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* MDH2 homodimer *

LOGs for ID: 2609161750571071015

Output from eigenvector calculation:


STDOUT:

CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
 Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
 Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.    

 Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.

 Pdbmat> Coordinate filename     = 2609161750571071015.atom

 Pdbmat> Distance cutoff         =       8.00
         Force constant          =      10.00
         Origin of mass values   =       CONS
 Pdbmat> Levelshift              =    1.0E-09
         PRINTing level          =          2

 Pdbmat> Coordinate file 2609161750571071015.atom to be opened.

 Openam> File opened: 2609161750571071015.atom

 Pdbmat> Coordinate file in PDB format.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:      0

 Rdatompdb> Number of residues found =    628
            First residue number     =      6
            Last  residue number     =    319
            Number of atoms found    =   4614
            Mean number per residue  =      7.3

 Pdbmat> Coordinate statistics: 
 =    22.819984 +/-    14.069233 From:   -14.371000 To:    56.232000
 =   152.989523 +/-    18.742506 From:   117.187000 To:   192.099000
 =    32.396844 +/-    10.227313 From:     4.756000 To:    58.735000
 Pdbmat> Masses are all set to one.

 Openam> File opened: pdbmat.xyzm
 Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.

 Openam> File opened: pdbmat.sdijb

 Pdbmat> Matrix statistics:

 Pdbmat> The matrix is   1.8760 % Filled.
 Pdbmat>      1797336  non-zero elements.
 Pdbmat>       196658 atom-atom interactions.

 Pdbmat> Number per atom=     85.24 +/-     21.53
         Maximum number =    130
         Minimum number =     18

 Pdbmat> Matrix trace   = 3.933160E+06
 Pdbmat> Larger element =  507.220    
 Pdbmat>      0 elements larger than +/-  1.0E+10

 Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
628 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
 Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
 Diagrtb> Version 2.52, November 2004. 
 Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.

 Diagrtb> Options taken into account:

 MATRix filename          = pdbmat.sdijb
 COORdinates filename     = 2609161750571071015.atom
 Eigenvector OUTPut file  = matrix.eigenrtb
 Nb of VECTors required   =        106
 EigeNVALues chosen       =       LOWE
 Type of SUBStructuring   =       NONE
 Nb of residues per BLOck =          4
 Origin of MASS values    =       CONS
 MATRix FORMat            =       BINA
 Temporary files cleaning =       ALL 
 Output PRINting level    =          2

 Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.

 Blocpdb> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.xyzm   

 Blocpdb> Coordinate file 2609161750571071015.atom to be opened.

 Openam> file on opening on unit     11:
 2609161750571071015.atom                                                                                                        

 Blocpdb> Coordinate file in PDB format.

 Blocpdb>  4614 atoms picked in pdb file.
 Blocpdb>   All masses set to unity.
 Blocpdb> Coordinate file is rewritten.

 Blocpdb> Substructuring:
 Blocpdb>     4 residue(s) per block.
 Blocpdb>   628 residues.
 Blocpdb>    29 atoms in block      1
 Block first atom:      1
 Blocpdb>    24 atoms in block      2
 Block first atom:     30
 Blocpdb>    19 atoms in block      3
 Block first atom:     54
 Blocpdb>    28 atoms in block      4
 Block first atom:     73
 Blocpdb>    30 atoms in block      5
 Block first atom:    101
 Blocpdb>    31 atoms in block      6
 Block first atom:    131
 Blocpdb>    28 atoms in block      7
 Block first atom:    162
 Blocpdb>    34 atoms in block      8
 Block first atom:    190
 Blocpdb>    33 atoms in block      9
 Block first atom:    224
 Blocpdb>    28 atoms in block     10
 Block first atom:    257
 Blocpdb>    25 atoms in block     11
 Block first atom:    285
 Blocpdb>    32 atoms in block     12
 Block first atom:    310
 Blocpdb>    27 atoms in block     13
 Block first atom:    342
 Blocpdb>    25 atoms in block     14
 Block first atom:    369
 Blocpdb>    31 atoms in block     15
 Block first atom:    394
 Blocpdb>    33 atoms in block     16
 Block first atom:    425
 Blocpdb>    31 atoms in block     17
 Block first atom:    458
 Blocpdb>    25 atoms in block     18
 Block first atom:    489
 Blocpdb>    29 atoms in block     19
 Block first atom:    514
 Blocpdb>    23 atoms in block     20
 Block first atom:    543
 Blocpdb>    31 atoms in block     21
 Block first atom:    566
 Blocpdb>    34 atoms in block     22
 Block first atom:    597
 Blocpdb>    35 atoms in block     23
 Block first atom:    631
 Blocpdb>    34 atoms in block     24
 Block first atom:    666
 Blocpdb>    27 atoms in block     25
 Block first atom:    700
 Blocpdb>    25 atoms in block     26
 Block first atom:    727
 Blocpdb>    30 atoms in block     27
 Block first atom:    752
 Blocpdb>    27 atoms in block     28
 Block first atom:    782
 Blocpdb>    34 atoms in block     29
 Block first atom:    809
 Blocpdb>    28 atoms in block     30
 Block first atom:    843
 Blocpdb>    28 atoms in block     31
 Block first atom:    871
 Blocpdb>    30 atoms in block     32
 Block first atom:    899
 Blocpdb>    32 atoms in block     33
 Block first atom:    929
 Blocpdb>    32 atoms in block     34
 Block first atom:    961
 Blocpdb>    34 atoms in block     35
 Block first atom:    993
 Blocpdb>    36 atoms in block     36
 Block first atom:   1027
 Blocpdb>    25 atoms in block     37
 Block first atom:   1063
 Blocpdb>    31 atoms in block     38
 Block first atom:   1088
 Blocpdb>    31 atoms in block     39
 Block first atom:   1119
 Blocpdb>    32 atoms in block     40
 Block first atom:   1150
 Blocpdb>    29 atoms in block     41
 Block first atom:   1182
 Blocpdb>    31 atoms in block     42
 Block first atom:   1211
 Blocpdb>    29 atoms in block     43
 Block first atom:   1242
 Blocpdb>    23 atoms in block     44
 Block first atom:   1271
 Blocpdb>    28 atoms in block     45
 Block first atom:   1294
 Blocpdb>    30 atoms in block     46
 Block first atom:   1322
 Blocpdb>    31 atoms in block     47
 Block first atom:   1352
 Blocpdb>    26 atoms in block     48
 Block first atom:   1383
 Blocpdb>    33 atoms in block     49
 Block first atom:   1409
 Blocpdb>    34 atoms in block     50
 Block first atom:   1442
 Blocpdb>    27 atoms in block     51
 Block first atom:   1476
 Blocpdb>    32 atoms in block     52
 Block first atom:   1503
 Blocpdb>    25 atoms in block     53
 Block first atom:   1535
 Blocpdb>    32 atoms in block     54
 Block first atom:   1560
 Blocpdb>    23 atoms in block     55
 Block first atom:   1592
 Blocpdb>    20 atoms in block     56
 Block first atom:   1615
 Blocpdb>    34 atoms in block     57
 Block first atom:   1635
 Blocpdb>    26 atoms in block     58
 Block first atom:   1669
 Blocpdb>    34 atoms in block     59
 Block first atom:   1695
 Blocpdb>    32 atoms in block     60
 Block first atom:   1729
 Blocpdb>    29 atoms in block     61
 Block first atom:   1761
 Blocpdb>    26 atoms in block     62
 Block first atom:   1790
 Blocpdb>    29 atoms in block     63
 Block first atom:   1816
 Blocpdb>    33 atoms in block     64
 Block first atom:   1845
 Blocpdb>    31 atoms in block     65
 Block first atom:   1878
 Blocpdb>    37 atoms in block     66
 Block first atom:   1909
 Blocpdb>    31 atoms in block     67
 Block first atom:   1946
 Blocpdb>    28 atoms in block     68
 Block first atom:   1977
 Blocpdb>    30 atoms in block     69
 Block first atom:   2005
 Blocpdb>    34 atoms in block     70
 Block first atom:   2035
 Blocpdb>    23 atoms in block     71
 Block first atom:   2069
 Blocpdb>    30 atoms in block     72
 Block first atom:   2092
 Blocpdb>    34 atoms in block     73
 Block first atom:   2122
 Blocpdb>    27 atoms in block     74
 Block first atom:   2156
 Blocpdb>    32 atoms in block     75
 Block first atom:   2183
 Blocpdb>    27 atoms in block     76
 Block first atom:   2215
 Blocpdb>    31 atoms in block     77
 Block first atom:   2242
 Blocpdb>    33 atoms in block     78
 Block first atom:   2273
 Blocpdb>    15 atoms in block     79
 Block first atom:   2306
 Blocpdb>    29 atoms in block     80
 Block first atom:   2321
 Blocpdb>    24 atoms in block     81
 Block first atom:   2350
 Blocpdb>    19 atoms in block     82
 Block first atom:   2374
 Blocpdb>    28 atoms in block     83
 Block first atom:   2393
 Blocpdb>    30 atoms in block     84
 Block first atom:   2421
 Blocpdb>    31 atoms in block     85
 Block first atom:   2451
 Blocpdb>    28 atoms in block     86
 Block first atom:   2482
 Blocpdb>    34 atoms in block     87
 Block first atom:   2510
 Blocpdb>    33 atoms in block     88
 Block first atom:   2544
 Blocpdb>    28 atoms in block     89
 Block first atom:   2577
 Blocpdb>    25 atoms in block     90
 Block first atom:   2605
 Blocpdb>    32 atoms in block     91
 Block first atom:   2630
 Blocpdb>    26 atoms in block     92
 Block first atom:   2662
 Blocpdb>    22 atoms in block     93
 Block first atom:   2688
 Blocpdb>    31 atoms in block     94
 Block first atom:   2710
 Blocpdb>    38 atoms in block     95
 Block first atom:   2741
 Blocpdb>    31 atoms in block     96
 Block first atom:   2779
 Blocpdb>    25 atoms in block     97
 Block first atom:   2810
 Blocpdb>    29 atoms in block     98
 Block first atom:   2835
 Blocpdb>    23 atoms in block     99
 Block first atom:   2864
 Blocpdb>    31 atoms in block    100
 Block first atom:   2887
 Blocpdb>    34 atoms in block    101
 Block first atom:   2918
 Blocpdb>    35 atoms in block    102
 Block first atom:   2952
 Blocpdb>    27 atoms in block    103
 Block first atom:   2987
 Blocpdb>    27 atoms in block    104
 Block first atom:   3014
 Blocpdb>    25 atoms in block    105
 Block first atom:   3041
 Blocpdb>    30 atoms in block    106
 Block first atom:   3066
 Blocpdb>    27 atoms in block    107
 Block first atom:   3096
 Blocpdb>    29 atoms in block    108
 Block first atom:   3123
 Blocpdb>    28 atoms in block    109
 Block first atom:   3152
 Blocpdb>    28 atoms in block    110
 Block first atom:   3180
 Blocpdb>    30 atoms in block    111
 Block first atom:   3208
 Blocpdb>    32 atoms in block    112
 Block first atom:   3238
 Blocpdb>    32 atoms in block    113
 Block first atom:   3270
 Blocpdb>    34 atoms in block    114
 Block first atom:   3302
 Blocpdb>    36 atoms in block    115
 Block first atom:   3336
 Blocpdb>    25 atoms in block    116
 Block first atom:   3372
 Blocpdb>    31 atoms in block    117
 Block first atom:   3397
 Blocpdb>    31 atoms in block    118
 Block first atom:   3428
 Blocpdb>    32 atoms in block    119
 Block first atom:   3459
 Blocpdb>    29 atoms in block    120
 Block first atom:   3491
 Blocpdb>    27 atoms in block    121
 Block first atom:   3520
 Blocpdb>    29 atoms in block    122
 Block first atom:   3547
 Blocpdb>    23 atoms in block    123
 Block first atom:   3576
 Blocpdb>    28 atoms in block    124
 Block first atom:   3599
 Blocpdb>    30 atoms in block    125
 Block first atom:   3627
 Blocpdb>    31 atoms in block    126
 Block first atom:   3657
 Blocpdb>    29 atoms in block    127
 Block first atom:   3688
 Blocpdb>    33 atoms in block    128
 Block first atom:   3717
 Blocpdb>    34 atoms in block    129
 Block first atom:   3750
 Blocpdb>    27 atoms in block    130
 Block first atom:   3784
 Blocpdb>    32 atoms in block    131
 Block first atom:   3811
 Blocpdb>    25 atoms in block    132
 Block first atom:   3843
 Blocpdb>    33 atoms in block    133
 Block first atom:   3868
 Blocpdb>    23 atoms in block    134
 Block first atom:   3901
 Blocpdb>    20 atoms in block    135
 Block first atom:   3924
 Blocpdb>    34 atoms in block    136
 Block first atom:   3944
 Blocpdb>    26 atoms in block    137
 Block first atom:   3978
 Blocpdb>    34 atoms in block    138
 Block first atom:   4004
 Blocpdb>    32 atoms in block    139
 Block first atom:   4038
 Blocpdb>    29 atoms in block    140
 Block first atom:   4070
 Blocpdb>    26 atoms in block    141
 Block first atom:   4099
 Blocpdb>    29 atoms in block    142
 Block first atom:   4125
 Blocpdb>    33 atoms in block    143
 Block first atom:   4154
 Blocpdb>    31 atoms in block    144
 Block first atom:   4187
 Blocpdb>    37 atoms in block    145
 Block first atom:   4218
 Blocpdb>    31 atoms in block    146
 Block first atom:   4255
 Blocpdb>    28 atoms in block    147
 Block first atom:   4286
 Blocpdb>    25 atoms in block    148
 Block first atom:   4314
 Blocpdb>    34 atoms in block    149
 Block first atom:   4339
 Blocpdb>    21 atoms in block    150
 Block first atom:   4373
 Blocpdb>    30 atoms in block    151
 Block first atom:   4394
 Blocpdb>    29 atoms in block    152
 Block first atom:   4424
 Blocpdb>    27 atoms in block    153
 Block first atom:   4453
 Blocpdb>    32 atoms in block    154
 Block first atom:   4480
 Blocpdb>    28 atoms in block    155
 Block first atom:   4512
 Blocpdb>    28 atoms in block    156
 Block first atom:   4540
 Blocpdb>    32 atoms in block    157
 Block first atom:   4568
 Blocpdb>    15 atoms in block    158
 Block first atom:   4599

 Blocpdb>   158 blocks.

 Blocpdb> At most,     38 atoms in each of them.
 Blocpdb> At least,    15 atoms in each of them.

 Blocpdb> Normal end of Blocpdb.

 Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB.
 Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
 Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.

 Prepmat> Entering in.
 Prepmat> Rewriting of the matrix begins.

 Prepmat>      1797494 matrix lines read.

 Prepmat> Matrix order    =      13842

 Prepmat> Matrix trace    =    3933160.0000
 Prepmat> Last element read:   13842  13842       120.9970
 Prepmat>        12562 lines saved.
 Prepmat>        11013 empty lines.
 Prepmat> Number of lines on output is as expected.
 Prepmat> Normal end of Prepmat.

 RTB> Entering in.
 RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file:  4614
 RTB> Total mass =        4614.0000
 RTB> Number of atoms found in matrix:  4614
 RTB> Number of blocks =   158
 RTB> Projection begins.
 RTB> Projected matrix is being saved.
 RTB> Projected matrix trace =  203478.5481
 RTB>     53358 non-zero elements.
 RTB> Normal end of RTB.

 Diagstd> Entering in.

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb                      
 Diagstd> CERFACS matrix format.
 Diagstd> Projected matrix order =      948
 Diagstd> Nb of non-zero elements:    53358
 Diagstd> Projected matrix trace =  203478.5481

 Openam> file on opening on unit     11:
 diagrtb_work.eigenfacs                  
 Diagstd> Diagonalization.

 Diagstd>    948 eigenvectors are computed. 
 Diagstd>    106 of them to be saved. 

 Diagstd> Sum of eigenvalues = 203478.5481
 Diagstd> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000

 Diagstd>      6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to:    0.0000000

 Diagstd> Selected eigenvalues: 
      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000      0.0000000
      0.0000000      1.1525040      1.7340674      2.3779212      4.6499819
      5.0948210      5.7953712      6.3314416      7.8966481      8.9590607
      9.2651410     10.3258203     11.1269933     13.1029475     13.3198880
     14.9445568     15.4344968     15.9697752     16.3711075     18.1281125
     18.4541328     19.0721464     19.3622242     20.3876497     21.1584957
     21.6444134     22.9796789     23.7527385     24.0581924     24.9794282
     25.3494345     25.5909486     26.2946277     27.1551212     27.3243313
     28.1630344     28.3750658     28.9456379     29.6536276     30.0442874
     30.8215714     32.3520963     33.0279049     34.1782406     34.7051934
     35.5253626     35.7269235     36.1954302     37.3806309     38.7829339
     39.0110399     39.5067966     40.4285085     40.5843344     41.0450617
     41.7421772     42.5293286     43.5848246     43.9840340     44.2497848
     45.0691269     45.4009086     45.6820566     46.6057144     47.3835583
     47.8944993     47.9709567     48.4709522     48.7265823     49.3585509
     49.9121153     50.2361910     50.5677591     51.0818781     51.9147920
     52.2141020     52.4902879     52.6921865     53.9255031     54.7095120
     54.9061758     55.8954524     56.7108336     56.9453769     57.5395902
     58.5417549     58.9069740     59.3161395     59.7502029     60.4737430
     60.6153567     61.2272730     62.3162839     62.5317886     63.6232009
     63.8771556     64.5707185     64.9534166     66.3604071     67.2073663
     67.6499787

 Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
      0.0034323      0.0034336      0.0034342      0.0034344      0.0034346
      0.0034350    116.5779710    142.9974409    167.4534138    234.1644231
    245.1092748    261.4182544    273.2414516    305.1523169    325.0322996
    330.5379261    348.9454677    362.2298144    393.0789448    396.3196152
    419.7945541    426.6203008    433.9549847    439.3739557    462.3507584
    466.4897457    474.2365973    477.8294389    490.3191565    499.5025092
    505.2056395    520.5557624    529.2393460    532.6314139    542.7333724
    546.7381990    549.3365203    556.8379081    565.8758409    567.6361578
    576.2819315    578.4471948    584.2340206    591.3358309    595.2182433
    602.8686061    617.6557570    624.0735741    634.8485499    639.7238091
    647.2387939    649.0723218    653.3142812    663.9243452    676.2629741
    678.2488156    682.5448410    690.4609799    691.7903411    695.7059809
    701.5890929    708.1732918    716.9071828    720.1829070    722.3552969
    729.0122947    731.6907296    733.9527531    741.3356153    747.4964181
    751.5157713    752.1153808    756.0248242    758.0157959    762.9155741
    767.1817589    769.6683564    772.2041555    776.1197026    782.4216146
    784.6738632    786.7463879    788.2580058    797.4296566    803.2055502
    804.6478931    811.8644372    817.7645795    819.4538802    823.7182017
    830.8605694    833.4482464    836.3377867    839.3922839    844.4592659
    845.4474387    849.7041484    857.2274190    858.7083895    866.1698006
    867.8967555    872.5957424    875.1777753    884.6058378    890.2330607
    893.1596860

 Diagstd> Normal end.

 Rtb_to_modes> Entering in.

 Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file =   4614
 Rtb_to_modes> Number of blocs =    158

 Openam> file on opening on unit     10:
 diagrtb_work.eigenfacs                  

 Openam> file on opening on unit     11:
 matrix.eigenrtb                         

 Rdmodfacs> Entering in.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     1
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9905E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     2
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  9.9977E-10

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     3
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     4
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     5
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     6
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:  1.0006E-09

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     7
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.153    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     8
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   1.734    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:     9
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   2.378    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    10
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   4.650    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    11
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   5.095    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    12
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   5.795    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    13
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   6.331    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    14
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   7.897    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    15
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   8.959    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    16
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   9.265    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    17
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   10.33    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    18
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   11.13    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    19
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   13.10    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    20
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   13.32    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    21
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   14.94    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    22
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.43    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    23
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   15.97    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    24
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   16.37    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    25
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.13    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    26
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   18.45    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    27
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.07    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    28
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   19.36    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    29
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   20.39    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    30
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.16    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    31
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   21.64    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    32
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   22.98    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    33
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   23.75    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    34
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   24.06    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    35
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   24.98    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    36
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.35    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    37
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   25.59    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    38
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   26.29    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    39
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   27.16    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    40
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   27.32    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    41
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.16    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    42
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    43
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   28.95    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    44
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   29.65    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    45
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.04    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    46
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   30.82    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    47
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   32.35    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    48
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   33.03    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    49
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   34.18    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    50
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   34.71    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    51
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.53    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    52
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   35.73    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    53
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   36.20    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    54
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   37.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    55
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   38.78    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    56
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.01    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    57
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   39.51    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    58
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.43    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    59
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   40.58    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    60
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.05    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    61
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   41.74    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    62
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   42.53    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    63
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.58    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    64
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   43.98    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    65
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   44.25    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    66
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.07    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    67
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.40    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    68
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   45.68    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    69
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   46.61    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    70
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.38    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    71
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.89    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    72
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   47.97    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    73
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.47    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    74
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   48.73    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    75
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.36    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    76
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   49.91    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    77
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.24    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    78
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   50.57    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    79
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   51.08    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    80
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   51.91    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    81
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.21    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    82
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.49    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    83
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   52.69    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    84
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   53.93    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    85
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.71    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    86
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   54.91    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    87
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   55.90    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    88
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.71    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    89
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   56.95    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    90
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   57.54    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    91
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   58.54    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    92
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   58.91    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    93
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.32    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    94
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   59.75    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    95
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.47    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    96
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   60.62    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    97
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   61.23    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    98
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.32    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:    99
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   62.53    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   100
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.62    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   101
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   63.88    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   102
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   64.57    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   103
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   64.95    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   104
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   66.36    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   105
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   67.21    

 Rdmodfacs> Eigenvector number:   106
 Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue:   67.65    

 Rtb_to_modes>  106 vectors, with    948 coordinates in vector file.

 Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999
 0.99999 0.99997 0.99999 1.00000 0.99999
 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998
 1.00001 0.99998 1.00000 1.00002 1.00000
 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001
 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998
 0.99998 1.00000 1.00001 0.99998 1.00001
 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00003
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 0.99999 0.99999 0.99998 1.00001 1.00003
 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99998
 1.00001 0.99999 1.00001 1.00002 1.00001
 1.00003 1.00004 1.00000 0.99999 1.00002
 1.00000 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999
 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
 0.99996 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999
 0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 0.99998
 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999
 0.99999 1.00001 1.00001 1.00002 1.00001
 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
 1.00000 1.00002 1.00001 0.99999 1.00000
 0.99999

 Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
 Rtb_to_modes>    83052 lines found in RTB file.

 Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999
 0.99999 0.99997 0.99999 1.00000 0.99999
 1.00001 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998
 1.00001 0.99998 1.00000 1.00002 1.00000
 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 1.00001
 0.99998 1.00000 1.00000 1.00000 0.99998
 0.99998 1.00000 1.00001 0.99998 1.00001
 1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00003
 0.99999 0.99998 1.00002 0.99999 1.00001
 0.99999 0.99999 0.99998 1.00001 1.00003
 1.00001 1.00000 1.00000 1.00001 0.99998
 1.00001 0.99999 1.00001 1.00002 1.00001
 1.00003 1.00004 1.00000 0.99999 1.00002
 1.00000 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999
 1.00002 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
 0.99996 1.00000 0.99999 0.99998 0.99999
 0.99999 1.00000 0.99999 1.00002 0.99998
 1.00000 1.00001 0.99999 0.99999 0.99999
 0.99999 1.00001 1.00001 1.00002 1.00001
 1.00000 1.00000 1.00001 1.00000 1.00000
 1.00000 1.00002 1.00001 0.99999 1.00000
 0.99999

 Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
 Vector   2:-0.000
 Vector   3:-0.000-0.000
 Vector   4: 0.000 0.000-0.000
 Vector   5: 0.000 0.000-0.000 0.000
 Vector   6:-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000
 Vector   7: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector   8:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
 Vector   9: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
 Vector  10: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000

 Rtb_to_modes>   106 eigenvectors saved.

 Rtb_to_modes> Normal end.

 Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
 Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2609161750571071015.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2609161750571071015.eigenfacs                                   
 Getnam> Corresponding pdb filename ?
 Getnam> 2609161750571071015.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 2609161750571071015.atom                                        
 Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
 Getnum>            0
 Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
 Getnum>        10000
%Getnum-Err: number larger than    106 This is not allowed. Sorry.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:            0

 Rdatompdb> Number of residues found =    628
            First residue number     =      6
            Last  residue number     =    319
            Number of atoms found    =   4614
            Mean number per residue  =      7.3

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9905E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  9.9977E-10

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0001E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0003E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:  1.0006E-09

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.153    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   1.734    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   2.378    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   4.650    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.095    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   5.795    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   6.331    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   7.897    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   8.959    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   9.265    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   10.33    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   11.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.10    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   13.32    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   14.94    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.43    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   15.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   16.37    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.13    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   18.45    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   19.36    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   20.39    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.16    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   21.64    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   22.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   23.75    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.06    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   24.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   25.59    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   26.29    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.16    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   27.32    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.16    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   28.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   29.65    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.04    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   30.82    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   32.35    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   33.03    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   34.18    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   34.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.53    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   35.73    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   36.20    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   37.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   38.78    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.01    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   39.51    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.43    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   40.58    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.05    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   41.74    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   42.53    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.58    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   43.98    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   44.25    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.07    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.40    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   45.68    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   46.61    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.38    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.89    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   47.97    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.47    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   48.73    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.36    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   49.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.24    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   50.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   51.08    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   51.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.21    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.49    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    83
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   52.69    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    84
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   53.93    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    85
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    86
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   54.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    87
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   55.90    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    88
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.71    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    89
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   56.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    90
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   57.54    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    91
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   58.54    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    92
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   58.91    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    93
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.32    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    94
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   59.75    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    95
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.47    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    96
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   60.62    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    97
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   61.23    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    98
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.32    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    99
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   62.53    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.62    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   101
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   63.88    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   102
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   64.57    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   64.95    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   66.36    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.21    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture:   67.65    

 Bfactors>  106 vectors,  13842 coordinates in file.

 Openam> file on opening on unit     12:
 bfactors.pred                                                   

 Bfactors> Best zero-eigenvalue found  :     0.000000
 Bfactors>     6 eigenvalues less than :     0.000000
 Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue  :     1.153000
 Bfactors>   100 eigenvectors will be considered.
 Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.

 Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
          (CHARMM units assumed for eigenvalues)

 Bfactors> Correlation=      0.435 for    632 C-alpha atoms.
 Bfactors> =      0.018 +/-   0.01
 Bfactors> =     32.463 +/-   2.28
 Bfactors> Shiftng-fct=     32.445
 Bfactors> Scaling-fct=    174.211

 Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.

 Bfactors> Normal end.
check_modes
 Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> 2609161750571071015.eigenfacs

 Openam> file on opening on unit     10:
 2609161750571071015.eigenfacs                                   

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4322E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   776.1    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   782.4    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   788.2    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   797.4    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   858.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   100
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   866.1    

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 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   872.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   103
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   875.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   104
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   884.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   105
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   890.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:   106
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   893.1    

 Chkmod>  106 vectors,  13842 coordinates in file.
 Chkmod>      That is:   4614 cartesian points.

 Openam> file on opening on unit     11:
 Chkmod.res                                                      
 Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.

 Chkmod> Normal end.
      0.0034      0.8486
      0.0034      0.7721
      0.0034      0.8855
      0.0034      0.7435
      0.0034      0.8363
      0.0034      0.9145
    116.5981      0.6827
    142.9885      0.7424
    167.4490      0.7025
    234.1548      0.5274
    245.1031      0.4595
    261.3987      0.7007
    273.2202      0.6945
    305.1460      0.5473
    325.0172      0.6889
    330.5212      0.5243
    349.0011      0.4956
    362.2632      0.5576
    393.0179      0.4711
    396.3043      0.4941
    419.7125      0.3190
    426.5398      0.3744
    433.9394      0.6243
    439.3402      0.4557
    462.3550      0.6376
    466.4175      0.4048
    474.1896      0.4779
    477.7815      0.5810
    490.3264      0.6276
    499.4988      0.5545
    505.1324      0.5008
    520.5371      0.5695
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    747.4363      0.4826
    751.4482      0.4643
    752.0756      0.2844
    755.9849      0.2680
    758.0098      0.4414
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    767.1326      0.3765
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    797.4287      0.5028
    803.1747      0.4601
    804.6414      0.4555
    811.8626      0.4789
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    819.4520      0.5465
    823.6858      0.5609
    830.8124      0.5783
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    890.2123      0.5069
    893.1215      0.5217
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2609161750571071015 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2609161750571071015.eigenfacs
2609161750571071015.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2609161750571071015.eigenfacs
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calculating perturbed structure for DQ=-60
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MODEL 1 will be plotted
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MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
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MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
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getting mode 11
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL

real	0m19.007s
user	0m18.825s
sys	0m0.177s
rm: cannot remove '2609161750571071015.sdijf': No such file or directory
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K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.
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