdmodfacs> Eigenvector number: 7 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.6047E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 8 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.7968E-02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 9 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.2056 Rdmodfacs> Eigenvector number: 10 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5234 Rdmodfacs> Eigenvector number: 11 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.7966 Rdmodfacs> Eigenvector number: 12 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.8745 Rdmodfacs> Eigenvector number: 13 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9656 Rdmodfacs> Eigenvector number: 14 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.275 Rdmodfacs> Eigenvector number: 15 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.466 Rdmodfacs> Eigenvector number: 16 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.673 Rdmodfacs> Eigenvector number: 17 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.273 Rdmodfacs> Eigenvector number: 18 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.826 Rdmodfacs> Eigenvector number: 19 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.587 Rdmodfacs> Eigenvector number: 20 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.698 Rdmodfacs> Eigenvector number: 21 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.150 Rdmodfacs> Eigenvector number: 22 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.251 Rdmodfacs> Eigenvector number: 23 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.920 Rdmodfacs> Eigenvector number: 24 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.280 Rdmodfacs> Eigenvector number: 25 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.142 Rdmodfacs> Eigenvector number: 26 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.269 Rdmodfacs> Eigenvector number: 27 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.889 Rdmodfacs> Eigenvector number: 28 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.598 Rdmodfacs> Eigenvector number: 29 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.072 Rdmodfacs> Eigenvector number: 30 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.710 Rdmodfacs> Eigenvector number: 31 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.20 Rdmodfacs> Eigenvector number: 32 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 10.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 33 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.52 Rdmodfacs> Eigenvector number: 34 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.74 Rdmodfacs> Eigenvector number: 35 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 36 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 37 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 38 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 39 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.26 Rdmodfacs> Eigenvector number: 40 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.16 Rdmodfacs> Eigenvector number: 41 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 42 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.64 Rdmodfacs> Eigenvector number: 43 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 44 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.98 Rdmodfacs> Eigenvector number: 45 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.40 Rdmodfacs> Eigenvector number: 46 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 47 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.33 Rdmodfacs> Eigenvector number: 48 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.70 Rdmodfacs> Eigenvector number: 49 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.55 Rdmodfacs> Eigenvector number: 50 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 51 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 52 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.29 Rdmodfacs> Eigenvector number: 53 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.72 Rdmodfacs> Eigenvector number: 54 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 55 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 56 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.92 Rdmodfacs> Eigenvector number: 57 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.13 Rdmodfacs> Eigenvector number: 58 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.36 Rdmodfacs> Eigenvector number: 59 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.78 Rdmodfacs> Eigenvector number: 60 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 61 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.46 Rdmodfacs> Eigenvector number: 62 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 63 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.80 Rdmodfacs> Eigenvector number: 64 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.41 Rdmodfacs> Eigenvector number: 65 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.66 Rdmodfacs> Eigenvector number: 66 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 67 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.71 Rdmodfacs> Eigenvector number: 68 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.02 Rdmodfacs> Eigenvector number: 69 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.58 Rdmodfacs> Eigenvector number: 70 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.30 Rdmodfacs> Eigenvector number: 71 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.06 Rdmodfacs> Eigenvector number: 72 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.32 Rdmodfacs> Eigenvector number: 73 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 74 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.84 Rdmodfacs> Eigenvector number: 75 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.50 Rdmodfacs> Eigenvector number: 76 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.82 Rdmodfacs> Eigenvector number: 77 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.05 Rdmodfacs> Eigenvector number: 78 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.21 Rdmodfacs> Eigenvector number: 79 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.43 Rdmodfacs> Eigenvector number: 80 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.77 Rdmodfacs> Eigenvector number: 81 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.81 Rdmodfacs> Eigenvector number: 82 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.44 Rdmodfacs> Eigenvector number: 83 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.63 Rdmodfacs> Eigenvector number: 84 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.48 Rdmodfacs> Eigenvector number: 85 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.90 Rdmodfacs> Eigenvector number: 86 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.08 Rdmodfacs> Eigenvector number: 87 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 88 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.57 Rdmodfacs> Eigenvector number: 89 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 90 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.68 Rdmodfacs> Eigenvector number: 91 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.27 Rdmodfacs> Eigenvector number: 92 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.52 Rdmodfacs> Eigenvector number: 93 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.99 Rdmodfacs> Eigenvector number: 94 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 95 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.97 Rdmodfacs> Eigenvector number: 96 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.10 Rdmodfacs> Eigenvector number: 97 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 98 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.25 Rdmodfacs> Eigenvector number: 99 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.59 Rdmodfacs> Eigenvector number: 100 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.19 Rdmodfacs> Eigenvector number: 101 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.79 Rdmodfacs> Eigenvector number: 102 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.17 Rdmodfacs> Eigenvector number: 103 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.49 Rdmodfacs> Eigenvector number: 104 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.65 Rdmodfacs> Eigenvector number: 105 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.14 Rdmodfacs> Eigenvector number: 106 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.78 Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1020 coordinates in vector file. Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected): 1.00000 1.00003 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999 0.99996 1.00000 0.99998 1.00000 0.99997 0.99997 0.99998 1.00001 1.00003 1.00002 1.00008 1.00006 1.00000 0.99996 1.00000 0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 0.99996 1.00000 0.99998 1.00003 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 0.99996 1.00001 1.00001 0.99996 1.00000 1.00006 0.99999 1.00000 1.00004 0.99999 1.00002 0.99998 1.00004 1.00002 0.99999 1.00003 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 1.00002 1.00001 0.99997 0.99999 1.00003 1.00001 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 0.99998 0.99998 1.00001 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 0.99998 1.00000 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read. Rtb_to_modes> 49482 lines found in RTB file. Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected): 1.00000 1.00003 0.99998 0.99999 1.00000 0.99999 0.99996 1.00000 0.99998 1.00000 0.99997 0.99997 0.99998 1.00001 1.00003 1.00002 1.00008 1.00006 1.00000 0.99996 1.00000 0.99999 0.99998 1.00001 1.00000 1.00002 0.99999 1.00001 0.99998 0.99999 0.99999 0.99998 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 0.99996 1.00000 0.99998 1.00003 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 0.99996 1.00001 1.00001 0.99996 1.00000 1.00006 0.99999 1.00000 1.00004 0.99999 1.00002 0.99998 1.00004 1.00002 0.99999 1.00003 0.99999 1.00001 0.99999 1.00001 1.00002 1.00001 0.99997 0.99999 1.00003 1.00001 0.99999 0.99999 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000 1.00002 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999 0.99999 1.00000 0.99999 0.99998 0.99998 1.00001 0.99998 1.00001 1.00000 1.00001 1.00000 0.99998 0.99998 1.00000 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected): Vector 2: 0.000 Vector 3:-0.000-0.000 Vector 4:-0.000-0.000 0.000 Vector 5: 0.000 0.000-0.000-0.000 Vector 6:-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 7: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 Vector 9: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 Vector 10: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved. Rtb_to_modes> Normal end. Diagrtb> Normal end. B-factor analysis Bfactors> Version 1.22, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2609111750043690248.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2609111750043690248.eigenfacs Getnam> Corresponding pdb filename ? Getnam> 2609111750043690248.atom Openam> file on opening on unit 11: 2609111750043690248.atom Getnum> Number of skipped eigenvectors ? Getnum> 0 Getnum> Number of usefull eigenvectors ? Getnum> 10000 %Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry. Rdatompdb> Reading pdb file. Rdatompdb> End of file reached. Rdatompdb> Number of I/O errors: 0 Rdatompdb> Number of residues found = 340 First residue number = 1 Last residue number = 340 Number of atoms found = 2749 Mean number per residue = 8.1 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9928E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9945E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9981E-10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0015E-09 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.6047E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.7968E-02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2056 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5234 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.7966 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8745 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9656 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.275 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.466 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.673 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.273 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.826 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.587 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.698 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.150 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.251 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.920 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.280 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.142 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.269 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.889 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.598 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.072 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.710 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.20 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.74 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.26 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.16 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.64 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.98 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.40 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.33 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.70 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.55 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.29 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.72 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 25.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.13 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.36 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.46 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 29.80 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.41 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.66 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.71 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.02 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.58 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.30 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.06 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.32 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.84 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.50 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.82 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.05 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.21 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.43 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.77 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.81 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.44 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.63 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.48 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.90 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.08 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.57 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.68 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.27 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.99 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.97 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.10 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.25 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.59 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.19 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.79 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.17 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.49 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.65 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.14 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.78 Bfactors> 106 vectors, 8247 coordinates in file. Openam> file on opening on unit 12: bfactors.pred Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000 Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.026047 Bfactors> 100 eigenvectors will be considered. Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped. Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed. (CHARMM units assumed for eigenvalues) Bfactors> Correlation= -0.446 for 340 C-alpha atoms. Bfactors> = 0.392 +/- 2.66 Bfactors> = 88.891 +/- 15.95 Bfactors> Shiftng-fct= 88.499 Bfactors> Scaling-fct= 5.987 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved. Bfactors> Normal end. check_modes Chkmod> Version 1.00, Bordeaux. Getnam> Eigenvector filename ? Getnam> 2609111750043690248.eigenfacs Openam> file on opening on unit 10: 2609111750043690248.eigenfacs Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected. Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4326E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4364E-03 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 17.52 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 23.78 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 49.24 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 78.56 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 96.92 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 101.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 106.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 122.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 131.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 140.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 163.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 182.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 205.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 208.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 221.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 223.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 240.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 249.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 269.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 271.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 305.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 318.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 327.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 338.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 346.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 354.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 368.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 392.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 397.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 406.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 420.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 424.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 436.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 442.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 466.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 473.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 478.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 480.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 494.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 504.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 515.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 535.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 539.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 544.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 556.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 563.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 568.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 572.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 575.4 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 584.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 592.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 598.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 610.3 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 621.0 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 624.0 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vecteur en lecture: 679.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 681.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 684.8 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 685.1 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 690.5 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 700.6 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 707.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 711.2 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 712.7 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.9 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88 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Chkmod> That is: 2749 cartesian points. Openam> file on opening on unit 11: Chkmod.res Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file. %Chkmod-Wn> Norm of vector 7 is: 0.9999 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 18 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 50 is: 1.0001 (instead of 1.0000). %Chkmod-Wn> Norm of vector 53 is: 1.0001 (instead of 1.0000). Chkmod> Normal end. 0.0034 0.8241 0.0034 0.7154 0.0034 0.6859 0.0034 0.8793 0.0034 0.8790 0.0034 0.7553 17.5249 0.0297 23.7822 0.0314 49.2366 0.0119 78.5586 0.0239 96.9163 0.5009 101.5445 0.3783 106.7027 0.0544 122.6116 0.1967 131.4751 0.1136 140.4509 0.3596 163.7104 0.0159 182.5420 0.0445 205.6564 0.2940 208.8142 0.0852 221.2079 0.2753 223.8836 0.2480 240.8570 0.0906 249.5132 0.4571 269.1111 0.4286 271.8791 0.3284 304.9914 0.4073 318.4017 0.2793 327.0605 0.3010 338.3656 0.4348 346.7981 0.4058 354.5318 0.1981 368.5555 0.0552 372.0580 0.3369 392.2671 0.4005 397.6409 0.2537 406.1491 0.0292 420.8348 0.1530 424.1836 0.5389 436.5131 0.4923 442.0159 0.4156 456.0641 0.3677 466.1646 0.4986 473.0693 0.1592 478.2748 0.0546 480.6112 0.3759 489.6044 0.3249 494.0397 0.2261 504.0809 0.1901 504.4317 0.3547 515.8725 0.4764 535.1683 0.3156 539.8845 0.0344 544.3433 0.4066 556.8709 0.2515 563.3965 0.3053 565.5898 0.3128 567.9821 0.3825 572.3251 0.4532 575.4071 0.3528 579.2874 0.4265 584.4547 0.3506 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generate a series of perturbations for mode 8 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2609111750043690248.eigenfacs 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animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 9 running: ../../bin/get_modes.sh 2609111750043690248 9 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 9 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=20 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=40 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=60 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=80 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=100 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom making animated gifs 11 models are in 2609111750043690248.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609111750043690248.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609111750043690248.9.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 10 running: ../../bin/get_modes.sh 2609111750043690248 10 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 10 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=0 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=20 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100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609111750043690248.10.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 getting mode 11 running: ../../bin/get_modes.sh 2609111750043690248 11 -100 100 20 on 0 normal mode computation generate a series of perturbations for mode 11 calculating perturbed structure for DQ=-100 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-80 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-60 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-40 2609111750043690248.eigenfacs 2609111750043690248.atom calculating perturbed structure for DQ=-20 2609111750043690248.eigenfacs 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MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 11 models are in 2609111750043690248.11.pdb, 1 models will be skipped MODEL 1 will be plotted MODEL 3 will be plotted MODEL 5 will be plotted MODEL 7 will be plotted MODEL 9 will be plotted MODEL 11 will be plotted making thumbnail 100x100 making small animated gif 100x100 making animated gif 300x300 2609111750043690248.10.pdb 2609111750043690248.11.pdb 2609111750043690248.7.pdb 2609111750043690248.8.pdb 2609111750043690248.9.pdb STDERR: Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL real 0m15.364s user 0m15.259s sys 0m0.096s rm: cannot remove '2609111750043690248.sdijf': No such file or directory pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: Writing ppmraw format pstopnm: 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