***    ***
Output from eigenvector calculation:
STDOUT:
CUTOFF set to default value (CUTOFF=8)
Build Tirion matrix:
Pdbmat> Computes the Hessian matrix, using an Elastic Network Model.
Pdbmat> Version 3.50, Fevrier 2004.
Pdbmat> Options to be read in pdbmat.dat file.
Pdbmat> Coordinate filename = 2611051310012194214.atom
Pdbmat> Distance cutoff = 8.00
Force constant = 10.00
Origin of mass values = CONS
Pdbmat> Levelshift = 1.0E-09
PRINTing level = 2
Pdbmat> Coordinate file 2611051310012194214.atom to be opened.
Openam> File opened: 2611051310012194214.atom
Pdbmat> Coordinate file in PDB format.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 788
First residue number = 1
Last residue number = 440
Number of atoms found = 11684
Mean number per residue = 14.8
Pdbmat> Coordinate statistics:
= 64.362974 +/- 13.687125 From: 25.712000 To: 98.550000
= 68.847226 +/- 25.614653 From: 18.435000 To: 123.020000
= 83.396746 +/- 13.158888 From: 48.619000 To: 115.471000
Pdbmat> Masses are all set to one.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'GLH ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> residue:'HIE ' is not a well known amino-acid.
%Pdbmat-W> ........
%Pdbmat-W> 20 residue(s) not known.
Openam> File opened: pdbmat.xyzm
Pdbmat> Coordinates and masses considered are saved.
Openam> File opened: pdbmat.sdijb
Pdbmat> Matrix statistics:
Pdbmat> The matrix is 1.4072 % Filled.
Pdbmat> 8645120 non-zero elements.
Pdbmat> 952934 atom-atom interactions.
Pdbmat> Number per atom= 163.12 +/- 46.97
Maximum number = 246
Minimum number = 25
Pdbmat> Matrix trace = 1.905868E+07
Pdbmat> Larger element = 868.915
Pdbmat> 0 elements larger than +/- 1.0E+10
Pdbmat> Normal end.
automatic determination of NRBL (NRBL = nresidues/200 + 1)
788 non-zero elements, NRBL set to 4
Diagonalize Tirion matrix using diagrtb
Diagrtb> Diagonalizes a matrix, using the RTB/BNM approximation.
Diagrtb> Version 2.52, November 2004.
Diagrtb> Options to be read in diagrtb.dat file.
Diagrtb> Options taken into account:
MATRix filename = pdbmat.sdijb
COORdinates filename = 2611051310012194214.atom
Eigenvector OUTPut file = matrix.eigenrtb
Nb of VECTors required = 106
EigeNVALues chosen = LOWE
Type of SUBStructuring = NONE
Nb of residues per BLOck = 4
Origin of MASS values = CONS
MATRix FORMat = BINA
Temporary files cleaning = ALL
Output PRINting level = 2
Diagrtb> Memory allocation for Blocpdb.
Blocpdb> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.xyzm
Blocpdb> Coordinate file 2611051310012194214.atom to be opened.
Openam> file on opening on unit 11:
2611051310012194214.atom
Blocpdb> Coordinate file in PDB format.
Blocpdb> 11684 atoms picked in pdb file.
Blocpdb> All masses set to unity.
Blocpdb> Coordinate file is rewritten.
Blocpdb> Substructuring:
Blocpdb> 4 residue(s) per block.
Blocpdb> 788 residues.
Blocpdb> 72 atoms in block 1
Block first atom: 1
Blocpdb> 66 atoms in block 2
Block first atom: 73
Blocpdb> 60 atoms in block 3
Block first atom: 139
Blocpdb> 49 atoms in block 4
Block first atom: 199
Blocpdb> 43 atoms in block 5
Block first atom: 248
Blocpdb> 58 atoms in block 6
Block first atom: 291
Blocpdb> 51 atoms in block 7
Block first atom: 349
Blocpdb> 60 atoms in block 8
Block first atom: 400
Blocpdb> 61 atoms in block 9
Block first atom: 460
Blocpdb> 41 atoms in block 10
Block first atom: 521
Blocpdb> 76 atoms in block 11
Block first atom: 562
Blocpdb> 84 atoms in block 12
Block first atom: 638
Blocpdb> 51 atoms in block 13
Block first atom: 722
Blocpdb> 76 atoms in block 14
Block first atom: 773
Blocpdb> 51 atoms in block 15
Block first atom: 849
Blocpdb> 44 atoms in block 16
Block first atom: 900
Blocpdb> 59 atoms in block 17
Block first atom: 944
Blocpdb> 51 atoms in block 18
Block first atom: 1003
Blocpdb> 68 atoms in block 19
Block first atom: 1054
Blocpdb> 58 atoms in block 20
Block first atom: 1122
Blocpdb> 62 atoms in block 21
Block first atom: 1180
Blocpdb> 78 atoms in block 22
Block first atom: 1242
Blocpdb> 56 atoms in block 23
Block first atom: 1320
Blocpdb> 54 atoms in block 24
Block first atom: 1376
Blocpdb> 44 atoms in block 25
Block first atom: 1430
Blocpdb> 52 atoms in block 26
Block first atom: 1474
Blocpdb> 64 atoms in block 27
Block first atom: 1526
Blocpdb> 67 atoms in block 28
Block first atom: 1590
Blocpdb> 74 atoms in block 29
Block first atom: 1657
Blocpdb> 75 atoms in block 30
Block first atom: 1731
Blocpdb> 51 atoms in block 31
Block first atom: 1806
Blocpdb> 71 atoms in block 32
Block first atom: 1857
Blocpdb> 63 atoms in block 33
Block first atom: 1928
Blocpdb> 76 atoms in block 34
Block first atom: 1991
Blocpdb> 35 atoms in block 35
Block first atom: 2067
Blocpdb> 47 atoms in block 36
Block first atom: 2102
Blocpdb> 41 atoms in block 37
Block first atom: 2149
Blocpdb> 50 atoms in block 38
Block first atom: 2190
Blocpdb> 69 atoms in block 39
Block first atom: 2240
Blocpdb> 63 atoms in block 40
Block first atom: 2309
Blocpdb> 55 atoms in block 41
Block first atom: 2372
Blocpdb> 55 atoms in block 42
Block first atom: 2427
Blocpdb> 55 atoms in block 43
Block first atom: 2482
Blocpdb> 65 atoms in block 44
Block first atom: 2537
Blocpdb> 48 atoms in block 45
Block first atom: 2602
Blocpdb> 63 atoms in block 46
Block first atom: 2650
Blocpdb> 39 atoms in block 47
Block first atom: 2713
Blocpdb> 50 atoms in block 48
Block first atom: 2752
Blocpdb> 44 atoms in block 49
Block first atom: 2802
Blocpdb> 65 atoms in block 50
Block first atom: 2846
Blocpdb> 70 atoms in block 51
Block first atom: 2911
Blocpdb> 84 atoms in block 52
Block first atom: 2981
Blocpdb> 52 atoms in block 53
Block first atom: 3065
Blocpdb> 69 atoms in block 54
Block first atom: 3117
Blocpdb> 60 atoms in block 55
Block first atom: 3186
Blocpdb> 62 atoms in block 56
Block first atom: 3246
Blocpdb> 79 atoms in block 57
Block first atom: 3308
Blocpdb> 40 atoms in block 58
Block first atom: 3387
Blocpdb> 56 atoms in block 59
Block first atom: 3427
Blocpdb> 40 atoms in block 60
Block first atom: 3483
Blocpdb> 71 atoms in block 61
Block first atom: 3523
Blocpdb> 66 atoms in block 62
Block first atom: 3594
Blocpdb> 59 atoms in block 63
Block first atom: 3660
Blocpdb> 78 atoms in block 64
Block first atom: 3719
Blocpdb> 55 atoms in block 65
Block first atom: 3797
Blocpdb> 66 atoms in block 66
Block first atom: 3852
Blocpdb> 62 atoms in block 67
Block first atom: 3918
Blocpdb> 75 atoms in block 68
Block first atom: 3980
Blocpdb> 50 atoms in block 69
Block first atom: 4055
Blocpdb> 45 atoms in block 70
Block first atom: 4105
Blocpdb> 54 atoms in block 71
Block first atom: 4150
Blocpdb> 76 atoms in block 72
Block first atom: 4204
Blocpdb> 81 atoms in block 73
Block first atom: 4280
Blocpdb> 67 atoms in block 74
Block first atom: 4361
Blocpdb> 68 atoms in block 75
Block first atom: 4428
Blocpdb> 56 atoms in block 76
Block first atom: 4496
Blocpdb> 54 atoms in block 77
Block first atom: 4552
Blocpdb> 41 atoms in block 78
Block first atom: 4606
Blocpdb> 82 atoms in block 79
Block first atom: 4647
Blocpdb> 49 atoms in block 80
Block first atom: 4729
Blocpdb> 76 atoms in block 81
Block first atom: 4778
Blocpdb> 52 atoms in block 82
Block first atom: 4854
Blocpdb> 60 atoms in block 83
Block first atom: 4906
Blocpdb> 35 atoms in block 84
Block first atom: 4966
Blocpdb> 54 atoms in block 85
Block first atom: 5001
Blocpdb> 70 atoms in block 86
Block first atom: 5055
Blocpdb> 73 atoms in block 87
Block first atom: 5125
Blocpdb> 56 atoms in block 88
Block first atom: 5198
Blocpdb> 49 atoms in block 89
Block first atom: 5254
Blocpdb> 55 atoms in block 90
Block first atom: 5303
Blocpdb> 74 atoms in block 91
Block first atom: 5358
Blocpdb> 73 atoms in block 92
Block first atom: 5432
Blocpdb> 38 atoms in block 93
Block first atom: 5505
Blocpdb> 55 atoms in block 94
Block first atom: 5543
Blocpdb> 59 atoms in block 95
Block first atom: 5598
Blocpdb> 54 atoms in block 96
Block first atom: 5657
Blocpdb> 53 atoms in block 97
Block first atom: 5711
Blocpdb> 58 atoms in block 98
Block first atom: 5764
Blocpdb> 50 atoms in block 99
Block first atom: 5822
Blocpdb> 46 atoms in block 100
Block first atom: 5872
Blocpdb> 66 atoms in block 101
Block first atom: 5918
Blocpdb> 56 atoms in block 102
Block first atom: 5984
Blocpdb> 59 atoms in block 103
Block first atom: 6040
Blocpdb> 53 atoms in block 104
Block first atom: 6099
Blocpdb> 62 atoms in block 105
Block first atom: 6152
Blocpdb> 42 atoms in block 106
Block first atom: 6214
Blocpdb> 59 atoms in block 107
Block first atom: 6256
Blocpdb> 59 atoms in block 108
Block first atom: 6315
Blocpdb> 50 atoms in block 109
Block first atom: 6374
Blocpdb> 72 atoms in block 110
Block first atom: 6424
Blocpdb> 50 atoms in block 111
Block first atom: 6496
Blocpdb> 70 atoms in block 112
Block first atom: 6546
Blocpdb> 45 atoms in block 113
Block first atom: 6616
Blocpdb> 53 atoms in block 114
Block first atom: 6661
Blocpdb> 67 atoms in block 115
Block first atom: 6714
Blocpdb> 65 atoms in block 116
Block first atom: 6781
Blocpdb> 62 atoms in block 117
Block first atom: 6846
Blocpdb> 82 atoms in block 118
Block first atom: 6908
Blocpdb> 47 atoms in block 119
Block first atom: 6990
Blocpdb> 51 atoms in block 120
Block first atom: 7037
Blocpdb> 59 atoms in block 121
Block first atom: 7088
Blocpdb> 54 atoms in block 122
Block first atom: 7147
Blocpdb> 68 atoms in block 123
Block first atom: 7201
Blocpdb> 62 atoms in block 124
Block first atom: 7269
Blocpdb> 57 atoms in block 125
Block first atom: 7331
Blocpdb> 45 atoms in block 126
Block first atom: 7388
Blocpdb> 52 atoms in block 127
Block first atom: 7433
Blocpdb> 66 atoms in block 128
Block first atom: 7485
Blocpdb> 68 atoms in block 129
Block first atom: 7551
Blocpdb> 61 atoms in block 130
Block first atom: 7619
Blocpdb> 82 atoms in block 131
Block first atom: 7680
Blocpdb> 43 atoms in block 132
Block first atom: 7762
Blocpdb> 56 atoms in block 133
Block first atom: 7805
Blocpdb> 64 atoms in block 134
Block first atom: 7861
Blocpdb> 46 atoms in block 135
Block first atom: 7925
Blocpdb> 71 atoms in block 136
Block first atom: 7971
Blocpdb> 62 atoms in block 137
Block first atom: 8042
Blocpdb> 61 atoms in block 138
Block first atom: 8104
Blocpdb> 45 atoms in block 139
Block first atom: 8165
Blocpdb> 74 atoms in block 140
Block first atom: 8210
Blocpdb> 64 atoms in block 141
Block first atom: 8284
Blocpdb> 65 atoms in block 142
Block first atom: 8348
Blocpdb> 43 atoms in block 143
Block first atom: 8413
Blocpdb> 67 atoms in block 144
Block first atom: 8456
Blocpdb> 44 atoms in block 145
Block first atom: 8523
Blocpdb> 79 atoms in block 146
Block first atom: 8567
Blocpdb> 57 atoms in block 147
Block first atom: 8646
Blocpdb> 49 atoms in block 148
Block first atom: 8703
Blocpdb> 75 atoms in block 149
Block first atom: 8752
Blocpdb> 64 atoms in block 150
Block first atom: 8827
Blocpdb> 64 atoms in block 151
Block first atom: 8891
Blocpdb> 43 atoms in block 152
Block first atom: 8955
Blocpdb> 63 atoms in block 153
Block first atom: 8998
Blocpdb> 69 atoms in block 154
Block first atom: 9061
Blocpdb> 66 atoms in block 155
Block first atom: 9130
Blocpdb> 55 atoms in block 156
Block first atom: 9196
Blocpdb> 67 atoms in block 157
Block first atom: 9251
Blocpdb> 44 atoms in block 158
Block first atom: 9318
Blocpdb> 79 atoms in block 159
Block first atom: 9362
Blocpdb> 60 atoms in block 160
Block first atom: 9441
Blocpdb> 52 atoms in block 161
Block first atom: 9501
Blocpdb> 71 atoms in block 162
Block first atom: 9553
Blocpdb> 67 atoms in block 163
Block first atom: 9624
Blocpdb> 60 atoms in block 164
Block first atom: 9691
Blocpdb> 44 atoms in block 165
Block first atom: 9751
Blocpdb> 62 atoms in block 166
Block first atom: 9795
Blocpdb> 52 atoms in block 167
Block first atom: 9857
Blocpdb> 77 atoms in block 168
Block first atom: 9909
Blocpdb> 55 atoms in block 169
Block first atom: 9986
Blocpdb> 71 atoms in block 170
Block first atom: 10041
Blocpdb> 45 atoms in block 171
Block first atom: 10112
Blocpdb> 79 atoms in block 172
Block first atom: 10157
Blocpdb> 59 atoms in block 173
Block first atom: 10236
Blocpdb> 67 atoms in block 174
Block first atom: 10295
Blocpdb> 70 atoms in block 175
Block first atom: 10362
Blocpdb> 52 atoms in block 176
Block first atom: 10432
Blocpdb> 57 atoms in block 177
Block first atom: 10484
Blocpdb> 48 atoms in block 178
Block first atom: 10541
Blocpdb> 63 atoms in block 179
Block first atom: 10589
Blocpdb> 70 atoms in block 180
Block first atom: 10652
Blocpdb> 63 atoms in block 181
Block first atom: 10722
Blocpdb> 58 atoms in block 182
Block first atom: 10785
Blocpdb> 35 atoms in block 183
Block first atom: 10843
Blocpdb> 68 atoms in block 184
Block first atom: 10878
Blocpdb> 55 atoms in block 185
Block first atom: 10946
Blocpdb> 48 atoms in block 186
Block first atom: 11001
Blocpdb> 64 atoms in block 187
Block first atom: 11049
Blocpdb> 51 atoms in block 188
Block first atom: 11113
Blocpdb> 59 atoms in block 189
Block first atom: 11164
Blocpdb> 58 atoms in block 190
Block first atom: 11223
Blocpdb> 55 atoms in block 191
Block first atom: 11281
Blocpdb> 44 atoms in block 192
Block first atom: 11336
Blocpdb> 54 atoms in block 193
Block first atom: 11380
Blocpdb> 45 atoms in block 194
Block first atom: 11434
Blocpdb> 58 atoms in block 195
Block first atom: 11479
Blocpdb> 64 atoms in block 196
Block first atom: 11537
Blocpdb> 84 atoms in block 197
Block first atom: 11600
Blocpdb> 197 blocks.
Blocpdb> At most, 84 atoms in each of them.
Blocpdb> At least, 35 atoms in each of them.
Blocpdb> Normal end of Blocpdb.
Diagrtb> Memory allocation for Prepmat.
Diagrtb> Memory allocation for RTB.
Diagrtb> Memory allocation for Diagstd.
Diagrtb> Memory allocation for RTB_to_modes.
Prepmat> Entering in.
Prepmat> Rewriting of the matrix begins.
Prepmat> 8645317 matrix lines read.
Prepmat> Matrix order = 35052
Prepmat> Matrix trace = 19058680.0000
Prepmat> Last element read: 35052 35052 407.2521
Prepmat> 19504 lines saved.
Prepmat> 17305 empty lines.
Prepmat> Number of lines on output is as expected.
Prepmat> Normal end of Prepmat.
RTB> Entering in.
RTB> Number of atoms found in temporary coordinate file: 11684
RTB> Total mass = 11684.0000
RTB> Number of atoms found in matrix: 11684
RTB> Number of blocks = 197
RTB> Projection begins.
RTB> Projected matrix is being saved.
RTB> Projected matrix trace = 496037.1636
RTB> 76173 non-zero elements.
RTB> Normal end of RTB.
Diagstd> Entering in.
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.sdijb
Diagstd> Projected matrix to be read from file: diagrtb_work.sdijb
Diagstd> CERFACS matrix format.
Diagstd> Projected matrix order = 1182
Diagstd> Nb of non-zero elements: 76173
Diagstd> Projected matrix trace = 496037.1636
Openam> file on opening on unit 11:
diagrtb_work.eigenfacs
Diagstd> Diagonalization.
Diagstd> 1182 eigenvectors are computed.
Diagstd> 106 of them to be saved.
Diagstd> Sum of eigenvalues = 496037.1636
Diagstd> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Diagstd> 6 zero-eigenvalues, that is, below or equal to: 0.0000000
Diagstd> Selected eigenvalues:
0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
0.0000000 0.1654841 0.6406244 2.0550735 3.3526415
3.4029505 4.0033995 8.9730761 11.3803032 14.1998669
15.1225518 16.3709835 17.1234396 17.7363302 20.1401611
22.4969845 24.3563074 25.1250506 26.5752907 27.6184333
29.0459287 29.9042537 31.5206337 32.6271429 33.8755495
34.9381447 35.3811942 37.1326099 37.9137220 41.0229683
42.2110633 42.4616397 43.4138350 43.5351794 45.0161375
46.9352193 47.2798001 47.6443406 49.1095277 49.7647443
50.8092590 51.4161676 52.7690903 53.7682966 55.2380106
55.5159565 57.2331837 58.0190455 59.8376599 60.4190161
60.8705135 62.4846694 63.6330410 67.0507305 67.2235882
69.0861981 69.6585208 71.0352586 71.6020556 72.7566182
73.7965942 74.0791347 74.5258273 74.9508089 79.0166835
79.1995904 79.6658346 80.4132989 82.7926710 83.3440124
84.5468056 85.2172403 85.4708358 87.6147462 88.5418007
89.3405558 90.8163245 91.1546370 92.0905307 92.8777974
94.1313194 94.8892011 95.8571135 96.4273782 96.9229361
98.0630176 99.1124608 99.7011968 101.2308139 102.0212188
102.9984473 103.1792798 104.7922376 106.2069561 107.8586035
109.4631120 109.4759539 110.0529624 110.9352307 112.2739698
113.6184713
Diagstd> Frequencies (cm-1, if the input matrix is a hessian in CHARMM units):
0.0034305 0.0034335 0.0034344 0.0034345 0.0034346
0.0034348 44.1746833 86.9154553 155.6714477 198.8331705
200.3194388 217.2749947 325.2864372 366.3297555 409.2016890
422.2871054 439.3722922 449.3562464 457.3273373 487.3340426
515.0595388 535.9212819 544.3130578 559.8018016 570.6828219
585.2452717 593.8294945 609.6670870 620.2757504 632.0311084
641.8672241 645.9241526 661.7181060 668.6417504 695.5187157
705.5185331 707.6095099 715.4995352 716.4987704 728.5836058
743.9516410 746.6775538 749.5505729 760.9886140 766.0483271
774.0458931 778.6550980 788.8330240 796.2664536 807.0757431
809.1037123 821.5220657 827.1429452 840.0063726 844.0770738
847.2250009 858.3847998 866.2367799 889.1950516 890.3404925
902.5908511 906.3217537 915.2342485 918.8783634 926.2570624
932.8534879 934.6375618 937.4512297 940.1203258 965.2830471
966.3996144 969.2400145 973.7763434 988.0779946 991.3624900
998.4903732 1002.4414431 1003.9319032 1016.4450002 1021.8083689
1026.4069999 1034.8496116 1036.7753504 1042.0840966 1046.5289195
1053.5674709 1057.8002747 1063.1816051 1066.3394083 1069.0759533
1075.3452151 1081.0839250 1084.2900341 1092.5759704 1096.8330645
1102.0736511 1103.0406722 1111.6289210 1119.1073841 1127.7755549
1136.1330034 1136.1996453 1139.1899608 1143.7471519 1150.6276859
1157.4966722
Diagstd> Normal end.
Rtb_to_modes> Entering in.
Rtb_to_modes> Number of atoms in temporary block-file = 11684
Rtb_to_modes> Number of blocs = 197
Openam> file on opening on unit 10:
diagrtb_work.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 11:
matrix.eigenrtb
Rdmodfacs> Entering in.
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Eigenvector number: 1
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9798E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 2
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 9.9976E-10
Rdmodfacs> Eigenvector number: 3
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 4
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0003E-09
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 6
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 1.0005E-09
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 9
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 2.055
Rdmodfacs> Eigenvector number: 10
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.353
Rdmodfacs> Eigenvector number: 11
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 3.403
Rdmodfacs> Eigenvector number: 12
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 4.003
Rdmodfacs> Eigenvector number: 13
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 8.973
Rdmodfacs> Eigenvector number: 14
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 11.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 15
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 14.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 16
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 15.12
Rdmodfacs> Eigenvector number: 17
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 16.37
Rdmodfacs> Eigenvector number: 18
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.12
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Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 17.74
Rdmodfacs> Eigenvector number: 20
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 20.14
Rdmodfacs> Eigenvector number: 21
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 22.50
Rdmodfacs> Eigenvector number: 22
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 24.36
Rdmodfacs> Eigenvector number: 23
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 25.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 24
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 26.58
Rdmodfacs> Eigenvector number: 25
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 27.62
Rdmodfacs> Eigenvector number: 26
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 27
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 29.90
Rdmodfacs> Eigenvector number: 28
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 31.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 29
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 32.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 30
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 33.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 31
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 32
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 35.38
Rdmodfacs> Eigenvector number: 33
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 34
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 37.91
Rdmodfacs> Eigenvector number: 35
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 41.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 36
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.21
Rdmodfacs> Eigenvector number: 37
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 42.46
Rdmodfacs> Eigenvector number: 38
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 39
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 43.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 40
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 45.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 41
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 46.94
Rdmodfacs> Eigenvector number: 42
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.28
Rdmodfacs> Eigenvector number: 43
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 47.64
Rdmodfacs> Eigenvector number: 44
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 45
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 49.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 46
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 50.81
Rdmodfacs> Eigenvector number: 47
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 51.42
Rdmodfacs> Eigenvector number: 48
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 52.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 49
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 53.77
Rdmodfacs> Eigenvector number: 50
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.24
Rdmodfacs> Eigenvector number: 51
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 55.52
Rdmodfacs> Eigenvector number: 52
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 57.23
Rdmodfacs> Eigenvector number: 53
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 58.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 54
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 59.84
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Rdmodfacs> Eigenvector number: 56
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 60.87
Rdmodfacs> Eigenvector number: 57
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 62.48
Rdmodfacs> Eigenvector number: 58
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 63.63
Rdmodfacs> Eigenvector number: 59
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.05
Rdmodfacs> Eigenvector number: 60
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 67.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 61
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 62
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 69.66
Rdmodfacs> Eigenvector number: 63
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.04
Rdmodfacs> Eigenvector number: 64
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 71.60
Rdmodfacs> Eigenvector number: 65
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 72.76
Rdmodfacs> Eigenvector number: 66
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 73.80
Rdmodfacs> Eigenvector number: 67
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.08
Rdmodfacs> Eigenvector number: 68
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.53
Rdmodfacs> Eigenvector number: 69
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 74.95
Rdmodfacs> Eigenvector number: 70
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.02
Rdmodfacs> Eigenvector number: 71
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.20
Rdmodfacs> Eigenvector number: 72
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 79.67
Rdmodfacs> Eigenvector number: 73
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 80.41
Rdmodfacs> Eigenvector number: 74
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 82.79
Rdmodfacs> Eigenvector number: 75
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 83.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 76
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 84.55
Rdmodfacs> Eigenvector number: 77
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.22
Rdmodfacs> Eigenvector number: 78
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 85.47
Rdmodfacs> Eigenvector number: 79
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 87.61
Rdmodfacs> Eigenvector number: 80
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 88.54
Rdmodfacs> Eigenvector number: 81
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 89.34
Rdmodfacs> Eigenvector number: 82
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 90.82
Rdmodfacs> Eigenvector number: 83
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 91.15
Rdmodfacs> Eigenvector number: 84
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.09
Rdmodfacs> Eigenvector number: 85
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 92.88
Rdmodfacs> Eigenvector number: 86
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.13
Rdmodfacs> Eigenvector number: 87
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 94.89
Rdmodfacs> Eigenvector number: 88
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 95.86
Rdmodfacs> Eigenvector number: 89
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.43
Rdmodfacs> Eigenvector number: 90
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 96.92
Rdmodfacs> Eigenvector number: 91
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 98.06
Rdmodfacs> Eigenvector number: 92
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.11
Rdmodfacs> Eigenvector number: 93
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 99.70
Rdmodfacs> Eigenvector number: 94
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 101.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 95
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 102.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 96
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.0
Rdmodfacs> Eigenvector number: 97
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 103.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 98
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 104.8
Rdmodfacs> Eigenvector number: 99
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 106.2
Rdmodfacs> Eigenvector number: 100
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 107.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 101
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 102
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 109.5
Rdmodfacs> Eigenvector number: 103
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 110.1
Rdmodfacs> Eigenvector number: 104
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 110.9
Rdmodfacs> Eigenvector number: 105
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 112.3
Rdmodfacs> Eigenvector number: 106
Rdmodfacs> Corresponding eigenvalue: 113.6
Rtb_to_modes> 106 vectors, with 1182 coordinates in vector file.
Norm of eigenvectors in projected coordinates (one expected):
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1.00000 1.00000 0.99996 1.00001 1.00000
0.99999 1.00000 1.00002 1.00002 1.00002
1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999
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1.00001 1.00002 1.00000 0.99998 0.99999
0.99999 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 0.99999
1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 1.00001
0.99997 0.99999 1.00000 0.99998 0.99998
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 0.99998
0.99998 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 0.99996 1.00001 1.00001
1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00002
1.00001
Rtb_to_modes> RTB block-file is being read.
Rtb_to_modes> 210312 lines found in RTB file.
Norm of eigenvectors in cartesian coordinates (one expected):
1.00000 0.99999 1.00000 1.00000 0.99998
1.00002 1.00002 1.00000 1.00000 1.00001
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1.00000 1.00000 0.99996 1.00001 1.00000
0.99999 1.00000 1.00002 1.00002 1.00002
1.00000 1.00001 1.00001 1.00000 0.99999
0.99999 1.00001 0.99998 1.00001 1.00001
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1.00001 1.00000 1.00002 1.00000 0.99999
1.00001 1.00002 1.00000 0.99998 0.99999
0.99999 1.00000 0.99998 1.00001 1.00000
0.99999 1.00000 1.00000 1.00000 0.99999
1.00000 0.99999 1.00001 1.00000 0.99999
1.00000 1.00000 0.99998 1.00000 1.00001
0.99997 0.99999 1.00000 0.99998 0.99998
1.00001 1.00000 0.99999 1.00000 0.99999
1.00000 1.00000 0.99999 1.00002 0.99998
0.99998 1.00001 1.00000 1.00000 1.00000
1.00001 1.00000 0.99996 1.00001 1.00001
1.00000 0.99999 1.00000 0.99998 1.00002
1.00001
Orthogonality of first eigenvectors (zero expected):
Vector 2:-0.000
Vector 3: 0.000-0.000
Vector 4: 0.000 0.000 0.000
Vector 5: 0.000-0.000-0.000-0.000
Vector 6:-0.000 0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 7:-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000-0.000
Vector 8: 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000-0.000 0.000
Vector 9:-0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000 0.000 0.000
Vector 10: 0.000 0.000 0.000 0.000-0.000-0.000-0.000-0.000 0.000
Rtb_to_modes> 106 eigenvectors saved.
Rtb_to_modes> Normal end.
Diagrtb> Normal end.
B-factor analysis
Bfactors> Version 1.22, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2611051310012194214.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2611051310012194214.eigenfacs
Getnam> Corresponding pdb filename ?
Getnam> 2611051310012194214.atom
Openam> file on opening on unit 11:
2611051310012194214.atom
Getnum> Number of skipped eigenvectors ?
Getnum> 0
Getnum> Number of usefull eigenvectors ?
Getnum> 10000
%Getnum-Err: number larger than 106 This is not allowed. Sorry.
Rdatompdb> Reading pdb file.
Rdatompdb> End of file reached.
Rdatompdb> Number of I/O errors: 0
Rdatompdb> Number of residues found = 788
First residue number = 1
Last residue number = 440
Number of atoms found = 11684
Mean number per residue = 14.8
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 1
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9798E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 2
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 9.9976E-10
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 3
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 4
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0003E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 5
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0004E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 6
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 1.0005E-09
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 7
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.1655
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 8
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 0.6406
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 9
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 2.055
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 10
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.353
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 11
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 3.403
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 12
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 4.003
Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture: 13
Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 8.973
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Rdmodfacs> Valeur propre du vecteur en lecture: 113.6
Bfactors> 106 vectors, 35052 coordinates in file.
Openam> file on opening on unit 12:
bfactors.pred
Bfactors> Best zero-eigenvalue found : 0.000000
Bfactors> 6 eigenvalues less than : 0.000000
Bfactors> Lowest non-zero eigenvalue : 0.165500
Bfactors> 100 eigenvectors will be considered.
Bfactors> Rotation-Tranlation modes are skipped.
Bfactors> Mass-weighted B-factors are computed.
(CHARMM units assumed for eigenvalues)
%Bfactors-Wn> Experimental B-factors are nearly constant !
Bfactors> = 0.014 +/- 0.01
Bfactors> = 0.000 +/- 0.00
Bfactors> Shiftng-fct= -0.014
Bfactors> Scaling-fct= 0.000
Bfactors> Predicted, Scaled and Experimental B-factors are saved.
Bfactors> Normal end.
check_modes
Chkmod> Version 1.00, Bordeaux.
Getnam> Eigenvector filename ?
Getnam> 2611051310012194214.eigenfacs
Openam> file on opening on unit 10:
2611051310012194214.eigenfacs
Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.
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no more models will be calculated for this mode
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getting mode 8
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normal mode computation
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WARNING: max number of models (51) reached
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2611051310012194214.9.pdb
STDERR:
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_DENORMAL
real 1m41.624s
user 1m40.405s
sys 0m1.158s
rm: cannot remove '2611051310012194214.sdijf': No such file or directory
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