***    ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2611051117502175447.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2611051117502175447.atom to be opened.
Openam> File opened: 2611051117502175447.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 788
First residue number = 1
Last residue number = 440
Number of atoms found = 11684
Mean number per residue = 14.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= -11.541997 +/- 26.204040 From: -65.456000 To: 37.393000
= 5.135262 +/- 13.727642 From: -29.792000 To: 42.218000
= 17.365878 +/- 17.103577 From: -29.604000 To: 55.862000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'GLH ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 20 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.3860 % Filled.
Pdbmat> 8514776 non-zero elements.
Pdbmat> 938453 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 160.64 +/- 47.31
Maximum number = 249
Minimum number = 31
Pdbmat> Matrix trace = 1.876906E+07
Pdbmat> Larger element = 886.726
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
788 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2611051117502175447.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2611051117502175447.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2611051117502175447.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 11684 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 788 residues.
Blocpdb> 72 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 66 atoms in block 2
Block first atom: 73
Blocpdb> 60 atoms in block 3
Block first atom: 139
Blocpdb> 49 atoms in block 4
Block first atom: 199
Blocpdb> 43 atoms in block 5
Block first atom: 248
Blocpdb> 58 atoms in block 6
Block first atom: 291
Blocpdb> 51 atoms in block 7
Block first atom: 349
Blocpdb> 60 atoms in block 8
Block first atom: 400
Blocpdb> 61 atoms in block 9
Block first atom: 460
Blocpdb> 41 atoms in block 10
Block first atom: 521
Blocpdb> 76 atoms in block 11
Block first atom: 562
Blocpdb> 84 atoms in block 12
Block first atom: 638
Blocpdb> 51 atoms in block 13
Block first atom: 722
Blocpdb> 76 atoms in block 14
Block first atom: 773
Blocpdb> 51 atoms in block 15
Block first atom: 849
Blocpdb> 44 atoms in block 16
Block first atom: 900
Blocpdb> 59 atoms in block 17
Block first atom: 944
Blocpdb> 51 atoms in block 18
Block first atom: 1003
Blocpdb> 68 atoms in block 19
Block first atom: 1054
Blocpdb> 58 atoms in block 20
Block first atom: 1122
Blocpdb> 62 atoms in block 21
Block first atom: 1180
Blocpdb> 78 atoms in block 22
Block first atom: 1242
Blocpdb> 56 atoms in block 23
Block first atom: 1320
Blocpdb> 54 atoms in block 24
Block first atom: 1376
Blocpdb> 44 atoms in block 25
Block first atom: 1430
Blocpdb> 52 atoms in block 26
Block first atom: 1474
Blocpdb> 64 atoms in block 27
Block first atom: 1526
Blocpdb> 67 atoms in block 28
Block first atom: 1590
Blocpdb> 74 atoms in block 29
Block first atom: 1657
Blocpdb> 75 atoms in block 30
Block first atom: 1731
Blocpdb> 51 atoms in block 31
Block first atom: 1806
Blocpdb> 71 atoms in block 32
Block first atom: 1857
Blocpdb> 63 atoms in block 33
Block first atom: 1928
Blocpdb> 76 atoms in block 34
Block first atom: 1991
Blocpdb> 35 atoms in block 35
Block first atom: 2067
Blocpdb> 47 atoms in block 36
Block first atom: 2102
Blocpdb> 41 atoms in block 37
Block first atom: 2149
Blocpdb> 50 atoms in block 38
Block first atom: 2190
Blocpdb> 69 atoms in block 39
Block first atom: 2240
Blocpdb> 63 atoms in block 40
Block first atom: 2309
Blocpdb> 55 atoms in block 41
Block first atom: 2372
Blocpdb> 55 atoms in block 42
Block first atom: 2427
Blocpdb> 55 atoms in block 43
Block first atom: 2482
Blocpdb> 65 atoms in block 44
Block first atom: 2537
Blocpdb> 48 atoms in block 45
Block first atom: 2602
Blocpdb> 63 atoms in block 46
Block first atom: 2650
Blocpdb> 39 atoms in block 47
Block first atom: 2713
Blocpdb> 50 atoms in block 48
Block first atom: 2752
Blocpdb> 44 atoms in block 49
Block first atom: 2802
Blocpdb> 65 atoms in block 50
Block first atom: 2846
Blocpdb> 70 atoms in block 51
Block first atom: 2911
Blocpdb> 84 atoms in block 52
Block first atom: 2981
Blocpdb> 52 atoms in block 53
Block first atom: 3065
Blocpdb> 69 atoms in block 54
Block first atom: 3117
Blocpdb> 60 atoms in block 55
Block first atom: 3186
Blocpdb> 62 atoms in block 56
Block first atom: 3246
Blocpdb> 79 atoms in block 57
Block first atom: 3308
Blocpdb> 40 atoms in block 58
Block first atom: 3387
Blocpdb> 56 atoms in block 59
Block first atom: 3427
Blocpdb> 40 atoms in block 60
Block first atom: 3483
Blocpdb> 71 atoms in block 61
Block first atom: 3523
Blocpdb> 66 atoms in block 62
Block first atom: 3594
Blocpdb> 59 atoms in block 63
Block first atom: 3660
Blocpdb> 78 atoms in block 64
Block first atom: 3719
Blocpdb> 55 atoms in block 65
Block first atom: 3797
Blocpdb> 66 atoms in block 66
Block first atom: 3852
Blocpdb> 62 atoms in block 67
Block first atom: 3918
Blocpdb> 75 atoms in block 68
Block first atom: 3980
Blocpdb> 50 atoms in block 69
Block first atom: 4055
Blocpdb> 45 atoms in block 70
Block first atom: 4105
Blocpdb> 54 atoms in block 71
Block first atom: 4150
Blocpdb> 76 atoms in block 72
Block first atom: 4204
Blocpdb> 81 atoms in block 73
Block first atom: 4280
Blocpdb> 67 atoms in block 74
Block first atom: 4361
Blocpdb> 68 atoms in block 75
Block first atom: 4428
Blocpdb> 56 atoms in block 76
Block first atom: 4496
Blocpdb> 54 atoms in block 77
Block first atom: 4552
Blocpdb> 41 atoms in block 78
Block first atom: 4606
Blocpdb> 82 atoms in block 79
Block first atom: 4647
Blocpdb> 49 atoms in block 80
Block first atom: 4729
Blocpdb> 76 atoms in block 81
Block first atom: 4778
Blocpdb> 52 atoms in block 82
Block first atom: 4854
Blocpdb> 60 atoms in block 83
Block first atom: 4906
Blocpdb> 35 atoms in block 84
Block first atom: 4966
Blocpdb> 54 atoms in block 85
Block first atom: 5001
Blocpdb> 70 atoms in block 86
Block first atom: 5055
Blocpdb> 73 atoms in block 87
Block first atom: 5125
Blocpdb> 56 atoms in block 88
Block first atom: 5198
Blocpdb> 49 atoms in block 89
Block first atom: 5254
Blocpdb> 55 atoms in block 90
Block first atom: 5303
Blocpdb> 74 atoms in block 91
Block first atom: 5358
Blocpdb> 73 atoms in block 92
Block first atom: 5432
Blocpdb> 38 atoms in block 93
Block first atom: 5505
Blocpdb> 55 atoms in block 94
Block first atom: 5543
Blocpdb> 59 atoms in block 95
Block first atom: 5598
Blocpdb> 54 atoms in block 96
Block first atom: 5657
Blocpdb> 53 atoms in block 97
Block first atom: 5711
Blocpdb> 58 atoms in block 98
Block first atom: 5764
Blocpdb> 50 atoms in block 99
Block first atom: 5822
Blocpdb> 46 atoms in block 100
Block first atom: 5872
Blocpdb> 66 atoms in block 101
Block first atom: 5918
Blocpdb> 56 atoms in block 102
Block first atom: 5984
Blocpdb> 59 atoms in block 103
Block first atom: 6040
Blocpdb> 53 atoms in block 104
Block first atom: 6099
Blocpdb> 62 atoms in block 105
Block first atom: 6152
Blocpdb> 42 atoms in block 106
Block first atom: 6214
Blocpdb> 59 atoms in block 107
Block first atom: 6256
Blocpdb> 59 atoms in block 108
Block first atom: 6315
Blocpdb> 50 atoms in block 109
Block first atom: 6374
Blocpdb> 72 atoms in block 110
Block first atom: 6424
Blocpdb> 50 atoms in block 111
Block first atom: 6496
Blocpdb> 70 atoms in block 112
Block first atom: 6546
Blocpdb> 45 atoms in block 113
Block first atom: 6616
Blocpdb> 53 atoms in block 114
Block first atom: 6661
Blocpdb> 67 atoms in block 115
Block first atom: 6714
Blocpdb> 65 atoms in block 116
Block first atom: 6781
Blocpdb> 62 atoms in block 117
Block first atom: 6846
Blocpdb> 82 atoms in block 118
Block first atom: 6908
Blocpdb> 47 atoms in block 119
Block first atom: 6990
Blocpdb> 51 atoms in block 120
Block first atom: 7037
Blocpdb> 59 atoms in block 121
Block first atom: 7088
Blocpdb> 54 atoms in block 122
Block first atom: 7147
Blocpdb> 68 atoms in block 123
Block first atom: 7201
Blocpdb> 62 atoms in block 124
Block first atom: 7269
Blocpdb> 57 atoms in block 125
Block first atom: 7331
Blocpdb> 45 atoms in block 126
Block first atom: 7388
Blocpdb> 52 atoms in block 127
Block first atom: 7433
Blocpdb> 66 atoms in block 128
Block first atom: 7485
Blocpdb> 68 atoms in block 129
Block first atom: 7551
Blocpdb> 61 atoms in block 130
Block first atom: 7619
Blocpdb> 82 atoms in block 131
Block first atom: 7680
Blocpdb> 43 atoms in block 132
Block first atom: 7762
Blocpdb> 56 atoms in block 133
Block first atom: 7805
Blocpdb> 64 atoms in block 134
Block first atom: 7861
Blocpdb> 46 atoms in block 135
Block first atom: 7925
Blocpdb> 71 atoms in block 136
Block first atom: 7971
Blocpdb> 62 atoms in block 137
Block first atom: 8042
Blocpdb> 61 atoms in block 138
Block first atom: 8104
Blocpdb> 45 atoms in block 139
Block first atom: 8165
Blocpdb> 74 atoms in block 140
Block first atom: 8210
Blocpdb> 64 atoms in block 141
Block first atom: 8284
Blocpdb> 65 atoms in block 142
Block first atom: 8348
Blocpdb> 43 atoms in block 143
Block first atom: 8413
Blocpdb> 67 atoms in block 144
Block first atom: 8456
Blocpdb> 44 atoms in block 145
Block first atom: 8523
Blocpdb> 79 atoms in block 146
Block first atom: 8567
Blocpdb> 57 atoms in block 147
Block first atom: 8646
Blocpdb> 49 atoms in block 148
Block first atom: 8703
Blocpdb> 75 atoms in block 149
Block first atom: 8752
Blocpdb> 64 atoms in block 150
Block first atom: 8827
Blocpdb> 64 atoms in block 151
Block first atom: 8891
Blocpdb> 43 atoms in block 152
Block first atom: 8955
Blocpdb> 63 atoms in block 153
Block first atom: 8998
Blocpdb> 69 atoms in block 154
Block first atom: 9061
Blocpdb> 66 atoms in block 155
Block first atom: 9130
Blocpdb> 55 atoms in block 156
Block first atom: 9196
Blocpdb> 67 atoms in block 157
Block first atom: 9251
Blocpdb> 44 atoms in block 158
Block first atom: 9318
Blocpdb> 79 atoms in block 159
Block first atom: 9362
Blocpdb> 60 atoms in block 160
Block first atom: 9441
Blocpdb> 52 atoms in block 161
Block first atom: 9501
Blocpdb> 71 atoms in block 162
Block first atom: 9553
Blocpdb> 67 atoms in block 163
Block first atom: 9624
Blocpdb> 60 atoms in block 164
Block first atom: 9691
Blocpdb> 44 atoms in block 165
Block first atom: 9751
Blocpdb> 62 atoms in block 166
Block first atom: 9795
Blocpdb> 52 atoms in block 167
Block first atom: 9857
Blocpdb> 77 atoms in block 168
Block first atom: 9909
Blocpdb> 55 atoms in block 169
Block first atom: 9986
Blocpdb> 71 atoms in block 170
Block first atom: 10041
Blocpdb> 45 atoms in block 171
Block first atom: 10112
Blocpdb> 79 atoms in block 172
Block first atom: 10157
Blocpdb> 59 atoms in block 173
Block first atom: 10236
Blocpdb> 67 atoms in block 174
Block first atom: 10295
Blocpdb> 70 atoms in block 175
Block first atom: 10362
Blocpdb> 52 atoms in block 176
Block first atom: 10432
Blocpdb> 57 atoms in block 177
Block first atom: 10484
Blocpdb> 48 atoms in block 178
Block first atom: 10541
Blocpdb> 63 atoms in block 179
Block first atom: 10589
Blocpdb> 70 atoms in block 180
Block first atom: 10652
Blocpdb> 63 atoms in block 181
Block first atom: 10722
Blocpdb> 58 atoms in block 182
Block first atom: 10785
Blocpdb> 35 atoms in block 183
Block first atom: 10843
Blocpdb> 68 atoms in block 184
Block first atom: 10878
Blocpdb> 55 atoms in block 185
Block first atom: 10946
Blocpdb> 48 atoms in block 186
Block first atom: 11001
Blocpdb> 64 atoms in block 187
Block first atom: 11049
Blocpdb> 51 atoms in block 188
Block first atom: 11113
Blocpdb> 59 atoms in block 189
Block first atom: 11164
Blocpdb> 58 atoms in block 190
Block first atom: 11223
Blocpdb> 55 atoms in block 191
Block first atom: 11281
Blocpdb> 44 atoms in block 192
Block first atom: 11336
Blocpdb> 54 atoms in block 193
Block first atom: 11380
Blocpdb> 45 atoms in block 194
Block first atom: 11434
Blocpdb> 58 atoms in block 195
Block first atom: 11479
Blocpdb> 64 atoms in block 196
Block first atom: 11537
Blocpdb> 84 atoms in block 197
Block first atom: 11600
Blocpdb> 197 blocks.
Blocpdb> At most, 84 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 35 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 8514973 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 35052
Prepmat> Matrix trace = 18769060.0000
Prepmat> Last element read: 35052 35052 252.4493
Prepmat> 19504 lines saved.
Prepmat> 17337 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 11684
RTB> Total mass = 11684.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 11684
RTB> Number of blocks = 197
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 486508.0068
RTB> 75021 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1182
Diagstd> Nb of non-zero elements: 75021
Diagstd> Projected matrix trace = 486508.0068
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1182 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 486508.0068
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.3404889 0.4760191 0.5268745 2.7510114
3.3044022 3.9524233 9.9023514 12.3289224 12.8010892
14.2369441 15.1386391 17.8964183 18.6077266 19.7052579
20.9018205 22.1252787 22.8595990 24.4464279 25.9262366
26.5592108 26.9121943 28.5184528 30.1460635 31.7297230
32.8262303 34.0261937 35.5263147 36.2455894 37.7298308
38.3320345 38.8424744 39.7097299 40.0188334 41.8844948
42.6727947 42.8122492 43.8152996 44.3301759 46.0908021
47.7671517 48.0898060 49.0146541 50.2694027 51.1610243
51.2630130 53.7157073 54.2596151 54.7790624 55.6008623
57.6072664 57.7273579 59.3000189 60.6405026 62.8031500
63.4923706 63.7943777 65.4351977 67.1644849 68.6611325
69.1647782 70.4948164 71.3292247 72.2354339 73.4293890
75.0023154 75.8275360 77.6655444 77.9849286 78.3218656
79.3345130 79.6334139 80.3334747 81.5754234 83.0215519
83.2911953 84.1170686 84.7279594 85.6964334 86.4282211
87.7484130 89.4621030 89.6421623 90.9441439 91.6963328
92.7917315 93.8008769 94.1839725 95.5047134 96.4661259
97.9238105 98.2459137 98.9392860 99.9464506 100.5673684
102.1761031 102.4904943 102.9839502 103.4240601 104.9610134
105.8572157
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034310 0.0034318 0.0034337 0.0034341 0.0034364
0.0034377 63.3646101 74.9216724 78.8222612 180.1115150
197.3975383 215.8872563 341.7153186 381.2921281 388.5247976
409.7355719 422.5116596 459.3866198 468.4270200 482.0436232
496.4635142 510.7867885 519.1939035 536.9118441 552.9234646
559.6324172 563.3390212 579.9068785 596.2255534 611.6858308
622.1653006 633.4348670 647.2474668 653.7668019 667.0182387
672.3202858 676.7818832 684.2955987 686.9537403 702.7840895
709.3667425 710.5249004 718.8001729 723.0111708 737.2290047
750.5159959 753.0464973 760.2531907 769.9227329 776.7207290
777.4945343 795.8769550 799.8962020 803.7159325 809.7221948
824.2024740 825.0611174 836.2241315 845.6227853 860.5695870
865.2787768 867.3342229 878.4175214 889.9490104 899.8098882
903.1040179 911.7460118 917.1260560 922.9335280 930.5296961
940.4432976 945.6028060 956.9945748 958.9602814 961.0296615
967.2224324 969.0427744 973.2929023 980.7875596 989.4428258
991.0483156 995.9495625 999.5595063 1005.2559537 1009.5389219
1017.2200592 1027.1049724 1028.1380741 1035.5776047 1039.8513593
1046.0439200 1051.7166017 1053.8620906 1061.2255147 1066.5536320
1074.5816810 1076.3475542 1080.1390475 1085.6228311 1088.9898279
1097.6653316 1099.3527678 1101.9960895 1104.3483122 1112.5237419
1117.2632494
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 11684
Rtb_to_modes> Number of blocs = 197
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9825E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9873E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9985E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 5
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0022E-09
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.3405
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.4760
Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 0.5269
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.751
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.304
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.952
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.902
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 12.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 19
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 18.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 19.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.45
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.93
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.56
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 28.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 30.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 34.03
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 36.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 38.84
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 39.71
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 40.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 44.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 48.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.01
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.27
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.26
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.72
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.30
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 65.44
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 68.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.16
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 70.49
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.00
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 75.83
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 77.98
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 78.32
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.33
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 81.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.29
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.73
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 86.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.75
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 93.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.18
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 97.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.25
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 100.6
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.4
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 105.9
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1182 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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0.99999 1.00000 0.99999 0.99998 1.00001
1.00002 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002
1.00003 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
0.99999 1.00001 1.00002 1.00001 0.99999
1.00002 0.99998 1.00001 1.00001 1.00000
1.00000 0.99998 0.99998 0.99999 1.00001
1.00002 1.00000 1.00000 1.00001 1.00001
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1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 0.99999
1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001
0.99997 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002
0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998
0.99997 1.00000 0.99999 1.00002 1.00001
0.99998 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999
1.00002 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999
0.99999 1.00002 0.99998 1.00001 0.99998
1.00001 1.00001 0.99999 1.00003 1.00001
1.00000
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 210312 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99998 1.00000 1.00000 0.99999
1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002
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1.00002 0.99999 0.99999 1.00000 1.00002
1.00003 1.00000 1.00001 0.99999 1.00000
1.00000 1.00000 0.99999 1.00001 1.00000
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1.00000 0.99998 0.99998 0.99999 1.00001
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1.00000 0.99998 1.00001 1.00001 0.99999
1.00000 1.00002 0.99999 1.00000 1.00001
0.99997 1.00000 1.00000 1.00000 1.00002
0.99999 0.99999 1.00000 1.00002 0.99998
0.99997 1.00000 0.99999 1.00002 1.00001
0.99998 1.00000 1.00000 1.00002 0.99999
1.00002 1.00001 1.00001 1.00000 1.00000
1.00001 0.99999 1.00001 1.00001 0.99999
0.99999 1.00002 0.99998 1.00001 0.99998
1.00001 1.00001 0.99999 1.00003 1.00001
1.00000
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2: 0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4:-0.000 0.000-0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000 0.000
Vector 6:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000
Vector 7:-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 8: 0.000-0.000-0.000 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 9: 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000-0.000 0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2611051117502175447.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2611051117502175447.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2611051117502175447.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2611051117502175447.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 788
First residue number = 1
Last residue number = 440
Number of atoms found = 11684
Mean number per residue = 14.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9825E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9873E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9985E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0001E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0014E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0022E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.3405
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.4760
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.5269
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.751
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.304
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.952
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.902
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Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 106
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 105.9
Bfactors> 106 vectors, 35052 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.340500
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.013 +/- 0.01
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.013
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2611051117502175447.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2611051117502175447.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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no more models will be calculated for this mode
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getting mode 8
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getting mode 11
running: ../../bin/get_modes.sh 2611051117502175447 11 -600 600 20 on 0
normal mode computation
generate a series of perturbations for mode 11
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WARNING: max number of models (51) reached
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2611051117502175447.11.pdb
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2611051117502175447.8.pdb
2611051117502175447.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m28.296s
user 1m27.411s
sys 0m0.840s
rm: cannot remove '2611051117502175447.sdijf': No such file or directory
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