Should you encounter any unexpected behaviour,
please let us know.
elNémo has been hacked on november 27th.
It has been moved away and runs again.
Still some additional cleaning from time to time
Sorry for the inconvenience.

* Glutamin bp *

<R²> analysis for EXAMPLE3

--- normal mode 10 ---

ERROR: computation failed !

Here is the logfile, STDOUT output:

running: ../bin/get_rmsmod.sh EXAMPLE3 82
rms_mode
 Rmsmod> Version 1.20, Bordeaux.                
 Getnam> Eigenvector filename ?
 Getnam> ../EXAMPLE3.dir/EXAMPLE3.eigenfacs
 Getnum> Eigenvector Number ?
 Getnum>  82

 Openam> file on opening on unit     10:
 ../EXAMPLE3.dir/EXAMPLE3.eigenfacs                              
 Getnam> Corresponding pdb file ?
 Getnam> ../EXAMPLE3.atom

 Openam> file on opening on unit     11:
 ../EXAMPLE3.atom                                                
 Getrep> Are the masses given in the pdb files ? (y/n)
 Getrep>  F

 Rmsmod> All masses will all be assumed to be of 1.

 Rdmodfacs> Old Blzpack file format detected.

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     1
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4330E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     2
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4332E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     3
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4334E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     4
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4340E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     5
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4345E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     6
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:  3.4348E-03

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     7
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   102.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     8
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   121.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:     9
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   166.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    10
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   267.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    11
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   279.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    12
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   295.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    13
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   309.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    14
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   365.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    15
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   370.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    16
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   402.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    17
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   427.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    18
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   446.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    19
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   467.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    20
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   471.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    21
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   476.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    22
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   509.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    23
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   515.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    24
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   530.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    25
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   542.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    26
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   552.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    27
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   555.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    28
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   562.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    29
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   567.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    30
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   587.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    31
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   593.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    32
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   595.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    33
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   598.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    34
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   606.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    35
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   617.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    36
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   624.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    37
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   627.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    38
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   637.2    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    39
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   642.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    40
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   656.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    41
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   663.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    42
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   673.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    43
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   676.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    44
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   686.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    45
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   693.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    46
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   707.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    47
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   709.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    48
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   718.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    49
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   722.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    50
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   732.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    51
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   742.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    52
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   745.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    53
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   755.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    54
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   765.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    55
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   767.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    56
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   773.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    57
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   782.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    58
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   789.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    59
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   793.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    60
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   798.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    61
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   801.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    62
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   804.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    63
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   810.0    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    64
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   818.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    65
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   840.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    66
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   845.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    67
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   849.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    68
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   855.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    69
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   861.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    70
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   861.7    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    71
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   869.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    72
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   869.8    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    73
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   873.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    74
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   879.4    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    75
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   887.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    76
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   892.9    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    77
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   893.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    78
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   903.3    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    79
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   906.1    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    80
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   910.6    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    81
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   912.5    

 Rdmodfacs> Numero du vecteur CERFACS en lecture:    82
 Rdmodfacs> Frequence du vecteur en lecture:   917.9    

 Rmsmod>   82 vectors,   5142 coordinates in file.

 Rdatompdb> Reading pdb file.
 Rdatompdb> End of file reached.
 Rdatompdb> Number of I/O errors:  0

 Rdatompdb> Number of residues found =    220
            First residue number     =      5
            Last  residue number     =    224
            Number of atoms found    =   1714
            Mean number per residue  =      7.8

 Rmsmod> Cartesian (eigen)vectors will be studied.

 Openam> file on opening on unit     12:
 rmsmod.res                                                      
 Rmsmod> Displacement=f(atom number) to be written in this file.

 Openam> file on opening on unit     13:
 eigvec.res                                                      
 Rmsmod> Vector coordinates=f(atom number) to be written in this file.
 Rmsmod> Norm of vector    82 =   1.0000

 Rmsmod> Normal end.

Here is the logfile, STDERR output:

If you find results from this site helpful for your research, please cite one of our papers:

K. Suhre & Y.H. Sanejouand, ElNemo: a normal mode web-server for protein movement analysis and the generation of templates for molecular replacement. Nucleic Acids Research, 32, W610-W614, 2004.
K. Suhre & Y.H. Sanejouand, On the potential of normal mode analysis for solving difficult molecular replacement problems. Acta Cryst. D vol.60, p796-799, 2004 © International Union of Crystallography.

elNémo is maintained by Yves-Henri Sanejouand.
It was developed by Karsten Suhre.
Between 2003 and 2014, it was hosted by IGS (Marseille).
Between 2015 and 2025, it was hosted by US2B (Nantes).
Last modification: december 26th, 2025.

Should you encounter any unexpected behaviour, please let us know. elNémo has been hacked on november 27th. It has been moved away and runs again. **Still some additional cleaning from time to time** Sorry for the inconvenience.

*** Glutamin bp ***

<R2> analysis for EXAMPLE3