***  01-AUG-25  ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2609181322541682843.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2609181322541682843.atom to be opened.
Openam> File opened: 2609181322541682843.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 337
First residue number = 1
Last residue number = 337
Number of atoms found = 2694
Mean number per residue = 8.0
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -4.234568 +/- 10.850621 From: -34.123000 To: 17.784000
= 5.004923 +/- 14.282898 From: -22.436000 To: 59.392000
= -4.120314 +/- 12.484791 From: -35.531000 To: 24.096000
Pdbmat> Masses are all set to one.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 3.0182 % Filled.
Pdbmat> 985841 non-zero elements.
Pdbmat> 107758 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 80.00 +/- 23.41
Maximum number = 131
Minimum number = 9
Pdbmat> Matrix trace = 2.155160E+06
Pdbmat> Larger element = 481.548
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
337 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2609181322541682843.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2609181322541682843.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2609181322541682843.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 2694 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 337 residues.
Blocpdb> 16 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 16 atoms in block 2
Block first atom: 17
Blocpdb> 14 atoms in block 3
Block first atom: 33
Blocpdb> 16 atoms in block 4
Block first atom: 47
Blocpdb> 18 atoms in block 5
Block first atom: 63
Blocpdb> 13 atoms in block 6
Block first atom: 81
Blocpdb> 8 atoms in block 7
Block first atom: 94
Blocpdb> 15 atoms in block 8
Block first atom: 102
Blocpdb> 13 atoms in block 9
Block first atom: 117
Blocpdb> 15 atoms in block 10
Block first atom: 130
Blocpdb> 13 atoms in block 11
Block first atom: 145
Blocpdb> 18 atoms in block 12
Block first atom: 158
Blocpdb> 11 atoms in block 13
Block first atom: 176
Blocpdb> 19 atoms in block 14
Block first atom: 187
Blocpdb> 22 atoms in block 15
Block first atom: 206
Blocpdb> 13 atoms in block 16
Block first atom: 228
Blocpdb> 13 atoms in block 17
Block first atom: 241
Blocpdb> 19 atoms in block 18
Block first atom: 254
Blocpdb> 20 atoms in block 19
Block first atom: 273
Blocpdb> 26 atoms in block 20
Block first atom: 293
Blocpdb> 26 atoms in block 21
Block first atom: 319
Blocpdb> 22 atoms in block 22
Block first atom: 345
Blocpdb> 15 atoms in block 23
Block first atom: 367
Blocpdb> 12 atoms in block 24
Block first atom: 382
Blocpdb> 16 atoms in block 25
Block first atom: 394
Blocpdb> 23 atoms in block 26
Block first atom: 410
Blocpdb> 17 atoms in block 27
Block first atom: 433
Blocpdb> 19 atoms in block 28
Block first atom: 450
Blocpdb> 20 atoms in block 29
Block first atom: 469
Blocpdb> 20 atoms in block 30
Block first atom: 489
Blocpdb> 18 atoms in block 31
Block first atom: 509
Blocpdb> 17 atoms in block 32
Block first atom: 527
Blocpdb> 15 atoms in block 33
Block first atom: 544
Blocpdb> 18 atoms in block 34
Block first atom: 559
Blocpdb> 14 atoms in block 35
Block first atom: 577
Blocpdb> 16 atoms in block 36
Block first atom: 591
Blocpdb> 14 atoms in block 37
Block first atom: 607
Blocpdb> 16 atoms in block 38
Block first atom: 621
Blocpdb> 18 atoms in block 39
Block first atom: 637
Blocpdb> 15 atoms in block 40
Block first atom: 655
Blocpdb> 11 atoms in block 41
Block first atom: 670
Blocpdb> 19 atoms in block 42
Block first atom: 681
Blocpdb> 16 atoms in block 43
Block first atom: 700
Blocpdb> 22 atoms in block 44
Block first atom: 716
Blocpdb> 13 atoms in block 45
Block first atom: 738
Blocpdb> 16 atoms in block 46
Block first atom: 751
Blocpdb> 19 atoms in block 47
Block first atom: 767
Blocpdb> 16 atoms in block 48
Block first atom: 786
Blocpdb> 16 atoms in block 49
Block first atom: 802
Blocpdb> 18 atoms in block 50
Block first atom: 818
Blocpdb> 13 atoms in block 51
Block first atom: 836
Blocpdb> 15 atoms in block 52
Block first atom: 849
Blocpdb> 15 atoms in block 53
Block first atom: 864
Blocpdb> 14 atoms in block 54
Block first atom: 879
Blocpdb> 13 atoms in block 55
Block first atom: 893
Blocpdb> 14 atoms in block 56
Block first atom: 906
Blocpdb> 17 atoms in block 57
Block first atom: 920
Blocpdb> 14 atoms in block 58
Block first atom: 937
Blocpdb> 16 atoms in block 59
Block first atom: 951
Blocpdb> 14 atoms in block 60
Block first atom: 967
Blocpdb> 16 atoms in block 61
Block first atom: 981
Blocpdb> 13 atoms in block 62
Block first atom: 997
Blocpdb> 16 atoms in block 63
Block first atom: 1010
Blocpdb> 19 atoms in block 64
Block first atom: 1026
Blocpdb> 19 atoms in block 65
Block first atom: 1045
Blocpdb> 18 atoms in block 66
Block first atom: 1064
Blocpdb> 15 atoms in block 67
Block first atom: 1082
Blocpdb> 17 atoms in block 68
Block first atom: 1097
Blocpdb> 16 atoms in block 69
Block first atom: 1114
Blocpdb> 18 atoms in block 70
Block first atom: 1130
Blocpdb> 18 atoms in block 71
Block first atom: 1148
Blocpdb> 18 atoms in block 72
Block first atom: 1166
Blocpdb> 11 atoms in block 73
Block first atom: 1184
Blocpdb> 13 atoms in block 74
Block first atom: 1195
Blocpdb> 12 atoms in block 75
Block first atom: 1208
Blocpdb> 13 atoms in block 76
Block first atom: 1220
Blocpdb> 12 atoms in block 77
Block first atom: 1233
Blocpdb> 11 atoms in block 78
Block first atom: 1245
Blocpdb> 17 atoms in block 79
Block first atom: 1256
Blocpdb> 17 atoms in block 80
Block first atom: 1273
Blocpdb> 19 atoms in block 81
Block first atom: 1290
Blocpdb> 14 atoms in block 82
Block first atom: 1309
Blocpdb> 13 atoms in block 83
Block first atom: 1323
Blocpdb> 14 atoms in block 84
Block first atom: 1336
Blocpdb> 14 atoms in block 85
Block first atom: 1350
Blocpdb> 13 atoms in block 86
Block first atom: 1364
Blocpdb> 12 atoms in block 87
Block first atom: 1377
Blocpdb> 12 atoms in block 88
Block first atom: 1389
Blocpdb> 21 atoms in block 89
Block first atom: 1401
Blocpdb> 13 atoms in block 90
Block first atom: 1422
Blocpdb> 16 atoms in block 91
Block first atom: 1435
Blocpdb> 20 atoms in block 92
Block first atom: 1451
Blocpdb> 16 atoms in block 93
Block first atom: 1471
Blocpdb> 19 atoms in block 94
Block first atom: 1487
Blocpdb> 18 atoms in block 95
Block first atom: 1506
Blocpdb> 17 atoms in block 96
Block first atom: 1524
Blocpdb> 10 atoms in block 97
Block first atom: 1541
Blocpdb> 10 atoms in block 98
Block first atom: 1551
Blocpdb> 16 atoms in block 99
Block first atom: 1561
Blocpdb> 17 atoms in block 100
Block first atom: 1577
Blocpdb> 15 atoms in block 101
Block first atom: 1594
Blocpdb> 15 atoms in block 102
Block first atom: 1609
Blocpdb> 13 atoms in block 103
Block first atom: 1624
Blocpdb> 16 atoms in block 104
Block first atom: 1637
Blocpdb> 17 atoms in block 105
Block first atom: 1653
Blocpdb> 15 atoms in block 106
Block first atom: 1670
Blocpdb> 16 atoms in block 107
Block first atom: 1685
Blocpdb> 17 atoms in block 108
Block first atom: 1701
Blocpdb> 12 atoms in block 109
Block first atom: 1718
Blocpdb> 19 atoms in block 110
Block first atom: 1730
Blocpdb> 22 atoms in block 111
Block first atom: 1749
Blocpdb> 16 atoms in block 112
Block first atom: 1771
Blocpdb> 16 atoms in block 113
Block first atom: 1787
Blocpdb> 17 atoms in block 114
Block first atom: 1803
Blocpdb> 17 atoms in block 115
Block first atom: 1820
Blocpdb> 12 atoms in block 116
Block first atom: 1837
Blocpdb> 15 atoms in block 117
Block first atom: 1849
Blocpdb> 18 atoms in block 118
Block first atom: 1864
Blocpdb> 15 atoms in block 119
Block first atom: 1882
Blocpdb> 18 atoms in block 120
Block first atom: 1897
Blocpdb> 19 atoms in block 121
Block first atom: 1915
Blocpdb> 23 atoms in block 122
Block first atom: 1934
Blocpdb> 17 atoms in block 123
Block first atom: 1957
Blocpdb> 19 atoms in block 124
Block first atom: 1974
Blocpdb> 17 atoms in block 125
Block first atom: 1993
Blocpdb> 13 atoms in block 126
Block first atom: 2010
Blocpdb> 18 atoms in block 127
Block first atom: 2023
Blocpdb> 17 atoms in block 128
Block first atom: 2041
Blocpdb> 18 atoms in block 129
Block first atom: 2058
Blocpdb> 18 atoms in block 130
Block first atom: 2076
Blocpdb> 17 atoms in block 131
Block first atom: 2094
Blocpdb> 16 atoms in block 132
Block first atom: 2111
Blocpdb> 17 atoms in block 133
Block first atom: 2127
Blocpdb> 16 atoms in block 134
Block first atom: 2144
Blocpdb> 14 atoms in block 135
Block first atom: 2160
Blocpdb> 17 atoms in block 136
Block first atom: 2174
Blocpdb> 22 atoms in block 137
Block first atom: 2191
Blocpdb> 13 atoms in block 138
Block first atom: 2213
Blocpdb> 17 atoms in block 139
Block first atom: 2226
Blocpdb> 16 atoms in block 140
Block first atom: 2243
Blocpdb> 16 atoms in block 141
Block first atom: 2259
Blocpdb> 13 atoms in block 142
Block first atom: 2275
Blocpdb> 9 atoms in block 143
Block first atom: 2288
Blocpdb> 16 atoms in block 144
Block first atom: 2297
Blocpdb> 13 atoms in block 145
Block first atom: 2313
Blocpdb> 15 atoms in block 146
Block first atom: 2326
Blocpdb> 13 atoms in block 147
Block first atom: 2341
Blocpdb> 14 atoms in block 148
Block first atom: 2354
Blocpdb> 16 atoms in block 149
Block first atom: 2368
Blocpdb> 17 atoms in block 150
Block first atom: 2384
Blocpdb> 17 atoms in block 151
Block first atom: 2401
Blocpdb> 14 atoms in block 152
Block first atom: 2418
Blocpdb> 14 atoms in block 153
Block first atom: 2432
Blocpdb> 13 atoms in block 154
Block first atom: 2446
Blocpdb> 15 atoms in block 155
Block first atom: 2459
Blocpdb> 20 atoms in block 156
Block first atom: 2474
Blocpdb> 18 atoms in block 157
Block first atom: 2494
Blocpdb> 16 atoms in block 158
Block first atom: 2512
Blocpdb> 14 atoms in block 159
Block first atom: 2528
Blocpdb> 16 atoms in block 160
Block first atom: 2542
Blocpdb> 16 atoms in block 161
Block first atom: 2558
Blocpdb> 19 atoms in block 162
Block first atom: 2574
Blocpdb> 11 atoms in block 163
Block first atom: 2593
Blocpdb> 17 atoms in block 164
Block first atom: 2604
Blocpdb> 15 atoms in block 165
Block first atom: 2621
Blocpdb> 16 atoms in block 166
Block first atom: 2636
Blocpdb> 17 atoms in block 167
Block first atom: 2652
Blocpdb> 17 atoms in block 168
Block first atom: 2669
Blocpdb> 9 atoms in block 169
Block first atom: 2685
Blocpdb> 169 blocks.
Blocpdb> At most, 26 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 986010 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 8082
Prepmat> Matrix trace = 2155160.0000
Prepmat> Last element read: 8082 8082 124.4216
Prepmat> 14366 lines saved.
Prepmat> 12543 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 2694
RTB> Total mass = 2694.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 2694
RTB> Number of blocks = 169
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 229315.9201
RTB> 63057 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1014
Diagstd> Nb of non-zero elements: 63057
Diagstd> Projected matrix trace = 229315.9201
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1014 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 229315.9201
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0544419 0.0627162 0.4993401 0.9437851
1.0478917 1.4882991 2.0541549 3.1844726 3.9076047
5.6186251 5.9400194 6.3358666 7.4873666 8.1638026
8.7944511 8.9846107 9.6673592 11.3592202 11.6457637
12.3155517 12.8414157 13.3214974 13.8153450 14.3295861
15.7467753 16.0608439 16.7507535 17.2628869 17.5129806
17.6388053 17.8493619 18.3797761 18.6651892 19.1970649
19.4030226 20.5738181 21.2558631 21.6463813 22.3053337
22.8768395 23.6191762 24.0870159 24.1431478 24.9774305
26.0928490 26.7990996 26.8642210 27.7750830 27.9262086
28.6052657 30.1671217 30.7686213 31.4672896 32.1030830
32.8775235 33.2457079 34.0551022 34.3033783 34.6486276
35.1294347 35.4126729 36.6706904 36.8577932 37.3553228
38.2517358 38.4467960 38.7762977 39.1956539 39.8441145
40.5189628 41.0515723 41.5351811 41.6903671 42.2769339
42.8841679 43.6231327 44.1674164 45.3252690 45.8369429
46.0031194 46.8631195 47.3816594 47.9899765 48.2041531
48.8826919 49.2900882 50.3384508 50.8472999 51.7775516
52.1736485 52.6373165 53.4133052 53.7320830 54.3212752
54.5980081 55.3558717 56.4230113 56.4526704 57.2805849
57.8078132
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034318 0.0034335 0.0034335 0.0034336 0.0034340
0.0034352 25.3373916 27.1947620 76.7349989 105.4949899
111.1612645 132.4769702 155.6366503 193.7822703 214.6597375
257.4010471 264.6605509 273.3369182 297.1391178 310.2712448
322.0324598 325.4954428 337.6363581 365.9902697 370.5776871
381.0853178 389.1362896 396.3435563 403.6232243 411.0665173
430.9144870 435.1905545 444.4392994 451.1822371 454.4387045
456.0682754 458.7822714 465.5489902 469.1497388 475.7871370
478.3325935 492.5527276 500.6504984 505.2286065 512.8609622
519.3896517 527.7492851 532.9503846 533.5710117 542.7116694
554.6972731 562.1540986 562.8366975 572.2989680 573.8538098
580.7888543 596.4337604 602.3505325 609.1509822 615.2741244
622.6511993 626.1279238 633.7038920 636.0096813 639.2022555
643.6219707 646.2114278 657.5894295 659.2648855 663.6995557
671.6157220 673.3259568 676.2051135 679.8517778 685.4525081
691.2329628 695.7611553 699.8473694 701.1535545 706.0688010
711.1214424 717.2221701 721.6826722 731.0809632 735.1959445
736.5274221 743.3800085 747.4814401 752.2644678 753.9412565
759.2290853 762.3862903 770.4513190 774.3356032 781.3867366
784.3698369 787.8474801 793.6335279 795.9982603 800.3505702
802.3866230 807.9363117 815.6867554 815.9011129 821.8621924
825.6358660
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 2694
Rtb_to_modes> Number of blocs = 169
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9874E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9972E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9974E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9980E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 7
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.4442E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 8
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.2716E-02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4993
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.9438
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.048
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.488
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.054
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.184
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.908
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.619
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 5.940
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 6.336
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 7.487
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.164
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.794
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.985
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.667
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 13.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.51
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.40
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.57
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 21.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.31
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 23.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 55
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.65
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.69
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.99
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.85
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.78
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.17
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 54.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 56.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.81
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1014 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00002
1.00001 0.99999 0.99999 0.99997 1.00001
1.00005 1.00003 1.00002 0.99998 0.99999
0.99999 1.00005 1.00001 1.00000 1.00002
1.00002 0.99999 1.00003 0.99999 1.00000
1.00000 1.00000 1.00003 0.99998 1.00001
1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 0.99997
0.99999 1.00000 0.99999 1.00004 0.99999
0.99997 0.99998 1.00000 1.00001 0.99999
1.00001 1.00003 1.00000 0.99999 1.00000
0.99997 1.00001 1.00003 1.00002 1.00003
0.99999 0.99996 1.00000 0.99999 0.99999
1.00001 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999
1.00000 0.99997 0.99998 1.00003 1.00000
1.00000 0.99998 0.99998 0.99999 0.99999
0.99997 0.99999 1.00001 1.00000 0.99999
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999
1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998
1.00002 1.00002 1.00000 1.00000 0.99997
1.00001 0.99999 0.99997 0.99999 1.00001
0.99998 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000
0.99999
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 48492 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 1.00000 1.00002 1.00000 1.00002
1.00001 0.99999 0.99999 0.99997 1.00001
1.00005 1.00003 1.00002 0.99998 0.99999
0.99999 1.00005 1.00001 1.00000 1.00002
1.00002 0.99999 1.00003 0.99999 1.00000
1.00000 1.00000 1.00003 0.99998 1.00001
1.00000 1.00000 1.00001 1.00003 0.99997
0.99999 1.00000 0.99999 1.00004 0.99999
0.99997 0.99998 1.00000 1.00001 0.99999
1.00001 1.00003 1.00000 0.99999 1.00000
0.99997 1.00001 1.00003 1.00002 1.00003
0.99999 0.99996 1.00000 0.99999 0.99999
1.00001 1.00000 1.00000 0.99998 0.99999
1.00000 0.99997 0.99998 1.00003 1.00000
1.00000 0.99998 0.99998 0.99999 0.99999
0.99997 0.99999 1.00001 1.00000 0.99999
1.00000 1.00001 0.99999 1.00000 0.99999
1.00001 0.99999 0.99998 1.00000 0.99998
1.00002 1.00002 1.00000 1.00000 0.99997
1.00001 0.99999 0.99997 0.99999 1.00001
0.99998 1.00000 0.99999 0.99998 1.00000
0.99999
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000-0.000-0.000
Vector 5:-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 6: 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7: 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 8:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 9: 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2609181322541682843.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2609181322541682843.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2609181322541682843.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2609181322541682843.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 337
First residue number = 1
Last residue number = 337
Number of atoms found = 2694
Mean number per residue = 8.0
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9874E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9972E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9974E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9980E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0000E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0007E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.4442E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.2716E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4993
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.9438
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.048
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.488
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.054
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.184
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.908
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.619
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.940
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.336
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 7.487
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.164
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.794
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.985
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.667
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 13.82
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.75
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.51
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.57
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.26
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 22.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 23.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 24.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.80
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 26.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 27.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 28.61
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 30.77
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 31.47
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 32.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 33.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.30
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 34.65
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.13
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 35.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.67
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 36.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 37.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 38.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 39.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 40.52
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.62
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.84
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.86
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.38
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 47.99
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 48.88
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 49.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 50.85
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 51.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 52.64
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 53.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.32
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 54.60
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 55.36
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.42
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 56.45
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.28
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 57.81
Bfactors> 106 vectors, 8082 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.054442
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
Bfactors> Correlation= -0.473 for 337 C-alpha atoms.
Bfactors> = 0.241 +/- 0.89
Bfactors> = 90.800 +/- 10.30
Bfactors> Shiftng-fct= 90.559
Bfactors> Scaling-fct= 11.619
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2609181322541682843.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2609181322541682843.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4316E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4333E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4334E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4335E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4350E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 25.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 27.19
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 76.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 105.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 111.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 132.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 155.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 193.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 214.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 257.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 264.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 273.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 297.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 310.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 322.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 325.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 337.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 366.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 370.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 27
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 389.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 396.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 403.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 411.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 31
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 430.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 32
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 435.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 33
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 444.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 451.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 454.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 456.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 458.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 465.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 469.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 475.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 478.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 492.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 500.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 505.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 519.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 527.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 533.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 542.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 562.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 572.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 573.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 580.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 596.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 602.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 609.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 615.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 622.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 626.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 636.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 639.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 643.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 646.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 657.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 659.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 663.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 671.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 673.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 676.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 679.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 685.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 691.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 695.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 699.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 701.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 706.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 711.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 717.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 721.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 731.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 735.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 736.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 743.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 747.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 752.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 753.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 759.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 762.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 770.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 774.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 781.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 784.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 787.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 793.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 795.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 800.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 802.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 807.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 815.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 815.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 821.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 825.6
Chkmod> 106 vectors, 8082 coordinates in file.
Chkmod> That is: 2694 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 13 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 17 is: 1.0001 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6553
0.0034 0.7918
0.0034 0.7490
0.0034 0.9972
0.0034 0.6758
0.0034 0.8816
25.3363 0.1381
27.1935 0.1593
76.7286 0.0398
105.4913 0.0786
111.1622 0.1102
132.4580 0.0431
155.6241 0.0660
193.7596 0.2357
214.6614 0.2651
257.3986 0.2192
264.6488 0.2037
273.3281 0.0747
297.1191 0.2434
310.2617 0.2295
322.0104 0.3401
325.4885 0.4200
337.6156 0.1625
365.9871 0.3364
370.6292 0.5171
381.1378 0.2212
389.0981 0.3862
396.3043 0.1083
403.6739 0.2928
411.0548 0.3088
430.9401 0.3235
435.1604 0.4277
444.4102 0.3732
451.1251 0.5094
454.3805 0.3116
456.0641 0.3316
458.7708 0.1138
465.5318 0.5815
469.1901 0.1535
475.8031 0.1926
478.2748 0.2823
492.4859 0.3861
500.6777 0.3712
505.2491 0.4085
512.8926 0.5276
519.4032 0.4475
527.7358 0.3967
532.9605 0.3489
533.5133 0.4123
542.7163 0.1889
554.6432 0.3209
562.1394 0.4104
562.7683 0.3448
572.3251 0.3813
573.8681 0.3545
580.8120 0.4018
596.4366 0.2211
602.3382 0.5072
609.1511 0.6718
615.2182 0.3346
622.6479 0.3162
626.1415 0.2188
633.7223 0.3818
635.9511 0.3031
639.1875 0.2932
643.5995 0.1996
646.1593 0.3088
657.5550 0.2324
659.2563 0.2978
663.7126 0.3219
671.5717 0.3297
673.3251 0.4705
676.2084 0.2154
679.8603 0.2501
685.3877 0.2901
691.2121 0.3810
695.7180 0.3251
699.8579 0.4884
701.1204 0.4002
706.0641 0.3234
711.0564 0.4257
717.1656 0.4461
721.6728 0.4450
731.0877 0.4224
735.1889 0.3887
736.4708 0.4113
743.3234 0.4891
747.4363 0.3175
752.2324 0.4080
753.8764 0.2190
759.1756 0.3409
762.3529 0.1988
770.4301 0.3607
774.3229 0.4875
781.3717 0.3131
784.3087 0.4374
787.8337 0.2643
793.5749 0.3711
795.9487 0.4415
800.3068 0.3568
802.3668 0.3567
807.9318 0.4206
815.6300 0.4574
815.8468 0.4280
821.8227 0.5499
825.6160 0.4475
getting mode 7
running: ../../bin/get_modes.sh 2609181322541682843 7 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 7
calculating perturbed structure for DQ=-100
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
making animated gifs
11 models are in 2609181322541682843.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609181322541682843.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609181322541682843.7.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 8
running: ../../bin/get_modes.sh 2609181322541682843 8 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 8
calculating perturbed structure for DQ=-100
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
making animated gifs
11 models are in 2609181322541682843.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609181322541682843.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609181322541682843.8.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 9
running: ../../bin/get_modes.sh 2609181322541682843 9 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 9
calculating perturbed structure for DQ=-100
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
making animated gifs
11 models are in 2609181322541682843.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609181322541682843.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609181322541682843.9.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 10
running: ../../bin/get_modes.sh 2609181322541682843 10 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 10
calculating perturbed structure for DQ=-100
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
making animated gifs
11 models are in 2609181322541682843.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609181322541682843.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609181322541682843.10.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2609181322541682843 11 -100 100 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
calculating perturbed structure for DQ=-100
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-80
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-60
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-40
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=-20
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=0
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=20
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=40
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=60
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=80
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
calculating perturbed structure for DQ=100
2609181322541682843.eigenfacs
2609181322541682843.atom
making animated gifs
11 models are in 2609181322541682843.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609181322541682843.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
11 models are in 2609181322541682843.11.pdb, 1 models will be skipped
MODEL 1 will be plotted
MODEL 3 will be plotted
MODEL 5 will be plotted
MODEL 7 will be plotted
MODEL 9 will be plotted
MODEL 11 will be plotted
making thumbnail 100x100
making small animated gif 100x100
making animated gif 300x300
2609181322541682843.10.pdb
2609181322541682843.11.pdb
2609181322541682843.7.pdb
2609181322541682843.8.pdb
2609181322541682843.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m17.736s
user 0m17.560s
sys 0m0.165s
rm: cannot remove '2609181322541682843.sdijf': No such file or directory
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
pstopnm: Writing ppmraw format
If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:
elNémo
is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed
by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: april 24th, 2026.
|