*** 5C4 ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2609171238041353664.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2609171238041353664.atom to be opened.
Openam> File opened: 2609171238041353664.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 434
First residue number = 1
Last residue number = 217
Number of atoms found = 3452
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 16.510214 +/- 17.984685 From: -24.293000 To: 55.142000
= 22.968639 +/- 9.150077 From: 0.538000 To: 46.761000
= 32.371915 +/- 16.574189 From: 2.234000 To: 70.432000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.2938 % Filled.
Pdbmat> 1230134 non-zero elements.
Pdbmat> 134398 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 77.87 +/- 25.07
Maximum number = 128
Minimum number = 11
Pdbmat> Matrix trace = 2.687960E+06
Pdbmat> Larger element = 470.013
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
434 non-zero elements, NRBL set to 3
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2609171238041353664.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 3
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2609171238041353664.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2609171238041353664.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3452 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 3 residue(s) per block.
Blocpdb> 434 residues.
Blocpdb> 21 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 20 atoms in block 2
Block first atom: 22
Blocpdb> 17 atoms in block 3
Block first atom: 42
Blocpdb> 26 atoms in block 4
Block first atom: 59
Blocpdb> 25 atoms in block 5
Block first atom: 85
Blocpdb> 25 atoms in block 6
Block first atom: 110
Blocpdb> 23 atoms in block 7
Block first atom: 135
Blocpdb> 22 atoms in block 8
Block first atom: 158
Blocpdb> 25 atoms in block 9
Block first atom: 180
Blocpdb> 23 atoms in block 10
Block first atom: 205
Blocpdb> 20 atoms in block 11
Block first atom: 228
Blocpdb> 22 atoms in block 12
Block first atom: 248
Blocpdb> 25 atoms in block 13
Block first atom: 270
Blocpdb> 24 atoms in block 14
Block first atom: 295
Blocpdb> 27 atoms in block 15
Block first atom: 319
Blocpdb> 34 atoms in block 16
Block first atom: 346
Blocpdb> 19 atoms in block 17
Block first atom: 380
Blocpdb> 23 atoms in block 18
Block first atom: 399
Blocpdb> 23 atoms in block 19
Block first atom: 422
Blocpdb> 25 atoms in block 20
Block first atom: 445
Blocpdb> 27 atoms in block 21
Block first atom: 470
Blocpdb> 30 atoms in block 22
Block first atom: 497
Blocpdb> 21 atoms in block 23
Block first atom: 527
Blocpdb> 30 atoms in block 24
Block first atom: 548
Blocpdb> 20 atoms in block 25
Block first atom: 578
Blocpdb> 22 atoms in block 26
Block first atom: 598
Blocpdb> 27 atoms in block 27
Block first atom: 620
Blocpdb> 30 atoms in block 28
Block first atom: 647
Blocpdb> 21 atoms in block 29
Block first atom: 677
Blocpdb> 30 atoms in block 30
Block first atom: 698
Blocpdb> 22 atoms in block 31
Block first atom: 728
Blocpdb> 23 atoms in block 32
Block first atom: 750
Blocpdb> 20 atoms in block 33
Block first atom: 773
Blocpdb> 20 atoms in block 34
Block first atom: 793
Blocpdb> 25 atoms in block 35
Block first atom: 813
Blocpdb> 23 atoms in block 36
Block first atom: 838
Blocpdb> 18 atoms in block 37
Block first atom: 861
Blocpdb> 27 atoms in block 38
Block first atom: 879
Blocpdb> 25 atoms in block 39
Block first atom: 906
Blocpdb> 26 atoms in block 40
Block first atom: 931
Blocpdb> 22 atoms in block 41
Block first atom: 957
Blocpdb> 25 atoms in block 42
Block first atom: 979
Blocpdb> 24 atoms in block 43
Block first atom: 1004
Blocpdb> 26 atoms in block 44
Block first atom: 1028
Blocpdb> 21 atoms in block 45
Block first atom: 1054
Blocpdb> 21 atoms in block 46
Block first atom: 1075
Blocpdb> 20 atoms in block 47
Block first atom: 1096
Blocpdb> 30 atoms in block 48
Block first atom: 1116
Blocpdb> 22 atoms in block 49
Block first atom: 1146
Blocpdb> 21 atoms in block 50
Block first atom: 1168
Blocpdb> 29 atoms in block 51
Block first atom: 1189
Blocpdb> 21 atoms in block 52
Block first atom: 1218
Blocpdb> 24 atoms in block 53
Block first atom: 1239
Blocpdb> 29 atoms in block 54
Block first atom: 1263
Blocpdb> 21 atoms in block 55
Block first atom: 1292
Blocpdb> 22 atoms in block 56
Block first atom: 1313
Blocpdb> 22 atoms in block 57
Block first atom: 1335
Blocpdb> 21 atoms in block 58
Block first atom: 1357
Blocpdb> 31 atoms in block 59
Block first atom: 1378
Blocpdb> 23 atoms in block 60
Block first atom: 1409
Blocpdb> 22 atoms in block 61
Block first atom: 1432
Blocpdb> 26 atoms in block 62
Block first atom: 1454
Blocpdb> 32 atoms in block 63
Block first atom: 1480
Blocpdb> 19 atoms in block 64
Block first atom: 1512
Blocpdb> 23 atoms in block 65
Block first atom: 1531
Blocpdb> 21 atoms in block 66
Block first atom: 1554
Blocpdb> 24 atoms in block 67
Block first atom: 1575
Blocpdb> 26 atoms in block 68
Block first atom: 1599
Blocpdb> 29 atoms in block 69
Block first atom: 1625
Blocpdb> 24 atoms in block 70
Block first atom: 1654
Blocpdb> 22 atoms in block 71
Block first atom: 1678
Blocpdb> 17 atoms in block 72
Block first atom: 1700
Blocpdb> 10 atoms in block 73
Block first atom: 1717
Blocpdb> 21 atoms in block 74
Block first atom: 1727
Blocpdb> 20 atoms in block 75
Block first atom: 1748
Blocpdb> 17 atoms in block 76
Block first atom: 1768
Blocpdb> 26 atoms in block 77
Block first atom: 1785
Blocpdb> 25 atoms in block 78
Block first atom: 1811
Blocpdb> 25 atoms in block 79
Block first atom: 1836
Blocpdb> 23 atoms in block 80
Block first atom: 1861
Blocpdb> 22 atoms in block 81
Block first atom: 1884
Blocpdb> 25 atoms in block 82
Block first atom: 1906
Blocpdb> 23 atoms in block 83
Block first atom: 1931
Blocpdb> 20 atoms in block 84
Block first atom: 1954
Blocpdb> 22 atoms in block 85
Block first atom: 1974
Blocpdb> 25 atoms in block 86
Block first atom: 1996
Blocpdb> 24 atoms in block 87
Block first atom: 2021
Blocpdb> 27 atoms in block 88
Block first atom: 2045
Blocpdb> 34 atoms in block 89
Block first atom: 2072
Blocpdb> 19 atoms in block 90
Block first atom: 2106
Blocpdb> 23 atoms in block 91
Block first atom: 2125
Blocpdb> 23 atoms in block 92
Block first atom: 2148
Blocpdb> 25 atoms in block 93
Block first atom: 2171
Blocpdb> 27 atoms in block 94
Block first atom: 2196
Blocpdb> 30 atoms in block 95
Block first atom: 2223
Blocpdb> 21 atoms in block 96
Block first atom: 2253
Blocpdb> 30 atoms in block 97
Block first atom: 2274
Blocpdb> 20 atoms in block 98
Block first atom: 2304
Blocpdb> 22 atoms in block 99
Block first atom: 2324
Blocpdb> 27 atoms in block 100
Block first atom: 2346
Blocpdb> 30 atoms in block 101
Block first atom: 2373
Blocpdb> 21 atoms in block 102
Block first atom: 2403
Blocpdb> 30 atoms in block 103
Block first atom: 2424
Blocpdb> 22 atoms in block 104
Block first atom: 2454
Blocpdb> 23 atoms in block 105
Block first atom: 2476
Blocpdb> 20 atoms in block 106
Block first atom: 2499
Blocpdb> 20 atoms in block 107
Block first atom: 2519
Blocpdb> 25 atoms in block 108
Block first atom: 2539
Blocpdb> 23 atoms in block 109
Block first atom: 2564
Blocpdb> 18 atoms in block 110
Block first atom: 2587
Blocpdb> 27 atoms in block 111
Block first atom: 2605
Blocpdb> 25 atoms in block 112
Block first atom: 2632
Blocpdb> 26 atoms in block 113
Block first atom: 2657
Blocpdb> 22 atoms in block 114
Block first atom: 2683
Blocpdb> 25 atoms in block 115
Block first atom: 2705
Blocpdb> 24 atoms in block 116
Block first atom: 2730
Blocpdb> 26 atoms in block 117
Block first atom: 2754
Blocpdb> 21 atoms in block 118
Block first atom: 2780
Blocpdb> 21 atoms in block 119
Block first atom: 2801
Blocpdb> 20 atoms in block 120
Block first atom: 2822
Blocpdb> 30 atoms in block 121
Block first atom: 2842
Blocpdb> 22 atoms in block 122
Block first atom: 2872
Blocpdb> 21 atoms in block 123
Block first atom: 2894
Blocpdb> 29 atoms in block 124
Block first atom: 2915
Blocpdb> 21 atoms in block 125
Block first atom: 2944
Blocpdb> 24 atoms in block 126
Block first atom: 2965
Blocpdb> 29 atoms in block 127
Block first atom: 2989
Blocpdb> 21 atoms in block 128
Block first atom: 3018
Blocpdb> 22 atoms in block 129
Block first atom: 3039
Blocpdb> 22 atoms in block 130
Block first atom: 3061
Blocpdb> 21 atoms in block 131
Block first atom: 3083
Blocpdb> 31 atoms in block 132
Block first atom: 3104
Blocpdb> 23 atoms in block 133
Block first atom: 3135
Blocpdb> 22 atoms in block 134
Block first atom: 3158
Blocpdb> 26 atoms in block 135
Block first atom: 3180
Blocpdb> 32 atoms in block 136
Block first atom: 3206
Blocpdb> 19 atoms in block 137
Block first atom: 3238
Blocpdb> 23 atoms in block 138
Block first atom: 3257
Blocpdb> 21 atoms in block 139
Block first atom: 3280
Blocpdb> 24 atoms in block 140
Block first atom: 3301
Blocpdb> 26 atoms in block 141
Block first atom: 3325
Blocpdb> 29 atoms in block 142
Block first atom: 3351
Blocpdb> 24 atoms in block 143
Block first atom: 3380
Blocpdb> 22 atoms in block 144
Block first atom: 3404
Blocpdb> 17 atoms in block 145
Block first atom: 3426
Blocpdb> 10 atoms in block 146
Block first atom: 3442
Blocpdb> 146 blocks.
Blocpdb> At most, 34 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 10 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1230280 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 10356
Prepmat> Matrix trace = 2687960.0000
Prepmat> Last element read: 10356 10356 75.7252
Prepmat> 10732 lines saved.
Prepmat> 9457 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3452
RTB> Total mass = 3452.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3452
RTB> Number of blocks = 146
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 172653.7982
RTB> 43674 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 876
Diagstd> Nb of non-zero elements: 43674
Diagstd> Projected matrix trace = 172653.7982
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 876 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 172653.7982
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0653371 0.1622517 0.1746746 0.3071363
0.3500571 0.4239399 0.8435602 0.9556741 0.9883669
1.0312103 1.3274078 1.6100189 2.0669335 2.5036017
2.6979638 3.5571310 3.7560056 4.3725468 4.4235360
5.5537370 5.8769672 6.4568903 6.5161763 6.8847871
7.7035369 8.7158603 9.1534331 9.3078749 9.6264648
10.0809534 10.3154214 10.5572956 10.8750582 11.9355796
12.7475280 12.9083119 13.0010543 13.7568815 14.4609755
15.4816906 16.1973744 16.6919706 17.1267173 17.7455138
18.1717678 18.3177077 19.6958111 20.4803091 20.8399417
21.4794020 22.1017141 22.4770642 22.7525460 22.8527912
23.3996994 23.4932246 24.5650941 24.7480711 25.0534203
25.1834026 25.9072618 26.6734332 26.8728987 27.4690602
28.4682630 28.9017541 29.4446677 29.5506876 30.3205232
30.4640593 31.3273479 31.5222923 31.7525339 32.0885245
32.6944821 32.9835080 33.4988500 33.7261553 33.8889628
34.6328136 34.7539871 35.0405421 35.4524943 35.7361266
36.3048419 36.9460884 37.0661062 38.2689102 38.3417359
38.8419012 40.4102674 40.6962022 41.2938054 41.6003870
41.7417576 42.7854964 43.0160253 43.4498530 43.7051095
43.7651053
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034326 0.0034331 0.0034339 0.0034340 0.0034343
0.0034349 27.7571737 43.7411227 45.3847776 60.1812049
64.2487593 70.7045572 99.7363165 106.1573795 107.9578885
110.2729273 125.1115661 137.7877992 156.1199971 171.8216538
178.3665202 204.8071961 210.4545875 227.0714395 228.3915671
255.9103996 263.2521411 275.9351232 277.1990220 284.9315490
301.3979994 320.5903240 328.5392688 331.2993234 336.9214756
344.7831905 348.7697162 352.8349684 358.1055691 375.1604407
387.7111298 390.1485570 391.5475999 402.7682974 412.9467720
427.2720376 437.0363799 443.6587858 449.3992510 457.4457205
462.9071300 464.7622466 481.9280622 491.4321151 495.7280913
503.2761774 510.5147076 514.8314548 517.9767673 519.1165870
525.2915561 526.3402662 538.2133880 540.2141531 543.5365992
544.9447647 552.7210916 560.8345228 562.9275945 569.1374722
579.3963637 583.7909809 589.2486670 590.3085528 597.9482871
599.3619463 607.7949611 609.6831268 611.9056657 615.1345975
620.9155140 623.6539856 628.5071597 630.6359114 632.1562250
639.0563695 640.1733609 642.8071347 646.5746572 649.1559160
654.3009561 660.0540691 661.1252784 671.7664776 672.4053589
676.7768895 690.3051959 692.7431203 697.8108751 700.3964977
701.5855669 710.3028675 712.2138578 715.7962784 717.8957570
718.3883311
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3452
Rtb_to_modes> Number of blocs = 146
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9923E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9947E-10
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.77
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 876 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00002
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 62136 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
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0.99997 1.00002 1.00001 1.00004 1.00001
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0.99996 0.99998 1.00000 0.99998 1.00004
1.00002 1.00002 1.00000 1.00005 0.99996
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1.00002 1.00001 1.00000 0.99999 0.99999
1.00001 0.99999 1.00002 1.00001 1.00003
1.00001 0.99999 1.00000 1.00002 0.99999
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1.00002 0.99997 0.99999 1.00000 0.99998
1.00002 1.00000 0.99998 0.99996 1.00000
1.00002
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000 0.000
Vector 5: 0.000 0.000 0.000-0.000
Vector 6: 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2609171238041353664.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2609171238041353664.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2609171238041353664.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2609171238041353664.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 434
First residue number = 1
Last residue number = 217
Number of atoms found = 3452
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9923E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9947E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0002E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0006E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.5337E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1623
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1747
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3071
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3501
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4239
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.8436
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9557
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.067
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.554
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.877
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.457
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.516
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.885
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.704
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.716
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.153
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.308
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.626
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.56
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.94
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.91
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.46
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.48
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.71
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.77
Bfactors> 106 vectors, 10356 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.065337
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.797 for 434 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.217 +/- 0.53
Bfactors> = 92.123 +/- 10.54
Bfactors> Shiftng-fct= 91.906
Bfactors> Scaling-fct= 19.880
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2609171238041353664.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2609171238041353664.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4325E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4329E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4342E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4348E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 27.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 43.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 45.39
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 60.18
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 64.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 70.70
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 99.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 106.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 108.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 110.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 125.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 137.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 156.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 171.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 178.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 204.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 210.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 227.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 228.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 255.9
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 328.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 331.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 348.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 352.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 358.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 375.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 387.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 402.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 412.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 427.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 437.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 443.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 449.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 457.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 462.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 464.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 491.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 495.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 503.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 510.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 514.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 517.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 526.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 538.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 540.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 543.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 544.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 552.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 560.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 569.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 579.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 583.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 589.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 597.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 607.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 609.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 611.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 615.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 628.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 630.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 632.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 640.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 642.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 646.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 649.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 661.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 671.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 672.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 690.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 692.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 697.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 700.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 710.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 712.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 715.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 718.4
Chkmod> 106 vectors, 10356 coordinates in file.
Chkmod> That is: 3452 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 16 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 19 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 53 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 69 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 104 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6489
0.0034 0.7762
0.0034 0.9545
0.0034 0.7331
0.0034 0.7022
0.0034 0.8863
27.7560 0.4134
43.7458 0.3020
45.3861 0.4129
60.1751 0.1925
64.2499 0.0488
70.6982 0.1484
99.7344 0.0648
106.1543 0.1347
107.9551 0.1769
110.2569 0.1705
125.0870 0.4470
137.7811 0.3393
156.1158 0.0548
171.8279 0.0381
178.3601 0.5156
204.7946 0.5582
210.4454 0.0869
227.0735 0.1043
228.3937 0.6188
255.9055 0.3916
263.2416 0.3744
275.9256 0.1138
277.1834 0.1210
284.9237 0.0694
301.3941 0.3985
320.5791 0.3348
328.5174 0.1024
331.2873 0.4212
336.8989 0.3159
344.7521 0.1466
348.8321 0.1222
352.8650 0.2545
358.1715 0.4975
375.2138 0.2048
387.7321 0.0668
390.1573 0.3833
391.5149 0.3945
402.7967 0.2398
412.9151 0.1294
427.2304 0.2258
437.0530 0.1017
443.6136 0.2667
449.4230 0.4222
457.4839 0.2750
462.8647 0.3311
464.7714 0.0949
481.9586 0.0655
491.4073 0.4508
495.7075 0.1137
503.2616 0.2190
510.4730 0.2311
514.8430 0.3075
517.9256 0.1768
519.0626 0.1771
525.2724 0.1676
526.2815 0.1831
538.2440 0.1587
540.2120 0.2621
543.4762 0.2952
544.8846 0.3136
552.7266 0.2957
560.7744 0.1999
562.8731 0.1519
569.1228 0.2772
579.3892 0.2637
583.7482 0.2456
589.1767 0.2559
590.2763 0.3730
597.9175 0.3707
599.2963 0.0243
607.7946 0.3362
609.6348 0.4018
611.8550 0.3527
615.1223 0.3436
620.8463 0.1912
623.5940 0.3420
628.4910 0.3248
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getting mode 11
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making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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making thumbnail 100x100
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m13.705s
user 0m13.588s
sys 0m0.113s
rm: cannot remove '2609171238041353664.sdijf': No such file or directory
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