*** lig_1.pdb ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2610251945094007341.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2610251945094007341.atom to be opened.
Openam> File opened: 2610251945094007341.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 272
First residue number = 12
Last residue number = 81
Number of atoms found = 3352
Mean number per residue = 12.3
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 132.907185 +/- 20.978568 From: 80.115000 To: 178.546000
= -22.373978 +/- 10.569481 From: -52.568000 To: 5.381000
= 17.523619 +/- 15.597621 From: -18.299000 To: 50.241000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'A ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'A ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'C ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'G ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'C ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'U ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 88 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 2.3026 % Filled.
Pdbmat> 1164334 non-zero elements.
Pdbmat> 127153 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 75.87 +/- 22.60
Maximum number = 131
Minimum number = 11
Pdbmat> Matrix trace = 2.543060E+06
Pdbmat> Larger element = 505.925
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
272 non-zero elements, NRBL set to 2
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2610251945094007341.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 2
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2610251945094007341.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2610251945094007341.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 3352 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 2 residue(s) per block.
Blocpdb> 272 residues.
Blocpdb> 20 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 20 atoms in block 2
Block first atom: 21
Blocpdb> 18 atoms in block 3
Block first atom: 41
Blocpdb> 18 atoms in block 4
Block first atom: 59
Blocpdb> 22 atoms in block 5
Block first atom: 77
Blocpdb> 17 atoms in block 6
Block first atom: 99
Blocpdb> 19 atoms in block 7
Block first atom: 116
Blocpdb> 8 atoms in block 8
Block first atom: 135
Blocpdb> 14 atoms in block 9
Block first atom: 143
Blocpdb> 20 atoms in block 10
Block first atom: 157
Blocpdb> 14 atoms in block 11
Block first atom: 177
Blocpdb> 18 atoms in block 12
Block first atom: 191
Blocpdb> 14 atoms in block 13
Block first atom: 209
Blocpdb> 19 atoms in block 14
Block first atom: 223
Blocpdb> 24 atoms in block 15
Block first atom: 242
Blocpdb> 18 atoms in block 16
Block first atom: 266
Blocpdb> 18 atoms in block 17
Block first atom: 284
Blocpdb> 17 atoms in block 18
Block first atom: 302
Blocpdb> 15 atoms in block 19
Block first atom: 319
Blocpdb> 13 atoms in block 20
Block first atom: 334
Blocpdb> 15 atoms in block 21
Block first atom: 347
Blocpdb> 19 atoms in block 22
Block first atom: 362
Blocpdb> 12 atoms in block 23
Block first atom: 381
Blocpdb> 15 atoms in block 24
Block first atom: 393
Blocpdb> 17 atoms in block 25
Block first atom: 408
Blocpdb> 15 atoms in block 26
Block first atom: 425
Blocpdb> 15 atoms in block 27
Block first atom: 440
Blocpdb> 18 atoms in block 28
Block first atom: 455
Blocpdb> 18 atoms in block 29
Block first atom: 473
Blocpdb> 12 atoms in block 30
Block first atom: 491
Blocpdb> 13 atoms in block 31
Block first atom: 503
Blocpdb> 16 atoms in block 32
Block first atom: 516
Blocpdb> 13 atoms in block 33
Block first atom: 532
Blocpdb> 13 atoms in block 34
Block first atom: 545
Blocpdb> 10 atoms in block 35
Block first atom: 558
Blocpdb> 18 atoms in block 36
Block first atom: 568
Blocpdb> 16 atoms in block 37
Block first atom: 586
Blocpdb> 16 atoms in block 38
Block first atom: 602
Blocpdb> 15 atoms in block 39
Block first atom: 618
Blocpdb> 14 atoms in block 40
Block first atom: 633
Blocpdb> 16 atoms in block 41
Block first atom: 647
Blocpdb> 20 atoms in block 42
Block first atom: 663
Blocpdb> 12 atoms in block 43
Block first atom: 683
Blocpdb> 16 atoms in block 44
Block first atom: 695
Blocpdb> 18 atoms in block 45
Block first atom: 711
Blocpdb> 10 atoms in block 46
Block first atom: 729
Blocpdb> 16 atoms in block 47
Block first atom: 739
Blocpdb> 9 atoms in block 48
Block first atom: 755
Blocpdb> 17 atoms in block 49
Block first atom: 764
Blocpdb> 14 atoms in block 50
Block first atom: 781
Blocpdb> 18 atoms in block 51
Block first atom: 795
Blocpdb> 19 atoms in block 52
Block first atom: 813
Blocpdb> 11 atoms in block 53
Block first atom: 832
Blocpdb> 12 atoms in block 54
Block first atom: 843
Blocpdb> 18 atoms in block 55
Block first atom: 855
Blocpdb> 15 atoms in block 56
Block first atom: 873
Blocpdb> 18 atoms in block 57
Block first atom: 888
Blocpdb> 20 atoms in block 58
Block first atom: 906
Blocpdb> 19 atoms in block 59
Block first atom: 926
Blocpdb> 20 atoms in block 60
Block first atom: 945
Blocpdb> 20 atoms in block 61
Block first atom: 965
Blocpdb> 21 atoms in block 62
Block first atom: 985
Blocpdb> 13 atoms in block 63
Block first atom: 1006
Blocpdb> 16 atoms in block 64
Block first atom: 1019
Blocpdb> 15 atoms in block 65
Block first atom: 1035
Blocpdb> 17 atoms in block 66
Block first atom: 1050
Blocpdb> 15 atoms in block 67
Block first atom: 1067
Blocpdb> 19 atoms in block 68
Block first atom: 1082
Blocpdb> 15 atoms in block 69
Block first atom: 1101
Blocpdb> 13 atoms in block 70
Block first atom: 1116
Blocpdb> 20 atoms in block 71
Block first atom: 1129
Blocpdb> 15 atoms in block 72
Block first atom: 1149
Blocpdb> 15 atoms in block 73
Block first atom: 1164
Blocpdb> 14 atoms in block 74
Block first atom: 1179
Blocpdb> 19 atoms in block 75
Block first atom: 1193
Blocpdb> 18 atoms in block 76
Block first atom: 1212
Blocpdb> 15 atoms in block 77
Block first atom: 1230
Blocpdb> 15 atoms in block 78
Block first atom: 1245
Blocpdb> 17 atoms in block 79
Block first atom: 1260
Blocpdb> 15 atoms in block 80
Block first atom: 1277
Blocpdb> 18 atoms in block 81
Block first atom: 1292
Blocpdb> 22 atoms in block 82
Block first atom: 1310
Blocpdb> 15 atoms in block 83
Block first atom: 1332
Blocpdb> 12 atoms in block 84
Block first atom: 1347
Blocpdb> 18 atoms in block 85
Block first atom: 1359
Blocpdb> 14 atoms in block 86
Block first atom: 1377
Blocpdb> 18 atoms in block 87
Block first atom: 1391
Blocpdb> 14 atoms in block 88
Block first atom: 1409
Blocpdb> 14 atoms in block 89
Block first atom: 1423
Blocpdb> 20 atoms in block 90
Block first atom: 1437
Blocpdb> 17 atoms in block 91
Block first atom: 1457
Blocpdb> 19 atoms in block 92
Block first atom: 1474
Blocpdb> 42 atoms in block 93
Block first atom: 1493
Blocpdb> 45 atoms in block 94
Block first atom: 1535
Blocpdb> 40 atoms in block 95
Block first atom: 1580
Blocpdb> 23 atoms in block 96
Block first atom: 1620
Blocpdb> 37 atoms in block 97
Block first atom: 1643
Blocpdb> 40 atoms in block 98
Block first atom: 1680
Blocpdb> 40 atoms in block 99
Block first atom: 1720
Blocpdb> 43 atoms in block 100
Block first atom: 1760
Blocpdb> 40 atoms in block 101
Block first atom: 1803
Blocpdb> 40 atoms in block 102
Block first atom: 1843
Blocpdb> 45 atoms in block 103
Block first atom: 1883
Blocpdb> 40 atoms in block 104
Block first atom: 1928
Blocpdb> 40 atoms in block 105
Block first atom: 1968
Blocpdb> 40 atoms in block 106
Block first atom: 2008
Blocpdb> 42 atoms in block 107
Block first atom: 2048
Blocpdb> 42 atoms in block 108
Block first atom: 2090
Blocpdb> 43 atoms in block 109
Block first atom: 2132
Blocpdb> 43 atoms in block 110
Block first atom: 2175
Blocpdb> 43 atoms in block 111
Block first atom: 2218
Blocpdb> 40 atoms in block 112
Block first atom: 2261
Blocpdb> 40 atoms in block 113
Block first atom: 2301
Blocpdb> 43 atoms in block 114
Block first atom: 2341
Blocpdb> 46 atoms in block 115
Block first atom: 2384
Blocpdb> 42 atoms in block 116
Block first atom: 2430
Blocpdb> 43 atoms in block 117
Block first atom: 2472
Blocpdb> 45 atoms in block 118
Block first atom: 2515
Blocpdb> 43 atoms in block 119
Block first atom: 2560
Blocpdb> 40 atoms in block 120
Block first atom: 2603
Blocpdb> 44 atoms in block 121
Block first atom: 2643
Blocpdb> 43 atoms in block 122
Block first atom: 2687
Blocpdb> 45 atoms in block 123
Block first atom: 2730
Blocpdb> 42 atoms in block 124
Block first atom: 2775
Blocpdb> 40 atoms in block 125
Block first atom: 2817
Blocpdb> 43 atoms in block 126
Block first atom: 2857
Blocpdb> 42 atoms in block 127
Block first atom: 2900
Blocpdb> 45 atoms in block 128
Block first atom: 2942
Blocpdb> 46 atoms in block 129
Block first atom: 2987
Blocpdb> 40 atoms in block 130
Block first atom: 3033
Blocpdb> 42 atoms in block 131
Block first atom: 3073
Blocpdb> 42 atoms in block 132
Block first atom: 3115
Blocpdb> 44 atoms in block 133
Block first atom: 3157
Blocpdb> 43 atoms in block 134
Block first atom: 3201
Blocpdb> 42 atoms in block 135
Block first atom: 3244
Blocpdb> 45 atoms in block 136
Block first atom: 3286
Blocpdb> 22 atoms in block 137
Block first atom: 3330
Blocpdb> 137 blocks.
Blocpdb> At most, 46 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 8 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 1164471 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 10056
Prepmat> Matrix trace = 2543060.0000
Prepmat> Last element read: 10056 10056 54.3269
Prepmat> 9454 lines saved.
Prepmat> 8256 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 3352
RTB> Total mass = 3352.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 3352
RTB> Number of blocks = 137
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 159966.1783
RTB> 41037 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 822
Diagstd> Nb of non-zero elements: 41037
Diagstd> Projected matrix trace = 159966.1783
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 822 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 159966.1783
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0439502 0.0591026 0.2555204 0.2924673
0.5263723 0.6227043 1.0421431 1.0680047 1.4074507
1.4535747 1.5827798 1.7089282 1.7578278 2.1130212
2.3981513 2.7630465 2.9691926 3.1346098 3.5015338
4.0501079 4.6983835 5.0298255 5.1947571 6.0687119
6.4444772 6.7998360 7.3565572 8.0701412 8.5626007
8.9137206 9.1654984 10.0486976 10.0825127 10.5529120
11.0822020 11.7652957 12.3696086 12.9117184 12.9783387
14.5390041 15.0619984 15.2360264 16.4056722 17.1721763
17.8928954 18.1412076 18.3127106 19.1998053 19.7411676
20.3356503 21.2154206 21.7868683 22.1451275 22.3090217
23.4038040 23.5368592 23.8589011 24.4484432 24.5682427
25.3816255 26.0755645 26.4134374 26.7506376 27.1203922
27.4884881 27.9841540 28.3513062 29.5859024 29.8310429
30.5018581 30.7157888 31.8901341 32.2687036 32.6017642
32.9173062 33.8421642 34.0770012 34.5546172 34.7931542
35.9816865 36.3048969 36.4159702 36.9985767 37.3969772
38.5837547 39.2346964 39.4219682 39.4564727 40.4136427
41.1675504 41.2922708 41.8731884 42.7166470 43.5085558
43.9258073 44.3256460 45.0002518 46.0415370 46.2509112
46.7732659
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034325 0.0034328 0.0034331 0.0034332 0.0034339
0.0034339 22.7654259 26.3996747 54.8918731 58.7264757
78.7846812 85.6911977 110.8559351 112.2229988 128.8284783
130.9223992 136.6172451 141.9571246 143.9737934 157.8509533
168.1642091 180.5050595 187.1175265 192.2591520 203.2003443
218.5388106 235.3799746 243.5408060 247.5015377 267.5121670
275.6697594 283.1682124 294.5320682 308.4862746 317.7591954
324.2087932 328.7557239 344.2311502 344.8098552 352.7617097
361.5000086 372.4746352 381.9207543 390.2000341 391.2053929
414.0593635 421.4408006 423.8684962 439.8375420 449.9952711
459.3414016 462.5177202 464.6988484 475.8210959 482.4826465
489.6934698 500.1739893 506.8654441 511.0158527 512.9033590
525.3376248 526.8288326 530.4207420 536.9339747 538.2478795
547.0852375 554.5135203 558.0944995 561.6455848 565.5138729
569.3387025 574.4488594 578.2049654 590.6601755 593.1021501
599.7336655 601.8331647 613.2300846 616.8591898 620.0344657
623.0277971 631.7195889 633.9076098 638.3345088 640.5339912
651.3824269 654.3014524 655.3015918 660.5227636 664.0694940
674.5241822 680.1902910 681.8116723 682.1099886 690.3340248
696.7432871 697.7979093 702.6892280 709.7311359 716.2796525
719.7060546 722.9742297 728.4550394 736.8348981 738.5083790
742.6670019
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 3352
Rtb_to_modes> Number of blocs = 137
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9917E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9933E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.77
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 822 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 0.99996 1.00003 0.99998 0.99999
1.00003 0.99999 0.99999 1.00002 1.00000
1.00001 1.00002 0.99996 1.00002 0.99999
0.99999 0.99998 1.00002 1.00001 0.99998
0.99999 1.00002 1.00001 0.99999 0.99998
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1.00002 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999
1.00000 1.00001 1.00003 1.00001 1.00000
1.00002 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001
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1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 60336 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
0.99998 1.00001 1.00000 0.99997 1.00001
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1.00003 0.99999 0.99999 1.00002 1.00000
1.00001 1.00002 0.99996 1.00002 0.99999
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0.99999 1.00002 1.00001 0.99999 0.99998
1.00000 1.00000 0.99998 0.99999 1.00001
1.00002 0.99999 0.99999 1.00002 0.99999
1.00000 1.00001 1.00003 1.00001 1.00000
1.00002 0.99999 1.00000 0.99998 1.00001
1.00000 1.00000 0.99998 1.00001 0.99999
0.99998 0.99999 1.00002 0.99995 0.99995
0.99999 0.99998 1.00001 0.99999 1.00003
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1.00000 1.00001 1.00002 1.00002 0.99997
1.00004 0.99999 1.00001 0.99999 0.99998
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000 0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5:-0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 8:-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 10:-0.000 0.000-0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2610251945094007341.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2610251945094007341.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2610251945094007341.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2610251945094007341.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 272
First residue number = 12
Last residue number = 81
Number of atoms found = 3352
Mean number per residue = 12.3
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9958E-10
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9997E-10
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.9103E-02
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2555
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.2925
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5264
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.030
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 29
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 5.195
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 30
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 6.444
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.563
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.914
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 37
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.165
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 38
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.05
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 40
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 10.55
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 41
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.08
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 11.77
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 12.98
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 14.54
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.06
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 15.24
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 16.41
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.17
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 17.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.14
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 18.31
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.20
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 19.74
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 20.34
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.22
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 21.79
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.29
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 41.87
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 42.72
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 43.93
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 44.33
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 45.00
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.04
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.25
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 46.77
Bfactors> 106 vectors, 10056 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.043950
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.140 +/- 0.14
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.140
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2610251945094007341.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2610251945094007341.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4324E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4327E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4330E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4331E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 3.4338E-03
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 22.76
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 26.40
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 54.89
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 58.73
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 78.78
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 85.69
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 110.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 14
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 112.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 15
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 128.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 16
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 130.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 17
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 136.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 18
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 142.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 19
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 144.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 20
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 157.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 21
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 168.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 22
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 180.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 23
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 187.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 24
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 192.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 25
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 203.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 26
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 218.5
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 28
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 283.2
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 294.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 34
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 308.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 35
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 317.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 36
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 39
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 344.8
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 352.7
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Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 361.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 42
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 372.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 43
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 381.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 44
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 390.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 45
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 391.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 46
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 414.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 47
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 421.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 48
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 423.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 49
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 439.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 50
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 449.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 51
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 459.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 52
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 462.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 53
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 464.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 54
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 475.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 55
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 482.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 56
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 489.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 57
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 500.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 58
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 506.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 59
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 511.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 60
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 512.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 61
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 525.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 62
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 526.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 63
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 530.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 64
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 536.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 65
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 538.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 66
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 547.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 67
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 554.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 68
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 558.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 69
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 561.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 70
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 565.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 71
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 569.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 72
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 574.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 73
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 578.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 74
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 590.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 75
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 593.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 76
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 599.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 77
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 601.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 78
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 613.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 79
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 616.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 80
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 620.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 81
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 623.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 82
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 631.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 83
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 633.9
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 84
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 638.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 85
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 640.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 86
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 651.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 87
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 654.2
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 88
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 655.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 89
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 660.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 90
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 664.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 91
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 674.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 92
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 680.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 93
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 681.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 94
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 682.1
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 95
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 690.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 96
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 696.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 97
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 697.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 98
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 702.6
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 99
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 709.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 100
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 716.3
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 101
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 719.7
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 102
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 723.0
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 103
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 728.4
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 104
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 736.8
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 105
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 738.5
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture: 742.6
Chkmod> 106 vectors, 10056 coordinates in file.
Chkmod> That is: 3352 cartesian points.
Openam> file on opening on unit 11:
Chkmod.res
Chkmod> Collectivity=f(frequency) to be written in this file.
%Chkmod-Wn> Norm of vector 14 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 17 is: 1.0002 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 32 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
%Chkmod-Wn> Norm of vector 85 is: 0.9999 (instead of 1.0000).
Chkmod> Normal end.
0.0034 0.6814
0.0034 0.9294
0.0034 0.9777
0.0034 0.7729
0.0034 0.9307
0.0034 0.7506
22.7644 0.3906
26.3986 0.3829
54.8873 0.2660
58.7272 0.2974
78.7834 0.3625
85.6872 0.3191
110.8436 0.3423
112.2179 0.2902
128.8023 0.2352
130.9359 0.1667
136.6209 0.1759
141.9540 0.2317
143.9747 0.0507
157.8434 0.3107
168.1517 0.3616
180.4958 0.3878
187.1034 0.2692
192.2629 0.3358
203.2051 0.2010
218.5265 0.5047
235.3603 0.4076
243.5346 0.4301
247.4967 0.2100
267.5070 0.3915
275.6477 0.5668
283.1595 0.1406
294.5283 0.4714
308.4703 0.4813
317.7530 0.4833
324.2000 0.3366
328.7327 0.3233
344.2387 0.3921
344.7521 0.4091
352.6979 0.4464
361.4486 0.5752
372.5331 0.2678
381.9104 0.2242
390.1573 0.3481
391.2136 0.4511
414.0558 0.4160
421.3948 0.4263
423.9056 0.2727
439.8767 0.4296
449.9474 0.3316
459.2845 0.4045
462.4825 0.3399
464.6445 0.5267
475.8031 0.5085
482.4477 0.5130
489.7248 0.4277
500.2065 0.3994
506.8801 0.1171
511.0501 0.4809
512.8926 0.1970
525.2724 0.3499
526.8414 0.3314
530.4102 0.1600
536.9280 0.2408
538.2440 0.3485
547.0442 0.4451
554.5369 0.2907
558.0342 0.1531
561.6148 0.3066
565.4855 0.1576
569.3299 0.1707
574.3816 0.2208
578.1668 0.3790
590.6757 0.4342
593.0663 0.3095
599.6897 0.4735
601.8486 0.4672
613.2025 0.3393
616.8451 0.4262
619.9911 0.4350
623.0265 0.4086
631.6723 0.4455
633.9083 0.5124
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640.4775 0.3657
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MODEL 3 will be plotted
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MODEL 7 will be plotted
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STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 0m12.795s
user 0m12.652s
sys 0m0.140s
rm: cannot remove '2610251945094007341.sdijf': No such file or directory
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