***  HIV protease  ***

<R²> analysis for EXAMPLE1

---  normal mode 49  ---

ERROR: computation failed !

Here is the logfile, STDOUT output:

running: ../bin/get_rmsmod.sh EXAMPLE1 47
rms_mode
 Rmsmod> Version 1.20, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> ../EXAMPLE1.dir/EXAMPLE1.eigenfacs
 Getnum> Eigenvector Number ?
 Getnum>  47

 Openam> file on opening on unit     10:
 ../EXAMPLE1.dir/EXAMPLE1.eigenfacs                              
 Getnam> Corresponding pdb file ?
 Getnam> ../EXAMPLE1.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 ../EXAMPLE1.atom                                                
 Getrep> Are the masses given in the pdb files ? (y/n)
 Getrep>  F

 Rmsmod> All masses will all be assumed to be of 1.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4322E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4324E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4327E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4336E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4338E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   123.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   150.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   159.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   173.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   219.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   225.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   242.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   260.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   277.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   298.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   336.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   351.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   369.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   377.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   387.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   392.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   414.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   437.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   446.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   458.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   463.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   482.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   490.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   516.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   522.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   530.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   535.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   541.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   552.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   559.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   569.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   579.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   585.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   592.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   603.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   625.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   635.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   637.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   659.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   660.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   664.4    

 Rmsmod>   47 vectors,   2274 coordinates in file.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:  0

 Rdatompdb> Number of residues found =     99
            First residue number     =      1
            Last  residue number     =     99
            Number of atoms found    =    758
            Mean number per residue  =      7.7

 Rmsmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.

 Openam> file on opening on unit     12:
 rmsmod.res                                                      
 Rmsmod> Displacement=f(atom number) to be written in this file.

 Openam> file on opening on unit     13:
 eigvec.res                                                      
 Rmsmod> Vector coordinates=f(atom number) to be written in this file.
 Rmsmod> Norm of vector    47 =   1.0000

 Rmsmod> Normal end.

Here is the logfile, STDERR output:

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